La surveillance syndromique est un concept récent en épidémiologie. Fondée sur le suivi automatisé d’indicateurs de santé non spécifiques, cette nouvelle approche offre des perspectives intéressantes pour la détection de phénomènes pathologiques émergents. Nous nous sommes basés sur les données actuellement collectées en France sur la mortalité bovine pour évaluer la faisabilité et la pertinence d’un système de surveillance syndromique basé sur cet indicateur. Nous avons d’abord modélisé le niveau de référence de la mortalité bovine en France puis proposé des méthodes pour identifier et quantifier d’éventuels excès de mortalité. Nous avons d’abord analysé des données réelles pour estimer rétrospectivement les conséquences sur la mortalité de l’épizootie de fièvre catarrhale ovine qui a touché le cheptel bovin français en 2007 et 2008. Nous avons ensuite proposé une méthode visant à identifier des regroupements d’unités spatiales présentant des augmentations inhabituelles de mortalité, et évalué ses performances pour détecter des foyers d’une maladie infectieuse dont nous avons simulé la propagation dans le cheptel bovin. Sur la base de ces travaux, nous discutons finalement de l’intérêt pour la protection de la santé animale d’un système de surveillance non spécifique basé sur la mortalité, et émettons des propositions pour la mise en place opérationnelle d’un tel système. / Syndromic surveillance is a recent concept in epidemiology. Based on automated monitoringof non-specific health indicators, this new approach offers interesting prospects for the detection of various health events. We analyzed data on cattle mortality routinely collected inFrance to assess the feasibility and relevance of a syndromic surveillance system based on this indicator. We modeled the baseline of cattle mortality in France and proposed methods to identify and quantify excess mortality. First we analyzed real data to retrospectively estimate the effects on mortality of the bluetongue outbreak which affected the French cattle in 2007 and 2008. We then proposed a method to detect unusual increases mortality, and evaluated its performance for the detection of outbreaks of an infectious disease of which we simulated the spread in the cattle population. We finally discuss the interest of a surveillance system based on non-specific mortality for the protection of animal health, and make proposals for the operational implementation of such a system.

<p>Uprkos rezultatima postignutih imunizacijom, veliki ka&scaron;alj je i danas vodeći uzrok smrti među zaraznim bolestima protiv kojih se sprovodi imunizacija. Postojanje različitih vrsta nadzora, prisutnih nedostataka laboratorijske dijagnostike oboljenja, slabosti u dostupnim definicijama slučaja velikog ka&scaron;lja i neprepoznavanje oboljenja, otežavaju realno sagledavanje opterećenja velikim ka&scaron;ljem i poređenje postignutih rezultata u različitim zemljama. Postojeće definicije slučaja velikog ka&scaron;lja nisu prihvatljive u svim uzrastima. Cilj istraživanja je bio da se na reprezentativnom uzorku Grada Novog Sada utvrdi: stopa incidencije velikog ka&scaron;lja tokom jedne godine savremenog nadzora; senzitivnost i specifičnost definicija slučaja velikog ka&scaron;lja, datih od strane Globalne pertusis inicijative za tri uzrasne grupe. U istraživanje je uključeno 213 ispitanika pacijenata iz sentinelnog nadzora nad velikim ka&scaron;ljem Doma zdravlja Novi Sad i 107 ispitanika pacijenata iz hospitalnog nadzora sa iste teritorije koji su ispunjavali predložene definicije slučaja za tri uzrasne grupe (0-3 meseca; 4 meseca-9 godina života; 10 godina i stariji). Podaci za istraživanje dobijeni su popunjavanjem anketnog upitnika. Laboratorijsko testiranje sumnji na veliki ka&scaron;alj sprovedeno je u Centru za mikrobiologiju Instituta za javno zdravlje Vojvodine. Kod pacijenata sa ka&scaron;ljem u trajanju do 21 dan testiranje je vr&scaron;eno upotrebom PCR metoda, a kod pacijenata sa ka&scaron;ljem u trajanju vi&scaron;e od 21 dan, dokazivanje oboljenja vr&scaron;eno je upotrebom ELISA IgA i IgG serolo&scaron;kih testova. Potvrđenim slučajem velikog ka&scaron;lja smatran je pacijent sa ispunjenom definicijom slučaja oboljenja i laboratorijskom potvrdom oboljenja, PCR ili ELISA testom. Procenjena stopa incidencije velikog ka&scaron;lja u Novom Sadu je 237,7/100.000, a stopa incidencije hospitalizovanih u Novom Sadu je 16,4/100.000. Najvi&scaron;e stope incidencije velikog ka&scaron;lja u sentinelnom nadzoru registruju se u uzrastu 10-14, a u hospitalnom u uzrastu od 7 do 9 godina. Senzitivnost, specifičnost i stepen verovatnoće pozitivnog rezultata testiranog simptoma/znaka iz predloženih definicija slučaja se razlikuju po uzrastima i po pojedinim simptomima/znacima. Predložene definicije slučaja u uzrastima od 4 meseca do 9 godina i u uzrastu od 10 godina i starijih imaju veću verovatnoću otkrivanja obolelih u hospitalnom u odnosu na sentinelni nadzor za pojedine simptome/znakove. Budući da je tokom istraživanja u sentinelnom nadzoru oboljenje potvrđeno kod svakog petog, a u hospitalnom kod svakog drugog testiranog pacijenta, predložene definicije slučaja se mogu koristiti u nadzoru nad velikim ka&scaron;ljem.