Le lin (Linum usitatissimum) fait partie des premières plantes cultivées dans le monde. Depuis toujours il est une source de fibres (périphloèmiennes) de très grande qualité pour l'industrie textile et connait actuellement un nouvel intérêt dans l'industrie des matériaux composites. Les fibres périphloèmiennes de lin possèdent des propriétés mécaniques remarquables grâce à la structure et la composition chimique de leurs parois cellulaires. Afin d'approfondir nos connaissances concernant la mise en place de la paroi cellulaire des fibres de lin, nous avons généré des ESTs à partir de tissus externes riches en fibres. La classification fonctionnelle des ESTs a permis l'identification de séquences codant une beta xylosidase potentielle (LuBXL1). La caractérisation fonctionnelle de plantes sous-exprimant (stratégie IR-PTGS) LuBXL1 n'as pas pu permettre la mise en évidence d'un phénotype macroscopique. En revanche, des analyses microscopiques ont suggéré des modifications éventuelles de la paroi des cellules xylèmiennes. La technique d'empreinte enzymatique a démontré une augmentation relative de l'oligoxyloglucanes XXXG dans les tissus internes de lignées sousexprimant LuBX1, associée une diminution dans la quantité relative de certains oligoxylanes. Ces observations suggèrent que chez le lin la sous-expression de LuBXL1 est associée à des modifications des hémicelluloses pariétales. / Flax (Linum usitatissimum) has been a source of high quality fibers (bast fibers) for several thousand years. The fibers are currently used in the textile industry but also increasingly in the fabrication of composites. The interesting mechanical properties of these bast fibers depend upon the structure and chemical composition of their cell walls. ln order to improve our knowledge about the mechanisms underlying cell wall formation in flax fibers we produced ESTs from outer tissues, rich in fibers. Functional classification of ESTs allowed the identification of sequences coding a potential beta-xylosidase (LuBXL1). LuBXL1 down-regulated (IR-PTGS) plants did not show any visible phenotype. However, microscopie analysis suggested that down-regulation could have affected xylem cell wall structure. Enzymatic Fingerprinting indicated a relative increase in the relative quantity of the XXXG oligoxyloglucans in stem inner tissues of down-regulated lines, together with a relative decrease in the quantity of certain oligoxylans. These observations suggest that the down-regulation of LuBXL1 in flax is associated with modifications in cell wall hemicelluloses.

Texte remanié de: Thèse de doctorat--Arts plastiques--Strasbourg 2, 2003. Titre de soutenance : Errances du regard sur les pierres : émergences-effacements. / Bibliogr. p. 279-298.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

À partir du constat de la présence de procédés d'empreinte dans mon travail en arts visuels, le mémoire-création aborde les possibles transpositions de l'empreinte à la danse, en utilisant le terme d'« empreinte-mouvement » de Georges Didi-Huberman. Si l'empreinte forme une marque pérenne par le contact réel entre un corps et une matière, les écrits et les œuvres du sculpteur Giuseppe Penone invitent à penser qu'elle crée également une résonance dans le soma (corps vivant) de celui qui s'imprime. La dimension vécue de l'empreinte semble pouvoir la mettre en mouvement et aviver la possibilité du lien entre empreinte et mouvement. Dans cette quête du dialogue entre empreinte graphique et empreinte corporelle, quatre esquisses chorégraphiques (Dans les carnets, Dans la peau, Dans les plis, Dans les poids, jaillir) ont été réalisées pour répondre à la question : qu'est-ce qui qualifie l'« empreinte-mouvement » et comment la travailler dans un processus de création chorégraphique? Le mémoire écrit témoigne du chemin de conscience que l'autopoïétique de ces quatre projets a dessiné. De l'analyse des processus de création ont émergé