Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 1998. / Vita. Includes bibliographical references (leaves [42]-50).

Thesis (Ph. D.)--University of Alabama at Birmingham, 2007. / Title from first page of PDF file (viewed Oct. 13, 2008). Includes bibliographical references.

Objetivo: Investigar a influência do tamanho dos fragmentos ovarianos na preservação dos folículos primordiais e primários pós-congelamento. Desenho: Experimento laboratorial controlado. Foram realizadas análises histológicas comparativas em grupos controle e pós-congelamento de fragmentos de ovários bovinos. No grupo dos fragmentos menores, a menor das medidas era de 2mm e no grupo dos fragmentos maiores, todos as medidas eram maiores de 2mm. Local de Realização: Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Faculdade de Veterinária da UFRGS e Centro de Reprodução Humana Nilo Frantz, Porto Alegre, RS, Brasil. Animais: Foi utilizado um ovário de vaca raça Hereford. Resultados Principais: Nos fragmentos congelados com medida de 2mm, e com medidas maiores de 2mm, a percentagem de folículos normais foi de 56% e 34%, respectivamente. O risco relativo para a manutenção dos folículos normais póscongelamento nos fragmentos com de 2mm e maiores de 2mm foi de 0,63 e de 0,47, respectivamente. A comparação desse dois riscos relativos mostrou, de forma significativa (qui-quadrado de heterogeneidade p=0,022), que o impacto do congelamento na redução das taxas de sucesso foi maior nos fragmentos com espessuras maiores de 2mm. Conclusões principais: Este estudo mostrou que há um comprometimento maior na preservação folicular em fragmentos ovarianos criopreservados com espessuras maiores de 2mm. / Aims of the study: To assess the effect of different tissue sizes on the morphology of primordial and primary follicles after cryopreservation. Desing: Laboratorial controlled experiment. Comparative histological evaluations were performed of fresh control and cryopreserved tissue strips. Two groups were analyzed. In the group of the smaller fragments, the major face measure 2mm and in the group of the larger fragments, all the faces measure more than 2mm. Setting: Veterinary School of the Federal University of Rio Grande do Sul and Nilo Frantz Assisted Reproduction Clinic, Porto Alegre, RS, Brazil. Animal (s): One ovary from a Hereford cow. Main results: The percentages of normal follicles in large ovarian fragments cut into 2mm and >2mm slices were 56% and 34%, respectively. The relative risks to obtain normal follicles in the 2mm and >2mm strips after cryopreservation were 0.63 and 0.47, respectively. The comparison of the two relative risks shows significantly (heterogeneity qui-square p=0.022) that the effect of freezing on reducing success rate was higher in large tissue fragments that are cut >2mm. Conclusion(s): The present study shows that there is an increased risk of damage to primary and primordial follicles when the cryopreserved fragment has all its measures larger than 2mm.

