[ES] La introducción de la secuenciación de ARN a nivel de célula única (scRNA-seq) en el ámbito de la transcriptómica ha redefinido nuestro entendimiento de la diversidad celular, arrojando luz sobre los mecanismos subyacentes a la heterogeneidad tisular. No obstante, al inicio de esta tesis, las limitaciones de a esta tecnología obstaculizaban su aplicación en el estudio de procesos complejos, entre ellos el splicing alternativo. A pesar de ello, los patrones de splicing a nivel celular planteaban incógnitas que esta tecnología tenía el potencial de resolver: ¿es posible observar, a nivel celular, la misma diversidad de isoformas que se detecta mediante RNA-seq a nivel de tejido? ¿Qué función desempeñan las isoformas alternativas en la constitución de la identidad celular? El objetivo de esta tesis es desbloquear el potencial del scRNA-seq para el análisis de isoformas, abordando sus dificultades técnicas y analíticas mediante el desarrollo de nuevas metodologías computacionales. Para lograrlo, se trazó una hoja de ruta con tres objetivos. Primero, se establecieron cuatro requisitos para el estudio de las isoformas mediante scRNA-seq, llevando a cabo una revisión de la literatura existente para evaluar su cumplimiento. Tras completar este marco con simulaciones computacionales, se identificaron las debilidades y fortalezas de los métodos de scRNA-seq y las herramientas computacionales disponibles. Durante la segunda etapa de la investigación, estos conocimientos se utilizaron para diseñar un protocolo óptimo de procesamiento de datos de scRNA-seq. En concreto, se integraron datos de lecturas largas a nivel de tejido con datos de scRNA-seq para garantizar una identificación adecuada de las isoformas así como su cuantificación a nivel celular. Este proceso permitió ampliar las estrategias computacionales disponibles para la reconstrucción de transcriptomas a partir de lecturas largas, mejoras que fueron implementadas en SQANTI3, software de referencia en transcriptómica. Por último, los datos procesados se utilizaron para desarrollar un nuevo método de análisis de co-expresión de isoformas a fin de desentrañar redes de regulación del splicing alternativo implicadas en la constitución de la identidad celular. Dada la elevada variabilidad de los datos de scRNA-seq, este método se basa en la utilización de una estrategia de correlación basada en percentiles que atenúa el ruido técnico y permite la identificación de grupos de isoformas co-expresadas. Una vez configurada la red de co-expresión, se introdujo una nueva estrategia de análisis para la detección de patrones de co-utilización de isoformas que suceden de forma independiente a la expresión a nivel de gen, denominada co-Differential Isoform Usage. Este enfoque facilita la identificación de una capa de regulación de la identidad celular atribuible únicamente a mecanismos post-transcripcionales. Para una interpretación biológica más profunda, se aplicó una estrategia de anotación computacional de motivos y dominios funcionales en las isoformas definidas con lecturas largas, revelando las propiedades biológicas de las isoformas involucradas en la red de co-expresión. Estas investigaciones culminan en el lanzamiento de acorde, un paquete de R que encapsula las diferentes metodologías desarrolladas en esta tesis, potenciando la reproducibilidad de sus resultados y proporcionando una nueva herramienta para explorar la biología de las isoformas alternativas a nivel de célula única. En resumen, esta tesis describe una serie de esfuerzos destinados a desbloquear el potencial de los datos de scRNA-seq para avanzar en la comprensión del splicing alternativo. Desde un contexto de escasez de herramientas y conocimiento previo, se han desarrollado soluciones de análisis innovadoras que permiten la aplicación de scRNA-seq al estudio de las isoformas alternativas, proporcionando recursos innovadores para profundizar en la regulación post-transcripcional y la función celular. / [CA] La introducció de la seqüenciació d'ARN a escala de cèl·lula única (scRNA-seq) en l'àmbit de la transcriptòmica ha redefinit el nostre enteniment de la diversitat cel·lular, projectant llum sobre els mecanismes subjacents a l'heterogeneïtat tissular. Malgrat les limitacions inicials d'aquesta tecnologia, especialment en el context de processos complexos com l'splicing alternatiu, els patrons d'splicing a escala cel·lular plantejaven incògnites amb potencial de resolució: és possible observar, a escala cel·lular, la mateixa diversitat d'isoformes que es detecta mitjançant RNA-seq en teixits? Quina funció tenen les isoformes alternatives en la constitució de la identitat cel·lular? L'objectiu d'aquesta tesi és desbloquejar el potencial del scRNA-seq per a l'anàlisi d'isoformes alternatives, abordant les seues dificultats tècniques i analítiques amb noves metodologies computacionals. Per a això, es va traçar una ruta amb tres objectius. Primerament, es van establir quatre requisits per a l'estudi de les isoformes mitjançant scRNA-seq, amb una revisió de la literatura existent per avaluar-ne el compliment. Després de completar aquest marc amb simulacions computacionals, es van identificar les debilitats i fortaleses dels mètodes de scRNA-seq i de les eines computacionals disponibles. Durant la segona etapa de la investigació, aquests coneixements es van utilitzar per dissenyar un protocol òptim de processament de dades de scRNA-seq. En concret, es van integrar dades de lectures llargues a escala de teixit amb dades de scRNA-seq per a garantir una identificació adequada de les isoformes així com la seua quantificació a escala cel·lular. Aquest procés va permetre ampliar les estratègies computacionals disponibles per a la reconstrucció de transcriptomes a partir de lectures llargues, millores que van ser implementades en SQANTI3, un programari de referència en transcriptòmica. Finalment, les dades processades es van fer servir per a desenvolupar un nou mètode d'anàlisi de coexpressió d'isoformes amb l'objectiu de desentranyar xarxes de regulació de l'splicing alternatiu implicades en la constitució de la identitat cel·lular. Donada l'elevada variabilitat de les dades de scRNA-seq, aquest mètode es basa en la utilització d'una estratègia de correlació basada en percentils que minimitza el soroll tècnic i permet la identificació de grups d'isoformes coexpressades. Un cop configurada la xarxa de coexpressió, es va introduir una nova estratègia d'anàlisi per a la detecció de patrons de co-utilització d'isoformes que succeeixen de forma independent a l'expressió del seu gen, denominada co-Differential Isoform Usage. Aquest enfocament facilita la identificació d'una capa de regulació de la identitat cel·lular atribuïble únicament a mecanismes post-transcripcionals. Per a una interpretació biològica més profunda, es va aplicar una estratègia d'anotació computacional de motius i dominis funcionals en les isoformes definides amb lectures llargues, revelant les propietats biològiques de les isoformes involucrades en la xarxa de coexpressió. Aquestes investigacions culminen en el llançament d'acorde, un paquet de R que encapsula les diferents metodologies desenvolupades en aquesta tesi, potenciant la reproducibilitat dels seus resultats i proporcionant una nova eina per a explorar la biologia de les isoformes alternatives a escala de cèl·lula única. En resum, aquesta tesi descriu una sèrie d'esforços destinats a desbloquejar el potencial de les dades de scRNA-seq per a avançar en la comprensió de l'splicing alternatiu. Des d'un context de manca d'eines i coneixement previ, s'han desenvolupat solucions d'anàlisi innovadores que permeten l'aplicació de scRNA-seq a l'estudi de les isoformes alternatives, proporcionant recursos innovadors per a aprofundir en la regulació post-transcripcional i la funció cel·lular. / [EN] In the world of transcriptomics, the emergence of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) ignited a revolution in our understanding of cellular diversity, unraveling novel mechanisms in tissue heterogeneity, development and disease. However, when this thesis began, using scRNA-seq to understand Alternative Splicing (AS) was a challenging frontier due the inherent limitations of the technology. In spite of this research gap, pertinent questions persisted regarding cell-level AS patterns, particularly concerning the recapitulation of isoform diversity observed in bulk RNA-seq data at the cellular level and the roles played by cell and cell type-specific isoforms. The work conducted in the present thesis aims to harness the potential of scRNA-seq for alternative isoform analysis, outlining technical and analytical challenges and designing computational methods to overcome them. To achieve this, we established a roadmap with three main aims. First, we set requirements for studying isoforms using scRNA-seq and conducted an extensive review of existing research, interrogating whether these requirements were met. Combining this acquired knowledge with several computational simulations allowed us to delineate the strengths and pitfalls of available data generation methods and computational tools. During the second research stage, this insight was used to design a suitable data processing pipeline, in which we jointly employed bulk long-read and short-read scRNA-seq sequenced from full-length cDNAs to ensure adequate isoform reconstruction as well as sensitive cell-level isoform quantification. Additionally, we refined available transcriptome curation strategies, introducing them as innovative modules in the transcriptome quality control software SQANTI3. Lastly, we harnessed single-cell isoform expression data and the rich biological diversity inherent in scRNA-seq, encompassing various cell types, in the design of a novel