Traçar o perfil de uma determinada área de pesquisa é uma tarefa subjetiva que precisa ser devidamente orientada para apresentar resultados práticos e úteis para a tomada de decisões. A abordagem qualitativa de análise de textos é recente nas Ciências Agrárias e permite investigar a evolução dos estudos de interesse. A produção de gases de efeito estufa (GEE) é um fenômeno importante e vem ganhando destaque mundial. Pesquisadores de diversas comunidades científicas desenvolvem técnicas para quantificar a emissão de gases, motivados por diferentes questões sociais, políticas e ambientais. No Brasil, a pecuária bovina exerce pressão quanto à necessidade de conhecer as emissões e quantificá-las, pois a atividade é considerada uma fonte significativa de GEE, o que pode ser prejudicial aos exportadores brasileiros. A população mundial exige produtos de qualidade e eticamente viáveis, do ponto de vista do bem estar animal e da sustentabilidade do meio ambiente e isto será o que motivará o consumo consciente e sustentável. O objetivo desse trabalho foi identificar as estratégias de quantificação dos GEE produzidos in situ, por meio de técnicas de mensurações de gases e outras metodologias que acusam o uso da terra pela pecuária bovina. Realizaram-se buscas exaustivas nas bases de dados Google Scholar, Portal Capes, Biblioteca Brasileira Digital de Teses e Dissertações, ISI web of Science e CAB abstracts, no período de publicação de 2000 a 2010 para a recuperação de textos nacionais e de 2005 a 2010 para textos de referência internacional. Após os testes para a estratégia de busca e leitura dos textos, foram selecionados 79 estudos, 27 nacionais e 52 internacionais. Os temas revisados mostraram objetos de estudo como a mudança e uso da terra, emissão de gases por pastagem e dejetos de animais, emissão por fermentação entérica e análise de emissões gerais em escala micrometeorológica. Concluiu-se que as pesquisas nacionais analisadas, exceto estudos sobre mudança e uso da terra, ainda apresentam aspectos exploratórios sobre seus temas, mostrando estudos de casos com o auxílio de técnicas conhecidas e questionamentos direcionados aos processos de mitigação. / To trace a profile of a particular area is a subjective task that needs to be properly oriented to show practical and useful results for decisions. The qualitative approach of papers analysis is recent in Agricultural Sciences and it is is a way to know about the evolution of interest theme. The production of greenhouse gases (GHG) is an important phenomenon and has gained prominence in the world. Researchers from various scientific communities develop techniques to quantify the emissions, motivated by social, political and environmental questions. In Brazil, the livestock industry press about the need to know emissions and quantify it, because the activity is considered a significant source of greenhouse gases, which can be harmful to Brazilian exporters. The world population requires quality and ethically viable products, from the viewpoint of animal welfare and environmental sustainability, this is what will motivate the awareness and sustainable consumer. The aim of this study was to identify strategies for GHG quantification in situ, through measuring gases techniques and other methodologies that accuse the land use for cattle livestock. Exhaustive searches in the databases: Google Scholar, Portal Capes, Biblioteca Brasileira Digital de Teses e Dissertações (BDTD), ISI Web of Science and CAB abstracts, looking for national publication from 2000 to 2010 and from 2005 to 2010 to international publications were made. After testing for the search strategy and reading the texts, 79 studies were selected, 27 national and 52 international. The topics reviewed showed the objects of study: land use changes, greenhouse gas emissions by grazing and animal waste, emission by enteric fermentation and analysis of overall emissions in micrometeorological scale. It was concluded that national research analyzed, with the exception of studies on land use change, still present exploratory aspects of their topics, showing case studies with the aid of known techniques and questions directed to the mitigation processes.

