Submitted by ANDRÉ LUIS GIACOMETTI CONCEIÇÃO null (andre4487@gmail.com) on 2016-03-08T12:40:30Z No. of bitstreams: 1 Arquivo_Completo_-_Tese_Doutorado_-_André_Luis_Giacometti_Conceição.pdf: 1296182 bytes, checksum: 29c1b4fbebefc1b96e79210f433f4d2f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-09T16:44:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 conceicao_alg_dr_sjrp.pdf: 1296182 bytes, checksum: 29c1b4fbebefc1b96e79210f433f4d2f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T16:44:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 conceicao_alg_dr_sjrp.pdf: 1296182 bytes, checksum: 29c1b4fbebefc1b96e79210f433f4d2f (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O carcinoma renal de células claras (ccRCC) é o mais comum dos subtipos histológicos de carcinoma renal. Este carcinoma é histologicamente caracterizado pela presença de células com citoplasma claro e abundante. O processo inicial de metástase pode ser atribuída à transição epitélio mesênquima (EMT). Neste estudo, buscou-se identificar genes diferencialmente expressos em ccRCC, construindo assim um perfil molecular para este tumor. Nós selecionamos genes descritos na literatura que apresentam relação com EMT, diferenciação e proliferação celular. Analisou-se por PCR quantitativo e imuno-histoquímica a expressão dos genes e suas proteínas, respectivamente, e os possíveis mecanismos epigenético que regulam a sua expressão em amostras de ccRCC e linhagem celular. Os genes OCLN e GAS1 foram encontrados com baixa expressão em ccRCC, e nós sugerimos que o miR-122 e miR- 34a podem regular sua expressão, respectivamente, neste tipo de câncer. Além disso, mostramos, por qPCR e imuno-histoquímica, a alta expressão de SLC2A1 foi significantemente alta em ccRCC. O conjunto de genes identificados neste estudo possibilita a compreensão das bases moleculares e de desenvolvimento do ccRCC. / Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is the most common histological subtype of kidney cancer. This carcinoma is histologically characterized by the presence of clear and abundant cytoplasm. The initial process of ccRCC metastatic tumor formation can be attributed to epithelial- mesenchymal transition (EMT). In this study, we sought to identify genes differentially expressed in ccRCC and build a molecular profile of this cancer. We selected genes described in the literature to be related to EMT, cellular differentiation and proliferation. We analyzed the gene and protein expression by quantitative PCR and immunohistochemistry, respectively, and examined possible epigenetic mechanisms that regulate their expression in ccRCC samples and cell lines. OCLN and GAS1 genes were under-expressed in ccRCC, and we report that miR-122 and miR- 34a, respectively, may regulate their expression in this cancer. Furthermore, we showed by quantitative PCR (qPCR) and immunohistochemistry that SLC2A1 was significantly over-expressed in ccRCC. The set of genes identified in this study furthers our understanding of the molecular basis and development of ccRCC. / FAPESP: 2012/08853-0

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-10-13Bitstream added on 2014-06-13T20:33:41Z : No. of bitstreams: 1 silva_bm_me_jabo.pdf: 548750 bytes, checksum: 36f590119119f6fe622e3615252bd6ac (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A acetilação das histonas é um dos principais mecanismos de reprogramação epigenética do genoma dos gametas a fim de estabelecer um estado totipotente para o desenvolvimento normal. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da utilização da Tricostatina A (TSA) sobre os níveis de acetilação das histonas e o desenvolvimento embrionário, avaliando-se a contagem do número de células da massa celular interna (MCI), trofectoderma (TE), e células totais, e os níveis da reação de imunocitoquímica para H3K9ac. Para isso, três experimentos foram delineados. No primeiro experimento, verificou-se que o grupo tratado com 5nM de TSA por 144h durante o cultivo in vitro (CIV) aumentou (p<0,01) o nível de H3K9ac em relação ao grupo controle. A taxa de clivagem e o desenvolvimento embrionário foram avaliados em um segundo experimento, e o grupo tratado com 5nM de TSA não apresentou diferença na produção de embriões comparado ao grupo