Orientador: Rubén Pablo Schocken Iturrino / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Caroline Peters Pigatto de Nardi / Banca: Alessandra Aparecida Medeiros / Resumo: A produção de aves no Brasil tem aumentado consideravelmente, impulsionada principalmente pelo consumo da carne de frango, o que gera uma preocupação com a transmissão de patógenos ao ser humano. Porém, a higienização e cuidados adequados durante toda cadeia produtiva pode-se evitar contaminações dos alimentos. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a presença de bactérias patogênicas em granjas, esteiras condutoras de cortes de frango em frigoríficos antes e após a higiene pré-operacional e operacional, e em cortes de frangos congelados adquiridos em supermercados, além de comparar geneticamente os isolados obtidos nos diferentes pontos da cadeia produtiva por sequências repetitivas utilizando a técnica Rep-PCR. Os mesmos isolados também foram submetidos ao teste de sensibilidade a antimicrobianos. Para tanto, foram realizadas contagem de Enterobactérias e de Clostridium spp., identificação por PCR de Salmonella spp., Clostridium perfringens e Escherichia coli diarreiogênicas (E. coli enteropatogênica - EPEC, E. coli shigatoxigênica - STEC, E. coli enteroagregativa - EAEC, E. coli enterotoxigênica - ETEC), e isolamento bacteriano. Para quantificação de Enterobactérias e de Clostridium spp., foram colhidos 311 suabes de esteiras de frigoríficos, dos quais procedeu-se, também, o cultivo bacteriano para posterior identificação das amostras por PCR espécie-específico. Em granjas comerciais, foram colhidas 164 amostras de suabes com conteúdo cloacal de frangos saudáveis e 20 amostras de cortes de frangos congelados em supermercados. Nas granjas, foram identificadas 107 amostras contendo EPEC, já nas esteiras condutoras de cortes nos frigoríficos, foram verificadas 23 amostras positivas para E. coli EPEC e uma para C. perfringens. Em cortes de frangos congelados de supermercados, foram encontradas quatro amostras contendo EPEC, duas contendo STEC e quatro... / Abstract: Brazilian poultry production has been increasing significantly, mainly by the consumption of chicken meat, which leads to concern about the transmission of pathogens to human. However, proper hygiene and management in the production chain of poultry meat may avoid food bacteria contamination. Thus, this study aimed to evaluate the presence of pathogenic bacteria in poultry farms, sanitary conveyors of Brazilian slaughterhouses, before and after the pre-operational and operational hygiene, and in frozen cuts of chicken commercialized in supermarkets, beyond of comparing isolates obtained in different points of the production chain by repetitive sequences using Rep-PCR. The same isolates were also submitted to antimicrobial sensitivity test. For this, it was performed Enterobacteriaceae and Clostridium spp. counts, identification of Salmonella spp., Clostridium perfringens and diarrheagenic Escherichia coli (Enteropathogenic E. coli - EPEC, Shigatoxigenic E. coli - STEC, Enteroaggregative E. coli - EAEC, Enterotoxigenic E. coli - ETEC) through PCR and bacterial isolation. For quantification of Enterobacteriaceae and Clostridium spp. and PCR identification of pathogens, 311 samples were collected from sanitary conveyors using sterile swabs. From poultry farms, 164 samples of cloacal content swabs were collected from healthy chickens, and 20 samples of frozen chicken cuts were taken from supermarkets. In commercial poultry farms, 107 positives samples for EPEC were identified. Similarly, it was found 23 positive samples for EPEC and one for C. perfringens in sanitary conveyor at chicken slaughterhouses. In cuts of chicken from supermarkets, it was found four positive samples for EPEC, two for STEC and four for C. perfringens. No samples were diagnosed with the presence of Salmonella spp.. The genetic profile analysis of 27 EPEC strains showed that there was a genetic relationship among ... / Doutor

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Coorientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza Cunha / Banca: Antonio Carlos Campos Pignatari / Banca: Marcelo Ribeiro Ribas / Resumo: Estudos recentes apontam para elevação da incidência e gravidade das infecções por Saphylococcus aureus. Esse fato é agravado pela ampla disseminação de isolados resistentes à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) nos hospitais, e sua recente emergência na comunidade. A colonização nasal de indivíduos assintomáticos é a maior responsável pela persistência e disseminação de S. aureus nas populações humanas. Assim sendo, inquéritos de carreamento nasal são importantes para estimar a "carga"(burden) de S. aureus como um todo e de MRSA na comunidade. Este projeto tem por objetivo identificar a prevalência e fatores de risco para carreamento de