Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Em estudo anterior, as espécies de enterobactérias apresentando perfis variados de resistência aos antimicrobianos foram detectadas em 20% dos sítios com lesões periodontais de pacientes sadios do ponto de vista sistêmico. Tais cepas microbianas foram submetidas a investigações com o intuito de determinar à expressão de enzimas hidrolíticas para substratos diversos, a multirresistência aos agentes antimicrobianos e os mecanismos de resistência aos antimicrobianos da classe dos β lactâmicos. A maioria das amostras expressou atividade de gelatinase (65%), caseinase (30%) e elastase (10%). Lipase, lecitinase e DNase foram observadas apenas para Serratia marcescens. A multirresistência (considerado como a resistência a pelo menos dois agentes antimicrobianos de famílias diferentes) foi observada em 56% das amostras isoladas. A maioria das cepas foi resistentes à ampicilina (93,75%) e amoxicilina/ácido clavulânico (81,25%). Investigações sobre a resistência aos antibióticos β-lactâmicos mostraram que três amostras resistentes à cefalosporinas de 2 geração, apresentaram perfis plasmidiais de diferentes pesos moleculares. A expressão fenotípica de β-lacatamases, foi detectada nas cepas de Enterobacter cloacae (PcOM46 e PcOM5) e S. marcescens (PcOM63). No entanto, na análise molecular, não foi possível confirmar a expressão fenotípica de diferentes β-lactamases, com exceção do E. cloacae PcOM46, que apresentou amplificação para AmpC e blaTEM. Embora sensível à maioria dos antibióticos β-lactâmicos (exceção feita à ampicilina e amoxicilina / ácido clavulânico), amostra de S. marcescens PcOM68 apresentou amplificação para o gene blaSHV. Os experimentos de conjugação não detectaram a transferência de plasmídios para uma cepa de Escherichia coli K12 sensívei aos β-lactâmicos, o mesmo ocorreu nos procedimentos de transformação por eletroporação e por CaCl2, sugerindo uma resistência dependente de genes cromossomiais. A expressão de diferentes atividades enzimáticas, juntamente com a resistência aos antimicrobianos, aponta estes grupos de bactérias como agentes patogênicos potenciais capazes de contribuir para a patogênese e resposta à quimioterapia antimicrobiana nas doenças periodontais, além da disseminação sistêmica para outros locais do corpo, especialmente em indivíduos imunocomprometidos. A colonização prévia de lesões periodontais por espécies resistentes aos β-lactâmicos, pode contribuir para a disseminação destes genes relacionados à resistência aos antimicrobianos em ambientes hospitalares. / In a previous study, the enterobacterial species were detected in 20% of systemically healthy patients presenting periodontal lesions, with different profiles of antimicrobial resistance. These microbial strains were investigated in view to determine the expression of hydrolytic enzymes for diverse substrates, multiresistance to antimicrobial agents, and the mechanisms of resistance to beta-lactam antibiotics. The enzymes related to bacterial virulence were detected phenotypically in 90% isolates. The proteolytic activity displayed by the isolates against gelatin, casein and elastin was detected in 65%, 30% and 10%, respectively. Lipase, lecithinase, and DNase were observed only for Serratia marcescens strains. Multi-resistant phenotypes (considered as the resistance to at least two antimicrobial agents from different families) were observed for 56% enterobacterial isolates. Most of the strains were resistant to ampicillin (93.75%) and amoxicillin/clavulanic acid (81.25%). Investigations concerned to the resistance to beta-lactam antibiotics demonstrated that three bacterial strains resistant to penicilins and 2nd generation cephalosporins, had detectable plasmids. The extended resistance to β-lactams was detected phenotypically for E. cloacae PcOM46 and PcOM5) and S. marcescens (PcOM63) strains. However, the molecular detection of extended spectrum beta-lactamase failed to confirm the phenotypic expression of different β-lactamases, with exception to the E. cloacae PcOM46 isolate, which presented amplification for both ampC and blaTEM. Although sensitive to most of the β-lactam antibiotics (exception made to ampicilin and ampicilin/clavulanate), the strain S. marcescens PcOM68 was shown to amplify the blaSHV gene. Plasmid transference by both conjugation and transformation procedures failed to detect the resistance by a β-lactam-sensitive strain (E. coli K12), suggesting a chromosomal dependent resistance. The expression of varied enzymatic activities along with the resistance to antimicrobial agents point these group of bacteria as potential pathogens that may contribute to both pathogenesis and antimicrobial management of periodontal diseases, and systemic dissemination to other body sites, specially in immunocompromised host. The previous colonization of periodontal lesions by β-lactam resistant species may represent a threat for dissemination of genes related to antimicrobial resistance inside hospital environments.

