Os levantamentos das espécies de Anastrepha foram realizados com armadilhas do tipo McPhail contendo torula (atraente alimentar) em: (1) Monte Alegre do Sul (janeiro de 2002 a dezembro de 2003) e (2) Monte Alto (janeiro a dezembro de 2004). Foram capturados 30.516 espécimes (15.770 fêmeas e 14.746 machos) em Monte Alegre do Sul, 22.825 exemplares (11.739 machos e 11.086 fêmeas) em Monte Alto. As identificações foram baseadas nas fêmeas. Foram identificadas 13 espécies em Monte Alegre do Sul, das quais, A. fraterculus e A. bistrigata foram predominantes. Em 2003, houve maior diversidade de espécies (11 das 13 espécies). Em Monte Alto, foram identificadas oito espécies, sendo A. fraterculus e A. sororcula predominantes. Os picos populacionais variaram entre as três principais espécies em Monte Alegre do Sul. Para A. fraterculus (Wied.), os picos ocorreram em março/abril e setembro/outubro; para A. bistrigata e A. obliqua, de março a maio. Em Monte Alto, os picos populacionais de A. fraterculus ocorreram em janeiro e outubro de 2004, sendo o acme populacional em outubro. Anastrepha sororcula apresentou um único pico em janeiro, mantendo-se com baixa população no restante do ano. A disponibilidade de goiaba foi o fator principal que influenciou o nível populacional das principais espécies de Anastrepha. Não ficou evidente a influência direta dos fatores climáticos sobre as populações das moscasdas- frutas em Monte Alegre do Sul. Em Monte Alto, os picos populacionais das principais espécies foram um pouco diferentes, ou seja, A. fraterculus teve dois picos (janeiro e outubro), um deles sem a presença de frutos no pomar (janeiro), e A. sororcula ocorreu somente em janeiro (sem frutos no pomar). Houve correlação positiva entre o alto índice de captura de A. sororcula com a precipitação pluvial do município. / Surveys of the Anastrepha species using torula-baited McPhail traps (food attractant) were carried out in Monte Alegre do Sul (January 2002 to December 2003) and Monte Alto (January to December 2004). A total of 30,516 specimens (15,770 females and 14,746 males) were captured in Monte Alegre do Sul, and 22,825 specimens (11,739 males and 11,086 females) in Monte Alto. Species identification was exclusively based on females. Thirteen species were recorded in Monte Alegre do Sul, from which A. fraterculus and A. bistrigata were predominant. The diversity of species was greater in 2003 than in 2004 (11 out of 13 species). Eight species were identified in Monte Alto, from which A. fraterculus and A. sororcula were predominant. The population peaks varied among the three major species in Monte Alegre do Sul. Anastrepha fraterculus peaked in March/April and September/October, and A. bistrigata and A. obliqua from March to May. In Monte Alto, population peaks of A. fraterculus occurred in January and October 2004, with a higher peak in October. Anastrepha sororcula showed a single peak in January, maintaining a low population level during the year. The availability of guava was the main factor that influenced the population level of the major Anastrepha species. No clear indication of the effect of climatic factors on the population density of fruit flies in Monte Alegre do Sul was obtained. The population peaks of the major species were slightly different in Monte Alto as compared to Monte Alegre do Sul, as A. fraterculus peaked twice (January and October), once in January when fruits were unavailable. The peak occurrence of Anastrepha sororcula (January) also coincided with the unavailability of fruits in the orchard. A positive correlation between the high rate of capture of A. sororcula with rainfall in the orchard in Monte Alegre was verified.

Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2018-02-08T13:10:32Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Ronaldo Mendes Evaristo.pdf: 2297085 bytes, checksum: 293f7e08aca7690caa0d317480f9e18e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-08T13:10:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Ronaldo Mendes Evaristo.pdf: 2297085 bytes, checksum: 293f7e08aca7690caa0d317480f9e18e (MD5) Previous issue date: 2017-12-08 / Nos ultimos anos, o aumento da incidência de doenças cardiovasculares na população mundial vem motivando a comunidade científica a buscar novas técnicas ou inovações tecnológicas para complementar os métodos existentes para avaliação do desempenho do coração. Dentre elas, destaca-se a análise da Variabilidade da Frequência Cardíarca (VFC) via eletrocardiograma (ECG), método não invasivo importante na detecção de patologias leves e moderadas cada vez mais frequentes nos seres humanos como doenças coronarianas, arritmias, bradicardias e taquicardias, além de distúrbios na relação entre os sistemas nervosos simpático e parassimpático. Neste trabalho é introduzida uma inovação em um modelo matemático baseado em modulações de exponenciais gaussianas utilizado para reproduzir a morfologia do ECG de seres humanos. Trata-se da introdução de tacogramas gerados por um processo estocástico autorregressivo (AR), previamente à integração das equações diferenciais do modelo, capaz de reproduzir com maior fidelidade a VFC quando comparados com dados experimentais de adultos saudaveis e de adultos com doença arterial coronariana (DAC). Para validar o modelo, os resultados simulados são comparados com dados experimentais via espectro de potencia da transformada wavelet discreta (TWD), gráficos de Poincare e pela analise de flutuação sem tendência. Verificamos que a DAC não altera a morfologia do ECG em situação de repouso, mas influencia significativamente na VFC, sendo que o modelo matemático proposto absorve e reproduz esse comportamento. / In recent years, the increase in the incidence of cardiovascular diseases in the world population has motivated the scientific community to seek new techniques or technological innovations to complement existing methods for assessing heart performance. Among them, stands out the analysis of the Heart Rate Variability (HRV) by electrocardiogram (ECG), an important non-invasive method for the detection of mild and moderate pathologies that are increasingly frequent in humans such as coronary diseases, arrhythmias, bradycardia and tachycardias, besides disturbances in the relationship between the sympathetic and parasympathetic nervous systems. This work introduces an innovation in a mathematical model based on Gaussian exponential modulations used to reproduce the ECG morphology of humans. This is the introduction of tachograms generated by an autoregressive stochastic process (AR), prior to the integration of the diferential equations of the model, capable of reproducing with better delity the HRV when compared with experimental data of healthy adults and adults with coronary artery disease (CAD). In order to validate the model, the simulated results are compared with experimental data using the discrete wavelet transform (DWT) power spectrum, Poincare plots and the detrended uctuation analysis (DFA). We verified that CAD does not change the morphology of ECG in resting state, but it has a significant in uence on HRV, and the proposed mathematical model absorbs and reproduces this behavior.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV14MA158.pdf: 622907 bytes, checksum: 4bef911008ae5cffa26706180f710db4 (MD5) Previous issue date: 2014-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The addition and incorporation of organic matter to the soil, besides favoring crops by improving soil physical, can increase nutrients and add specific biochemicals capable of renewing the native microflora and microfauna. These compounds may, depending on the organic material to act as a suppressant effect and biocontrol. The aim of this study was to evaluate the effect of swine manure compost (DSC) in an orchard of apple, pear and grape vines on the population dynamics of Verticillium dahliae, Fusarium solani, Fusarium oxysporum, Fusarium verticillioides and Trichoderma sp. Soil samples for quantification of fungal colonies and nutrient analysis were collected at a depth of 0-10 cm soil of the orchard with apple, pear and grape vines. The population of pathogenic soil fungi and Trichoderma sp. were obtained by dilution and plating of 10 g of soil samples from soil