O papel dualístico exercido por Enterococcus na natureza estimula a pesquisa dos fatores que determinam sua virulência. O objetivo desse estudo foi investigar a distribuição de genes envolvidos com fatores de virulência entre isolados de Enterococcus e sua correlação com a capacidade de formação de biofilme e confirmar a identificação de E. casseliflavus e E. gallinarum por PCRRFLP. Foram analisados 66 isolados clínicos e 70 alimentares quanto a presença dos genes gelE, esp, agg, ace e cylA por PCR e atividade de gelatinase e citolisina. Isolados clínicos apresentaram maior incidência de fatores de virulência quando comparados com alimentares, exceto para os genes gelE e ace. Em ambas amostragens houve a ocorrência de isolados positivos para os genes gelE e cylA, porém sem atividade enzimática, indicando a presença de genes silenciosos. A maioria dos isolados apresentou capacidade de formação de biofilme, entretanto não houve uma correlação entre os genes analisados e o fenótipo de formação de biofilme, porém é possível que o gene ace e gelE atuem como potencializadores na formação de biofilmes em Enterococcus. Para testar a técnica de PCR-RFLP, 32 e 20 isolados de E. gallinarum e E. casseliflavus, respectivamente, identifcados bioquimicamente foram avaliados. O fragmento de 661 bp correspondente a uma região conservada do 16S rDNA foi clivado com HinfI e 47% E. gallinarum e 25% E. casseliflavus apresentaram fragmentos de 589bp e 72bp, padrão esperado para o PCR-RFLP. Assim sendo, a PCR-RFLP mostrou ser uma ferramenta molecular útil na confirmação das espécies E. casseliflavus e E. gallinarum. / The dualistic role played by enterococci in the nature, encourages the study of virulence factors. The aim of this study was to investigate the distribution of genes involved in virulence among Enterococcus isolates and to correlate with biofilm formation ability and to confirm the identification of Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavus isolated from clinical and food samples by PCR-RFLP. Sixty six clinical and 70 food isolates were analyzed for the presence of gelE, esp, agg, ace and cylA genes by PCR and the gelatinase and cytolysin activities. Clinical isolates showed a higher incidence of virulence factors when compared to food isolates, except for gelE and ace genes. In both samples was observed the occurrence of isolates positive for gelE and cylA genes, but with no enzymatic activities, indicating the presence of silent genes. Most isolates showed ability to form biofilm, although there was no correlation between the presence of the genes and the phenotype of biofilm formation, but it is possible that ace and gelE genes perform as enhancers in biofilm formation in Enterococcus. To test the PCR-RFLP tecnhique, 32 and 20 strains identified by conventional biochemical exams as E. casseliflavus E. gallinarum, respectively, were were submitted to PCR amplification and digested with HinfI.. The DNA fragment of 661 bp corresponding to a conserved region of 16S rDNA was cleaved with HinfI and 47% and 25% of E. gallinarum and E. casseliflavus showed DNA fragments of 589 bp and 72 bp, expected for PCR-RFLP. Thus, PCR-RFLP proved to be a useful molecular tool for confirmation the E. casseliflavus and E. gallinarum species.

A distribuição das espécies de enterococos, bactérias comensais do trato gastrointestinal (TGI), é bastante estudada nos diferentes mamíferos; entretanto, em lobos-marinhos (Arctocephalus spp.) ainda não existem dados. Os objetivos do estudo foram: a) isolar Enterococcus spp. a partir de amostras fecais de lobos-marinhos encontrados no litoral norte do Rio Grande do Sul; b) determinar a prevalência das espécies; c) avaliar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana; d) verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; e) analisar o perfil genotípico por RAPD-PCR. No total, 160 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (50,62%), E. hirae (34,37%), E. casseliflavus (11,87%), E. gallinarum (1,87%), E. mundtii (0,62%) e E. faecium (0,62%). Noventa e três isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. As propriedades de resistência foram encontradas para eritromicina (21,25%), nitrofurantoína (15,62%), tetraciclina (6,25%), norfloxacina (3,12%) e ciprofloxacina (3,12%). Dentre os 10 isolados resistentes à tetracilina, 3 apresentaram o gene tet(M) e nenhum o tet(L). Dos 34 resistentes à eritromicina, 2 apresentaram o gene erm(B). Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes ace (66,87%) e gelE (50,62%), seguidos por asa (11,87%) e cylA (2,5%). A atividade de gelatinase e citolisina indicou a presença de genes silenciosos. A análise do RAPD-PCR permitiu reunir os isolados em cinco grupos. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do TGI de lobos-marinhos e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionados a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / The species distribution of enterococci, commensal bacteria of the gastrointestinal tract (GIT), is well studied in different mammals, however in fur seals (Arctocephalus spp.) data do not exist yet. The objectives of this study were: a) to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of fur seals found on the North coast of Rio Grande do Sul; b) to determine the prevalence of species; c) to assess the antimicrobial susceptibility profile; d) to check the presence of resistance and virulence related genes and; e) to evaluate the genotypic profile by RAPD-PCR. A total of 160 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (50.62%), E. hirae (34.37%), E. casseliflavus (11.87%), E. gallinarum (1.87%), E. mundtii (0.62%), and E. faecium (0.62%). Ninety-three isolates were susceptible to 10 antimicrobials tested. Resistance properties were found for erythromycin (21.25%), nitrofurantoin (15.62%), tetracycline (6.25%), norfloxacin (3.12%), and ciprofloxacin (3.12%). Among the 10 isolates resistant to tetracycline, 3 harbored the tet(M) gene and none were positive to tet(L) gene. Among the 34 erythromycin-resistant isolates, 2 harbored the erm(B) gene. Regarding the virulence genes, a higher incidence was observed for the ace (66.87%) and gelE (50.62%), followed by asa (11.87%) and cylA (2.5%). Gelatinase and cytolysin activity indicated the presence of silent genes. Analysis of RAPD-PCR allowed to assemble the isolates into five groups. In conclusion, different species of enterococci are part of the fur seals GIT microbiota and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or origin in the environmental resistome.

Orientador: Jose Francisco Hofling / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-05T03:02:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Barros_LetiziaMonteiro_D.pdf: 1457309 bytes, checksum: df3cfd98d740cdfc928e9c7b1e4a3c89 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Candida spp. são leveduras oportunistas, que habitam a cavidade bucal de uma proporção significativa da população saudável. Entretanto, sob condições predisponentes, podem provocar candidose bucal. Foram avaliados 53 pacientes com diagnóstico de periodontite, porém saudáveis sistemicamente, com o objetivo de verificar a ocorrência destes microrganismos em 3 sítios distintos: bolsa periodontal, sulco gengival e mucosa bucal. As amostras foram semeadas em meio cromogênico seletivo, e a identificação de C. albicans e C. dubliniensis foi feita por PCR. Vinte e um pacientes (39,6%) foram positivos para Candida spp. Não houve diferença significativa na freqüência de colonização entre os gêneros (teste , p= 0,5922), ou entre os sítios (teste , p= 0,1287). Entretanto, as bolsas periodontais foram mais densamente povoadas (UFC/mL) do que os outros sítios (teste ANOVA, p=0,0319), podendo ser consideradas, assim, um bom reservatório para estas leveduras. C. albicans, foi a espécie prevalente, em relação às demais (teste exato de Fischer; p=0,0088). C. dubliniensis ocorreu em um paciente, nas bolsas periodontais. A diversidade genética de C. albicans e C. dubliniensis foi analisada pelo método de RAPD, utilizando dois primers arbitrários (OPA-03 e AP-03), sendo detectados 16 tipos eletroforéticos distintos entre os 156 isolados de C. albicans e de um tipo eletroforético entre os três isolados de C. dubliniensis. Não houve diferença significativa entre os sítios (teste ANOVA, p=0,6431), nem entre os gêneros (teste t de student, p=0,892), quanto à diversidade genotípica de C. albicans. Todos os isolados apresentaram atividade enzimática de aspartil proteinases (Saps) e de fosfolipases, podendo ser considerados, portanto, potencialmente patogênicos. A propagação sistêmica de linhagens potencialmente patogênicas de C. albicans e C. dubliniensis, assim como de outras espécies do gênero, poderia ser favorecida em determinados grupos populacionais, especialmente quando as bolsas periodontais se apresentassem densamente colonizadas. Estudos longitudinais seriam necessários, para acessar o grau de manutenção dessas linhagens, em diferentes populações, incluindo a avaliação dos fatores de virulência e da susceptibilidade a agentes antifúngicos, bem como verificar a eficácia da terapia periodontal no controle e/ou eliminação dessas espécies da cavidade bucal / Abstract: Candida spp. are opportunistic yeasts that are able to inhabit the oral cavity of a high proportion of the healthy people. However, under predisponent condictions, Candida species are associated many forms of oral candidoses. A total of 53 patients with periodontitis, without systemic disease, were evaluated to verify the occurrence of this