Capes / Uma superfície mal higienizada em um ambiente produtivo, somada à capacidade de adesão de um microrganismo, pode se tornar uma fonte potencial de contaminação e levar à formação de biofilmes. Estes, uma vez formados, são de difícil remoção e podem proliferar para a contaminação de alimentos. A preocupação com a segurança dos alimentos é um desafio, visto que problemas a ela relacionados podem comprometer a saúde do consumidor. O objetivo deste trabalho foi isolar microrganismos patogênicos potenciais produtores de biofilme microbiano presentes no processamento industrial de um frigorífico bovino. O desenvolvimento do trabalho se resume em três fases: entrevista com o coordenador de qualidade de um frigorífico da região dos Campos Gerais; diagnóstico de pontos críticos no controle de qualidade do processamento industrial desse frigorífico, por meio de um diagrama decisório e coleta de amostras durante o processo industrial através de swabs, utilizados no isolamento por microbiologia. Em seguida, foi identificado o perfil genético das amostras, por meio do isolamento de DNA, seguida de amplificação por Reação em Cadeia da Polimerase com os primers universais rD1 e fD1. Os dados gerados na primeira fase indicam os programas de controle de qualidade aplicados na indústria frigorífica em estudo. A entrevistada, responsável pelo controle de qualidade da indústria, salientou o uso de Boas Práticas de Fabricação (BPF), Análise de Perigo e Pontos Críticos de Controle (APPCC), Procedimento Padrão de Higiene Operacional (PPHO), Monitoramento de Pragas (MIP) e Folha de Verificação (FV). A partir do diagrama decisório, foram identificados 25 pontos para a coleta de amostras para a identificação de microrganismos patogênicos. Dentre esses, dez pontos amostrais foram isolados por microbiologia convencional com meio de cultura EMB, indicando contaminação de conteúdo gastrointestinal por coliformes fecais. Em dez pontos, nem sempre distintos, houve crescimento em meio de cultura SS – Salmonella Shigella, indicando contaminação durante o abate a partir da manipulação da carne pelos funcionários, uma vez que esses podem ser portadores sadios de microrganismos patogênicos. Para identificação genotípica das amostras sequenciadas, os resultados chegaram a nível de gênero, sendo Escherichia, Proteus, Hafnia e Bacillus, todos pertencentes ao grupo de Enterobactérias, com exceção de Bacillus. Verificou-se através da identificação genotípica, relacionada com os locais de coleta das amostras no fluxograma, que há contaminação cruzada no ambiente produtivo do presente frigorífico, na maioria dos pontos, relacionadas com o manipulador. / An unhygienic surface in a productive environment, added to the adhesion capacity of a microorganism, can become a potential source of contamination and lead to the formation of biofilms. These, once formed, are difficult to remove and can proliferate for food contamination. Concern about food safety is a challenge, as related problems can compromise consumer health. The objective of this work is to select potential pathogenic microorganisms producing microbial biofilms present in the industrial processing of a beef cattle. The development of the work is summarized in three phases: interview with the quality coordinator of a refrigerator in the Campos Gerais region; diagnosis of critical points in the quality control of the industrial processing of this refrigerator, through a decision diagram and sample collection during the industrial process through swabs, used in the isolation by microbiology. Then, the genetic profile of the samples was identified through DNA isolation, followed by amplification by Polymerase Chain Reaction with the universal primers rD1 and fD1. The data generated in the first phase indicated the quality control programs in the refrigeration industry under study. The interviewee, responsible for the quality control of the industry, emphasized the use of Good Manufacturing Practices (GMP), Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP), Standard Operating Procedures (PPHO), Pest Monitoring (IPM) And Verification Sheet (FV). From the decision diagram, 25 points were identified for the collection of samples for the identification of pathogenic microorganisms. Among these, ten sample points were isolated by conventional microbiology with EMB culture, indicating contamination of gastrointestinal contents by fecal coliforms. At ten points, not always distinct, there was growth in the SS - Salmonella Shigella culture, indicating contamination during slaughter from the handling of the meat by the employees, since they may be healthy carriers of pathogenic microorganisms. For genotypic identification of the sequenced samples, the results reached the species level, being Escherichia, Proteus, Hafnia and Bacillus, all belonging to the group of Enterobacteria, except for Bacillus. It was verified through the genotypic identification, related to the sample collection sites in the flowchart, that there is cross contamination in the productive environment of the present refrigerator, in most of the points, related to the manipulator.

Capes / Uma superfície mal higienizada em um ambiente produtivo, somada à capacidade de adesão de um microrganismo, pode se tornar uma fonte potencial de contaminação e levar à formação de biofilmes. Estes, uma vez formados, são de difícil remoção e podem proliferar para a contaminação de alimentos. A preocupação com a segurança dos alimentos é um desafio, visto que problemas a ela relacionados podem comprometer a saúde do consumidor. O objetivo deste trabalho foi isolar microrganismos patogênicos potenciais produtores de biofilme microbiano presentes no processamento industrial de um frigorífico bovino. O desenvolvimento do trabalho se resume em três fases: entrevista com o coordenador de qualidade de um frigorífico da região dos Campos Gerais; diagnóstico de pontos críticos no controle de qualidade do processamento industrial desse frigorífico, por meio de um diagrama decisório e coleta de amostras durante o processo industrial através de swabs, utilizados no isolamento por microbiologia. Em seguida, foi identificado o perfil genético das amostras, por meio do isolamento de DNA, seguida de amplificação por Reação em Cadeia da Polimerase com os primers universais rD1 e fD1. Os dados gerados na primeira fase indicam os programas de controle de qualidade aplicados na indústria frigorífica em estudo. A entrevistada, responsável pelo controle de qualidade da indústria, salientou o uso de Boas Práticas de Fabricação (BPF), Análise de Perigo e Pontos Críticos de Controle (APPCC), Procedimento Padrão de Higiene Operacional (PPHO), Monitoramento de Pragas (MIP) e Folha de Verificação (FV). A partir do diagrama decisório, foram identificados 25 pontos para a coleta de amostras para a identificação de microrganismos patogênicos. Dentre esses, dez pontos amostrais foram isolados por microbiologia convencional com meio de cultura EMB, indicando contaminação de conteúdo gastrointestinal por coliformes fecais. Em dez pontos, nem sempre distintos, houve crescimento em meio de cultura SS – Salmonella Shigella, indicando contaminação durante o abate a partir da manipulação da carne pelos funcionários, uma vez que esses podem ser portadores sadios de microrganismos patogênicos. Para identificação genotípica das amostras sequenciadas, os resultados chegaram a nível de gênero, sendo Escherichia, Proteus, Hafnia e Bacillus, todos pertencentes ao grupo de Enterobactérias, com exceção de Bacillus. Verificou-se através da identificação genotípica, relacionada com os locais de coleta das amostras no