S. aureus e MRSA em população de área urbana de Botucatu, São Paulo. Adicionalmente, o estudo se propôs a realizar caracterização molecular da clonalidade e resistência de isolados colonizantes nasais. Para tanto, foram selecionada uma amostra de 686 pessoas com mais de um ano de idade, estratificada por local de residência, gênero e idade. Foram colhidas secreções nasais por meio de swabs, que posteriormente foram semeados em meio de cultura. Ao mesmo tempo, foram identificados dados demográficos e clínicos dos sujeitos da pesquisa. Isolados de S. aureus foram submetidos a testes de suscetibilidade à meticilina/oxacilina (fenotípicos e genotípicos) e, se resistentes, à caracterização do cassete cromossômico SCCmec. Foi também realizada caracterização clonal dos isolados de MRSA por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) e Multilocus Sequence Typing (MLST). Quando foram identificados carreadores de MRSA, foi obtidas amostras de seus contactantes domicilares para caracterização de clusters. Análises estatísticas foram realizadas para identificar fatores de risco para carreamento de S. aureus como um todo e MRSA em particular... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Recent studies point out to increasing incidence and severity of infections caused by Staphylococcus aureus. This phenomenon is aggravated by the widespread dissemination of methicillin-resistant isolates (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) in hospitals, and their recent emergence in the community. The nasal colonization of asymptomatic individuals is a determinant of the persistence and spread of S. aureus in human populations. Therefore, investigations of nasal carriage are important for estimating the burden of S. aureus as a whole and of MRSA in the community. This study aimed to identify the prevalence and risk factors for nasopharyngeal carriage of S. aureus and MRSA in the urban population in the city of Botucatu, São Paulo. Additionally, the study included molecular characterization of resistance and strain typing of isolates. We selected a sample of 686 people over one year of age, stratified by place of residence, gender and age. Nasal secretions were screened with swabs, which were plated in culture medium. We also aimed to identify demographic and clinical data of the study subjects. Isolates of S. aureus were tested for susceptibility to methicillin / oxacillin (phenotypic and genotypic test) and, if resistant, to the characterization of chromosome cassette SCCmec. Clonal characterization of MRSA isolates by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and Multilocus Sequence Typing (MLST) was also performed. When MRSA carriers were identified, samples were obtained from their household contacts in order to characterize clusters. Statistical analyzes were performed to identify risk factors for carrying of S. aureus as a whole and MRSA. Prevalence of S. aureus and MRSA carriage were 32.7% (95% CI = 29.2% - 36.2%) and 0.9% (0.4% -1.8%), respectively. Independent risk factors for colonization by... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-09Bitstream added on 2014-08-13T18:01:37Z : No. of bitstreams: 1 000741182_20140930.pdf: 395072 bytes, checksum: 127ce5ee4bdf12a8f76953cc23531f21 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:24:44Z: 000741182_20140930.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:27:41Z : No. of bitstreams: 2 000741182_20140930.pdf.txt: 31713 bytes, checksum: a6a381f0975530bddc3e0a62f9b75201 (MD5) 000741182.pdf: 2756696 bytes, checksum: cd9eae9b4fd91fd67273e14a72e3bad3 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:33:18Z: 000741182.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:43:32Z : No. of bitstreams: 2 000741182_20140930.pdf.txt: 31713 bytes, checksum: a6a381f0975530bddc3e0a62f9b75201 (MD5) 000741182.pdf: 2756696 bytes, checksum: cd9eae9b4fd91fd67273e14a72e3bad3 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:48:58Z: 000741182.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:49:49Z : No. of bitstreams: 1 000741182.pdf: 2756696 bytes, checksum: cd9eae9b4fd91fd67273e14a72e3bad3 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-27T11:47:13Z: 000741182.pdf,Bitstream added on 2014-10-27T11:48:06Z : No. of bitstreams: 1 000741182.pdf: 2756696 bytes, checksum: cd9eae9b4fd91fd67273e14a72e3bad3 (MD5) / Os Enterococcus spp habitam normalmente o trato gastrointestinal de seres humanos e de animais. Desde 1980, foram identificados como importantes agente de infecções hospitalares. As espécies E. faecalis e E. faecium são agentes de diversas infecções, como bacteriemia, sepse, endocardite, infecção do trato urinário, infecções de feridas e meningite. A resistência adquirida, mais predominantemente a penicilina/ampicilina, aminoglicosídeos (alto nível de resistência) e glicopeptídeos são relatados em um número