des notions de poids, faisant écho à l'empreinte qui, pour être formée, nécessite un poids, la pression d'un objet dans la matière. Différents « poids » sont devenus lieux d'origine des mouvements. Chaque esquisse a été l'occasion de mettre en lumière des poids - physiques, psychiques et imaginaires - qui creusent la chair, inscrivant autant le corps que la pensée. L'esquisse 1, solo, a permis la prise de conscience du poids psychique à l'œuvre dans le geste et initié l'importance de la dimension pondérale du corps. L'esquisse 2, duo, a insisté sur le poids de la peau en tant que frontière de l'individualité. L'esquisse 3, solo, a travaillé l'origine du mouvement à partir de la sensation de mon propre poids et de ma propre peau. L'esquisse 4 a prolongé cette quête de l'origine-poids à partir de la sensation gravitaire intime de chacune des cinq interprètes. La recherche-création a permis de cerner que l'intégrité de l'empreinte-mouvement tient au lien continu qu'elle entretient avec son origine-poids. L'empreinte-mouvement semble donc pouvoir être formulée à partir des empreintes qui investissent l'être qui danse, nécessitant dès lors une « fouille » en soi, dans la mémoire du corps. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Empreinte (Art), Chorégraphie, Recherche-création, Poids du corps, Origine du mouvement, Giuseppe Penone

Les systemes d'edition de documents fondes sur la description logique<br />des composants des documents s'appuient sur les grammaires hors<br />contexte. Ces grammaires assez riches permettent la description des<br />classes de documents (schemas de structure), de leurs composants, des<br />relations hierarchiques et de voisinage que ces derniers entretiennent<br />les uns avec les autres, et d'informations d'ordre semantique<br />associees aux composants sous forme d'attributs. La verification<br />rigoureuse de la compatibilite de types, benefique par ailleurs,<br />induit aussi des inconvenients dont les principaux sont le rejet des<br />couper-coller, l'impossibilite d'editer les documents dont les<br />schemas de structure ont evolue, l'impossibilite de realiser des<br />restructurations en cours d'edition.<br /><br />Le but de cette these est d'etudier l'evolution des types, de<br />proposer des solutions a ces problemes et de les mettre en oeuvre dans<br />le systeme Grif.<br /><br />La these presente, dans une premiere partie, un etat de l'art et les<br />problemes de restructuration dans les systemes d'edition de documents<br />structures (SEDS) en general, notamment l'editeur Grif qui sert de<br />cadre a` cette etude.<br /><br />La deuxieme partie presente une typologie de l'evolution des<br />structures et des attributs et un modele conceptuel de conversion<br />automatique des instances de documents concernees par l'evolution<br />statique de structures. <br /><br />La troisieme partie de cette these presente en trois points un<br />formalisme des types pour les SEDS :<br /><br />1. Un modele mathematique de types dans les SEDS, fonde sur la<br />representation fonctionnelle des caracteristiques structurales des<br />types, qui permet d'exprimer avec rigueur les evolutions possibles de<br />structure.<br /><br />2. Un ensemble de definitions des relations structurales entre types<br />(facteur, sous-typage, massif, compatibilite, equivalence), utiles<br />dans les transformations statiques et dynamiques.<br /><br />3. Une approche grammaticale pour les transformations dynamiques : un<br />schema de structure peut etre transforme en une grammaire<br />algebrique, un document pouvant etre interprete comme un mot du<br />langage issu de cette grammaire. Le langage retenu par la presente<br />these est construit sur un alphabet terminal compose de l'ensemble des<br />types de base du systeme, de l'ensemble des identificateurs des<br />schemas de structure du systeme et de l'ensemble des symboles<br />exprimant la structure des types.