controle. No experimento 3, o tratamento com a TSA não apresentou efeitos significativos em relação ao número de células da MCI, porém houve redução (p<0,01) tanto do número de células da TE quanto de células totais comparado ao grupo controle. Portanto, conclui-se que o tratamento com TSA não altera o desenvolvimento embrionário pré-implantacional de embriões fêmeas de bovinos, mostrando efeito negativo sobre o desenvolvimento dos embriões tratados / Histone acetylation is one of the major mechanisms of epigenetic reprogramming of gamete genome to establish a totipotent state for normal development. The aim of this work was to evaluate the use of Trichostatin A (TSA) on the levels of histone acetylation and embryonic development, the assessment of counting the cell number of inner cell mass (ICM), trophectoderm (TE), and total cells, and the levels of H3K9ac for immunocytochemical reaction. Therefore, three experiments were designed. In the first experiment, it was verified that the group treated with TSA for 5nM for 144h during in vitro culture (IVC) increased (p <0.01) the level of H3K9ac in the control group. Cleavage rate and embryo development were evaluated in a second experiment, and the group treated with 5nM TSA showed no difference in embryo production compared to control. In Experiment 3, treatment with TSA had no significant effect on the cell number of ICM, but decreased (p <0.01) both the cell number of TE and total cells as compared to control. Therefore, it is concluded that treatment with TSA does not alter the preimplantation embryonic development female bovine embryos, showing a negative effect on the development of embryos treated

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-04. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:38Z : No. of bitstreams: 1 000828456_20160101.pdf: 422063 bytes, checksum: 8476834ceb55ae5bce2c637566dd5def (MD5) Bitstreams deleted on 2016-01-04T10:26:22Z: 000828456_20160101.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-04T10:28:15Z : No. of bitstreams: 1 000828456.pdf: 2122241 bytes, checksum: 622d6ebfa87551ddad978a95d5a84bc8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A endometriose é uma doença crônica multifatorial, inflamatória, estrógeno-dependente, que afeta entre 8 a 10% das mulheres em idade reprodutiva e caracterizada por tecido similar ao endométrio (glândula e estroma) fora da cavidade uterina. Embora a sua etiologia seja pouco conhecida, evidências recentes indicam que alterações epigenéticas estão envolvidas na sua patofisiologia. Esta hipótese é apoiada pelos achados envolvendo padrões alterados de metilação do DNA em genes específicos, bem como pelos níveis alterados de expressão de componentes da maquinaria epigenética nas lesões endometrióticas, quando comparadas ao endométrio eutópico da mesma paciente ou ao endométrio de mulheres que não apresentam a doença. Assim, um melhor entendimento do papel dos mecanismos epigenéticos na patogênese e progressão da endometriose tem se tornado necessário, podendo contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos e para o delineamento de novas abordagens terapêuticas, que trariam benefícios e melhor qualidade de vida para as mulheres que apresentam esta condição. Neste contexto, este estudo buscou a identificação de genes diferencialmente metilados candidatos a biomarcadores na endometriose. Os resultados obtidos foram organizados em dois artigos científicos. O primeiro artigo teve como objetivo investigar o perfil diferencial de metilação do DNA na endometriose intestinal em comparação com amostras pareadas de endométrio eutópico da mesma paciente. Para isso, foi empregada uma abordagem em larga escala baseada em microarranjos contendo 27.800 ilhas CpG, que resultou na identificação de 546 genes hipermetilados e 871 genes hipometilados. A análise in silico para a classificação funcional dos genes diferencialmente metilados permitiu identificar conjuntos de genes com funções de fatores de transcrição, remodeladores da cromatina entre outras classes funcionais. Após a realização de uma ... / The endometriosis is a multi-factorial and chronic disease affecting 5% to 10% of women in reproductive age characterized by endometrium-like tissue (gland and stromma) outside uterine