</p> / <p>Despite all results achieved by immunization, pertussis is still the leading cause of death among vaccine preventable diseases. Different types of surveillance and laboratory confirmation of pertussis, weakness of existing case definitions for pertussis and broad spectrum clinical manifestation of disease, complicate overview of disease and result comparison of surveillance in different countries. The current pertussis case definition is not acceptable for all age groups of patients. The aim of this research was to determine: the pertussis incidence rate in population of Novi Sad during one year of modern surveillance; the sensitivity and specificity of clinical case definition for pertussis, given by the Global Pertussis Initiative for three age groups, with a representative sample of population in the City of Novi Sad. 213 patients from sentinel surveillance of pertussis Novi Sad Health Centre and 107 hospitalized patients from Novi Sad, who fulfilled criteria of case definition proposed for the three age groups (0-3 months, 4 months-9 years; 10 years of age and older), were included in the research. Research data obtained from a questionnaire. Laboratory testing of suspected cases were conducted at the Centre for Microbiology, Institute of Public Health of Vojvodina. For patients with coughing less than 21 days PCR method was used, and for patients with cough lasting more than 21 days, laboratory confirmation of disease was performed using ELISA IgA and IgG serological tests. Confirmed case of pertussis consider to be a patient with symptoms/signs according to proposed case definition and with laboratory confirmation of the pertussis, PCR or ELISA. Estimated incidence rate of pertussis for population in the city of Novi Sad was 237.7/100,000, and the pertussis incidence rate in hospitalized patient in Novi Sad was 16.4/100,000. The highest incidence rate of pertussis in the sentinel surveillance was registered in the age group 10-14 and in the hospital surveillance in the group 7 to 9 years of age. The values of sensitivity, specificity and positive likelihood ratio of symptoms/signs from the proposed case definition were calculated and they different by age and by certain symptoms/signs from proposed case definition. Certain symptoms/signs of the proposed case definition have a higher probability of detection among patients aged 4 months to nine, and at the age of ten year and older, in the hospital versus those in sentinel surveillance for pertussis. During research from the patients who were tested in sentinel surveillance every fifth was laboratory confirmed case and in the hospital surveillance every second patient was confirmed case, so the proposed case definitions can be used in the surveillance of pertussis.</p>

Introdução: O monitoramento da qualidade da dieta tem sido utilizado para nortear e avaliar políticas públicas nos países desenvolvidos, enquanto que, no Brasil, são poucas as pesquisas epidemiológicas com esta característica. Objetivo: Monitorar a qualidade da dieta e seus fatores associados em residentes do município de São Paulo em 2003 e 2008. Métodos: Estudo transversal de base populacional de uma amostra de 2376 indivíduos coletados em 2003 e 1662 indivíduos coletados em 2008, de ambos os sexos, com idade de 12 anos ou mais, incluídos no Inquérito de Saúde de São Paulo, ISA-Capital. A amostragem é probabilística em dois estágios: setor censitário e domicílio. Características da população foram obtidas por meio de questionário e o consumo alimentar pelo Método Recordatório de 24 horas. A qualidade da dieta foi avaliada por meio do Índice de Qualidade da Dieta Revisado (IQD-R) de acordo com a realidade local segundo as diretrizes do Guia Alimentar para a População Brasileira e, posteriormente, avaliado. As médias dos escores do IQD-R foram comparadas segundo grupo etário e ano de estudo por meio do teste de Wald. A relação entre o escore do IQD-R e as variáveis socioeconômicas, demográficas, antropométricas e de estilo de vida foi verificada utilizando a análise de regressão linear múltipla, sendo realizada uma modelagem para cada ano de estudo (ISA 2003 e 2008). Resultados: A média do IQD-R em cinco anos apresentou melhora (IQD-R= 54,9 vs 56,4, p<0,005). Porém, os adolescentes apresentaram piora na qualidade da dieta, influenciada pela diminuição na pontuação dos componentes vegetais verde-escuros e alaranjados e leguminosas, cereais totais, óleos e Gord_AA. Para os adultos e idosos, a qualidade da dieta melhorou, influenciada pelo aumento na pontuação dos componentes frutas totais e frutas integrais, gordura saturada e sódio. No ano de 2008, ser adulto, em média, aumentou o escore do IQD-R em 6,1 