orchard who received two doses of DSC (50 to 100%) compost and two (50 and 100%), using two culture media (BDA potato-dextrose-agar) and Sabouraud-ágar-chloramphenicol. The application of different doses of DSC and chemical fertilizer began in December 2012, repeated at intervals of 60 days until the 2014 harvest analysis of macronutrients (nitrogen, phosphorus, potassium, calcium and magnesium) and micronutrients (iron, copper, zinc and Manganese) DSC and chemical fertilizer were run using Mehlich-1, spectrophotometry, acid-base titration and Kjeldahl method, all described by Tedesco et al. (1995). Results in the concentration of nutrients was related to the population of Verticillium dahliae, Fusarium solani, Fusarium oxysporum, Fusarium verticillioides and Trichoderma sp. The experimental design was completely randomized, factorial 2 x 5, repeated in time (months). The data were analyzed using the MIXED procedure of SAS (SAS Inst. Inc., Cary, NC, v.9.2) and mean comparisons using Tukey least significant difference p ≤ 0.05. In the apple orchard, Fusarium oxysporum and Fusarium solani showed higher populations in Q100 treatments (0-110 x 103 CFU / g of soil) and Q50 (0-70 x 103 CFU/g of soil) respectively. There were differences in the population periods. Phosphorus, Potassium and Sodium showed significant differences among the treatments tested. In the orchard of pear trees the largest population of Fusarium solani was the S100 treatment (0-50 x 103 CFU/ g of soil). Treatments Q50 and Q100 had higher populations of Verticillium dahliae, Fusarium oxysporum and Fusarium verticillioides in different periods. Concentrations of Nitrogen and Potassium differ between treatments tested. In vineyards the largest populations of Fusarium solani and Fusarium oxysporum were found in December-2012 periods (0-70 x 103 CFU / g of soil) and August 2013 (0-60 x 103 CFU / g of soil) respectively. Concentrations of potassium, phosphorus and sodium were higher in treatment S50 and S100. The orchard of apple, pear and grape vines have different response to chemical and organic fertilization. The intensity of response to fertilization has little influence population dynamics of plant pathogens in soil and Trichoderma / A adição e incorporação de matéria orgânica ao solo, além de favorecer as culturas pela melhoria física do solo, podem potencializar nutrientes e adicionar compostos bioquímicos específicos capazes de renovar a microfauna e microflora nativas. Estes compostos podem, dependendo do material orgânico, agir como efeito supressor e como biocontrole. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da aplicação de dejeto suíno compostado (DSC) em pomar de macieiras, pereiras e videiras, sobre a dinâmica populacional de Verticillium dahliae, Fusarium solani, Fusarium oxysporum, Fusarium verticillioides e Trichoderma sp. Amostras de solo para quantificação de colônias fúngicas e análise de nutrientes foram retiradas na profundidade 0-10 cm de solo do pomar de macieiras, pereiras e videiras. A população de fungos fitopatogênicos de solo e Trichoderma sp. foram obtidas pela diluição e plaqueamento de 10 g de amostras de solo provenientes do solo do pomar que receberam duas doses de DSC (50 e 100%) e duas de adubo químico (50 e 100%), utilizando dois meios de cultura, BDA (batata-dextrose-agar) e Sabouraud ágar-cloranfenicol. A aplicação das diferentes doses de DSC e adubo químico tiveram início em dezembro-2012, repetidas em intervalos de 60 dias até a safra 2014. A análise dos macronutrientes (nitrogênio, fósforo, potássio, cálcio e magnésio) e micronutrientes (ferro,cobre,zinco e Manganês) do DSC e da adubação química foram realizados pelos métodos de Mehlich -1, espectrofotometria, titulação ácido-base e método Kjeldahl, todas descritas por Tedesco et al. (1995). Resultados da concentração de nutrientes foi relacionado à população de Verticillium dahliae, Fusarium solani, Fusarium oxysporum, Fusarium verticillioides e Trichoderma sp. O delineamento experimental foi inteiramente casualisado, em arranjo fatorial 2 x 5, repetidos no tempo (meses). Os dados foram analisados pelo procedimento MIXED do SAS (SAS Inst. Inc., Cary, NC, v.9.2) e as comparações de médias usando a diferença mínima significativa de Tukey p ≤ 0,05. No pomar de macieiras, Fusarium oxysporum e Fusarium solani apresentaram maiores populações nos tratamentos Q100 (0-110 x 103 UFC/g de solo) e Q50 (0-70 x 103 UFC/g de solo) respectivamente. Houve diferenças da população nos períodos avaliados. Fósforo, Potássio e Sódio apresentaram diferenças significativas entre os tratamentos