microorganism in three different sites: periodontal pocket, gingival sulci and oral mucosa. The samples were plated on chromogenic medium, and C. albicans and C. dubliniensis were identified by PCR Twenty-one volunteers (39.6%) were positive to Candida spp. in one or more sites. No statistical differences were detected between the genders, male or female ( , p= 0.5922), or sites ( , p= 0.1287). Periodontal pockets were more heavily populated (CFU/ml) than other sites (ANOVA, p=0.0319), so may be considered a yeast reservoir. It was found a higher prevalence of C. albicans compared to other species (Fischer test, p=0.0088). C. dubliniensis were recovered from the periodontal pocket from one patient. The genotypic diversity of Candida albicans and C. dubliniensis were analyzed by RAPD, using two arbitrarily primers (OPA-03 and AP-03), and 16 electrophoretic types were detected among 156 isolates of C. albicans and one electrophoretic type among three isolates of C. dubliniensis. There was no statistical difference among the analyzed sites (ANOVA, p=0.6431), neither between of gender (student t test, p=0.892) related with the genotypic diversity of C. albicans. All isolates showed enzymatic activity of aspartil proteinase (Saps) and phospholipase, so may be considered potentially pathogenic. Systemic propagation of commensal C. albicans, C. dublinienesis, and other species, would be favor in some population, especially in heavily populated periodontal pockets with Candida spp. Longitudinal studies must be done to establish the lineage maintenance in a different population and forms of periodontal disease, including the evaluation of virulence factors, antifungal susceptibility, and to assess the efficacy of different periodontal treatment to eliminate this species from the oral cavity / Doutorado / Microbiologia e Imunologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Orientador: Tomomasa Yano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T01:56:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mantovani_RebecaPassarelli_M.pdf: 3691454 bytes, checksum: 62da767a8ae513cf2860f407c915aae6 (MD5) Previous issue date: 2018-08-18T22:55:56Z / Resumo: Fibrose cística (FC) é uma doença genética, autossômica recessiva, caracterizada por anormalidade no transporte eletrolítico. Achromobacter xylosoxidans é um bacilo Gram-negativo, não-fermentador e nos últimos anos tem sido encontrado em pacientes com FC, levando à doença pulmonar crônica. Neste estudo foram analisadas 17 amostras de A.xylosoxidans, isoladas de pacientes do Ambulatório de Fibrose Cística do Hospital das Clínicas (HC) da UNICAMP-SP. Os isolados foram analisados quanto as suas propriedades de virulência: atividade hemolítica, presença de hemaglutinação, atividade enzimática (caseinase, esterase, lecitina e hidrolise de elastina), adesão em célula, formação de biofilme e produção de atividade citotóxica. As amostras produziram hemolisinas, hemaglutininas e atividades enzimáticas. Catorze amostras de A.xylosoxidans (78%) formaram biofilme em microplacas, o que sugere o seu potencial em formar biofilme em cateteres e sondas. Entretanto essas bactérias não aderiram em células de pulmão NCI-H292 nas condições utilizadas. Os sobrenadantes de cultura de A.xylosoxindas apresentaram atividade citotóxica termoestável sobre célula NCI-H292, induzindo a formação de vacúolos, perda de contato celular, condensação da cromatina, núcleos picnoticos e morte celular. Foi verificado que a atividade citotóxica foi mantida mesmo após o tratamento dos sobrenadantes com polimixina B, sugerindo não ser uma endotoxina Ensaios de ELISA demonstraram significativa produção de IL-6 e IL-8 pelas células NCI-H292 após 24 horas de incubação com a fração >50kDa do sobrenadante de cultura da bacteria. Os resultados sugerem que o fator citotóxico produzido por A. xylosoxidans apresenta um importante papel na virulência, o qual provavelmente está associado à inflamação pulmonar crônica em pacientes com FC, levando a danos teciduais e declínio da função pulmonar / Abstract: Cystic fibrosis is a genetic disease, autosomal recessive, characterized by abnormal electrolyte transport. Achromobacter xylosoxidans is a Gram-negative non-fermenter and in recent years has been found in CF patients, leading to chronic lung disease. These studies were analyzed 17 samples of A.xylosoxidans isolated from patients in the Cystic Fibrosis Clinic, HC UNICAMP-SP. The isolates were analyzed for their virulence properties, such as haemolytic activity, the presence of hemagglutination, enzyme activity (caseinase, esterase, lecithin and hydrolysis of elastin), cell adhesion, biofilm formation and production of cytotoxic activity. The presence of hemolysins, hemagglutinins and enzymatic activities were not