pontos em relação aos adolescentes; já para os idosos esta diferença foi de 11,3 pontos. Conclusão: O Índice mostrou-se capaz de detectar alterações na qualidade da dieta da população ao longo do tempo, trazendo evidências da urgente necessidade do direcionamento das ações para melhoria da qualidade da dieta dos brasileiros em todas as classes de renda, priorizando os adolescentes para prevenção de futuras doenças crônicas / Introduction: The monitoring of diet quality has been used as a guide to evaluate public policies in developed countries, but in Brazil there are few epidemiological researches with such characteristics. Objective: To monitor the diet quality and the associated factors of residents from the city of São Paulo in the years of 2003 and 2008. Methods: Cross-sectional population-based survey of a sample with 2376 individuals collected in 2003, and another sample with 1662 individuals collected in 2008. The individuals were from both sexes, 12 years of age or older and were part of the Health Survey of São Paulo, ISA-Capital. Sampling is probabilistic in two stages: census tract and households. The population characteristics were obtained through a questionnaire, and the food intake was obtained using the 24 Hour Recall Method. Diet quality was assessed using the Brazilian Healthy Eating Index Revised (BHEI-R), taking into consideration the reality of the area according to the Dietary Guidelines for the Brazilian Population, and later, it was evaluated. The means of the BHEI-R scores were compared according to age group and school years by means of the Wald test. The relation between the BHEI-R scores and the socioeconomic, demographic, anthropometric and lifestyle variables was verified using the multiple linear regression analysis, with a model for each year of the study (ISA 2003 and 2008). Results: The BHEI-R mean showed improvement over the period of five years (BHEI-R =54.9 vs 56.4, p<0.005). However, the adolescent group showed worsening in diet quality, influenced by decrease in scores of dark-green and orange vegetable and legumes, total grain, oils and SoFAAS components. Diet quality of adults and elderly showed improvement, influenced by the increase in scores of total fruit and whole fruit, saturated fat and sodium. In the year of 2008, being an adult increased by 6.1 points, on average, the BHEI-R scores when compared to adolescents. For the elderly this difference was of 11.3 points. Conclusion: The index showed itself effective in detecting changes in diet quality of the population over a period of time. It brings up evidences of the urgent need in directing actions for improving Brazilian diet quality for all social classes, focusing on adolescents, in order for preventing future chronic diseases

Introdução: O monitoramento da qualidade da dieta tem sido utilizado para nortear e avaliar políticas públicas nos países desenvolvidos, enquanto que, no Brasil, são poucas as pesquisas epidemiológicas com esta característica. Objetivo: Monitorar a qualidade da dieta e seus fatores associados em residentes do município de São Paulo em 2003 e 2008. Métodos: Estudo transversal de base populacional de uma amostra de 2376 indivíduos coletados em 2003 e 1662 indivíduos coletados em 2008, de ambos os sexos, com idade de 12 anos ou mais, incluídos no Inquérito de Saúde de São Paulo, ISA-Capital. A amostragem é probabilística em dois estágios: setor censitário e domicílio. Características da população foram obtidas por meio de questionário e o consumo alimentar pelo Método Recordatório de 24 horas. A qualidade da dieta foi avaliada por meio do Índice de Qualidade da Dieta Revisado (IQD-R) de acordo com a realidade local segundo as diretrizes do Guia Alimentar para a População Brasileira e, posteriormente, avaliado. As médias dos escores do IQD-R foram comparadas segundo grupo etário e ano de estudo por meio do teste de Wald. A relação entre o escore do IQD-R e as variáveis socioeconômicas, demográficas, antropométricas e de estilo de vida foi verificada utilizando a análise de regressão linear múltipla, sendo realizada uma modelagem para cada ano de estudo (ISA 2003 e 2008). Resultados: A média do IQD-R em cinco anos apresentou melhora (IQD-R= 54,9 vs 56,4, p<0,005). Porém, os adolescentes apresentaram piora na qualidade da dieta, influenciada pela diminuição na pontuação dos componentes vegetais verde-escuros e alaranjados e leguminosas, cereais totais, óleos e Gord_AA. Para os adultos e idosos, a qualidade da dieta melhorou, influenciada pelo aumento na pontuação dos componentes frutas totais e frutas integrais, gordura saturada e sódio. No ano de 2008, ser adulto, em média, aumentou o escore do IQD-R em 6,1 pontos em relação aos adolescentes; já para os idosos esta diferença foi de 11,3 pontos. Conclusão: O Índice mostrou-se capaz de detectar alterações na qualidade da dieta da população ao longo do tempo, trazendo evidências da urgente necessidade do direcionamento