L'étude présentée se fonde sur l'examen de plus de 160 000 ossements animaux provenant de 23 occupations du second âge du Fer de la région Auvergne. Ces ensembles, qui représentent différents contextes archéologiques (fermes, habitat aristocratique, agglomérations, oppida, zones cultuelles et funéraires), permettent ainsi d'aborder les problématiques propres à l'élevage des animaux et à l'utilisation qu'il en est faite dans la sphère domestique, artisanale et sacrée, par l'analyse des mobiliers archéologiques. Cette étude a pour objectif de rendre compte de l'implication de l'animal dans le fonctionnement de la société gauloise.Ce travail s'est attaché à replacer les données dans leur contexte chronologique, celui de la Gaule laténienne et augustéenne (entre le Ve s. av. J.-C. et le Ier s. de notre ère), et géographique, le territoire des Arvernes ; tout particulièrement le bassin de Clermont-Ferrand et la Grande Limagne d'Auvergne.

Cette thèse transdisciplinaire analyse le rôle de la chasse sportive dans les programmes de gestion participative de la faune sauvage en Afrique Centrale, plus particulièrement sur deux sites pilotes (nord RCA et sud-est Cameroun). Au cours du XXe siècle, la chasse sportive a vu ses pratiques évoluer fortement au travers de processus conjoints de « démocratisation », de professionnalisation et d'internationalisation de ses acteurs. Aujourd'hui, les sociétés de chasse peuvent jouer un rôle majeur dans la conservation, notamment en raison d'une emprise spatiale des zones cynégétiques conséquente, de prélèvements globalement soutenables et d'une bonne capacité de mise en défens du milieu naturel. Ce constat ne prend cependant tout son sens que lorsque leur activité s'insère dans des programmes associant Etat, projets et populations locales. L'analyse des techniques, des idéologies et des discours des guides de chasse puis de leur clientèle révèle l'antinomie de leurs conceptions du safari en même temps que la prégnance d'une nostalgie des chasses coloniales. On note aussi le fait surprenant que les « grands chasseurs blancs » s'insèrent souvent mieux dans les contextes socioculturels ruraux que d'autres acteurs exogènes. Enfin, si l'argumentaire économique qui présente la chasse sportive comme un outil pertinent des programmes de gestion participative de la faune sauvage reste valide, il est néanmoins essentiel de ne pas occulter les limites conceptuelles et techniques des modèles proposés ainsi que les véritables enjeux d'appropriation de la ressource et de l'espace qu'ils sous-tendent.

Au sud du Québec, plusieurs ruisseaux en milieu agricole ont été fortement modifiés et ont perdu leurs caractéristiques initiales. La plupart des cours d'eau reçoivent maintenant des sorties de drains agricoles souterrains, amenant directement dans les cours d'eau l'azote et le phosphore excédentaires des champs agricoles. De plus, la perte de la végétation riveraine naturelle cause un sérieux problème de protection de la qualité de l'eau et de l'habitat des poissons. Ce projet de recherche a été effectué en Estrie à l'été 2011 dans trois ruisseaux en milieu agricole, situés à Roxton Falls, à Bromptonville et à Magog. Le long de ces trois ruisseaux, trois habitats ont été étudiés : une bande riveraine plantée de peupliers hybrides (à leur 9ième saison de croissance en 2011), la forêt riveraine naturelle (sauf à Bromptonville) et le champ ouvert (l'état avant la plantation des bandes). Sur chaque site et dans chacun des habitats, une section de ruisseau de 90 m de longueur a été échantillonnée. Nous évaluons l'effet de ces bandes d'arbres, après 9 saisons de croissance, sur la qualité de l'habitat aquatique et sur la composition et l'abondance de la faune aquatique, en comparaison avec ce qui a été mesuré dans des sections des mêmes ruisseaux qui se trouvent sous une forêt naturelle ou en plein champ agricole. Le but de cette étude est de déterminer si le fait d'avoir planté des bandes riveraines de peuplier hybride le long des ruisseaux étudiés a affecté la faune aquatique (les poissons) de façon positive, c'est-à-dire en la rendant plus semblable à la faune aquatique que l'on trouverait dans un ruisseau sous une forêt naturelle, ou bien si au contraire la faune aquatique sous les bandes plantées ressemble toujours plus à la faune aquatique que l'on pourrait trouver dans un ruisseau en milieu agricole ouvert. Dix-huit espèces de poissons ont été capturées dans les trois