fluxograma, que há contaminação cruzada no ambiente produtivo do presente frigorífico, na maioria dos pontos, relacionadas com o manipulador. / An unhygienic surface in a productive environment, added to the adhesion capacity of a microorganism, can become a potential source of contamination and lead to the formation of biofilms. These, once formed, are difficult to remove and can proliferate for food contamination. Concern about food safety is a challenge, as related problems can compromise consumer health. The objective of this work is to select potential pathogenic microorganisms producing microbial biofilms present in the industrial processing of a beef cattle. The development of the work is summarized in three phases: interview with the quality coordinator of a refrigerator in the Campos Gerais region; diagnosis of critical points in the quality control of the industrial processing of this refrigerator, through a decision diagram and sample collection during the industrial process through swabs, used in the isolation by microbiology. Then, the genetic profile of the samples was identified through DNA isolation, followed by amplification by Polymerase Chain Reaction with the universal primers rD1 and fD1. The data generated in the first phase indicated the quality control programs in the refrigeration industry under study. The interviewee, responsible for the quality control of the industry, emphasized the use of Good Manufacturing Practices (GMP), Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP), Standard Operating Procedures (PPHO), Pest Monitoring (IPM) And Verification Sheet (FV). From the decision diagram, 25 points were identified for the collection of samples for the identification of pathogenic microorganisms. Among these, ten sample points were isolated by conventional microbiology with EMB culture, indicating contamination of gastrointestinal contents by fecal coliforms. At ten points, not always distinct, there was growth in the SS - Salmonella Shigella culture, indicating contamination during slaughter from the handling of the meat by the employees, since they may be healthy carriers of pathogenic microorganisms. For genotypic identification of the sequenced samples, the results reached the species level, being Escherichia, Proteus, Hafnia and Bacillus, all belonging to the group of Enterobacteria, except for Bacillus. It was verified through the genotypic identification, related to the sample collection sites in the flowchart, that there is cross contamination in the productive environment of the present refrigerator, in most of the points, related to the manipulator.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Em estudo anterior, as espécies de enterobactérias apresentando perfis variados de resistência aos antimicrobianos foram detectadas em 20% dos sítios com lesões periodontais de pacientes sadios do ponto de vista sistêmico. Tais cepas microbianas foram submetidas a investigações com o intuito de determinar à expressão de enzimas hidrolíticas para substratos diversos, a multirresistência aos agentes antimicrobianos e os mecanismos de resistência aos antimicrobianos da classe dos β lactâmicos. A maioria das amostras expressou atividade de gelatinase (65%), caseinase (30%) e elastase (10%). Lipase, lecitinase e DNase foram observadas apenas para Serratia marcescens. A multirresistência (considerado como a resistência a pelo menos dois agentes antimicrobianos de famílias diferentes) foi observada em 56% das amostras isoladas. A maioria das cepas foi resistentes à ampicilina (93,75%) e amoxicilina/ácido clavulânico (81,25%). Investigações sobre a resistência aos antibióticos β-lactâmicos mostraram que três amostras resistentes à cefalosporinas de 2 geração, apresentaram perfis plasmidiais de diferentes pesos moleculares. A expressão fenotípica de β-lacatamases, foi detectada nas cepas de Enterobacter cloacae (PcOM46 e PcOM5) e S. marcescens (PcOM63). No entanto, na análise molecular, não foi possível confirmar a expressão fenotípica de diferentes β-lactamases, com exceção do E. cloacae PcOM46, que apresentou amplificação para AmpC e blaTEM. Embora sensível à maioria dos antibióticos β-lactâmicos (exceção feita à ampicilina e amoxicilina / ácido clavulânico), amostra de S. marcescens PcOM68 apresentou amplificação para o gene blaSHV. Os experimentos de conjugação não detectaram a transferência de plasmídios para uma cepa de Escherichia coli K12 sensívei aos β-lactâmicos, o mesmo ocorreu nos procedimentos de transformação por eletroporação e por CaCl2, sugerindo uma resistência dependente de genes cromossomiais. A expressão de diferentes atividades enzimáticas, juntamente com a resistência aos antimicrobianos, aponta estes grupos de bactérias como agentes patogênicos potenciais capazes de contribuir para a patogênese e resposta à quimioterapia antimicrobiana nas doenças periodontais, além da disseminação sistêmica para outros locais do corpo, especialmente em indivíduos imunocomprometidos. A colonização prévia de lesões periodontais por espécies resistentes aos β-lactâmicos, pode contribuir para a disseminação destes genes relacionados à resistência aos antimicrobianos em ambientes hospitalares. / In a previous study, the enterobacterial species were detected in 20% of systemically healthy patients presenting periodontal lesions, with different profiles of antimicrobial resistance. These microbial strains were investigated in view to determine the expression of hydrolytic enzymes for diverse substrates, multiresistance to antimicrobial agents, and the mechanisms of resistance to beta-lactam antibiotics. The enzymes related to bacterial virulence were detected phenotypically in 90% isolates. The proteolytic activity displayed by the isolates against gelatin, casein and elastin was detected in 65%, 30% and 10%, respectively. Lipase, lecithinase, and DNase were observed only for Serratia marcescens strains. Multi-resistant phenotypes (considered as the resistance to at least two antimicrobial agents from different families) were observed for 56% enterobacterial isolates. Most of the strains were resistant to ampicillin (93.75%) and amoxicillin/clavulanic acid (81.25%). Investigations concerned to the resistance to beta-lactam antibiotics demonstrated that three bacterial strains resistant to penicilins and 2nd generation cephalosporins, had detectable plasmids. The extended resistance to β-lactams was detected phenotypically for E. cloacae PcOM46 and PcOM5) and S. marcescens (PcOM63) strains. However, the molecular detection of extended spectrum beta-lactamase failed to confirm the phenotypic expression of different β-lactamases, with exception to the E. cloacae PcOM46 isolate, which presented amplification for both ampC and blaTEM. Although sensitive to most of the β-lactam antibiotics (exception made to ampicilin and ampicilin/clavulanate), the strain S. marcescens PcOM68 was shown to amplify the blaSHV gene. Plasmid transference by both conjugation and transformation procedures failed to detect the resistance by a β-lactam-sensitive strain (E. coli K12), suggesting a chromosomal dependent resistance. The expression of varied enzymatic activities along with the resistance to antimicrobial agents point these group of bacteria as potential pathogens that may contribute to both pathogenesis and antimicrobial management of periodontal diseases, and systemic dissemination to other body sites, specially in immunocompromised host. The previous colonization of periodontal lesions by β-lactam resistant species may represent a threat for dissemination of genes related to antimicrobial resistance inside hospital environments.

