A análise de dados espaciais, aplicada ao contexto epidemiológico, também conhecida como Epidemiologia Espacial, vem apresentando crescente utilização por parte dos pesquisadores da área da saúde como uma das ferramentas de estudos de mapeamento e comportamento de doenças e de construção de indicadores de saúde. O presente trabalho apresenta uma revisão bibliográfica sobre a análise espacial de dados agregados por área, aplicada ao Mapeamento de Doenças, relatando os principais problemas da utilização das taxas de mortalidade brutas na construção dos mapas. Como as taxas brutas são estimativas de pequena precisão em regiões onde a população em risco tem tamanho reduzido, e o número de casos é raro, os modelos Bayesianos Hierárquicos são apresentados como alternativas na estimação destas taxas, através da suavização das estimativas produzidas pela incorporação de um componente espacialmente estruturado ao modelo. Nos modelos apresentados podese incorporar o fator temporal ao modelo espacial, através de diferentes formas de especificação. No artigo são analisadas as taxas de mortalidade infantil nos 496 municípios do Rio Grande do Sul no período de 2001 a 2004. Foram comparados três modelos com diferentes especificações dos componentes espaciais e temporais. Verificou-se que o modelo que utiliza a configuração espacial dos municípios na estimação das taxas obteve maior adequação aos dados quando comparado ao modelo onde as taxas são estimadas sem a utilização do componente espacialmente estruturado. Pode-se observar uma melhora sensível na interpretação dos mapas das taxas de mortalidade estimadas, através dos modelos apresentados, em relação aos mapas que utilizam as taxas brutas de mortalidade, podendo-se observar diferentes padrões de evolução temporal em diferentes regiões do Estado. / Spatial data analysis applied to the context of Epidemiology, also known as Spatial Epidemiology, has been used by health researchers as one of the tools for understand the behavior of the disease and for disease mapping studies. This paper presents a bibliographic revision about spatial analysis of data aggregated by area applied to Disease Mapping. The major problems about using gross mortality rates in the map construction are related here, as those rates are poor-precision estimates on areas with reduced population at risk. In this paper, Hierarchical Bayesian model are presented as an alternative in the estimation of those rates, through estimate smoothing produced by inserting a spatially structured component to the model, in addition to the temporal factor, using a different model specifications. Infant mortality rates from 2001 to 2004 in all 496 cities in Rio Grande do Sul were analyzed and three models with different specifications of spatial and temporal components were compared. Noticeably, the model that uses the spatial configuration of the cities for estimating the rates was the best, in comparison to the model where rates are estimated without the spatially-structured component. Considerable improvement is noted in the interpretation of mortality rate maps in relation to maps that use gross mortality rates, allowing the observation of different infant mortality patterns in different areas of the State.

A análise de dados espaciais, aplicada ao contexto epidemiológico, também conhecida como Epidemiologia Espacial, vem apresentando crescente utilização por parte dos pesquisadores da área da saúde como uma das ferramentas de estudos de mapeamento e comportamento de doenças e de construção de indicadores de saúde. O presente trabalho apresenta uma revisão bibliográfica sobre a análise espacial de dados agregados por área, aplicada ao Mapeamento de Doenças, relatando os principais problemas da utilização das taxas de mortalidade brutas na construção dos mapas. Como as taxas brutas são estimativas de pequena precisão em regiões onde a população em risco tem tamanho reduzido, e o número de casos é raro, os modelos Bayesianos Hierárquicos são apresentados como alternativas na estimação destas taxas, através da suavização das estimativas produzidas pela incorporação de um componente espacialmente estruturado ao modelo. Nos modelos apresentados podese incorporar o fator temporal ao modelo espacial, através de diferentes formas de especificação. No artigo são analisadas as taxas de mortalidade infantil nos 496 municípios do Rio Grande do Sul no período de 2001 a 2004. Foram comparados três modelos com diferentes especificações dos componentes espaciais e temporais. Verificou-se que o modelo que utiliza a configuração espacial dos municípios na estimação das taxas obteve maior adequação aos dados quando comparado ao modelo onde as taxas são estimadas sem a utilização do componente espacialmente estruturado. Pode-se observar uma melhora sensível na interpretação dos mapas das taxas de mortalidade estimadas, através