testados. No pomar de pereiras a maior população de Fusarium solani foi ao tratamento S100 (0-50 x 103 UFC/g de solo). Os tratamentos Q50 e Q100 apresentaram maiores populações de Verticillium dahliae, Fusarium oxysporum e Fusarium verticillioides em diferentes períodos de avaliação. Concentrações de Potássio e Nitrogênio apresentaram diferenças nos tratamentos testados. Na cultura da videira as maiores populações de Fusarium solani e Fusarium oxysporum foram encontradas nos períodos dezembro-2012 (0-70 x 103 UFC/g de solo) e agosto-2013 (0-60 x 103 UFC/g de solo) respectivamente. Concentrações de Potássio, Fósforo e Sódio foram superiores nos tratamento S50 e S100. O pomar de macieiras, pereiras e videiras apresentam diferentes resposta a adubação química e orgânica. A intensidade de resposta da adubação pouco influencia a flutuação da população de fitopatógenos de solo e Trichoderma

Os levantamentos das espécies de Anastrepha foram realizados com armadilhas do tipo McPhail contendo torula (atraente alimentar) em: (1) Monte Alegre do Sul (janeiro de 2002 a dezembro de 2003) e (2) Monte Alto (janeiro a dezembro de 2004). Foram capturados 30.516 espécimes (15.770 fêmeas e 14.746 machos) em Monte Alegre do Sul, 22.825 exemplares (11.739 machos e 11.086 fêmeas) em Monte Alto. As identificações foram baseadas nas fêmeas. Foram identificadas 13 espécies em Monte Alegre do Sul, das quais, A. fraterculus e A. bistrigata foram predominantes. Em 2003, houve maior diversidade de espécies (11 das 13 espécies). Em Monte Alto, foram identificadas oito espécies, sendo A. fraterculus e A. sororcula predominantes. Os picos populacionais variaram entre as três principais espécies em Monte Alegre do Sul. Para A. fraterculus (Wied.), os picos ocorreram em março/abril e setembro/outubro; para A. bistrigata e A. obliqua, de março a maio. Em Monte Alto, os picos populacionais de A. fraterculus ocorreram em janeiro e outubro de 2004, sendo o acme populacional em outubro. Anastrepha sororcula apresentou um único pico em janeiro, mantendo-se com baixa população no restante do ano. A disponibilidade de goiaba foi o fator principal que influenciou o nível populacional das principais espécies de Anastrepha. Não ficou evidente a influência direta dos fatores climáticos sobre as populações das moscasdas- frutas em Monte Alegre do Sul. Em Monte Alto, os picos populacionais das principais espécies foram um pouco diferentes, ou seja, A. fraterculus teve dois picos (janeiro e outubro), um deles sem a presença de frutos no pomar (janeiro), e A. sororcula ocorreu somente em janeiro (sem frutos no pomar). Houve correlação positiva entre o alto índice de captura de A. sororcula com a precipitação pluvial do município. / Surveys of the Anastrepha species using torula-baited McPhail traps (food attractant) were carried out in Monte Alegre do Sul (January 2002 to December 2003) and Monte Alto (January to December 2004). A total of 30,516 specimens (15,770 females and 14,746 males) were captured in Monte Alegre do Sul, and 22,825 specimens (11,739 males and 11,086 females) in Monte Alto. Species identification was exclusively based on females. Thirteen species were recorded in Monte Alegre do Sul, from which A. fraterculus and A. bistrigata were predominant. The diversity of species was greater in 2003 than in 2004 (11 out of 13 species). Eight species were identified in Monte Alto, from which A. fraterculus and A. sororcula were predominant. The population peaks varied among the three major species in Monte Alegre do Sul. Anastrepha fraterculus peaked in March/April and September/October, and A. bistrigata and A. obliqua from March to May. In Monte Alto, population peaks of A. fraterculus occurred in January and October 2004, with a higher peak in October. Anastrepha sororcula showed a single peak in January, maintaining a low population level during the year. The availability of guava was the main factor that influenced the population level of the major Anastrepha species. No clear indication of the effect of climatic factors on the population density of fruit flies in Monte Alegre do Sul was obtained. The population peaks of the major species were slightly different in Monte Alto as compared to Monte Alegre do Sul, as A. fraterculus peaked twice (January and October), once in January when fruits were unavailable. The peak occurrence of Anastrepha sororcula (January) also coincided with the unavailability of fruits in the orchard. A positive correlation between the high rate of capture of A. sororcula with rainfall in the orchard in Monte Alegre was verified.