cavity. Although its etiology is poorly understood, recent evidences have indicated that epigenetic alterations are implicated in the pathophysiology. This hypothesis has been supported by findings surrounding altered DNA methylation pattern of specific genes, as well as by altered levels of expression of epigenetic machinery components in endometriotic lesions compared to eutopic endometrium from the same patient or endometrium of women free of disease. Thus, a better understanding of the role of epigenetic mechanisms in the pathogenesis and progression of endometriosis has become necessary and may contribute to the identification of diagnostic markers and for designing new therapeutic approaches that could benefit and improve the quality of life of women with this condition. In this context, this study aimed to identify differentially methylated genes as candidate biomarkers in endometriosis. The results could be organized in two papers. The first study aimed to investigate the profile of differential DNA methylation in intestinal endometriosis compared to eutopic endometrium of paired samples from the same patient. For this, we carried out a large-scale approach based on microarray containing 27,800 CpG islands, resulting in the identification of 546 genes as hypermethylated and 871 genes as hipomethylated. In silico analysis for the functional classification of differentially methylated genes enabled us to identify sets of genes with functions of transcription factors, chromatin remodeling, besides other functional classes. After conducting a comparative assessment with data available in other large-scale studies of literature, it was possible to recognize recurrent alteratons evolving 227 hypermethylated and 322 hypomethylated ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-10-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000830930_20161009.pdf: 528336 bytes, checksum: 2584c6b09449ed93f647987c98b7c1c6 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-10-10T12:18:28Z: 000830930_20161009.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-10-10T12:19:00Z : No. of bitstreams: 1 000830930.pdf: 2248627 bytes, checksum: accddf23493d2bfab5e3f401310fb7d7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de carcinomas ... / Alterações epigenéticas, incluindo as alterações da metilação do DNA, das modificações de histonas e da atividade de RNAs não codificadores, são eventos frequentes em células tumorais e estão associados às mudanças da estrutura da cromatina e dos níveis de expressão gênica. O gene RASSF1, localizado em 3p21.3, é responsável pela transcrição de sete variantes a partir de regiões promotoras distintas, associadas a duas ilhas CpG. Dentre os transcritos estão RASSF1A e RASSF1C, codificados por regiões promotoras diferentes, e que têm sido descritos na literatura como codificadores de proteínas com funções celulares opostas: RASSF1A é caracterizado como supressor tumoral e é frequentemente silenciado por metilação anormal em vários tipos de câncer, enquanto RASSF1C tem sido associado a atividades oncogênicas, e não há relatos de metilação de ilha CpG associada à sua região promotora. Com a finalidade de investigar uma possível associação entre parâmetros clínicos e histopatológicos em pacientes diagnosticadas com câncer de mama e o padrão de metilação de RASSF1A e RASSF1C, foram analisadas 84 amostras de carcinomas mamários pela técnica de MS-PCR (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction). Para RASSF1A, foi encontrada uma frequência de metilação de 84,5% das amostras, enquanto que para RASSF1C todas as amostras apresentaram alelos exclusivamente não-metilados, o que sugere uma regulação de expressão diferente da observada para RASSF1A. Devido ao fato de 75 das 84 amostras utilizadas serem diagnosticadas como carcinomas ductais invasivos, as análises estatísticas incluíram apenas esse subtipo histológico. Não foi encontrada diferença estatística significativa para as características clínicas/histopatológicas e presença/ausência de metilação de RASSF1A. Foi também analisado o padrão de metilação das ilhas CpGde RASSF1 em 17 linhagens celulares derivadas de ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-09-15. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:37Z : No. of bitstreams: 1 000831296_20150915.pdf: 712631 bytes, checksum: c611834a7a54c590d534dbfa5c08e1dc (MD5) Bitstreams deleted on 2015-09-15T11:21:48Z: 000831296_20150915.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-15T11:22:39Z : No. of bitstreams: 1 000831296.pdf: 1949173 bytes, checksum: beeb683c24b9380e93e17d2eaac28060 (MD5) / O gene SFN (stratifin; 14-3-3sigma) atua como um gene supressor tumoral cuja expressão é induzida em resposta a danos ao DNA, promovendo o bloqueio do ciclo celular no checkpoint G2/M. A inativação ou redução da expressão gênica por hipermetilação de sua ilha CpG foi apontada como um mecanismo comum a vários tipos de cânceres humanos e também foi associada com resposta ao tratamento. O objetivo desse estudo foi caracterizar alterações genéticas e epigenéticas do gene SFN em carcinomas mamários primários e investigar a sua relação com parâmetros clínicos e histopatológicos. Em adição, linhagens derivadas de epitélio mamário normal e de carcinomas mamários foram utilizadas para a caracterização do efeito do número de cópias e do padrão de metilação do DNA na expressão gênica e para o estudo do efeito combinado do tratamento com o agente desmetilante 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Desoxicitidina) e da exposição à radiação nas taxas de sobrevivência celular. O padrão de metilação do DNA foi determinado por MS-PCR (Methylation Specific-Polimerase Chain Reaction), após modificação do DNA por bissulfito de sódio, em uma série de 84 carcinomas mamários (76 ductais infiltrantes, 5 lobulares infiltrantes, 1 metaplásico, 1 apócrino e 1 papilífero) , bem como em um painel de 20 linhagens celulares (3 normais e 17 derivadas de carcinomas). O número de cópias foi determinado por qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) em 82 destas amostras. Os níveis de expressão do transcrito foram avaliados por RT-qPCR em 8 linhagens celulares selecionadas com base no número de cópias, padrão de metilação e o status da proteína p53. O efeito da exposição à radiação ionizante, em uma única dose de 4 Gy em intervalos de tempo de 12, 24, 48 e 72h foi estudado através do ensaio de MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) em três linhagens celulares (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) ... / The SFN gene (Stratifin; 14-3-3 sigma) plays roles as a tumor suppressor gene and its expression is induced in response to DNA damage by disabling the cell cycle arrest at the G2/M checkpoint. Inactivation or down-regulation of gene expression levels has been generally attributed to the hypermethylation of its CpG island, identified as a common mechanism in a variety of human cancers, also associated to treatment response. The aim of the present study was to characterize epigenetics and genetics alterations of the SFN gene in primary breast cancer and to investigate the relationship with clinical and histopatological variables. In addition, cell lines derived from normal breast and breast cancer tissues, were employed to identify the effect of copy number dosage and DNA methylation pattern in gene expression, besides the study of combined response to 5-Aza-dC (5-Aza-2'-Deoxycytidine) and radiation exposure on cell survival. After sodium bisulfite modification, the DNA methylation pattern was determined by Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction (MS-PCR) in a series of 84 Breast cancer samples (76 infiltrating ductal carcinomas, 5 infiltrating lobular, 1 metaplasic, 1 apocrine and 1 papillary) as well as in a panel of 20 human cell lines (3 derived from normal breast and 17 from breast cancer). SFN copy number was performed using relative quantification, by qPCR (quantitative Polimerase Chain Reaction) in 82 samples. Transcript levels were evaluated by RT-qPCR within a selection of 8 cell lines, based on DNA methylation, SFN copy number dosage and p53 status. Ionizing radiation effect was studied through MTT (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) assay, by using a single dose of 4 Gy at different time intervals (12, 24, 48 and 72h) in tree cell lines (T47D, MDA-MB-231 e MDA-MB-436) treated or not with 5-Aza-dC. SFN methylation was observed in 79% of primary breast cancer, while copy number alterations ...