ruisseaux étudiés, dont sept d'entre elles dans les ruisseaux sous les bandes riveraines de peupliers hybrides. Plusieurs autres types d'organismes aquatiques ont aussi été capturés dans les ruisseaux étudiés, des larves d'invertébrés dans les sédiments du fond (surtout des larves d'insectes), des écrevisses et des salamandres à deux lignes. On observe de grandes fluctuations des captures totales entre sites et habitats. Pour les facteurs écologiques, l'effet de habitat est très faible, alors que l'effet site et l'effet de la date d'échantillonnage (pour les variables mesurées à deux saisons différentes) sont beaucoup plus forts. La plantation de bandes a eu peu d'effet sur la faune aquatique. Il y a un effet important de la qualité du ruisseau (un effet site) et de son eau dans la répartition et l'abondance de la faune aquatique. Bien que les bandes riveraines aident à l'amélioration de certaines variables environnementales, l'abondance des poissons n'a pas été significativement modifiée par la présence de forêt riveraine. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : ruisseaux agricoles dégradés, poissons, naseux noir, benthos, salamandre à deux lignes, peuplier hybride.

Des études récentes ont montré que parmi les infections émergentes chez l'homme, env. 40% étaient des zoonoses liées à la faune sauvage. La surveillance sanitaire de ces animaux devrait contribuer à améliorer la protection de leur santé et aussi celle des animaux domestiques et des hommes. Notre objectif était de développer des outils de détection de problèmes sanitaires inhabituels dans la faune sauvage, en adoptant une approche syndromique, utilisée en santé humaine, avec des profils pathologiques comme indicateurs de santé non spécifiques. Un réseau national de surveillance des causes de mortalité dans la faune sauvage, appelé SAGIR, a fourni les données. Entre 1986 et 2007, plus de 50.000 cas ont été enregistrés, représentant 244 espèces de mammifères terrestres et d'oiseaux, et attribués à 220 différentes causes de mort. Le réseau a d'abord été évalué pour sa capacité à détecter précocement des événements inhabituels. Des classes syndromiques ont ensuite été définies par une typologie statistique des lésions observées sur les cadavres. Les séries temporelles des syndromes ont été analysées en utilisant deux méthodes complémentaires de détection : un algorithme robuste développé par Farrington et un modèle linéaire généralisé avec des termes périodiques. Les tendances séculaires de ces syndromes et des signaux correspondent a des excès de cas ont été identifiés. Les signalements de problèmes de mortalité inhabituelle dans le bulletin du réseau ont été utilisés pour interpréter ces signaux. L'étude analyse la pertinence de l'utilisation de la surveillance syndromique sur ce type de données et donne des éléments pour des améliorations futures. / Recent studies have shown that amongst emerging infectious disease events in humans, about 40% were zoonoses linked to wildlife. Disease surveillance of wildlife should help to improve health protection of these animals and also of domestic animals and humans that are exposed to these pathogenic agents. Our aim was to develop tools capable of detecting unusual disease events in free ranging wildlife, by adopting a syndromic approach, as it is used for human health surveillance, with pathological profiles as early unspecific health indicators. We used the information registered by a national network monitoring causes of death in wildlife in France since 1986, called SAGIR. More than 50.000 cases of mortality in wildlife were recorded up to 2007, representing 244 species of terrestrial mammals and birds, and were attributed to 220 different causes of death. The network was first evaluated for its capacity to detect early unusual events. Syndromic classes were then defined by a statistical typology of the lesions observed on the carcasses. Syndrome time series were analyzed, using two complimentary methods of detection, one robust detection algorithm developed by Farrington and another generalized linear model with periodic terms. Historical trends of occurrence of these syndromes and greater-than-expected counts (signals) were identified. Reporting of unusual mortality events in the network bulletin was used to interpret these signals. The study analyses the relevance of the use of syndromic surveillance on this type of data and gives elements for future improvements.

