Pachycorinae é o maior da subfamília na região Neotropical, incluindo também sete gêneros com distribuição em todo o continente americano e um gênero com distribuição exclusivamente Neártica. Seus representantes caracterizam-se, historicamente, por apresentar áreas estriadas estridulatórias nos esternitos IV a VII, plectrum nas metatíbias e veia pós-cubital nas asas posteriores. Os pachycoríneos variam em comprimento de 5 a 20 milímetros e são bastante diversificadas na coloração, apresentando cores presumivelmente aposemáticas e criptozóicas. Entretanto, apesar dessas características, Pachycorinae tem recebido pouca atenção e muito pouco se sabe acerca do grupo, sendo que alguns gêneros precisam urgentemente de revisão. Este trabalho traz, pela primeira vez, um estudo detalhado sobre a morfologia externa do sistema odorífero (característica sinapomórfica para Heteroptera), apresentando imagens em microscopia eletrônica de varredura e descrições de 22 dos 24 gêneros atualmente conhecidos da subfamília. As características do sistema odorífero externo de Pachycorinae podem ser utilizadas na distinção entre os gêneros e também em estudos filogenéticos. Também, pela primeira vez, um estudo sobre a filogenia do grupo é realizado com metodologia cladística, baseados em caracteres morfológicos. Testou-se a hipótese de monofilia para Pachycorinae, incluindo 22 dos 24 gêneros (50 espécies), utilizando como grupo externo, 16 espécies representantes das demais subfamílias de Scutelleridae. Pachycorinae foi corroborada parafilética, mas evidenciou-se a existência de um grupo monofilético com 43 espécies das 50 incluídas neste estudo. Todos os gêneros da subfamília que tiveram mais de uma espécie incluída nesse estudo foram recuperados monofiléticos.

A infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) foi largamente disseminada pela população humana a partir da década de 80. Diversos estudos retrocedem o surgimento da epidemia do HIV a vírus infectantes de símios africanos de vida livre e ao conseqüente contato entre estas espécies e humanos. As rápidas taxas evolutivas e a associação às inter-relações humanas foram suficientes para a disseminação e a diversificação das formas virais. Desta forma, a expansão do HIV-1 pelo mundo estabeleceu uma pandemia formada por diferentes variantes virais. O subtipo B foi a primeira forma detectada do vírus e atualmente está presente em um grande número de países, sendo responsável por aproximadamente 10% das infecções por HIV no mundo todo. Fora da África, o subtipo B emergiu na região do Caribe, se disseminou pelos países vizinhos e atingiu os Estados Unidos, onde estabeleceu a pandemia. O traçado geográfico das rotas de disseminação nas Américas a partir do Haiti é, até o momento, difuso ou ausente. O presente trabalho visa investigar a história evolutiva do subtipo B nas Américas e, através de filogenias e análises estatísticas, examinar o papel da América do Sul no estabelecimento da epidemia. Os resultados obtidos sugerem uma participação primária das populações da América do Sul na disseminação do subtipo B. A estruturação populacional e as filogenias corroboram uma ligação epidemiológica importante entre os países do Caribe e os da América do Sul, visto que um clado agrupando isolados sul-americanos emerge diretamente do clado caribenho. Além deste, um grande grupo, formado por sequências das três Américas, denominado cluster pandêmico, compartilha um ancestral comum com o clado da América do Sul. Possíveis explicações para estes resultados envolvem a co-dispersão para as Américas a partir do Caribe e também a intermediação da América do Sul entre o Caribe e os Estados Unidos no estabelecimento da pandemia. Dados históricos de migrações populacionais a partir do Caribe reforçam estes cenários. Os dados apresentados revelam uma nova perspectiva a respeito da epidemia do HIV-1 subtipo B. Além disso, destacam a utilidade de uma abordagem populacional para o entendimento da dispersão da epidemia, contribuindo para a avaliação entre a diversidade viral e a movimentação de populações humanas. / Infections with human immunodeficiency virus (HIV) have been widely disseminated by the human population from the 1980's. Several studies point the onset of the epidemic to virus infecting free-living African apes through blood contact between these species and humans. The fast evolutionary rates and the human relationships were sufficient for the spreading and diversification of the epidemic. Thus, the spread oh HIV-1 established a worldwide pandemic formed by different viral forms. Among them, subtype B was the first form detected and is currently present in a large number of countries, accounting for approximately 10% of HIV infections worldwide. Out of Africa, subtype B likely emerged in Haiti in the Caribbean region, reached neighboring countries and the United States, where the pandemic was established. The geographical layout of the routes of spread within the Americas, so far, is diffuse or absent. This study aimed to investigate the evolutionary history of subtype B in the Americas and, through phylogenetic and statistical analyses sought to examine the role of South America in the pandemic. Our main findings suggest a primary involvement of the populations of South America in the spread of subtype B. The genetic structure of the viral population and the phylogenetic analyses supported an epidemiological link among the countries of the Caribbean and South American ones since a clade grouping isolates from South America emerges directly from the Caribbean. Besides this, a large group, formed by sequences of the three Americas, called pandemic cluster, share a common ancestor with the clade of South America. The co-dispersion to the Americas from the Caribbean and the intermediation of South America between the Caribbean and North America epidemics are explanations to support our results. The data presented here outline a new perspective on the HIV-1 subtype B epidemic. Furthermore, we highlight the usefulness of a population-based approach to understanding the spread of the epidemic, contributing to the assessment between the viral diversity and the movement of human populations.