detected. Fourteen samples (78%) of A.xylosoxidans formed biofilms in microplates, suggesting the ability of bacteria to form biofilms on catheters and probes, but there was no adhesion in NCI-H292 cell lung. The culture supernatants of A.xylosoxindas isolated produced a heatstable cytotoxic factor in NCI-H292 cells, inducing the formation of vacuoles, loss of cell contact, chromatin condensation, pyknotic nuclei and cell death. ELISA assays to verify the release of IL-6 and IL-8, showed great production of these proinflammatory cytokines by NCI-H292 cells after 24 hours of incubation with the fraction> 50 kDa of culture supernatant of bacteria. It was also verified that the cytotoxic activity was maintained even after treatment with polymyxin B, suggesting may be not an endotoxin. Therefore, this cytotoxic factor produced by A. xylosoxidans may represent an important virulence factor, which is probably associated with chronic pulmonary inflammation in CF patients, leading to tissue damage and decline in lung function, decreasing the survival of these patients / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientadores: José Murilo Robilotta Zeitune, Sandra Cecília Botelho Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T12:37:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roesler_BrunaMaria_D.pdf: 2549394 bytes, checksum: 8534c8dd497e83d0a6b58932dcf0c4cf (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: O entendimento acerca da carcinogênese gástrica, que é um processo multifatorial, avançou consideravelmente nas últimas décadas, especialmente no que diz respeito ao papel do Helicobacter pylori no desenvolvimento das lesões pré-cancerosas e na neoplasia propriamente dita, tanto em seu estágio precoce quanto avançado. O H. pylori é uma bactéria gram-negativa, classificada como carcinógeno tipo I pela IARC e que possui um alto grau de diversidade genética, assim como importantes fatores de virulência, o que pode ser verificado através das diferentes cepas encontradas nas doenças do trato gastrointestinal. A determinação, portanto, das cepas mais virulentas, responsáveis, pelo menos teoricamente, pelo desenvolvimento das doenças gástricas mais graves, é de vital importância tanto para estudos epidemiológicos quanto para a determinação de quais são os pacientes com maior probabilidade de desenvolvimento do câncer gástrico, que permanece como um grave problema de saúde pública. No presente estudo foram comparadas cepas da bactéria prevalentes em amostras de tecido gástrico provenientes de pacientes com diagnóstico de adenocarcinoma gástrico distal do tipo intestinal precoce e avançado através do uso de técnicas de biologia molecular para avaliar diferentes regiões genômicas da bactéria: genes ureaseC, vacA (regiões s e m), cagA, cagT e dupA (regiões jhp0917 e jhp0918). Os resultados obtidos foram semelhantes tanto para os casos precoces quanto avançados da doença, porém, uma relação estatisticamente significativa foi encontrada entre o gene cagA e o adenocarcinoma avançado. Em geral, as cepas foram classificadas como vacA s1m1, cagA positivas, cagT positivas e dupA negativas, concluindo-se que cepas com o genótipo vacA s1m1 cagA positivo e cagT positivas podem ser consideradas mais virulentas. Além disso, conclui-se que o gene dupA, apesar de pouco presente nas amostras de câncer gástrico estudadas, não pode ser considerado um marcador exclusivo da úlcera duodenal, como descrito inicialmente / Abstract: The understanding of gastric carcinogenesis, that is a multifactorial process, has advanced considerably in recent decades, especially with regard to the role of Helicobacter pylori in the development of precancerous lesions and cancer, both in its early or advanced stage. H. pylori is a gram-negative bacteria, classified as a group I carcinogen by the IARC and it has a high degree of genetic diversity, as well as important virulence factors, which can be verified through the different strains present in gastrointestinal diseases. Therefore, determination of the most virulent strains, responsible, at least theoretically, for the development of the most severe diseases, as gastric adenocarcinoma, is of fundamental importance for epidemiological studies and for determination of the patients with high probability for development of the disease, which remains as a serious public health problem. In the present study they were compared strains of the bacteria prevalent in early and advanced gastric distal type intestinal adenocarcinoma through molecular biology techniques to evaluate different regions of bacterium genoma: urease C, vacA (regions s and m), cagA, cagT and dupA (jhp0917 and jhp0918 regions) genes. The results were similar for both early and advanced cases of the disease, however, a statistically significant