isoform co-expression analysis method. Percentile correlations effectively mitigated single-cell noise, unveiling clusters of co-expressed isoforms and exposing a layer of regulation in cellular identity that operated independently of gene expression. We additionally introduced co-Differential Isoform Usage (coDIU) analysis, enhancing our ability to interpret isoform cluster networks. This endeavour, combined with the computational annotation of functional sites and domains in the long read-defined isoform models, unearthed a distinctive functional signature in coDIU genes. This research effort materialized in the release of acorde, an R package that encapsulates all analyses functionalities developed throughout this thesis, providing a reproducible means for the scientific community to further explore the depths of alternative isoform biology within single-cell transcriptomics. This thesis describes a complex journey aimed at unlocking the potential of scRNA-seq data for investigating AS and isoforms: from a landscape marked by the scarcity of tools and guidelines, towards the development of novel analysis solutions and the acquisition of valuable biological insight. In a swiftly evolving field, our methodological contributions constitute a significant leap forward in the application of scRNA-seq to the study of alternative isoform expression, providing innovative resources for delving deeper into the intricacies of post-transcriptional regulation and cellular function through the lens of single-cell transcriptomics. / The research project was funded by the BIO2015-71658 and BES-2016-076994 grants awarded by the Spanish Ministry of Science and Innovation / Arzalluz Luque, Á. (2024). Understanding Isoform Expression and Alternative Splicing Biology through Single-Cell RNAseq [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/203888

[ES] Ecuador es un país muy rico en recursos naturales, lo que le permite tener un importante sector agrario, gracias a sus diversos microclimas y regiones productivas. Sin embargo, predomina una agricultura de supervivencia y los agentes de la cadena de valor necesitan profesionalizarse e innovar si pretenden alcanzar un modelo de agricultura mucho más moderna y competitiva, en estos tiempos en los que los mercados mundiales están muy influidos por la globalización parece que solo hay espacio para las empresas más fuertes, innovadoras o creativas. Revisando el ecosistema emprendedor que caracteriza al sector agrario, se comprueba que arrastra una serie de falencias que le exigen un cambio a corto plazo. No solo es preciso impulsar la creación de nuevas empresas, también hay que mejorar o innovar en las que ya están funcionando. Dada la dimensión social de la agricultura en Ecuador, esta debería posicionarse como el principal motor del desarrollo global del país, pero la realidad es que se fundamenta en una cadena de valor muy desequilibrada y el sector no tiene ni la industrialización ni la organización interna que permita este liderazgo. La presente Tesis doctoral se planteó con cuatro objetivos específicos. El primero era "conocer el estado actual en el que se encuentra el sector agroalimentario incidiendo en aquellos aspectos que pueden influir en mayor medida en el desarrollo de su ecosistema emprendedor"; para su cumplimiento se han confirmado los principales problemas y enfoques para abordarlos con personal experto de los diferentes eslabones de la cadena agroalimentaria (método Delphi), y elaborado unas matrices DAFO y CAME. A este objetivo se le une el de "analizar la conformación general de la cadena de valor", para lo que se ha tomado como referencia el cultivo del cacao y la palma africana, y además de revisar cómo están estructuradas dichas cadenas, se ha profundizado en los motivos que llevan al eslabón de origen a ser el que menor valor capta en toda la cadena. Junto al diagnóstico del sector, el otro aspecto fundamental era "determinar la actitud emprendedora que caracteriza a distintos colectivos que pueden impulsar los agroemprendimientos". Para ello se eligieron, por un lado, el alumnado universitario de distintas escuelas de empresa de la Pontificia Universidad Católica de Ecuador, sede Esmeraldas (PUCESE); gracias a su formación son potenciales emprendedores, por lo tanto, básicamente se necesita motivarlos para que se integren en el sector primario. Por otro lado, también se trabajó con productores, que, a pesar de tener una situación socioeconómica muy limitada y un nivel formativo muy deficiente, son quienes sustentan desde la base la producción de alimentos, y deberían tener un rol mucho más proactivo en la cadena agroalimentaria, por lo que es procedente cualquier labor de formación y motivación que pueda hacerse con ellos. Se pudo trabajar con 70 estudiantes y con 80 productores y a ambos colectivos, se le sometió a una capacitación específica para fomentar su actitud emprendedora, basada especialmente en una serie de talleres formativos. Para analizar cuál es la caracterización de las actitudes emprendedoras de ambos grupos se utilizó la herramienta impulsada por las Naciones Unidas dentro de su programa EMPRETEC. También se profundizó, usando diferentes técnicas de inferencia estadística, la relación que podría haber entre los cambios de actitud percibidos antes y después de la capacitación respecto a otros aspectos. Así se contemplaron para los estudiantes factores como: el sexo, el cantón de procedencia, el parentesco con un familiar emprendedor o la modalidad de docencia empleada (ya que se usaron dinámicas más tradicionales frente a otras basadas en las metodologías ágiles). Respecto a los productores los factores fueron: sexo, parroquia de procedencia, y nivel de estudio. Se han obtenido conclusiones en cada uno de los capítulos a modo de re / [CA] L'Equador és un país molt ric en recursos naturals, la qual cosa li permet tindre un important sector agrari, gràcies als seus diversos microclimes i regions productives. No obstant això, predomina una agricultura de supervivència i els agents de la cadena de valor necessiten professionalitzar-se i innovar si pretenen aconseguir un model d'agricultura molt més moderna i competitiva, en aquests temps en els quals els mercats mundials estan molt influïts per la globalització sembla que només hi ha espai per a les empreses més fortes, innovadores o creatives. Revisant l'ecosistema emprenedor que caracteritza al sector agrari, es comprova que arrossega una sèrie de carències que li exigeixen un canvi a curt termini. No solament cal impulsar la creació de noves empreses, també cal millorar o innovar en les que ja estan funcionant. Donada la dimensió social de l'agricultura a l'Equador, aquesta hauria de posicionar-se com el principal motor del desenvolupament global del país, però la realitat és que es fonamenta en una cadena de valor molt desequilibrada i el sector no té ni la industrialització ni l'organització interna que permeta aquest lideratge. La present Tesi doctoral es va plantejar amb quatre objectius específics. El primer era "conéixer l'estat actual en el qual es troba el sector agroalimentari incidint en aquells aspectes que poden influir en major mesura en el desenvolupament del seu ecosistema emprenedor". Per al seu compliment s'han confirmat els principals problemes i enfocaments per a abordar-los amb personal expert de les diferents baules de la cadena agroalimentària (mètode Delphi), i elaborat unes matrius DAFO i CAME. A aquest objectiu se li uneix el d'"analitzar la conformació general de la cadena de valor", per al que s'ha pres com a referència el cultiu del cacau i la palma africana, i, a més de revisar com estan estructurades aquestes cadenes, s'ha aprofundit en els motius que porten a la baula d'origen a ser el que menor valor capta en tota la cadena. A més del diagnòstic del sector, l'altre aspecte fonamental era "determinar l'actitud emprenedora que caracteritza a diferents col·lectius que poden impulsar les agroemprenedories". Amb aquest objectiu es van triar, d'una banda, l'alumnat universitari de diferents escoles d'empresa de la Pontifícia Universitat Catòlica de l'Equador, seu Esmeraldas (PUCESE). Gràcies a la seua formació són potencials emprenedors, i per tant, bàsicament es necessita motivar-los perquè s'integren en el sector primari. D'altra banda, també es va treballar amb productors, que, malgrat tindre una situació socioeconòmica molt limitada i un nivell formatiu molt deficient, són els qui sustenten des de la base la producció d'aliments, i haurien de tindre un rol molt més proactiu en la cadena agroalimentària, per la qual cosa és procedent qualsevol labor de formació i motivació que puga fer-se amb ells. Es va poder treballar amb 70 estudiants i amb 80 productors, i a tots dos col·lectius se'ls va sotmetre a una capacitació específica per a fomentar la seua actitud emprenedora, basada especialment en una sèrie de tallers formatius. Per a analitzar quina és la caracterització de les actituds emprenedores de tots dos grups es va utilitzar l'eina impulsada per les Nacions Unides dins del seu programa EMPRETEC. També es va aprofundir, usant diferents tècniques d'inferència estadística, en la relació que podria haver-hi entre els canvis d'actitud percebuts abans i després de la capacitació respecte a altres aspectes. Així es van contemplar per als estudiants factors com el sexe, el cantó de procedència, el parentiu amb un familiar emprenedor o la modalitat de docència emprada (ja que es van usar dinàmiques més tradicionals enfront d'altres basades en les metodologies àgils). Respecte als productors, els factors van ser sexe, parròquia de procedència, i nivell d'estudi. S'han obtingut conclusions en cadascun dels capítols a m / [EN] Ecuador has many different natural resources, thanks to its diverse