dos modelos apresentados, em relação aos mapas que utilizam as taxas brutas de mortalidade, podendo-se observar diferentes padrões de evolução temporal em diferentes regiões do Estado. / Spatial data analysis applied to the context of Epidemiology, also known as Spatial Epidemiology, has been used by health researchers as one of the tools for understand the behavior of the disease and for disease mapping studies. This paper presents a bibliographic revision about spatial analysis of data aggregated by area applied to Disease Mapping. The major problems about using gross mortality rates in the map construction are related here, as those rates are poor-precision estimates on areas with reduced population at risk. In this paper, Hierarchical Bayesian model are presented as an alternative in the estimation of those rates, through estimate smoothing produced by inserting a spatially structured component to the model, in addition to the temporal factor, using a different model specifications. Infant mortality rates from 2001 to 2004 in all 496 cities in Rio Grande do Sul were analyzed and three models with different specifications of spatial and temporal components were compared. Noticeably, the model that uses the spatial configuration of the cities for estimating the rates was the best, in comparison to the model where rates are estimated without the spatially-structured component. Considerable improvement is noted in the interpretation of mortality rate maps in relation to maps that use gross mortality rates, allowing the observation of different infant mortality patterns in different areas of the State.

A análise de dados espaciais, aplicada ao contexto epidemiológico, também conhecida como Epidemiologia Espacial, vem apresentando crescente utilização por parte dos pesquisadores da área da saúde como uma das ferramentas de estudos de mapeamento e comportamento de doenças e de construção de indicadores de saúde. O presente trabalho apresenta uma revisão bibliográfica sobre a análise espacial de dados agregados por área, aplicada ao Mapeamento de Doenças, relatando os principais problemas da utilização das taxas de mortalidade brutas na construção dos mapas. Como as taxas brutas são estimativas de pequena precisão em regiões onde a população em risco tem tamanho reduzido, e o número de casos é raro, os modelos Bayesianos Hierárquicos são apresentados como alternativas na estimação destas taxas, através da suavização das estimativas produzidas pela incorporação de um componente espacialmente estruturado ao modelo. Nos modelos apresentados podese incorporar o fator temporal ao modelo espacial, através de diferentes formas de especificação. No artigo são analisadas as taxas de mortalidade infantil nos 496 municípios do Rio Grande do Sul no período de 2001 a 2004. Foram comparados três modelos com diferentes especificações dos componentes espaciais e temporais. Verificou-se que o modelo que utiliza a configuração espacial dos municípios na estimação das taxas obteve maior adequação aos dados quando comparado ao modelo onde as taxas são estimadas sem a utilização do componente espacialmente estruturado. Pode-se observar uma melhora sensível na interpretação dos mapas das taxas de mortalidade estimadas, através dos modelos apresentados, em relação aos mapas que utilizam as taxas brutas de mortalidade, podendo-se observar diferentes padrões de evolução temporal em diferentes regiões do Estado. / Spatial data analysis applied to the context of Epidemiology, also known as Spatial Epidemiology, has been used by health researchers as one of the tools for understand the behavior of the disease and for disease mapping studies. This paper presents a bibliographic revision about spatial analysis of data aggregated by area applied to Disease Mapping. The major problems about using gross mortality rates in the map construction are related here, as those rates are poor-precision estimates on areas with reduced population at risk. In this paper, Hierarchical Bayesian model are presented as an alternative in the estimation of those rates, through estimate smoothing produced by inserting a spatially structured component to the model, in addition to the temporal factor, using a different model specifications. Infant mortality rates from 2001 to 2004 in all 496 cities in Rio Grande do Sul were analyzed and three models with different specifications of spatial and temporal components were compared. Noticeably, the model that uses the spatial configuration of the cities for estimating the rates was the best, in comparison to the model where rates are estimated without the spatially-structured component. Considerable improvement is noted in the interpretation of mortality rate maps in relation to maps that use gross mortality rates, allowing the observation of different infant mortality patterns in different areas of the State.