relationship was found between the cagA gene and advanced adenocarcinoma. In general, the strains were classified as vacA s1m1, cagA positive, cagT positive and dupA negative, conducting that strains with the genotype vacA s1m1, cagA positive and cagT positive may be considered more virulent. Moreover, it is concluded that the dupA gene, although found in a little proportion of the gastric cancer H. pylori strains, can not be considered an exclusive marker for duodenal ulcer, as described earlier / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Enterococcus estão presentes no trato gastrointestinal (TGI) de animais vertebrados e invertebrados, os quais podem adquirir estas bactérias através de mecanismos de transferência horizontal e vertical de micro-organismos. Pesquisas recentes descreveram a presença de Enterococcus em lepidópteros, porém estudos com borboletas do gênero Heliconius são escassos. Este trabalho teve como objetivo, a partir de uma bacterioteca de 178 Enterococcus sp. previamente isolados de fezes de imaturos de Heliconius erato phyllis detectar a presença de genes de resistência e virulência por PCR; avaliar fenotipicamente os fatores de virulência e a produção de compostos com atividade antimicrobiana; e avaliar o perfil clonal das cepas pela técnica de PFGE. Dos 178 enterococos, 55 apresentavam resistência a eritromicina e 11 a norfloxacina e/ou ciprofloxacina, porém não foi detectado nenhum gene relacionado a estes fenótipos de resistência. Quanto aos fatores de virulência testados nos 178 enterococos, 63 isolados amplificaram para o gene esp, 12 para ace e 2 para gelE. Os genes agg e cylA não foram detectados. Na análise fenotípica dos fatores de virulência, os dois E. faecalis positivos para gelE também foram positivos para a degradação da gelatinase e 130 enterococos apresentaram capacidade de hidrolisar hemácias. Para investigar a produção de substância antagonista, foram selecionados 26 enterococos; destes, 15 apresentaram atividade contra a bactéria indicadora Listeria monocytogenes. Oitenta e seis isolados foram selecionados para avaliar a relação clonal por PFGE, e foi possível observar a partir do dendrograma que os enterococos no TGI dos imaturos têm origem alimentar e materna. Conclui-se que os enterococos provenientes de amostras fecais de imaturos de H. erato phyllis possuem poucos genes relacionados a mecanismos de virulência comuns na área clínica. É possível que os Enterococcus produtores de substância antagonista desempenhem um papel importante no equilíbrio das comunidades microbianas do TGI deste inseto, e que ocorra a transferência vertical de micro-organismos das fêmeas para a prole para a espécie H. erato phyllis. / Enterococcus is present in the gastrointestinal (GI) tract of vertebrates and invertebrates, which can acquire these bacteria through mechanisms of horizontal and vertical transfer of microrganisms. Recent research has described the presence of Enterococcus in Lepidoptera, but studies with butterflies of the genus Heliconius are scarce. This study had as objective, from a bacterioteca of 178 Enterococcus sp. previously isolated from fecal samples of immature Heliconius erato phyllis detect the presence of resistance and virulence genes by PCR; phenotypically assess the virulence factors and the production of compounds with antimicrobial activity; and to evaluate the clonal profile of the strains by PFGE. Of the 178 enterococci, 55 were resistant to erythromycin and 11 resistant to norfloxacin and/or ciprofloxacin, however was not detected any gene related to these resistance phenotypes. The virulence factors were tested in 178 enterococci, and 63 isolated amplified for the esp gene, 12 for ace and 2 for gelE. The agg and cylA genes were not detected. In the phenotypic analyzes, both E. faecalis positive to gelE gene were also positive for the degradation of gelatinase, and 130 enterococci showed ability to hydrolyze red blood cells. To investigate the production of antagonistic substance, 26 enterococci were selected and of these, 15 showed activity against the indicator bacteria Listeria monocytogenes. Eighty-six isolates were selected to evaluate the clonal profile by PFGE, and it was possible to observe in the dendrogram that the origin of the enterococci in GIT of immatures was the herbivory and maternal origin. It is concluded that the enterococci from fecal samples of immature H. erato phyllis possess few mechanisms of virulence-related genes, common in the clinical area. It is possible that the antagonistic substance-producing enterococci could play an important role in the equilibrium of the microbial communities of the GIT of this insect, and there is vertical transmission of enterococci from females to their offspring to the specie H. erato phyllis.