Orientador: Jun Takahashi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-23T16:49:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_RafaelDerradide_D.pdf: 5902855 bytes, checksum: ef026256d77f665d1d9d346c08ad7ec8 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Nas colisões nucleares relativísticas, devido ao comportamento coletivo do sistema, é esperado que a anisotropia espacial inicial da região de uperposição entre os núcleos incidentes seja convertida em uma anisotropia final na distribuição de momento das partículas produzidas. Em particular, o coeficiente de fluxo elíptico, dado pelo segundo harmônico (v2) da decomposição de Fourier da distribuição azimutal das partículas finais produzidas, é um observável sensível à anisotropia geométrica inicial. Neste trabalho, estudamos o comportamento do coeficiente v2 obtido a partir de eventos gerados com o código de evolução hidrodinâmica NeXSPheRIO simulando colisões Au+Au a (SNN)1/2 = 200 GeV. O NeXSPheRIO permite o controle da condição inicial, da evolução hidrodinâmica e gera as partículas finais como em um evento real. Portanto, foi possível aplicar as mesmas técnicas de análise de dados utilizadas experimentalmente. Estudamos os efeitos de flutuações na condição inicial no observável v2 e testamos alguns observáveis experimentais propostos que seriam sensíveis a estas flutuações. Como os observáveis também são sensíveis a outros tipos de correlações, geralmente chamadas de non-flow, e considerando que a maior contribuição pode vir de jatos de partículas gerados nessas colisões, estudamos os efeitos de jatos nesses observáveis. Construímos um modelo simplificado de duas componentes a partir da superposição de eventos NeXSPheRIO, com eventos de colisões p+p produzidos pelo gerador de eventos Pythia. Resultados deste modelo descrevem melhor a dependência de v2 com o momento transversal quando comparados com dados experimentais. Determinamos também que, ao contrário do que se esperava, os observáveis sensíveis à flutuação na condição inicial são pouco afetados pela inclusão dos jatos. Este resultado sugere que os efeitos de non-flow, como considerados aqui, são desprezíveis nas medidas de flutuações de v2, indicando que os resultados obtidos pelos experimentos sejam dominados pelas flutuações da condição inicial / Abstract: Due to the collective behavior of the system created in relativistic nuclear collisions, it is expected that the initial spatial anisotropy of the overlap region between the two incoming nuclei converts into an anisotropy of the momentum distribution of the outgoing particles. In particular, the elliptic flow coefficient, which is given by the second harmonic (v2) of the Fourier decomposition of the final particle azimuthal distribution, is an observable sensitive to the initial geometric anisotropy. In this work, we studied the behavior of the elliptic flow coefficient obtained from events generated using the hydrodynamic-based code NeXSPheRIO for Au+Au collisions at (SNN)1/2= 200 GeV. The NeXSPheRIO code allows the control of the initial condition, the hydrodynamic evolution and produces the outgoing particles just like in a real event. Therefore, it was possible to apply the same data analysis techniques used experimentally. We studied the effects of initial condition fluctuations on flow observables and tested some experimental observables thought to be sensitive to the fluctuations. Since these observables are also sensitive to other types of correlations, usually referred to as non-flow, and considering that the major contribution to them may come from jets of particles generated in the collision, we also studied the effects of jets on these observables. A simplified two-component model was built by superimposing events produced with the NeXSPheRIO code and p+p collision events produced with the Pythia event generator. Results from our model present a better description of the ?2 dependence with transverse momentum when compared to experimental data. Also, opposite to what was expected, the observables sensitive to the fluctuations are not much sensitive to the inclusion of jets. This result may suggest that the contribution of non-flow, as considered here, is negligible in the observed flow fluctuations measurement, which indicates that the values observed in the experiments are mainly dominated by fluctuations from the initial condition / Doutorado / Física / Doutor em Ciências