Les avantages liés à la réduction de taille et la microfabrication, caractéristiques des microsystèmes électromécaniques (MEMS), sont favorables à l'utilisation de microstructures dans le domaine des biocapteurs. Dans ce contexte, nous avons développé des micromembranes résonantes à actionnement et détection intégrés, par l'intermédiaire d'une couche piézoélectrique (PZT), pour la transduction d'une reconnaissance biologique. Après la fabrication de matrices de micromembranes par les techniques de microfabrication, des travaux de caractérisation statique ont permis d'appréhender le comportement initial des structures et de déterminer les propriétés du matériau piézoélectrique. Ces optimisations ont ensuite servi de base pour la caractérisation dynamique des micromembranes, qui correspond à leur mode de fonctionnement en tant que capteur de masse. Ainsi, après la validation de l'actionnement intégré des structures et la détection des fréquences de résonance par les deux effets piézoélectriques, la génération optimisée de spectres a permis de développer une électronique spécifique aux structures et de les calibrer en masse pour la détermination de la sensibilité dans l'air : Sair=-15 pg/(mm².Hz). La caractérisation dynamique approfondie a permis enfin d'aborder l'utilisation des membranes en tant que biocapteur pour deux types d'application : une première orientée diagnostic par la détection spécifique en temps-réel et en milieu liquide d'anticorps alors que la seconde application concerne la combinaison des micromembranes avec des polymères à empreinte moléculaire (MIP). Cette seconde application, orientée analyse environnementale, permet de profiter des avantages liés aux MIP, tels que la stabilité et la structuration des polymères, avec ceux des micromembranes, tels que la sensibilité et le multiplexage intégré. Ces travaux correspondent à la démonstration des capacités de micromembranes résonantes pour la détection fiable, sensible, intégrée et multiplexée de biom olécules.

L'empreinte génomique est un mécanisme épigénétique qui conduit à l'expression d'un seul des deux allèles parentaux pour une centaine de gènes autosomaux chez les mammifères. La majorité des gènes soumis à l'empreinte est regroupée en clusters et tous ces gènes sont sous le contrôle de séquences discrètes appelées ICR (Imprinting Control Region). Les ICRs sont marquées épigénétiquement par une méthylation d'ADN et des modifications des histones alléliques. La méthylation d'ADN au niveau de ces ICRs est un facteur clé de l'empreinte et va être établie dans les lignées germinales suivant le sexe de l'embryon. Après fécondation, le nouvel embryon portera les empreintes paternelles et maternelles, ces empreintes devront alors être maintenues pendant tout le développement et interprétés dans le but de conduire à l'expression allélique des gènes soumis à l'empreinte. Cependant, la méthylation d'ADN ne peut expliquer à elle seule tous les aspects de l'empreinte génomique. Ainsi, d'autres marques épigénétiques doivent agir dans le maintien et la lecture de ces empreintes. Nous avons mis en évidence dans un premier temps que le contrôle de l'expression allélique dans le cerveau de Grb10 repose sur la résolution d'un domaine bivalent allélique spécifiquement dans le cerveau. Ces résultats mettent en avant pour la première fois un domaine bivalent dans le contrôle de l'expression des gènes soumis à l'empreinte et propose un nouveau mécanisme dans l'expression tissu spécifique de ces gènes. D'autre part, bien que des études en cellules ES aient démontré un rôle de G9a dans le maintien des empreintes au cours du développement embryonnaire, nos données suggèrent que G9a ne serait pas essentielle a ce maintien dans un contexte in vivo. / Genomic imprinting is a developmental mechanism which leads to parent-of-origin-specific expression for about one hundred genes in mammals. Most of imprinted genes are clustered and all are under control of sequence of few kilobases called Imprinting Control Region or ICR. ICRs are epigenetically marked by allelic DNA methylation and histone modifications. DNA methylation on ICRs is a key factor which is established in germ cells according to the sex of the embryo. After fecundation, the new embryo will harbored both paternal and maternal imprints which have to be maintained during the development and read to lead to allelic expression of imprinted genes. However, allelic DNA methylation alone cannot explain every aspect of genomic imprinting. Thus, there should be other epigenetic marks which act in the maintaining and reading of the imprints.Our data first indicate that bivalent chromatin, in combination with neuronal factors, controls the paternal expression of Grb10 in brain, the bivalent domain being resolved upon neural commitment, during the developmental window in which paternal expression is activated. This finding highlights a novel mechanism to control tissue-specific imprinting. On an other hand, although previous studies in ES cells show a role for G9a in the maintaining of imprints during embryonic development, our data suggest that G9a would not be essential in an in vivo model.