Submitted by JULIANA DA SILVA BARBOSA null (juliana_enfermagem@ig.com.br) on 2017-01-06T20:10:54Z No. of bitstreams: 1 JSB dissertacao final.pdf: 2964978 bytes, checksum: b3f3f6261b187011324eeff472d1b198 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-01-11T12:22:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 barbosa_js_me_bot.pdf: 2964978 bytes, checksum: b3f3f6261b187011324eeff472d1b198 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-11T12:22:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 barbosa_js_me_bot.pdf: 2964978 bytes, checksum: b3f3f6261b187011324eeff472d1b198 (MD5) Previous issue date: 2016-09-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Embora o Programa Nacional de Imunização (PNI) do Brasil seja reconhecidamente bem-sucedido, pouco se conhece a cobertura vacinal em adultos no país. Essa lacuna do conhecimento é especialmente extensa no caso dos adultos não idosos. Com o objetivo de contribuir para o conhecimento de prevalência e preditores de adesão a vacinas estratégicas para adultos, realizamos um inquérito domiciliar em área urbana de Botucatu, Estado de São Paulo, Brasil. Ao todo, 758 indivíduos adultos foram incluídos. Aplicou-se questionário abordando uso de vacinas, bem como fatores demográficos, comorbidades e opiniões/atitudes relacionadas à imunização. Dados do questionário foram complementados e/ou corrigidos conforme informações coletadas pela Secretaria Municipal de Saúde de Botucatu. Escolhemos como desfechos de interesse a vacinação em dia contra difteria e tétano, hepatite B, influenza e sarampo/caxumba/rubéola (vacina tríplice viral). Foi realizado georreferenciamentoin loco dos domicílios. Análise de preditores envolveu modelos uni e multivariados de regressão logística. Em nossos achados, a adesão/atualização para imunização foi baixa para tétano (37%). Essa adesão esteve associada a sexo feminino e idade mais baixa. Quanto à vacina contra hepatite B, esta foi de 77% nos grupos para os quais está indicada, tendo o sexo feminino como único preditor independente. A vacinação contra influenza foi mais baixa em idosos (58%) que em outros grupos. Já para a tríplice viral, análise incluindo somente mulheres em idade fértil encontrou cobertura de 61%, sem preditores identificáveis. Nos mapas que mostram estimativa de Kernel para 10 densidade geográfica dos desfechos, houve variação de hot spots entre diferentes vacinas, ou entre grupos de vacinados/não vacinados. No entanto, não encontramos associação entre adesão e residência próxima a Unidades Básicas de Saúde. Os achados apontam para idosos e sexo masculino como grupos que requerem especial atenção para garantir adesão a vacinas.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:26:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11880_87 - Ana Carolina Lyra Brumat.pdf: 1982746 bytes, checksum: d2338d3f287ef07c150e9304247877f7 (MD5) Previous issue date: 2018-02-16 / O estudo espaço-temporal de doença de plantas analisa a interação entre o patógeno, ambiente e o hospedeiro, no qual existem diversas metodologias que podem ser utilizadas para esse fim. A fusariose é considerada a principal doença fúngica na cultura da pimenta-do-reino, no entanto ainda são poucos os estudos epidemiológicos da doença. Visto isso, objetivou-se com o trabalho estudar a distribuição espacial da fusariose em pimenta-do-reino utilizando diferentes metodologias de estudo. Foram monitoradas quatro áreas homogêneas de pimenta-do-reino, no município de São Mateus-ES, no período de dez/2015 a dez/2016. A presença ou ausência de sintomas, bem como a posição de cada planta, foram anotadas em planilhas obtendo-se o mapeamento da evolução da doença dentro das áreas. Para o estudo espacial analisou-se os dados por diferentes metodologias: Índice de Dispersão (ID), Lei de Taylor modificada, análise de dinâmica e estrutura de focos (ADEF), e a krigagem. A análise dos dados por meio Lei de Taylor modificada indicou distribuição agregada somente para a área quatro. A ADEF mostrou que, com a evolução da doença no campo, os focos se tornavam maiores e em menor número. Com a utilização de geoestatística foi possível observar que a fusariose é disseminada a curta distância, e que os focos obedecem a um padrão de alongamento. Comparando os resultados obtidos pelos diferentes métodos observa-se que a geoestatística corroborou com os resultados apresentados pelas metodologias convencionais (Lei de Taylor modificada e a ADEF), e que a mesma tem potencial para ser utilizada no estudo espacial de doença de plantas.