crescente de isolados e o espectro terapêutico nestes casos é limitado. A principal preocupação é que os genes que codificam a resistência para todos esses antibióticos poderiam ser transferidos para outros enterococos ou mesmo para muitos outros patógenos virulentos. A resistência adquirida aos glicopeptídeos é mediada por vários mecanismos (tipos VanA/B/D/E/G/L), sendo que os genótipos VanA e VanB são transferíveis. Fatores relacionados com o hospedeiro, com o hospital, procedimentos invasivos, meio ambiente, e o uso de antibióticos podem aumentar o risco de colonização ou infecção com VRE. Este estudo visa investigar a ocorrência destes microrganismos, em pacientes de hospitais de Manaus - Amazonas, identificando a distribuição das espécies e o perfil de resistência aos antimicrobianos e dos genes de resistência a vancomicina envolvidos. Foram analisados 38 isolados de Enterococcus spp. provenientes de pacientes internados ou de atendimento ambulatorial no período de outubro de 2011 a setembro de 2012. Foram confirmados 29 isolados de E. faecalis e 8 de E. faecium por testes bioquímicos convencionais, pela metodologia automatizada e por Reação da Polimerase em Cadeia (PCR). Um isolado de Enterococcus spp. foi identificado pelo equipamento automatizado como E. casseliflavus, identificação não confirmada pela PCR. A avaliação dos perfis de suscetibilidade aos ... / The Enterococcus spp. normally inhabit the gastrointestinal tract of humans and animals. Since 1980, have been identified as a major cause of nosocomial infections. The species E. faecalis and E. faecium are agents of various infections, such as bacteremia, sepsis, endocarditis, urinary tract infections, wound infections and meningitis. Acquired resistance, most predominantly penicillin / ampicillin, aminoglycosides (high-level resistance) and glycopeptides are reported in an increasing number of isolates and therapeutic spectrum in these cases is limited. The main concern is that the genes which encode resistance to these antibiotics could all be transferred to other Enterococci or for many other virulent pathogens. Acquired resistance to glycopeptides is mediated by several mechanisms (types VanA/B/D/E/G/L), with VanA and VanB genotypes are transferable. Factors related to the host, with the hospital, invasive procedures, environment, and the use of antibiotics may increase the risk of colonization or infection with VRE. This study aims to investigate the occurrence of these microorganisms in hospital patients of Manaus - Amazonas, identifying species distribution and antimicrobial resistance profile and vancomycin resistance genes involved. We analyzed 38 Enterococcus spp. from inpatient or outpatient care from October 2011 to September 2012. 29 isolates E. faecalis and 8 E. faecium were confirmed by conventional biochemical tests, the automated methodology and Polymerase Chain Reaction (PCR). An isolate of Enterococcus spp. was identified by automated equipment as E. casseliflavus, identification was not confirmed by PCR. The evaluation of the antimicrobial susceptibility profiles commonly used in clinical practice were performed by disk diffusion methods and automated. There were differences in the results of sensitivity to penicillin and ampicillin between the two methods. There were no isolated ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-01Bitstream added on 2014-06-13T21:03:39Z : No. of bitstreams: 1 000742593.pdf: 859815 bytes, checksum: 5425a81ef339c86fb09a4e61bcbfe71f (MD5) / Peritonites e infecções do orifício de saída do cateter de diálise representam as principais complicações infecciosas relacionadas à diálise peritoneal, frequentemente respondem pela falência deste método dialítico, portanto com importante impacto na morbidade e mortalidade dos pacientes. Existem associações entre o portador de S. aureus e aumento no risco de infecções nos pacientes tratados por diálise peritoneal. Entretanto, desconhecemos estudos que avaliaram a virulência de Staphylococcus spp. carreados. Fatores de virulência são descritos como responsáveis pelos sintomas e gravidade de diversas infecções causadas por S. aureus. Esses fatores incluem as hemolisinas α, β, γ e δ, lipases, lecitinases, proteases, toxina 1 da Síndrome do Choque tóxico (TSST-1) e as enterotoxinas estafilocócicas (EEs), desoxirribonuclease (DNAse) e de desoxirribonuclease termoestável (TNAse). Este estudo teve como objetivo avaliar se fatores de virulência produzidos por Staphylococcus spp. e as características clinicas e epidemiológicas dos pacientes podem influenciar na ocorrência de infecções relacionadas ao tratamento. Para tal, foram incluídos 32 pacientes tratados por diálise peritoneal na Unidade de Diálise do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu- UNESP, avaliados primariamente quanto à colonização (culturas de coletas nasais e pele