Suite à des usages intensifs d’origines industrielles, des surfaces considérables de sols dégradés, peu fertiles, voire contaminés sont délaissées. Dans un contexte de raréfaction des sols et de pressions foncières et économiques grandissantes, la réhabilitation de ces sols fortement anthropisés et délaissés peut-être un enjeu. Toutefois, pour envisager une réutilisation de ces sols, il est nécessaire de mieux les caractériser. L’étude de la qualité des sols prend rarement en compte la biodiversité et le fonctionnement biologique. Ainsi, l’objectif de ce travail de thèse était de caractériser des sols délaissés, en prenant en compte leurs paramètres abiotiques, biotiques et fonctionnels. Pour cela, six sols fortement anthropisés délaissés du nord-est de la France, correspondant à différentes activités industrielles, ont été étudiés in situ et en laboratoire. Plusieurs groupes biotiques (bactéries, champignons, mésofaune, macrofaune et flore) ont été étudiés afin d’avoir une approche quasi-exhaustive de la biodiversité des sols. Une approche taxonomique et fonctionnelle (basée sur les traits) de la biodiversité a été réalisée pour les champignons, la méso- et la macrofaune. De plus, l’évolution in situ au cours du temps des paramètres abiotiques et biotiques a été prise en compte sur un des six sols délaissés étudiés. Enfin, les interactions biotiques entre une espèce de collembole, de champignon mycorhizien à arbuscules et de plante herbacée ont été étudiées dans deux sols délaissés, en laboratoire. Nous avons montré que les sols délaissés étaient caractérisés par une biodiversité significative, comparable selon les cas, à celles d’autres types de sols, comme les sols forestiers, de prairies ou agricoles. Toutefois, des différences de densité, de richesse et de structures taxonomiques et fonctionnelles entre les sols délaissés existent et dépendent du groupe biotique étudié. Ces différences sont notamment liées aux propriétés physico-chimiques contrastées de ces sols. Ainsi, un sol construit, amendé en compost, était l’écosystème le moins perturbé des sols étudiés, contrairement à un autre sol construit et contaminé en métaux lourds. Nous avons montré que les paramètres physico-chimiques, et surtout biologiques, évoluaient rapidement au cours du temps (environ un an) dans le sol construit contaminé en métaux lourds. Enfin, nous avons mis en évidence, dans les deux sols étudiés en laboratoire, des modifications des interactions biotiques sous l’influence de nombreux paramètres comme le volume de sol, la durée de l’interaction, la présence d’une microflore indigène etc. Finalement, nous avons montré que ces sols pouvaient être le support de services écosystémiques tels que l’habitat pour la biodiversité et qu’ils pouvaient être fonctionnels, permettant ainsi de considérer leur potentielle valorisation / Due to industrial activities intensification, large surfaces of degraded soils, with low fertility and sometimes contamination, are derelict. In the context of land depletion and economic pressure, the rehabilitation of these derelict anthropogenic soils could be a key issue. However, these derelict soils needs to be better characterized before to consider their potential use. Soil quality studies rarely take into account the biodiversity and the biological functioning. Thus, the aim of this PhD work was to characterize derelict soils by considering their abiotic, biotic and functional parameters. To this end, six derelict strongly anthropogenic soils from north-eastern France, resulting from different industrial activities, were studied in situ and in laboratory. Several biotic components (bacteria, fungi, mesofauna, macrofauna and flora) were studied to have an almost complete approach of the soil biodiversity. Taxonomical and functional (trait-based approach) study of biodiversity was performed for fungi, meso- and macrofauna. Moreover, the in situ evolution over time of abiotic and biotic parameters was taken into account in one of the six studied derelict soils. Lastly, biotic interactions between a species of Collembola, of arbuscular mycorrhizal fungi and of herbaceous plant were studied in two derelict soils, in a growth chamber. We showed that derelict soils were characterized by a significant biodiversity, comparable case to case with other kinds of soils like forest, grassland or crop. Nevertheless, differences in terms of density, richness and taxonomical and functional structure community were observed between soils and depend on considered biotic group. These differences were notably linked with contrasting physico-chemical parameters between soils. Thus, a compost-amended constructed soil was the less disturbed among the six studied soils, in contrast with a heavy metal-contaminated constructed soil. We showed that abiotic parameters, notably biotic parameters, evolved quickly (within one year) in the metal-contaminated constructed soil. In the two derelict soils where interactions between Collembola and mycorrhizal fungi were studied, biotic interactions were affected by several parameters like soil volume, time of interaction, indigenous microflora presence etc. Finally, we have shown that these derelict soils support ecosystems services such as biodiversity reserve and could be functional, allowing potential re-use