Orientador: Leda Gobbo Bueno / Resumo: A otimização da produção de pintainhos, não implica somente na incubação de ovos férteis. Atualmente, as incubadoras necessitam ter alta produtividade de forma sustentável, incluindo o rendimento de incubação de pintainhos saudáveis com altas taxas de sobrevivência no incubatório e o seu desenvolvimento na fase de cria. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi avaliar a influência da manipulação térmica no rendimento de ovos incubáveis de pesos distintos de matrizes leves na última fase embrionária. O experimento foi realizado em incubatório comercial de poedeiras leves, localizado em Birigui –SP. Utilizou-se 1950 ovos de matrizes leves da linhagem comercial Dekalb White®. Os ovos foram classificados entre diferentes tamanhos e alocados em bandejas de incubação. No período de 19 a 21 dias foram utilizados máquinas de nascedouros posicionadas frontalmente ao corredor central. Na primeira máquina manteve-se os valores de temperatura e umidade do ar padrão do incubatório (37,0°C e 60% UR) e na segunda máquina a temperatura foi ajustada para 37,7°C com 60% UR. Os tratamentos se diferenciaram de acordo com tempo de permanência na segunda máquina, e peso dos ovos (G e M) controles T1(G) e T6(M), 1 hora T2(G) e T7(M), 3 horas T3(G) e T8(M), 6 horas T4(G) e T9(M) e 9 horas T5(G) e T10 (M). Após o nascimento as pintainhas foram transferidas para granja de postura comercial, para avaliar o seu desenvolvimento corporal. Para o estudo usou-se o Delineamento Fatorial 2X5. Os dados f... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

abstract: Evidence from the 20th century demonstrated that early life stress (ELS) produces long lasting neuroendocrine and behavioral effects related to an increased vulnerability towards psychiatric illnesses such as major depressive disorder, post-traumatic stress disorder, schizophrenia, and substance use disorder. Substance use disorders (SUDs) are complex neurological and behavioral psychiatric illnesses. The development, maintenance, and relapse of SUDs involve multiple brain systems and are affected by many variables, including socio-economic and genetic factors. Pre-clinical studies demonstrate that ELS affects many of the same systems, such as the reward circuitry and executive function involved with addiction-like behaviors. Previous research has focused on cocaine, ethanol, opiates, and amphetamine, while few studies have investigated ELS and methamphetamine (METH) vulnerability. METH is a highly addictive psychostimulant that when abused, has deleterious effects on the user and society. However, a critical unanswered question remains; how do early life experiences modulate both neural systems and behavior in adulthood? The emerging field of neuroepigenetics provides a potential answer to this question. Methyl CpG binding protein 2 (MeCP2), an epigenetic tag, has emerged as one possible mediator between initial drug use and the transition to addiction. Additionally, there are various neural systems that undergo long lasting epigenetics changes after ELS, such as the response of the hypothalamo-pituitary-adrenal (HPA) axis to stressors. Despite this, little attention has been given to the interactions between ELS, epigenetics, and addiction vulnerability. The studies described herein investigated the effects of ELS on METH self-administration (SA) in adult male rats. Next, we investigated the effects of ELS and METH SA on MeCP2 expression in the nucleus accumbens and dorsal striatum. Additionally, we investigated the effects of virally-mediated knockdown of MeCP2 expression in the nucleus accumbens core on METH SA, motivation to obtain METH under conditions of increasing behavioral demand, and reinstatement of METH-seeking in rats with and without a history of ELS. The results of these studies provide insights into potential epigenetic mechanisms by which ELS can produce an increased vulnerability to addiction in adulthood. Moreover, these studies shed light on possible novel molecular targets for treating addiction in individuals with a history of ELS. / Dissertation/Thesis / Doctoral Dissertation Psychology 2015

