Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-07T12:59:49Z No. of bitstreams: 1 2016_TadeuAraujoSouza.pdf: 1810896 bytes, checksum: 875d57d95829fcdd5ba22d41167265c1 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-07T16:48:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_TadeuAraujoSouza.pdf: 1810896 bytes, checksum: 875d57d95829fcdd5ba22d41167265c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-07T16:48:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_TadeuAraujoSouza.pdf: 1810896 bytes, checksum: 875d57d95829fcdd5ba22d41167265c1 (MD5) / O tomateiro (Solanum lycopersicum) é um das hortaliças mais cultivadas em todo o mundo, inclusive no Brasil, principalmente pelas suas características nutricionais e pela sua importância sócio econômica. Essa cultura pode ser alvo de uma grande diversidade de pragas, incluindo alguns grupos de vírus. Entre os principais encontram-se as espécies dos gêneros Begomovirus, Tospovirus e Crinivirus. Os crinivírus são vírus emergentes, com duas espécies conhecidas em tomateiro Tomato chlorosis virus (ToCV) e Tomato infectious chlorosis virus (TICV) e que foram identificadas em meados da década de 90, nos Estados Unidos. No Brasil, até o momento, apenas ToCV foi relatado infectando o tomateiro. Geneticamente, o ToCV é composto por duas moléculas de RNA fita simples, encapsidadas em partículas virais longas e flexuosas. A transmissão é feita por três espécies de moscas-brancas: Bemisia tabaci, Trialeurodes vaporariorum e T. abutiloneus. Em tomateiro, o principal sintoma caracteriza-se por manchas cloróticas que desenvolvem uma clorose internerval intensa, visualizada principalmente nas folhas baixeiras. O primeiro relato de ToCV no Brasil ocorreu em 2008 e, desde então, este vírus tem sido encontrado nas principais regiões produtoras de tomate do país, porém ainda é pouco estudado. Devido a essa demanda de pesquisa, o objetivo desse trabalho foi determinar a gama de hospedeiros do ToCV no Brasil. Foram avaliadas 50 espécies dentre elas, plantas cultivadas e não cultivadas, inoculadas com ToCV pelo inseto vetor (B. tabaci biótipo B). Do total de plantas avaliadas, nove espécies foram suscetíveis ao isolado testado de ToCV, indicando a potencial capacidade dessas plantas de atuarem como hospedeiras alternativas de ToCV em campo. Concluiu-se então que é necessária maior preocupação com as plantas Amaranthus hibridus, Solanum americanum, Nicandra physaloides e Physalis angulata, pois além de suscetíveis a ToCV, são plantas altamente infestantes em lavouras de tomate e potenciais hospedeiras alternativas do vírus na ausência ou na presença da cultura. Na ausência de tomateiro nas áreas de produção, o virus pode permanecer nas hospedeiras alternativas e, na presença de tomateiro, tais hospedeiras são potencias fontes de inóculo de ToCV. O sinergismo entre ToCV e o tospovírus Tomato spotted wilt virus (TSWV) foi recentemente relatado na Espanha. Nessa interação, há aparentemente um favorecimento da infecção de TSWV em plantas resistentes (com gene Sw-5), quando previamente infectadas por ToCV. Por se tratar de um relato preocupante, parte desse trabalho foi então desenvolvido para avaliar esse sinergismo entre ToCV e tospovírus em tomateiro. Foram selecionadas as cultivares resistentes a tospovírus, Predador e Viradoro, e a cultivar suscetível Dominador, utilizada como controle nos ensaios. As cultivares de tomateiro resistentes foram previamente infectadas por ToCV pelo inseto vetor e, posteriormente, inoculadas com os tospovírus Tomato chlorotic spot virus (TCSV) e Groundnut ringspot virus (GRSV). Após a inoculação, as plantas resistentes não foram infectadas pelos tospovírus, avaliadas visualmente e por teste sorológico (Dot-Elisa). Adicionalmente, foi utilizado outro modelo biológico com Nicotiana benthamina não transgênica e transgênica, transformada constitutivamente com o gene Sw-5. As plantas transgênicas resistentes previamente infectadas por ToCV e posteriomente inoculadas com os tospovírus apresentaram sintoma de lesão local, indicando resistência e ausência de infecção sistêmica. A infecção prévia de ToCV não alterou a expressão do gene Sw-5, responsável por conferir resistência a tospovírus em plantas de tomate e N. benthamiana. Estudos para identificar hospedeiras alternativas de ToCV e compreender o comportamento dos vírus em casos de infecção mista constituem ações indispensáveis para o sucesso de qualquer estratégia de controle. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The tomato (Solanum lycopersicum) is one of the most cultivated vegetables around the world, including Brazil, mainly by their nutritional characteristics and socio-economic importance. This crop is affected by a large variety of pests and pathogens, including some viruses. The major species are found within the genus Begomovirus, Tospovirus and Crinivirus. The criniviruses are emerging viruses, with two known species in tomato Tomato chlorosis virus (ToCV) and Tomato infectious chlorosis virus (TICV). They were identified in the mid 90s, in the United States. In Brazil, only ToCV was reported in tomatoes. Genetically, ToCV consists of two single-stranded RNA molecules, encapsidated in long and flexuous viral particles. They are transmitted by three whitefly species: Bemisia tabaci, Trialeurodes vaporariorum and T. abutiloneus. In tomato, the main symptoms are characterized by chlorotic spots, which evolve to strong internerval chlorosis, mainly visualized in the lower leaves. The first report of ToCV in Brazil was made in 2006 and since then the virus has been found in the main producing regions of tomato of the country. However, it has been poorly studied. Due to this demand, the aim of this study was to determine the host range of ToCV in Brazil. A total of 50 species of