O presente trabalho é resultado de uma parceria entre o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, a Agência Estadual de Defesa Agropecuária do Maranhão, a Universidade de São Paulo e a Universidade de Brasília, fazendo parte das atividades do Programa Nacional de Controle e Erradicação da Brucelose e Tuberculose Animal. Realizou-se um estudo do tipo transversal para estimar a prevalência da brucelose bovina em animais e propriedades no Maranhão e em quatro circuitos produtores de bovinos, oriundos da divisão do estado. Em cada propriedade selecionada para o estudo, foram aleatoriamente coletadas amostras de soro de fêmeas bovinas com idade igual ou superior a 24 meses, assim como, foi aplicado um questionário epidemiológico objetivando caracterizar os tipos de criação de bovinos e determinar os fatores de risco associados à ocorrência da doença no Maranhão. No total foram amostradas 749 propriedades e 6.779 animais. As coordenadas geográficas de cada propriedade foram coletadas para identificação da distribuição espacial das propriedades positivas e de áreas geográficas onde medidas de controle da doença devem ser preferencialmente implementadas. A prevalência de propriedades positivas com, ao menos um animal reagente, foi estimada em 11,42% (9,23 - 14,06%) e a prevalência de animais soropositivos foi de 2,52% (1,73 - 3,65%). Diferenças significativas de prevalência foram observadas entre o circuito produtor 2 e os demais circuitos. As variáveis: rebanho bovino com mais de 54 fêmeas com idade ≥ 24 meses, aluguel de pastos de/para terceiros e presença de áreas alagadiças na propriedade, foram identificadas como fatores de risco para a ocorrência de brucelose no estado. Exploração de corte foi identificada como um fator protetor da doença. A performance do modelo final de fatores de risco, analisada através da área sob a curva ROC, apresentou um valor igual a 0,73, o que significa dizer que a ocorrência de focos da doença é também influenciada por outros elementos não incluídos na análise de fatores de risco. A distribuição de brucelose bovina foi estudada através de análises espaciais de prevalência e efeitos de primeira e segunda ordem. Observou-se uma distribuição heterogênea de focos da doença no estado, com destaque para áreas no centro e nas fronteiras leste e noroeste. Pequenas evidências de efeitos de segunda ordem foram observados na escala de 0 a 10 km. A análise de efeitos de primeira ordem, através dos resíduos do modelo de regressão logística, identificou áreas de maior risco da doença, principalmente no centro do estado, onde a presença de brucelose bovina não foi totalmente explicada pelo modelo de fatores de risco. Maior atenção deva ser preferencialmente prestada a esta área, onde investigações epidemiológicas e intervenções de controle da doença devem ser implementadas. / The present work is the result of a partnership among the Ministry of Agriculture, Livestock and Food Supply, the Animal Health State Agency of Maranhão, the University of São Paulo and the University of Brasília, becoming part of the activities of the National Program to Control and Eradicate Animal Brucellosis and Tuberculosis. A cross-sectional study was conducted to estimate the prevalence of bovine brucellosis in animals and farms in Maranhão State and four cattle production circuits, from the arbitrary division of the State. In each farm selected for the study, serum samples were randomly collected from cows aged 24 months or more, as well as an epidemiological questionnaire was applied aiming to characterize the types of cattle production systems and to determine the risk factors associated with occurrence of the disease in Maranhão. In total 749 farms and 6,779 animals were surveyed. Geographic coordinates of each farm were collected for identification of the spatial distribution of positive farms and identification of geographic areas where disease control measures should preferably be implemented. The prevalence of positive farms with at least one reagent animal, was estimated at 11.42% (9.23 - 14.06%) and the prevalence of seropositive animals was 2.52% (1.73 - 3.65% ). Significant differences in prevalence were observed among the circuit number 2 and the others. The variables: cattle herd over 54 cows aged 24 months or more, rent pasture from/to third parties and presence of wetlands on the farm were identified as risk factors for the occurrence of brucellosis in the