Traçar o perfil de uma determinada área de pesquisa é uma tarefa subjetiva que precisa ser devidamente orientada para apresentar resultados práticos e úteis para a tomada de decisões. A abordagem qualitativa de análise de textos é recente nas Ciências Agrárias e permite investigar a evolução dos estudos de interesse. A produção de gases de efeito estufa (GEE) é um fenômeno importante e vem ganhando destaque mundial. Pesquisadores de diversas comunidades científicas desenvolvem técnicas para quantificar a emissão de gases, motivados por diferentes questões sociais, políticas e ambientais. No Brasil, a pecuária bovina exerce pressão quanto à necessidade de conhecer as emissões e quantificá-las, pois a atividade é considerada uma fonte significativa de GEE, o que pode ser prejudicial aos exportadores brasileiros. A população mundial exige produtos de qualidade e eticamente viáveis, do ponto de vista do bem estar animal e da sustentabilidade do meio ambiente e isto será o que motivará o consumo consciente e sustentável. O objetivo desse trabalho foi identificar as estratégias de quantificação dos GEE produzidos in situ, por meio de técnicas de mensurações de gases e outras metodologias que acusam o uso da terra pela pecuária bovina. Realizaram-se buscas exaustivas nas bases de dados Google Scholar, Portal Capes, Biblioteca Brasileira Digital de Teses e Dissertações, ISI web of Science e CAB abstracts, no período de publicação de 2000 a 2010 para a recuperação de textos nacionais e de 2005 a 2010 para textos de referência internacional. Após os testes para a estratégia de busca e leitura dos textos, foram selecionados 79 estudos, 27 nacionais e 52 internacionais. Os temas revisados mostraram objetos de estudo como a mudança e uso da terra, emissão de gases por pastagem e dejetos de animais, emissão por fermentação entérica e análise de emissões gerais em escala micrometeorológica. Concluiu-se que as pesquisas nacionais analisadas, exceto estudos sobre mudança e uso da terra, ainda apresentam aspectos exploratórios sobre seus temas, mostrando estudos de casos com o auxílio de técnicas conhecidas e questionamentos direcionados aos processos de mitigação. / To trace a profile of a particular area is a subjective task that needs to be properly oriented to show practical and useful results for decisions. The qualitative approach of papers analysis is recent in Agricultural Sciences and it is is a way to know about the evolution of interest theme. The production of greenhouse gases (GHG) is an important phenomenon and has gained prominence in the world. Researchers from various scientific communities develop techniques to quantify the emissions, motivated by social, political and environmental questions. In Brazil, the livestock industry press about the need to know emissions and quantify it, because the activity is considered a significant source of greenhouse gases, which can be harmful to Brazilian exporters. The world population requires quality and ethically viable products, from the viewpoint of animal welfare and environmental sustainability, this is what will motivate the awareness and sustainable consumer. The aim of this study was to identify strategies for GHG quantification in situ, through measuring gases techniques and other methodologies that accuse the land use for cattle livestock. Exhaustive searches in the databases: Google Scholar, Portal Capes, Biblioteca Brasileira Digital de Teses e Dissertações (BDTD), ISI Web of Science and CAB abstracts, looking for national publication from 2000 to 2010 and from 2005 to 2010 to international publications were made. After testing for the search strategy and reading the texts, 79 studies were selected, 27 national and 52 international. The topics reviewed showed the objects of study: land use changes, greenhouse gas emissions by grazing and animal waste, emission by enteric fermentation and analysis of overall emissions in micrometeorological scale. It was concluded that national research analyzed, with the exception of studies on land use change, still present exploratory aspects of their topics, showing case studies with the aid of known techniques and questions directed to the mitigation processes.

Aquesta Tesi Doctoral té com objectius principals l’estudi d’Helicobacter pylori en mostres aquàtiques de Catalunya, en aigües procedents de sistemes dentals de consultes de dentistes, en saliva i en femtes de pacients amb símptomes gastrointestinals mitjançant el mètode de la PCR. També es va estudiar la supervivència d’Helicobacter pylori en aigua dolça usant un model de laboratori aplicant diferents tècniques d’anàlisi i es va interpretar el canvi de morfologia, la viabilitat i la culturabilitat de la bactèria així com la detecció i quantificació del seu ADN durant un període de temps concret. Per aconseguir aquests objectius, primer es va escollir la llet descremada al 40% v/v com a millor crioprotector i el medi agar Columbia