Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Nous proposons dans ces travaux des algorithmes distribués de clusterisation destinés à répondre à la problématique de la croissance des réseaux. Après avoir donné une spécification pour ce problème, nous fournissons un premier algorithme distribué à base de marches aléatoires pour le résoudre. Cet algorithme n’utilise que des informations locales, et utilise des marches aléatoires pour construire en parallèle des ensembles connexes de noeuds appelés les coeurs des clusters, auxquels on ajoute des noeuds adjacents. La taille de chaque coeur est comprise entre 2 et un paramètre de l’algorithme. L’algorithme garantit que si deux clusters sont adjacents, au moins l’un d’entre eux a un coeur de taille maximale. Un deuxième algorithme, adaptatif à la mobilité, garantit en plus de ces propriétés que la reconstruction consécutive à un changement topologique est locale. Cette propriété différencie notre solution des nombreuses solutions existantes : elle permet d’éviter des destructions en chaîne suite à un changement de topologie. Nous présentons enfin un algorithme de clustering auto-stabilisant qui conserve les propriétés des algorithmes précédents en y ajoutant la tolérance aux pannes. Grâce au parallélisme de la construction des clusters et au caractère local des reconstructions de clusters, ces algorithmes passent à l'échelle, ce qui est confirmé par les simulations que nous avons menées. / We propose in this work distributed clustering algorithms designed to address the problem of growing networks. After giving a specification for this problem, we provide a first distributed algorithm based on random walks to solve it. This algorithm uses only local information,and uses random walks to build connected sets of nodes called cores of clusters in parallel, to which we add adjacent nodes. The size of each core is between 2 and a parameter of the algorithm. The algorithm guarantees that if two clusters are adjacent, at least one of them has a core of maximum size. A second, mobility-adaptive, algorithm ensures, besides those properties, that the reconfiguration following a topological change is local. This property differentiates our solution from many solutions : it avoids chain destruction following a topology change. Finally, we present a self-stabilizing clustering algorithm that preserves the properties of previous algorithms and adds fault tolerance. With the parallel construction of clusters and the local nature of the reconstruction of clusters, these algorithms guarantee the scabability, which is confirmed by simulations.

Nous montrons que la structure RMN, en solution, du domaine N-terminal de DsbD de Neisseria meningitidis (nDsbD) présente, à l’état réduit, un repliement de type immunoglobuline avec un site actif adoptant une conformation fermée. Toutefois, l’analyse des mouvements internes du squelette peptique de nDsbD montre que la région dite « couvercle » de la protéine et qui protège les résidus actifs dans les formes réduite et oxydée, est dotée de mouvements internes. Cela démontre les capacités intrinsèques d’ajustement structural de nDsbD. Nous montrons aussi que les structures RMN, en solution, du domaine N-terminal de PilB de N. meningitidis (NterPilB) sous ses deux formes, réduite et oxydée, présentent un repliement de type thiorédoxine. Ces deux formes, très proches d’un point de vue structural, apparaissent comme étant globalement rigides. Par conséquent, la boucle FLHE, caractéristique de NterPilB et bordant le site actif de la protéine, ne dévoile pas de nouveaux indices structuraux et/ou dynamiques traduisant son implication dans la spécificité de substrat. Finalement, nous montrons, grâce à l’étude structurale et dynamique, en solution, d’un complexe entre nDsbD et NterPilB de N. meningitidis, que nDsbD fait preuve d’une grande adaptabilité à l’état complexé. La région « couvercle » s’ouvre pour venir se positionner au dessus de l’hélice a qui contient les cystéines actives de NterPilB. Par contre, la boucle FLHE de NterPilB ne semble pas intervenir dans la stabilisation du complexe. Nous proposons que des phénomènes dynamiques puissent faciliter d’une part, l’adaptabilité relative des deux partenaires dans le complexe, et d’autre part, la dissociation finale de ces derniers / We show, on one hand, that the NMR solution structure of DsbD N-terminal domain from Neisseria meningitidis (nDsbD) displays, in its reduced state, an immunoglobulin fold with a closed conformation of its active site. Nonetheless, our backbone dynamics study shows that the cap-loop region of the protein, which covers active residues in both oxidized and reduced forms, displays internal motions. This illustrates the inner structural adjustment capacities of nDsbD. On the other hand, we show that NMR solution structures of the oxidized and reduced forms of N. meningitidis NterPilB display a thioredoxin-like fold. These two structures appear to be very similar and globally rigid. Consequently, the NterPilB characteristic FLHE loop, which covers one edge of the active site, does not reveal new structural and/or dynamics properties for its involvement in the substrate specificity. Finally, we point out, from the structural and dynamics study of a complex between nDsbD and NterPilB from N. meningitidis, that nDsbD exhibits a powerful adaptability in its complex state. Its cap-loop region opens and comes over the a helix containing the NterPilB active cysteines. In contrast, the NterPilB FLHE loop does not seem to play a role in the complex stabilization. We propose that internal dynamics should facilitate, on one hand, the relative adaptability between the two partners of the complex and, on the other hand, their subsequent dissociation