Orientador: Leila Trevisan Braz / Resumo: O míldio da alface, causado por Bremia lactucae, é uma das doenças mais importantes dessa cultura, causando inúmeros prejuízos. O surgimento de novas raças torna seu controle desafio constante para os melhoristas de alface, devido à necessidade de sempre buscar novos genes de resistência para o controle da doença. O objetivo deste trabalho foi monitorar as raças de B. lactucae presentes em regiões produtoras de alface do estado de São Paulo, no ano de 2014, e avaliar a sua distribuição no período de 2003 a 2014, a fim de dar suporte ao programa de melhoramento genético de alface da UNESP - FCAV. Amostras de folhas com sintomas de B. lactucae foram coletadas em regiões produtoras do estado de São Paulo, a partir das quais os esporângios foram multiplicados na cultivar Solaris, para então iniciar a fase de diferenciação das raças. A avaliação das diferenciadoras foi realizada quando houve esporulação na cultivar suscetível Green Towers, sendo atribuídos sinais +, (+), - e (-), de acordo com a esporulação observada. Já em relação à distribuição de B. lactucae no período de 2003 a 2014, foi realizado o levantamento da frequências das raças e dos fatores de virulência identificados nesse período. Em 2014, encontraram-se seis raças: SPBl:13, SPBl:14, SPBl:15, SPBl:16, Bl:21 e SPBl:01. No total, foram identificadas 17 raças no estado de São Paulo, entre 2003 e 2014, nos 33 municípios avaliados. A SPBl:01, ocorreu em 35% dos 514 isolados avaliados. Dos 19 fatores de virulência avalia... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The downy mildew of lettuce caused by Bremia lactucae is one of the most important diseases of this crop, causing major damage during the winter season. The occurrence of new races is a constant challenge for lettuce breeders, due the need of always search for new resistance genes for genetic disease control. The aim of this study was to survey the B. lactucae races, in lettuce producing regions in Sao Paulo State in 2014, and its distribution from 2003 to 2014, to support the lettuce genetic breeding program of the UNESP - FCAV. Leaf samples containing symptoms of B. lactucae were collected from producing regions of Sao Paulo State, from which the sporangia were multiplied in Solaris cultivar, and thereafter it was started the stage of races differentiation. The assessment was performed when the differentiating susceptible cultivar Green Towers showed sporulation, being attributed the signs +, (+) - and (-), according to sporulation observed. To assess the distribution of B. lactucae from 2003 to 2014, it was performed a study of the frequency of the races and virulence factors identified in this period. In 2014, it was found six races - SPBl:13, SPBl:14, SPBl:15, SPBl:16, Bl:21 e SPBl:01. In total, 17 races were identified in Sao Paulo State between 2003 and 2014, in 33 municipalities assessed. The race SPBl:01 occurred in 35% of the 514 isolates tested. From the 19 virulence factors assessed, the ones that did not occur in the population of B. lactucae, in Sao Paulo state,... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Um total de 123 isolados de Pasteurella multocida provenientes de suínos foi avaliado através da PCR para pesquisa de genes codificadores de capsula, toxina dermonecrótica e outros fatores de virulência. As amostras foram caracterizadas como tipo capsular A (78,8 %) e tipo capsular D (21%). Nenhum dos isolados foi positivo para presença de toxina dermonecrótica. Os genes codificadores dos fatores de virulência pesquisados foram observados nas freqüências de 93,5 % para nanB, 92,7% para psl, 91,9% para oma87 e nanH, 87,8% para sodA,87% para hghA,83,7% para ompH, 82,9% para sodC, 79,7% para ptfA e exbBD tonB,73,2% para hgbB, 14,6% para pfhA e 4,9% para tbpA. Estes achados são compatíveis com o descrito na literatura internacional. / A total of 123 Pasteurella multocida strains from swine was evaluated through PCR to detect capsular, dermonecrotic toxin codifying genes and others virulence factors. The strains were identified as capsular type A (78.8 %) and capsular type D (21%). None of isolates were positive to dermonecrotic toxin gene. The virulence factors genes were detected in the following frequency: 93.5 % to nanB, 92.7% to psl, 91.9% to oma87 and nanH, 87.8% to sodA, 87% to hghA, 83.7% to ompH, 82.9% to sodC, 79.7% to ptfA and exbBD tonB, 73.2% to hgbB, 14.6% to pfhA and 4.9% to tbpA. These findings were in accordance with international literature.