A metodologia aqui denominada de “Cladismo Reverso” foi aplicada no estudo da musculatura da coxa dos tetrápodes coronais, objetivando o entendimento das origens e inserções musculares femorais e pélvicas de tecodôncios fósseis, mais especificamente em crocodilotársios e avemetatarsálios basais. A idéia central é de que um modelo plesiomórfico hipotético arcossauriano resulta da intersecção entre os modelos plesiomórficos hipotéticos aviário e crocodiliano, e a diferença encontrada entre ambos seria representativa de aquisições no intervalo Archosauria-Aves e Archosauria-Crocodylia. Da mesma forma, o modelo plesiomórfico hipotético sauriano é resultado da intersecção entre os modelos plesiomórficos hipotéticos lepidossauriano e arcossauriano, e as diferenças encontradas em ambos, representativa de aquisições nos intervalos Sauria-Lepidosauria e Sauria-Archosauria. As hipóteses propostas são então testadas em espécimens fósseis, procurando-se seguir seu padrão de diferenciação temporal através de hipóteses cladistas prévias. Estruturas topográficas femorais e pélvicas foram relacionadas às origens e inserções musculares, procurando-se um entendimento homológico para aplicação em futuras análises filogenéticas. Especial atenção foi dado às estruturas comumente denominadas como “trocânteres”. Propostas prévias de reconstruções musculares utilizando formas fósseis foram discutidas e comparadas com o modelo proposto. No que se refere à nomenclatura miológica, foi relacionada sua aplicação em cada grupo coronal, visando hipóteses de homologia e propostas de universalização nomenclatural. Grande parte da nomenclatura sistemática filogenética, principalmente dos intervalos Sauria-Aves e Sauria-Crocodylia, foi revista, com definições nodais e estemáticas, além de proposição de novos nomes. Regras nomenclaturais foram discutidas, também com novas propostas operacionais. É descrito novo material triássico sul-rio-grandense, incluindo táxons dinossaurianos e crocodilotarsianos (Karamuru vorax, tax.n.), com comentários sobre os táxons relacionados, em especial a Staurikosaurus, Guaibasaurus e Prestosuchus. O modelo plesiomórfico hipotético miológico proposto é aplicado e considerações biomecânicas são feitas. Análises filogenéticas prévias são discutidas e alguns resultados são falseados. / The method named “Extant Phylogenetic Brackets Approach” is used in study of tetrapod thigh musculature, trying to understand the femoral and pelvic muscle origins and insertions in fossil thecodontians, mainly in basal crocodylotarsians and avemetatarsalians. The central idea is that an archosaurian hypothetic plesiomorphic model is the result of the intersection between the avian and crocodylian hypothetic plesiomorphic models, and the differences in both are acquisitions in the interval Archosauria-Aves and Archosauria-Crocodylia. In the same way, the saurian hypothetic plesiomorphic model is the result of the intersection between the lepidosaurian and archosaurian hypothetic plesiomorphic models, and the differences in both are acquisitions in the interval Sauria-Lepidosauria and Sauria-Archosauria. The hypothesis proposed are tested in fossil specimens, following their temporal diferentiation pattern using previous cladistic hypothesis. Femoral and pelvic topographic structures were related to muscle origins and insertions, trying a homologic knowledge for application in future phylogenetic analyses. Special attention was dealed to structures commonly denominated as “trochanters”. Previous proposals in myological reconstructions are discussed and compared with the proposed model. In reference to myological nomenclature, its application on each crown group was related, proposing homological hypothesis and universalization of names. Great part of the systematic phylogenetic nomenclature, mainly from the interval Sauria-Aves and Sauria-Crocodylia, were reviewed, applying node and stem based definitions, beyond proposition of new names. Nomenclatural rules were also discussed, with new operational proposals. New material from the Triassic of the State of Rio Grande do Sul (Brazil) is described, including dinosaurian and crocodylotarsan (Karamuru vorax, tax.n.) taxa, with comments on other taxa related, specially Staurikosaurus, Guaibasaurus and Prestosuchus. The proposed myological hypothetic plesiomorphic model is applied with biomechanic considerations. Previous phylogenetic analyses were discussed and some results falsified.

A monofilia do gênero Scleronema (Siluriformes: Trichomycteridae), sua posição taxonômica dentre os tricomicterídeos e as relações internas são investigadas através de uma análise integrada de dados morfológicos e moleculares. Uma análise filogenética de evidência total incluindo nove espécies de Scleronema como grupo interno (três nominais e seis reconhecidas como novas) e 24 espécies como grupo externo contemplando todas as subfamílias de Trichomycteridae foi realizada com base em 192 caracteres morfológicos e 2728 caracteres moleculares. Os resultados suportam o monofilia do gênero Scleronema e suas espécies estão agrupadas em dois clados irmãos, grupo Scleronema operculatum e grupo Scleronema minutum, diagnosticáveis através de caracteres da morfologia externa, osteologia e padrão de coloração. O grupo Scleronema operculatum é composto por Scleronema operculatum e uma espécie nova proposta e descrita. O grupo Scleronema minutum compreende Scleronema angustirostre, S. minutum e seis espécies novas reconhecidas, cinco delas descritas aqui. A monofilia de todas as subfamílias de Trichomycteridae foram recuperadas com exceção de Trichomycterinae. A afinidade do gênero Scleronema com os membros das subfamílias Glanapteryginae, Sarcoglanidinae, Stegophilinae, Tridentinae e Vandelliinae é corroborada e discutida. / The monophyly of the genus Scleronema (Siluriformes: Trichomycteridae), its taxonomic position and the internal relationships are investigated through an integrated analysis of morphological and molecular data. A total evidence phylogenetic analysis including nine species of Scleronema in the ingroup (three nominal species plus six recognized as new), and 24 species as outgroup, including all subfamilies of Trichomycteridae, was performed on the basis of 192 morphological and 2728 molecular characters. The results support the monophyly of the genus Scleronema. Its species are grouped into two sister clades, the Scleronema operculatum group and the Scleronema minutum group, diagnosed by characters of external morphology, osteology and color pattern. The Scleronema operculatum group consists of Scleronema operculatum and one new species described here. The Scleronema minutum group comprises Scleronema angustirostre, S. minutum and six new species, five described herein. The monophyly of all subfamilies of Trichomycteridae were recovered except for Trichomycterinae. The affinity of the genus Scleronema with members of the subfamilies Glanapteryginae, Sarcoglanidinae, Stegophilinae, Tridentinae and Vandelliinae is supported and discussed.