State. Beef herd was identified as a protective factor of the disease. The performance of the final model of risk factors, analyzed by the area under the ROC curve, was 0.73, which means that the occurrence of disease outbreaks is also influenced by other factors not included in the risk factors analysis. The distribution of bovine brucellosis was studied beyond spatial analysis of prevalence and first and second order effects. An heterogeneous distribution of disease outbreaks in the State was observed, especially some areas in central and eastern and northwestern borders. Little evidence of second order effects were observed on a scale of 0 to 10 km. The analysis of first-order effect, through the residues of the logistic regression model, identified areas of greatest risk of disease, especially in the center of the State, where the presence of bovine brucellosis has not been fully explained by the risk factors model. Greater attention should preferably be paid to this area, where epidemiological investigations and disease control interventions should be implemented.

Submitted by LETICIA CHAMMA LASTÓRIA (lelastoria@yahoo.com.br) on 2016-06-30T19:14:39Z No. of bitstreams: 1 MestradoCORRIGIDO - PDF.pdf: 2088587 bytes, checksum: 05ada9bd23eac2f3af4059632d527df0 (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-07-04T12:49:01Z (GMT) / Submitted by LETICIA CHAMMA LASTÓRIA (lelastoria@yahoo.com.br) on 2016-07-06T13:41:54Z No. of bitstreams: 1 Mestrado com ficha catalográfica pdf.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-06T16:29:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lastoria_lc_me_bot.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-06T16:29:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lastoria_lc_me_bot.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Staphylococcus aureus resistente à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) é cada vez mais reconhecido como uma ameaça para pessoas vivendo com HIV/AIDS (PVHA). No entanto, a magnitude da colonização por MRSA varia entre diferentes países e regiões geográficas. Nós realizamos um estudo que teve por objetivo identificar a prevalência e os fatores de risco para colonização por S. aureus como um todo e MRSA em PVHA residindo em cidades de pequeno porte do interior do Estado de São Paulo. Isolados de MRSA foram caracterizados por Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE) e tiveram o Cassete Cromossômico Estafilocóccico (Staphylococcal Chromosome Cassete, SCC) mec tipado. Análise espacial foi realizada para identificar agregados geográficos e correlação com indicadores socioeconômicos. No primeiro momento, realizamos um estudo de prevalência pontual coletando swab nasal e de orofaringe de 368 PVHA atendidas em ambulatório de referência em Botucatu, SP. Sessenta e sete sujeitos residentes na cidade sede foram seguidos com coletas em dois outros momentos, e tiveram seus contactantes domiciliares também investigados para colonização. As taxas de prevalência de S. aureus e MRSA no primeiro levantamento foram 25,8% e 2,7%. A colonização por S. aureus foi negativamente associada com o uso de antibióticos beta-lactâmicos e drogas ilícitas. Por outro lado, fatores de risco para MRSA incluíam uso de crack e internação hospitalar recente. Inquéritos repetidos identificaram novos casos de colonização por MRSA, mas nenhum sujeito apresentou positividade em mais de uma ocasião. Quatro clusters foram identificados na PFGE, agrupando sujeitos em diferentes níveis – domicílio, cidade, região. Dos 19 isolados caracterizados, apenas um não carreava o SCCmec tipo IV. Análise espacial identificou hot spots par sujeitos colonizados com S. aureus, mas não conseguimos ligar esse padrão a indicadores sócio-econômicos. Em conclusão, nós idenficamos baixa – mas relevante – prevalência de MRSA em PVHA. Foram identificados tanto fatores de risco tradicionalmente associados a aquisição na comunidade quanto outros ligados a exposição a hospitais, de modo que as rotas predominantes de transmissão não puderam ser determinadas com base epidemiológica. / Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is increasingly recognized as a threat for people living with HIV/AIDS (PLWHA). However, the magnitude of asymptomatic MRSA colonization in that group varies among different countries and geographic regions. We conducted a study that aimed at identifying the prevalence and risk factors for both overall