abstract: Gene delivery is a broadly applicable tool that has applications in gene therapy, production of therapeutic proteins, and as a study tool to understand biological pathways. However, for successful gene delivery, the gene and its carrier must bypass or traverse a number of formidable obstacles before successfully entering the cell’s nucleus where the host cell’s machinery can be utilized to express a protein encoded by the gene of interest. The vast majority of work in the gene delivery field focuses on overcoming these barriers by creative synthesis of nanoparticle delivery vehicles or conjugation of targeting moieties to the nucleic acid or delivery vehicle, but little work focuses on modifying the target cell’s behavior to make it more amenable to transfection. In this work, a number of kinase enzymes have been identified by inhibition to be targets for enhancing polymer-mediated transgene expression (chapter 2), including the lead target which appears to affect intracellular trafficking of delivered nucleic acid cargo. The subsequent sections (chapters 3 and 4) of this work focus on targeting epigenetic modifying enzymes to enhance polymer-mediated transgene expression, and a number of candidate enzymes have been identified. Some mechanistic evaluation of these targets have been carried out and discussion of ongoing experiments and future directions to better understand the mechanistic descriptions behind the phenomena are discussed. The overall goal is to enhance non-viral (polymer-mediated) transgene expression by modulating cellular behavior for general gene delivery applications. / Dissertation/Thesis / Doctoral Dissertation Chemical Engineering 2016

abstract: Obesity and its underlying insulin resistance are caused by environmental and genetic factors. DNA methylation provides a mechanism by which environmental factors can regulate transcriptional activity. The overall goal of the work herein was to (1) identify alterations in DNA methylation in human skeletal muscle with obesity and its underlying insulin resistance, (2) to determine if these changes in methylation can be altered through weight-loss induced by bariatric surgery, and (3) to identify DNA methylation biomarkers in whole blood that can be used as a surrogate for skeletal muscle. Assessment of DNA methylation was performed on human skeletal muscle and blood using reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) for high-throughput identification and pyrosequencing for site-specific confirmation. Sorbin and SH3 homology domain 3 (SORBS3) was identified in skeletal muscle to be increased in methylation (+5.0 to +24.4 %) in the promoter and 5’untranslated region (UTR) in the obese participants (n= 10) compared to lean (n=12), and this finding corresponded with a decrease in gene expression (fold change: -1.9, P=0.0001). Furthermore, SORBS3 was demonstrated in a separate cohort of morbidly obese participants (n=7) undergoing weight-loss induced by surgery, to decrease in methylation (-5.6 to -24.2%) and increase in gene expression (fold change: +1.7; P=0.05) post-surgery. Moreover, SORBS3 promoter methylation was demonstrated in vitro to inhibit transcriptional activity (P=0.000003). The methylation and transcriptional changes for SORBS3 were significantly (P≤0.05) correlated with obesity measures and fasting insulin levels. SORBS3 was not identified in the blood methylation analysis of lean (n=10) and obese (n=10) participants suggesting that it is a muscle specific marker. However, solute carrier family 19 member 1 (SLC19A1) was identified in blood and skeletal muscle to have decreased 5’UTR methylation in obese participants, and this was significantly (P≤0.05) predicted by insulin sensitivity. These findings suggest SLC19A1 as a potential blood-based biomarker for obese, insulin resistant states. The collective findings of SORBS3 DNA methylation and gene expression present an exciting novel target in skeletal muscle for further understanding obesity and its underlying insulin resistance. Moreover, the dynamic changes to SORBS3 in response to metabolic improvements and weight-loss induced by surgery. / Dissertation/Thesis / Appendix A / Appendix B / Appendix C / Appendix D / Appendix G / Doctoral Dissertation Biology 2017