cultivated and non-cultivated plants was tested in inoculation with ToCV by the insect vector (B. tabaci biotype B). Nine species were shown to be susceptible to ToCV infection, indicating the potential ability of these plants to act as alternative hosts of ToCV in the field. Therefore, it was concluded that the growers are concerned with the following plants: Amaranthus hibridus, Solanum americanum, Nicandra physaloides and Physalis angulata. They were all susceptible to ToCV, and are frequently found in tomato crops. They are potential virus alternative hosts in the absence of tomato plants, and when tomatoes are present, they can act as inoculum source of ToCV to these plants. The possible synergism between ToCV and the tospovirus Tomato spotted wilt virus (TSWV) was recently reported. In this interaction, apparently a ToCV infection foster TSWV infection in TSWV-resistant plants (contatining the Sw-5 gene). The interaction between two or more viruses can result in unexpected pathological consequences and because of this possible impact in the Brazilian tomato production, we evaluated this synergism between ToCV and tospovirus in tomatoes in the Brazilian conditions. The tospovirus-resistant cultivars Predador and Viradoro were selected, and the susceptible cultivar Dominador was used as control in the assays. Resistant tomato cultivars were previously infected with ToCV by the insect-vector and then inoculated with tospoviruses Tomato chlorotic spot virus (TCSV) and Groundnut ringspot virus (GRSV). After inoculation, the resistant plants were not infected, confirmed by visual inspection and a sorologic test (Dot-Elisa). In addition, a similas test was performed using transgenic and non-transgenic Nicotiana benthamiana plants, which are constitutively transformed with the gene Sw-5. The resistant transgenic plants previously infected with ToCV and subsequently inoculated with TCSV and GRSV showed local lesion symptoms, indicating resistance and absence of systemic infection. The prior infection of the resistant plants with ToCV did not alter the expression of the Sw-5 gene. It is believed that this absence of resistance breakdown is possibly associated with the tomato variety and the viral species that were used. The identification of alternative hosts of ToCV and undertanding the interaction of the viruses in cases of mixed infection are essential information to enable the success of any virus control strategy.

Orientador: Silvia Renata Siciliano Wilcken / Resumo: A banana (Musa spp.) é uma das frutas mais consumidas no mundo, e cultivada na maioria dos países tropicais. No Brasil, a produtividade média é baixa devido a vários fatores, dentre eles a incidência de pragas e doenças. Entre os problemas fitossanitários encontrados na cultura da bananeira os nematóides se destacam, sendo as espécies de maior importância: Radopholus similis, Meloidogyne spp., Helicotylenchus multicinctus, Pratylenchus coffeae e Rotylenchulus reniformis. O presente trabalho estudou a reação de diferentes genótipos de bananeira a Meloidogyne incognita raça 2, M. javanica e Pratylenchus coffeae. Para cada espécie de Meloidogyne foram estudadas dez genótipos de bananeira. No estudo com M. incognita foram estudados os genótipos Calypso, Buccaneer, Grande Naine, PV 0344, FHIA 2, FHIA 17, Nanicão Magário, SH 3640, Pacovan e Prata Anã. Para M. javanica os genótipos estudados foram Calypso, Buccaneer, Grande Naine, PV 0344, FHIA 2, Nanicão Magário, SH 3640, Pacovan, Prata Anã e Maçã. No experimento com P. coffeae foi desenvolvido utilizando nove genótipos PV 0344, SH 3640, Maçã, Thap Maeo, Caipira, Grande Naine, FHIA 1, FHIA 18 e Prata Anã. O delineamento em todos os experimentos foi inteiramente casualisado com quatro repetições para P. coffeae e seis repetições nos estudos com M. incognita e M. javanica. Cada parcela foi constituída de uma muda de bananeira proveniente de cultura de tecido. Estas mudas foram plantadas em recipientes plásticos de 2 litros de capacidade, contendo substrato composto de solo, areia e matéria orgânica na proporção 1:1:1, previamente autoclavado. Após uma semana do transplantio efetuou-se a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: Banana plant (Musa spp.) is one of the more consumed fruit in the world and cultivated in many tropical countries. In Brazil, the productivity is low due to several factors, among them the incidence of pest and diseases. Among the problems found in the culture of the banana, the nematodes are stand out, being the species of larger importance Radopholus similis, Meloidogyne spp., Helicotylenchus multicinctus, Pratylenchus coffeae and Rotylenchulus reniformis. This research studied the reaction of different genotypes of banana to Meloidogyne incognita race 2, M. javanica and Pratylenchus coffeae. Ten banana genotypes were studied in Meloidogyne spp. experiments. The genotypes studied in M. incognita experiment were: Calypso, Buccaneer, Grande Naine, PV 0344, FHIA 2, FHIA 17, Nanicão Magário, SH 3640, Pacovan and Prata Anã. In M. javanica experiment the genotypes studied were: Calypso, Buccaneer, Grande Naine, PV 0344, FHIA 2, Nanicão Magário, SH 3640, Pacovan, Prata Anã and Maçã. P. coffeae experiment was developed with nine genotypes, PV 0344, SH 3640, Maçã, Thap Maeo, Caipira, Grande Naine, FHIA 1, FHIA 18 and Prata Anã. Experiments design were completely randomized with four replication for P. coffeae. and six replication in the studies with M. incognita and M. javanica. Each plot was constituted of a plant of banana produced in vitro, planted in pot with 2 liters of capacity, with substratum composed of soil, sand and organic matter in 1:1:1 proportion, previously autoclaved. After a week of the banana plants transplant, the inoculation was made with 5.000 eggs/plant for M. javanica or for M. incognita and 1.000 specimens/plant for P. coffeae. Tomato plants 'Rutgers' were used as control of the viability of the nematodes. The evaluation of the experiments with Meloidogyne was accomplished 120 days after the inoculation. The analyzed parameters were: gall number, of the... (Complete abstract, click electronic address below). / Mestre