A heterogeneidade ambiental, seja ela espacial ou temporal, traz desafios aos organismos e a forma como eles respondem a ela é através de mudanças no fenótipo para a sobrevivência e fitness (i.e. plasticidade fenotípica). Investigamos se atributos foliares de cinco espécies de Passiflora respondiam de forma plástica à variações na disponibilidade de luz (Radiação Fotossinteticamente Ativa) em ecótonos de floresta-­‐ campo. O estudo abrangeu três regiões geomorfológicas do estado do Rio Grande do Sul e os atributos foliares escolhidos foram: área total e específica, espessura, dureza e forma. Utilizamos informações genéticas e filogenéticas dos indivíduos bem como medidas de luz como preditores da expressão fenotípica. Observamos plasticidade (maior influência do ambiente de luz) em três atributos: SLA, espessura e dureza, apenas observada em três espécies, de clados distintos, indicando que a plasticidade neste grupo não é conservada. Ainda, nestes ecótonos, a dinâmica de expansão e retração florestal pode estar levando à plasticidade de atributos foliares e, possivelmente, de uma radiação adaptativa no recurso de luz, através da criação de oportunidades para as plantas de colonizar novos ambientes.

O deslocamento humano e o comportamento sexual são os principais fatores que impulsionaram a pandemia do Vírus da Imunodeficiência Humana Tipo 1 (HIV-1) para o perfil atual. Dentro da extensa variabilidade genética do HIV-1, o subtipo B (HIV-1 B) é a variante mais disseminada geograficamente, relacionando-se a aproximadamente 11% de todas as infecções no mundo. A estrutura intrínseca da transmissão do HIV-1B entre diferentes indivíduos tem valiosa importância para a compreensão da epidemia e para as intervenções em saúde pública. Assim, o presente estudo tem como objetivo caracterizar epidemiologicamente a dinâmica de transmissão e disseminação do HIV-1 subtipo B. Duas abordagens metodológicas foram empregadas: (1) Caracterização genética e temporal da diversidade molecular do HIV-1B em diferentes pontos no Brasil, através de coleta, amplificação e sequenciamento do material genético viral e, (2) Identificação das cadeias de transmissão existentes na epidemia do HIV-1B no Brasil através da seleção de sequências disponíveis em bancos de dados e posterior reconstrução filogenética. Nossos resultados mostram que a epidemia de HIV-1B é largamente influenciada por tendências regionais e sugerem uma maior probabilidade de transmissão do HIV entre indivíduos de mesma origem geográfica. A aparente diferença na prevalência da variante B”-GWGR em distintas regiões do Brasil e a relação de assinaturas genéticas virais com grupos específicos de exposição em determinados pontos do país corrobora a dinâmica epidemiológica localizada. Este isolamento na epidemia, aparentemente particular para o Brasil e demais países da América do Sul, pode ser um reflexo da discreta conexão nodal entre as diferentes cidades no continente, garantindo importante limitação local da epidemia de HIV-1B. Além disso, identificamos um curto prazo na dinâmica de transmissão do vírus entre indivíduos, envolvendo em média 29 meses. No grupo de indivíduos homossexuais/bissexuais (HSH), especificamente, o intervalo foi estimado em um ano. Estes resultados revelam uma dinâmica particular para o grupo HSH na epidemia do HIV-1B, em que o intervalo de tempo entre as novas infecções é muito estreito e possui ampla participação de indivíduos recém-infectados. A ampla coleta de dados e a utilização de métodos estatísticos robustos permitirão melhor entendimento da dinâmica epidemiológica do HIV e, através de programas ativos de saúde pública, podem influenciar no direcionamento de campanhas de intervenção para populações específicas. / The human displacement and sexual behavior are the main factors driving the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) pandemic to the current profile. Within the extensive genetic variability of HIV-1, subtype B (HIV-1 B) is the most widespread variant being related to approximately 11% of all infections worldwide. The intrinsic structure of the HIV transmission among different individuals has valuable importance for the understanding of the epidemic and for the public health response. Thus, this study aims to characterize the epidemiological dynamics of HIV-1B transmission and dissemination. Two methodological approaches are required: (1) genetic and temporal characterization of molecular diversity of HIV-1B at different points in Brazil, through collection, amplification, and sequencing of viral genetic material, and (2) identification of transmission clusters within the HIV-1B epidemic in Brazil by reconstruction of phylogenetic trees using sequences selected from public databases. Our results show that the HIV-1B epidemic is largely influenced by regional trends and suggest a higher probability of HIV transmission between individuals from the same geographic origin. The apparent difference in the prevalence of the B”-GWGR variant in different regions of Brazil and the relationship of viral genetic signatures with specific exposure groups in certain parts of the country also supports the main influence of local factors in the HIV-1B epidemic. This epidemiological isolation apparently particular for Brazil and other South American countries may be a reflection of the discrete nodal connection between different cities within the continent. In addition, we identified a short-term dynamic spread within the transmission clusters in which the mean transmission time is approximately two years. In the group of homosexual/bisexual (MSM) specifically the intertransmissions interval has been estimated at about 1 year. These results show a specific dynamic in the HIV epidemic for the MSM group, and show a narrow interval between new infections with extensive involvement of newly infected individuals. These data highlight the need for better characterization of the HIV epidemic in Brazil and, in addition, show the need for specific prevention measures for concentrated epidemics. Public health services can be broadly benefited from this kind of information in order to guide intervention programs in public health.

