Ce projet doctoral prend la forme d'une thèse-création. Il s'agit d'une recherche où la pratique en art constitue le point de mire d'une théorisation. Cette thèse vise la compréhension du cheminement de l'oeuvre interdisciplinaire Mosaïque, depuis sa genèse en 2001, jusqu'à son actualisation lors de sa présentation au Théâtre de Verdure à Montréal le 16 août 2006. La démarche artistique, qui se déploie dans la rencontre entre le mouvement live, la projection vidéo et la diffusion sonore, sera observée à travers trois axes théoriques: subjectivité corporelle; poïésis et oeuvrement; trace et transcripture. Le processus de création est traversé par une fascination pour le corps en mouvement aboutissant à convoquer consciemment l'émergence créatrice. Les axes théoriques sont orientés à comprendre: comment se manifeste la subjectivité corporelle au sein d'une création artistique et comment en garantir l'implication aux différentes étapes de l'oeuvrement ; quelles sont les caractéristiques du cheminement de création de Mosaïque; est-ce qu'une action impliquée laisse sa marque dans l'oeuvre actualisée et est-ce que cette trace trouve son prolongement dans le devenir de l'oeuvre. Fondée sur les découvertes caractéristiques de la pratique, cette étude consiste à théoriser le modèle de l'oeuvrement : contours, finalités, cheminement singulier, phases de création, méthodologie appropriée pour comprendre la survivance de l'émergence créatrice, ou des implicitations comprises dans la trace et notamment d'une deuxième catégorisation conceptuelle se profilant dans le modèle de l'oeuvrement, la transcripture. La problématique de cette thèse est liée à la survivance de l'émergence créatrice dans la trace actualisée (l'oeuvre Mosaïque), afin de découvrir la façon dont se conjugue un processus dynamique et l'oeuvre actualisée: soigner la manière d'être dans l'oeuvrement marque-t-elle l'oeuvre? C'est ainsi que la question se pose: Retrouve t-on dans l'oeuvre Mosaïque des traces de l'oeuvrement? L'hypothèse de départ est que le corps aurait un rôle à jouer dans la démarche et la réflexion artistique. Dans ce sens, il participerait au phénomène d'oeuvrement interdisciplinaire en art. En arrière-scène, ce rôle que tiendrait le corps développerait une nature de conscience corporelle, évolutive, subjective, quelque chose de vivant et de changeant. Ainsi, la contribution du corps dans l'oeuvrement demande à être cultivée avant de devenir une dimension de la subjectivité corporelle, avant d'intégrer ce nouvel état de conscience qui marquerait l'oeuvre. La grande posture de ma recherche se situe dans une démarche heuristique, c'est-à-dire dans un pas à pas de découvertes où j'étudie ma propre expérience de recherche-création en tant que sujet-chercheure-auteure de l'oeuvre et de la thèse. Cette recherche s'inscrit dans une pensée post-positiviste où coexistent plusieurs vérités. En outre, on retrouve une composante phénoménologique dans le sens où, saisir un processus de création est une expérience du vécu humain. Par ailleurs, dans la spécificité de la méthodologie d'analyse, cette recherche poïétique visera la compréhension du phénomène de l'oeuvrement dans une démarche compréhensive et interprétative. La compréhension relèvera de deux types d'analyses des données: phénoménologique et herméneutique. Ainsi, l'oeuvre sera l'objet d'une description détaillée qui servira en second lieu à une interprétation. Parmi les résultats de ma recherche, le modèle de l'oeuvrement conduit à mettre à jour cinq catégories en filiation avec l'heuristique: posture herméneutique, expérience immédiate, subjectivité corporelle, implication et pensée émergente créatrice. Sur le plan épistémologique, cette recherche a porté l'expérience d'une nouvelle procédure qui se distingue des définitions traditionnelles des méthodes qualitatives. Ainsi, on retrouve une extension à la démarche heuristique par une implication n'intervenant pas uniquement sur le terrain, mais où le chercheur est impliqué au sein de sa propre subjectivité corporelle. L'analyse herméneutique a permis de comprendre que deux principes en apparence antinomiques, trace et oeuvrement, ne s'inhibent pas. Ces deux forces opposées s'entrelacent et se potentialisent sous certaines conditions d'observations. Cette analyse apporte une nouvelle perspective à la compréhension des enjeux à l'oeuvre dans l'alliance entre processus et trace. En effet, dans l'analyse, la trace est réinvestie dans un processus encore agissant: la transcripture. L'analyse de l'oeuvre et de l'oeuvrement dévoile l'existence d'une survivance de l'oeuvrement au sein des traces qui sédimentent l'oeuvre Mosaïque, notamment en lien avec le continu et le discontinu. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Poiësis, Heuristique, Processus de création en art, Trace, Subjectivité corporelle.