microclimates and productive regions, which allows it to have an important agricultural sector. However, survival agriculture predominates and value chain agents need to professionalize and innovate if they intend to achieve a much more modern and competitive agriculture model. This is particularly important in these times when world markets are heavily influenced by globalization, in which it seems that there is only room for the strongest, innovative or creative companies. Reviewing the entrepreneurial ecosystem that characterizes the agricultural sector, it is found that it carries a series of shortcomings that require a change in the short term. Not only does the creation of new companies need to be promoted, but we must also improve or innovate in those that are already functioning. Given the social dimension of agriculture in Ecuador, it should be positioned as the main engine of the country's global development. However, the reality is that it is based on a very unbalanced value chain and the sector has neither industrialization nor the internal organization that allows this leadership. This doctoral thesis was proposed with four specific objectives. The first was "to know the current state of the agri-food sector, influencing in those aspects that may have a greater impact on the development of its entrepreneurial ecosystem". For compliance, the main problems and approaches have been confirmed to address them with expert personnel from the different links of the agri-food chain (Delphi method), and developed SWOT and CAME matrices. This objective is joined to "analyze the general conformation of the value chain", for which the cultivation of cocoa and African palm has been taken as a reference. Besides, it has been reviewed how these chains are structured, and it has deepened in the reasons that lead to the link of origin to be the one that captures the lowest value in the whole chain. Along with the diagnosis of the sector, the other fundamental aspect was "to determine the entrepreneurial attitude that characterizes different groups that can boost agribusinesses". To achieve this goal, university students of different business schools of the Pontifical Catholic University of Ecuador, Esmeraldas headquarters (PUCESE), were chosen. Thanks to their training they are potential entrepreneurs, therefore, they only need to be motivated for being integrated into the primary sector. On the other hand, we also worked with producers, who, despite having a very limited socioeconomic situation and a very poor training level, are those who support food production from the base, and would have to have a much more proactive role in the agri-food chain, so it is appropriate any training and motivation work that can be done with them. It was possible to work with 70 students and with 80 producers, and both groups underwent specific training to promote their entrepreneurial attitude, based especially on a series of training workshops. To analyze the characterization of the entrepreneurial attitudes of both groups, the tool promoted by the United Nations was used within its EMPRETEC program. It also deepened, using different techniques of statistical inference, in the relationship that could be between changes in attitude perceived before and after training concerning other aspects. Thus, factors such as sex, the canton of origin, the relationship with an entrepreneurial family member or the teaching modality used (since more traditional dynamics were used compared to others based on agile methodologies) were contemplated for students. Regarding the producers, the factors were sex, parish of origin, and level of study. / Hago un agradecimiento especial al Estado ecuatoriano por financiar por más de 7 años todos mis estudios de posgrado, por creer en los jóvenes y apostar por nosotros, sin duda alguna los programas de becas nos han permitido a muchos ecuatorianos, alcanzar metas que sin esa oportunidad nunca hubiésemos logrado. / Burbano Salazar, JE. (2019). La situación y el fomento de los emprendimientos rurales: aspectos que determinan la creación de agronegocios en Ecuador [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/133998

La mejora de la calidad de las instituciones universitarias constituye el reto más importante en los próximos años para las universidades y el instrumento potencial para ello lo constituye la evaluación institucional, en general, y la evaluación de la actividad docente, en especial. El cuestionario de opinión de los estudiantes, es el instrumento de evaluación de la actividad docente más generalizado en las universidades españolas. El objetivo general del trabajo es desarrollar una metodología estadística adecuada para extraer, analizar e interpretar la información contenida en el Cuestionario de Evaluación Docente mediante Opinión de los Alumnos (CEDA) de la UPV, con la finalidad de optimizar su utilización práctica. El estudio se centra en la aplicación de distintas técnicas multivariantes a las puntuaciones medias e individuales obtenidas en los ítems del cuestionario y a diversas características descriptivas referentes al profesor o asignatura. Con la utilización conjunta de las técnicas propuestas, se pretende optimizar el uso del CEDA como herramienta de medida e indicador de calidad de la enseñanza en la universidad, para introducir actuaciones de mejora continua en los procesos educativos de la UPV. DESCRIPTORES Análisis multivariantes; Análisis de encuestas; Calidad de la docencia universitaria; Cuestionario de Evaluación Docente. / Martínez Gómez, M. (2005). Estudio del cuestionario de evaluación del profesorado de la UPV mediante opinión de los estudiantes. Tratamiento estadístico [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/1891

En la horticultura intensiva española la mayor parte de las exportaciones procede de los cultivos de invernadero, localizados en Almería, Murcia y Alicante, donde se ha centrado el presente estudio. Actualmente la posición competitiva no presenta amenazas muy graves pero tampoco muestra una etapa creciente. Exportaciones y precios soportan la competencia de otros países del área mediterránea, con los cuales España debe competir en capital y en tecnología elevando el nivel de equipamiento de los invernaderos. Ante unas exigencias de reestructuración de las instalaciones actuales, no aplazables, se plantea la presente tesis con el fin de conocer el estado actual de la tecnología y su evolución y, además, las características de las explotaciones y la actitud de sus titulares respecto a las innovaciones necesarias. Las fuentes de información se han basado en una toma de precios en origen del tomate y pimiento, como principales productos hortícolas, y en una encuesta, realizada en 242 explotaciones, mediante muestreo proporcional estratificado, en las zonas de El Ejido (Almería), Valle del Guadalentín y Campo de Cartagena (Murcia) y Sur de Alicante. El análisis de la información tuvo una primera parte dedicada a los precios, con el cálculo de la tendencia y la estacionalidad y la aplicación de modelos ARIMA. La finalidad ha sido conocer la evolución de las rentas de los productores, efectuar predicciones, y establecer una relación entre los precios y la tecnología adoptable. El tratamiento de los datos de la encuesta con sus resultados comprende la mayor parte del contenido del trabajo. Se aplicó el análisis estadístico univariante a las características estructurales de explotaciones e invernaderos y el bivariante, con contraste de independencia, para determinar relaciones de interés entre los factores que influyen en los procesos de innovación. / García Martínez, MDC. (2009). La adopción de tecnología en los invernaderos hortícolas mediterráneos [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/6472

Machine translation is a fundamental technology that is gaining more importance each day in our multilingual society. Companies and particulars are turning their attention to machine translation since it dramatically cuts down their expenses on translation and interpreting. However, the output of current machine translation systems is still far from the quality of translations generated by human experts. The overall goal of this thesis is to narrow down this quality gap by developing new methodologies and tools that improve the broader and more efficient deployment of machine translation technology. We start by proposing a new technique to improve the quality of the translations generated by fully-automatic machine translation systems. The key insight of our approach is that different translation systems, implementing different approaches and technologies, can exhibit different strengths and limitations. Therefore, a proper combination of the outputs of such different systems has the potential to produce translations of improved quality. We present minimum Bayes¿ risk system combination, an automatic approach that detects the best parts of the candidate translations and combines them to generate a consensus translation that is optimal with respect to a particular performance metric. We thoroughly describe the formalization of our approach as a weighted ensemble of probability distributions and provide efficient algorithms to obtain the optimal consensus translation according to the widespread BLEU score. Empirical results show that the proposed approach is indeed able to generate statistically better translations than the provided candidates. Compared to other state-of-the-art systems combination methods, our approach reports similar performance not requiring any additional data but the candidate translations. Then, we focus our attention on how to improve the utility of automatic translations for the end-user of the system. Since automatic translations are not perfect, a