Le Grand hamster (Cricetus cricetus), l’un des mammifères les plus menacés d’Europe, est en voie d’extinction en France. Toutefois, nous manquons d’information sur les causes de son déclin et sur comment améliorer sa conservation. Durant ma thèse, je me suis intéressée à l’effet des cultures sur la reproduction du hamster. Les principaux résultats indiquent qu’une consommation importante de maïs conduit à une diminution drastique du succès reproducteur en raison d’une carence en vitamine B3. Une autre étude démontre que des associations de cultures (blé-soja ou maïs-tournesol) sont favorables au hamster et devraient être mises en place en Alsace. En parallèle, j’ai développé un tube anti-prédation (TAP) pour améliorer les passages à faune et reconnecter les populations sauvages. Des tests comportementaux ont révélé que les hamsters présentent des comportements audacieux face au prédateur, mais utilisent tout de même le TAP comme refuge, validant sa fonction anti-prédation. Le TAP sera maintenant mis en place dans plusieurs passages à faune en Alsace. Les résultats de cette thèse vont maintenant bénéficier à la conservation du hamster en France et en Europe. / The European hamster (Cricetus cricetus), one of the most endangered mammal in Europe, is on the verge of extinction in France. However, we are still lacking information on the causes of its decline and on how to improve its conservation. During my PhD, I therefore investigated for the nutritional effects of crops on hamsters’ fitness. The main results highlight that elevated maize consumption is severely reducing hamsters’ reproduction because of a major deficiency in vitamin B3. Then, I found that crop associations such as wheat-soybean and maize-sunflower are favorable to the species and should be implemented in the Alsace. I also developed an anti-predation tube (APT) that will serve to upgrade wildlife underpasses and ultimately allow to reconnect wild populations. Moreover, behavioral tests presented in this thesis reveal that hamsters display bold behaviors when facing a predator. Nonetheless, they use the APT as a refuge in such cases, which validated its anti-predatory function. Therefore, the APT will now be implemented in wildlife underpasses in the Alsace. Results of this PhD will now benefit the conservation of the species in France and in Europe.

La décomposition des résidus de culture est un processus essentiel en sols de grandes cultures car elle représente la principale source carbone (C) exogène de ces systèmes. Bien que la dégradation des végétaux de diverses quantités et qualités soit bien connue, ses conséquences sur les communautés du sol et sur les fonctions qui en découlent sont moins maîtrisées. Pour mieux comprendre ces effets, nous avons suivi à des étapes clés de la décomposition l’évolution de composantes majeures de la diversité du sol (micro-organismes, nématodes, microarthropodes et macrofaune) en lien avec les principaux flux de C, d’azote (N) et les activités enzymatiques associées pour différentes quantités et qualités de litières. Les expériences ont été menées à différentes échelles spatiales et temporelles (champ, mésocosme et microcosme).La quantité et qualité de litières ont des effets distincts sur les communautés du sol. La quantité de litière impacte les détritivores, et la qualité de litière affecte plus généralement les principaux groupes fonctionnels. La litière labile affecte plus la voie bactérienne et les macro-détritivores en début de décomposition, et la litière récalcitrante la voie fongique et les méso-détritivores en fin de décomposition. Ces évolutions sont reflétées par les dynamiques enzymatiques. Plus spécifiquement, la régulation top-down de la faune (manipulations de L.terrestris et de nématodes) a montré de forts impacts sur les enzymes. De manière similaire, la composition initiale du micro-réseau trophique du sol a fortement conditionné les dynamiques enzymatiques. Au contraire, la minéralisation du C de la litière demeure principalement dictée par sa qualité initiale. Cette thèse démontre l'importance de la gestion des litières sur les fonctions