Les médicaments à base de substances naturelles telles que les plantes et les venins sont de plus en plus développés dans l’industrie pharmaceutique. Le contrôle qualité des matières premières ou teintures mères d’origine végétales ou animales, obligatoire dans un environnement BPF, est bien plus complexe que celui des petites molécules pharmaceutiques de synthèse. En effet, les substances responsables de l’activité thérapeutique recherchée sont souvent mal identifiées et on observe une variabilité qualitative et quantitative naturelle parfois importante, ce qui peut modifier de façon significative leur efficacité. Afin de s’assurer de l’homogénéité de chaque souche reçue, il est demandé, entre autre, de développer des méthodes de contrôle analytique permettant d’obtenir un « profil ou empreinte » analytique de la souche considérée, assimilable à une « carte d’identité » qui servira de référence pour le contrôle des lots utilisés en production. L’empreinte analytique (spectre, chromatogramme, électrophérogramme …) devra permettre une séparation la plus complète possible de l’ensemble des composés présents dans la souche considérée tout en tenant compte de sa « variabilité naturelle » afin d’assurer un contrôle qualitatif et semi-quantitatif.L’étude présentée a consisté à développer une approche analytique originale, combinant électrophorèse capillaire et chimiométrie, afin d’établir des profils électrophorétiques spécifiques («fingerprint») permettant d’effectuer le contrôle qualité de souches brutes de venins de serpents utilisés en thérapeutique. Les venins de serpent sont des mélanges complexes de peptides et de protéines, de plus en plus utilisés dans la conception de nouveaux médicaments. Comme toutes les substances naturelles, la composition des venins de serpents est sujette à une variabilité intra et inter individus relativement importante. De fait, la qualité de la matière première pour la production de médicament devient un challenge. Dans cette étude, l’électrophorèse capillaire s’est révélée comme une technique efficace pour la séparation des divers constituants composant les souches brutes de venins de serpent et l’obtention de leurs empreintes analytiques. L’étude a porté sur 4 venins de serpent, Lachesis muta, Bothrops lanceolatus, Vipera aspis aspis, Naja naja qui sont parmi les plus utilisés en thérapeutique. Une approche chimiométrique a alors été développée afin de tenir compte de variabilité qualitative et quantitative observée entre différents lots. Cette approche originale nous a permis d’extraire les pics d’intérêts (i.e. présents dans chaque lot d’un même venin) et d’établir une empreinte analytique de référence avec des seuils de conformité quantitatifs. / Although the therapeutic potential of natural substances is known for thousands of years in traditional medicine, it knows an increasing renewed interest in modern pharmaceutical industry as being an inexhaustible source of therapeutic active substances for various diseases.However, the quality control of these products, which is necessary to obtain reproducible biological activities and new commercial approvals, remains a great analytical challenge. Indeed, natural substances show a myriad of biological activities that can result from a specific or synergistic effects of many different components and this information remains still mostly unknown. Furthermore, because they are derived from living organisms and hence are affected by biotic and abiotic factors, it is extremely difficult to ensure a constant qualitative and quantitative composition for these natural substances among different batches. Consequently, there is a need to develop analytical strategies able to assess the “sameness” of natural productions that is analytical strategies able to assess required similarity between different batches by integrating acceptable qualitative and quantitative variations.To achieve this, the concept of analytical fingerprint has become more and more popular and is now starting to be accepted by regulatory authorities such as the FDA. This so-called “pattern-approach” aims at: (i) gaining effective and stable information about common features of a given strain (ii) evaluating similarity and difference with chemometric methods.If this concept has been quite largely studied for the quality assessment of herbal medicines, it is very still very little developed for animal active substances like snake venoms, which are of increasing interest in therapeutic research due to their rich composition in peptides and proteins. The routine quality control of venom raw substances is still often limited to a single gel electrophoresis which is clearly insufficient in terms of components resolution to achieve similarity-/dissimilarity between strains.MethodsIn this context, we have developed an original analytical fingerprint strategy that combines capillary electrophoresis and chemometrics. CE is a particularly well suited technique for peptides/proteins separation allowing to obtain complex specific fingerprints. Batches of different snake venoms have been analyzed with many replicates. All electropherograms have been processed using several chemometrics approaches (baseline correction, signals alignment, automatic recognition of common peaks …) to obtain a representative analytical trace that can be used for the quality assessment of different production lots.ResultsWe show that CE is a very well adapted method to produce highly specific and repeatable analytical profiles of different venom strains. Chemometric methods applied are very efficient to produce an average fingerprint for each strain that integrates features common to all batches and define acceptable variations in quantitative composition. Similarity/dissimilarity of different batches can then be assessed in an automatic manner.ConclusionAll presented results show the efficacy of CE combined with chemometrics to assess the quality of snake venom raw substances. It can be easily implemented in industrial quality control. This strategy can be implemented in future for other type of therapeutic substances of animal origin.