S. aureus and MRSA colonization among PLWHA attending in small cities from inner São Paulo State, Brazil. MRSA isolates were characterized using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), and submitted to typing of the Staphylococcal Chromosome Cassete (SCC)mec. Spatial analysis was performed to search for geographical clusters and correlation with socioeconomic indicators. In a first point prevalence survey, nasal and oropharyngeal swabs of 368 people were collected. Sixty-seven subjects from the main city (Botucatu) were surveyed for colonization in two other occasions, and had swabs collected from household members. The prevalence rates for S. aureus and MRSA in the first survey were 25.8% and 2.7%. The overall S. aureus colonization was negatively associated with the use of beta-lactams and of illicit drugs. On the other hand, MRSA colonized subjects were more likely to use crack and to have been admitted to a hospital during the past year. Repeated surveys found additional cases of MRSA colonization, but all subjects were positive in only one occasion. Four PFGE clusters were characterized, grouping subjects in household, city and region level. Of 19 total MRSA isolates, only one did not harbor SCCmec type IV. Spatial analysis detected hot spots of S. aureus colonized subjects from Botucatu, but that finding could not be linked to socio-economic indicators. In conclusion, we found small but relevant prevalence of MRSA among PLWHA. Community and healthcare-associated risk factors were identified, so that predominant routes of transmission could not be determined on epidemiological grounds.

O presente trabalho é resultado de uma parceria entre o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, a Agência Estadual de Defesa Agropecuária do Maranhão, a Universidade de São Paulo e a Universidade de Brasília, fazendo parte das atividades do Programa Nacional de Controle e Erradicação da Brucelose e Tuberculose Animal. Realizou-se um estudo do tipo transversal para estimar a prevalência da brucelose bovina em animais e propriedades no Maranhão e em quatro circuitos produtores de bovinos, oriundos da divisão do estado. Em cada propriedade selecionada para o estudo, foram aleatoriamente coletadas amostras de soro de fêmeas bovinas com idade igual ou superior a 24 meses, assim como, foi aplicado um questionário epidemiológico objetivando caracterizar os tipos de criação de bovinos e determinar os fatores de risco associados à ocorrência da doença no Maranhão. No total foram amostradas 749 propriedades e 6.779 animais. As coordenadas geográficas de cada propriedade foram coletadas para identificação da distribuição espacial das propriedades positivas e de áreas geográficas onde medidas de controle da doença devem ser preferencialmente implementadas. A prevalência de propriedades positivas com, ao menos um animal reagente, foi estimada em 11,42% (9,23 - 14,06%) e a prevalência de animais soropositivos foi de 2,52% (1,73 - 3,65%). Diferenças significativas de prevalência foram observadas entre o circuito produtor 2 e os demais circuitos. As variáveis: rebanho bovino com mais de 54 fêmeas com idade ≥ 24 meses, aluguel de pastos de/para terceiros e presença de áreas alagadiças na propriedade, foram identificadas como fatores de risco para a ocorrência de brucelose no estado. Exploração de corte foi identificada como um fator protetor da doença. A performance do modelo final de fatores de risco, analisada através da área sob a curva ROC, apresentou um valor igual a 0,73, o que significa dizer que a ocorrência de focos da doença é também influenciada por outros elementos não incluídos na análise de fatores de risco. A distribuição de brucelose bovina foi estudada através de análises espaciais de prevalência e efeitos de primeira e segunda ordem. Observou-se uma distribuição heterogênea de focos da doença no estado, com destaque para áreas no centro e nas fronteiras leste e noroeste. Pequenas evidências de efeitos de segunda ordem foram observados na escala de 0 a 10 km. A análise de efeitos de primeira ordem, através dos resíduos do modelo de regressão logística, identificou áreas de maior risco da doença, principalmente no centro do estado, onde a presença de brucelose bovina não foi totalmente explicada pelo modelo de fatores de risco. Maior atenção deva ser preferencialmente prestada a esta área, onde investigações epidemiológicas e intervenções de controle da doença devem