biologiques des sols agricoles. Faire varier la qualité et quantité des litières apparaît comme un levier pour moduler la santé des sols et certains services écosystémiques à long terme. / Crop residues decomposition is an essential process in cultivated lands since it constitutes the main source of organic matter in these systems. Although the underlying mechanisms of residues degradation of varying qualities and quantities are well-known, their consequences on soil biota and the related functions are less understood. To better understand this process, we chose to follow at key steps of decomposition the evolution of major components of soil diversity (microorganisms, nematodes, micro-arthropods and macrofauna), the evolution of litter quality, the main carbon (C) and nitrogen (N) fluxes and enzyme activities associated, for different quantities and qualities of litter added. The experiments were set up at different spatial and temporal scales (field, mesocosm and microcosm experiments) in function of our objectives.Litter quantity and quality have distinct effects on soil biota. Litter quantity influences the detritivores, and litter quality influences more generally the main functional groups. Labile litter impacts more the bacterial energy channel and the macrodetritivores at the first stages of decomposition, and recalcitrant litter impacts more the fungal energy channel and the mesodetritivores at the latter stage of decomposition. These evolutions are mirrored by the enzymatic dynamics. More specifically, fauna top-down regulations (L.terrestris and nematodes manipulations) exhibit high effects on soil enzymes. Similarly, soil micro-food web initial composition drives enzymatic dynamics. Contrastingly, litter C mineralization depends mainly on its initial quality. This PhD shows the importance of litter management on the biological functions of cultivated soils. Varying litter quality and quantity appear as a mean to influence soil health and some ecosystem services on the long term.

Le sanglier (Sus scrofa) est une espèce chassée emblématique en Europe. Comme la plupart des ongulés de zones tempérés, l'espèce sanglier s'est étendue en Europe au cours des dernières décennies. Le nombre de sangliers tués chaque année en France est passé de 36429 en 1973 à 526709 en 2011. Cette situation unique du sanglier parmi les ongulés est pourtant très commune en Europe, et a conduit à une augmentation du montant des indemnisations des dégâts occasionnés par le sanglier. Les indemnisations sont alors passées de 2 à 18 millions d'euros entre 1973 et 2001. Contrôler les populations de sangliers est donc devenu un objectif majeur pour les gestionnaires. Évaluer les paramètres démographiques qui pilotent les dynamiques de populations est nécessaire afin d'améliorer notre connaissance du sanglier. Mais s'intéresser à l'évolution des traits d'histoire de vie du sanglier est également indispensable pour mieux comprendre cette espèce. Par conséquent, contrôler les populations de sangliers en intégrant des considérations évolutives est essentiel pour permettre une gestion durable de cette espèce. Le temps est donc venu de mieux comprendre cette espèce dans un contexte de démographie évolutive, grâce à un suivi à long-terme unique d'une population de sangliers fortement chassée dans la forêt de Châteauvillain-Arc-en-barrois, France. Tout d'abord, d'un point de vue démographique, nous proposons un outil de gestion afin de contrôler le taux de croissance des populations de sangliers. Ensuite, nous replaçons le sanglier au sein des mammifères en nous intéressant plus particulièrement à des comparaisons inter spécifiques de tactiques d'histoire de vie, grâce à de récents développements méthodologiques en dynamique de population. Nous trouvons alors que le sanglier présente une stratégie d'histoire de vie plus proche de celle de petits mammifères (comme l'écureuil) que de celle d'un ongulé de taille similaire. Puis, nous trouvons que, en réponse aux variations de disponibilité alimentaire, les femelles sangliers présentent différentes stratégies de reproduction afin de maximiser le nombre de petits viables / Wild boar (Sus scrofa) is an emblematic game species in Europe. As most ungulate populations in temperate areas, wild boar abundance and distribution has increased in most European countries over the last decades. The number of wild boar shot annually in France has increased from 36,429 in 1973 to 526,709 in 2011. This unique situation is common throughout Europe and has led to higher costs to agriculture because of damage to crops. Compensation for damage caused by wild boar in France rose from 2 to 18 million Euros between 1973 and 2001, a nearly tenfold increase. Controlling