Resumo: Diplodia pinea é um patógeno que causa doença em vários gêneros de coníferas e perdas em plantações comerciais de Pinus devido à seca de ponteiros. D. pinea se reproduz apenas assexuadamente, sendo comum a presença de linhagens clonais (morfotipos A e C) apresentando diferenças no potencial de agressividade com relação ao hospedeiro. Diante da importância econômica do gênero Pinus para o Brasil e no potencial do D. pinea em causar danos nesse gênero, o objetivo deste estudo foi efetuar uma caracterização morfofisiológica, patogênica e molecular de 20 isolados de D. pínea obtidos das regiões Sul e Sudeste do Brasil. O aspecto micelial dos isolados foi avaliado em placas com meio BDA e EMA,a temperatura ótima de crescimento dos isolados, em meio BDA e a esporulação em meio APA, nas temperaturas de 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36, 40 °C. Foram avaliados 100 conídios por isolado quanto às dimensões, numero de septos, espessura e aspecto da parede, sob microscópio ótico e eletrônico de varredura. Avaliou-se, também, a parede dos conídios quanto à presença de perfurações. A agressividade dos isolados foi avaliada em mudas de Pinus taeda e Pinus elliottii var. elliottii. A caracterização molecular dos isolados foi realizada através do sequenciamento da região ITS1--5,8S-ITS2 do rDNA. Os isolados apresentaram em meio BDA e EMA micélio algodoado inicialmente branco mudando-se para cinza chumbo. Os conídios avaliados apresentaram dimensões entre 30-39,9 x 12,9-16,5 ?m de largura, principalmente sem septos ou uniseptados. A microscopia eletrônica revelou conídios com parede lisa e sem a presença de pontuações, típica para o morfotipo A. O crescimento dos isolados foi verificado de 12 a 36 °C e a formação de picnídios de 12 a 32 °C, mas os conídios maturos foram observados a 20, 24 e 28 °C. O isolado B11 foi o mais agressivo nas duas espécies de Pinus testadas e a existência de interação foi verificada entre isolados e espécies de Pinus. O sequenciamento formou um clado monofiletico agrupando os isolados de Diplodia pínea. Os resultados indicam que os isolados pertencem ao morfotipo A de D. pinea.

Orientador : Prof. Dr. Louise Larissa May De Mio / Coorientador : Paulo Justiniano Ribeiro Junior / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Agronomia. Defesa: Curitiba, 19/08/2016 / Inclui referências : f. 25-30;41-43;63-66 / Área de concentração: Produção vegetal / Resumo: A fruticultura é uma atividade econômica importante do ponto de vista social nas regiões onde é desempenhada, por gerar renda a todos os estratos da sociedade, devido a participação dos produtores que a exercem, aos comerciantes de insumos, técnicos, agrônomos e principalmente trabalhadores rurais, diante da forte exigência de mão de obra ao longo de todo ciclo. Os Estados de São Paulo e Paraná se destacam dentro desta atividade como importantes produtores de frutas, e por serem Estados populosos e por isso importantes consumidores. Neste universo, o cultivo de ameixeiras ainda se mostra incipiente apesar de seu grande potencial mercadológico, devido principalmente a problemas fitossanitários, dos quais se destaca a Escaldadura Foliar da Ameixeira (EFA). Com o objetivo de compreender o avanço espaço-temporal de EFA, visando nortear futuras estratégias de controle, foram avaliados quanto a incidência três pomares de ameixeiras no Estado de São Paulo no período de três a quatro anos (2000 a 2004), e quatro pomares no Estado do Paraná por períodos de três a seis anos (2010 a 2015) quanto à incidência e severidade. Foram utilizados métodos estatísticos e descritivos de análise espacial, sendo utilizados em um primeiro momento aos dados de São Paulo: Suavização por kernel, índice de dispersão binomial, lei de Taylor modificada, função K de Ripley, método da distância mínima média e modelo autologístico. Nos dados de EFA avaliados no Paraná foram usados os seguintes métodos: Suavização por Kernel, Distância Mínima Média e Modelo autologístico. Como resultados, no Estado de São Paulo, apesar de alguma variabilidade nas respostas dos métodos que utilizavam divisões artificiais das áreas de estudo (quadrats), padrões agregados foram detectados por diferentes métodos, exceto para as avaliações com incidência inferior a 10%. O modelo autologístico selecionado mostrava aumento de probabilidade da ocorrência de vizinhas a partir de plantas infectadas na mesma linha de plantio no mesmo momento da avaliação, enquanto que os efeitos entre as linhas foram detectadas apenas para as maiores incidências. Conclusões semelhantes ao que verificou-se no Paraná, onde havia prevalência da agregação de EFA, com início aleatório da epidemia pelos métodos estatísticos testados, ainda que com padrão de início pelas bordas dos pomares pela análise descritiva e também maior probabilidade de aumento em plantas de uma mesma linha de plantio, apresentando avanço da epidemia muito em função de infecções secundárias. Concluiu-se que EFA apresenta padrão espacial agregado quanto à incidência, com avanço da epidemia semelhante nos diferentes pomares avaliados, indicando que os resultados deste estudo podem possibilitar boa eficiência no planejamento do controle químico e cultural de vetores e de manejo das plantas com sintomas. Palavras-chave: Prunus salicina, Manejo Integrado de Doenças, Xylella fastidiosa. / Abstract: The fruticulture is an important economic activity from the social point of view