Hollandichthys é um gênero de caracídeos inseminadores cujas relações de parentesco e diversidade ainda estão por serem descobertas. Suas relações ainda são incertas, tendo sido considerado como incertae sedis dentro de Characidae. Algumas hipóteses recentes propuseram Hollandichthys como relacionado alternativamente a dois gêneros distintos, Pseudochalceus e Rachoviscus. É considerado como um gênero monotípico habitando pequenos riachos associado à Mata Atlântica (uma das regiões mais endêmicas do mundo), mas esconde uma grande diversidade por trás desta única espécie válida – H. multifasciatus. Para propor as relações filogenéticas de Hollandichthys dentro da família, nós analisamos genes mitocondriais e nucleares representando 41 espécies de Characidae. Para inferir a história evolutiva do gênero, nós sequenciamos 201 espécimes pertencentes a 20 populações de toda sua área de distribuição. Nós propomos aqui o gênero Rachoviscus como o grupo-irmão de Hollandichthys. Além disso, os resultados suportam a evidência de que a inseminação evoluiu independentemente pelo menos três vezes em Characidae. Nas análises filogeográficas, nós inferimos uma separação clara, datada de 1.9 milhões de anos, em dois grupos distintos (Norte e Sul) isolados pelo estuário de Paranaguá. As diversas populações agrupam-se consistentemente em cinco grupos que melhor representam a diversidade molecular e geográfica dos nossos dados. De modo geral, a história evolutiva inferida para esse gênero é estritamente correlacionada com as mudanças climáticas que causaram impacto na área da Floresta Atlântica. Um evento de bottleneck teria ocorrido durante o ultimo máximo glacial, seguido de um crescimento populacional que coincide com a expansão da floresta – de pequenas e isoladas áreas para uma distribuição contínua. / Hollandichthys is a genus of inseminating characid fishes whose relationships and diversity are still to be discovered. Its relationships are uncertain, having been considered as incertae sedis in Characidae. Some recent hypothesis set Hollandichthys alternatively related to two different genera, Pseudochalceus and Rachoviscus. It has been long considered a monotypic genus living in small creeks associated with the Atlantic Forest (one of the most endemic regions in the world), but it hides a great diversity behind a single valid species name - H. multifasciatus. To access the phylogenetic relationships of Hollandichthys we have analyzed mtDNA and nuclear genes representing 41 species of Characidae. To access the evolutionary history of the genus, we have sequenced 201 specimens from at least 20 populations from all distributional range. We found Rachoviscus as sister-group of Hollandichthys. Furthermore, the results support the evidence that insemination evolved at least three times inside this family. In the phylogeographic approach, we found a clear separation in two different groups (North and South) in the area of Paranaguá estuary in the Brazilian Coast, dating from 1.9 Mya, and the several populations consistently arranged into five groups that better fits to the diversity of our molecular and geographic dataset. In a general manner, the evolutionary history inferred for this genus is strictly correlated with the climatic changes that caused impact in the Atlantic Forest area. A bottleneck would have happened during the last maximum glacial, followed by a population growth that coincides with the expansion of the forest - from small isolated areas to a large continuum.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Zoologia, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-02-05T18:07:06Z No. of bitstreams: 1 2014_IsisCarolinaSoutodeOliveira.pdf: 2170234 bytes, checksum: 3e041531fdefa9851652d45970087c0a (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-03-06T19:40:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_IsisCarolinaSoutodeOliveira.pdf: 2170234 bytes, checksum: 3e041531fdefa9851652d45970087c0a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T19:40:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_IsisCarolinaSoutodeOliveira.pdf: 2170234 bytes, checksum: 3e041531fdefa9851652d45970087c0a (MD5) / O gênero Brevipalpus Donnadieu destaca-se como um dos mais importantes na família Tenuipalpidae. Esses ácaros fitófagos podem causar danos a seus hospedeiros, sejam diretos, pela alimentação em folhas, ramos e frutos, sejam indiretos, devido à transmissão de vírus. A taxonomia dos ácaros Brevipalpus, especialmente das espécies de importância econômica, tem representado um desafio para os acarologistas; numerosas sinonímias têm sido estabelecidas e a ocorrência de espécies crípticas tem sido confirmada. A acurada identificação desses ácaros é fundamental para compreensão do papel de cada espécie na transmissão dos fitovírus, para a determinação dos hospedeiros de cada espécie, e para a definição de medidas de prevenção e controle. Estudos morfológicos com a utilização de diferentes técnicas de microscopia têm possibilitado um imenso avanço na taxonomia do grupo. Em uma abordagem integrativa, além dos estudos morfológicos é fundamental dispor de ferramentas adicionais para a construção de uma sistemática consistente dos grupos de organismos. Até o momento apenas um fragmento, da região Citocromo Oxidase I (COI) do DNA mitocondrial foi explorado na sistemática de Brevipalpus. A utilização de um maior número de marcadores moleculares, independentes, é importante para a consistência dos estudos. O presente trabalho teve como objetivos contribuir para o avanço da sistemática molecular de ácaros Brevipalpus, através da avaliação e otimização de protocolos de extração e amplificação de DNA; comparação de filogenias obtidas a partir de sequências de quatro regiões do genoma, incluindo