das ações para melhoria da qualidade da dieta dos brasileiros em todas as classes de renda, priorizando os adolescentes para prevenção de futuras doenças crônicas / Introduction: The monitoring of diet quality has been used as a guide to evaluate public policies in developed countries, but in Brazil there are few epidemiological researches with such characteristics. Objective: To monitor the diet quality and the associated factors of residents from the city of São Paulo in the years of 2003 and 2008. Methods: Cross-sectional population-based survey of a sample with 2376 individuals collected in 2003, and another sample with 1662 individuals collected in 2008. The individuals were from both sexes, 12 years of age or older and were part of the Health Survey of São Paulo, ISA-Capital. Sampling is probabilistic in two stages: census tract and households. The population characteristics were obtained through a questionnaire, and the food intake was obtained using the 24 Hour Recall Method. Diet quality was assessed using the Brazilian Healthy Eating Index Revised (BHEI-R), taking into consideration the reality of the area according to the Dietary Guidelines for the Brazilian Population, and later, it was evaluated. The means of the BHEI-R scores were compared according to age group and school years by means of the Wald test. The relation between the BHEI-R scores and the socioeconomic, demographic, anthropometric and lifestyle variables was verified using the multiple linear regression analysis, with a model for each year of the study (ISA 2003 and 2008). Results: The BHEI-R mean showed improvement over the period of five years (BHEI-R =54.9 vs 56.4, p<0.005). However, the adolescent group showed worsening in diet quality, influenced by decrease in scores of dark-green and orange vegetable and legumes, total grain, oils and SoFAAS components. Diet quality of adults and elderly showed improvement, influenced by the increase in scores of total fruit and whole fruit, saturated fat and sodium. In the year of 2008, being an adult increased by 6.1 points, on average, the BHEI-R scores when compared to adolescents. For the elderly this difference was of 11.3 points. Conclusion: The index showed itself effective in detecting changes in diet quality of the population over a period of time. It brings up evidences of the urgent need in directing actions for improving Brazilian diet quality for all social classes, focusing on adolescents, in order for preventing future chronic diseases

Introdução: As infecções relacionadas à assistência a saúde (IRAS) são adquiridas durante o atendimento ao paciente para tratamento clínico ou cirúrgico e são o evento adverso mais frequente em serviços de saúde. Pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI) apresentam maior risco de infecção e as infecções de corrente sanguínea ICS associadas a cateter venoso central (CVC) podem ser consideradas uma importante complicação em pacientes críticos e estão relacionadas com aumento na mortalidade, morbidade, tempo de internação e custos. A implantação de medidas de prevenção é capaz de prevenir mais de 50% das ICS associadas a CVC, resultando não apenas em redução de custos diretos, mas, também, em melhora da qualidade da assistência. Objetivos: Implantação de medidas de intervenção e avaliação do impacto destas medidas na redução das taxas de infecção de ICS laboratorialmente confirmadas associadas a CVC em hospitais com UTI adulto do estado de São Paulo de abril a dezembro de 2011 e até 6 meses após este período. Métodos: Uma amostra de 56 hospitais do Estado de São Paulo participou do estudo. Os hospitais foram orientados a formar grupos de trabalho e a aplicar um questionário de conhecimento aos seus profissionais de saúde. Além disso, os hospitais realizaram observação de práticas de inserção e cuidados com CVC. Os dados foram compilados e divulgados às equipes durante uma reunião na qual foram definidas quatro estratégias de intervenção. Após a implantação das medidas de intervenção, os hospitais realizaram um segundo período de observação e as equipes se reuniram em mais duas ocasiões para discutir as dificuldades e os resultados. As taxas de ICS associada a CVC foram acompanhadas durante todo o período. Os modelos lognormal de efeitos mistos e modelos baseados em equações de estimação generalizada foram utilizados para selecionar variáveis associadas à redução de ICS associada a CVC. Resultados: Houve melhora nas práticas de cuidados com CVC dos profissionais de saúde após a implantação das medidas de intervenção. A redução das taxas de ICS associada a CVC foi mais significativa em hospitais com taxas iniciais maiores que 7,4 / 1000 cateteres-dias (p < 0,001) e naqueles que introduziram o uso de cateter central de inserção periférica (PICC) (p = 0,01). No modelo final de análise de dados a variação nas taxas pós / pré-intervenção foi estimada. Para os hospitais com taxas iniciais altas, mesmo sem a