ser implementadas. / The present work is the result of a partnership among the Ministry of Agriculture, Livestock and Food Supply, the Animal Health State Agency of Maranhão, the University of São Paulo and the University of Brasília, becoming part of the activities of the National Program to Control and Eradicate Animal Brucellosis and Tuberculosis. A cross-sectional study was conducted to estimate the prevalence of bovine brucellosis in animals and farms in Maranhão State and four cattle production circuits, from the arbitrary division of the State. In each farm selected for the study, serum samples were randomly collected from cows aged 24 months or more, as well as an epidemiological questionnaire was applied aiming to characterize the types of cattle production systems and to determine the risk factors associated with occurrence of the disease in Maranhão. In total 749 farms and 6,779 animals were surveyed. Geographic coordinates of each farm were collected for identification of the spatial distribution of positive farms and identification of geographic areas where disease control measures should preferably be implemented. The prevalence of positive farms with at least one reagent animal, was estimated at 11.42% (9.23 - 14.06%) and the prevalence of seropositive animals was 2.52% (1.73 - 3.65% ). Significant differences in prevalence were observed among the circuit number 2 and the others. The variables: cattle herd over 54 cows aged 24 months or more, rent pasture from/to third parties and presence of wetlands on the farm were identified as risk factors for the occurrence of brucellosis in the State. Beef herd was identified as a protective factor of the disease. The performance of the final model of risk factors, analyzed by the area under the ROC curve, was 0.73, which means that the occurrence of disease outbreaks is also influenced by other factors not included in the risk factors analysis. The distribution of bovine brucellosis was studied beyond spatial analysis of prevalence and first and second order effects. An heterogeneous distribution of disease outbreaks in the State was observed, especially some areas in central and eastern and northwestern borders. Little evidence of second order effects were observed on a scale of 0 to 10 km. The analysis of first-order effect, through the residues of the logistic regression model, identified areas of greatest risk of disease, especially in the center of the State, where the presence of bovine brucellosis has not been fully explained by the risk factors model. Greater attention should preferably be paid to this area, where epidemiological investigations and disease control interventions should be implemented.

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: A resistência microbiana causa grande número de mortes todos os anos. Sua emergência e disseminação são fenômenos complexos, que devem ser compreendidos no contexto de redes de assistência. Entre os microrganismos multidroga-resistentes (MDR), causam especial preocupação os bacilos Gram-negativos, especialmente Acinetobacter baumannii e Enterobactérias (Escherichia coli, Klebsiella spp e Enterobacter spp) resistentes aos carbapenêmicos (CRAB e CRE, respectivamente). Nós realizamos dois estudos com o objetivo de descrever o comportamento espaço-temporal de CRAB e CRE. O primeiro deles teve delineamento ecológico e se baseou em notificações de agentes de infecção da corrente sanguínea em Unidades de Terapia Intensiva do Estado de São Paulo. O segundo foi uma revisão sistemática de literatura científica e “literatura cinzenta” para identificar relatos de ocorrência de infecções por CRAB e CRE no Brasil. Nossos resultados no Estado de São Paulo demonstraram tendências temporais opostas para CRAB (redução) e CRE (crescimento). Em ambos os casos a incidência é maior nas Regiões Metropolitanas de São Paulo e Campinas, a partir de onde os microrganismos parecem espalhar-se para outras áreas. Infecções foram mais frequentes em hospitais públicos e naqueles com menor proporção de leitos de UTI. Fatores socio-econômicos e demográficos apresentaram associações variáveis, porém plausíveis, com a incidência dos microrganismos de interesse. Os resultados da revisão sistemática apontam para ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Antimicrobial resistance causes great numbers of deaths every year. Its emergence and dissemination are complex phenomena, which must be understood