marcadores mitocondriais - dois fragmentos da região COI -, e nucleares - regiões “Internal Transcriber Spacer II” (ITS2) e subunidade D1-D3 do gene 28S; apresentação de faixas de distâncias genéticas intra e interespecíficas; e avaliação de caracteres morfológicos em um contexto filogenético. Foram obtidas 25 amostras de Brevipalpus, de cinco países - Argentina, Brasil, Chile, Espanha, e Israel -, de 22 plantas hospedeiras. Foram avaliados dois protocolos de extração de DNA em relação ao rendimento da concentração de DNA, de sua qualidade e eficiência para amplificação, sendo um parcialmente destrutivo e um não destrutivo. Apesar do rendimento da concentração de DNA dos dois protocolos ser similar, observou-se maior eficiência de amplificação com o DNA obtido através do método parcialmente destrutivo. Para cada um dos quatro pares de primers foram testadas Reações de Polimerase em Cadeia (PCR) com variações nas concentrações de componentes da reação (MgCl2, BSA, DNTP e primers), assim como nas condições das reações (temperaturas de amplificação, número e tempo dos ciclos). As reações de PCR foram alteradas para possibilitar a amplificação do DNA com apenas 2μL de DNA molde, permitindo a amplificação dos quatro marcadores com DNA de um único espécime. Para as análises filogenéticas, além das sequências obtidas durante o desenvolvimento desse estudo, foram incluídas, nos datasets das análises filogenéticas, sequências de Brevipalpus recuperadas do GenBank. O fragmento da região COI amplificado com os primers DNR e DNF foi de 373 pares de base (pb) e o alinhamento final foi composto por 190 sequências de Brevipalpus (92 obtidas nesse estudo, 98 recuperadas do GenBank), as quais foram classificadas em 89 haplótipos, agrupados em 18 linhagens. O fragmento da região COI amplificado com os primers LCO e HCO foi de 650pb e o alinhamento final foi composto por 64 sequências (todas obtidas nesse estudo), as quais foram classificadas em 31 haplótipos, agrupados em 12 linhagens. O fragmento da região ITS2 foi de 500pb e o alinhamento final foi composto por 109 sequências (108 obtidas nesse estudo, uma recuperada do GenBank), as quais foram classificadas em 43 genótipos, agrupados em 14 linhagens. O fragmento da região D1-D3 foi de 900pb e o alinhamento final foi composto por 74 sequências (todas obtidas nesse estudo), as quais foram classificadas em 28 genótipos, agrupados em 11 linhagens. De forma geral, as topologias das árvores filogenéticas obtidas a partir de sequências das quatro regiões do genoma foram congruentes. Apesar de não ter sido possível obter sequências dos quatro fragmentos para todos os espécimes foi possível fazer a correspondência entre os clados das diferentes árvores a partir das infomações sobre as amostras e/ou espécimes sequenciados. Entretanto, entre as árvores dos diferentes marcadores, foram observadas algumas incongruências na divisão de linhagens dentro dos grupos phoenicis e obovatus. A principal diferença na topologia das ávores filogenéticas, foi a posição do clado do grupo cuneatus. O status taxonômico de algumas populações, que provavelmente consituem novos táxons para a ciência, foi aclarado. Os resultados das análises filogenéticas indicaram a necessidade da condução de estudos mais detalhados para esclarecer a posição taxonômica de linhagens próximas a B. yothersi, B. incognitus e B. phoenicis tipo 1, para as quais não houve consenso entre as filogenias das diferentes regiões. O valor filogenético de alguns dos caracteres morfológicos que têm sido utilizados para a taxonomia de Brevipalpus foi discutido com a finalidade de subsidiar a revisão da classificação de grupos. As informações geradas representam um ponto de partida para a construção de uma classificação taxonômica consistente para os ácaros Brevipalpus, baseada nas relações filogenéticas entre os táxons. ___________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The genus Brevipalpus is one of the most important in the Tenuipalpidae family. These phytophagous mites can cause damage to their host plants either directly, by feeding on leaves, stems and fruits or indirectly, by transmitting plant virus. Brevipalpus mite taxonomy, particularly of economically important species, represents a challenge for acarologists; numerous synonyms have been established and the occurrence of cryptic species has been confirmed. The accurate identification of these mites is essential to understand the role of each species in the transmission of plant viruses, for listing host plants of each species, and for defining prevention and control strategies. Morphological studies applying different microscopy techniques have enabled a considerable advance in the taxonomy of the group. In an integrative approach, besides the morphological studies is essential to have additional tools for building a consistent systematics for groups of organisms. So far, only one fragment of the Cytochrome Oxidase I (COI) region, of the mitochondrial DNA had been explored in Brevipalpus systematics. Employing a higher number of independent molecular markers is important to give consistency for the studies. The present study aimed to contribute for the advance of Brevipalpus mite molecular systematics by evaluating and optimizing DNA extraction and amplification protocols; comparing phylogenies obtained from sequences of four different genome regions, including mitochondrial– two fragments of the COI region -, and nuclear markers – regions Internal Transcriber Spacer II (ITS2) and the subunit D1-D3 of the gene 28S; presenting intra and interspecific genetic distances; and evaluating the morphological traits in a phylogenetic context. For the study 25 samples of Brevipalpus were obtained, from five countries – Argentina, Brazil, Chile, Spain and