Les Encéphalopathies Spongiformes transmissibles (EST) sont des maladies neurodégénératives fatales caractérisées par l’accumulation d’un conformère anormal (PrPSc) d’une protéine de l’hôte (PrP). Chez l’homme, plusieurs centaines de cas de transmissions iatrogènes de la maladie de Creutzfeldt Jakob (MCJ) ont été identifiées, notamment chez des patients ayant fait l’objetd’ une greffe de dure-mère, de cornée ou des injections d’hormones de croissance extractives. Plus récemment, plusieurs cas du variant de la maladie de Creutzfeldt Jakob (vMCJ) ont été observés chez des patients transfusés avec des produits sanguins issus de donneurs en incubation de la maladie. D’un point de vue sanitaire, l’évaluation du risque de contamination interindividuelle par des tissus ou des fluides biologiques issus de patients atteints représente un enjeu important en matière de santé publique. La première partie de notre travail a consisté à comparer la sensibilité relative de modèles de souris transgéniques sur-exprimant la PrP à celle de l’hôte conventionnel exprimant la même séquence. Les résultats obtenus ont validé le concept d’une absence d’impact du niveau d’expression de la PrP ou du fond génétique de l’hôte sur la sensibilité finale du modèle à l’infection. A l’aide de ces modèles de souris transgéniques, nous avons alors mesuré les niveaux d’infectiosité dans le sang de patients atteints de différentes formes d’’EST. Chez un patient atteint de vMCJ, nous avons mis en évidence de faibles niveaux d’infectiosité dans les concentrés de globules rouges, les leucocytes et le plasma. Nous avons également pu détecter de l’infectiosité dans le plasma issu de 2 patients atteints de sMCJ sur 4 testés. Parallèlement à ces expériences, nous avons démontré dans un modèle expérimental d’infection chez le mouton, que l’administration de 104 à 105 leucocytes suffisent à transmettre par voire transfusionnelle la maladie. Ces résultats soulignent l’intérêt et les limites de la leuco-déplétion appliquée de manière standard en médicine transfusionnelle, pour limiter les risques de transmission du vMCJ. Enfin, nous avons testé la capacité de différents outils in vitro à détecter la présence des Prions dans le sang. / Transmissible spongiform encephalopathies (TSE) are fatal neurodegenerative disorders occurring in a wide spectrum of animals. They are characterized by accumulation of abnormally folded conformers (PrPSc) derived from normal cellular PrP protein (PrP) of the host. In human, many iatrogenic transmissions of Creutzfeldt Jakob disease (CJD) have been reported after dura mater graft, corneal graft or extractive growth hormone injections, prepared from affected donors. More recently, several cases of vCJD transmissions were reported in individuals that were transfused with blood from asymptomatic donors that subsequently developed vCJD. Risk assessment of interindividual transmission with contaminated tissues or body fluids remains a major public health issue. In a first part, we validated the final pertinence of infectious titers as measured in mice overexpressing PrP to the risk of transmitting the disease in the natural host species. In a second time, we used this model to evaluate the presence of infectivity in blood from TSE affected patients. We were able to detect the presence of infectivity in erythrocytes, leukocytes, and plasma of 1 person with vCJD and in the plasma of 2 out of 4 persons whose tests were positive for sporadic CJD. We then demonstrated in a sheep TSE model, that intravenous administration of 104 to 105 leucocytes was sufficient to cause disease in recipient sheep, underlying the efficacy and potential limits of leuko-reduction processes that are currently applied in transfusion medicine to mitigate the TSE transmission risk. Finally, using the same model, we tested different in vitro methods to detect prions in blood.

Doctor of Philosophy / Department of Entomology / C. M. Smith / Brenda Oppert / Coleopteran insects compensate for dietary protease inhibitors by a number of mechanisms. To study this compensation response at the molecular level, the digestive proteases of Tenebrio molitor were studied. Biochemical studies of the pH optima and inhibitor sensitivity of proteases indicated the cysteine proteases were mostly in the anterior and serine proteases were in the posterior midgut of T. molitor larvae. Expressed Sequence Tags (ESTs) from T. molitor larval midgut cDNA libraries contained sequences encoding putative digestive proteases. Of a total of 1,528 cDNA sequences, 92 cDNAs encoded proteases, and 50 full-length cDNAs were grouped into serine, cysteine and metallo protease classes. Sequences tmt1a, tmt1b and tmt1c were identified as genes encoding isoforms of T. molitor trypsin, and tmc1a encoded T. molitor chymotrypsin. The general distribution cysteine protease transcripts in the anterior and serine protease transcripts in the posterior midgut, of T. molitor larvae, was in agreement with the biochemically-characterized compartmentalization of proteases. Expression analyses of selected transcripts demonstrated varied expression patterns across five developmental stages of T. molitor, with maximal expression of most protease transcripts in first instar larvae. Dietary serine and cysteine protease inhibitors fed in combination to early-instar T. molitor larvae caused a significant delay in larval growth in 21-day-old larvae. Real-time quantitative PCR analysis of RNA isolated from larvae fed different protease inhibitor treatments indicated that dietary inhibitors affected the expression of serine and cysteine proteases. Larvae fed soybean trypsin inhibitor, a serine protease inhibitor, compensated by the hyperproduction of proteases from the same class, as well as the upregulation of cysteine proteases. A cysteine protease inhibitor, E-64, caused a reduction in the hyperproduction of all proteases, and, in combination with the soybean trypsin inhibitor, lowered the compensation response of T. molitor larvae to negligible levels. These data suggest that T. molitor larvae are more sensitive to the effects of cysteine protease inhibitors, perhaps because these proteases are the first line of defense for larvae against plant protease inhibitor. The bioassay and molecular studies suggested that combinations of inhibitors that target both serine and cysteine proteases are needed to effectively control larval infestations of T. molitor.

L'objectif principal de cette recherche a été de réaliser une étude des propriétés d'adsorption/désorption du gaz dans les réservoirs non conventionnels situés dans la partie nord-est du Mexique. Nous avons commencée par un revue de la littérature concernant à l'exploration de gaz, reprenant des recherches existantes sur le Bassin de Sabinas et le Bassin de Chihuahua (Camacho Ortegón 2009, De la O Burrola, 2013) afin de comprendre leur comportement du point de vue de réservoirs non conventionnels. Ces auteurs proposent des modèles qui décrivent l'histoire thermomécanique du bassin de Sabinas, des événements géologiques qui définissent le comportement du système pétrolier, son évolution et sa relation avec la production d'hydrocarbures. Nous avons réalisé une campagne d'échantillonnage en collaboration avec le Servicio Geológico Mexicano (SGM) au Mexique. Ils nous ont proposé un total de 50 échantillons répartis entre le Bassin de Sabinas et Chihuahua pour leur caractérisation. Cette caractérisation générale inclus: (1) Analyse immédiate ou primaire de l'humidité et de cendre (2) Analyse élémentaire pour déterminer (C, H, O, N, et S), (3) Analyse pétrographique pour déterminer le type de matière organique (4) Pyrolyse Rock-Eval®6 afin de connaître son potentiel pétrolier. Toutes ces analyses nous ont permis de sélectionner 10 échantillons entre les deux bassins de l'étude, afin de développer nous essais d’expérimentation d'adsorption/désorption de gaz et interpréter ainsi par les courbes de Langmuir les paramètres affectant le processus d'adsorption du CH4 et CO2. Pour le Bassin de Sabinas, ont été mesurés des capacités de stockage de gaz méthane à partir de 202.11 scf/tonne (7.07 m3/tonne) à 364,76 scf/tonne (10.47 m3/tonne), alors que pour le Bassin du Chihuahua les capacités de sorption sont plus faibles, variant de 0,84 scf/tonne (0.023 m3/tonne) à 3,48 scf/tonne (0.084 m3/tonne). Ces résultats nous ont permis d'apporter une interprétation des caractéristiques physiques et chimiques qui influent sur la capacité de stockage de gaz dans le kérogène des roches sédimentaires de type Shale gas. Nous avons trouvé que dans les bassins étudies l'adsorption de gaz augmente avec le rang/maturité des matières organiques sédimentaires. Nous avons également étudiée l'influence de la composition Macérale sur les processus de sorption et nous avons vérifié que la capacité de stockage de gaz, est étroitement liée à la teneur en vitrinite. Cela nous conduit à prendre en considération les publications de certains auteurs (Chalmers et Bustin, 2008; Zhang et al, 2012) qui ont vérifié dans leurs travaux que les augmentations de la capacité d'adsorption sur la base du COT sont dans l'ordre suivant: le type I <Type II <type III. Cela a été attribué à la capacité d'adsorption précoce de la vitrinite par rapport aux autres types de macéraux. À cet égard, en effectuant une observation approfondie sur les modèles cinétiques principalement sur les facteurs d'adsorption (W) proposé par la dernière version du logiciel PetroMod (type I, W = 0,80), (Type II W = 0,75) et (Type III W = 0,68), a été constaté un écart par rapport à la littérature rapporté par (Chalmers et Bustin, 2008; Zhang et al, 2012). Nous avons pris en compte en conséquence nous résultats de gaz d'adsorption/désorption pour effectuer le calcul du facteur (W) et construire et proposer un nouveau modèle cinétique pour nous bassins avec la simulation du Software PetroMod, en prenant en compte l'adsorption. Le nouveau modèle cinétique nous a permis de proposer un réajustement et optimisation à la modélisation géochimique du Bassin de Sabinas, et réaliser ainsi au même temps une comparaison de l'effet des facteurs d'adsorption au moment de la production d'hydrocarbures et de l'expulsion. Ce modèle cinétique avec le nouveau Factor (W), prend en compte la quantité d'hydrocarbures adsorbés par les matières organiques de la roche avec un comportement pétrolier non conventionnel, [...] / The main objective of this research was to conduct a study of the gas adsorption/desorption properties in unconventional reservoirs located in the north-eastern Mexico. For this, previously was carried a literature review concerning gas exploration retaking existing research works in Sabinas Basin and Chihuahua Basin (Camacho Ortegón 2009, De la O Burrola, 2013), in order to understand their behavior from the viewpoint of unconventional reservoirs. The works of these authors include models that describe the thermomechanical history of the Sabinas Basin, geological events that define the behavior of the petroleum system, its evolution and its relationship with hydrocarbon generation. To continue with the development of this project, in 2012 a sampling campaign was performed in charge of the Servicio Geológico Mexicano (SGM), providing a total of 50 samples divided between the Sabinas Basin and the Chihuahua Basin, for their characterization. The general characterization included: (1) immediate or primary moisture and ash analysis (2) elemental analysis (C, H, O, N, and S) for determining, (3) petrographic analysis to determine the organic matter type (4) Rock-Eval®6 Pyrolysis, to know its oil potential generation. Together, these analyzes allowed us to evaluate and select 10 samples divided between the study basins, to develop adsorption/desorption tests and interpretation of parameters affecting the adsorption process. For the Sabinas Basin, there were observed storage capacities of methane gas of 202.11 scf/ton (7.07m3/ton) to 364.76 scf/ton (10.47m3/ton), whereas for the Chihuahua basin there were presented lower capacities of sorption, with a rank from 0.84 scf/ton (0.023m3/ton) to 3.48 scf/ton (0.084m3/ton). The tests results of adsorption/desorption let us carry out an interpretation of the physical and chemical characteristics of the samples, that influencing in the storage capacity of gas in the kerogen. Anticipating as a general conclusion that, the gas adsorption increases with the rank/maturity. Also, it was studied the influence of the maceral composition in the process of sorption and, it was verified that the capacity of gas storage is closely related to the vitrinite content. Which led us to return to the statements of some authors (Chalmers y Bustin, 2008; Zhang et al, 2012) who verified that the capacity of adsorption on base to COT increases in the next order: type I < type II < type III. This was attributed to the greater capacity of adsorption of the vitrinite in comparison with other macerals types. In this regard, and carrying out a thorough observation to the kinetic models, and mainly in the adsorption factors (W) proposed by the most recent version of the Software PetroMod (Type I, W=0.80), (Type II W=0.75) and (Type III W=0.68), it was found a discrepancy regarded to the bibliography reported by (Chalmers y Bustin, 2008; Zhang et al, 2012). In this context, the results of adsorption/desorption gas of this research were retaken to make the calculation of the adsorption factor (W) to build and propose a new kinetic model applicable to the simulation process of the Software PetroMod for the hydrocarbons generation, taking into account the adsorption of the hydrocarbons produced. The new kinetic model allowed us propose a readjust to the geochemical modeling for the Sabinas basin, comparing at the same time the effect and the influence of the adsorption factors at the moment of the generation and expulsion of hydrocarbons. This kinetic model through the Factor (W) results important, since it takes the amount of adsorbed hydrocarbons into the source rock, this factor evidently induces a control on the behavior of unconventional character for the source rock, thus producing a change into the expulsion balance of the hydrocarbons from the kerogen. The results obtained from the methodology, [...] / El objetivo principal de esta investigación, fue realizar un estudio de las propiedades de adsorción/desorción de gas en los reservorios no convencionales ubicados en la porción noreste de México. Para ello, se realizó previamente una revisión bibliográfica sobre la prospección del gas, retomando trabajos de investigación ya existentes para la Cuenca de Sabinas y la Cuenca de Chihuahua (Camacho Ortegón 2009, De la O Burrola, 2013), con el fin de comprender su comportamiento desde el punto de vista de los yacimientos no convencionales.Los trabajos de estos autores incluyen modelos que describen la historia termomecánica de la Cuenca de Sabinas, los eventos geológicos que definen el comportamiento del sistema petrolero, su evolución y su relación con la generación de hidrocarburos. Para continuar con el desarrollo de este proyecto, se llevó a cabo una campaña de muestreo a cargo del Servicio Geológico Mexicano (SGM), el cual nos proporcionó un total de 50 muestras divididas entre las cuencas de Sabinas y Chihuahua, para su caracterización. La caracterización general incluyó: (1) Análisis inmediatos o primarios de humedad y ceniza, (2) Análisis elemental para la determinación de (C, H, O, N, y S), (3) Análisis petrográfico para determinar el tipo de materia orgánica, (4) Pirolisis Rock-Eval®6 para conocer su potencial petrolífero. El conjunto de estos análisis nos permitieron evaluar y seleccionar 10 muestras divididas entre las cuencas de estudio, para desarrollar los ensayos de adsorción/desorción y la interpretación de los parámetros que influyen en el proceso de adsorción. Para la Cuenca de Sabinas, se observaron capacidades de almacenamiento de gas metano de 202.11 scf/ton (7.07m3/ton) a 364.76 scf/ton (10.47m3/ton), mientras que en la Cuenca de Chihuahua se presentaron capacidades de sorción más bajas, con un rango de 0.84 scf/ton (0.023m3/ton) a 3.48 scf/ton (0.084m3/ton). Estos resultados nos permitieron interpretar las características físicas y químicas que influyen en la capacidad de almacenamiento del gas en el kerógeno. Anticipando como conclusión general que: la adsorción del gas aumenta con el rango/madurez. También se estudio la influencia de la composición maceral en el proceso de sorción y se verificó que la capacidad de almacenamiento de gas está íntimamente relacionada al contenido de vitrinita. Esto nos condujó a retomar las declaraciones de algunos autores (Chalmers y Bustin, 2008; Zhang et al, 2012) quienes verificaron que la capacidad de adsorción en base al COT aumenta en el siguiente orden: tipo I < tipo II < tipo III. Esto se atribuyó a que la vitrinita tiene una mayor capacidad de adsorción, en comparación con otros tipos de macerales. En este sentido se llevó a cabo una minuciosa observación a los modelos cinéticos y principalmente en los factores de adsorción (W) propuestos por la versión más reciente del Software PetroMod®12 (Tipo I, W=0.80), (Tipo II W=0.75) y (Tipo III W=0.68).Se encontró una discrepancia respecto a la bibliografía reportada por (Chalmers y Bustin, 2008; Zhang et al, 2012). Por lo que se retomaron los resultados de adsorción/desorción de gas de esta investigación para realizar el cálculo del factor (W), para construir y proponer un nuevo modelo cinético aplicable al proceso simulación del Software PetroMod®, tomando en cuenta la adsorción. El nuevo modelo cinético nos permitió proponer un reajuste al modelado geoquímico de la Cuenca de Sabinas, realizando al mismo tiempo una comparación del efecto de los factores de adsorción en el momento de la generación y expulsión de hidrocarburos. Este modelo cinético por medio del Factor (W), toma en cuenta la cantidad de hidrocarburos adsorbidos en la roca generadora, induciendo un comportamiento de carácter no convencional para la roca generadora, produciendo así un cambio en el balance de expulsión de hidrocarburos del kerógeno. [...]

Depuis le Pageant du tricentenaire de la ville de Québec, qui a eu lieu en 1908, plusieurs spectacles historiques à grand déploiement ont été créés au Canada français, et particulièrement au Québec, et ce, jusqu’aux années 1960. Ces spectacles populaires et amateurs, souvent créés dans le cadre de festivités célébrant des anniversaires de fondation de localités ou d’établissements scolaires ou religieux, connurent ensuite un déclin, pour revenir en force à partir de la fin des années 1980. Présenté de 2004 à 2008 dans la ville de Casselman, en Ontario, le spectacle L'écho d'un peuple est l’un des plus importants représentants contemporains de ce genre théâtral et s’avère, par sa forme et son contenu, différent des autres productions de ce genre. Ce mémoire vise à démontrer que L’écho d’un peuple véhicule un discours identitaire fondé sur la grandeur des origines par le biais d'une forme spectaculaire particulièrement apte à la transmission d’un discours épique. Le premier chapitre présente l’historique du spectacle, de sa création jusqu’à sa dissolution, alors que le deuxième chapitre démontre son appartenance au genre du « pageant scénique », une forme théâtrale très utilisée dans les spectacles historiques à grand déploiement produits durant la première moitié du XXe siècle. Les troisième et quatrième chapitres, qui proposent une analyse des composantes temporelles et spatiales du spectacle, démontrent que les événements historiques privilégiés par la trame narrative contribuent à construire un discours historique fondé sur la grandeur des origines de l’Ontario français, ponctué d’exploits accomplis par des héros évoluant sur un territoire spécifiquement franco-ontarien.

Indivíduos não relacionados apresentam apenas 1% de diferenças entre seus genomas. Estas variações ocorrem na forma de substituições, inserções, deleções, rearranjos complexos ou até estruturais. Dentre essas variações, aquelas que apresentam uma frequência populacional acima de 1% são denominadas de polimorfismos. Tais variações são responsáveis por diferenças que vão desde a resposta imunológica até o tratamento com drogas, incluindo sensitividade das células tumorais, níveis de plasma, efeitos colaterais e toxicidade. A forma mais comum de polimorfismo genético entre humanos são os polimorfismo de base única ou Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), sendo mais de 47 milhões descritos no dbSNP, um banco de dados de pequenos polimorfismos do NCBI. No presente estudo, foi estabelecida uma abordagem computacional, com etapas de exclusão de regiões parálogas ou de baixa qualidade, com o objetivo de identificar variantes genéticas em sequências expressas gerados pelo método de Open Reading Frame ESTs (ORESTES) durante o Projeto Genoma Humano do Câncer. Diferentemente de outros softwares de detecção de polimorfismos, a abordagem computacional descrita neste estudo leva em consideração a informação a priori do número de bibliotecas distintas que reportaram a mesma variação. Foram identificadas 1900 mutações (853 sinônimas e 1047 não-sinônimas) presentes em duas ou mais bibliotecas distintas, que foram validados in-silico contra o dbSNP v130. O resultado da análise identificou 901 mutações já descritas no dbSNP (47,42%). Para confirmação da análise, foram selecionadas 10 mutações (6 novas e 4 já presentes no dbSNP) para validação pelo método de High Resolution Melt (HRM), seguido da caracterização por sequenciamento de DNA. Nesse caso, o resultado foi a validação de 50% das mutações selecionadas. A análise de interação protéica, Protein-Protein Interaction (PPI), realizada com as mutações não-sinônimas localizadas em domínios funcionais, revelou redes gênicas mais complexas em tecidos tumorais do que nos tecidos normais. Esta observação ratificou a literatura a respeito da transformação tumorigênica ser desencadeada pela combinação de mutações que ativam uma série de processos biológicos, para isso, afetando genes, vias gênicas e networks de vias gênicas relacionados. Em resumo, o presente estudo descreve uma abordagem computacional eficiente para identificação de mutações em dados de sequências expressas, além de avaliar o papel das mutações na tumorigênese. / Unrelated humans have only 1% of non-simularity in their genome. These variations occur as substitutions, insertions, deletions, or even complex structural rearrangements. Among these variations, those which show a population frequency above 1% are called polymorphisms. Such variations are responsible for differences ranging from the immune response to treatment with drugs, including sensitivity of tumor cells, plasma levels, toxicity and side effects. The most common form of genetic polymorphism among human are Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), with more than 47 million reported in dbSNP, a database of small polymorphisms from NCBI. In this study, we established a computational approach, with steps to exclude low quality and paralogous regions, aiming to identify genetic variants in expressed sequences generated by the method of Open Reading Frame ESTs (ORESTES) for the Human Cancer Genome Project. Unlike other polymorphisms detection softwares, the computational approach described in this study takes into account the a priori information about the number of different libraries that reported the same variation. We identified 1900 mutations (853 synonymous and 1047 nonsynonymous) present in two or more different libraries, these mutations were in-silico validated against the dbSNP V130. The analysis result showed 901 mutations already described in dbSNP (47.42%). To confirm the analysis, we selected 10 mutations (six new and four already present in dbSNP) for validation by the method of High Resolution Melt (HRM), followed by characterization by DNA sequencing. In this case, the result was the validation of 50 % of the selected mutations. The Protein-Protein Interaction analysis (PPI), performed with non-synonymous mutations located in functional domains, showed more complex gene networks in tumor tissues than in normal tissues. This observation confirmed the literature regarding the tumorigenic transformation is triggered by the combination of mutations that activate a number of biological processes, thereby, affecting genes, gene pathways and networks of related gene pathways. In summary, this study describes an efficient computational approach to identify mutations in expressed sequence data, besides to evaluate the role of mutations in tumorigenesis.

Entre 2013 et 2017, le projet d’oléoduc Énergie Est a été l’un des plus importants enjeux économique, politique et environnemental des années 2010. Initié pendant le gouvernement conservateur de Stephen Harper et annulé sous le gouvernement libéral de Justin Trudeau, c’est le plus ambitieux projet d’oléoduc de l’histoire du Canada. S’il n’a jamais traversé les provinces d’ouest en est, il est passé au travers de deux gouvernements fédéraux différents ayant leur discours environnemental propre. Or, avec la croissance soutenue de l’exploitation des sables bitumineux et l’édification de nouveaux oléoducs au pays, c’est à se demander si leurs discours sont réellement distincts. Pour réaliser cette étude du discours environnemental fédéral, il a fallu combiner l’analyse du discours avec un cadre théorique permettant de rendre compte de l’impact de l’exploitation des sables bitumineux sur le gouvernement à Ottawa. C’est ainsi que nous en sommes venus à une élaboration conceptuelle combinant une analyse de l’espace, de l’État et de l’histoire canadienne jointes à l’approche de l’analyse du discours. Le résultat de cette thèse est qu’il existe à la fois des similitudes et des dissemblances entre les discours des deux gouvernements. Malgré qu’ils s’amenaient au Parlement en se présentant comme une alternative environnementale sérieuse, les libéraux ont été contraints par des facteurs économiques et politiques hérités du précédent gouvernement conservateur lui-même influencé par une histoire économique canadienne particulière. Énergie Est est un cas éclairant sur la problématique du développement économique au temps des changements climatiques.