Dans cette recherche, nous souhaitons mettre en jeu la mémoire des rites. Le rite est un élément fondamental de la vie sociale, un repère fixe et solide. Il demeure très présent dans le drame contemporain, vision réputée particulièrement sombre d’une société désenchantée. Regretté dans sa capacité dramatisante, le rite est d’abord réintroduit dans l’écriture comme une forme poétique, esthétique, déconnectée du divin mais capable d’élever le texte. Pourtant, déchu de sa place supérieure et dénué de symbole, il devient une forme dérisoire, vectrice de désespoir. Le rite est alors cible d’une dégradation qui suit deux logiques. D’une part un blasphème jubilatoire, qui cherche à le démystifier, rabaissant tous les modèles au niveau humain le plus abject. D’autre part un glissement progressif vers des avatars rituels sombres et aliénants. Le rituel, enfin, devient un prétexte pour parler du monde. Des quotidiens ritualisés interrogent la place laissée à l’homme par la société, des rites institutionnels veulent révéler la violence inhérente à la religion. Le rite devient aussi prétexte à diverses sortes de jeux qui, paradoxalement, font apparaître la noirceur à travers une innocence affichée. Dans les dramaturgies contemporaines, le rite est à la fois valorisé comme outil dramaturgique et dégradé, parce qu’il n’est plus considéré comme une construction sociale efficace. Il demeure à l’état d’empreinte, utilisée comme modèle de représentation, mais dans une forme toujours incomplète. Pour les dramaturges, l’empreinte du rituel est un champ d’expérimentation, qui permet de renouveler l’écriture théâtrale et de poser un défi à la scène. / This research aims to explore the memory of rituals. Rituals are a fundamental element of our social life, a firmly established model. It remains very strongly present in contemporary drama, which is reputed to be a particularly dark vision of a disillusioned society. Missed in its dramatizing ability, the ritual is first reintroduced in drama as a poetic, aesthetic form, disconnected from divinity, but still able to elevate the text. However, being deprived of its former superiority and symbolism, it becomes an empty, trifling form, conveying despair. The rite is then debased in two ways. On the one hand, by a ferocious blasphemy aiming to demystify it, humbling all models to the worst human abjection. On the other hand, by slowly sliding into dark, alienating ritual avatars. Finally, the ritual is used as a pretext to comment upon the world. Ritualized everyday lives interrogate the place left to Man in society, and institutional rites aim to bring to light the violence inherent to religion. The rite also becomes a pretext for all sorts of games which paradoxically reveal darkness through apparent innocence. In contemporary drama, the rite is both valued as a dramatic tool and debased as an effective social construction. It remains as a mark, used as a representation model, but always in an incomplete form. For playwrights, the mark of the ritual is an experimentation field allowing them to renew dramatic writing as well as to challenge the stage.

La biométrie est une alternative qui se base sur l'identification des personnes à partir de leurs caractéristiques physiques (empreinte digitale, forme de la main, empreinte palmaire) et/ou comportementales (voix, signature dynamique). La biométrie tend à réaliser deux buts importants dans notre vie courante. Le premier but est de réaliser la sécurité en éliminant le doute sur l'identité d'une personne et le second but est de faciliter l'identification des individus. En effet, cette méthode d'identification est de plus en plus préférée par rapport aux méthodes traditionnelles impliquant les mots de passe et les badges. Les travaux de recherche de cette thèse s'inscrivent dans le cadre de la reconnaissance de personnes à l'aide de la biométrie de la main. L'objectif principal est de concevoir un système biométrique multimodal basé sur la fusion de la forme de la main et de l'empreinte palmaire.La première partie de cette thèse propose un nouveau système uni-modal de vérification de la forme de la main. En effet, ce système est basé d'une part, sur la détection du meilleur ensemble des points-clés localisés sur le contour de la main pour adopter la description SIFT (Scale Invariant Feature Transform). D'autre part, un raffinement de correspondance, basé région et apparence de la main est proposé, afin de raffiner autant que possible les points-clés faussement matchés.Tandis que la deuxième partie consiste à proposer un nouveau système d'identification palmaire. En effet, la méthode de représentation parcimonieuse est adoptée afin de décrire le trait biométrique de l'empreinte palmaire. Elle est basée sur l'extraction de descripteurs SIFT de chacun des points-clés détectés. Notre troisième partie concerne la proposition de différentes méthodes de fusion multi-types de la multi modalité, comprenant la fusion multi-représentation, la fusion multi-biométrique et la fusion multi-instance. En effet, la fusion multi-représentation est basée sur la combinaison de descripteurs SIFT et les caractéristiques géométriques de la main au niveau des scores, pour la vérification de la forme de la main. La fusion multi-biométrique est basée sur la combinaison des deux modalités biométriques à savoir la forme de la main et l'empreinte palmaire, au niveau des caractéristiques et de la décision. Par contre, la fusion multi-instance est basée sur la combinaison des empreintes palmaires droite et gauche, au niveau du rang.Ces différentes méthodes de fusion ont prouvé leur efficacité en obtenant de meilleurs taux de reconnaissance, qui sont compétitifs par rapport à d'autres approches multimodales de la biométrie de la main. / Biometry is a technology which is based on the personal identification using their physical features (fingerprint, hand geometry, palmprint) and/or behavioral features (voice, dynamic signature). Biometry aims to achieve two important goals in our current life. The first one is to ensure security by eliminating doubt regarding the identity of a person and the second one is to facilitate the identification of individuals. Indeed, this method of identification is increasingly preferred over traditional methods including passwords and badges. The research works of this thesis talk about the personal recognition using hand biometrics. The main objective is to design a multimodal biometric system based on the fusion of hand shape and palmprint modalities.Our first part is to propose a new unimodal biometric system for hand shape verification. In fact, this system is based firstly, on the detection of the best set of keypoints located on the contour of the hand for further SIFT (Scale Invariant Feature Transform) description. On the other hand, a matching refinement based hand region and appearance is proposed in order to refine as much as possible false matched keypoints.Our second part consists in the proposition of a new palmprint identification system. In fact, the sparse representation method is adopted in order to describe the palmprint biometric trait. It is based on the extraction on SIFT descriptors for each detected keypoint.Our third part concerns the proposition of multi-type fusion methods for multimodality, including the multi-representation fusion, the multi-biometric fusion and the multi-instance fusion. Indeed, the multi-representation fusion method is based on the combination of SIFT descriptors and geometrical features of the hand, at score level. The multi-biometric fusion method is based on the fusion of hand shape and palmprint modalities, at feature and decision levels. On the other hand, the multi-instance fusion method is based on the combination of left and right palmprints, at rank level.These different methods of fusion have proven their effectiveness by achieving encouraging recognition rates that are competitive to other popular multimodal hand biometric approaches.