desirable feature of machine translation systems is the ability to predict at run-time the quality of the generated translations. Quality estimation is usually addressed as a regression problem where a quality score is predicted from a set of features that represents the translation. However, although the concept of translation quality is intuitively clear, there is no consensus on which are the features that actually account for it. As a consequence, quality estimation systems for machine translation have to utilize a large number of weak features to predict translation quality. This involves several learning problems related to feature collinearity and ambiguity, and due to the ¿curse¿ of dimensionality. We address these challenges by adopting a two-step training methodology. First, a dimensionality reduction method computes, from the original features, the reduced set of features that better explains translation quality. Then, a prediction model is built from this reduced set to finally predict the quality score. We study various reduction methods previously used in the literature and propose two new ones based on statistical multivariate analysis techniques. More specifically, the proposed dimensionality reduction methods are based on partial least squares regression. The results of a thorough experimentation show that the quality estimation systems estimated following the proposed two-step methodology obtain better prediction accuracy that systems estimated using all the original features. Moreover, one of the proposed dimensionality reduction methods obtained the best prediction accuracy with only a fraction of the original features. This feature reduction ratio is important because it implies a dramatic reduction of the operating times of the quality estimation system. An alternative use of current machine translation systems is to embed them within an interactive editing environment where the system and a human expert collaborate to generate error-free translations. This interactive machine translation approach have shown to reduce supervision effort of the user in comparison to the conventional decoupled post-edition approach. However, interactive machine translation considers the translation system as a passive agent in the interaction process. In other words, the system only suggests translations to the user, who then makes the necessary supervision decisions. As a result, the user is bound to exhaustively supervise every suggested translation. This passive approach ensures error-free translations but it also demands a large amount of supervision effort from the user. Finally, we study different techniques to improve the productivity of current interactive machine translation systems. Specifically, we focus on the development of alternative approaches where the system becomes an active agent in the interaction process. We propose two different active approaches. On the one hand, we describe an active interaction approach where the system informs the user about the reliability of the suggested translations. The hope is that this information may help the user to locate translation errors thus improving the overall translation productivity. We propose different scores to measure translation reliability at the word and sentence levels and study the influence of such information in the productivity of an interactive machine translation system. Empirical results show that the proposed active interaction protocol is able to achieve a large reduction in supervision effort while still generating translations of very high quality. On the other hand, we study an active learning framework for interactive machine translation. In this case, the system is not only able to inform the user of which suggested translations should be supervised, but it is also able to learn from the user-supervised translations to improve its future suggestions. We develop a value-of-information criterion to select which automatic translations undergo user supervision. However, given its high computational complexity, in practice we study different selection strategies that approximate this optimal criterion. Results of a large scale experimentation show that the proposed active learning framework is able to obtain better compromises between the quality of the generated translations and the human effort required to obtain them. Moreover, in comparison to a conventional interactive machine translation system, our proposal obtained translations of twice the quality with the same supervision effort. / González Rubio, J. (2014). On the effective deployment of current machine translation technology [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/37888

[EN] In the last years, several studies have been developed in order to guarantee safety operation of Nuclear Power Plants (NPP), for both, the design plant life and for the Long Term Operation (LTO). In those situations, NPP must face the Periodic Safety Review (PSR). An important part of PRS involves the evaluation of risk impact of Structures, Systems and Components (SSC) ageing and how current asset management programs, e.g. maintenance and testing programs, are successful to achieve the objective of allowing a safe operation. In order to perform this evaluation, it is necessary to extend the current Probabilistic Safety Assessment (PSA) models to take into account, not only equipment ageing, but also maintenance and testing policies. This Ph Dissertation aims to help in NPP safety evaluation in the framework of PSR in both, design life and long-term operation. In this context, two main objectives are proposed. The first one is based on the proposal and application of risk-informed decision making methodology to evaluate the impact of changes to licensing bases, particularly in the ETF, using PSA models and considering aleatory uncertainties. The second is based on the adaptation and development of SSC reliability and availability models to consider not only the effect of aging, but also the effect of components management policies, in particular the testing and maintenance. Finally, these models have been joined to APS in order to obtain a new and extended APS (APSE). Some application cases, for both, risk-informed decision making on changes of licensing bases and for the use of the new APSA in the process of decision making, are provided in order to assess the feasibility and applicability of the new methodologies proposed The work of this thesis is part of the research supported by the Ministry of Economy and Competitiveness in the project ENE2013-45540-R, "Development of Advanced Surveillance Requirements with a focus on safety and competitiveness of Nuclear Power Plants operation in the long term", and in the Doctoral Fellow ENE2010-17449. / [ES] En los últimos años se han desarrollado diversos estudios enfocados a garantizar la operación segura de las centrales nucleares (CCNN), tanto en la operación dentro de la vida de diseño como en la operación a largo plazo. En ambos casos, las centrales deben de afrontar una Revisión Periódica de Seguridad (RPS), la cual, involucra, entre otras tareas, la evaluación del impacto en el riesgo del envejecimiento de Estructuras, Sistemas y Componentes (ESC) y del papel de los programas de gestión de activos, tales como los programas de vigilancia y de mantenimiento de la central. Para llevar a cabo esta evaluación, urge la necesidad de extender los modelos actuales del Análisis Probabilista de Seguridad (APS) para que tenga en cuenta de forma explícita no sólo el efecto del envejecimiento sino también el efecto de las políticas de gestión de componentes activos, en particular, las pruebas y mantenimientos. La presente tesis doctoral pretende servir de ayuda en las evaluaciones de la seguridad de las CCNN, y en el contexto de las RPS, tanto en la operación dentro de la vida de diseño como en la operación a largo plazo. En este contexto se plantean dos objetivos principales. El primero, se basa en la propuesta y aplicación de una metodología de toma de decisiones basada en la utilización de los modelos y datos del APS para llevar a cabo la evaluación del impacto en el riesgo de cambios en las bases de licencia, concretamente en las ETF de las CCNN, en presencia de incertidumbres. El segundo, se basa en la adaptación y desarrollo de los modelos de fiabilidad y disponibilidad convencionales de ESC para que consideren de forma explícita no sólo el efecto del envejecimiento, sino también el efecto de las políticas de gestión de componentes activos, en particular de las pruebas y mantenimiento. Finalmente, estos modelos se han incorporado al APS con el objetivo de obtener un nuevo APS Extendido (APSE). Tanto para la toma de decisiones informada en el riesgo para cambios en las bases de licencia, cómo para la toma de decisiones utilizando el nuevo modelo extendido, APSE, se aportan casos de aplicación que demuestran la viabilidad y aplicabilidad de los mismos. El trabajo realizado en la presente tesis doctoral se enmarca dentro de la línea de investigación financiada por el Ministerio de Economía y Competitividad en el proyecto ENE2013-45540-R, "Desarrollo de Requisitos de vigilancia avanzados enfocados a la seguridad y competitividad de la operación a largo plazo de centrales nucleares" y en la beca de Formación de Personal Investigador (FPI) ENE2010-17449. / [CA] En els últims anys s'han desenvolupat diversos estudis enfocats a garantir l'operació segura de les centrals nuclears (CCNN), tant en l'operació dins de la vida de disseny com en l'operació a llarg termini. En ambdos casos, les centrals han d'afrontar una Revisió Periòdica de Seguretat (RPS), la qual, involucra, entre altres tasques, l'avaluació de l'impacte en el risc de l'envelliment d'Estructures, Sistemes i