Orientador: Pilar Rodriguez de Massaguer / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-15T20:08:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Chaves_RafaelDjalma_M.pdf: 1221605 bytes, checksum: 39b07012e6e51d1b792777e7b85fb78b (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Este trabalho teve como objetivos avaliar a microbiota de carnes embaladas a vácuo, em específico bactérias ácido lácticas (BAL) e enterobactérias. Para tanto foram analisadas 12 amostras de carne bovina brasileira embaladas a vácuo, sendo 7 deterioradas (5 contra-filé, 1 cupim e 1 picanha) e 5 não deterioradas (contra-filé). As amostras foram cedidas por 2 frigoríficos do estado de são Paulo, com exceção de 3 amostras não deterioradas adquiridas em mercado localizado na cidade de Campinas. Foi realizada a avaliação visual e sensorial das amostras, bem como a enumeração e identificação dos isolados recuperados, para posterior utilização no ensaio de reprodução do defeito. Foi analisada também a contaminação na linha de produção do frigorífico parceiro, desde o local de confinamento do gado até as esteiras de embalagem. As contagens da superfície da carne e do exsudato foram realizadas em meios específicos para cada grupo estudado: de Mann, Rogosa & Sharpe (MRS Agar, Difco) para BAL e Violet Red Bile Agar (VRBA, Oxoid) acrescido de 1% de glicose para enterobactérias. A incubação se deu a 30°C por 4 dias. As médias das contagens de BAL encontradas para as carnes deterioradas ficaram em torno de 108UFC/mL para o exsudato e 107UFC/100cm2 para a superfície da peça. Já para as enterobactérias, 106UFC/mL e 104UFC/100cm2, respectivamente. Para as carnes não deterioradas as medias de BAL ficaram em 107UFC/mL para o exsudato e 105UFC/100cm2 para a superfície e para as enterobactérias, 102UFC/mL e 102UFC/100cm2 respectivamente. A diferença entre as médias das contagens do exsudato proveniente das amostras deterioradas e não deterioradas, assim como entre as médias da superfície também provenientes dos 2 tipos de amostra, foram consideradas significativamente diferentes (p < 0.01). Os isolados foram identificados pelo sistema API (bioMérieux®), sendo API 50CHL para BAL como: Lactobacillus brevis (1 isolado), Lactobacillus pentosus (2 isolados), Lactococcus lactis (2 isolados) e Leuconostoc mesenteroides (2 isolados) e API 20E para enterobactérias identificadas como: Hafnia alvei (4 isolados), Serratia marcescens (2 isolados), Serratia odorifera (1 isolado), Yersinia enterocolitica (1 isolado), Klebsiella pneumoniae (1 isolado), Escherichia coli (4 isolados), Ewingella americana (1 isolado), Buttiauxella agrestis (1 isolado), Enterobacter sakazakii (1 isolado) e Flavimonas oryzihabitans (1 isolado) sendo que a Hafnia alvei predominou em 50% das amostras de carne embalada a vácuo, já no ambiente de frigorífico a E. coli predominou no corredor de abate. Para a realização do teste de reprodução do defeito, 3 peças de contrafilé foram cortadas, assepticamente, em bifes de 10x5x2cm e inoculadas individualmente com suspensão de células vegetativas pré-ajustada de 108UFC/mL (Densimatic) de 6 diferentes isolados de enterobactérias, 4 de BAL e 1 Pseudomonas sp. O vácuo aplicado nas sacolas plásticas présoldadas (EVA multicamadas) com os bifes inoculados foi de 6mBar, praticado normalmente pela industria, seguido de termo-encolhimento por 4 segundos a 83°C. A incubação foi procedida por 4 semanas a 4 e 15°C. Após 7 dias de incubação a 15°C, foi observado estufamento nas embalagens inoculadas com Hafnia alvei. Todas as outras embalagens inoculadas com enterobactérias, assim como com BAL, iniciaram o estufamento das embalagens com 15 dias de incubação. Com incubação a 4°C e somente após 6 semanas, aconteceu perda de vácuo e início de estufamento na embalagem inoculada com H. alvei. Apesar de que, de acordo com a literatura, os Clostridium psicrotróficos estão envolvidos nos episódios de estufamento de embalagens, nesta pesquisa concluímos que linhagens de BAL (homo e heterofermentativas) e enterobactérias também causam este defeito. Além disso, o abuso de temperatura (15°C) reportado ao longo da linha de produção do frigorífico em estudo pode aumentar a contaminação inicial destes organismos, fazendo com que o acondicionamento a vácuo não se torne uma barreira tão eficiente ao desenvolvimento de micro-organismos deterioradores e patogênicos / Abstract: This work aimed to evaluate the bacteria flora of vacuum packed meat, particularly lactic acid bacteria (LAB) and Enterobacteriaceae. For both microorganisms, 12 samples of red vacuum packaged meat were analyzed, seven of which were deteriorated (5 striploin, 1 hump and 1 rump cap) and 5 fresh (striploin). The samples were donated by 2 slaughterhouses located in São Paulo State, except 3 samples which were purchased in a market located in Campinas city. Enumeration and identification of the recovered isolates were performed, followed by inoculation tests to verify the defect. Contamination of slaughterhouse production line