Le domaine Dlk1-Dio3 est l’un des rares domaines imprimés contrôlés par une région de contrôle d'impression méthylée sur le chromosome paternel, nommée IG-DMR. Dans l’embryon, au niveau du domaine Dlk1, Rtl1 et Dio3 les gènes codant pour des protéines sont exprimés à partir du chromosome paternel, tandis que les ARNs non-codants dont Meg3, les snoRNAs à boite C/D et les micro-ARNs sont exprimés à partir du chromosome maternel.Il a été montré que la copie maternelle de l'IG-DMR est nécessaire pour l'expression des gènes imprimés de ce domaine et que les ARNs de types enhancer (de la même région) activent la transcription des ARNs non-codants. Cependant, les mécanismes qui régulent l'expression imprimée de gènes codant pour des protéines restent indéterminés. Dans ce projet, nous avons cherché à élucider les mécanismes qui contrôlent l'expression spécifiquement paternelle des gènes codant pour des protéines ainsi que le rôle possible des ARNs non-codants dans ce processus.Pour nos études alléliques, nous avons utilisé des cellules ES hybrides qui ont été obtenues en croisant des lignées de M. musculus domesticus et M. musculus molossinus. Ces cellules ont été différenciées in vitro dans des lignées neurales. Dans les cellules ES, l'expression Dlk1 est détectée à partir des deux chromosomes parentaux à des niveaux très bas. Lors de la différenciation, l'allèle paternel de Dlk1 devient actif tandis que le niveau d'expression de l'allèle maternel reste faible. Nos études de la chromatine ont montré que cette surexpression est due à l’activation de la chromatine sur l'allèle paternel de Dlk1.L'un de nos objectifs était d'explorer le rôle de Meg3 (un long ARN non-codant) dans la régulation de l’empreinte de Dlk1. A cet effet, nous avons généré des cellules souches embryonnaires déficientes en Meg3. Dans toutes les lignées déficientes, de suppressions maternelles ou bi-alléliques, nous avons constaté une perte d’expression de tous les ANRs non-codants. De plus, l’expression de Dlk1 devient bi-allélique dans ces cellules. Pour élucider le mécanisme de l'empreinte de ce gène, nous avons décidé d'étudier les caractéristiques de la chromatine au niveau du promoteur Dlk1 dans les cellules déficientes en Meg3. Nous avons examiné les modifications activatrices et répressives des histones ainsi que l'occupation de l'ARN Pol II. Nous avons observé l'acquisition des marques d’une chromatine active sur les deux chromosomes ainsi que le recrutement bi-allélique de l'ARN Pol II.Bien que nous n’ayons pas pu détecter une perte de la marque répressive H3K27me3 suite à la surexpression de Dlk1, nous avons observé un gain d'acétylation sur ce résidu lysine. Afin de comprendre davantage le rôle de la marque H3K27me3 sur l’empreinte de Dlk1, nous avons généré des cellules ES dépourvues de EZH2, la méthyltransférase de H3K27. L’expression de Dlk1 dans les cellules différenciées dépourvues de H3K27me3 est bi-allélique.Enfin, ces données suggèrent que l'expression des ARNs non-codant empêche l'activation de Dlk1 sur le chromosome maternel via l’activité de EZH2 au cours du développement. / The Dlk1-Dio3 imprinted domain is one of the few imprinted domains that are controlled by a paternally methylated imprinting control region, IG-DMR. Protein-coding genes of the domain, Dlk1, Rtl1 and Dio3 are expressed from the paternal chromosome, and non-coding RNAs (ncRNAs) including Meg3, C/D box snoRNAs and microRNAs are expressed from the maternal chromosome exclusively in the embryo. Maternal copy of the IG-DMR is required for the imprinted gene expression at this domain. Enhancer RNAs transcribed from this region are involved in activation of ncRNA expression on the maternal chromosome. However, the regulation of imprinted expression of protein-coding genes remains unknown. In this project, we aimed to elucidate the mechanisms controlling the paternal specific expression of protein-coding genes and a possible role of ncRNAs in this process.For our allelic studies, we made use of hybrid ES cells that were obtained by crossing M. musculus domesticus and M. musculus molossinus strains. These cells were differentiated in vitro into neural lineages. In ES cells, Dlk1 expression is detected from both parental chromosomes at very low levels. Upon differentiation, paternal allele of Dlk1 gets activated while low level of expression is detected from maternal allele. Our chromatin studies showed that this upregulation is through the acquisition of active chromatin on the paternal allele of Dlk1.One of our aims was to explore the role of Meg3 long non-coding RNA (lncRNA) in the regulation of Dlk1 imprinting. For this purpose, we generated ES cells deficient in Meg3. In all maternal or biallelic deletion lines, we observed complete loss of all ncRNA expression. Interestingly, in these cells Dlk1 expression becomes biallelic. To elucidate the mechanism of imprinting of this gene, we set out to study the chromatin features at the Dlk1 promoter in Meg3 deficient cells. We looked into active and repressive histone modifications and RNA Pol II occupancy. We observed acquisition of active chromatin marks on both chromosomes as well as biallelic recruitment of RNA Pol II.Although we could not detect a loss of repressive mark H3K27me3 upon Dlk1 upregulation on the paternal allele, we observed gain of acetylation on this lysine residue. To further investigate the role of H3K27me3 mark on Dlk1 imprinting, we generated ES cells that lack functional EZH2, the H3K27 methyltransferase. Dlk1 is biallelically expressed in the differentiated cells that are devoid of H3K27me3.Combined, these data suggest a model in which non-coding RNA expression prevents the developmental activation of Dlk1 on the maternal chromosome by a process that also requires the activity of EZH2.