wild boar populations has thus become an important target for managers. Evaluating the vital rates that drive the population dynamics is necessary to improve our understanding of wild boar. But investigating the evolution of life history traits in wild boar is also required to improve our understanding of this species. As a consequence, controlling wild boar populations incorporating evolutionary considerations is essential to allow a sustainable management of this species. The time has thus come to better understand this species is an evolutionary demography context, taking advantage of a unique long-term monitoring of a heavily hunted wild boar population located in the Châteauvillain-Arc-en-barrois forest, France. First, from a demographic viewpoint, we provide a management tool to control population growth rate of wild boar population. Second, we put back the wild boar among mammals by focusing on inter-specific comparisons of life history tactics among mammals using recent developments in population dynamics. We found that wild boar exhibits a life history strategy close to small mammals such as squirrel rather than the life history strategy observed in similar-sized ungulates. Then, we found that, in response to changes in food availability, wild boar females are able to display different reproductive tactics to maximize the number of recruits at a given breeding event

La faune des bousiers des hautes montagnes du Mexique a été encore très peu étudiée. Des travaux ponctuels avaient été réalisés pour certaines montagnes, mais une analyse approfondie et simultanée de plusieurs massifs montagneux n'avait jamais été faite auparavant, en particulier avec une double approche, écologique et historique. Les chaînes montagneuses sont des systèmes extrêmement favorables pour analyser les influences biogéographiques et les interactions écologiques dans les assemblages d'espèces. L'objectif de cette thèse est de décrire et d'analyser la distribution et la richesse des Scarabaeinae, Geotrupinae et Aphodiinae de quatre massifs volcaniques dans la partie Est du Système Volcanique Transversal (SVT), qui se trouve dans la Zone de Transition Mexicaine (ZTM). Les zones de transition sont des régions remarquables où différentes lignées évolutives coexistent. Les montagnes échantillonnées sont La Malinche, le Cofre de Perote, le Pico de Orizaba et la Sierra Negra. Il s'agit de volcans situés dans la partie Est du SVT. La Malinche est séparée des trois autres volcans, lesquels présentent une certaine connectivité entre eux. L'importance de notre travail est basée sur le fait qu'il s'agit aussi du premier échantillonnage systématique effectué simultanément au Pico de Orizaba, à la Sierra Negra et à La Malinche, assorti d'une approche écologique et biogéographique. Pour chaque massif, nous avons utilisé trois techniques complémentaires d'échantillonnage : pièges appâtés avec des excréments, une collecte directe dans les stations et l'excavation des terriers des gauphres (rongeurs) pour y trouver les coléoptères associés à leurs déjections. Pour chaque volcan l'échantillonnage a été conduit à deux niveaux d'altitude, aux environ de 2800 m et à environ 3400 m, en prenant en compte les deux versants de chaque montagne, au vent (humide) et sous le vent (sec). L'échantillonnage a été réalisé durant trois années consécutives (2011 à 2013), pendant la saison des pluies (juin, juillet, août). Après la collecte et l'identification des coléoptères, nous avons comparé les affinités biogéographiques des communautés de bousiers de chaque massif. Les différences de composition et d'abondance ont montré que les affinités néarctiques, paléoaméricaines et mésoaméricaines de montagne prédominent dans ces massifs. L'abondance et la richesse étaient maximales aux altitudes moyennes et sur les versants au vent. La colonisation horizontale par les espèces est prédominantepour ces volcans. Plusieurs espèces nouvelles pour la science ont été découvertes grâce à ce travail : trois coléoptères coprophages (un Onthophagus et deux Aphodius), ainsi que six espèces nouvelles d'acariens phorétiques. D'une manière générale, les espèces montagnardes ont une dispersion ensuivant les chaines de montagnes ou l'Altiplano (Haut Plateau). Les espèces d'origine néotropicale présentent une distribution plus large et se trouvent plutôt à plus basse altitude. Quelques espèces avec des affinités pour le Haut Plateau se retrouvent à La Malinche sur le versant sous le vent et à une altitude moyenne. Les résultats ont permis de mieux définir la répartition des genres néarctiques, paléoaméricains et mésoaméricains de montagne dans le SVT, principalement pour les Aphodiinae. Ce travail constitue une base