was also analyzed, from the stockyard area until the conveyor belt after packaging. Surface and purge counts were made with specific culture medium: de Mann, Rogosa & Sharpe (MRS agar, Difco) for LAB and Violet Red Bile Agar (VRBA, Oxoid), 1% glucose added, for Enterobacteriaceae. Incubation was conducted at 30°C for 4 days, LAB average counts found for deteriorated samples were ~ 108CFU/mL in purge and 107CFU/cm2 in meat surface and 106UFC/mL and 104CFU/100cm2 for Enterobacteriaceae, respectively. For fresh samples, the values for LAB were 107CFU/mL in purge and 105CFU/100cm2 of LAB in the meat surface and for Enterobacteriaceae, 102CFU/mL for purge and 102CFU/100cm2 for meat surface. Mean counts between purge from deteriored and non deteriored samples and mean counts between meat surface from both samples were considered significantly different (p <0.01). Isolates were identified with API system (bioMérieux®): API 50 CHL for LAB: Lactobacillus brevis (1 isolate), Lactobacillus pentosus (2 isolates), Lactococcus lactis (2 isolates) and Leuconostoc mesenteroides (2 isolates) and API 20E for Enterobacteriaceae identified as: Hafnia alvei (4 isolates), Serratia marcescens (2 isolates), Serratia odorifera (1 isolate), Yersinia enterocolitica (1 isolate), Klebsiella pneumoniae (1 isolate), Escherichia coli (4 isolates), Ewingella americana (1 isolate), Buttiauxella agrestis (1 isolate), Enterobacter sakazakii (1 isolate) and Flavimonas oryzihabitans (1 isolate). Hafnia alvei was the dominant species in 50% samples of vacuum packed meat while in the abattoir environment, E. coli was dominant at the slaughter blood conveyor. For the inoculation test to verify the defect, 3 fresh vacuum pack strip loins were aseptically cut in 10x5x2cm beefs and inoculated individually with pre adjusted bacterial suspension 108CFU/mL (Densimatic) of 6 different Enterobacteriaceae isolates, 4 LAB and 1 Pseudomonas sp. were used individually. The applied vacuum in individual packs (EVA multilayer) was 6mBar, as industrial practice, followed by heat-shrinking of 83°C, 4s. Incubation was about 4 weeks at 4 and 15°C. After 7 days incubation at 15°C, blown pack was observed in samples with Hafnia alvei inoculated. In all other samples, the blown pack started after 15 days incubation. After 6 weeks at 4°C, was observed vacuum loss in the sample inoculated with H. alvei. Although, according to literature, the psychrotrophic clostridia are involved in blown pack cases, in this research it is concluded that LAB strains (homo ¿ heterofermentative) and Enterobacteriaceae also cause the defect. Besides, temperature abuse along the slaughterhouse production line (15°C) may increase initial contamination of these organisms, becoming the vacuum packaging a non so efficient barrier against spoilage and pathogenic microorganisms development / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

As espécies Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa são responsáveis por infecções neonatais hospitalares. Lipopolissacarídeo (LPS) é o principal indutor de respostas inflamatórias. Os objetivos foram avaliar a transferência placentária de IgG reativa ao LPS de K. pneumoniae, E. coli O111, O26 e O6 e P. aeruginosa empregando ELISA para dosar IgG em soro materno e de cordão de 29 neonatos pré-termos e 32 a termo; analisar IgM total e específica no soro materno; e investigar a influência das patologias apresentadas pelas mães na transferência placentária. Concentrações de IgG total foram reduzidas em pré-termos como esperado, porem índices de transferência placentária de IgG total e IgG anti-LPS foram sistematicamente reduzidos quando comparados aos neonatos a termo. Níveis de IgM total e anti-LPS foram equivalentes em mães de ambos os grupos. As patologias das mães influenciaram os níveis de IgM no grupo de mães de pré-termos. Estes resultados indicam uma imunidade adquirida deficiente pelo grupo pré-termo aumentando os riscos de infecção. / Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa species are responsible for neonatal nosocomial infections. Bacterial lipopolysaccharide (LPS) is the major inducer of the inflammatory responses. The aims were to evaluate the placental transfer of IgG reactive to LPS present in K. pneumoniae, in E. coli O111, O26 and O6 and in P. aeruginosa employing ELISA to detect IgG in maternal and cord sera from 29 preterm and 32 term neonates; to analyze total and specific IgM on the mothers sera; and to investigate the influence of the pathologies presented by some mothers in the placental transfer. Total IgG concentrations were reduced in preterm neonates as expected, but placental transfer indexes of total and anti-LPS IgG were systematically reduced when compared with term neonates. Total and anti-LPS IgM levels were equivalent on mothers of both groups. The mothers pathologies influenced only the IgM levels in the preterm mothers group. These results indicate a deficient acquired immunity by the preterm group increasing the risk of infection.