Face aux changements globaux et aux défis du développement soutenable, l'approvisionnement alimentaire urbain doit à la fois être analysé à travers les processus qui le sous-tendent et quantifié en termes de mobilisation des ressources naturelles et d'émission des polluants dans l'environnement. On s'est intéressé dans le cadre de cette thèse à comprendre le mécanisme d'approvisionnement en viande et en lait frais de l'agglomération parisienne sur une période longue de deux siècles et à déterminer, produit par produit, l'empreinte environnementale de l'approvisionnement en termes d'emprise spatiale, de mobilisation d'eau et de flux d'azote entre les agro-systèmes et l'environnement au début des XIXe, XXe et XXIe siècles. On a utilisé des données statistiques nationales et internationales de transport et de production agricole pour déterminer et suivre l'évolution de l'aire géographique d'approvisionnement, évaluer la fraction des subsistances régionales que réclame la capitale pour son approvisionnement, reconstituer à l'aide des modèles de rationnement et des tables d'alimentation les rations des animaux approvisionnant Paris, déterminer, en termes à la fois de biomasse, d'énergie et de protéines, le rendement en viande et en lait du fourrage aux différentes dates et enfin calculer, de manière spatialisée, l'étendue des terres agricoles (empreinte spatiale) - et les flux d'azote et d'eau impliqués dans la production. L'empreinte hydrique a pour objectif de mesurer le volume des prélèvements d'eau (pluviale et d'irrigation) et le taux moyen de mobilisation des apports d'origine pluviale. L'empreinte azotée brute désigne le tonnage total d'azote mis en jeu dans la production, dont le partage entre la production d'aliments et les pertes environnementales dépend de la manière dont fonctionnent les agro-systèmes et caractérise la profondeur de l'empreinte urbaine. On propose ainsi d'élargir la notion d'équivalent habitant (Equ/Hab) classiquement considéré comme représentatif des émissions individuelles d'azote dans les eaux usées urbaines et de définir un équivalent habitant amont qui englobe en quelque sorte tous les rejets individuels d'azote en amont de la ville, relatifs à la production de la nourriture d'un citadin. Depuis le début du XIXe siècle, l'étendue de production par habitant s'est réduite d'un facteur six (pour une consommation de viande et de lait égale à environ 2 kg N/hab/an au début du XIXe siècle comme actuellement) – la réduction étant pour 30 % environ relative au doublement du rendement en viande et en lait du fourrage - mais l'intensité d'utilisation de l'eau et la profondeur de l'empreinte par hectare ont respectivement doublé et quadruplé. On estime qu'actuellement, 45 % des pertes d'azote - soit 5,1 kg N/hab/an ou 60 kg N/ha - proviennent des fumures laissées à l'abandon, faute de n'être reconduites à l'agriculture végétale. Etant donné que la somme des importations de viande bovine, porcine et de lait représente 25 % de l'apport protéique total dans l'alimentation du Parisien et sachant que la fraction végétale de l'alimentation est à priori caractérisée par moins de pertes d'azote que la fraction animale, on estime l'équivalent habitant amont de l'ensemble de l'alimentation du Parisien, à environ 7 Equ/Hab / For the sake of the sustainable development as a measure against global environmental change, urban consumption needs to be studied through the processes that underlie production and assessed in terms of resource use and pollutant emissions into the environment. This PhD thesis devotes to understand the mechanisms in supplying meat and milk to Paris over two hundred years and measure the land requirements, water withdrawals and nitrogen flows between agrosystems and the environment to supply each product in the early 19th, 20th and 21st centuries. We used agricultural and transport statistics from French and international data sources to locate the Paris hinterland at each date, quantify the urban food supply as a proportion of the regional potential food production, precisely model the diets of the livestock according to the animal productivity and the feed availability in the regional and global markets at the dawn of each century, compute the nitrogen, energy and feed conversion efficiencies in the meat and milk production and, finally, assess both the size and the geographic pattern of the Paris acreage (spatial imprint) and of the nitrogen and water flows in support of the production. The water imprint is used to account for the water withdrawals (irrigation and rainwater) in terms of volume and use intensity. The N imprint measures on the one hand the total amount of reactive nitrogen entering the agrosystems and the partitioning of these inputs