pericateter, em três momentos distintos no período de 12 meses) e subsequentemente foram observados quanto ao risco para a ocorrência de infecções, acompanhados por até 36 meses confirmados com culturas do efluente peritoneal na ocorrência de peritonites e secreção da pele pericateter na vigência de infecção de orifício de saída do cateter. As amostras de Staphylococcus spp. carreadas depois de devidamente identificadas, foram reavaliadas usando como critério de similaridade o método de susceptibilidade com... / Peritonitis and infections in the exit orifice of the dialysis catheter represent the main infectious complications related to peritoneal dialysis, and are often responsible for the failure in this dialysis method, therefore with a significant impact on morbidity and mortality of patients. There are associations between the carrier of S. aureus and increased risk of infection in peritoneal dialysis patients. However, studies that evaluated the virulence of Staphylococcus spp. carried are not aware. Virulence factors are described as responsible for the symptoms and severity of different infections caused by S. aureus. These factors include hemolysins α, β, and δ, lipases lecithinases, proteases, toxin 1 in Toxic Shock Syndrome (TSST-1) and staphylococcal enterotoxins (SEs), deoxyribonuclease (DNase) and thermostable deoxyribonuclease (TNAse). This study aimed to evaluate whether virulence factors produced by Staphylococcus spp. and the clinical and epidemiological characteristics of patients may influence the occurrence of infections related to the treatment. In order to do this, 32 patients treated by peritoneal dialysis at the Dialysis Unit of the University Hospital, Botucatu School of Medicine, UNESP, Brazil were included, evaluated primarily by the colonization (cultures collected from the nose and pericatheter skin, at three different times during 12 months) and subsequently were observed regarding the risk for the occurrence of infections, followed by at least 36 months confirmed with cultures from peritoneal effluent in the occurrence of peritonitis and secretion of the pericatheter skin in the occurrence of infection in the outlet orifice of the catheter. Samples of Staphylococcus spp. carriers after being properly identified, were reevaluated using similarity criteria from the method of susceptibility agar drug diffusion technique (Kirby-Bauer method), thus allowing strains selection of ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-08-13T17:59:55Z : No. of bitstreams: 1 000768735.pdf: 1378869 bytes, checksum: 208d6f9ea0a8b866c4aaf52ade9bcdc9 (MD5) / Staphylococcus aureus se destaca por sua patogenicidade e alta frequência, permitindo que este agente seja capaz de produzir doenças tanto em indivíduos sadios quanto em imunocomprometidos por sua fácil disseminação. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a distribuição de clones de S. aureus sensíveis e resistentes à meticilina (MSSA/MRSA) em 50 isolados provenientes de pacientes com infecções de pele da Seção de Dermatologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina (FMB) de Botucatu, 50 isolados de idosos de Instituições de Longa Permanência (ILP) de Bauru e 50 isolados provenientes de detentos do Centro de Ressocialização (CR) de Avaré. Os isolados de S. aureus foram submetidos à técnica de E-test para determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM). Para determinação do perfil de virulência e resistência à oxacilina nos 150 isolados de S. aureus foram realizadas reações em cadeia da polimerase (PCR) para a detecção dos genes mecA, cassete cromossômico estafilocócio mec (SCCmec), genes codificadores das enterotoxinas (sea, seb e sec-1), toxinas esfoliativas A e B (eta e etb), toxina 1 da síndrome do choque tóxico (tst), leucocidina de Panton-Valentine (lukS-PV e lukF-PV), hemolisinas alfa e delta (hla e hld) e biofilme (icaA e icaD). O perfil clonal dos isolados MSSA e MRSA foi caracterizado por Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), e os clones de MRSA foram submetidos a tipagem molecular por Multilocus Sequence Typing (MLST) e spa typing. Os resultados revelaram maior prevalência de MRSA nas instituições de longa permanência, além de apresentarem CIM90 64μg/mL para oxacilina e CIM90 > 256 μg/mL para clindamicina. Das 150 amostras de S.aureus ... / Staphylococcus aureus is distinguished by its high pathogenicity and frequency, allowing that this agent is capable of producing diseases in both healthy individuals and immunocompromised due to its easy dissemination. The aim of this work was to characterize the distribution of clones of S. aureus sensitive and resistant (MSSA/MRSA) in 50 isolates from patients with skin infections of Section of Dermatology of the University Hospital of the Botucatu Medical School Hospital of the (FMB), 50 isolates of elderly residents of nursing