O problema do folding de proteínas tem sido investigado intensamente há mais de sessenta anos. Entretanto ainda não é encontrado na literatura um modelo que seja capaz de explicar plenamente qual é o mecanismo responsável pelo processo de folding. Neste contexto, a presente tese de doutorado é uma proposta minimalista para investigar o papel de um código estereoquímico, que é centrado no efeito hidrofóbico e nos vínculos estéricos dos aminoácidos (o modelo estereoquímico), no processo em pauta. Esse modelo quando combinado com um método para incluir a flutuação térmica local no sistema cadeia protéica-solvente, possibilita a investigação de um dos aspectos mais extraordinários do problema, a saber, a rapidez do processo de folding, considerado aqui por meio da correlação entre a complexidade da estrutura nativa (alvo) e a taxa de folding. Esse método é motivado por argumentos físico-químicos e biológicos, e é fundamentado na Mecânica Estatística Não Extensiva, via o uso do peso de Tsallis em simulações Monte Carlo (MC). O tempo característico de folding (obtido daquelas simulações e utilizado aqui como um parâmetro analítico do problema), cobre várias ordens de grandeza para cadeias com o mesmo tamanho. Dois conjuntos principais de simulações foram considerados com a finalidade de análise: (i) alguns alvos foram especialmente selecionados e submetidos a simulações MC a várias temperaturas T do reservatório térmico (o meio solvente); e (ii) um total de duzentos alvos com topologias diversas foram submetidos a simulações à mesma temperatura T = 1 (unidades arbitrárias). Com essas simulações foi possível verificar comparativamente o efeito dos dois pesos estatísticos, o de Boltzmann e o de Tsallis, sobre a cinética do processo de folding, e assim revelar comportamentos intrigantes, porém consistentes com o fenômeno focado, como a robustez do processo de folding e , este último emergindo como uma grandeza que depende da complexidade da estrutura nativa. Para estruturas distintas, cobre quatro ordens de grandeza. Os resultados da investigação da correlação entre e parâmetros globais destinados a avaliar a complexidade da topologia da estrutura nativa, como a ordem de contato e a cooperatividade estrutural, corroboram com a noção de que a rapidez do processo de folding é determinada fundamentalmente pela complexidade da topologia da estrutura nativa. / The protein folding problem has been investigated for more than sixty years. However is not yet found in literature a model that is able to fully explain the mechanism behind the folding process. In this context, the present doctoral thesis is a speculative and minimalist proposal to investigate the role of a stereochemical code -grounded in the hydrophobic effect and steric constraints of amino acids (the stereochemical model), in the discussed process. This model, when combined with a method to include local thermal fluctuations in the protein chain-solvent system, enables the investigation of one of the most extraordinary aspects of the problem, namely, the fastness of the folding process, which is studied here by means of the correlation between the complexity of the native structure (target) and the folding process rate. This method is motivated by physical chemistry and biological arguments, and is based on the Nonextensive Statistical Mechanics, by the use of the Tsallis weight in Monte Carlo simulations (MC), where the entropic index q is adjusted at each new conformation of the protein chain. For chains with the same length, the characteristic folding time (estimated from those simulations and used here as an analytical parameter of the problem) span several order of magnitude. Two main sets of simulations were performed for analysis purposes. First, some targets were specially selected and submitted to MC simulations with several temperatures of the thermal reservoir (the solvent), and then a total of two hundred targets with diverse topologies were submitted to simulations with the same reservoir temperature T = 1 (arbitrary units). With such set of simulations, we could compare the effect of two statistical weights, namely the Boltzmann and the Tsallis weight, on the kinetics of the folding process. Intriguing but consistent behavior with respect to the folding phenomenon was reveled, such as the robustness of the process, and about the characteristic folding time , which emerges as an amount that depends on the complexity of the native structure. For distinct structures, covers four orders of magnitude. Our results about the correlation between and global parameters to assess the complexity of the topology of the native structure, such as contact order and structural cooperativity, support the notion that the fastness of the folding process is essentially determined by the complexity of the topology of native structure.