Descrever a prevalência das espécies bacterianas isoladas nas infecções urinárias comunitárias. Descrever os perfis de susceptibilidade aos antibióticos de uso oral utilizado frente às bactérias isoladas nas infecções urinárias comunitárias. Avaliar a prevalência de fenótipos de resistência bacterianos através dos resultados dos testes de susceptibilidade e dos rastreamentos específicos utilizados. Amostras colhidas exclusivamente no atendimento ambulatorial com contagens de unidades formadoras de colônias entre 100.000 a &#8805;1.000.000 por mililitro (UCF/ml) Com ou sem piúria no exame de elementos anormais na urina e sedimentoscopia (EAS). Foram analisados retrospectivamente os resultados de urinoculturas e dos testes de susceptibilidade a antimicrobianos, realizados em um Laboratório da rede privada na cidade do Rio de janeiro, de pacientes atendidos em ambulatórios e com quadros de ITU. As amostras de urina coletadas englobavam basicamente os seguintes bairros: Botafogo, Barra da Tijuca, Ipanema, Copacabana, Tijuca e Centro. Foram analisados um total de 8.475 culturas de urina divididas em 7.286 urinas de pacientes femininos e 1.189 de pacientes masculinos entre Janeiro de 2006 a Dezembro de 2012. As amostras foram todas coletadas na Cidade do Rio de Janeiro e englobavam basicamente os seguintes bairros: Botafogo, Barra da Tijuca, Ipanema, Copacabana, Tijuca e Centro. Encontramos um percentual de resistência de 27% para ciprofloxacina frente à Escherichia coli que com 68.23% é a principal etiologia encontrada na ITU na comunidade os resultados das três fluoroquinolonas avaliadas no estudo, ciprofloxacina (2 geração), levofloxacina (3 geração) e norfloxacina (2 geração), acharemos respectivamente 27%, 25% e 20% de resistência em Escherichia coli. O uso de fluoroquinolonas em infecções urinárias comunitárias e consequentemente os achados de padrões de resistência neste estudo, reforçam o que já foi descrito em outros trabalhos. A cefalosporina de 2 geração (cefuroxima), demonstrou percentuais de resistência bastante satisfatórios frente as principais etiologias. Em Escherichia coli o percentual foi de 2%, em Klebsiella pneumoniae 3% e em Proteus mirabilis não houve nenhum achado de resistência. Uma das vantagens da cefuroxima é ser ativa quanto à produção de beta lactamase, conferindo um espectro maior frente a possíveis produtoras desta enzima. Seu esquema posológico é de 250mg duas vezes ao dia por 7 dias para infecções urinárias não complicadas. O meio mais eficaz de melhorar a administração antimicrobiana provavelmente envolverá um programa abrangente que incorpora múltiplas estratégias e colaboração entre as diversas especialidades dentro de uma determinada instituição de saúde. Neste contexto, a observação periódica da incidência bacteriana com seus respectivos índices de resistência aos antimicrobianos por sitio de infecção e correlação com os antibióticos mais comumente utilizados, é mandatória para o sucesso terapêutico. / Describe the prevalence of bacterial species isolated from community acquired urinary tract infections and to describe the bacterial susceptibility profiles to oral antimicrobials. The prevalence of resistant phenotypes was also evaluated. Samples were taken from outpatients whose urine cultures showed >= 100,000 Colony Forming Units per milliliter (CFU/ml) with or without pyuria on direct examination of urine sediment samples. Urine culture results were retrospectively reviewed and antimicrobial susceptibility testing performed in a private clinical laboratory located in Rio de Janeiro. A total of 8475 urine cultures performed between January 2006 and December 2012 were analyzed. Female urine samples represented 7286 samples while male samples represented 1189 samples. Escherichia coli was found as the main etiology among urinary tract infections, (68,23%) showing 27% of ciprofloxaxin resistance, 25% Levofloxacin resistance and 20% Norfloxacin resistance. The use of fluoroquinolones in community acquired urinary tract infections and the resistance patterns found in this present study reinforces what has been described by other authors. A second generation cephalosporin (cefuroxime) showed resistance in main etiologies - E. coli 2% and K. pneumoniae 3%, while Proteus mirabilis showed no resistance at all. Among the main advantages of cefuroxime is the activity against the production of beta lactamases. The regimen dosage is 250mg twice a day for 7 days to treat uncomplicated urinary tract infections. The most effective way to improve antimicrobials administration is to develop a comprehensive program that incorporates multiple strategies and collaborative work between different medical specialties inside a healthcare institution. In such a context, the bacterial incidence rates and antimicrobial resistance rates should be closely observed and correlated to infection sites for better achievement of success in antimicrobial therapy.

As infecções associadas aos cuidados de saúde constituem um problema grave nas unidades hospitalares bem como nos serviços de atendimento extra-hospitalares. Diferentemente de outros países, no Brasil, existe uma incidência alta dessas infecções causadas por microorganismos Gram-negativos produtores de &#946;-lactamase de espectroestendido (ESBL). Estas enzimas hidrolisam compostos &#946;-lactâmicos e são consideradas mundialmente como de importância clínica, pois a localização de seus genes emelementos móveis facilitam a transmissão cruzada. Este estudo foi realizado com amostras bacterianas isoladas de material clínico e de fezes de pacientes internados em um hospital da rede pública no Rio de Janeiro, Brasil. Estes pacientes estavam internados em duas unidades de terapia intensiva cardiológica, no período de janeiro a dezembro de 2007. O estudo teve por objetivo realizar a caracterização fenotípica e genotípica desses isolados associados à colonização ou infecção dos pacientes. Os testes fenotípicos e genotípicos foram realizados na Universidade do Estado do Rio de Janeiro e incluíram provas bioquímicas, teste de susceptibilidade, teste confirmatório para a expressão da produção da enzima ESBL e Reação de Polimerase em Cadeia (PCR) com iniciadores específicos para cinco genes: blaTEM, blaSHV, CTX-M1, Toho1 e AmpC. As espécies bactérianas mais frequentemente isoladas foram Escherichia coli (25%) e Klebsiella pneumoniae (30,56%), e os genes mais prevalentes foram blaTEM (41,6%), AMPC (41,6%) blaSHV (33,3%), CTX-M1 (25%), e Toho1 (19,44%). Identificamos em 25% das amostras enterobactérias que não eram E. coli, K. pneumoniae ou Proteus sp, com fenótipo para ESBL e a expressão dos mesmos genes, confirmando a necessidade de investigação nestes grupos microbianos. O substrato mais sensível para a expressão da área de sinergismo no Teste de Aproximação foi o ceftriaxone (80%). Identificamos também que 17% das amostras positivas para ESBL apresentaram co-produção para AmpC e 50% apresentaram mais de um gene para os iniciadores testados. A presença da carbapenemase foi avaliada em amostras bacterianas com susceptibilidade intermediária para ertapenem, através do Teste de Hodge modificado. Os achados do presente estudo caracterizaram a co-produção de AmpC e ESBL, bem como sugerem a