components (ESC) i del paper dels programes de gestió d'actius, com els programes de vigilància i de manteniment de la central. Per dur a terme aquesta avaluació, urgeix la necessitat d'estendre els models actuals de l'Anàlisi Probabilista de Seguretat (APS) perquè tinga en compte de manera explícita no sols l'efecte de l'envelliment sinó també l'efecte de les polítiques de gestió de components actius, en particular, les proves i manteniments. La present tesi doctoral pretén servir d'ajuda en les avaluacions de la seguretat de les CCNN, i en el context de les RPS, tant en l'operació dins de la vida de disseny com en l'operació a llarg termini. En aquest context es plantegen dos objectius principals. El primer, es basa en la proposta i aplicació d'una metodologia de presa de decisions basada en la utilització dels models i dades de l'APS per a dur a terme l'avaluació de l'impacte en el risc de canvis en les bases de llicència, concretament en les ETF de les CCNN, en presència d'incerteses. El segon, es basa en l'adaptació i desenvolupament dels models de fiabilitat i disponibilitat convencionals d'estructures, sistemes i components perquè considerin de forma explícita no només l'efecte de l'envelliment, sinó també l'efecte de les polítiques de gestió de components actius, en particular de les proves i manteniment. Finalment, aquests models s'han incorporat al APS amb l'objectiu d'obtenir un nou APS Estès (APSE). Tant per a la presa de decisions informada en el risc per canvis en les bases de llicència com per a la presa de decisions utilitzant el nou model estès, APSE, s'aporten casos d'aplicació que demostren la viabilitat i aplicabilitat dels mateixos. El treball realitzat en la present tesi doctoral s'emmarca dins de la línia d'investigació finançada pel Ministeri d'Economia i Competitivitat en el projecte ENE2013-45540-R, "Desarrollo de Requisitos de vigilancia avanzados enfocados a la seguridad y competitividad de la operación a largo plazo de centrales nucleares" i en la beca de Formació de Personal Investigador (FPI) ENE2010-17449. / Martón Lluch, I. (2015). Gestión de la operación, vigilancia y mantenimiento de equipos de seguridad de centrales nucleares a corto y largo plazo [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/58615

[ES] Debido a la globalización y al mercado competitivo actual, a la gran variedad de productos y servicios, a los clientes cada vez más exigentes y que demandan productos de alta calidad al mejor precio y a que la tecnología está continuamente mejorando; la mayoría de las pymes industriales decidieron implementar en sus instalaciones normas y sistemas de gestión con la intención de perfeccionar sus procesos y mejorar su nivel de competitividad y así asegurar su permanencia en su sector del mercado. Esto llevó a que una gran cantidad de empresas implementaran sistemas de gestión en sus instalaciones. Lo que a su vez provocó la necesidad y urgencia de crear nuevos sistemas de gestión relacionados con diferentes aspectos que pudieran afectar al desempeño organizacional y, por tanto, a la competitividad de la empresa. Todo esto se traduce en una gran cantidad de empresas que poseen en sus instalaciones varios sistemas de gestión independientes, con los que gestionar aspectos tan diversos como la calidad, el medio ambiente o la salud y la seguridad de sus trabajadores. Sin embargo, existe la posibilidad de administrar varios sistemas de gestión como si fueran uno solo, mediante los sistemas integrados de gestión. Con estos, las empresas pueden ayudarse de las sinergias que presentan en común para obtener una gestión más eficiente y sencilla que si se administraran por separado cada sistema de gestión. No obstante, al llevar a cabo una revisión literaria completa, se apreció que ningún sistema integrado de gestión está relacionado conjuntamente con los aspectos de calidad, mejora continua, riesgos y que ayude a eliminar aquellas actividades que no aportan valor añadido a la empresa. Es por este motivo por lo que el principal objetivo de la presente Tesis Doctoral es crear una metodología que integre las normas ISO 9001:2015 e ISO 31000:2009, Kaizen y Lean Manufacturing. Con esta metodología se intenta ofrecer ayuda a las empresas para mejorar la calidad de sus productos, afrontar los riesgos que pueden encontrarse diariamente y, al mismo tiempo, mejorar continuamente y prescindir de aquellas herramientas y actividades que no generan valor para la empresa. Para poder desarrollar dicha metodología de integración, una vez terminada la revisión literaria, se realizó un análisis empírico univariante y bivariante en el que se empleó una muestra de treinta pymes de la Comunidad Valenciana y una muestra de nueve empresas españolas ubicadas en la República Checa con dos o más sistemas de gestión implementados. De este estudio se concluye que la mayoría de las pymes examinadas han integrado sus sistemas de gestión examinando los elementos comunes de los sistemas de gestión que querían integrar y mediante su propio mapa de procesos. Esta integración tardó entre uno y dos años y en el que afrontaron barreras como "Falta de recursos humanos", "Falta de colaboración entre los departamentos" y "Empleados poco motivados". Gracias al sistema integrado de gestión, las empresas consiguieron mejorar su imagen externa, perfeccionar la calidad de sus productos y aumentar su ventaja competitiva en el mercado y su eficiencia organizacional. También se observó que la totalidad de las pymes valencianas de la muestra, antes de empezar con el proceso de integración y en un plan de integración, determinaron "los Objetivos de calidad y la planificación para lograrlos", la "Gestión de la Infraestructura" y el "Control de las no-conformidades". Mientras que las pymes españolas ubicadas en la República Checa crearon un plan de integración en el que determinaron el "Control de las no conformidades", la "Información documentada (documentación, registro)", los "Roles, responsabilidades, autoridades" de cada trabajador, la "Revisión del sistema" y las "Acciones preventivas y correctivas". / [CAT] A causa de la globalització i al mercat competitiu actual, a la gran varietat de productes i serveis, als clients cada vegada més exigents i que demanen productes d'alta qualitat al millor preu i a que la tecnologia està contínuament millorant; la majoria de les pimes industrials van decidir implementar en les seves instal·lacions normes i sistemes de gestió amb la intenció de perfeccionar els seus processos i millorar el seu nivell de competitivitat, per així assegurar la seva permanència en el seu sector del mercat. Això va fer que una gran quantitat d'empreses implementaren sistemes de gestió en les seves instal·lacions. El que al seu torn va provocar la necessitat i urgència de crear nous sistemes de gestió relacionats amb diferents aspectes que poguessen afectar a l'acompliment organitzacional i, per tant, a la competitivitat de l'empresa. Tot això es tradueix en una gran quantitat d'empreses que posseeixen diversos sistemes de gestió independents, amb els quals gestionar aspectes tan diversos com la qualitat, el medi ambient o la salut i la seguretat dels seus treballadors. No obstant això, hi ha la possibilitat d'administrar diversos sistemes de gestió com si foren un, mitjançant els sistemes integrats de gestió. Amb aquests, les empreses poden ajudar-se de les sinergies que presenten en comú per obtenir una gestió més eficient i senzilla que si s'administraren per separat cada sistema de gestió. No obstant això, en dur a terme una revisió literària completa, es va apreciar que cap sistema integrat de gestió està relacionat conjuntament amb els aspectes de qualitat, millora contínua, riscos i que ajude a eliminar aquelles activitats que no aporten valor afegit a l'empresa. És per aquest motiu pel que el principal objectiu de la present Tesi Doctoral és crear una metodologia que integre les normes ISO 9001: 2015 i ISO 31000: 2009, la filosofia Kaizen i l'eina Lean Manufacturing. Amb aquesta metodologia es pretén ajudar a les empreses a millorar la qualitat dels seus productes, afrontar els riscos que poden trobar-se diàriament i, a la vegada, millorar contínuament i prescindir d'aquelles eines i activitats que no generen valor per a l'empresa. Per poder desenvolupar aquesta metodologia d'integració, una vegada acabada la revisió literària, s'ha realitzat una anàlisi empírica univariant i bivariant en la que s'utilitza una mostra de trenta pimes de la Comunitat Valenciana i una mostra de nou pimes espanyoles situades a la República Txeca amb dos o més sistemes de gestió implementats. D'aquests anàlisis es conclou que la majoria de les pimes estudiades han integrat els seus sistemes de gestió analitzant els elements comuns dels sistemes de gestió que volien integrar i mitjançant el seu propi mapa de processos. Aquest procés d'integració va durar entre un i dos anys i en el que van afrontar barreres com "Falta de recursos humans", "Falta de col·laboració entre els departaments" i "Empleats poc motivats". Però gràcies al sistema integrat de gestió, les empreses van aconseguir millorar la seua imatge externa, perfeccionar la qualitat dels seus productes i augmentar el seu avantatge competitiu en el mercat i la seua eficiència organitzacional. També s'ha observat que, abans de començar amb el procés d'integració i en un pla d'integració, la majoria de les pimes valencianes de la mostra van determinar "els objectius de qualitat i la planificació per a aconseguir-los", la "Gestió de la Infraestructura" i el "Control de les no-conformitats". Mentre que les pimes espanyoles situades a la República Txeca van crear un pla d'integració en el que van determinar el "Control de les no conformitats", la "Informació documentada (documentació, registre)", els "Rols, responsabilitats, autoritats" de cada treballador, la "Revisió del sistema" i les "Accions preventives i correctives". / [EN] Due to globalisation and the current competitive market, the wide variety of products and services, customers are increasingly demanding and ask for high-quality products at the best price and technology is continuously improving; most industrial SMEs decided to implement management standards and systems in their facilities to improve processes and their level of competitiveness, to ensure their permanence in their market sector. This led many companies to implement management systems in their facilities. Which in turn, caused the need and urgency to create new management systems related to different aspects that could affect organisational performance and, therefore, the company competitiveness. All this means that many companies have several independent management systems to manage aspects as diverse as quality, the environment, or the health and safety of its workers. However, there is a possibility of running several management systems as if they were only one, through integrated management systems. With them, companies can benefit from the common synergies presented by the systems to obtain more efficient and simple management than if they ran each management system separately. Nevertheless, after conducting a complete literary review, it was found that no integrated management system is related to aspects of quality, continuous improvement, risks and, simultaneously, helps eliminate those activities that do not add value to the company. This reason motivates that the principal purpose of this essay is to design a method that integrates the ISO 9001:2015 standard, the Lean Manufacturing tool, the Kaizen philosophy of continuous improvement, and the ISO 31000:2009 standard. This methodology can help companies to improve the quality of their products and face the risks that can be found daily and, at the same time, continuously improve and disregard those tools and activities that do not generate value for the company. To develop the integration methodology after the literary review is conducted did a univariate and bivariate empirical analysis was done using a sample of thirty SMEs from the Valencian Community and a sample of nine Spanish companies located in the Czech Republic, in all cases implementing two or more management systems. The conclusion from this study is that most of the SMEs in the sample have integrated their management systems analysing the common elements of the management systems that they wanted to integrate and through their own process map. This process of integration lasted between one and two years and in which they encountered barriers such as "Lack of human resources", "Lack of collaboration between the departments" and "Employees with little motivation". Thanks to the integrated management system, the companies managed to improve their external image, the quality of their products and increase their competitive advantage in the market, and their organizational efficiency. It was also observed that, before starting the process of integration and in an integration plan, most of the Valencian SMEs from the sample determined "the objectives of quality and the planning to achieve them", "Infrastructure Management" and "Control of non-conformities". While the Spanish SMEs located in the Czech Republic created an integration plan in which they determined the "Control of non-conformities", the "Documented information (documentation, registration)", the "Roles, responsibilities, authorities" of each worker, the "System Review" and the "Preventive and Corrective Actions". / Palacios Guillem, M. (2021). Propuesta de un nuevo procedimiento basado en la norma ISO 9001 para la gestión conjunta de la norma ISO 31000, la filosofía Kaizen y la herramienta Lean Manufacturing en pymes industriales de la Comunidad Valenciana [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/178979

[ES] En las últimas décadas, la intensificación del uso de las tecnologías de la información y la comunicación (TIC) ha supuesto grandes cambios en nuestra forma de vida. En este contexto de intensa y creciente digitalización, esta tesis doctoral estudia el papel que juegan las TIC como un factor determinante del rendimiento académico de los estudiantes de educación secundaria, así como los factores que propician el uso de las TIC en el aula por parte de los docentes. La tesis se compone de tres capítulos: (1) en el primero de ellos, se analiza la relación entre distintos tipos de uso de las TIC en el contexto social y educativo y el rendimiento académico; (2) en el capítulo dos, se centra la atención en el impacto que tiene sobre el rendimiento académico el uso de las TIC en el aula para realizar tareas y ejercicios; (3) y en el capítulo tres se analizan los factores que determinan la frecuencia de uso de las TIC en el aula por parte de los docentes. Para realizar estos análisis, se estudian datos procedentes de evaluaciones educativas internacionales y nacionales mediante la aplicación de distintos métodos estadísticos: modelos multinivel, método de variables instrumentales, método de emparejamiento por puntaje de propensión, regresiones cuantílicas y técnica de imputación multivariante por ecuaciones encadenadas. Los resultados alcanzados en las distintas investigaciones proporcionan evidencia empírica novedosa que permite elaborar recomendaciones en materia de política educativa, así como abrir futuras líneas de investigación que permitirán complementar los resultados de esta tesis doctoral. / [CA] En les últimes dècades, la intensificació de l'ús de les tecnologies de la informació i la comunicació (TIC) ha suposat grans canvis en la nostra forma de vida. En aquest context d'intensa i creixent digitalització, aquesta tesi doctoral estudia el paper que juguen les TIC com un factor determinant del rendiment acadèmic dels estudiants d'educació secundària, així com els factors que propicien l'ús de les TIC a l'aula per part dels docents. La tesi es compon de tres capítols: (1) en el primer d'ells, s'analitza la relació entre diferents tipus d'ús de les TIC en el context social i educatiu i el rendiment acadèmic; (2) en el capítol dos, se centra l'atenció en l'impacte que té sobre el rendiment acadèmic l'ús de les TIC a l'aula per a fer tasques i exercicis; (3) i en el capítol tres s'analitzen els factors que determinen la freqüència d'ús de les TIC a l'aula per part dels docents. Per a realitzar aquestes anàlisis, s'estudien dades procedents d'avaluacions educatives internacionals i nacionals mitjançant l'aplicació de diferents mètodes estadístics: models multinivell, mètode de variables instrumentals, mètode d'aparellament per puntuació de propensió, regressió quantílica i tècnica d'imputació multivariant per equacions encadenades. Els resultats aconseguits en les diferents investigacions proporcionen evidència empírica nova que permet elaborar recomanacions en matèria de política educativa, així com obrir futures línies d'investigació que permetran complementar els resultats d'aquesta tesi doctoral. / [EN] In recent decades, the intensification of the use of information and communication technologies (ICT) has brought about major changes in our way of life. In this context of intense and increasing digitalization, this doctoral thesis studies the role of ICT as a determinant of the academic performance of secondary school students, as well as the factors that favour the use of ICT in the classroom by teachers. The thesis consists of three chapters: (1) in the first one, the relationship between different types of ICT use in the social and educational context and academic performance is analysed; (2) in chapter two, attention is focused on the impact on academic performance of the use of ICT in the classroom to carry out tasks and exercises; (3) and in chapter three, the factors that determine the frequency of ICT use in the classroom by teachers are analysed. In order to carry out these analyses, data from international and national educational assessments are studied by applying different statistical methods: multilevel models, instrumental variables method, propensity score matching method, quantile regressions and multivariate imputation technique by chained equations. The results achieved in the different investigations provide novel empirical evidence that allows us to elaborate recommendations for educational policy, as well as to open future lines of research that will allow us to complement the results of this doctoral thesis. / Mi agradecimiento al Ministerio de Universidades por su apuesta en la financiación de mi proyecto de investigación mediante el contrato FPU16/04571 y por permitirme dedicarme durante estos cuatro años exclusivamente a la investigación y a la docencia universitaria. Agradezco también al Ministerio de Economía y Competitividad y al doctor Jorge Calero, investigador principal del proyecto “Evaluación de intervenciones educativas para la mejora de la calidad educativa”, por permitirme participar como miembro del equipo de trabajo en el proyecto EDU2016-76414-R y financiar la presentación de mis investigaciones en congresos nacionales e internacionales. Igualmente, agradezco a la Fundación Sabadell por otorgarme una ayuda a la investigación científica en la convocatoria 2020-2021. / Gómez Fernández, NM. (2022). Use of Statistical Methods for the Analysis of Educational Data: the Role of ICTs in the Educational Context [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/181000