homes of Bauru and 50 isolates from inmates of Detention Center of Avare. The isolates of S. aureus were subjected to the technique of E-test for determination of Minimum Inhibitory Concentration (MIC). To determine the virulence profile and oxacillin resistance in 150 isolates of S. aureus was used Polymerase Chain Reaction (PCR) for the detection of mecA gene, staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec), genes encoding enterotoxins (sea, seb and sec-1), exfoliative toxins A and B (eta e etb), toxic shock syndrome toxin 1 (tst), Panton-Valentine leukocidin (lukS-PV and lukF-PV), alpha and delta hemolysin (hla and hld) and biofilm (icaA and icaD). The clonal profile of MRSA and MSSA isolates were characterized by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), and MRSA clones were subjected to molecular typing Multilocus Sequence Typing (MLST) and spa typing. The results revealed a higher prevalence of MRSA in institutional settings, besides having MIC90 64μg/mL for oxacillin and MIC90 > 256 mg/mL for clindamycin. Of the 150 samples of S. aureus studied, 20 (13.3%) were mecA carriers, being detected seven isolates harboring SCCmec type IV nine carrying the SCCmec type II, only one isolate carrying the SCCmec type I and 3 isolates were not typed by the protocol used. Among the virulence factors, enterotoxin A was the most prevalent in all sources. Is important to note, 10% of isolates from Center Resocialization ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-25Bitstream added on 2014-06-13T18:55:47Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_lf_me_jabo.pdf: 1207984 bytes, checksum: 5a5e1f9c2d00ce2012cc5d6ff3d5b0e6 (MD5) / Os queijos elaborados a partir de leite cru são muito consumidos no Brasil. No entanto, sua elaboração realizada por pessoas não capacitadas pode resultar em sua contaminação por vários micro-organismos, incluindo Escherichia coli, afetando a qualidade microbiológica do queijo e representando risco potencial para a saúde dos consumidores. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar as características fenotípicas e genotípicas de estirpes de Escherichia coli isoladas em amostras de queijos elaborados a partir de leite não pasteurizado em três cidades, para avaliar o possível risco potencial deste tipo de queijo para a população humana. Para tanto, 83 queijos foram coletados em cada um dos três diferentes municípios, Uberaba / Minas Gerais (30), Ribeirão Preto / São Paulo (22) e Aracajú / Sergipe (31) no ano de 2010. Os isolados foram cultivados em ágar EMB e, no ano de 2012, analisados o grupo filogenético por PCR, o sorogrupo O por aglutinação, a resistência antimicrobiana por difusão em disco, a presença de genes de resistência antimicrobiana por PCR, e campo pulsado por eletroforese em gel. O número de amostras positivas para E. coli foi maior na cidade de Aracaju (90,32%) e os isolados de E. coli da cidade de Uberaba demonstraram alta resistência antimicrobiana (92,30%). A maior parte dos isolados pertencia ao grupo filogenético A (54,4%) e B1 (44,3%). A resistência aos antimicrobianos foi moderada, sendo que a maior prevalência foi do município de Uberaba (56,7%). Houve isolados com genes de resistência a antimicrobianos, sendo que o gene tetB foi o gene mais comumente encontrado. Os sorotipos mais observados foram O4, O18 e O23, importantes como causadores de doenças extra intestinais, como meningite e infecção do trato urinário. Clones de E. coli foram encontrados em amostras de queijos na... / The cheeses made from raw milk is widely consumed in Brazil. However, preparation is performed by people not trained and can result in contamination by various micro-organisms, including Escherichia coli, affecting the microbiological quality of cheese and representing potential risk to consumer health. The objective of this study was to assess the phenotypic and genotypic characteristics of Escherichia coli strains isolated in samples of cheeses made from unpasteurized milk in three cities, to assess the possible risk potential of this type of cheese for the human population. For this, 83 cheeses were collected in each of three different municipalities, Uberaba / Minas Gerais (30), Ribeirão Preto / São Paulo (22) and Aracaju / Sergipe (31) in 2010. The isolates were cultured on agar and EMB, and in 2012, analyzed the phylogenetic group by PCR, serogroup by agglutination, antimicrobial resistance by disk diffusion, the presence of antimicrobial resistance genes by PCR and pulsed field by gel electrophoresis. The number of samples positive for E. coli was higher in the city of Aracaju (90.32%) and E. coli isolated from Uberaba demonstrated high antimicrobial resistance (92.30%). Most isolates belonging to the phylogenetic group A (54.4%) and B1 (44.3%). Antimicrobial resistance was moderate, and the highest prevalence was at Uberaba (56.7%). There were isolates with antimicrobial resistance genes, and the gene tetB was the gene most commonly found. The serotypes most frequently observed were O4, O18 and O23, important as disease causing extra bowel, such as meningitis and urinary tract infection. E. coli clones were found in samples of cheeses in the same city and in different cities and there was also a high genetic variability, indicating that this type of food can be contaminated at different points during the... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-05-28Bitstream added on 2014-06-13T19:35:18Z : No. of bitstreams: 1 rangel_pm_me_jabo.pdf: 202160 bytes, checksum: 7b5c8c75d2c9df10071428271f91da55 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A um longo tempo a mastite tem sido reconhecida como a doença que provoca as maiores perdas econômicas nos rebanhos leiteiros. De fevereiro a novembro de 2004, 670 amostras de leite mastítico bovino, provenientes de dois estados brasileiros foram coletadas, das quais foram isoladas 231 cepas de Escherichia coli. Estas cepas foram analisadas para a detecção dos genes de produção de Shiga toxina (stx 1 e stx 2) e do gene da intimina (eae). Vinte cepas (8,6%) foram detectadas através de PCR contendo os genes da Shiga toxina (8 stx 1, 12 stx 2 e nenhuma delas ambos os genes). Duas cepas (0,8%) de E. coli eram eae positivo não produtoras de Shiga toxina. As cepas de E. coli foram também examinadas para detectar a resistência a 12 agentes antimicrobianos. As resistências mais comuns foram para tetraciclina (92,2%), estreptomicina (90,4%), ácido nalidíxico (88,3%), amicacina (86,5%) e cefalotina (84,8%). A resistência a múltiplas drogas foi encontrada em 152 cepas (65,8%). . Entre os sorogrupos determinados, O111, O26, O158 e O125 foram os mais comuns, todos sorogrupos EPEC clássicos. / Mastitis has been recognized for some time as the most costly disease in dairy herds. From February to November 2004, 670 samples of bovine mastitic milk were collected from two Brazilian states, from which 231 Escherichia coli strains were isolated. These strains were screened for the presence of Shiga toxin-producing (stx 1 and stx 2) and intimin (eae) genes. Twenty (8.6%) strains were detected by PCR to harbor the Shiga toxin genes (8 the stx 1 gene, 12 the stx 2 gene and none both of them) Two (0.8%) of the E. coli strains studied were eae positive non Shiga toxin-producing. The E coli strains were also examined for resistance to 12 antimicrobial agents. The most commonly observed resistance was to tetracycline (92.2%), streptomycin (90.4%), nalidixic acid (88.3%), amikacin (86.5%) and cephalothin (84.8%). Multidrug resistance was found among 152 isolates (65.8%). Among the serogroups determined O111, O26, O158 and O125 were the most commonly, all of them classic EPEC serogroups.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-14Bitstream added on 2014-06-13T19:36:22Z : No. of bitstreams: 1 felippelli_g_me_jabo.pdf: 1436569 bytes, checksum: 00f0274450e4cffec2477f87c66b1216 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os objetivos específicos do presente trabalho foram diagnosticar espécies de nematódeos resistentes à ivermectina de alta concentração (3,15% e 3,5%) por meio de necropsias parasitológicas realizadas em bovinos procedentes de oitos municípios dos estados de Minas Gerais, São Paulo e Rio Grande do Sul; avaliar comparativamente as eficácias terapêuticas de duas formulações contendo altas concentrações de ivermectina 3,15% (630 mcg/Kg) e 3,5% (700 mcg/Kg), contra nematódeos parasitos de bovinos naturalmente infectados; fornecer subsídios para um melhor conhecimento sobre a distribuição da resistência de nematódeos à ivermectina, em diferentes regiões do Brasil. Para isto foram utilizados 108 animais, naturalmente infectados, os quais foram selecionados pelas médias de três pré-contagens (-3,-2 e -1) de ovos por grama de fezes (OPG), divididos em grupos experimentais, constituídos por seis repetições. Quatorze dias pós-tratamento (DPT), os animais foram eutanasiados e necropsiados. Resistência à ivermectina 3,15% (630 mcg/Kg) e 3,5% (700 mcg/Kg) foi diagnosticada obtendo eficácia terapêutica insuficientemente efetiva (<90%) pelas médias aritméticas ou 1000 espécimes sobreviveram nos grupos tratados, dentre as quais: Haemonchus placei (0,0-89,27%), Cooperia punctata (0,0-26,46%), Cooperia pectinata (0,0-90,16%), Cooperia spatulata (21,82-71,50%), Trichostrongylus axei (82,23%), Oesophagostomum radiatum (54,93-83,33%) e Trichuris discolor (64,71-82,58%); Considerando apenas os resultados analisados estatisticamente referentes aos oito experimentos realizados (116 necropsias) pode-se inferir que a resistência à ivermectina, em altas concentrações (630 e 700 μg/Kg) está amplamente disseminada, sobretudo nas espécies Haemonchus placei, Cooperia punctat... / The specific