in the regions where it is performed, to generate income not only to producers who exercise and inputs traders, but also requiring manpower over the cycle, employing rural workers, technicians and agronomists, thus generating income for all segments of society in places that exploit. The states of São Paulo and Paraná stand out within this activity as important producers, and because they are populous states, as well as important states consumers of fruit. In this context, the plum trees growing still shows low exploration despite its large market potential, mainly due to disease problems faced long time ago, among which the Plum Leaf Scald (PLS). In order to understand the EFA spatiotemporal pattern, aiming to develop future control strategies were evaluated for the incidence three plum orchards in the state of São Paulo in the period from three to four years (2000-2004), and four orchards in Paraná State for periods from three to six years (2010-2015) by the incidence and severity. To these data were used descriptive and statistical methods of spatial analysis, being used at first the data of São Paulo: smoothing by kernel, binomial dispersion index, Taylor modified power law, K Ripley's function, average distance method and autologistic model, selecting those easier to understand and also using the EFA data assessed in Paraná, the following methods: Smoothing by Kernel, Average disntace method and autologistic model. As results, the state of São Paulo, aggregated patterns were detected by different methods except for evaluations with lower incidence to 10%. The autologistic model selected has consistently shown an increased risk of incidence with the occurrence of infected neighbourhood on the same row at the same time of the evaluation, while the effects of the rows were detected only to the highest incidences. Conclusions similar to that were found in Parana, where was observed prevalence of EFA aggregation with random beginning of the epidemic by statistical methods tested, though with start pattern by the edges of orchards by descriptive analysis and also more likely to increase in plant of the same rows, with spread of the epidemic much due to secondary infections. It was concluded that the EFA has spatial pattern, which probably allows good efficiency of chemical and cultural methods of control vectors and management of symptomatic plants based on the site that it occurs. Key-words:. Prunus salicina, Diseases Integreated Management, Xylella fastidiosa.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T18:09:08Z : No. of bitstreams: 1 kodaira_jy_me_botib.pdf: 813284 bytes, checksum: 8a31684d77b5886e0104b40a4777583b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na epidemiologia matemática, uma importante medida derivada do modelo determinístico associado à dinâmica de transmissão de uma doença infecciosa é o número esperado de infecções secundárias produzidas por um caso indexado em uma população completamente suscetível, conhecido como número de reprodução básica R0. Utilizando simulações de Monte Carlo, estudamos o efeito da incerteza sobre R0 em modelos compartimentos de transmissão de doenças, associando variáveis aleatórias uniformemente distribuídas a cada parâmetro constituinte de R0. Esta pertubação sobre os parâmetros corresponde à imprecisão intrínseca de seus valores na natureza. Neste trabalho também consideramos diferentes intervalos para as taxas de transmissão de doença com o intuito de avaliar seus efeitos dinâmicos. Aplicamos este método à modelagem da ferrugem do eucalipto, que é uma doença muito comum e severa em plantações de Eucalyptus spp. e outras mirtáceas, transmitida pelo fungo Puccinia psidii Winter. Hoje o eucalipto possui importância significativa tanto no mercado nacional quanto internacional e, portanto, iniciativas que auxiliem seu manejo integrado de doenças são imprescindíveis. Nossos resultados mostram que o método utilizado é eficiente, pois representa a influência das taxas de transmissão de doença no padrão da distribuição de probabilidade aproximada de R0, permitindo a obtenção das funções empíricas percentílicas complementares para os modelos considerados / In mathematical epidemiology, an important measure derived from the deterministic model associated with the transmission dynamics of an infectious disease is the expected number of secondary infections produced by an indexed case in a completely susceptible population, known as the basic reproduction number R0. Using Monte Carlo simulations, we studied the effect of the uncertainty on R0 in compartmental disease transmission models, associating random variables uniformly distributed to each constituent parameter of R0. This perturbation on the parameters correspond to the intrinsic imprecision of their values in nature. In this work we also consider different ranges for the disease transmission rates in order to evaluate their dynamical effects. We apply this method to the eucalyptus rust, which is a very common and severe disease in plantations of Eucalyptus spp. and others Myrtaceae, transmitted by the fungus Puccinia psidii Winter. Today, eucalyptus has significant importance in both national and international market. Therefore, initiatives to help its integrated disease management are essential. Our results show that the method is efficient, since it represents the influence of the disease transmission rates in the approximated probability distribution pattern of R0, allowing us to obtain the empirical percentile complementary functions for the considered models