O presente trabalho teve como objetivo isolar e identificar os microrganismos aeróbicos e a frequência de isolamento de Escherichia coli patogênica ao homem em fezes de cães sem sintomas de colibacilose e assim averiguar a participação do cão como fonte de infeção de colibacilose humana. No período de setembro de 2002 a outubro de 2004, foram coletadas 220 amostras de fezes de animais capturados pelos CCZ de Guarulhos, Cotia e Barueri, cidades do Estado de São Paulo. O método de coleta foi através de swabs estéreis profundamente ao intestino dos animais anestesiados, mantidos sob refrigeração e em caldo BHI. As bactérias foram isoladas por semeadura em Mac Conkey, ágar sangue e Sabouraud. Houve crescimento de microrganismos em 100% delas. Foram isolados os seguintes microrganismos: 120 (54,54%) estirpes de E. coli em cultura pura e 76 (34,54%) estirpes em associação com outros agentes, Proteus mirabilis (2,27%), Klebsiella pneumoniae (2,27%), dentre outros microrganismos. Deve-se ressaltar ainda o isolamento de leveduras (Candida albicans) em associação com outros agentes a partir de 05 (2,27%) amostras de swabs retais. Uma vez isoladas, seus genes de virulência foram detectados por PCR. De um total de 196 estirpes de E. coli isoladas, 123 (62,75%) apresentaram um ou mais dos fatores de virulência estudados. Dessas 196 estirpes, 16 (8,16%) foram positivas para afa, 54 (27,55%) foram positivas para sfa, 38 (19,38%) foram positivas para pap, 66 (33,67%) foram positivas para aer, 31 (15,81%) foram positivas para cnf, 13 (6,63%) foram positivas para hly, 01(0,51%) foi positiva para VT2 e nenhuma das linhagens foi positiva para LT, STa e STb. Os cães aparentemente sadios, sem sintomas de colibacilose, poderiam estar participando da cadeia epidemiológica como reservatórios de E. coli uropatogênica ao homem, pois os genes encontrados com maior número foram aer, sfa e pap presentes em infecções extraintestinais, mais especificamente infecções urinárias. Os cães podem participar como reservatório de estirpes de E. coli resistentes a antimicrobianos. Das amostras de E. coli testadas, 85,64% apresentaram resistência à Cefalotina e 0% de resistência à Norfloxacina. Há a necessidade de mais pesquisas sobre o modo de transmissão das E. coli patogênicas entre o cão e o homem e dos fatores de virulência uropatogênicos encontrados com maior frequência tais como aer, sfa e pap. / The objective of the present study was to isolate and identify aerobic microorganisms and the isolation frequency of E. coli pathogenic to man in faeces of dogs without colibacillosis symptoms and thus to verify the participation of dog as a source of human colibacillosis infection. In the period between September 2002 to October 2004, 220 samples of faeces were collected from animals captured by the CCZ of Guarulhos, Cotia and Barueri, cities in the São Paulo state. The collection method used was barren swabs deeply to the intestine of anesthetized animals, which were kept under refrigeration and in a BHI broth. The bacteria were isolated through sowing in Mac Conkey, agar blood and Sabouraud. In 100% of them there was microorganism growth. The following microorganisms were isolated: 120 (54.54%) E. coli lineages in pure culture and 76 (34.54% lineages in association with other agents, Proteus mirabilis (2,27%), Klebsiella pneumoniae (2.27%,) amongst other microorganisms. The isolation of yeasts (Candida Albicans) in association with other agents from 05 (2.27%) rectal samples swabs must be emphasized. Once isolated virulence genes were detected by PCR. Of a total of 196 isolated lineages of E.coli, 123 (62.75%) presented one or more of the studied virulence factors. Of these 196 lineages, 16 (8.16%) were positive for afa, 54 (27.55%) positive for sfa, 38 (19.38%) positive for pap, 66 (33.67%) positive for aer, 31 (15.81%) positive for caf, 13 (6.63%) positive for hly, 01 (0.51%) positive for VT2 and none of the lineages were positive for LT, Sta and STb. Apparently healthy dogs, without colibacillosis symptoms could be participating in the epidemiological chain as an E. coli reservoir uropathogenic to man, as the genes found with high frequency were aer, sfa and pap present in extraintestinal infections, more specifically urinary infections. The dogs can participate as a reservior of E. coli lineages resistant to antimicrobials. Of the E. coli samples tested, 85,64% presented resistance to Cefalotina and 0% resistance to Norfloxacina. More research is needed on how the transmission of pathogenic E. coli between the dog and man happens and also on the uropathogenic virulence factors found more frequently, such as aer, sfa and pap.

