Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-10-05T19:11:50Z No. of bitstreams: 1 CamilaCristinaGuimaraesNobre_DISSERT.pdf: 3735111 bytes, checksum: 1da00d1e44ef4ca4da5192f63cc4d5e6 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-10-17T21:08:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CamilaCristinaGuimaraesNobre_DISSERT.pdf: 3735111 bytes, checksum: 1da00d1e44ef4ca4da5192f63cc4d5e6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-17T21:08:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CamilaCristinaGuimaraesNobre_DISSERT.pdf: 3735111 bytes, checksum: 1da00d1e44ef4ca4da5192f63cc4d5e6 (MD5) Previous issue date: 2017-05-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O c?ncer do colo do ?tero ? o terceiro tipo de c?ncer mais frequente em mulheres no Brasil, sendo a sua frequ?ncia menor apenas do que aquelas observadas para o c?ncer de pele n?o-melanoma e c?ncer de mama. O fator inibit?rio da migra??o de macr?fagos (MIF) ? produzido por diferentes tipos de c?lulas e participa de uma cadeia complexa de eventos que favorece o processo de carcinog?nese, sendo poss?vel observar um alto n?vel de express?o em quase todos os tipos de c?ncer humano, entre eles o c?ncer do colo do ?tero. O MIF tamb?m induz um aumento dose dependente na excre??o do fator de crescimento de endot?lio vascular (VEGF), que promove a angiog?nese, o crescimento tumoral e a migra??o dessas c?lulas no c?ncer do colo do ?tero. O objetivo deste estudo foi investigar a express?o de MIF e VEGF em pacientes que apresentam ou n?o les?es do colo do ?tero, no intuito de identificar a exist?ncia de uma rela??o direta entre a presen?a dos marcadores MIF e VEGF com o grau da les?o da paciente, bem como, com a presen?a do papilomav?rus humano (HPV). Foram inclu?das no estudo 45 mulheres que haviam sido encaminhadas para a Maternidade Escola Janu?rio Cicco com suspeita de les?es na c?rvice uterina. As pacientes que aceitaram participar do estudo responderam a um question?rio, para obten??o de dados s?cio-demograficos, seguido de exame cl?nico. Das mulheres que se submeteram a colposcopia, foram coletados dois fragmentos de tecido do colo do ?tero, um para an?lise histopatol?gica e outro para detec??o do HPV por PCR convencional. A express?o dos biomarcadores, MIF e VEGF, foi detectada pela t?cnica de imuno-histoqu?mica. A ?rea positiva de cada biomarcador foi lida e quantificada utilizando o programa ImageJ?, e o resultado foi analisado atrav?s dos programas de estat?stica SPSS? Statistics e GraphPad Prism. Das 45 pacientes inclu?das no estudo, 20% apresentaram resultado do exame dentro dos padr?es da normalidade, enquanto que 80% apresentaram algum tipo de altera??o no exame; sendo 35,55% les?es intraepiteliais de baixo grau (LIEBG) e 44,44% les?es intraepiteliais de alto grau (LIEAG). A taxa de preval?ncia global de infec??o genital pelo HPV foi de 80%, sendo 86,1% em pacientes com les?o. A express?o m?dia do VEGF e do MIF tiveram um aumento gradativo quando comparado entre as pacientes normais, LIEBG e LIEAG, correspondendo respectivamente aos seguintes valores, 19,62, 41,59 e 55,42 para o VEGF e 4,36, 9,44 e 22,86 para MIF. Foi poss?vel verificar uma correla??o positiva entre a express?o de MIF e VEGF (r = 0,523, p = <0,001). Por meio deste trabalho p?de-se concluir que o VEGF e o MIF est?o correlacionados e envolvidos no processo de displasia cervical, aumentando a sua express?o conforme ocorre a progress?o da les?o. No entanto, n?o foi poss?vel encontrar associa??o entre a presen?a do HPV e os n?veis de MIF e VEGF. / The cervical cancer is the third most frequent type of cancer in women in Brazil, and its frequency is only lower than those observed for non-melanoma skin cancer and breast cancer. Macrophage migration inhibitory factor (MIF) is produced by different cell types and participates in a complex chain of events that favors the process of carcinogenesis, being possible to observe a high expression level in almost all types of human cancer, such as in cervical cancer. MIF also induces a dose-dependent increase in the excretion of vascular endothelial growth factor (VEGF), which promotes angiogenesis, tumor growth and migration of these cells in cervical cancer. The objective of this study was to investigate the expression of MIF and VEGF in patients with or without cervical lesions, in order to identify the existence of a direct relationship between the presence of those markers with the degree of the lesion of the patient, as well, as with the presence of human papillomavirus (HPV). The study included 45 women who had been referred to the Maternity School Janu?rio Cicco with suspected lesions of the uterine cervix. Patients who accepted to participate in the study answered a questionnaire to obtain socio-demographic data, followed by clinical examination. Patients who agreed to participate in the study answered a questionnaire to obtain socio-demographic data, followed by clinical examination. Two cervix tissue fragments were collected from the women who underwent colposcopy, one for histopathological analysis and the other for HPV detection by conventional PCR. The expression of the biomarkers, MIF and VEGF, was detected by the immunohistochemical technique. The positive area of each biomarker was read and quantified using the ImageJ? program and the result was analyzed using the statistical program SPSS? Statistics and GraphPad Prism. Of the 45 patients included in the study, 20% showed no lesions, while 80% had some type of alteration in the exam; being 35.55% low-grade squamous intraepithelial lesion (LSIL) type and 44.44% highgrade squamous intraepithelial lesion (HSIL) type. The overall prevalence rate of genital HPV infection was 80%, with 86.1% in patients with lesions. Mean VEGF and MIF expression increased gradually when compared to normal patients, LSIL and HSIL, respectively, corresponding to the following values: 19.62, 41.59 and 55.42 for VEGF and 4.36, 9, 44 and 22.86 for MIF. A positive correlation between MIF and VEGF expression was found (r = 0.523, p = <0.001). Through this work it was concluded that VEGF and MIF are correlated and involved in the cervical dysplasia process, increasing its expression as the lesion progresses. However, it was not possible to find an association between the presence of HPV and the levels of MIF and VEGF.