[ES] El objetivo principal de este trabajo fue conocer las alteraciones inmunológicas asociadas a la inflamación periférica que desencadenan deterioro cognitivo en los pacientes cirróticos encefalopatía hepática mínima (EHM). Estos cambios pueden ser monitorizados como cascadas de señalización a lo largo de los tipos celulares del sistema inmune. Como estudio preliminar, se analizaron los cambios en la expresión génica (transcriptómica), los metabolitos de plasma (metabolómica) y un panel de citoquinas extracelulares en muestras de sangre de pacientes cirróticos con y sin EHM. Los resultados del análisis transcriptómico apoyaron la hipótesis de alternancias en las poblaciones celulares de linfocitos Th1/Th2 y Th17 como principales impulsores de la EHM. El análisis clúster de las moléculas del suero dio como resultado 6 grupos de compuestos químicamente similares. También se ha realizado un análisis de integración multiómica para detectar las relaciones entre los componentes intra y extracelulares que podrían contribuir a la inducción del deterioro cognitivo. Los resultados de este análisis integrativo sugirieron una relación entre las citocinas CCL20, CX3CL1, CXCL13, IL-15, IL-22 e IL-6 con la alteración de la quimiotaxis, así como un vínculo entre los fosfolípidos insaturados de cadena larga y el aumento del transporte de ácidos grasos y la producción de prostaglandinas. Estudios previos sugieren que un cambio en la inflamación periférica, orquestado principalmente por las células T CD4+, es un factor crítico que desencadena el deterioro cognitivo en EHM. La segunda parte de la tesis se centró en la comprensión de las rutas genéticas y los mecanismos por los que las alteraciones en los linfocitos CD4+ pueden contribuir a la inflamación periférica en EHM. Se analizaron los niveles de expresión de genes, factores de transcripción y miARNs en este subtipo de linfocitos mediante secuenciación de alto rendimiento (RNA-seq y miRNA-seq). El análisis individual de cada grupo de datos mostró diferencias de expresión de ARNm y miARN, así como las vías biológicas alteradas en los linfocitos CD4+ comparando pacientes cirróticos con y sin EHM. Encontramos alteraciones en 167 ARNm y 20 rutas biológicas en los pacientes con EHM, incluyendo los receptores tipo Toll, la señalización de la IL-17 y las vías del metabolismo de histidina y triptófano. Trece miRNAs y 7 factores de transcripción presentaron alteraciones en los pacientes con EHM. Utilizando bases de datos para determinar sus genes diana, encontramos una modulación por el aumento de miR-494-39, miR-656-3p y miR-130b-3p de la expresión de TNFAIP3 (proteína A20) y ZFP36 (proteína TTP) aumentaría los niveles de citoquinas proinflamatorias como IL-17 y TNF¿. Finalmente, estudiamos el repertorio de receptores de células T (TCR) de pacientes control, y de pacientes cirróticos con y sin EHM, a partir del conjunto de datos de RNA-seq procedentes de células T CD4+ aisladas previamente. Dado que los experimentos de RNA-seq contienen genes del TCR en una fracción de los datos, se puede analizar el repertorio sin necesidad de generar datos adicionales. Tras el alineamiento de las lecturas con la base de datos de los genes VDJ realizada por la herramienta MiXCR, recuperamos entre 498-1114 cadenas TCR beta distintas por paciente. Los resultados mostraron un bajo número de clones públicos (convergencia clonal), una alta diversidad (expansión clonal) y una elevada similitud en la arquitectura de la secuencia dentro de los repertorios, independientemente del estado inmunitario de los 3 grupos de pacientes. Además, detectamos una sobrerrepresentación significativa de los TCRs relacionados con la enfermedad celíaca y la enfermedad inflamatoria intestinal en los repertorios de los pacientes con EHM. / [CA] L'objectiu principal d'aquest treball va ser conèixer les alteracions immunològiques associades a la inflamació perifèrica que desencadenen deteriorament cognitiu en els pacients cirròtics amb encefalopatia hepàtica mínima (EHM). Aquests canvis poden ser monitoritzats com cascades de senyalització al llarg dels tipus cel·lulars del sistema immune. Com a estudi preliminar, es van analitzar els canvis en l'expressió gènica (transcriptòmica), els metabòlits de plasma (metabolòmica) i un conjunt de citocines extracel·lulars en mostres de sang de pacients cirròtics amb i sense EHM. Els resultats de l'anàlisi transcriptòmica van recolzar la hipòtesi d'alternances en les poblacions cel·lulars de limfòcits Th1/Th2 i Th17 com a principals impulsors de la EHM. L'anàlisi clúster de les molècules del sèrum va donar com a resultat 6 grups de compostos químicament similars. També s'ha realitzat una anàlisi d'integració multiòmica per detectar les relacions entre els components intra i extracel·lulars que podrien contribuir a la inducció del deteriorament cognitiu. Els resultats d'aquesta anàlisi d'integració van suggerir una relació entre les citocines CCL20, CX3CL1, CXCL13, IL-15, IL-22 i IL-6 amb l'alteració de la quimiotaxis, així com un vincle entre els fosfolípids insaturats de cadena llarga i l'augment del transport d'àcids grassos i la producció de prostaglandines. Estudis previs suggereixen que un canvi en la inflamació perifèrica, orquestrat principalment per les cèl·lules T CD4+, és un factor crític que desencadena el deteriorament cognitiu en EHM. La segona part de la tesi es va centrar en la comprensió de les rutes genètiques i els mecanismes pels quals les alteracions en els limfòcits CD4+ poden contribuir a la inflamació perifèrica en EHM. Es van analitzar els nivells d'expressió de gens, factors de transcripció i miARNs en aquest subtipus de limfòcits mitjançant seqüenciació d'alt rendiment (RNA-seq i miRNA-seq). L'anàlisi individual de cada grup de dades va mostrar les diferències d'expressió d'ARNm i miARN, així com les vies biològiques alterades en els limfòcits CD4+ comparant pacients cirròtics amb i sense EHM. Trobàrem alteracions en 167 ARNm i 20 rutes biològiques en els pacients amb EHM, incloent els receptors tipus Toll, la senyalització de la IL-17 i les vies del metabolisme de la histidina i el triptòfan. Tretze miRNAs i 7 factors de transcripció van presentar alteracions en els pacients amb EHM. Després utilitzàrem bases de dades per determinar els seus gens diana, els quals van resultar ser codificants per proteïnes clau implicades en el canvi immunològic que desencadena la EHM. Per exemple, la modulació per l'augment de miR-494-39, miR-656-3p i miR-130b-3p de l'expressió de TNFAIP3 (proteïna A20) i ZFP36 (proteïna TTP) augmentaria els nivells de citocines proinflamatòries com IL-17 i TNF¿. L'última part de la tesi comprèn un cas pràctic en el qual s'estudia el repertori de receptors de cèl·lules T (TCR) de pacients control, i de pacients cirròtics amb i sense EHM, a partir del conjunt de dades de RNA-seq procedents de cèl·lules T CD4+ aïllades prèviament. Atès que els experiments de RNA-seq contenen gens del TCR en una fracció de les dades, es crea una oportunitat per a l'anàlisi del repertori sense necessitat de generar dades addicionals, el qual redueix la quantitat i els costos de les mostres. Després de l'alineament de les lectures amb la base de dades dels gens VDJ realitzada per l'eina MiXCR, recuperàrem entre 498-1114 cadenes TCR beta diferents per pacient. Els resultats van mostrar un baix nombre de clons públics (convergència clonal), una alta diversitat (expansió clonal) i una elevada similitud en l'arquitectura de la seqüència dins dels repertoris, independentment de l'estat immunitari dels 3 grups de pacients. A més, detectàrem una sobrerepresentació significativa dels TCRs relacionats amb la malaltia celíaca i la malaltia inflamatòria intestinal en els repertoris dels pacients amb EHM. / [EN] The main objective of this work was to understand the immunological alterations associated with the peripheral inflammation that trigger minimal hepatic encephalopathy (MHE) in patients with cirrhosis. These changes can be monitored through the signaling cascades of different immune system cell types. In this work, in a preliminary study, changes in gene expression (transcriptomics), plasma metabolites (metabolomics), and a panel of extracellular cytokines were analyzed in blood samples from patients with cirrhosis with and without MHE. Transcriptomics analysis supported the hypothesis that alternations in the Th1/Th2 and Th17 lymphocyte cell populations are the major drivers of MHE. Cluster analysis of serum molecules highlighted 6 groups of chemically similar compounds. We also developed a multi-omic integration analysis pipeline to detect covariation between intra- and extracellular components that could contribute to the induction of cognitive impairment. Results of this integrative analysis suggested a relationship between cytokines CCL20, CX3CL1, CXCL13, IL-15, IL-22, and IL-6 and altered chemotaxis, as well as a link between long-chain unsaturated phospholipids and increased fatty acid transport and prostaglandin production. A shift in peripheral inflammation in patients with MHE, mainly orchestrated by CD4+ T cells, had been proposed in previous studies as a critical factor that triggers cognitive impairment. The second part of this thesis focused on understanding the pathways and mechanisms by which alterations in CD4+ lymphocytes may contribute to peripheral inflammation in MHE. Thus, the expression levels of genes, transcription factors, and miRNAs were analyzed in this lymphocyte subtype by high throughput sequencing (RNA-seq and miRNA-seq). Separate analysis of each dataset showed mRNA and miRNA expression differences and altered biological pathways in CD4+ lymphocytes when compared to patients with cirrhosis with and without MHE. We found alterations in 167 mRNAs and 20 pathways in patients with MHE, including toll-like receptors, IL-17 signaling, histidine, and tryptophan metabolism pathways. In addition, 13 miRNAs and 7 transcription factors presented alterations in patients with MHE. We