Submitted by Jorge Ikefuti Filho (ikefutifilho@msn.com) on 2018-07-19T17:43:12Z No. of bitstreams: 1 005-2018-Jorge Ikefuti Filho 19-07-18.pdf: 2256756 bytes, checksum: 138ed3a16f765780a351d182c74252b2 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabio Sampaio Rosas null (fabio@dracena.unesp.br) on 2018-07-19T21:11:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Ikefuti_filho_j_me_dra.pdf: 2256756 bytes, checksum: 138ed3a16f765780a351d182c74252b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-19T21:11:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ikefuti_filho_j_me_dra.pdf: 2256756 bytes, checksum: 138ed3a16f765780a351d182c74252b2 (MD5) Previous issue date: 2018-02-09 / A otimização da produção de pintainhos, não implica somente na incubação de ovos férteis. Atualmente, as incubadoras necessitam ter alta produtividade de forma sustentável, incluindo o rendimento de incubação de pintainhos saudáveis com altas taxas de sobrevivência no incubatório e o seu desenvolvimento na fase de cria. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi avaliar a influência da manipulação térmica no rendimento de ovos incubáveis de pesos distintos de matrizes leves na última fase embrionária. O experimento foi realizado em incubatório comercial de poedeiras leves, localizado em Birigui –SP. Utilizou-se 1950 ovos de matrizes leves da linhagem comercial Dekalb White®. Os ovos foram classificados entre diferentes tamanhos e alocados em bandejas de incubação. No período de 19 a 21 dias foram utilizados máquinas de nascedouros posicionadas frontalmente ao corredor central. Na primeira máquina manteve-se os valores de temperatura e umidade do ar padrão do incubatório (37,0°C e 60% UR) e na segunda máquina a temperatura foi ajustada para 37,7°C com 60% UR. Os tratamentos se diferenciaram de acordo com tempo de permanência na segunda máquina, e peso dos ovos (G e M) controles T1(G) e T6(M), 1 hora T2(G) e T7(M), 3 horas T3(G) e T8(M), 6 horas T4(G) e T9(M) e 9 horas T5(G) e T10 (M). Após o nascimento as pintainhas foram transferidas para granja de postura comercial, para avaliar o seu desenvolvimento corporal. Para o estudo usou-se o Delineamento Fatorial 2X5. Os dados foram submetidos ao teste de hipóteses exato com base na distribuição Binomial para etapa de incubação e algaritimo Neperiano para etapa de crescimento corporal, foi utilizado software Minitab® 17. Como resultados notou-se que para ovos grandes (G), o tempo de permanência de 1 hora (T2), obteve melhores fêmeas comercialmente viáveis e menores índice de mortalidade embrionária na fase tardia e refugagem. Todavia para ovos médios (M) verificou-se melhores resultados com tempo de permanência de 3 e 6 horas (T8 e T9), não houve diferença para etapa de desenvolvimento corporal. / The optimization of the production of chicks does not only imply the incubation of fertile eggs. Currently, incubators need to have high productivity in a sustainable way, including the incubation yield of healthy chicks with high survival rates. Thus, the objective of the present study was to evaluate the influence of thermal manipulation on the yield of hatching eggs of different weights of layer breeds in the last embryonic stage, in the hatchery and its development in the breeding phase.The experiment was carried out in a commercial hatchery of layer breeds, located in Birigui-SP. It used 1950 eggs of layers breeds arrays of commercial line Dekalb White®. The eggs were classified among different sizes and allocated in incubation trays. In the period from 19 to 21 days were used starter machines positioned frontally to the central corridor. In the first machine the temperature and humidity values of the hatchery standard (37,0°C with 60% RH) air were maintained and in the second machine the temperature was adjusted to 37.72 ° C with 60% RH. The treatments were differentiated according to residence time in the second machine, and egg weight (G and M) controls T1 (G) and T6 (M), 1 hour T2 (G) and T7 (M), 3 hours T3 (G) and T8 (M), 6 hours T4 (G) and T9 (M) and 9 hours T5 (G) and T10 (M), After birth the chicks were transferred to the commercial laying nucleus to evaluate their body development. For the study, the 2X5 Factorial Design was used. The data were submitted to the test of exact hypotheses based on the Binomial distribution or incubation stage and Neperian algaritimo for stage of corporal growth, the software Minitab® 17. As results it was noticed that for large eggs (G), the residence time of 1 hour (T2), obtained better commercially viable females and lower embryonic mortality rate in the late phase and shelter. However for medium (M) eggs the best results were observed with residence time of 3 and 6 hours (T8 and T9) there was no difference for the stage of corporal development.