Objetivo: Investigar a influência do tamanho dos fragmentos ovarianos na preservação dos folículos primordiais e primários pós-congelamento. Desenho: Experimento laboratorial controlado. Foram realizadas análises histológicas comparativas em grupos controle e pós-congelamento de fragmentos de ovários bovinos. No grupo dos fragmentos menores, a menor das medidas era de 2mm e no grupo dos fragmentos maiores, todos as medidas eram maiores de 2mm. Local de Realização: Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Faculdade de Veterinária da UFRGS e Centro de Reprodução Humana Nilo Frantz, Porto Alegre, RS, Brasil. Animais: Foi utilizado um ovário de vaca raça Hereford. Resultados Principais: Nos fragmentos congelados com medida de 2mm, e com medidas maiores de 2mm, a percentagem de folículos normais foi de 56% e 34%, respectivamente. O risco relativo para a manutenção dos folículos normais póscongelamento nos fragmentos com de 2mm e maiores de 2mm foi de 0,63 e de 0,47, respectivamente. A comparação desse dois riscos relativos mostrou, de forma significativa (qui-quadrado de heterogeneidade p=0,022), que o impacto do congelamento na redução das taxas de sucesso foi maior nos fragmentos com espessuras maiores de 2mm. Conclusões principais: Este estudo mostrou que há um comprometimento maior na preservação folicular em fragmentos ovarianos criopreservados com espessuras maiores de 2mm. / Aims of the study: To assess the effect of different tissue sizes on the morphology of primordial and primary follicles after cryopreservation. Desing: Laboratorial controlled experiment. Comparative histological evaluations were performed of fresh control and cryopreserved tissue strips. Two groups were analyzed. In the group of the smaller fragments, the major face measure 2mm and in the group of the larger fragments, all the faces measure more than 2mm. Setting: Veterinary School of the Federal University of Rio Grande do Sul and Nilo Frantz Assisted Reproduction Clinic, Porto Alegre, RS, Brazil. Animal (s): One ovary from a Hereford cow. Main results: The percentages of normal follicles in large ovarian fragments cut into 2mm and >2mm slices were 56% and 34%, respectively. The relative risks to obtain normal follicles in the 2mm and >2mm strips after cryopreservation were 0.63 and 0.47, respectively. The comparison of the two relative risks shows significantly (heterogeneity qui-square p=0.022) that the effect of freezing on reducing success rate was higher in large tissue fragments that are cut >2mm. Conclusion(s): The present study shows that there is an increased risk of damage to primary and primordial follicles when the cryopreserved fragment has all its measures larger than 2mm.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-12Bitstream added on 2014-06-13T21:00:54Z : No. of bitstreams: 1 sampaio_rcn_me_botfca.pdf: 767675 bytes, checksum: becd907541dbe51345d5e208bdc9d31e (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os processos de fragmentação florestal geram intensa degradação na Mata Atlântica, atualmente um dos biomas mais ameaçados do mundo. O efeito de borda é um dos fatores chave ligados à fragmentação de habitats, que contribui para a degradação dos fragmentos florestais.Em florestas estacionais semideciduais, cujo processo de fragmentação é antigo, a importância do efeito de borda ainda não está bem documentada.Os objetivos do trabalho foram estudar o efeito de borda em um fragmento de floresta estacional semidecidual em função de características do meio físico e estrutura da vegetação. O estudo foi realizado num remanescente florestal no município de Lençóis Paulista, SP, a RPPN “Olavo Egydio Setúbal”. O fragmento é circundado por plantios comerciais de eucalipto, sendo parte do mesmo vizinha a um talhão de Pinus sp., recentemente cortado e substituído por Eucalyptus sp, que se encontrava ainda bastante jovem no início do estudo. Foram amostradas quatro transeções de 200m, alocadas perpendicularmente à borda deste talhão jovem, até o interior do fragmento, onde se coletaram trimestralmente variáveis microclimáticas (temperatura e umidade do ar, umidade do solo, intensidade luminosa e temperatura do solo). Foram amostrados também todos os indivíduos regenerantes (≥50 cm e < 1,30m de altura) das transecções, em subparcelas de 1x10 m; e os indivíduos com altura ≥1,30m em parcelas contíguas de 10x10 m. O efeito principal da distância à borda foi estudado através de análise de regressão não linear (modelo exponencial), usando-se o programa “Statistica 7.0”. As curvas foram ajustadas relacionando as variáveis com a distância à borda. Os dados foram submetidos à análise de variância para se estudar o gradiente borda-centro. Os resultados obtidos indicaram... / Forest fragmentation processes have been leading to a fast degradation of Atlantic Forest Biome in Brazil, currently one of the most threatened world’s biomes. The edge effect is one of the key processes linked to habitat fragmentation, which accounts for much of ecosystem degradation. In seasonal semideciduous forest ecosystems, were the fragmentation process is older, the importance of edge effect has not been sufficiently documented. We had the objective to assess the edge effect existing in a seasonal tropical forest fragment, considering physical environment and forest structure parameters .The study was conducted in a remnant forest at Lençóis Paulista county, state of São Paulo , at the “Olavo Egydio Setubal”private reserve. The forest is surrounded by Eucalyptus sp commercial plantations and a former Pinus sp stand which had been recently harvested and shifted to Eucalyptus sp. We sampled four 200m long transects, allocated perpendicularly from the edge to the inner part of the fragment. Microclimatic variables (air temperature and relative humidity, soil moisture, light intensity and soil temperature) where collected every three months, during three consecutive days in each transect. We also sampled all individuals with height ≥1,30m in 10x10 m contiguous plots and the regenerating individuals (height ≥50 cm and < 1,30m) in one 1x10 m subplots inside each plot. Data were analyzed using descriptive statistics and analysis of variance. The main effect of distance to the edge was studied by nonlinear regression analysis (exponential model) using the package Statistica 7.0. The results indicated... (Complete abstract click electronic access below)