used public databases to determine the target genes of these regulatory molecules and found that increased miR-494-39, miR-656-3p, and miR-130b-3p expression may modulate TNFAIP3 (A20) and ZFP36 (TTP) to increase levels of pro-inflammatory cytokines such as IL-17 and TNF¿. Finally, we present a case study of the T-cell receptor (TCR) repertoire profiles of control patients and patients with cirrhosis with and without MHE obtained from the bulk RNA-seq dataset previously generated from isolated CD4+ T cells. Given that RNA-seq experiments contain the TCR genes in a fraction of the data, the receptor repertoire analysis without the need to generate additional data is possible. After read alignment to the VDJ genes was performed with the MiXCR tool, we successfully recovered 498-1,114 distinct TCR beta chains per patient. Results showed fewer public clones (clonal convergence), higher diversity (clonal expansion), and elevated sequence architecture similarity within repertoires, independently of the immune status of the 3 groups of patients. Additionally, we detected significant overrepresentation of celiac disease and inflammatory bowel disease related TCRs in MHE patient repertoires. To the best of our knowledge, this is one of the few studies to have shown a step-by-step pipeline for the analysis of immune repertoires using whole transcriptome RNA-seq reads as source data. In conclusion, our work identified potentially relevant molecular mechanisms of the changes in the immune system associated with the onset of MHE in patients with cirrhosis. Future work with a large sample cohort will be required to validate these results in terms of biomarker determination and the development of new, more effective treatments for MHE. / Rubio Martínez-Abarca, MT. (2022). Multi-omic data integration study of immune system alterations in the development of minimal hepatic encephalopathy in patients with liver cirrhosis [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/185116

Tesis por compendio / [ES] El objetivo de esta tesis se considera de gran relevancia para los técnicos de las industrias textiles de género de punto, ya que contribuye a simplificar enormemente los cálculos productivos en las empresas de género de punto por trama. Ofrece un método eficaz para predecir el encogimiento longitudinal, transversal y al ancho de los tejidos de punto después de los procesos de tejeduría, tintura y acabados a partir de la forma dimensional que adopte la malla. Esta investigación se ha realizado con el análisis de más de 700 muestras de tejido extraídas de sus respectivas partidas de tejido. Con este análisis se han obtenido modelos de regresión lineal. Después de la verificación de los resultados obtenidos se validan los modelos, apreciando mínimos errores que verifican su aplicabilidad. Esta Tesis Doctoral comienza con el análisis de la variación dimensional de las tres estructuras fundamentales: interlock, 1x1 rib y single jersey. Durante los procesos de tejeduría, tintura y acabado de los tejidos de punto, se pueden dar una serie de circunstancias que pueden alterar la calidad del producto final del tejido y por consiguiente su transmisión directa al artículo al que va a ser destinado. Uno de estos factores que ha creado mucha incertidumbre en su trabajo a los técnicos de las industrias textiles ha sido la estabilidad dimensional de los tejidos de punto. La aplicación de los resultados de la Tesis puede proporcionar un importante ahorro de tiempo a las empresas de género de punto y, en consecuencia, un ahorro de inversión en stock de productos intermedios. Con la aplicación de los modelos desarrollados, las empresas no necesitan utilizar los métodos de cálculo comunes consistentes en la aplicación de la norma UNE EN ISO 6330-2012, que requiere un día de parada en la producción hasta la obtención de los resultados. También en esta tesis doctoral se han propuesto modelos que expliquen la variabilidad de la longitud del hilo absorbido por una malla, en cada una de las tres estructuras fundamentales, a partir de modelos que utilizan otras variables mucho más sencillas de analizar. De esta forma se deja de un lado el cálculo tradicional utilizado basado en la norma UNE-EN 14970, ya que este procedimiento es algo engorroso, requiriendo mucho tiempo y un aparato de medición del hilo. Con la utilización de los modelos propuestos se agiliza la estimación de la longitud de malla entre los estados de relajación propuestos, dos en tejeduría (Tejeduría y relajación en seco y Tejeduría y relajación en húmedo) y dos en tintura (Tintura y relajación en seco y tintura y relajación en húmedo). / [CA] L'objectiu d'aquesta tesi es considera de gran rellevància per als tècnics de les indústries tèxtils de gènere de punt, ja que contribueix a simplificar enormement els càlculs productius a les empreses de gènere de punt per trama. Ofereix un mètode eficaç per predir l'encongiment longitudinal i transversal dels teixits de punt després dels processos de teixidura, tintura i acabats a partir de la forma dimensional que adopte la malla. Aquesta investigació s'ha fet amb l'anàlisi de més de 700 mostres de teixit extretes de les respectives partides de teixit. Amb aquesta anàlisi s'han obtingut models de regressió lineal. Després de la verificació dels resultats obtinguts es validen els models, apreciant mínims errors que verifiquen la seua aplicabilitat. Aquesta Tesi Doctoral comença amb l'anàlisi de la variació dimensional de les tres estructures fonamentals: interlock, 1x1 rib i single jersei. Durant els processos de teixidura, tintura i acabat dels teixits de punt, es poden donar una sèrie de circumstàncies que poden alterar la qualitat del producte final del teixit i per tant la seva transmissió directa a l'article a què serà destinat. Un d'aquests factors que ha creat molta incertesa a la feina als tècnics de les indústries tèxtils ha estat l'estabilitat dimensional dels teixits de punt. L'aplicació dels resultats de la Tesi pot proporcionar un important estalvi de temps a les empreses de gènere de punt i, en conseqüència, un estalvi d'inversió en estoc de productes intermedis. Amb l'aplicació dels models desenvolupats, les empreses no necessiten utilitzar els mètodes de càlcul comuns consistents en l'aplicació de la norma UNE EN ISO 6330-2012, que requereix un dia de parada a la producció fins a l'obtenció dels resultats. També en aquesta tesi doctoral s'han proposat models que expliquen la variabilitat de la longitud del fil absorbit per una malla, en cadascuna de les tres estructures fonamentals, a partir de models que utilitzen altres variables molt més senzilles d'analitzar. D'aquesta manera es deixa d'una banda el càlcul tradicional utilitzat basat en la norma UNE-EN 14970, ja que aquest procediment és una mica molest, requerint molt de temps i un aparell de mesura del fil. Amb la utilització dels models proposats s'agilitza l'estimació de la longitud de malla entre els estats de relaxació proposats, dos en teixidura (Teixidura i relaxació en sec i Teixidura i relaxació en humit) i dos en tintura (Tintura i relaxació en sec i tintura i relaxació en humit). / [EN] The objective of this thesis is considered of great relevance for the technical of the knitwear textile industries, since it greatly simplifies the productive calculations in weft knitting companies. It offers an effective method for predicting the longitudinal and transverse shrinkage of knitted fabrics after the knitting, dyeing and finishing processes, based on the dimensional shape adopted by the loop. This research has been carried out with the analysis of more than 700 knitting samples extracted from their respective fabrics items. With this analysis we have obtained linear regression models. After verification of the results obtained, the models are validated, appreciating minimum errors that verify their applicability. This Doctoral Thesis begins with the analysis of the dimensional variation of the three fundamental structures: interlock, 1x1 rib and single jersey. During the knitting, dyeing and finishing processes of knitted fabrics, can be given a series of circumstances that can alter the quality of the final product of the fabric and therefore its direct transmission to the article to which it is going to be intended. One of these factors that has created a lot of uncertainty in your work technical of the textile industries has been the dimensional stability of knitted fabrics. The application of the results of the Thesis can provide a significant save time for knitting companies and, consequently, an investment savings in stock of intermediate products. With the application of developed models, companies do not need to use the calculation methods consisting of the application of the UNE EN ISO 6330-2012 standard, which It requires a day of stoppage in production until the results are obtained. Also in this doctoral thesis models have been proposed that explain the variability of the length of the thread absorbed by a loop, in each of the three fundamental structures, from models that use other variables much easier to analyze. In this way, it leaves aside the traditional calculation used based on the UNE-EN 14970 standard, since this procedure is somewhat cumbersome, requiring a lot of time and a thread measurement. With the use of the proposed models, the estimation of the loop length between the proposed relaxation states, two in knitting (knitting and dry relaxation and knitting and wet relaxation) and two in dyeing (dyeing and dry relaxation and dyeing and wet relaxation). / Llinares Berenguer, JÓ. (2022). Modelización de la variación dimensional de los tejidos de punto por recogida durante todo el proceso productivo [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/188844 / Compendio