objectives of the present study were to diagnose high concentration ivermectin (3,15% and 3,5%) resistance in nematodes through parasitological necropsies conducted in bovines originating from eight cities from the states of Minas Gerais, São Paulo and Rio Grande do Sul; evaluate, by comparison, the therapeutic efficacies of two formulations containing high concentrations of ivermectin, respectively 3,15% (630 mcg/Kg) and 3,5% (700 mcg/Kg), against nematodes parasitizing naturally infected bovines; provide aid for a better knowledge about the distribution of ivermectin resistance in nematodes throughout different regions of Brazil. To achieve these goals 108 naturally infected animals were used, all selected using the average of three EPG counts (-3, -2 and -1), divided in experimental groups consisting of six repetitions. Fourteen days after treatment all animals were euthanized and necropsied. Resistance to 3,15% ivermectin (630 mcg/Kg) and 3,5% ivermectin (700 mcg/Kg) was diagnosed by obtaining insufficient therapeutical efficacy (< 90%) when analyzing arithmetic means or by finding at least 1000 specimens that survived in the treated groups, amongst which, Haemonchus placei (0,0-89,27%), Cooperia punctata (0,0-26,46%), Cooperia pectinata (0,0-90,16%), Cooperia spatulata (21,82-71,50%), Trichostrongylus axei (82,23%), Oesophagostomum radiatum (54,93-83,33%) e Trichuris discolor (64,71-82,58%). Considering only the statistically analyzed results related to the eight experiments conducted (116 necropsies) it can be inferred that resistance to high concentration ivermectin (630 and 700 μg/Kg) is highly disseminated, specially in Haemonchus placei, Cooperia punctata, Cooperia pectinata, Cooperia spatulata, Trichostrongylus axei, Oesophagostomum radiatum and... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:10:25Z : No. of bitstreams: 1 000747565.pdf: 762896 bytes, checksum: 9cce482492cfda2fb9dc6de8b7ae0113 (MD5) / A mastite é uma enfermidade que causa inflamação na glândula mamária e geralmente tem origem infecciosa. É uma das principais doenças que acomete os rebanhos de ovinos causando prejuízos econômicos aos produtores. Na mastite infecciosa, as bactérias do gênero Staphylococcus são os principais causadores de mastite em rebanhos de ovinos. Esses micro-organismos se caracterizam pela capacidade de produzir uma ampla variedade de toxinas extracelulares e outros fatores de virulência como a formação de biofilme, além de apresentarem resistência aos agentes antimicrobianos empregados no tratamento dos animais. Esse estudo teve como objetivos caracterizar o perfil clonal e os fatores de virulência e de resistência aos antimicrobianos em Staphylococcus spp. isolados do leite de ovinos de três rebanhos. Após a realização do California Mastitis Test (CMT) as amostras de leite foram colhidas para contagem de Células Somáticas (CCS) e identificação das espécies de estafilococos isoladas, detecção de genes codificadores de enterotoxinas (sea, seb, sec e sed), da toxina TSST-1, da leucocidina PVL e de biofilme (icaA, icaC, icaD, bap, aap e bhp), além da determinação da resistência a oxacilina pela pesquisa do gene mecA e perfil de sensibilidade a doze antimicrobianos. Os isolados com a presença de genes para toxinas e biofilme foram testados para detecção do RNA mensageiro para avaliação da capacidade de expressão dos fatores de virulência. Foram coletadas 473 amostras de leite de 242 animais, sendo encontrados micro-organismos em 169 (35,7%) amostras. Das 169 amostras em que foram isolados micro-organismos, 132 (78,1%) foram identificados como pertencendo ao gênero Staphylococcus, sendo 20 (15,1%) amostras identificadas como Staphylococcus aureus e as demais 112 (84,9%) como estafilococos coagulase-negativa (ECN). Das 20 amostras de S. aureus isoladas, nenhuma apresentou o gene... / Mastitis is a disease that causes inflammation in the mammary gland and is usually infectious. It is a major disease that affects sheep herds causing economic losses for producers. In infectious mastitis, Staphylococcus bacteria are the major cause of mastitis in sheep flocks. These micro-organisms are characterized by the ability to produce a wide variety of extracellular toxins and other virulence factors such as biofilm formation, besides presenting resistance to antimicrobial agents used in the treatment of animals. This study aimed to characterize the profile and clonal virulence factors and antimicrobial resistance in Staphylococcus spp. isolated from milk of sheep from three flocks. After the completion of the California Mastitis Test (CMT) milk samples were collected for Somatic Cell Count (SCC) and species identification of staphylococci isolated detection of genes encoding enterotoxins (sea, seb, sec and sed), the toxin TSST-1, PVL and Leucocidin of biofilm (icaA, icaC, icaD, bap, aap and bhp), besides the