between the food production and the environmental losses. The latter are referred to as “the depth” of the urban imprint which provides a measurement of the indirect contribution of urban areas to the alteration of the N cycle. When expressed on a “per capita” basis (kg N/cap) the depth of the imprint shows the emissions of reactive nitrogen to supply the diet of one person as opposed to the direct individual N discharge in urban wastewater. When expressed on a “per hectare” basis, it shows the intensity of the upstream urban N emissions and can be used as a tool for assessing urban sustainability beyond the city limits. Since the early 19th century, the land requirements for the “per capita” meat and milk consumption in Paris (equaling about 2 kg N/cap/year in both the early 19th and the early 21st centuries) reduced six-fold – with about 30 % of the reduction relating to the doubling of the nutrient conversion efficiencies in the secondary production – but the water use intensity and the “per hectare” depth of the imprint respectively doubled and quadrupled. We estimate that currently, about 45 % of the N losses - meaning 5.1 kg N/per/year or 60 kg N/ha – stem from abandoned manure. As the beef, pork and fresh milk imports to Paris currently account for about 25 % of the protein intake of a Parisian and given that animal production is a priori more wasteful that primary production, we estimate that the “per capita” emissions of N for providing the whole diet equal over 7 times the urban N discharges, meaning that a city's wastewater treatment plants handle less than 15 % of the total (direct and indirect) food related N emissions of the citizens

Le nombre d’enfants nés par Assistance Médicale à la Procréation (AMP) dans le monde est estimé à plus de 5 millions, représentant jusqu’à 4% des naissances. Environ 10% des couples en âge de procréer sont actuellement infertiles, et leur apporter des techniques pour devenir parents est devenu un problème de santé publique. Cependant, l’innocuité de ces techniques n’a pas été totalement démontrée. Notamment, le risque de pathologies d’origine placentaire pourrait être augmenté. De plus, des issues périnatales défavorables, un risque majoré de malformations majeures et de pathologies liées à l’empreinte ont été rapportés chez ces enfants. Ceci soulève la question d’une éventuelle vulnérabilité épigénétique induite par l’AMP. L’objectif de ce travail de thèse était d’étudier la régulation épigénétique des gènes soumis à empreinte (GSE) et des éléments transposables (TE) dans le placenta et le sang de cordon d’enfants conçus par AMP comparés à des enfants conçus naturellement. En guise d’introduction, nous avons rédigé une revue détaillée des modifications phénotypiques et épigénétiques induites par l’AMP dans les embryons, le placenta et le sang de cordon chez l’Homme et sur les modèles animaux.Au cours de cette thèse, une cohorte de presque 250 patientes a été incluse prospectivement, répartie en 4 groupes de patientes selon la technique d’AMP et 4 groupes de témoins selon la durée d’infertilité.A partir de cette cohorte, la première question posée a été l’effet de la Fécondation in vitro (FIV) sur la méthylation de l’ADN et/ou la transcription des GSE et TE dans le sang de cordon et le placenta à la naissance. Pour cela, nous avons sélectionné 51 patientes enceintes après FIV avec ou sans ICSI avec transfert d’embryon frais à J2 et les avons comparées à 48 témoins enceintes dans l’année après l’arrêt de la contraception. Nous avons étudié la méthylation de l’ADN et l’expression de 3 GSE et 4 TE. Les niveaux de méthylation de l’ADN placentaire pour H19/IGF2, KCNQ1OT1, LINE-1 et ERVFRD-1 et le niveau d’expression placentaire d’ERVFRD-1 étaient plus bas dans le groupe FIV/ICSI que dans le groupe contrôle. Ces modifications épigénétiques pourraient faire partie des mécanismes de compensation développés pendant la grossesse après AMP, comme discuté dans notre revue.Ensuite, nous avons voulu déterminer si ces changements de méthylation de l’ADN des GSE pouvaient être associés à des modifications des histones. A partir de la cohorte précédente, nous avons sélectionné 16 patientes du groupe FIV/ICSI avec des niveaux de méthylation dans le placenta inférieurs au 5ème percentile pour au moins un des GSE étudiés. Elles ont été appariées à 16 témoins sur la parité, le sexe du nouveau-né et l’âge gestationnel à l’accouchement. Des marques permissives (H3K4me2 et me3 et H3K9ac) et répressives (H3K9me2 et me3) ont été étudiées. Les résultats ont révélé une quantité significativement augmentée de H3K4me2 dans le groupe FIV/ICSI pour H19/IGF2 et KCNQ1OT1. La quantité des deux marques répressives pour H19/IGF2 et SNURF était significativement abaissée dans le groupe FIV/ICSI.Ces données montrent que l’hypométhylation de l’ADN au niveau des GSE pourrait être associée à une augmentation des marques permissives et une diminution des marques répressives des histones, ce qui permettrait de favoriser un état « actif » de la chromatine au niveau de l’allèle normalement réprimé.Nos résultats, ainsi que les données de la littérature, renforcent l’hypothèse de potentiels mécanismes mis en place dans le placenta après AMP, utiles pour compenser des anomalies précoces de la placentation, qui seraient écrits à travers des modifications épigénétiques comme la méthylation de l’ADN mais aussi les modifications des histones.Bien que certaines questions restent en suspens, cette thèse a permis de bâtir les fondations de travaux futurs, notamment pour étudier l’impact de la congélation/décongélation des embryons et le rôle joué par l’infertilité en elle-même. / It is estimated that more than five million children have been born by Assisted Reproductive Technologies (ART) worldwide, representing up to 4% of all births. As around 10% of reproductive-aged couples are currently infertile, providing them with treatment options is a public health issue. However, the safety of these techniques has not been fully demonstrated. Notably, the rate of placenta-related adverse pregnancy outcomes could be increased after ART. Moreover, adverse perinatal outcomes, a higher risk of major malformations and imprinting disorders have also been reported in children born following ART. These issues combined raise the question of a potential ART-induced epigenetic vulnerability.The aim of this thesis was to investigate the epigenetic regulation of imprinted genes (IGs) and transposable elements (TEs) in the placenta and cord blood of children conceived by ART and to compare them to children conceived naturally.By way of introduction, we wrote a comprehensive review about phenotypic and epigenetic modifications induced by ART in embryos, placenta and cord blood either in human or animal models.Then, an extensive cohort of almost 250 patients was prospectively included, resulting in 4 groups of ART techniques and 4 groups of controls stratified on the time to pregnancy.From this cohort, the first question we investigated was the effect of in vitro fertilization (IVF) on DNA methylation and/or transcription of TEs and IGs in cord blood and placenta collected at birth. For this purpose, we selected 51 pregnant women after IVF with fresh embryo transfer at day -2 and compared them with 48 controls pregnant within 1 year of stopping contraception. We studied the DNA methylation and expression of 3 imprinted DMRs and 4 TEs. DNA methylation levels for H19/IGF2 and KCNQ1OT1 DMRs, LINE-1 and ERVFRD-1 in the placenta were lower in the IVF/ICSI group than in the control group. The expression level of ERVFRD-1 in the placenta was also lower in the IVF/ICSI group than in the control group. These modifications in epigenetic regulation may influence some compensation mechanisms developed throughout pregnancy after ART, as discussed in our review.We then intended to determine if these DNA methylation changes in IGs were associated with histone modifications. From the previously mentioned cohort, we selected the 16 patients from the IVF/ICSI group who presented with below the 5th percentile of percentage placenta DNA methylation for at least one of the previously studied DMRs. These patients were compared with 16 controls matched for parity, new-born sex, and gestational age at delivery. Permissive (H3K4me2 and me3 and H3K9ac) and repressive (H3K9me2 and me3) histone marks were studied. The results revealed a significantly higher quantity of H3K4me2 in the IVF/ICSI group than in the natural conception group for H19/IGF2 and KCNQ1OT1 DMRs. The quantity of both repressive marks at H19/IGF2 and SNURF DMRs was significantly lower in the IVF/ICSI group than in the natural conception group.These data demonstrate that DNA hypomethylation at imprinted DMRs may be associated with an increase in permissive histone marks and a decrease in repressive histone marks. This is consistent with a more “active” chromatin conformation on the normally repressed allele.Our findings, together with the literature data, reinforce the hypothesis that some mechanisms are established in the placenta after ART, probably to mediate placental plasticity and compensate primary disorders in trophoblastic invasion, and written through epigenetic changes such as DNA methylation but also histone modifications.Although some questions remain unanswered, this thesis paves the way for further original studies, notably to assess the impact of frozen-thawed embryo transfer and to decipher the role of infertility per se.