implantação do PICC ou de novos dispensadores de produto alcoólico para higiene das mãos, espera-se que as taxas diminuam em 36% (95% IC: 9- 63%) ao longo do tempo. Conclusões: A redução das taxas de ICS associada a CVC foi mais significativa em hospitais com taxas inicialmente altas e naquelas que implantaram PICC. O processo de avaliar práticas e discutir problemas, no entanto, pode ter tido um efeito adicional na redução de taxas / Background: Healthcare-associated infections (HAI) are the most frequent adverse event in health services. Intensive Care Unit (ICU) patients are at increased risk of infection and catheter-related bloodstream infections (BSIs) may be considered an important complication and are related to increased mortality, morbidity, time hospitalization, and costs. Several studies on the impact of interventions to reduce BSI have been published and show the feasibility and cost-effectiveness of these measures. Objectives: Implantation of intervention measures and evaluation of the impact of these measures in reducing the rates of BSI rates in adult ICUs in the state of São Paulo, Brazil, from April to December 2011 and up to 6 months after this period. Methods: 56 hospitals were requested to form work teams. Each hospital applied a questionnaire to their health care workers (HCW) and performed observation of practices. Data were compiled then fed back to the teams during a meeting in which 4 intervention strategies were defined. A 2nd observation period followed and teams met on 2 further occasions to discuss difficulties and results. BSI rates were registered. Log-normal mixed effects models and generalized estimating equation based models (GEE based models) were used to select variables significantly associated with the variation in BSI. Results: Interventions improved HCWs practices. Reduction of BSI rates was more significant in hospitals with initial BSI rates > 7.4/1000 catheter-days (p < 0.001) and those that introduced the use of peripherally-inserted central catheters (PICC) (p=0.01). A final model incorporing such findings was fitted and post/preintervention variation in rates were estimated. For hospitals with high BSI initial rates, without implementation of PICC or new alcohol hand rub dispensers, the rates are expected to decrease by 36% (95%CI: 9-63%) over time. Conclusions: Reduction of BSI rates was more significant in hospitals with initially high rates and in those implementing PICCs. The process of evaluating practices and discussing problems, however, may have had an additional effect

Introdução: As infecções relacionadas à assistência a saúde (IRAS) são adquiridas durante o atendimento ao paciente para tratamento clínico ou cirúrgico e são o evento adverso mais frequente em serviços de saúde. Pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI) apresentam maior risco de infecção e as infecções de corrente sanguínea ICS associadas a cateter venoso central (CVC) podem ser consideradas uma importante complicação em pacientes críticos e estão relacionadas com aumento na mortalidade, morbidade, tempo de internação e custos. A implantação de medidas de prevenção é capaz de prevenir mais de 50% das ICS associadas a CVC, resultando não apenas em redução de custos diretos, mas, também, em melhora da qualidade da assistência. Objetivos: Implantação de medidas de intervenção e avaliação do impacto destas medidas na redução das taxas de infecção de ICS laboratorialmente confirmadas associadas a CVC em hospitais com UTI adulto do estado de São Paulo de abril a dezembro de 2011 e até 6 meses após este período. Métodos: Uma amostra de 56 hospitais do Estado de São Paulo participou do estudo. Os hospitais foram orientados a formar grupos de trabalho e a aplicar um questionário de conhecimento aos seus profissionais de saúde. Além disso, os hospitais realizaram observação de práticas de inserção e cuidados com CVC. Os dados foram compilados e divulgados às equipes durante uma reunião na qual foram definidas quatro estratégias de intervenção. Após a implantação das medidas de intervenção, os hospitais realizaram um segundo período de observação e as equipes se reuniram em mais duas ocasiões para discutir as dificuldades e os resultados. As taxas de ICS associada a CVC foram acompanhadas durante todo o período. Os modelos lognormal de efeitos mistos e modelos baseados em equações de estimação generalizada foram utilizados para selecionar variáveis associadas à redução de ICS associada a CVC. Resultados: Houve melhora nas práticas de cuidados com CVC dos profissionais de saúde após a implantação das medidas de intervenção. A redução das taxas de ICS associada a CVC foi mais significativa em hospitais com taxas iniciais maiores que 7,4 / 1000 cateteres-dias (p < 0,001) e naqueles que introduziram o uso de cateter central de inserção periférica (PICC) (p = 0,01). No modelo final de análise de dados a variação nas taxas pós / pré-intervenção foi estimada. Para os