Israel, from 22 host plants. Two protocols of DNA extraction were evaluated considering DNA concentration, quality and efficiency for amplification, being one partially destructive and the other one non destructive. Although the DNA concentration for both protocols has been similar, the partially destructive method was more efficient for DNA amplification. For each of the four pairs of primers Polymerase Chain Reactions (PCR) were tested with variations on the components of reaction (MgCl2, BSA, DNTP and primers) as well as in the reactions conditions (amplification temperatures, number and duration of cycles). Reactions were adjusted to make possible DNA amplification from 2μL of DNA, thus allowing amplification of the four markers from DNA of one specimen. For the phylogenetic analyses, in addition to the sequences obtained in this study, Brevipalpus sequences retrieved from Genbank were included in the datasets. The length of the amplified fragment of the COI region using primers DNF & DNR was 373 base pairs (bp) and the final alignment included 190 sequences (92 obtained in this study, 98 retrieved from Genbank), which were classified in 89 haplotypes, clustered in 18 lineages. The length of the amplified fragment of the COI region using primers LCO & HCO was 650bp and the final alignment included 64 sequences (all obtained in this study), which were classified in 31 haplotypes, clustered in 12 lineages. The length of the amplified fragment of the ITS2 region was 500bp and the final alignment included 109 sequences (108 obtained in this study, one retrieved from Genbank), which were classified in 43 genotypes, clustered in 14 lineages. The length of the amplified fragment of the subunit D1-D3 of the gene 28S was 900bp and the final alignment included 74 sequences (all obtained in this study), which were classified in 28 genotypes, clustered in 11 lineages. In general topologies of phylogenetic trees obtained from sequences of the four genome regions were congruent. Although it wasn’t possible to obtain sequences of the four fragments for all the specimens, it was possible to match clades trees from information of the sequenced samples and/or specimens. However, incongruences in the division of lineages within groups phoenicis and obovatus were observed between trees built from different markers. The main difference between the phylogenetic trees topologies, was the position of the cuneatus group. Taxonomic status of some populations, which probably constitute new taxa, was clarified. Results of phylogenetic analyses showed the need to conduct further studies to clarify the taxonomic position of lineages close to B. yothersi, B. incognitus and B. phoenicis tipo 1, to which were observed incongruencies between phylogenies. The phylogenetic value of some morphological characters used for Brevipalpus taxonomy was discussed to support the revision of groups classification. Information provided represents a starting point for the development of a consistent taxonomic classification of the Brevipalpus mites, based on the phylogenetic relations between groups and taxa.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2010-03-31T15:25:29Z No. of bitstreams: 1 2009_LilianGimenesGiugliano.pdf: 2620487 bytes, checksum: 248da5643e1b56e519f1884597c68416 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T17:47:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_LilianGimenesGiugliano.pdf: 2620487 bytes, checksum: 248da5643e1b56e519f1884597c68416 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-12T17:47:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_LilianGimenesGiugliano.pdf: 2620487 bytes, checksum: 248da5643e1b56e519f1884597c68416 (MD5) Previous issue date: 2009-04 / Este estudo visa à busca de uma melhor compreensão da filogenia, biogeografia e diversidade de Teiidae. O primeiro capítulo apresenta uma análise das relações filogenéticas entre os gêneros de Teiidae baseada em dados moleculares e morfológicos. O resultado da análise combinada total corrobora o monofiletismo de Tupinambinae, Teiinae e cnemidophorinos. É apresentada, também, uma proposta de cenário evolutivo para o grupo baseada na datação molecular, análise de áreas ancestrais, registro fóssil, distribuição geográfica atual dos gêneros e nas mudanças ambientais e geológicas ocorridas no Terciário. De acordo com este cenário, (1) todos os gêneros atuais de Teiidae, com exceção de Aspidoscelis, se originaram por isolamento na América do Sul, (2) a maioria dos gêneros de Teiidae se originou durante o Eoceno e (3) os Cnemidophorus se originaram na América do Sul e, posteriormente, algumas populações dispersaram para a América Central no Mioceno. O segundo capítulo apresenta uma reconstrução das relações filogenéticas de Kentropyx baseada em dados de DNA mitocondrial e morfologia e uma avaliação dos cenários biogeográficos suportada pela análise das áreas ancestrais e pela datação molecular por métodos bayesianos. Nossos resultados indicam a existência de três grupos monofiléticos em Kentropyx, sendo K. striata a primeira a divergir em oposição a propostas anteriores. Além disso, a análise do tempo de divergência indica que Kentropyx deve ter se originado no Eoceno/Oligoceno e, portanto, a Hipótese dos Refúgios Pleistocênicos teve pouca influência na diversificação das espécies do grupo. Baseado na análise das áreas ancestrais e na datação molecular, é sugerido um ancestral savânico para o grupo e que eventos históricos do Terciário promoveram a diferenciação do gênero. O terceiro capítulo trata da descrição de uma nova espécie de Cnemidophorus do complexo ocellifer encontrada no Jalapão, na região nordeste do Cerrado. Finalmente, o quarto capítulo trata das relações filogenéticas de Cnemidophorus baseadas na combinação de dados moleculares e morfológicos, incluindo os demais cnemidophorinos como grupo interno. O tempo de divergência entre as espécies é estimado por métodos bayesianos. Os resultados desse capítulo indicam que (1) as espécies de cnemidophorinos formam oito grupos monofiléticos, (2) Aspidoscelis e Kentropyx são monofiléticos, (3) Cnemidophorus e Ameiva são parafiléticos, (4) a origem dos grupos ocorreu principalmente durante o Oligoceno e a diversificação dentro dos grupos ocorreu principalmente durante o Mioceno, (5) C. parecis é mais aparentado com Ameiva do continente do que com as demais espécies de Cnemidophorus e (6) a diversificação do complexo lemniscatus ocorreu no Mioceno, não tendo sido, portanto, fortemente influenciada pelas flutuações climáticas do Quaternário como proposto anteriormente. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This study aims to improve the knowledge of phylogeny, biogeography and diversity of Teiidae. The first chapter provides an analysis of phylogenetic relationships among teiid genera based on molecular and morphological data. The total combined analysis corroborated the monophyly of Tupinambinae, Teiinae, and cnemidophorines. We present an evolutionary scenario for Teiidae, based on molecular dating of evolutionary events using Bayesian methods, ancestral areas analysis, the fossil record, the geographic distribution of genera, and environmental and geologic changes during the Tertiary. According to this scenario, (1) all current teiid genera, except Aspidoscelis, originated in isolation in South America, (2) most teiid genera originated during the Eocene, a period characterized by savanna expansion in South America, and (3) Cnemidophorus originated in South America, after which some populations dispersed to Central America during the Late Miocene. The second chapter presents a reconstruction of phylogenetic relationships among species of Kentropyx, based on morphology and mitochondrial DNA data, and evaluated biogeographic scenarios based on ancestral areas analyses and molecular dating by Bayesian methods. Our results showed that Kentropyx comprises three monophyletic groups, with K. striata occupying a basal position in opposition to previous suggestions of relationships. Additionally, Bayesian analysis of divergence time sugested that Kentropyx may have originated during the Tertiary (Eocene/Oligocene) and the Pleistocene Refuge Hypothesis may not explain the species diversification. Based on ancestral reconstruction and molecular dating, we argued that a savanna ancestor is more likely and that historical events during the Tertiary of South America promoted the differentiation of the genus. The third chapter deals with the description of a new species of Cnemidophorus found in Jalapão in the northeast Cerrado biome. Finally, the fourth chapter deals with an analysis of the phylogenetic relationships of Cnemidophorus based on a combination of mitochondrial and nuclear DNA sequences and morphological data, including others cnemidophorines as internal group. The divergence time among species was estimated by Bayesian methods. The results of this chapter indicate that (1) cnemidophorines includes eight monophyletic groups, (2) Aspidoscelis and Kentropyx are monophyletic, (3) Cnemidophorus and Ameiva are paraphyletic, (4) the origin of the group occurred mainly during Oligocene and diversification within the group occurred mainly during the Miocene, (5) C. parecis is more closely related to Ameiva from the continent than to other species of Cnemidophorus and (6) diversification of the lemniscatus complex occurred during the Miocene and, therefore, was not strongly influenced by Quaternary climatic fluctuations as previously proposed.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, 2011. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-10-31T12:23:01Z No. of bitstreams: 1 2011_LeandroAmbrósioCampos.pdf: 14964950 bytes, checksum: 96a5a57022a78bceb2e8548a9a5c8ba1 (MD5) / Approved for entry into archive by Leila Fernandes (leilabiblio@yahoo.com.br) on 2011-12-15T11:46:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_LeandroAmbrósioCampos.pdf: 14964950 bytes, checksum: 96a5a57022a78bceb2e8548a9a5c8ba1 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-12-15T11:46:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_LeandroAmbrósioCampos.pdf: 14964950 bytes, checksum: 96a5a57022a78bceb2e8548a9a5c8ba1 (MD5) / O gênero Brachycephalus é endêmico da Mata Atlântica, com registros nas regiões Sul, Sudeste, e Nordeste associados às Serras do Mar e da Mantiqueira. Atualmente são reconhecidas 17 espécies para o gênero. No entanto, dados de história natural, biogeografia, coloração, morfologia externa e interna e de osteologia indicam que a diversidade de espécies de Brachycephalus é claramente subestimada. Duas grandes revisões recentes da taxonomia dos anfíbios anuros, motivadas por estudos das relações filogenéticas com base em dados moleculares, resultaram na realocação de várias espécies de anuros de desenvolvimento direto para a família Brachycephalidae. Segundo a proposta mais recente, Brachycephalidae seria composta pelos gêneros Brachycephalus (17 spp.) e Ischnocnema (34 spp.). Contudo, as relações filogenéticas entre espécies do gênero Brachycephalus ainda não haviam sido acessadas. A grande diversidade morfológica registrada para o gênero indica a possibilidade de existirem grupos monofiléticos entre as espécies de Brachycephalus. Nesse trabalho realizamos uma análise filogenética do gênero Brachycephalus com base em dados morfológicos colhidos para 20 espécies (incluindo 11 não descritas). Para enraizamento das hipóteses mais parsimonisosas foram incluídos nas análises exemplares representativos de espécies de todas as famílias