necessidade da revisão e a ampliação dos métodos para a detecção de outros padrões de resistência na nossa Instituição. / Healthcare-associated infections are a major problem in hospital units as well as in units outside hospital, where procedures are performed. In Brazil, differently from other countries, a large proportion of these infections are caused by extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing Gram-negative microorganisms. These enzymes, which hydrolyse &#946;-lactams, are considered of clinical importance worldwide. Their localization in genes that are located in móbile structures facilitate cross infection. This study was performed with bacterial isolates found in clinical specimens and faeces of patients hospitalized in a public hospital in the city of Rio de Janeiro, Brazil. These patients were in two different cardiological intensive care units from January till December 2007. The goal of the study was the phenotypic and genotypic characterization of the bacterial isolates which were associated with colonization or infection. Phenotypic and genotypic tests were performed in Universidade do Estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro State University) and included biochemical tests, susceptibility tests, a comfirmatory test for the expression of ESBL, and polymerase chain reaction (PCR) with specific primers for five gentes : blaTEM, blaSHV, CTX-M1, Toho1 and AmpC. The most frequently isolated bactéria were Escherichia coli (25%) and Klebsiella pneumoniae (30,56%), and the most prevalent genes were blaTEM (41,6%), AMPC (41,6%) blaSHV (33,3%), CTX-M1 (25%), and Toho1 (19,44%). In 25% of samples we identified enterobacteria that were not E. coli, K. pneumoniae oor Proteus spp, but with the ESBL phenotype and the expression of the same genes, suggesting these microbes needed investigating. The most sensitive substrate for expressing synergism in the double-disk diffusion test was ceftriaxone (80%). We also identified that 17% of ESBL positive isolates showed co-production of AmpC and 50% showed more than one gene tested by PCR. The presence of carbapenemase was studied in bacterial isolates with intermediate susceptibility to ertapenem, by a modified Hodge test. The findings in the present study characterize the co-production of AmpC and ESBL, and suggest the need for reviewing detection methods used and possibly using other methods for the detection of other resistance patterns in our Institution.

As infecções associadas aos cuidados de saúde constituem um problema grave nas unidades hospitalares bem como nos serviços de atendimento extra-hospitalares. Diferentemente de outros países, no Brasil, existe uma incidência alta dessas infecções causadas por microorganismos Gram-negativos produtores de &#946;-lactamase de espectroestendido (ESBL). Estas enzimas hidrolisam compostos &#946;-lactâmicos e são consideradas mundialmente como de importância clínica, pois a localização de seus genes emelementos móveis facilitam a transmissão cruzada. Este estudo foi realizado com amostras bacterianas isoladas de material clínico e de fezes de pacientes internados em um hospital da rede pública no Rio de Janeiro, Brasil. Estes pacientes estavam internados em duas unidades de terapia intensiva cardiológica, no período de janeiro a dezembro de 2007. O estudo teve por objetivo realizar a caracterização fenotípica e genotípica desses isolados associados à colonização ou infecção dos pacientes. Os testes fenotípicos e genotípicos foram realizados na Universidade do Estado do Rio de Janeiro e incluíram provas bioquímicas, teste de susceptibilidade, teste confirmatório para a expressão da produção da enzima ESBL e Reação de Polimerase em Cadeia (PCR) com iniciadores específicos para cinco genes: blaTEM, blaSHV, CTX-M1, Toho1 e AmpC. As espécies bactérianas mais frequentemente isoladas foram Escherichia coli (25%) e Klebsiella pneumoniae (30,56%), e os genes mais prevalentes foram blaTEM (41,6%), AMPC (41,6%) blaSHV (33,3%), CTX-M1 (25%), e Toho1 (19,44%). Identificamos em 25% das amostras enterobactérias que não eram E. coli, K. pneumoniae ou Proteus sp, com fenótipo para ESBL e a expressão dos mesmos genes, confirmando a necessidade de investigação nestes grupos microbianos. O substrato mais sensível para a expressão da área de sinergismo no Teste de Aproximação foi o ceftriaxone (80%). Identificamos também que 17% das amostras positivas para ESBL apresentaram co-produção para AmpC e 50% apresentaram mais de um gene para os iniciadores testados. A presença da carbapenemase foi avaliada em amostras bacterianas com susceptibilidade intermediária para ertapenem, através do Teste de Hodge modificado. Os achados do presente estudo caracterizaram a co-produção de AmpC e ESBL, bem como sugerem a necessidade da revisão e a ampliação dos métodos para a detecção de outros padrões de resistência na nossa Instituição. / Healthcare-associated infections are a major problem in hospital units as well as in units outside hospital, where procedures are performed. In Brazil, differently from other countries, a large proportion of these infections are caused by extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing Gram-negative microorganisms. These enzymes, which hydrolyse &#946;-lactams, are considered of clinical importance worldwide. Their localization in genes that are located in móbile structures facilitate cross infection. This study was performed with bacterial isolates found in clinical specimens and faeces of patients hospitalized in a public hospital in the city of Rio de Janeiro, Brazil. These patients were in two different cardiological intensive care units from January till December 2007. The goal of the study was the phenotypic and genotypic characterization of the bacterial isolates which were associated with colonization or infection. Phenotypic and genotypic tests were performed in Universidade do Estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro State University) and included biochemical tests, susceptibility tests, a comfirmatory test for the expression of ESBL, and polymerase chain reaction (PCR) with specific primers for five gentes : blaTEM, blaSHV, CTX-M1, Toho1 and AmpC. The most frequently isolated bactéria were Escherichia coli (25%) and Klebsiella pneumoniae (30,56%), and the most prevalent genes were blaTEM (41,6%), AMPC (41,6%) blaSHV (33,3%), CTX-M1 (25%), and Toho1 (19,44%). In 25% of samples we identified enterobacteria that were not E. coli, K. pneumoniae oor Proteus spp, but with the ESBL phenotype and the expression of the same genes, suggesting these microbes needed investigating. The most sensitive substrate for expressing synergism in the double-disk diffusion test was ceftriaxone (80%). We also identified that 17% of ESBL positive isolates showed co-production of AmpC and 50% showed more than one gene tested by PCR. The presence of carbapenemase was studied in bacterial isolates with intermediate susceptibility to ertapenem, by a modified Hodge test. The findings in the present study characterize the co-production of AmpC and ESBL, and suggest the need for reviewing detection methods used and possibly using other methods for the detection of other resistance patterns in our Institution.