solide pour la connaissance de la distribution de cette faune dans ces massifs montagneux qui n'avaient jamais été étudiés en profondeur au Mexique. / High mountains' dung beetles fauna was still little studied. Punctual works have been done for some mountains, but a deep and simultaneous analysis that includes several mountains has never been done before, especially with a dual approach, ecological and historical. Mountain ranges are extremely favorable systems to analyze biogeographic influences and ecological interactions in species assemblages. This thesis objective is to describe and analyze the richness and distribution of Scarabaeinae, Geotrupinae and Aphodiinae of four volcanoes in the eastern part of the Trans- Mexican Volcanic Belt (TMVB), located in the Mexican Transition Zone (MTZ). Transition zones are remarkable regions where different evolutionary lineages coexist. Sampled mountains are La Malinche, Cofre de PEROTE, Pico de Orizaba and Sierra Negra. These volcanoes are located in the Eastern part of the TMVB. Malinche is separated from the other three mountains which have certain connectivity between them. The importance of our work is based on the fact that it is the first systematic and simultaneous sampling performed at Pico de Orizaba, Sierra Negra and La Malinche, with both an ecological and biogeographic approach. For each mountain, we used three complementary sampling techniques, baited traps with feces, direct collection at each of the stations, and excavation of pocket gopher's burrows, to find the dung beetles associated with their droppings. For each mountain, the sampling was conducted at two altitude levels, one about 2800 meters and another one of about 3400 meters, taking into account both sides of each mountain, windward (wet) and leeward (dry). Sampling was conducted during rainy season (June to August) for three consecutive years (2011-2013). After the collection and identification of beetles, the biogeographic affinities of the dung beetles' communities of each mountain were compared. The differences in composition and abundance showed that the predominant pattern affinities are the Nearctic, Mountain Paleomaerican and Mountain Mesoamerican patterns. Abundance and richness was higher in the middle elevations and in the windward side. Horizontal colonization is predominant in these four volcanoes. Tree new dung beetles' species for science were discovered thanks to this work (one Onthophagus and two Aphodiinae) as well as six phoretic mite new species. In general, montane species have a dispersion following the mountain ranges or the high lands of the High Plateau. Species with a Neotropical affinity were found to have a wider distribution and found instead at the low altitude range. The High Plateau affinity species were found mainly at the leeward side and at the lower altitude range in La Malinche. These results have helped to define the distribution of Nearctic, Montane Paleoamerican and Montane Mesoamerican genera in the SVT, mainly for Aphodiinae. This work provides a solid basis of knowledge of the distribution of this fauna in these four mountains, which had never been studied extensively in Mexico.

Suivant les récents développements historiographiques dans le champ de l’histoire des animaux, cette thèse aborde l’histoire des jardins zoologiques du côté des bêtes elles-mêmes. Elle examine donc non seulement les politiques humaines de gestion des animaux de zoo, mais aussi leurs influences sur les corps et les comportements des animaux, et leurs évolutions mutuelles. L’examen débute à la fondation du jardin zoologique, c’est-à-dire au moment de la création de la ménagerie parisienne du Jardin des Plantes en 1793, et se centre, outre sur cette institution originelle, sur le jardin zoologique de Londres, créé en 1828, et celui d’Anvers, fondé en 1843. Pour écrire l’histoire des animaux de zoo, la thèse mobilise une méthodologie qui mêle des indicateurs descriptifs – témoignages sur les corps et comportements animaux, sur les infrastructures de captivité, sur les soins et l’alimentation dont bénéficient les bêtes, .... – et quantitatifs – étude sérielle sur la longue durée des entrées et sorties d’animaux ainsi que des longévités des primates et des grands félins. L’évolution de ces différents indices est examinée au sein d’un cadre chronologique régi par les politiques des gestionnaires de zoos. Ainsi, après une première partie débutant à la fondation des institutions étudiées, une seconde s’ouvre au début du XXe siècle, alors que le marchand allemand Carl Hagenbeck ouvre en 1907 un zoo privé à Stellingen, près de Hambourg, qui popularise un nouveau type de présentation des bêtes, par lequel celles-ci sont exposées