de Terrarana com os objetivos de: 1) tratar do monofiletismo do gênero Brachycephalus; 2) discutir a posição de Brachycephalus entre os Terrarana e 3) avaliar de forma explicita a composição da família Brachycephalidae. Para esta análise produzimos 100 caracteres anatômicos com base na morfologia de ossos e do tegumento. Outros dados foram retirados da literatura, totalizando 145 caracteres. Submetemos a matriz a análises de máxima parcimônia no programa TNT. Esta analise resultou em três árvores mais parcimoniosas que diferem apenas quanto as relações entre os grupos sem placas. Nossos resultados confirmam o monofiletismo de Brachycephalus e indicam várias sinapomorfias morfológicas que poderão ser usadas para diagnose do gênero. As espécies de Brachycephalus que apresentam placas ósseas formaram um grupo monofilético. No entanto, as espécies sem placas não formam um grupo monofilético. Ou seja, nossos resultados não suportam a validade do gênero Psyllophryne. Com base nos resultados encontrados estabelecemos uma nova composição para a família Brachycephalidae, com o seguinte arranjo: (Ischnocnema spp. e Barycholos ternetzi) (Holoaden bradei (Euparkerella vii cochranae (Adelophryne sp.(Brachycephalus spp.))))). Desta forma, Adelophryne seria o grupo irmão de Brachycephalus, com Euparkerella e Holoaden também próximos de Adelophryne e Brachycephalus. Para recuperar o monofiletismo do gênero Ischnocnema é necessário que Barycholos ternetzi seja alocado em Ischnocnema. Esse arranjo difere dos anteriormente propostos, mas em nenhum dos trabalhos precedentes, de cunho sistemático, usou-se uma amostra tão completa de representantes de Brachycephalus, tão pouco se explorou tanto da variabilidade morfológica desse grupo. Ainda assim, esperamos que novos arranjos surjam ao se melhorar a amostragem de espécies de Brachycephalus sem placas, além de espécies dos gêneros Adelophryne, Euparkerella e Holoaden. Mesmo com o avanço e vantagens óbvias nas técnicas de uso de sequencias de DNA para a reconstrução da filogenia de vários organismos, deixar de usar esses dados morfológicos e propor hipóteses sobre a evolução dos mesmos seria desperdiçar um grande volume de informação biológica relevante. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brachycephalus is a genus of frogs endemic to the Atlantic Rain Forest, found in south, southeastern and northeast of Brazil, in Serra do Mar and Serra da Mantiqueira. Currently, seventeen species are recognized amongst this genus. However, new data on natural history, biogeography, coloration, external and internal morphology, including osteology, points to obvious underestimation on the species diversity on the genus Brachycephalus. Great taxonomic changes shown on works, such as Frost, et al. (2007) and Hedges, et al. (2008) resulted on the relocation of many direct developing species in the family Brachycephalidae. According to the most recent proposal, Brachycephalidae contains the genus Brachycephalus (17 spp.) and Ischnocnema (34 spp.). Though, the phylogenetic relationships amongst the species of the genus Brachycephalus were not approached yet. The great morphological diversity registered on this genus points to the probable existence of monophyletic groups amongst the species of Brachycephalus. The recognition of such groups of species using phylogenetic tools is of critical importance on taking decisions concerning biological conservation. On the present work, we ran a phylogenetic analysis based on morphological data from 20 species of Brachycephalus (including 11 undescribed). To rooting, we include specimens that represent all the families that belong to Terrarana. Our goals are: 1) Deal with the monophyly of the genus Brachycephalus; 2) discuss the phylogenetic relationship among the genus Brachycephalus and others Terrarana and 3) evaluate the composition of the family Brachycephalidae. We discovered one hundred anatomic characters from the bones and tegument. Other data were taken from the literature, bringing the total of 145 characters. We submitted the data matrix to maximum parsimony analyses on TNT software. This analysis revealed 3 most parcimonious tree, divergent only in the without plates Brachycephalus relationship. The results confirm the monophyly of Brachycephalus and indicate a great number of morphological synapomorphies that should be used for diagnosis of the genus. Species of Brachycephalus that show bone plates formed a monophyletic group. On the other hand, species with no plates is not monophyletic. Consequently, our results do not support the validity of Psyllophryne. We established a new arrangement for the family Brachycephalide based on these results, which is: (Ischnocnema ix spp. and Barycholos ternetzi) (Holoaden bradei (Euparkerella cochranae (Adelophryne sp. (Brachycephalus spp.))))). Thus, Adelophryne is the sister group of Brachycephalus, and Euparkerella and Holoaden are close to Adelophryne and Brachycephalus. It was mandatory to propose that placement of Barycholos ternetzi in Ischnocnema, in order to recover the genus monophyly. Our proposal is different from the previous ones, but none of the systematic based on previous works used such broad sample of specimens of Brachycephalus or explored the morphological variations so thoughtfully. Even so, we hope that new arrangements will show up with a better sampling of plateless Brachycephallus, and also from the geni Adelophryne, Euparkerella and Holoaden. Despite the clear advances and advantages of using DNA sequence data in reconstructing phylogenies, not using such a database of morphological variation for this group of frogs and with that propose hypotheses regarding their evolution would represent a great deal of waste of relevant biological information.