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2014. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2014-05-27T13:14:11Z No. of bitstreams: 1 2014_RayaneNunesLima_Parcial.pdf: 885295 bytes, checksum: 3a9506e71c4557a00fffa96f5fd2010f (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2014-06-05T13:45:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_RayaneNunesLima_Parcial.pdf: 885295 bytes, checksum: 3a9506e71c4557a00fffa96f5fd2010f (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-05T13:45:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_RayaneNunesLima_Parcial.pdf: 885295 bytes, checksum: 3a9506e71c4557a00fffa96f5fd2010f (MD5) / Groundnut ringspot virus (GRSV) pertence ao gênero Tospovirus, o único da família de arbovírus Bunyaviridae capaz de infectar vegetais, sendo transmitido por tripes (Thysanoptera: Thripidae) de maneira circulativa propagativa. O genoma dos tospovírus é constituído por três segmentos de RNA fita simples denominados RNA S (Small), RNA M (Medium) e RNA L (Large). O RNA L codifica uma RNA polimerase dependente de RNA (RdRp); o RNA S codifica a proteína do nucleocapsídeo (N) e a proteína supressora do silenciamento gênico (NSs); e o RNA M codifica a proteína precursora das glicoproteínas Gn e Gc e a NSm, proteína de movimento viral célula-a-célula. As interações proteicas entre N e NSm são importantes para a disseminação da infecção viral na planta. Para a movimentação viral em plantas infectadas é necessária a oligomerização da proteína NSm, que forma túbulos que penetram os plasmodesmas celulares e promovem a passagem dos ribonucleocapsídeos virais de uma célula a outra. Os ribonucleocapsídeos são formados pela RNA polimerase viral (RdRp) e pelos segmentos de RNA (S, M e L) envolvidos pela nucleoproteína (N), que se oligomeriza para encapsidar todo o RNA viral. O presente trabalho investigou, pela primeira vez, as interações entre a proteína N e NSm de GRSV através da técnica de Fluorescência Bimolecular Complementar, bem como evidenciou a localização subcelular citoplasmática de cada interação. Um modelo tridimensional para a proteína N de GRSV foi construído in silico, por modelagem estrutural por homologia molecular, a partir das estruturas secundária e terciária da proteína N de LACV (La Crosse virus; Orthobunyavirus), e os domínios funcionais para a interação N x N e interação N x RNA foram definidos. A proteína N de GRSV apresenta um braço N-terminal (aa 1-32), um braço C-terminal (aa 224-258) e uma região globular com uma cavidade contendo resíduos de aminoácidos hidrofóbicos e positivos para a interação com o RNA. O alinhamento de sequências de aminoácidos da proteína N de todos os Tospovírus já caracterizados mostrou que os resíduos de aminoácidos preditos como chave para a conformação e interação da proteína N são conservados entre as espécies. Juntas, essas evidências abrem caminho para novos estudos acerca das interações proteicas a fim de elucidar o movimento célula-a-célula do GRSV e de outros Tospovírus. / Groundnut ringspot virus (GRSV) belongs to the genus Tospovirus, the only plant-infecting genus of the family Bunyaviridae, being transmitted by thrips (Thysanoptera: Thripidae) in a circulative propagative manner. The genome of tospoviruses consists of three single stranded RNA segments, termed S RNA (small) M RNA (Medium) and L RNA (Large). The L RNA encodes an RNA dependent RNA polymerase (RdRp). The S RNA encodes the nucleocapsid protein (N) and a gene silencing suppressor protein (NSs). The M RNA encodes the precursor protein of the Gn and Gc glycoproteins and the NSm protein, a viral cell-to-cell movement protein. Protein interactions between N and NSm are important to the viral infection spread in the plant. The NSm oligomerizes to form tubules that penetrate through plasmodesmata allowing the passage of viral ribonucleocapsids promoting cell-to-cell viral movement. The ribonucleocapsids are formed by the viral RNA polymerase (RdRp) and the RNA segments (S, M and L) surrounded by the nucleoprotein (N), which oligomerizes to encapsidate the viral RNA. This study investigated for the first time, homotypic and heterotypic interactions between N and NSm of the GRSV by Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) in planta and showed the cytoplasmic subcellular localization of each interaction. A three-dimensional model for N GRSV protein was constructed in silico, by molecular homology modeling, from secondary and tertiary protein structures of N LACV (La Crosse virus; Orthobunyavirus) and the functional domains for N x N interaction and N x RNA interaction were defined. N GRSV protein presents an N-terminal arm (aa 1-32), a C- terminal arm (aa 224-258) and a globular region with a groove containing hydrophobic and positive amino acid residues for interaction with RNA. The alignment of amino acid sequences of the N protein of all characterized tospoviruses has shown that the amino acid residues important to protein fold and interaction of the N protein are conserved among all species. Together, this evidence allows further studies about the protein interactions involved to the cell-to-cell movement for GRSV and for other tospoviruses.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Molecular, Programa de Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular, 2012. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-10-14T12:22:10Z No. of bitstreams: 1 2012_JackelineLeitePereira.pdf: 3652289 bytes, checksum: 11e3d00bc97f96db1c6ae48254de4373 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-10-15T14:19:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_JackelineLeitePereira.pdf: 3652289 bytes, checksum: 11e3d00bc97f96db1c6ae48254de4373 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-15T14:19:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_JackelineLeitePereira.pdf: 3652289 bytes, checksum: 11e3d00bc97f96db1c6ae48254de4373 (MD5) / Este estudo teve como objetivo analisar a interação entre o fungo Trichoderma harzianum ALL-42 isolado de solo do Cerrado e Phaseolus vulgaris, na presença ou ausência dos fungos fitopatogênicos Rhizoctonia solani e Fusarium solani. Foram avaliadas as capacidades de T. harzianum de promover o crescimento, bem como de modular a resposta de defesa e alterar o padrão de expressão de proteínas na planta hospedeira, P. vulgaris. Os feijoeiros cultivados na presença deste isolado mostraram um aumento significativo de 14,29% no tamanho, 17,72% na área foliar e 36,31% no volume radicular, quando comparados às plantas controle. Análises da produção de enzimas relacionadas à resposta de defesa vegetal em folhas em raízes das plantas mostraram que os valores mais significativos de atividade de quitinases em folhas e raizes de feijoeiro, foram detectadas para as plantas cuja interação envolvia o fungo micoparasita T. harzianum e um dos fungos fitopatogênicos, R. solani ou F. solani. Para β 1,3 glucanases, os valores de atividade mais significativos foram detectados em folhas, após 7 dias de cultivo na presença do fungo fitopatogênico R. solani e em raízes, após 14 dias, nesta mesma condição. Valores aumentados da atividade de peroxidases foram detectados nas folhas de plantas cultivadas por 14 dias na presença do isolado de Trichoderma e do fungo fitopatogênico R. solani. Em raízes o aumento nesta atividade foi detectado nas plantas cultivadas apenas na presença do isolado de Trichoderma. A presença do isolado de Trichoderma e dos fungos fitopatogênicos alterou o padrão de expressão dos genes CHT1, GLU, POD6 e LOX1 codificadores de proteínas de defesa, principalmente após 14 e 21 dias de crescimento. Além disto, a presença destes fungos alterou o padrão de expressão de proteínas em folhas e raízes de feijoeiro. Dos ―spots‖ diferencialmente expressos, 80 foram selecionados para identificação por espectrometria de massas utilizando ―Peptide Mass Fingerprint‖, sendo que 29 dos identificados foram retirados de mapas proteômicos de raízes, e 19 de mapas proteômicos de folhas. As proteínas identificadas em suas maioria tem papel na resposta de defesa de plantas, a exemplo da glutationa S – transferase, Cinamoil CoA redutase, serina-treonina quinase, chalcona isomerase, peroxirredoxina, proteínas da família PR-1, e no metabolismo de carboidratos, como, subunidades da Rubisco, anidrase carbônica e gliceraldeído 3- fosfato desidrogenase. Estes resultados sugerem que o isolado de T. harzianum ALL-42 é capaz de promover mudanças no metabolismo da planta, e desencadear ou potencializar a resposta de defesa em feijoeiro comum, quando R. solani e F. solani estão presentes. __________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The aim of this study was to analyze the interaction between the fungus Trichoderma harzianum ALL-42, which was isolated from the soil of the ―Cerrado‖ biome, and Phaseolus vulgaris in the presence or absence of the phytopathogenic fungi Rhizoctonia solani and Fusarium solani. The growth-promoting capacities of T. harzianum were evaluated, as well as its ability to modulate the defense response and alter the protein expression pattern in the host plant P. vulgaris. Bean plants cultivated in the presence of this isolate showed a significant increase of 14.29% in size, 17.72% in leaf area, and 36.31% in root volume when compared with control plants. Analysis of enzyme production related to the plant defense response in the leaves and roots of the plants showed that the most significant values for kinase activity in the leaves and roots of bean plants were detected for those in which there was an interaction between the microparasitic fungus T. harzianum and one of the phytopathogenic fungi R. solani or F. solani. The most significant values for β-1,3-glucanase activity were detected in the leaves after 7 days of cultivation in the presence of the phytopathogenic fungus R. solani and in the roots after 14 days under the same conditions. Increased values were detected for peroxidase activity in the leaves of plants cultivated for 14 days in the presence of the isolate of Trichoderma and the phytopathogenic fungus R. solani. In the roots, an increase in this activity was detected in plants cultivated only in the presence of the isolate of Trichoderma. The presence of the isolate of Trichoderma and the phytopathogenic fungi altered the expression pattern of the genes CHT1, GLU, POD6, and LOX1 that code for defense proteins, particularly after 14 and 21 days of growth. Furthermore, the presence of these fungi altered the protein expression pattern in the roots and leaves of bean plants. Of the differentially expressed spots, 80 were selected for identification by mass spectrometry using peptide mass fingerprinting. Of those identified, 29 were taken from proteomic maps of the roots and 19 from proteomic maps of the leaves. The majority of the identified proteins play a role in the defense response of the plants, e.g., glutathione S-transferase, cinnamoyl-CoA-reductase, serine-threonine kinase, chalcone isomerase, peroxiredoxin, and proteins of the PR-1 family, and in the metabolism of carbohydrates, such as subunits of Rubisco, carbonic anhydrase, and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. These results suggest that the ALL-42 isolate of T. harzianum is capable of promoting changes in the metabolism of the plant and triggering or potentiating the defense response in the common bean plant when R. solani and F. solani are present.