Chez les mammifères, l'empreinte génomique parentale est un mécanisme épigénétique restreignant l'expression d'une centaine de gènes à un seul allèle, déterminé selon son origine parentale. Les gènes affectés et les mécanismes sous-jacents à leur expression mono-allélique sont essentiellement déterminés par une marque épigénétique différentielle portés par les allèles maternel et paternel. D'un point de vue fonctionnel et au niveau physiologique, l'empreinte est actuellement comprise comme un mécanisme contrôlant la quantité de ressources attribuées par la mère à sa progéniture. Les gènes soumis à empreinte s'inscrivent dans un même réseau transcriptionnel (IGN), et plusieurs études indiquent qu'ils contrôleraient l'équilibre entre prolifération et quiescence de cellules souches adultes. A travers cette étude, nous montrons une induction coordonnée de la plupart des gènes soumis à empreinte lors de la sortie du cycle cellulaire, que celle-ci soit réversible (quiescence) ou non (différenciation). De plus, dans un modèle de pré-adipocytes 3T3-L1, la perturbation de la dynamique d'expression de plusieurs de ces gènes semble conforter l'hypothèse d'un contrôle des transitions entre différents états cellulaires (prolifération, quiescence et différenciation) par l'IGN. Outre l'identification d'une fonction cellulaire commune aux gènes soumis à empreinte, nos résultats ouvrent la voie d'une meilleure compréhension des mécanismes de régulation de la quiescence. De plus, nos conclusions permettent de suggérer un nouveau scénario pour la sélection de l'empreinte parentale au cours de l'évolution des mammifères. / Mammalian genomic imprinting is an epigenetic mechanism that restrains the expression of about a hundred genes to a single allele, in a parent-of-origin specific manner. The identity of imprinted genes and the molecular basis of their monoallelic expression mostly rely on a differential epigenetic marking of the parental alleles. Presently, imprinting is understood as a mechanism aimed at controlling the amount of maternal resources allocated to the offspring. Imprinted genes belong to the same transcriptional network (IGN) and, according to different reports, they seem to control the balance between proliferation and quiescence of adult stem cells. In this study, we show that most imprinted genes are induced upon cell cycle exit, whether reversible (quiescence) or not (differentiation). In addition, within the 3T3-L1 preadipocytes cell line, impairing the dynamics of expression of several imprinted genes impairs the transitions between different cellular states, namely proliferation, quiescence and differentiation. Our results highlight the existence of a common cellular function of imprinted genes, and provide a new frame to understand cellular quiescence, at a molecular level. Furthermore, they suggest a new plausible scenario for the implementation of genomic imprinting during mammalian evolution.