suplementat amb 5% de sang desfibrinada de cavall com a medi de cultiu. Durant el desenvolupament de la tesi es va millorar la tècnica de PCR escollida inicialment basada amb l’estudi de Clayton i col•laboradors (1992) on s’usaven els iniciadors HPU1 i HPU2 en la PCR pel gen ureA, gen estructural de l’enzim ureasa. La tècnica de la hibridació seguida per aquests investigadors es va substituir per una segona PCR ja que aquesta permetria obtenir resultats més ràpidament. En aquesta PCR semiimbricada es va introduir un tercer iniciador intern, HPUI1, i mantenint HPU2 com a extern. Pel gen 16S rRNA, gen usat per a la detecció del gènere Helicobacter, es van usar els iniciadors 1F i 1R per a la primera PCR i els 1F i 2R per a la PCR semiimbricada. El mètode d’extracció escollit en aquest treball basat en partícules de sílice i tiocianat de guanidina descrit per Boom i col., (1990) i l’optimització de les barreges de reacció de les PCR semiimbricades pel gen ureA i 16S rRNA van permetre detectar 50 UPF/mL i 2-20UFC/mL, respectivament. Es va determinar la presència de H.pylori en mostres fecals humanes aplicant dos mètodes: mètode antigènic HpSA i l’amplificació del gen ureA. Amb el mètode molecular es va detectar la presència de ADN de H. pylori en 12 mostres i va mostrar un 75% de coincidència amb els resultats obtinguts amb el mètode antigènic HpSA. També es va determinar la presència de H. pylori a aigües amb diferent de nivell de contaminació fecal. Es va amplificar ADN d’aquesta espècie en un 30% de les mostres d’aigua residual, un 8,34% de les mostres d’aigua de riu de Catalunya i no es va detectar en aigua de font. L’estudi de supervivència de H. pylori a l’aigua en la foscor i a 7ºC es va demostrar que el recompte de bacteris i el número de genomes es manté constant durant tot el període d’estudi, 21 dies. La detecció per PCR també va ser positiva i constant durant aquest període. No obstant això, les cèl•lules només es van mantenir cultivables fins al sisè dia d’emmagatzematge. També es va observar una conversió morfològica de les cèl•lules bacterianes passant de la forma espiral a cocal amb el pas del temps. L’estudi de la morfologia cel•lular en un tall vertical d’una colònia d’H. pylori de 4 dies va mostrar la coexistència de cèl•lules amb morfologia bacil•lar i coccal. L’anàlisi de la saliva de 31 persones sanes va evidenciar la presència d’aquest bacteri en la boca de 6% de la població analitzada. La anàlisi feta amb la PCR semiimbricada per al gen 16S rRNA va identificar la presència d’aquest gen en 19 persones però la seqüenciació dels amplicons del gen ureA només va confirmar la presència de H. pylori en tres mostres. L’anàlisi de 31 mostres d’aigua procedents de les corresponents cadires no va mostra la presència del patogen. / This thesis has as main objectives the study of Helicobacter pylori in water samples from Catalonia, saliva and human feces using the PCR method. Also studied survival, morpholgy, viability and culturability of Helicobacter pylori in water. We first chose skim milk at 40% v / v as cryoprotectant and Columbia agar supplemented with 5% horse blood desfibrinada as a medium. We used a seminested PCR for ureA gene with HPU1 and HPU2 primers for the first PCR and HPUI1 and HPU2 for the second PCR. By gene 16S rRNA, we used the 1F and 1R primers for the first PCR and 1F and 2R for the second PCR. Using a silica and guanidine extraction method and optimization of the seminested PCR reaction mixtures for urea and 16S rRNA genes were detected 50 UPF / mL and 2-20UFC/mL respectively. H.pylori was detected in 12 human fecal samples. DNA of H.pylori was amplified in 30% of samples of wastewater, a 8.34% of the samples of river water in Catalonia and was not detected in spring water. The bacterial count and the number of H.pylori genomes remains constant throughout the study period, 21 days water in the dark at 7 ° C. The detection by PCR was also positive and constant during this period. The cells remained culturable only until the sixth day of storage. We observed morphological conversion of bacterial cells through the spiral to cocal over time. The study of cell morphology in a vertical section of a colony of H.pylori showed the coexistence of cells with bacillary and coccal morphology. The analysis of saliva from 31 healthy individuals showed the presence of this bacterium in the mouth of 6% of the analyzed population but we urea only confirmed the presence of H.pylori in three samples by sequencing.

Esta tesis ha permitido poner a punto una metodología de extracción y amplificación de ADN de pájaros a partir de excrementos de murciélago, sentando las bases moleculares para poder arrojar un halo de luz sobre la composición aviar de las dietas, método de caza empleado y selección de las presas de 2 de las 3 especies de murciélagos del Paleártico que complementan su dieta insectívora consumiendo aves durante los desplazamientos migratorios nocturnos de paserifomes.