O estudo da diversidade viral em amostras ambientais tem se tornado cada vez mais importante devido a funções-chave desempenhadas por esses organismos. Estudos recentes têm fornecido evidências de que vírus de bactérias (bacteriófagos) podem ser os principais determinantes em ciclos biogeoquímicos de grandes ecossistemas, além de atuarem no fluxo de genes entre comunidades ambientais e na plasticidade funcional das mesmas frente a estresses ambientais. Neste trabalho, propomos a investigação e caracterização da diversidade viral presente em amostras de compostagem através de abordagens não dependentes e dependentes de cultivo. Na primeira abordagem, coletamos amostras seriadas de uma unidade de compostagem do zoológico de São Paulo para realização de sequenciamento metagenômico. O conjunto de sequências gerado foi extensivamente minerado (data-mining) para a produção de resultados de diversidade e abundância de táxons virais ao longo do processo de compostagem. Adicionalmente, procedemos com a montagem e recuperação de sequências virais candidatas a genomas completos e/ou parciais de novos vírus ambientais. Os dois protocolos computacionais utilizados para a mineração de dados encontram-se definidos e automatizados, podendo ser aplicados em quaisquer conjuntos de dados de sequenciamento metagenômico ou metatranscritômico obtidos através da plataforma Illumina. A segunda abordagem correspondeu ao isolamento e caracterização de novos fagos de Pseudomonas obtidos de amostras de compostagem. Três novos fagos foram identificados e tiveram os seus genomas sequenciados. A caracterização genômica desses fagos revelou genomas com alto grau de novidade, insights sobre a evolução de Caudovirales e a presença de genes de tRNA, cuja função pode estar relacionada com um mecanismo dos fagos para contornar o viés traducional apresentado pela bactéria hospedeira. A caracterização experimental dos novos fagos isolados demonstrou grande potencial para lise e dissolução de biofilme da cepa Pseudomonas aeruginosa PA14, conhecida como agente causador de infecções hospitalares em pacientes imunodeprimidos. Em suma, os dados reunidos nesta dissertação caracterizam a diversidade presente no viroma da compostagem e contribuem para o entendimento dos perfis taxonômico, funcional e ecológico do processo. / The study of the viral diversity in environmental samples has become increasingly important due to key-roles that are performed by these organisms in our ecosystems. Recent publications provide evidence that viruses of bacteria (bacteriophages) may be key-players in biogeochemical cycles of large ecosystems, as oceans and forests. Besides, they may also be determinant in the genes flux among populations and in the plasticity of the communities face to environmental stresses. In this work, we propose the investigation and characterization of the viral diversity in composting samples through non-culturable and culturable-dependent approaches. In the first approach, we sampled a composting unit from the Sao Paulo Zoo Park in different time points and proceeded with metagenomic sequencing. The dataset generated was extensively mined to provide results of diversity and abundance of viral taxa through the composting process. Additionally, we proceeded with the assembly and retrieval of candidate sequences to partial or/and complete viral genomes. The two computational protocols were automatized as pipelines and can be applied to any metagenomic dataset of illumina reads. The second approach refers to the isolation and characterization of new Pseudomonas phages obtained from composting samples. Three new phages were identified and their genomes were sequenced. A detailed characterization of these genomes revealed high degree of novelty, insights about evolution of tailed-phages and the presence of tRNA genes, which may be related to a mechanism to bypass host translational bias. The experimental characterization of the new phages demonstrated great potential to lyse bacterial cells and to degrade Pseudomonas aeruginosa PA14 biofilms. In short, the data presented in this dissertation shed light to the composting virome diversity, as well as to the functional and ecological profiles of viruses in the composting environment.