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-01-29T12:24:37Z No. of bitstreams: 1 2014_EsdrasHenriqueSilva_Parcial.pdf: 1455835 bytes, checksum: f13ea5b9310477f8d5f474487a41a55c (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2015-01-29T12:53:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_EsdrasHenriqueSilva_Parcial.pdf: 1455835 bytes, checksum: f13ea5b9310477f8d5f474487a41a55c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-29T12:53:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_EsdrasHenriqueSilva_Parcial.pdf: 1455835 bytes, checksum: f13ea5b9310477f8d5f474487a41a55c (MD5) / CAPÍTULO 2 - O nematoide das galhas Meloidogyne incognita (Kofoid & White) Chitwood, 1949 é um dos mais importantes patógenos na cultura do algodão (Gossypium spp.), além de ser amplamente distribuído. Os objetivos deste estudo foram avaliar a variabilidade genética entre populações brasileiras de M. incognita e agressividade/virulência dessas populações em diferentes cultivares de algodoeiro. Cinco isolados de M. incognita e um isolado de M. enterolobii (outgroup) foram utilizados nas análises moleculares. Os resultados mostraram que apenas 2,7% dos fragmentos de DNA foram polimórficos. Apesar da existência de duas raças (raças 3 e 4) e dois fenótipos de esterase (I1 e I2), foi observada uma baixa variabilidade genética entre os isolados, o que pode ser devido ao modo de reprodução partenogenético mitótico do patógeno. A agressividade/virulência entre os isolados em relação a diferentes genótipos de algodoeiros também foi estudada. Nenhuma das populações foi virulenta aos genótipos de algodoeiros resistentes M-315 RNR, TX-25, CIR1343, Wild mexicano Jack Jones e CIR1348, que apresentaram FR <1.0. Duas populações de M. incognita dos estados de Mato Grosso do Sul e Paraná (Umuarama) (raças 4 e 3, respectivamente) foram altamente agressivas em relação ao controle suscetível FM966 e virulentas para os acessos LA-887 e Clevewilt-6 que mostraram resistência moderada a outras populações testadas. / The root-knot nematode Meloidogyne incognita (Kofoid & White) Chitwood, 1949 is widely distributed and a major pathogen of cotton (Gossypium spp.) worldwide. The objectives of this study were to assess the genetic variability and aggressiveness/virulence among Brazilian populations of M. incognita in cotton. Five isolates of M. incognita and one isolate of M. enterolobii (outgroup) were used in the molecular analyses. Our results showed that only 2.7% of the fragments of DNAwere polymorphic. Despite the existence of two races (races 3 and 4) and two esterase phenotypes (I1 and I2), a low genetic variability among isolates was observed, which might be due to the mitotic parthenogenetic mode of reproduction of this pathogen. The aggressiveness/virulence among isolates towards different cotton genotypes was also studied. None of the populations was virulent to the resistant cotton genotypes M-315 RNR, TX-25, CIR1343, Wild Mexican Jack Jones and CIR1348, that presented RF<1.0. Two populations of M. incognita from the states of Mato Grosso do Sul and Paraná (Umuarama) (races 4 and 3, respectively) were highly aggressive to the susceptible control FM966 and virulent to the accessions LA-887 and Clevewilt-6 that showed moderate resistance to the other populations tested.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-10-22T13:48:39Z No. of bitstreams: 1 2012_LilianBotelhoPraça.pdf: 2439199 bytes, checksum: e72b1662fae9c4bccfa49841b222fa61 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-11-06T10:54:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_LilianBotelhoPraça.pdf: 2439199 bytes, checksum: e72b1662fae9c4bccfa49841b222fa61 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-06T10:54:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_LilianBotelhoPraça.pdf: 2439199 bytes, checksum: e72b1662fae9c4bccfa49841b222fa61 (MD5) / Plutella xylostella (L.) (Lepidoptera: Plutellidae) é uma praga de grande importância econômica, devido aos danos provocados em cultivos de brássicas em todo o mundo. O controle desta praga é dificultado pela seleção de populações de insetos resistentes a vários inseticidas e pelo seu hábito críptico entre as folhas na cabeça do repolho. A colonização das plantas de forma endofítica por microrganismos apresenta-se como uma forma inovadora de controle sistêmico de pragas como P. xylostella. Este tipo de controle depende da seleção de estirpes de Bacillus thuringiensis (Bt) com elevada eficiência contra o inseto-alvo associado à capacidade de penetração e colonização deste na planta. Neste trabalho foram selecionadas as estirpes S1905, S2122 e S2124 altamente tóxicas a P. xylostella. As estirpes S1905 e S2124 apresentaram perfil protéico de 130 e 65 kDa e a estirpe S2122 apenas a proteína de 130 kDa, fragmentos de DNA de tamanho esperado para a detecção de genes cry1 e cry2 e cristais bipiramidais, cubóides e redondos. A habilidade destas estirpes de Bt em colonizar endofiticamente diferentes híbridos de repolho foi observada através da detecção de células vegetativas, esporos e cristais nas diferentes partes das plantas de repolho. A predominância de colonização de Bt foi verificada nas raízes. As estirpes foram avaliadas quanto à promoção de crescimento em plantas de repolho. No tratamento das sementes por 15 minutos, o sedimento da estirpe S1905 com 48 horas de crescimento apresentou um incremento de 200% no tamanho inicial das plântulas, quando comparada com a testemunha. Este trabalho demonstrou pela primeira vez a habilidade de estirpes brasileiras de Bt em colonizar e promover o crescimento de plantas de repolho, além de protegê-las contra P. xylostella . _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Plutella xylostella (L.) (Lepidoptera: Plutellidae) is a pest of great economic importance due to damage to brassica crops worldwide. The control of this pest is hindered by the selection of resistant populations to various insecticides and by its cryptic habit between the leaves of the cabbage head. The colonization of plants by endophytic microorganisms is an innovative way to control pests such as P. xylostella. The use of Bacillus thuringiensis (Bt) for endophytical