hospitais com taxas iniciais altas, mesmo sem a implantação do PICC ou de novos dispensadores de produto alcoólico para higiene das mãos, espera-se que as taxas diminuam em 36% (95% IC: 9- 63%) ao longo do tempo. Conclusões: A redução das taxas de ICS associada a CVC foi mais significativa em hospitais com taxas inicialmente altas e naquelas que implantaram PICC. O processo de avaliar práticas e discutir problemas, no entanto, pode ter tido um efeito adicional na redução de taxas / Background: Healthcare-associated infections (HAI) are the most frequent adverse event in health services. Intensive Care Unit (ICU) patients are at increased risk of infection and catheter-related bloodstream infections (BSIs) may be considered an important complication and are related to increased mortality, morbidity, time hospitalization, and costs. Several studies on the impact of interventions to reduce BSI have been published and show the feasibility and cost-effectiveness of these measures. Objectives: Implantation of intervention measures and evaluation of the impact of these measures in reducing the rates of BSI rates in adult ICUs in the state of São Paulo, Brazil, from April to December 2011 and up to 6 months after this period. Methods: 56 hospitals were requested to form work teams. Each hospital applied a questionnaire to their health care workers (HCW) and performed observation of practices. Data were compiled then fed back to the teams during a meeting in which 4 intervention strategies were defined. A 2nd observation period followed and teams met on 2 further occasions to discuss difficulties and results. BSI rates were registered. Log-normal mixed effects models and generalized estimating equation based models (GEE based models) were used to select variables significantly associated with the variation in BSI. Results: Interventions improved HCWs practices. Reduction of BSI rates was more significant in hospitals with initial BSI rates > 7.4/1000 catheter-days (p < 0.001) and those that introduced the use of peripherally-inserted central catheters (PICC) (p=0.01). A final model incorporing such findings was fitted and post/preintervention variation in rates were estimated. For hospitals with high BSI initial rates, without implementation of PICC or new alcohol hand rub dispensers, the rates are expected to decrease by 36% (95%CI: 9-63%) over time. Conclusions: Reduction of BSI rates was more significant in hospitals with initially high rates and in those implementing PICCs. The process of evaluating practices and discussing problems, however, may have had an additional effect

Découverte il y a plus d’un siècle, Salmonella n’a cessé d’intriguer les chercheurs. Sa capacité à résister à de nombreux antibiotiques est de plus en plus préoccupante. La surveillance de ce pathogène repose sur un typage rapide et discriminant de façon à identifier le plus précocement possible les sources alimentaires contaminées. Les méthodes classiques sont longues, lourdes et non automatisables. Comprendre l’émergence et l’évolution des Salmonella est la clé pour éradiquer ce pathogène resté l’une des premières causes de diarrhées bactériennes d’origine alimentaire dans le monde. Au cours des dernières décennies, des progrès spectaculaires ont été menés dans le monde de la microbiologie avec l’arrivée des séquenceurs de paillasse, passant du traitement d’une dizaine à des centaines de millions de séquences. L’accès facilité aux séquences génomiques et aux outils qui leurs sont dédiés sont devenus une nécessité. Les outils actuellement disponibles ne sont pas assez discriminants pour sous-typer S. enterica sérotype Typhimurium (STM), sérotype prédominant de Salmonella. Nous avons voulu lors de ce travail, montrer l’intérêt du séquençage entier du génome, pour l’étude génomique de Salmonella. (1) Après avoir séquencé plus de 300 génomes de STM, nous avons mis au point un outil de sous-typage in silico de ce sérotype, basé sur le polymorphisme des CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). La surveillance à haut débit des salmonelloses a été validée en routine sur plus de 800 génomes. L’étude de la coévolution entre le chromosome (SNPs) et les régions CRISPR ont permis d’établir une nomenclature définissant les différentes populations de STM. (2) L’analyse génomique de 280 souches historiques de STM a montré que les gènes de bêta-lactamase conférant une résistance à l’ampicilline et portés par des plasmides étaient répandus chez STM à la fin des années 1950, bien avant l’utilisation de cet antibiotique. La présence de la pénicilline G dans le milieu agricole où ces composés ont été utilisés en tant que promoteurs de croissance ont pu conduire à la sélection des premières souches résistantes à l’ampicilline. (3) L’étude phylogénétique d’un génome issu du cadavre d’une femme décédée il y a plus de 800 ans, probablement à cause de la fièvre entérique et de 219 génomes historiques et récents des sérotypes