in the context of healthcare networks. Among multidrug-resistant microorganisms (MDR), carbapenem-resistant Gram-negative bacilli, especially Acinetobacter baumannii (CRAB) and Enterobacteriaceae (Escherichia coli, Klebsiella spp and Enterobacter spp; CRE) are of special concern. We performed two studies with the objective of describing the space-time behavior of CRAB and CRE. The first study had an ecological design and was based on reports of microorganisms causing bloodstream infections in Intensive Care Units in the São Paulo State, Brazil. The second was a systematic review of scientific literature and "gray literature" to identify reports of CRAB and CRE infections in Brazil. Our results in the State of São Paulo showed opposite temporal trends for CRAB (reduction) and CRE (growth). In both cases the incidence is higher in the Metropolitan Regions of São Paulo and Campinas, from where the microorganisms seem to spread to other areas. Infections were more frequent in public hospitals and in those with a lower proportion of ICU beds. Socio-economic and demographic factors presented variable but plausible associations with the incidence of microorganisms of interest. Results of the systematic review point to an initial concentration of CRAB and CRE reports in the Brazilian Southeast, followed by a dispersion in the country. The... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Staphylococcus aureus resistente à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) é cada vez mais reconhecido como uma ameaça para pessoas vivendo com HIV/AIDS (PVHA). No entanto, a magnitude da colonização por MRSA varia entre diferentes países e regiões geográficas. Nós realizamos um estudo que teve por objetivo identificar a prevalência e os fatores de risco para colonização por S. aureus como um todo e MRSA em PVHA residindo em cidades de pequeno porte do interior do Estado de São Paulo. Isolados de MRSA foram caracterizados por Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE) e tiveram o Cassete Cromossômico Estafilocóccico (Staphylococcal Chromosome Cassete, SCC) mec tipado. Análise espacial foi realizada para identificar agregados geográficos e correlação com indicadores socioeconômicos. No primeiro momento, realizamos um estudo de prevalência pontual coletando swab nasal e de orofaringe de 368 PVHA atendidas em ambulatório de referência em Botucatu, SP. Sessenta e sete sujeitos residentes na cidade sede foram seguidos com coletas em dois outros momentos, e tiveram seus contactantes domiciliares também investigados para colonização. As taxas de prevalência de S. aureus e MRSA no primeiro levantamento foram 25,8% e 2,7%. A colonização por S. aureus foi negativamente associada com o uso de antibióticos beta-lactâmicos e drogas ilícitas. Por outro lado, fatores de risco para MRSA incluíam uso de crack e internação hospitalar recente. Inqué... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is increasingly recognized as a threat for people living with HIV/AIDS (PLWHA). However, the magnitude of asymptomatic MRSA colonization in that group varies among different countries and geographic regions. We conducted a study that aimed at identifying the prevalence and risk factors for both overall S. aureus and MRSA colonization among PLWHA attending in small cities from inner São Paulo State, Brazil. MRSA isolates were characterized using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), and submitted to typing of the Staphylococcal Chromosome Cassete (SCC)mec. Spatial analysis was performed to search for geographical clusters and correlation with socioeconomic indicators. In a first point prevalence survey, nasal and oropharyngeal swabs of 368 people were collected. Sixty-seven subjects from the main city (Botucatu) were surveyed for colonization in two other occasions, and had swabs collected from household members. The prevalence rates for S. aureus and MRSA in the first survey were 25.8% and 2.7%. The overall S. aureus colonization was negatively associated with the use of beta-lactams and of illicit drugs. On the other hand, MRSA colonized subjects were more likely to use crack and to have been admitted to a hospital during the past year. Repeated surveys found additional cases of MRSA colonization, but all subjects were positive in only one occasion. Four PFGE clusters were characterized, grouping subjects in household, ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre