Aquesta Tesi Doctoral té com objectius principals l’estudi d’Helicobacter pylori en mostres aquàtiques de Catalunya, en aigües procedents de sistemes dentals de consultes de dentistes, en saliva i en femtes de pacients amb símptomes gastrointestinals mitjançant el mètode de la PCR. També es va estudiar la supervivència d’Helicobacter pylori en aigua dolça usant un model de laboratori aplicant diferents tècniques d’anàlisi i es va interpretar el canvi de morfologia, la viabilitat i la culturabilitat de la bactèria així com la detecció i quantificació del seu ADN durant un període de temps concret. Per aconseguir aquests objectius, primer es va escollir la llet descremada al 40% v/v com a millor crioprotector i el medi agar Columbia suplementat amb 5% de sang desfibrinada de cavall com a medi de cultiu. Durant el desenvolupament de la tesi es va millorar la tècnica de PCR escollida inicialment basada amb l’estudi de Clayton i col•laboradors (1992) on s’usaven els iniciadors HPU1 i HPU2 en la PCR pel gen ureA, gen estructural de l’enzim ureasa. La tècnica de la hibridació seguida per aquests investigadors es va substituir per una segona PCR ja que aquesta permetria obtenir resultats més ràpidament. En aquesta PCR semiimbricada es va introduir un tercer iniciador intern, HPUI1, i mantenint HPU2 com a extern. Pel gen 16S rRNA, gen usat per a la detecció del gènere Helicobacter, es van usar els iniciadors 1F i 1R per a la primera PCR i els 1F i 2R per a la PCR semiimbricada. El mètode d’extracció escollit en aquest treball basat en partícules de sílice i tiocianat de guanidina descrit per Boom i col., (1990) i l’optimització de les barreges de reacció de les PCR semiimbricades pel gen ureA i 16S rRNA van permetre detectar 50 UPF/mL i 2-20UFC/mL, respectivament. Es va determinar la presència de H.pylori en mostres fecals humanes aplicant dos mètodes: mètode antigènic HpSA i l’amplificació del gen ureA. Amb el mètode molecular es va detectar la presència de ADN de H. pylori en 12 mostres i va mostrar un 75% de coincidència amb els resultats obtinguts amb el mètode antigènic HpSA. També es va determinar la presència de H. pylori a aigües amb diferent de nivell de contaminació fecal. Es va amplificar ADN d’aquesta espècie en un 30% de les mostres d’aigua residual, un 8,34% de les mostres d’aigua de riu de Catalunya i no es va detectar en aigua de font. L’estudi de supervivència de H. pylori a l’aigua en la foscor i a 7ºC es va demostrar que el recompte de bacteris i el número de genomes es manté constant durant tot el període d’estudi, 21 dies. La detecció per PCR també va ser positiva i constant durant aquest període. No obstant això, les cèl•lules només es van mantenir cultivables fins al sisè dia d’emmagatzematge. També es va observar una conversió morfològica de les cèl•lules bacterianes passant de la forma espiral a cocal amb el pas del temps. L’estudi de la morfologia cel•lular en un tall vertical d’una colònia d’H. pylori de 4 dies va mostrar la coexistència de cèl•lules amb morfologia bacil•lar i coccal. L’anàlisi de la saliva de 31 persones sanes va evidenciar la presència d’aquest bacteri en la boca de 6% de la població analitzada. La anàlisi feta amb la PCR semiimbricada per al gen 16S rRNA va identificar la presència d’aquest gen en 19 persones però la seqüenciació dels amplicons del gen ureA només va confirmar la presència de H. pylori en tres mostres. L’anàlisi de 31 mostres d’aigua procedents de les corresponents cadires no va mostra la presència del patogen. / This thesis has as main objectives the study of Helicobacter pylori in water samples from Catalonia, saliva and human feces using the PCR method. Also studied survival, morpholgy, viability and culturability of Helicobacter pylori in water. We first chose skim milk at 40% v / v as cryoprotectant and Columbia agar supplemented with 5% horse blood desfibrinada as a medium. We used a seminested PCR for ureA gene with HPU1 and HPU2 primers for the first PCR and HPUI1 and HPU2 for the second PCR. By gene 16S rRNA, we used the 1F and 1R primers for the first PCR and 1F and 2R for the second PCR. Using a silica and guanidine extraction method and optimization of the seminested PCR reaction mixtures for urea and 16S rRNA genes were detected 50 UPF / mL and 2-20UFC/mL respectively. H.pylori was detected in 12 human fecal samples. DNA of H.pylori was amplified in 30% of samples of wastewater, a 8.34% of the samples of river water in Catalonia and was not detected in spring water. The bacterial count and the number of H.pylori genomes remains constant throughout the study period, 21 days water in the dark at 7 ° C. The detection by PCR was also positive and constant during this period. The cells remained culturable only until the sixth day of storage. We observed morphological conversion of bacterial cells through the spiral to cocal over time. The study of cell morphology in a vertical section of a colony of H.pylori showed the coexistence of cells with bacillary and coccal morphology. The analysis of saliva from 31 healthy individuals showed the presence of this bacterium in the mouth of 6% of the analyzed population but we urea only confirmed the presence of H.pylori in three samples by sequencing.

Made available in DSpace on 2017-07-10T18:33:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Yony Brugnolo Alves.pdf: 1066625 bytes, checksum: 2ce17eca98b273fd4822609801962531 (MD5) Previous issue date: 2009-07-21 / The intensification of the related problems to the greenhouse have in recent decades called the attention and committed efforts of the civil society to the treatment of this serious context resulting from the man acts. From this environmental concern, social and development, it was ratified in February 2005 the Kyoto Protocol, whose premise is the creation of trade market mechanisms that allow industrialized countries a significant reduction of pollutants gases emissions in nature. Under the subjects covered by the Kyoto Protocol, it is pointed out the Clean Development Mechanism (CDM) and the establishment of a market of carbon credits. In this scenario, developing countries can participate in this market selling carbon credits to countries which have outstanding responsibility in the emission of harmful gases to the environment. However, the institution of the carbon credits market and the establishment of the CDM require an institutional framework to rule, according to the language adopted by the New Institutional Economy, the "rules of the game . Opportunely, this research investigates the institutional aspects of this scenario and the conditions to rule the CDM projects in Brazil, highlighted the main bureaucratic and sometimes, technical barriers, that hinder or even prevent the entry of Brazilian companies in the international carbon credit market. The discussions, analysis and findings presented address the institutional constraints and the estimates about the gains that can be obtained from the CDM, having as a case study a swine farm located in Toledo, a city located in west of Paraná - Brazil. The found results indicate that, partially, the institutional environment of the carbon credits market is not sufficiently clear to the extent of encouraging the entry of Brazilian firms in this context, and the constant changes that occur therein confuse the economic agents. Furthermore, it is observed that the execution of a CDM can bring gains of technical, economic, social and especially environmental order. / A intensificação de problemas relacionados ao Efeito Estufa tem, nas últimas décadas, chamado a atenção e mobilizado esforços da sociedade civil e organizada no mundo todo para o tratamento desse grave contexto resultante da ação do homem. Essa preocupação de abrangência ambiental, social e de desenvolvimento, levou em fevereiro de 2005, à ratificação do Protocolo de Quioto, cuja premissa é a criação de mecanismos de mercado que viabilizem aos países industrializados uma relevante redução na emissão de gases poluentes na natureza. Dentre as matérias contempladas pelo Protocolo destaca-se o Mecanismo de Desenvolvimento Limpo (MDL) e a instituição de um mercado de créditos de carbono. Nesse cenário, os países em desenvolvimento podem participar vendendo créditos de carbono aos países que têm destacada responsabilidade na emissão de gases nocivos ao meio ambiente. Todavia, a instituição do mercado de créditos de carbono e a instauração do MDL exigem um arcabouço institucional para reger, conforme a linguagem adotada pela Nova Economia Institucional, as regras do jogo . Oportunamente, a presente pesquisa investiga os aspectos institucionais desse cenário e as condições que regulamentam os projetos de MDL no Brasil, apontado as principais barreiras burocráticas e por vezes, técnicas, que dificultam ou até mesmo inviabilizam o ingresso das empresas brasileiras no mercado internacional dos créditos de carbono. As discussões, análises e constatações apresentadas abordam as limitações institucionais e as estimativas acerca dos ganhos que podem ser obtidos a partir do MDL, tendo como estudo de caso uma granja suína situada na cidade de Toledo, região oeste do Paraná Brasil. Os resultados encontrados apontam que, em partes, o ambiente institucional do mercado de créditos de carbono não está suficientemente claro a ponto de incentivar o ingresso das empresas brasileiras nesse contexto, e as constantes modificações que nele ocorrem confundem os agentes econômicos. Por outro lado, é observado que a montagem e execução de um MDL podem trazer ganhos de ordem técnica, econômica, social e principalmente ambiental.