Paratyphi C, Choleraesuis et Typhisuis ont montré que leurs génomes étaient très similaires au cours des 4000 dernières années. Ainsi, la combinaison des approches génotypique et phylogénétique ont accru nos connaissances sur l’évolution de ce pathogène.Mots clés : Séquençage entier du génome, surveillance épidémiologique, CRISPR, SNP, résistance antibiotique, phylogénie, évolution / Over a century has passed since the discovery of Salmonella and yet, this pathogen still intrigues researchers. Its ability to withstand many antibiotics is of increasing concern. The monitoring of this pathogen is based on a rapid and discriminatory typing to identify the sources of contaminated food as early as possible. The conventional methods are long, heavy and non-automatable. Understanding the emergence and evolution of Salmonella is the key to eradicate this pathogen, which has remained one of the leading causes of foodborne bacterial diarrhea in the world. During the last decades, spectacular progress has been made in the world of microbiology with the arrival of workbench sequencers, passing from a dozen to hundreds of millions of sequences processed. Facilitated access to numerous genome sequences and dedicated tools are mandatory. Tools currently available are not sufficiently discriminating for the subtype of S. enterica serotype Typhimurium, a predominant serotype of Salmonella. Throughout this study, we showed the interest of whole genome sequencing, a multidisciplinary tool, for the genomic study of Salmonella. (1) After sequencing over 300 S. enterica serotype Typhimurium genomes, we have developed an in silico subtyping tool for this serotype, based on the CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) polymorphism. High-throughput microbiological monitoring of salmonellosis has been routinely validated on over 800 genomes. The study of coevolution between the chromosome (SNPs of the core genome) and the two CRISPR regions made it possible to establish a nomenclature defining the different populations of this serotype. (2) Genomic analysis of 280 historical strains of S. enterica serotype Typhimurium showed that plasmids carrying beta-lactamase genes, which confer resistance to ampicillin, were widespread within this serotype in the late 1950s, years before ampicillin was first used for clinical purposes. The presence of penicillin G in the farming environment where these compounds were used as growth promoters, may have led to the selection of the first ampicillin-resistant strains. (3) The phylogenetic study of a genome from the corpse of a young woman who died over 800 years ago, probably due to enteric fever, and 219 historical and recent genomes of the serotypes Paratyphi C, Choleraesuis and Typhisuis have shown, despite the differences in host specificity, that their genomes were very similar over the past 4000 years. Thus, the combination of genotypic and phylogenetic approaches has increased our knowledge of the evolution of this pathogen.Key words: Whole genome sequencing, epidemiological monitoring, CRISPR, SNP, antibiotic resistance, phylogeny, evolution

Introdução: a tuberculose é uma doença milenar, constituindo um problema de saúde pública, desde sua descoberta até hoje em dia. Recentemente, com o surgimento da HIV/AIDS, a doença ganhou outros contornos e dimensões, nos países desenvolvidos e, sobretudo, nos países em desenvolvimento. Objetivo: análise das ações da Luta Contra Tuberculose na República da Guiné-Bissau e do fluxo do sistema de notificação e de informação de dados, dentro do Sistema Nacional de Saúde. Metodologia: trata-se de um estudo exploratório descritivo que consiste no diagnóstico da situação de tuberculose no país, no período de 2000 a 2005, mediante levantamento das informações secundárias dos principais indicadores epidemiológicos e operacionais mais utilizados no país. Foram feitos cálculos de coeficientes e taxas, assim como a padronização pelo método direto de coeficientes de incidência de casos bacilíferos, para comparação. Resultados: no período de estudo, foram registrados 10.623 casos de tuberculose. O menor coeficiente de incidência de tuberculose foi de 116,4/100.000 habitantes, no ano de 2003, e o mais alto foi de 131,3/100.000 habitantes, em 2005. O maior coeficiente de mortalidade registrado foi de 16,8/100.000 habitantes, em 2005. A maior taxa de letalidade foi de 11,8%, em 2005, e a mais baixa, de 5,1%, em 2003. Conclusão: é de notar que a busca ativa de sintomáticos respiratórios ainda é baixa, assim como a cobertura da estratégia DOTS, por possíveis problemas técnicos operacionais. Há necessidade da melhoria do diagnóstico no país, sobretudo da forma clínica extrapulmonar, e de um sistema de notificação e informação eficiente em todos os níveis. / Introduction: tuberculosis is a millenarian disease, constituting a public health problem since its discovery until nowadays. Recently, with the advent of HIV/AIDS, tuberculosis has