Cette étude concerne la région du Kordofan, au centre-Sud du Soudan. La région étudiée est comprise entre les méridiens 28° 00' et 31° 00' E, et les latitudes 11° 30' et 15°00' N, et couvre une surface d’environ 125 835 km2. Le Kordofan est situé en bordure Sud du Sahara actuel. Les dépôts du Pléistocène supérieur-Holocène du Kordofan, ont enregistré des discontinuités sédimentaires qui reflètent des fluctuations climatiques au cours du Quaternaire terminal. Des datations au 14C et des collectes archéologiques ont permis de dater la série étudiée. Quatre unités stratigraphiques ont été identifiées, qui comprennent huit faciès sédimentaires.La première unité est antérieure à ≈ 10 ka BP et est formée de grès ou siltstone marmorisés d’origine éolienne. La deuxième unité (≈ 10 à 6 ka BP) comprend des faciès palustres et lacustres au Nord et au centre, et des faciès fluviatiles au Sud. La troisième unité, d’âge ≈ 6 à 3 ka BP, n’est présente qu’au Sud; elle est faite de dépôts éoliens intercalés de faciès fluviatiles ou de plaine d’inondation. La quatrième unité est plus jeune que 1000 ans BP, et est dominée par des grès rouges éoliens au Nord, et par des dépôts de plaine d’inondation au Sud. Entre ≈ 6 et 1 ka BP au Nord et entre ≈ 3 et 1 ka BP au Sud, un hiatus est marqué par une surface de déflation au North, et est interprété comme une période de forte activité éolienne, qui a empêché le dépôt et a même érodé une partie des sédiments déposés entre 6 et 3 ka BP.Plusieurs proxys (sédimentologie, gastéropodes, pollens, isotopes stables, géochimie des majeurs, minéralogie des argiles et paléo-hydrologie) ont servi à reconstituer l’évolution climatique de la région depuis 13000 ans, qui est cohérente avec l’évolution paléo-climatique de l’Afrique nord-orientale à la même époque. Nos résultats montrent que la région a connu un climat aride avant 10 ka BP, matérialisé par d’épais dépôts éoliens. Entre 10 et 6 ka BP, un climat humide est démontré par le développement de nodules calcaires pédogénétiques, le dépôt local de calcaires palustres et lacustres, l’abondance de gastéropodes aquatiques et semi-aquatiques, le haut niveau de lacs, et les valeurs très négatives du δ18O des coquilles d’escargots et des nodules calcaires. Après ≈ 6 ka BP, le climat s’assèche dans le Nord de la région étudiée comme le suggèrent la forte activité éolienne enregistrée par un hiatus sédimentaire, des érosions et surfaces de déflation, alors que le Sud reste plus humide, comme le montrent des dépôts fluviatiles (chenaux et plaine d’inondation), et les pollens tropicaux et aquatiques. Après 1000 ans BP, et plus probablement après 3 ka BP, la région devient aride comme en témoignent les dépôts éoliens, la prédominance de pollens de milieu aride et l’enrichissement en 18O des coquilles d’escargots terrestres. / This study is conducted in the Kordofan region, central-southern Sudan. The study area is bounded by longitudes 28° 00' and 31° 00' E, and latitudes 11° 30' and 15°00' N and covers an area of about 125835 km2. The Kordofan region is located at the southern end of the present-day Sahara. Late Pleistocene-Holocene deposits in Kordofan, recorded sedimentary discontinuities that probably reflect climatic fluctuations during the latest Quaternary. 14C dating and some archeological findings have been used to date the latest Pleistocene-Holocene succession. In the investigated sections, four stratigraphic units have been recognized, which exhibit eight sedimentological facies.The first unit is older that ≈ 10 ky BP and is formed of mottled sandstone or siltstone facies of aeolian origin. The second unit (≈ 10 to 6 ky BP) comprises palustrine and lacustrine facies in the central and northern parts, and fluviatile facies in the South. The third unit ranges from ≈ 6 to 3 ky BP and is restricted to the southern part; it is made of aoelian deposits intercalated with fluviatile or flood plain facies. The fourth unit is younger than 1000 y BP, and is dominated by aeolian red sandstone in the North, and by flood plain facies to the South. Between ≈ 6 and 1 ky BP in the North and between ≈ 3 and 1 ky BP in the South, no deposits are recorded. This hiatus is marked by deflation surfaces in the North, and is interpreted as a period of strong aeolian activity, which prevented deposition, or even eroded part of the sediments deposited between 6 and 3 ky BP.Several proxies (sedimentology, gastropod sub-fossil shells, pollens, stable isotopes, major element chemistry, clay mineralogy and paleohydrology) have been used to reconstruct the climatic evolution of the region for the past 13 ky, which can be correlated to the well-known evolution of Eastern Sahara during this time-span. Our results indicate that the region has been subjected to arid climate prior to 10 ky BP as evidenced by thick aeolian deposits. Between 10 and 6 ky BP, the region experienced a wet climate as evidenced by the development of pedogenetic calcareous nodules, local deposition of palustrine and lacustrine limestone, abundance of aquatic and semi-aquatic gastropods, high lake levels, and depleted δ18O values from gastropod shells and calcareous nodules. After ≈ 6 ky BP, climate evolved to dry conditions in the northern part of the region as indicated by an strong aeolian activity recorded by erosion features, sedimentary hiatus and deflation surfaces, while its southern part remained more humid, as shown by channel and flood plain deposits, and tropical and aquatic pollen taxa. From 1000 yr BP to Present, and probably after 3 ka BP, the region became arid as evidenced by aeolian deposits, the predominance of arid indicator pollens and the enrichment in 18O of land snail shells.

Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) is an important food crop for subsistence farmers in the Altiplano (high plains) of Peru, Bolivia, and Argentina. Saponins are part of a diverse family of secondary metabolites that are found in high concentrations in the pericarp of many varieties of quinoa. Due to their bitter taste and anti-nutritive properties, saponins must be removed before the quinoa grain is consumed. There are ‘sweet’ varieties of quinoa that have significantly reduced levels of saponin. Previous research suggests saponin production is controlled by a single locus. The major objective of this research was to elucidate the genetic components in the saponin biosynthesis pathway. Thus, we report the development and annotation of the first large scale expressed sequence tag (EST) collection for quinoa based on Sanger and 454 pyrosequencing of maturing seed tissue expressing saponins. Sanger sequencing produced 18,325 reads with an average read length of 693 nucleotides, while 454 GS-FLX pyrosequencing generated 295,048 reads with an average read length of 202 nucleotides. A hybrid assembly of all sequences generated 39,366 unigenes, consisting of 16,728 contigs and 22,638 singletons. Repeat sequence analysis of the unigene set identified 291 new microsatellite markers. From the unigene set, a custom microarray was developed and used to assay transcriptional changes in developing seeds of saponin-containing and saponin-free quinoa lines. The microarray consisted of 102,834 oligonucleotide probes representing 37,716 sequences of the unigenes set. Three different statistical comparisons, based on comparisons of ‘sweet’ vs. ‘bitter’ seed tissue at two developmental stages, were assayed on the custom array. Using a p-value cutoff threshold of 0.01, we identified a list of 198 significantly differentially expressed candidate genes common to all three comparisons. We also identified a list of candidate genes (p-value ≤ 0.05) that are known to be associated with identified triterpenoid (saponin) biosynthetic pathways that were differentially expressed in all three comparisons. Included in this list are candidate genes that share homology to cytochrome P450s (20), cytochrome P450 monooxygenases (10), and glycosyltransferases (49) suggesting that transcriptional differences in the saponin biosynthesis pathway possibly responsible for the absence or presence of saponin in quinoa are determined after the formation of the β-amyrin skeleton. These candidate genes are suggested for use in future studies in the production of saponin in quinoa.

Big sagebrush (Artemisia tridentata) is one of the ecologically most important shrub species in western North America. The species serves as a major source of food and habitat for the near-threatened sage grouse and various other fauna. Habitat loss due to a combination of disturbances followed by establishment of invasive plant species is considered as a serious threat to sustainability of the big sagebrush ecosystem. Because of its importance, restoration of this species is very crucial to those dependent on big sagebrush community. However, restoration of big sagebrush carried out by using diverse seed source can lead to imbalance and degradation in the native ecosystem. Therefore, restoration works aided by understanding of adaptive traits of big sagebrush using molecular markers will aid successful restoration. The major objective of this research was to create a substantial resource of nuclear sequence data and identify markers that can be used in future studies in big sagebrush. We report the development and annotation of the first expressed sequence tag (EST) collection for big sagebrush based on 454 sequencing of leaf tissue. Expressed genes of subspecies tridentata and vaseyana were sequenced using the 454 GS-FLX titanium platform, which produced 823,392 reads with an average read length of 404 bp and 702,001 reads with an average read length of 333 bp for sspp. tridentata and vaseyana, respectively. Assembly of the reads resulted in 212,102 consensus sequences in ssp. tridentata and 199,439 in ssp. vaseyana. A combined assembly of both subspecies sequences generated 29,541 contigs with an average length of 796 bp and 275,866 singletons with an average length of 370 bp. A BLASTx search against the non-redundant (NR) protein database using the contigs obtained from a combined assembly resulted in 21,436 sequences with significant blast alignments (≤ 1e-15). Gene Ontology (GO) IDs were assigned to 18,397 sequences. A total of 20,952 SNPs were detected between the two subspecies and 1,182 SNPs were confirmed in tetraploid ssp. wyomingensis. In addition, 1,003 and 507 SSRs were detected in ssp. tridentata contigs and ssp. vaseyana contigs, respectively.

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