Dans cette thèse, on étudie l’effet de l’imperfection de marché sur la stabilité macroéconomique dans le modèle standard de Ramsey et celui de OLG. pour effectuer cette objective, on utilise la méthode de l’analyse de dynamique local lancé par Grandmont, Pintus et De Vilder (1998). les imperfections qu’on utilise sont les externalités en consommation, imperfection dans le marche de crédit, la présence de taxe progressive sur le revenu salariel et l’existence de coût de transaction associé avec l’accumulation de capital. / In this thesis, we study the effect of market imperfection on macroeconomic stability in the standard Ramsey model and that of the Olg. In order to achieve this objective, we use the local analysis method pioneered by Grandmont, Pintus and De Vilder (1998). The imperfections used in this thesis are the consumption externalities, credit market imperfections, progressive labor-income taxation policy and the presence of transaction costs associated with capital accumulations.

Les canaux ioniques voltage-dépendants (CIVD) sont des protéines transmembranaires ubiquitaires impliquées dans la transmission de signaux électriques dans les cellules excitables. Lors de variations du potentiel transmembranaire, ces canaux subissent un changement conformationnel donnant lieu à leur ouverture, médié par des résidus basiques conservés appartenant au domaine sensible à la tension (DST). De nombreux détails de leur fonction ont été révélés par des années de mesures expérimentales mais des questions fondamentales sur leur dynamique à l'échelle moléculaire restent d'actualité. Partant de la structure cristallographique du canal potassique du rat Kv1.2 ouvert, nous avons mené des simulations de dynamique moléculaire du canal inséré dans son environnement lipidique soumis à un potentiel hyperpolarisant. Nous avons suivi la désactivation du DST et ainsi découvrir trois états intermédiaires entre les conformations ouverte et fermée. Les calculs de la charge liée à l'activation ou encore les contacts moléculaires sont en accord avec les résultats expérimentaux, et nous proposons un modèle de la désactivation complète qui réconcilie les modèles divergents. Utilisant ce modèle, nous avons caractérisé certains aspects de la modulation des CIVD: la mutation de résidus basiques spécifiques de S4 impliqués dans des maladies génétiques induit l'apparition de courants de fuite « oméga » en accord avec l'expérience et nous expliquons en partie la modification de la dépendance au voltage des CIVD lorsque les lipides avoisinants sont modifiés chimiquement. Nous concluons en étendant cette étude aux canaux humains de la famille des Kv7 qui sont d'importance physiologique. / Voltage gated ion channels (VGCs) are ubiquitous transmembrane (TM) proteins involved in electrical signaling in excitable cells. Their gating (opening-closing), triggered by changes in the TM voltage, proceeds through a sensing mechanism involving conserved positively charged residues belonging to the voltage sensor domain (VSD). Details on the function of such channels have been revealed thanks to decades of experimental investigations but questions concerning the molecular level function of these proteins still remain under active debate. Starting from the "open state" crystal structure of the rat potassium VGC Kv1.2, we have carried out large-scale all-atom molecular dynamics simulations of the channel embedded in its lipidic environment submitted to a hyperpolarized potential. This allowed to follow the deactivation of the VSD and to uncover three intermediate states between the open and closed conformations. We report gating charge calculations or else state dependent molecular contacts that comply with experimental results and propose accordingly a model of the entire deactivation that conciliates the diverging views proposed so far. Using this model, we further characterize at the molecular level the modulation mechanisms of VGCs: specific mutations of basic residues of the VSD involved in genetic diseases are shown to induce state-dependent "omega" leak currents, in agreement with electrophysiology and a partial conclusion is proposed to explain the alteration of VGC voltage-dependency when the lipids embedding them are chemically modified. We conclude by extending this study to human VGCs (Kv7 family) of physiological relevance.