durant la journée en plein air et séparées du public par des fossés. Enfin, une troisième partie s’amorce à partir des années 1950, lorsque les zoos s’attellent à la mise en œuvre d’une nouvelle fonction, celle de protection des espèces ex situ, s’ajoutant aux trois autres traditionnellement endossées (récréative, éducative, scientifique).L’examen des vies des bêtes sous l’influence des politiques humaines aboutit à élaborer une nouvelle chronologie des zoos, qui distingue un long XIXe siècle, dévoreur de vies animales ; une seconde phase, hygiéniste, à partir de l’entre-deux-guerres, caractérisée par les volontés des gestionnaires de rationaliser les conditions de captivité, mais dont les incidences sur les vies animales sont toutefois réduites ; enfin une troisième, attentive aux animaux, du milieu des années 1970 à nos jours, qui permet la naissance d’une nouvelle économie animale des zoos, qui voit l’atténuation des ponctions en milieu naturel pour la plupart des taxons (spécifiquement les mammifères et les oiseaux).Ce faisant, l’étude met aussi en évidence, à rebours des discours finalistes de l’historiographie officielle, des permanences, immanentes à la captivité des animaux dans le contexte des zoos. Il s’agit d’une part de l’expression par les bêtes de comportements anormaux dans des proportions qui dépassent le niveau anecdotique ; il s’agit d’autre part de l’approvisionnement en milieu naturel, qui, bien qu’en déclin dans le contexte du bouleversement de l’économie animale, persiste jusqu’à nos jours en nombre important pour les taxons moins considérés, soit les poissons et les invertébrés, et se réincarne en de nouveaux avatars pour les autres (ponctions dans le cadre des programmes de protection, captures scientifiques, ...). / Following in the footsteps of recent developments in the French historiography, this dissertation aims at balancing the attention given to humans and animals. The research therefore focuses on human policies concerning the management of animals kept in zoological gardens, as well as on their consequences on the bodies and behaviors of animals, and on mutual influences between humans and animals.The study begins with the birth of the zoological garden, i.e. the creation of the Jardin des Plantes Menagerie in 1793, and focuses on this institution as well as on the London Zoo, created in 1828, and the Antwerp Zoo (1843). In order to write the history of zoo animals, the method uses both descriptive indicators – testimonies on animals bodies and behaviors, on captive environments, on animal cares, handling and food, ... – and quantitative indicators – long-term study of the arrivals and departures, births and deaths of animals and of the longevity of Primates and Pantherinae in captivity. The evolution of these indicators takes place in a chronological framework based on the policies designed to manage zoo animals. The first part begins with the foundation of the zoological gardens. The second one starts at the beginning of the 20th century, when German dealer Carl Hagenbeck opened a zoo in Stellingen, near Hamburg (1907) which popularized a new way to display the animals, in open-air enclosures separated from the public by ditches. The third part starts in the 1950’s, when zoos implemented a new function, one of ex situ conservation, in addition to their other traditional recreative, educative and scientific missions.This study of animal lives under human influence results in a new chronology of zoological gardens, discerning a long 19th century, that consumed animal lives, a second phase, hygienist, from the interwar period, marked by the managers’ willingness to rationalize the conditions of captivity, without much influence on animals lives and longevity, and a third one, from the mid-1970’s to the present time, characterized by increased attention to zoo animals and their well-being, allowing the birth of a new animal economy of zoological gardens, by which in situ captures decline for most taxa (specifically mammals and birds).The dissertation also shows, in opposition with the finalist discourses of the official historiography, somes continuities, immanent to animal captivity in the context of zoological gardens. Abnormal behaviors in animals especially appear in proportions exceeding the anecdotal level. Another important phenomenon pointing to continuities is the collecting in the wild which, although it declined at the same rhythm that the new animal economy developed, has persisted to this day, profusely for the least considered taxa (fishes and invertebrates), and resurfacing in new iterations for mammals, birds, reptiles and amphibians (capture for purposes of conservation, for scientific collecting, ...).