determination of resistance to oxacillin by research mecA and sensitivity profile to twelve antimicrobials. Isolates with the presence of toxin genes and biofilm were tested for the detection of messenger RNA for assessing the ability of expression of virulence factors. We collected 473 milk samples from 242 animals, micro-organisms found in 169 (35.7%) samples. Of the 169 samples that were isolated micro-organisms, 132 (78.1%) were identified as belonging to the genus Staphylococcus, 20 (15.1%) samples identified as Staphylococcus aureus and the remaining 112 (84.9%) as coagulase-negative staphylococci (CNS). Of the 20 samples of S. aureus isolates, none had the mecA and most were sensitive to all drugs tested except one sample that was resistant to tetracycline. Seven samples showed a toxin gene, the gene being the most seb found, present in five samples, followed by sea on three, two ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-12Bitstream added on 2014-06-13T18:20:29Z : No. of bitstreams: 1 pires_fv_me_botfm.pdf: 971753 bytes, checksum: e0024dc8e5a05bbf7c3af4c01338c186 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Estudos recentes apontam para elevação da incidência e gravidade das infecções por Saphylococcus aureus. Esse fato é agravado pela ampla disseminação de isolados resistentes à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) nos hospitais, e sua recente emergência na comunidade. A colonização nasal de indivíduos assintomáticos é a maior responsável pela persistência e disseminação de S. aureus nas populações humanas. Assim sendo, inquéritos de carreamento nasal são importantes para estimar a “carga”(burden) de S. aureus como um todo e de MRSA na comunidade. Este projeto tem por objetivo identificar a prevalência e fatores de risco para carreamento de S. aureus e MRSA em população de área urbana de Botucatu, São Paulo. Adicionalmente, o estudo se propôs a realizar caracterização molecular da clonalidade e resistência de isolados colonizantes nasais. Para tanto, foram selecionada uma amostra de 686 pessoas com mais de um ano de idade, estratificada por local de residência, gênero e idade. Foram colhidas secreções nasais por meio de swabs, que posteriormente foram semeados em meio de cultura. Ao mesmo tempo, foram identificados dados demográficos e clínicos dos sujeitos da pesquisa. Isolados de S. aureus foram submetidos a testes de suscetibilidade à meticilina/oxacilina (fenotípicos e genotípicos) e, se resistentes, à caracterização do cassete cromossômico SCCmec. Foi também realizada caracterização clonal dos isolados de MRSA por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) e Multilocus Sequence Typing (MLST). Quando foram identificados carreadores de MRSA, foi obtidas amostras de seus contactantes domicilares para caracterização de clusters. Análises estatísticas foram realizadas para identificar fatores de risco para carreamento de S. aureus como um todo e MRSA em particular... / Recent studies point out to increasing incidence and severity of infections caused by Staphylococcus aureus. This phenomenon is aggravated by the widespread dissemination of methicillin-resistant isolates (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) in hospitals, and their recent emergence in the community. The nasal colonization of asymptomatic individuals is a determinant of the persistence and spread of S. aureus in human populations. Therefore, investigations of nasal carriage are important for estimating the burden of S. aureus as a whole and of MRSA in the community. This study aimed to identify the prevalence and risk factors for nasopharyngeal carriage of S. aureus and MRSA in the urban population in the city of Botucatu, São Paulo. Additionally, the study included molecular characterization of resistance and strain typing of isolates. We selected a sample of 686 people over one year of age, stratified by place of residence, gender and age. Nasal secretions were screened with swabs, which were plated in culture medium. We also aimed to identify demographic and clinical data of the study subjects. Isolates of S. aureus were tested for susceptibility to methicillin / oxacillin (phenotypic and genotypic test) and, if resistant, to the characterization of chromosome cassette SCCmec. Clonal characterization of MRSA isolates by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and Multilocus Sequence Typing (MLST) was also performed. When MRSA carriers were identified, samples were obtained from their household contacts in order to characterize clusters. Statistical analyzes were performed to identify risk factors for carrying of S. aureus as a whole and MRSA. Prevalence of S. aureus and MRSA carriage were 32.7% (95% CI = 29.2% - 36.2%) and 0.9% (0.4% -1.8%), respectively. Independent risk factors for colonization by... (Complete abstract click electronic access below)