control of the pest depends on the selection of strains with high efficiency against target insects associated with the ability to colonize and penetrate cabbage plants. This work aimed to select and characterize three Brazilian strains of B. thuringiensis toxic to P. xylostella. The S1905, S2122 and S2124 strains were highly toxic to P. xylostella. S1905 and S2124 showed two major proteins of 130 and 65 kDa, and S2122 showed only the protein of 130 kDa. The strains presented DNA fragments of the expected size for the detection of various specific cry1 and cry2 genes and bipyramidal, cuboidal and round crystals. The endophytic ability of . The colonization of plants by endophytic microngiensis to colonize plants was verified by the presence of vegetative cells, spores and crystals of the three B. thuringiensis strains in different parts of cabbage plants. The colonization of Bt occurs predominantly on roots. The strains were also evaluated in terms of promotion growth in cabbage plants. In seeds treatment for 15 minutes, the sediment of S1905 grown for 48 hours showed a growth promoting 200 times greater than the control. This study demonstrated for the first time the ability of Brazilian strains to colonize and promote the growth of cabbage plants and protect them against P. xylostella.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2008. / Submitted by Fernanda Weschenfelder (nandaweschenfelder@gmail.com) on 2009-09-30T20:03:49Z No. of bitstreams: 1 2008_VivianeMontagnerMelatti.pdf: 1372596 bytes, checksum: 4327d9c56392bd6c864bd8edbae9196b (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2010-02-11T00:03:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_VivianeMontagnerMelatti.pdf: 1372596 bytes, checksum: 4327d9c56392bd6c864bd8edbae9196b (MD5) / Made available in DSpace on 2010-02-11T00:03:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_VivianeMontagnerMelatti.pdf: 1372596 bytes, checksum: 4327d9c56392bd6c864bd8edbae9196b (MD5) Previous issue date: 2008-02 / O crescimento da produção de algodão expõe esta cultura ao ataque severo de diversas pragas, entre elas o pulgão do algodoeiro (Aphis gossypii). Este inseto tem causado até 44% de perdas à cultura do algodão, atacando principalmente os estágios iniciais da cultura. Devido à sucção contínua da seiva ocorre a deformação dos brotos, prejuízo ao desenvolvimento da planta e ainda, excreção de uma secreção açucarada (“honeydew”) com associação simbiótica com formigas e favorece o surgimento da fumagina. O A. gossypii pode causar danos indiretos através da transmissão de doenças viróticas como o vermelhão e o mosaico das nervuras (“azulão”). O controle desta praga pelo uso intensivo de inseticidas químicos pode causar o desequilíbrio do meio ambiente, atuando sobre os inimigos naturais e selecionando populações resistentes. Com isso, o controle biológico surge como uma alternativa para o controle dessa praga. Bacillus thuringiensis é uma bactéria gram positiva, que produz inclusões protéicas, conhecidas como &-endotoxinas, que apresentam atividade tóxica a algumas ordens de insetos. Esta bactéria apresenta potencial para ser utilizada para o controle de insetos sugadores através da sua utilização sistêmica ou com o uso de plantas geneticamente modificadas com genes cry ativos ao inseto-alvo. Estirpes do Banco de Germoplasma de Bacillus sp. da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia foram testadas contra A. gossypii através de bioensaio seletivo, das quais foram selecionadas as estirpes S29, S40, S616, S1168 e S1576 que apresentaram mortalidade superior a 50%. As cinco estirpes selecionadas foram caracterizadas quanto ao perfil protéico, que variou de 50 a 130kDa, e ao perfil molecular, sendo algumas delas positivas para a presença dos genes cry1Aa, cry1D, cry2 e cry8. Na caracterização através da microscopia eletrônica de varredura, cristais esféricos e bipiramidais foram observados em grande parte nas estirpes testadas. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The production of the cotton crop is growing and exposes this culture to severe attack of various pests, including the cotton aphid (Aphis gossypii). This insect has caused 44% loss to the culture of cotton, attacking the initial stages of the crop. The continuous sucking sap deforms the shoots, hampers the development of the plant and also expels a sugar secretion ("honeydew") that has symbiotic association with ants and favors the emergence of fumagina. A. gossypii can cause indirect damage through the transmission of virotic diseases such as “vermelhão” and mosaic of ribs ("azulão"). The control of this pest by the intensive use of chemical insecticides can cause the imbalance of the environment, acting on the natural enemies and selecting resistant populations. Thus, the biological control emerges as an alternative for the control of this pest. Bacillus thuringiensis is a Gram positive bacterium, which produces protein inclusions, known as &-endotoxins, which have toxic activity to some orders of insects. This bacterium has the potential to be used for the control of sucker insects by the systemic use or using genetically modified plants with cry genes active to the target insect. Strains of the Bank of Germplasm of Bacillus spp. of Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia were tested against A. gossypii by selective bioassay which were selected the strains S29, S40, S616, S1168 and S1576 that showed more than 50% of mortality. The five selected strains were characterized by protein profile, which ranged from 50 to 130 kDa, and by molecular profile, where some of them were positive for the presence of genes cry1Aa, cry1D, cry2 and cry8. The characterization by electronic microscopy round and bipiramidal crystals were seen in the most strains tested.