O dermatófito Trichophyton rubrum é um fungo filamentoso, antropofílico que infecta preferencialmente tecidos queratinizados, e é o agente etiológico mais frequentemente isolado em casos de dermatofitoses humanas. Recentemente, este fungo tornou-se a causa de infecções profundas e generalizadas em pacientes imunocomprometidos. As estratégias terapêuticas para controlar esse tipo de infecção apresentam várias limitações, como o aparecimento de linhagens resistentes e o número restrito de alvos celulares disponíveis. Novas estratégias terapêuticas são necessárias, sendo o foco de muitas investigações. Acriflavina é uma droga citotóxica com atividade antifúngica envolvida na inibição da topoisomerase. Embora seja um composto intercalante de DNA, já foi relatada a super expressão de genes que codificam enzimas envolvidas no transporte de elétrons na cadeia respiratória mitocondrial e no transporte de ferro em resposta a esta droga, sugerindo um amplo espectro de efeitos celulares. A fim de melhor compreender seus efeitos moleculares, o objetivo deste trabalho foi avaliar o transcriptoma de T. rubrum em resposta a acriflavina. Os perfis transcricionais em resposta a esta droga foram analisados utilizando a metodologia de RNA-seq empregando o sequenciamento em larga escala SOLiD System. Foram comparadas quatro bibliotecas sendo uma o cultivo de T. rubrum em meio Sabouraud e três períodos de exposição à droga: 3 horas, 12 horas e 24 horas. Foram geradas aproximadamente 200 milhões de reads, as quais foram filtradas e alinhadas no genoma de T. rubrum disponível no Dermatophyte Comparative Database Broad Institute utilizando os algoritmos Bowtie e Tophat. As reads alinhadas foram processadas utilizando os algoritmos Cufflinks e Cuffdiff para estimar a abundancia dos transcritos e testar os genes diferencialmente expressos entre o controle e as condições de exposição à droga. Foram identificados 3.153 genes diferencialmente expressos. Após o estabelecimento de critérios mais estringentes, foram selecionados 490 genes diferencialmente expressos em resposta à droga. Estes genes estão relacionados a vários processos celulares como reações de oxidação e redução, transporte transmembrana, transporte de íons e metais e a patogenicidade. Os genes envolvidos com patogenicidade foram reprimidos, sugerindo que a droga interfira com processos importantes para instalação e manutenção da infecção no hospedeiro. Outros fatores de virulência como genes envolvidos no ciclo do glioxilato, também foram reprimidos pela droga. Além disso, genes da via de biossíntese do ergosterol foram reprimidos pela droga, o que constitui um provável novo mecanismo de ação de acriflavina. Os resultados obtidos nesta análise em larga escala contribuem com a elucidação dos mecanismos moleculares envolvidos na adaptação ao estresse em dermatófitos e podem auxiliar o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas. Além disso, estes resultados contribuem com a anotação do genoma e transcritoma de T. rubrum e outros dermatófitos. / The dermatophyte Trichophyton rubrum is an anthropophilic filamentous fungus that infects keratinized tissues and is the most common etiologic agent isolated in cases of human dermatophytoses. Recently, it has become the cause of deep and widespread infections in immunocompromised patients. Therapeutic strategies to control these infections have several limitations, such as the appearence of resistant strains and the limited number of antifungal cellular targets. New therapeutic strategies are necessary, being the focus of many investigations. Acriflavine is a cytotoxic drug with antifungal activity involved in topoisomerase inhibition. Although it presents DNA intercalating properties, it has already been reported the over-expression of genes coding for enzymes involved in mitochondrial respiratory-electron transport and in iron transport in response to this drug, suggesting a broad spectra of cellular effects. In order to better understand its molecular effects we evaluated T. rubrum transcriptome in response to acriflavine in a time-course assay using the next generation sequencing technology SOLiD System. RNA-seq was performed comparing T. rubrum growth in Sabouraud medium as the control and the three periods of drug exposure, 3h, 12h, and 24h. RNA-seq generated approximately 200 million short reads that were mapped to the Broad Institutes Dermatophyte Comparative Database using Bowtie and TopHat algoritms. Differential gene expression analysis was performed using Cufflinks and Cuffdiff. It was identified 3,153 differentially expressed genes. A more stringent cut-off threshold was established and this analysis revealed a subset of 490 genes modulated in response to the stress caused by exposure of T. rubrum to acriflavine. These genes are involved in various cellular processes such as oxidation-reduction reactions, transmembrane transport, metal ion binding, and pathogenicity. The genes involved in pathogenicity were down-regulated, suggesting that this drug interferes with virulence factors that allow the development of infection and persistence of the dermatophyte in the host. Other virulence factors such as genes involved in the glyoxylate cycle were also repressed by the drug. Moreover, genes involved in ergosterol biosynthesis pathway were down-regulated by the drug and may constitute a new mechanism of action of acriflavine. The results obtained in this large scale analysis provide insights into the molecular mechanisms underlying the responses of T. rubrum to stress conditions and may aid the development of new antifungal drugs. Furthermore, these results contribute to improve gene annotation and open reading frame prediction for T. rubrum and other dermatophyte genomes and transcriptomes.