developed into other shapes and dimensions, in developed countries and, above all, in developing countries. Objective: to analyze the actions of the Fight against Tuberculosis in the Republic of Guinea-Bissau, the flow of the notification and data information system, from the National Health System. Methodology: this is an exploratory descriptive study that consists on the diagnosis of the situation of tuberculosis in the country, in the period between 2000 and 2005, by means of survey of secondary information from the main epidemiological and operational indicators used in the country. Calculations of coefficients, rates, were made as well as the standardization by the direct method of coefficients of incidence of infectious (smear-positive) cases for comparison. Results: in the period of study, 10.623 cases of tuberculosis were registered. The lowest coefficient of tuberculosis incidence was of 116,4/100,000 inhabitants in the year of 2003, and highest one was of 131,3/100,000 inhabitants in 2005. The highest coefficient of mortality registered was of 16,8/100,000 inhabitants, in 2005. The highest lethality rate was of 11,8% in 2005, and the lowest was of 5,1% in 2003. Conclusion: it is possible to notice that the active search for respiratory symptomatic is still low, as well as the covering of DOTS strategy, because of possible technical operational problems. The improvement of diagnosis in the country is necessary, specially the extra pulmonary clinical form, and also a system of notification and efficient information in all levels.

Introdução: a tuberculose é uma doença milenar, constituindo um problema de saúde pública, desde sua descoberta até hoje em dia. Recentemente, com o surgimento da HIV/AIDS, a doença ganhou outros contornos e dimensões, nos países desenvolvidos e, sobretudo, nos países em desenvolvimento. Objetivo: análise das ações da Luta Contra Tuberculose na República da Guiné-Bissau e do fluxo do sistema de notificação e de informação de dados, dentro do Sistema Nacional de Saúde. Metodologia: trata-se de um estudo exploratório descritivo que consiste no diagnóstico da situação de tuberculose no país, no período de 2000 a 2005, mediante levantamento das informações secundárias dos principais indicadores epidemiológicos e operacionais mais utilizados no país. Foram feitos cálculos de coeficientes e taxas, assim como a padronização pelo método direto de coeficientes de incidência de casos bacilíferos, para comparação. Resultados: no período de estudo, foram registrados 10.623 casos de tuberculose. O menor coeficiente de incidência de tuberculose foi de 116,4/100.000 habitantes, no ano de 2003, e o mais alto foi de 131,3/100.000 habitantes, em 2005. O maior coeficiente de mortalidade registrado foi de 16,8/100.000 habitantes, em 2005. A maior taxa de letalidade foi de 11,8%, em 2005, e a mais baixa, de 5,1%, em 2003. Conclusão: é de notar que a busca ativa de sintomáticos respiratórios ainda é baixa, assim como a cobertura da estratégia DOTS, por possíveis problemas técnicos operacionais. Há necessidade da melhoria do diagnóstico no país, sobretudo da forma clínica extrapulmonar, e de um sistema de notificação e informação eficiente em todos os níveis. / Introduction: tuberculosis is a millenarian disease, constituting a public health problem since its discovery until nowadays. Recently, with the advent of HIV/AIDS, tuberculosis has developed into other shapes and dimensions, in developed countries and, above all, in developing countries. Objective: to analyze the actions of the Fight against Tuberculosis in the Republic of Guinea-Bissau, the flow of the notification and data information system, from the National Health System. Methodology: this is an exploratory descriptive study that consists on the diagnosis of the situation of tuberculosis in the country, in the period between 2000 and 2005, by means of survey of secondary information from the main epidemiological and operational indicators used in the country. Calculations of coefficients, rates, were made as well as the standardization by the direct method of coefficients of incidence of infectious (smear-positive) cases for comparison. Results: in the period of study, 10.623 cases of tuberculosis were registered. The lowest coefficient of tuberculosis incidence was of 116,4/100,000 inhabitants in the year of 2003, and highest one was of 131,3/100,000 inhabitants in 2005. The highest coefficient of mortality registered was of 16,8/100,000 inhabitants, in 2005. The highest lethality rate was of 11,8% in 2005, and the lowest was of 5,1% in 2003. Conclusion: it is possible to notice that the active search for respiratory symptomatic is still low, as well as the covering of DOTS strategy, because of possible technical operational problems. The improvement of diagnosis in the country is necessary, specially the extra pulmonary clinical form, and also a system of notification and efficient information in all levels.