Les gènes soumis à empreinte (GSE) se distinguent du reste du génome par une expression mono-allélique et parent-spécifique. Cette forme de régulation génique dépend de marques de méthylation différentielles héritées des gamètes parentaux au niveau de régions cis-régulatrices appelées ICR (« Imprinting Control Region »). Une centaine de GSE contrôlés par 20 ICR ont été répertoriés chez la souris et sont en général conservés chez l’Homme. Mon projet de thèse a consisté à caractériser de nouvelles ICR maternelles et à analyser leur impact sur la régulation génique, à partir d’un criblage génomique de méthylation réalisé chez la souris. J’ai ainsi participé à la révélation de l’existence de trois formes d’empreinte, qui résultent de sensibilité différente des ICR face aux changements développementaux des profils de méthylation génomique: 1) une empreinte persistante tout au long de la vie et ubiquitaire, qui caractérise les ICR classiques déjà connues, 2) transitoire, avec une existence limitée au développement pré-implantatoire, et 3) persistante tout au long de la vie mais tissu-spécifique. Plus précisément, j’ai déterminé les profils d’histones associées aux ICR des loci Cdh15 et Gpr1/Zdbf2, et mis en évidence la conservation de l’empreinte transitoire au locus GPR1/ZDBF2 chez l’humain. Je me suis ensuite focalisée sur l’ICR candidate associée au gène Socs5, dont l’empreinte s’est avérée être tissu-spécifique mais également, de façon inédite, polymorphique en fonction des lignées de souris. Cette ICR en position intragénique présente les caractéristiques d’une séquence « enhancer », hypothèse que je teste actuellement par invalidation fonctionnelle (système CRISPR/Cas9) chez la souris. La découverte de ces formes atypiques d’empreinte génomique permet de mieux cerner l’étendue du phénomène d’empreinte parentale et d’évaluer son impact sur les phénotypes. / Genomic imprinting refers to the functional non-equivalence of the two parental genomes in mammals. Imprinted genes are expressed only from the paternal or maternal allele: this mono-allelic expression is regulated by parent-inherited DNA methylation of specific cis-regulatory regions called ICRs (Imprinting Control Regions). There are currently around 120 imprinted genes known in the mouse genome, which are under the control of 20 characterized ICRs, and are generally conserved in Human. My thesis project aimed at characterizing new maternal ICRs and at analyzing their impact on gene regulation, based on a genome-wide methylation screen conducted in the mouse. I participated to revealing the existence of three forms of genomic imprinting, which reflects variable susceptibility to developmentally-regulated DNA methylation changes: 1) ubiquitous and life-long imprinting, which refers to the 20 canonical ICRs, 2) transient, whose existence is limited to preimplantation development, and 3) tissue-specific. More specifically, I deciphered the histone modification profiles of two new maternal ICR associated with the Cdh15 and the Gpr1/Zdbf2 loci and confirmed that the GPR1/ZDBF2 locus is also subject to transient imprinting in Human. My main achievement concerns the characterization of a candidate ICR associated with the Socs5 gene, which I found to be tissue-specific but also strain-specific, pointing towards a new form of imprinting polymorphism. This ICR has an intragenic position and has the characteristics of an enhancer, hypothesis that I am functionally testing in vivo by a CRISPR/Cas9-mediated deletion. The discovery of these new forms of genomic imprinting provides a better understanding of this phenomenon and its impact on phenotypes.

Des études moléculaires et génétiques ont montré qu'une empreinte épigénétique, située au niveau du locus sexuel (mat1) de la levure Schizosaccharomyces pombe, initie le changement de type sexuel. La réplication unidirectionnelle du locus mat1 permet la formation de l'empreinte sur le brin Watson. Les éléments moléculaires qui forment et protègent l'empreinte durant le cycle cellulaire restent peu connus. Afin de mieux comprendre le mécanisme de formation et de maintien de l'empreinte, j'ai caractérisé le recrutement au niveau du locus mat1 d'acteurs précoces dans le changement de type sexuel. J'ai montré que la protéine Sap1 (switch activating protein 1) est préférentiellement recrutée à l'intérieur de la séquence SS13, une séquence qui stabilise l'empreinte. Les protéines Lsd1/2 (lysine specific demethylases) qui contrôlent la pause de la fourche de réplication à mat1 et la formation de l'empreinte sont spécialement recrutées au niveau de mat1 indépendamment de l'allèle présent. La protéine Abp1 (homologue de CENP-B) est enrichie à côté de mat1 mais n'est pas impliquée dans la formation/maintien de l'empreinte. De plus, j'ai établi la signature de l'empreinte par séquençage à haut débit. En utilisant cette signature, j'ai mis en évidence que les protéines Lsd1/2 et Sap1 immunoprécipitent les deux côtés de la chromatide qui porte l'empreinte ce qui suggère la formation d'une structure protective définie comme l'imprintosome. / Genetic and molecular studies have indicated that an epigenetic imprint at mat1, the sexual locus of fission yeast, initiates mating type switching. The polar DNA replication of mat1 generates an imprint on the Watson strand. The process by which the imprint is formed and maintained through the cell cycle remains unclear. To understand better the mechanism of imprint formation and stability, we characterized the recruitment of early players of mating type switch at the mat1 region. We found that the switching activating protein 1 (Sap1) is preferentially recruited inside the mat1M allele on a sequence (SS13) that enhances the imprint. The lysine specific demethylases, Lsd1/2, that control the replication fork pause at MPS1 and the formation of the imprint are specifically drafted inside of mat1, regardless of the allele. The CENP-B homolog, Abp1, is highly enriched next to mat1 but it is not required in the process. Additionally, we established the computational signature of the imprint. Using this signature, we show that both sides of the imprinted molecule are bound by Lsd1/2 and Sap1, suggesting a nucleoprotein protective structure defined as imprintosome.

GNAS est un locus soumis à empreinte parentale. Ce locus produit différents transcrits et protéines en utilisant des promoteurs distincts. Le transcrit bialléique Gsα, les transcrits soumis à empreinte maternelle GNAS-AS1, XLαs et A/B et un transcrit soumis à empreinte paternelle NESP55. L’expression de ces transcrits est contrôlée par des régions différentiellement méthylées (DMRs). Le locus GNAS est impliqué dans plusieurs maladies. La PseudoHypoParathyroïdie (PHP) également appelée inactivating PTH/PTHrP Signaling Disorder (iPPSD, pour la description de la nouvelle classification) englobe un groupe de maladies rares, très hétérogène caractérisé par la résistance des organes à l'action de la PTH. Les iPPSD2 sont dues à des mutations perte de fonctions de Gsα, les iPPSD3 à des anomalies de méthylation d’une ou plusieurs DMRs. Les tumeurs intracanalaires papillaires et mucineuses du pancréas (TIPMPs) sont des tumeurs kystiques caractérisées par une prolifération papillaire intracanalaire de l’épithélium des canaux pancréatiques. Les TIPMPs sont des précurseurs de l’adénocarcinome pancréatique comprenant trois degrés de dysplasie selon le phénotype histologique, légère, moyenne et haut grade.L’objectif de mon travail était d’étudier l’implication des transcrits non codants et des GNAS-miRNAs à l’aide de deux modèles pathologiques les iPPSD2 et 3 et les TIPMPs.Projet TIPMP :Nous avons identifié que la perte d’empreinte du locus GNAS est un événement fréquent dans les TIPMPs et semble associée à des marques d’activation de la transcription du locus. De plus, d’autres gènes soumis à l’empreinte parentale, comme MEG3 et DIRAS3, présentent également des modifications de leurs marques épigénétiques.Projet iPPSD2 et 3 :Résultat 1 : Croissance longitudinale, taille finale et IMC des patients iPPSD2 et 3. Les patients iPPSD2 naissent hypotrophiques, ont une petite taille finale et développe un surpoids. Les patients iPPSD3 naissent macrosomiques mais atteignent une taille finale normale et un IMC moyen normal. Mes résultats suggèrent un rôle majeur de Gsα et de Xlαs dans la croissance fœtale, postnatale, pubertaire et l’accumulation de la masse grasse.Résultat 2 : Cibles des GNAS-miRNAs et phénotype des patients iPPSD3. Mes données d’expression des GNAS-miRNAs dans les lymphocytes et les fibroblastes de patients matUPD20/patUPD20 montrent qu’ils sont soumis à l’empreinte parentale. In silico, les cibles de ces miRNAs sont classées en 3 groupes : signalisation de l’AMPc, signalisation du calcium et croissance. La transfection dans les cellules HEK des GNAS-miRNAs m’a permis de confirmer certaines cibles moléculaires comme la cible du miR-296-3p, PRKAG1 et la cible des miRs 296-5p et 296-3p, GNB2 tous les deux impliqués dans la voie de l’AMPc.Résultat 3 : étude d’une nouvelle DMR : GNAS-AS2. Cette DMR récemment identifiée présente une perte de méthylation chez la plupart des patients iPPSD3 comparés aux contrôles. Nous avons identifié pour la première fois, un sous-groupe de patients iPPSD3 qui présente une perte de méthylation de la DMR GNAS-AS1:TSS-DMR, mais pas de GNAS-AS2. Ces patients ont un profil de iPPSD3 autosomique dominant, sans délétion du centre d’empreinte STX16. Mes résultats montrent : 1-absence de délétion ou remaniement génomique en whole genome sequencing dans une famille atteinte, 2-la DMR GNAS-AS2 possède deux sous domaines distincts et 3-la transmission de cette anomalie est maternelle.Les transcrits de GNAS jouent un rôle important dans des phénomènes fondamentaux comme la croissance ante et post natale, la tumorigenèse, la signalisation endocrine AMPc dépendante et l’acquisition de la masse grasse. Afin de mieux comprendre les pathologies de l’empreinte il est important d’identifier des biomarqueurs comme les miRNAs et de les corréler aux phénotypes des patients iPPSD. / GNAS is a locus subjected to parental imprinting. This locus produces different transcripts and proteins using distinct promoters: the Gsα biallelic transcript, the maternally imprinted transcripts GNAS-AS1, XLαs and A/B and a paternal imprinted transcript NESP55. The expression of these transcripts is controlled by differentially methylated regions (DMRs). The GNAS locus is involved in several diseases. PseudoHypoParathyroidism (PHP) also called inactivating PTH/PTHrP Signaling Disorder (iPPSD, for the description of the new classification) encompasses a group of heterogeneous rare diseases, characterized by the resistance of organs to the action of PTH. IPPSD2 are due to Gsα loss of function mutations, iPPSD3 to methylation abnormalities at one or several GNAS DMRs. Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm (IPMN) are cystic tumors characterized by Intraductal papillary proliferation of the pancreatic duct epithelium. IPMNs are precursors of pancreatic adenocarcinoma comprising three degrees of dysplasia according to the histological phenotype, low, medium and high grade.The aim of my work was to study the implication of non-coding transcripts and GNAS-miRNAs using two pathological models, iPPSD2 and 3 and IPMN.IPMN project:We have identified that loss of imprinting at the GNAS locus is a common trait in IPMN and appears to be associated with transcriptional activation events of the GNAS transcripts. In addition, other genes subjected to parental imprinting, such as MEG3 and DIRAS3, also show changes in their epigenetic marks.Project iPPSD2 and 3:Result 1: Longitudinal growth, final height and BMI of iPPSD2 and 3 patients. iPPSD2 patients are born hypotrophic, display a final short stature and are overweight. IPPSD3 patients are born macrosomic but reach a normal final height and normal mean BMI. My results suggest a major role of Gsα and Xlαs in fetal, postnatal, pubertal growth and fat mass accumulation.Result 2: Targets of GNAS-miRNAs and phenotype of iPPSD3 patients. Expression of GNAS-miRNAs in lymphocytes and fibroblasts of matUPD20/patUPD20 patients suggested that GNAS-miRNAs are subjected to parental imprinting. In silico, the targets of these miRNAs are classified in 3 groups: cAMP signaling, calcium signaling and growth. Transfection of the GNAS-miRNAs into HEK cells confirmed certain molecular targets such as the miR-296-3p target, PRKAG1 and the miRs 296-5p and 296 -3p target, GNB2, both transcripts being involved in cAMP pathway.Result 3: characterization of a new DMR: GNAS-AS2. GNAS-AS2 is a recent characterized DMR with loss of methylation in most iPPSD3 patients compared to controls. We have identified for the first time a subset of iPPSD3 patients with loss of methylation at the GNAS-AS1:TSS-DMR but not at the GNAS-AS2 DMR. These patients have an autosomal dominant form of iPPSD3, without deletion of the STX16 imprinting control element. My results show: 1- lack of deletion or genomic rearrangement through whole genome sequencing in an affected family, 2- GNAS-AS2 DMR has two distinct subdomains and 3- this anomaly is maternally inherited.GNAS transcripts play an important role in fundamental biological processes such as ante and postnatal growth, tumorigenesis, endocrine cAMP dependent signaling pathways and fat mass acquisition. It is important to identify new biomarkers such as miRNAs and correlate them with phenotypical factors of iPPSD patients.

Chez les plantes à graine, l'albumen est un tissu nourricier surprenant, puisqu'il résulte de la double fécondation, qui est la fécondation concomitante de l'oosphère d'une part, et de la cellule mère de l'albumen, la cellule centrale, d'autre part. Dans cette thèse, nous étudions les pressions de sélection qui déterminent l'évolution de l'albumen et pourraient expliquer l'évolution (1) de la double fécondation, (2) d'un doublement des contributions maternelles dans la cellule centrale, (3) de la polysporie, qui consiste en la participation de plusieurs produits de méiose à la formation du gamétophyte, et (4) de l'empreinte parentale, l'expression différentielle des allèles maternels et paternels.Ces innovations modifient l'hétérozygotie dans le tissu nourricier et par conséquent, ont le potentiel de changer l'hétérosis de la graine. Dans cette thèse, nous commençons par étudier comment les changements génétiques qui découlent de la double fécondation, du doublement des contributions maternelles, de la polysporie et de l'empreinte parentale modifient l'hétérosis, ce qui peut jouer en faveur ou en défaveur de leurs évolutions. Puis, nous faisons une revue des données disponibles dans la littérature pour tester si ces traits sont le résultat d'un conflit mâle-femelle sur l'allocation des ressources. Enfin, nous étudions de manière expérimentale les patrons de l'allocation des ressources chez le maïs, pour tester si les embryons sont en compétition pour les ressources, ce qui est une des conditions nécessaires pour qu'un conflit sur l'allocation des ressources ait lieu.Nos modèles théoriques nous permettent de décrire un conflit mâle-femelle sur l'exposition des allèles délétères dans les tissus pour lesquels l'expression des gènes est asymétrique. Ce conflit n'avait jamais été décrit auparavant, et ouvre de nouvelles perspectives pour la compréhension de l'évolution de l'expression génétique. L'analyse des données indique que les théories alternatives à la théorie du conflit sur l'allocation des ressources ont parfois un bon pouvoir explicatif, et méritent par conséquent d'être d'avantage explorées. Enfin, notre étude expérimentale sur le maïs montre que la compétition entre embryons est prédominante lors de l'allocation des ressources chez cette espèce, ce qui est concordant avec les prédictions de la théorie du conflit sur l'allocation. / In seed plants, the endosperm is a surprising nutritive tissue, because it results from double fertilization, an eccentricity which results from the parallel fertilization of the egg cell on the one hand, and of the mother cell of the endosperm, the central cell, on the other hand. In this thesis, we study the selective pressures which drive the evolution of the endosperm and may explain the evolution of (1) double fertilization, (2) a doubling of maternal contributions in the central cell, (3) polyspory, the participation of several meiotic products to the gametophyte and (4) imprinting, the differential expression of maternal and paternal alleles. These innovations modify heterozygosity in the endosperm and as a consequence, have the potential to change heterosis in the seed. In this thesis, we first investigate how genetic changes that result from double fertilization, doubling of maternal contribution, polyspory and imprinting modify heterosis, which may play in favour or against the evolution of these traits. Second, we review the available data to test whether these traits are the result of a male-female conflict over resource allocation. Finally, we study experimentally patterns of resource allocation in maize to assess whether embryos compete for resources, which is a necessary condition for the conflict over resource allocation to occur. Our theoretical models allow us to describe a male-female conflict over the exposition of deleterious alleles in tissues with asymmetrical gene expression. This conflict had never been described before and opens perspectives for understanding the evolution of gene expression. We conclude from our analysis of data that theories which are alternative to the conflict theory over resource allocation may have a better explanatory power and therefore deserve to be further explored. Finally, our experimental study in maize shows that competition between embryos drives resource allocation in this species, which is consistent with predictions of the conflict over resource allocation theory.