Submitted by Viviane Lima da Cunha (viviane@biblioteca.ufpb.br) on 2016-05-02T10:49:21Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1791577 bytes, checksum: ecd7a6eb8a18230d0145c24932d9e248 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-02T10:49:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1791577 bytes, checksum: ecd7a6eb8a18230d0145c24932d9e248 (MD5) Previous issue date: 2015-08-03 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Hanbury Brown-Twiss experiment is very well established in quantum optics literature, so we devoted this dissertation in order to embed the parity and temporal reversal symmetry in the former experiment. Therefore, we developed the scattering matrix formalism which allow us use some techniques such as the scattering matrices' concatenation of di erent sections in terms of one matrix and the scattering problem of a parity and temporal reverse symmetric system. In this manner, we could derive the scattering matrix of a parity and temporal reverse symmetric Hanbury Brown- Twiss experiment(HBT-PT). With the possession of this matrix, we proposed a theoretical model which provides how to measure the symmetry of this system, which we called correlation functions formalism. In order to stablish the former formalism, we studied B uttiker formalism, which we veri ed how the correlation between 2 incident particles in a system relates to the noise due transport of this particles and what kind of noise we are treating in a given regime which the system is operating. Then, we found the input states in terms of the output states of two particles inciding in a multiterminal system, which we used it's scattering matrix to stablish the relation between the states. Thereat, we derived all the possibles correlations(therefore, the noise) of two incident particles in the former system. Thereby, we analysed the extreme cases of a barrier coupled to the HBT-PT experiment for the purpose of stablish which regime the experiment is symmetric adjusted, so, demonstrating the Hanbury Brown-Twiss E ect with parity and temporal reverse symmetries. / Sendo o experimento Hanbury Brown-Twiss bem estabelecido na literatura da otica quântica, dedicamos esta dissertação a embutir no mesmo experimento a questão da simetria por paridade e reversão temporal. Para tanto, abrimos mão do formalismo da matriz de espalhamento que permitiu nos utilizar tecnicas como a concatenação de matrizes de espalhamento de sec ções diferentes em termos de apenas uma matriz e o problema do espalhamento em um sistema simétrico por paridade e reversão temporal. Dessa forma, pudemos derivar a matriz de espalhamento para o experimento Hanbury Brown-Twiss com simetria de paridade e revers~ao temporal(HBT-PT). De posse dessa matriz, propusemos um modelo teórico que propicia a medição experimental a simetria desse sistema, o qual chamamos de formalismo das fun c~oes de correla c~ao. Para estabelecermos o formalismo supracitado, estudamos o formalismo de Buttiker, onde veri case como a correlaçãao entre 2 partículas incidentes em um sistema relaciona-se com o ru do devido ao transporte dessas part culas e que tipo de ru do estamos tratando, dado o regime em que o sistema está operando. Em seguida, encontramos os estados de entrada em termos dos estados de saída de 2 partículas incidindo em um sistema multiterminal, onde utilizamos a sua matriz de espalhamento para estabelecer a rela c~ao entre os estados. Com isso, derivamos todas as possíveis correlações (e, por conseguinte, o ruído) de 2 partículas incidentes nesse sistema. Assim, analisamos os casos extremos de uma barreira acoplada ao experimento HBT-PT, a m de estabelecer o regime em que o experimento está simetricamente ajustado e demonstramos o Efeito Hanbury Brown-Twiss por paridade e reversão temporal.