Le mémoire de maîtrise présente la dynamique de rotor d’une microturbine à gaz à configuration renversée permettant l’intégration de pales en céramique. Cette configuration permet d’utiliser des pales de turbine complètement en céramique car elles sont retenues en compression de l’extérieur par un anneau en composite qui est en rotation. Par contre, la configuration renversée nécessite une nouvelle conception de moyeu de turbine. En effet, l’anneau en composite est loin de l'axe de rotation. Par conséquent, il se dilate beaucoup dus aux efforts centrifuges ce qui entraîne un grand déplacement des pales. L’idée est donc de faire un moyeu flexible qui vient suivre le déplacement des pales pour appliquer une pression en dessous de ceux-ci, afin de les tenir en place par friction. La dynamique de rotor avec moyeu flexible est très peu documentée dans la littérature. Le projet de recherche consiste en la compréhension de la dynamique d’un moyeu flexible pour cibler les paramètres intervenant dans la vibration d’une turbine renversée. La recherche se fera via la conception d’un prototype permettant d’étudier l’effet de la flexibilité pour un concept donné. L’analyse de dynamique de rotor avec moyeu flexible est faite avec un modèle par éléments finis linéaire. Malgré le fait que des non-linéarités peuvent provenir des roulements à billes supportés par des films amortisseurs, un type de roulements couramment utilisé pour supporter des turbocompresseurs, il est démontré qu’un modèle linéarisé capte plutôt bien les tendances mesurées. Le but de ce projet est de déceler les paramètres problématiques d’un moyeu flexible et de découvrir les paramètres permettant une bonne dynamique.

Le récepteur à chimiokine CXCR4 est à ce jour l’un des récepteurs couplés aux protéines G les plus étudiés. Le CXCL12, sa chimiokine endogène induit l’activation de plusieurs voies de signalisation cruciales à plusieurs processus physiologiques. Par ailleurs, dans de nombreux processus pathologiques comme le cancer, le récepteur CXCR4 et/ou son ligand endogène sont surexprimés et facilite la dissémination et le maintien de conditions favorables à la prolifération cancéreuse. Afin d’étudier le récepteur CXCR4 et sa signalisation, notre approche vise à développer des ligands ciblant le CXCR4 en se basant sur CXCL12. Par des études de relation structure-activité et du design rationnel, nous avons conçu des chimères du CXCR4. Ces outils pharmacologiques nous permettent de mieux extraire les déterminants structuraux impliqués dans l’activation du CXCR4 mais aussi d’étudier les voies de signalisation associées à ces nouvelles entités chimiques. Nos données de relation structure-activité ont permis de mettre en évidence deux positions clés sur le N-terminal de nos chimères, la position 3 et la position 7 cruciales pour l’affinité et l’efficacité respectivement. Nous avons pu moduler l’efficacité ainsi que l’affinité de nos chimères en introduisant des acides aminés non naturels capables de potentialiser l’effet pharmacologique. Nous avons également corrélé nos résultats de SAR avec de la dynamique moléculaire réalisée à partir des deux structures cristallographiques du CXCR4. Nos données de dynamique moléculaire montrent des différences structurales importantes au niveau des domaines transmembranaires 3 et 7 en présence ou non de nos chimères. Par ailleurs, nous avons développé un nouveau déterminant avec des propriétés pharmacocinétiques améliorées comparativement au déterminant d’affinité des chimères de première génération. La caractérisation de ce déterminant a par ailleurs révélé son caractère agoniste inverse. Tous ces résultats apportent des éléments clés pour un meilleur design de molécules à visée thérapeutique ciblant le CXCR4.