Descrever a prevalência das espécies bacterianas isoladas nas infecções urinárias comunitárias. Descrever os perfis de susceptibilidade aos antibióticos de uso oral utilizado frente às bactérias isoladas nas infecções urinárias comunitárias. Avaliar a prevalência de fenótipos de resistência bacterianos através dos resultados dos testes de susceptibilidade e dos rastreamentos específicos utilizados. Amostras colhidas exclusivamente no atendimento ambulatorial com contagens de unidades formadoras de colônias entre 100.000 a &#8805;1.000.000 por mililitro (UCF/ml) Com ou sem piúria no exame de elementos anormais na urina e sedimentoscopia (EAS). Foram analisados retrospectivamente os resultados de urinoculturas e dos testes de susceptibilidade a antimicrobianos, realizados em um Laboratório da rede privada na cidade do Rio de janeiro, de pacientes atendidos em ambulatórios e com quadros de ITU. As amostras de urina coletadas englobavam basicamente os seguintes bairros: Botafogo, Barra da Tijuca, Ipanema, Copacabana, Tijuca e Centro. Foram analisados um total de 8.475 culturas de urina divididas em 7.286 urinas de pacientes femininos e 1.189 de pacientes masculinos entre Janeiro de 2006 a Dezembro de 2012. As amostras foram todas coletadas na Cidade do Rio de Janeiro e englobavam basicamente os seguintes bairros: Botafogo, Barra da Tijuca, Ipanema, Copacabana, Tijuca e Centro. Encontramos um percentual de resistência de 27% para ciprofloxacina frente à Escherichia coli que com 68.23% é a principal etiologia encontrada na ITU na comunidade os resultados das três fluoroquinolonas avaliadas no estudo, ciprofloxacina (2 geração), levofloxacina (3 geração) e norfloxacina (2 geração), acharemos respectivamente 27%, 25% e 20% de resistência em Escherichia coli. O uso de fluoroquinolonas em infecções urinárias comunitárias e consequentemente os achados de padrões de resistência neste estudo, reforçam o que já foi descrito em outros trabalhos. A cefalosporina de 2 geração (cefuroxima), demonstrou percentuais de resistência bastante satisfatórios frente as principais etiologias. Em Escherichia coli o percentual foi de 2%, em Klebsiella pneumoniae 3% e em Proteus mirabilis não houve nenhum achado de resistência. Uma das vantagens da cefuroxima é ser ativa quanto à produção de beta lactamase, conferindo um espectro maior frente a possíveis produtoras desta enzima. Seu esquema posológico é de 250mg duas vezes ao dia por 7 dias para infecções urinárias não complicadas. O meio mais eficaz de melhorar a administração antimicrobiana provavelmente envolverá um programa abrangente que incorpora múltiplas estratégias e colaboração entre as diversas especialidades dentro de uma determinada instituição de saúde. Neste contexto, a observação periódica da incidência bacteriana com seus respectivos índices de resistência aos antimicrobianos por sitio de infecção e correlação com os antibióticos mais comumente utilizados, é mandatória para o sucesso terapêutico. / Describe the prevalence of bacterial species isolated from community acquired urinary tract infections and to describe the bacterial susceptibility profiles to oral antimicrobials. The prevalence of resistant phenotypes was also evaluated. Samples were taken from outpatients whose urine cultures showed >= 100,000 Colony Forming Units per milliliter (CFU/ml) with or without pyuria on direct examination of urine sediment samples. Urine culture results were retrospectively reviewed and antimicrobial susceptibility testing performed in a private clinical laboratory located in Rio de Janeiro. A total of 8475 urine cultures performed between January 2006 and December 2012 were analyzed. Female urine samples represented 7286 samples while male samples represented 1189 samples. Escherichia coli was found as the main etiology among urinary tract infections, (68,23%) showing 27% of ciprofloxaxin resistance, 25% Levofloxacin resistance and 20% Norfloxacin resistance. The use of fluoroquinolones in community acquired urinary tract infections and the resistance patterns found in this present study reinforces what has been described by other authors. A second generation cephalosporin (cefuroxime) showed resistance in main etiologies - E. coli 2% and K. pneumoniae 3%, while Proteus mirabilis showed no resistance at all. Among the main advantages of cefuroxime is the activity against the production of beta lactamases. The regimen dosage is 250mg twice a day for 7 days to treat uncomplicated urinary tract infections. The most effective way to improve antimicrobials administration is to develop a comprehensive program that incorporates multiple strategies and collaborative work between different medical specialties inside a healthcare institution. In such a context, the bacterial incidence rates and antimicrobial resistance rates should be closely observed and correlated to infection sites for better achievement of success in antimicrobial therapy.