O problema do folding de proteínas tem sido investigado intensamente há mais de sessenta anos. Entretanto ainda não é encontrado na literatura um modelo que seja capaz de explicar plenamente qual é o mecanismo responsável pelo processo de folding. Neste contexto, a presente tese de doutorado é uma proposta minimalista para investigar o papel de um código estereoquímico, que é centrado no efeito hidrofóbico e nos vínculos estéricos dos aminoácidos (o modelo estereoquímico), no processo em pauta. Esse modelo quando combinado com um método para incluir a flutuação térmica local no sistema cadeia protéica-solvente, possibilita a investigação de um dos aspectos mais extraordinários do problema, a saber, a rapidez do processo de folding, considerado aqui por meio da correlação entre a complexidade da estrutura nativa (alvo) e a taxa de folding. Esse método é motivado por argumentos físico-químicos e biológicos, e é fundamentado na Mecânica Estatística Não Extensiva, via o uso do peso de Tsallis em simulações Monte Carlo (MC). O tempo característico de folding (obtido daquelas simulações e utilizado aqui como um parâmetro analítico do problema), cobre várias ordens de grandeza para cadeias com o mesmo tamanho. Dois conjuntos principais de simulações foram considerados com a finalidade de análise: (i) alguns alvos foram especialmente selecionados e submetidos a simulações MC a várias temperaturas T do reservatório térmico (o meio solvente); e (ii) um total de duzentos alvos com topologias diversas foram submetidos a simulações à mesma temperatura T = 1 (unidades arbitrárias). Com essas simulações foi possível verificar comparativamente o efeito dos dois pesos estatísticos, o de Boltzmann e o de Tsallis, sobre a cinética do processo de folding, e assim revelar comportamentos intrigantes, porém consistentes com o fenômeno focado, como a robustez do processo de folding e , este último emergindo como uma grandeza que depende da complexidade da estrutura nativa. Para estruturas distintas, cobre quatro ordens de grandeza. Os resultados da investigação da correlação entre e parâmetros globais destinados a avaliar a complexidade da topologia da estrutura nativa, como a ordem de contato e a cooperatividade estrutural, corroboram com a noção de que a rapidez do processo de folding é determinada fundamentalmente pela complexidade da topologia da estrutura nativa. / The protein folding problem has been investigated for more than sixty years. However is not yet found in literature a model that is able to fully explain the mechanism behind the folding process. In this context, the present doctoral thesis is a speculative and minimalist proposal to investigate the role of a stereochemical code -grounded in the hydrophobic effect and steric constraints of amino acids (the stereochemical model), in the discussed process. This model, when combined with a method to include local thermal fluctuations in the protein chain-solvent system, enables the investigation of one of the most extraordinary aspects of the problem, namely, the fastness of the folding process, which is studied here by means of the correlation between the complexity of the native structure (target) and the folding process rate. This method is motivated by physical chemistry and biological arguments, and is based on the Nonextensive Statistical Mechanics, by the use of the Tsallis weight in Monte Carlo simulations (MC), where the entropic index q is adjusted at each new conformation of the protein chain. For chains with the same length, the characteristic folding time (estimated from those simulations and used here as an analytical parameter of the problem) span several order of magnitude. Two main sets of simulations were performed for analysis purposes. First, some targets were specially selected and submitted to MC simulations with several temperatures of the thermal reservoir (the solvent), and then a total of two hundred targets with diverse topologies were submitted to simulations with the same reservoir temperature T = 1 (arbitrary units). With such set of simulations, we could compare the effect of two statistical weights, namely the Boltzmann and the Tsallis weight, on the kinetics of the folding process. Intriguing but consistent behavior with respect to the folding phenomenon was reveled, such as the robustness of the process, and about the characteristic folding time , which emerges as an amount that depends on the complexity of the native structure. For distinct structures, covers four orders of magnitude. Our results about the correlation between and global parameters to assess the complexity of the topology of the native structure, such as contact order and structural cooperativity, support the notion that the fastness of the folding process is essentially determined by the complexity of the topology of native structure.