Objetivo: Investigar a influência do tamanho dos fragmentos ovarianos na preservação dos folículos primordiais e primários pós-congelamento. Desenho: Experimento laboratorial controlado. Foram realizadas análises histológicas comparativas em grupos controle e pós-congelamento de fragmentos de ovários bovinos. No grupo dos fragmentos menores, a menor das medidas era de 2mm e no grupo dos fragmentos maiores, todos as medidas eram maiores de 2mm. Local de Realização: Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Faculdade de Veterinária da UFRGS e Centro de Reprodução Humana Nilo Frantz, Porto Alegre, RS, Brasil. Animais: Foi utilizado um ovário de vaca raça Hereford. Resultados Principais: Nos fragmentos congelados com medida de 2mm, e com medidas maiores de 2mm, a percentagem de folículos normais foi de 56% e 34%, respectivamente. O risco relativo para a manutenção dos folículos normais póscongelamento nos fragmentos com de 2mm e maiores de 2mm foi de 0,63 e de 0,47, respectivamente. A comparação desse dois riscos relativos mostrou, de forma significativa (qui-quadrado de heterogeneidade p=0,022), que o impacto do congelamento na redução das taxas de sucesso foi maior nos fragmentos com espessuras maiores de 2mm. Conclusões principais: Este estudo mostrou que há um comprometimento maior na preservação folicular em fragmentos ovarianos criopreservados com espessuras maiores de 2mm. / Aims of the study: To assess the effect of different tissue sizes on the morphology of primordial and primary follicles after cryopreservation. Desing: Laboratorial controlled experiment. Comparative histological evaluations were performed of fresh control and cryopreserved tissue strips. Two groups were analyzed. In the group of the smaller fragments, the major face measure 2mm and in the group of the larger fragments, all the faces measure more than 2mm. Setting: Veterinary School of the Federal University of Rio Grande do Sul and Nilo Frantz Assisted Reproduction Clinic, Porto Alegre, RS, Brazil. Animal (s): One ovary from a Hereford cow. Main results: The percentages of normal follicles in large ovarian fragments cut into 2mm and >2mm slices were 56% and 34%, respectively. The relative risks to obtain normal follicles in the 2mm and >2mm strips after cryopreservation were 0.63 and 0.47, respectively. The comparison of the two relative risks shows significantly (heterogeneity qui-square p=0.022) that the effect of freezing on reducing success rate was higher in large tissue fragments that are cut >2mm. Conclusion(s): The present study shows that there is an increased risk of damage to primary and primordial follicles when the cryopreserved fragment has all its measures larger than 2mm.

O presente estudo descreve e caracteriza três dos gêneros poéticos que, segundo a tradição, teriam sido praticados por Píndaro: o hiporquema, o partênio e o prosódio. Essa descrição foi realizada, principalmente, a partir do estudo dos testemunhos dos autores antigos, da análise dos fragmentos remanescentes desses gêneros e da discussão do conhecimento acumulado pela crítica moderna com relação ao tema. Buscou-se identificar o que é cada um desses gêneros, suas origens, as diferenças e semelhanças com relação aos demais gêneros mélicos, sua funçao, finalidade, ocasião na qual eram executados e os principais autores que os praticaram. Além disso, foi realizado um comentário detalhado de cada um dos fragmentos pindáricos supérstites classificados nesses gêneros, destacando questões relacionadas com as dimensões poética, histórica, mítica, lexical, da tradição textual, gramatical e métrica, buscando, quando possível, uma interpretação ao mesmo tempo pormenorizada e completa de cada fragmento. Adicionalmente, discutiu-se a classificação, pelas fontes antigas, desses fragmentos nos gêneros estudados. Por fim, foi realizada uma tradução dessas odes para o português. / This study describes and characterizes three of poetic genres which, according to tradition, had been practiced by Pindar: hyporchemata, parthenia and prosodia. The description was mainly carried out from the study of the testimonies of ancient authors, from the analysis of the remaining fragments of these genres and from the discussion of knowledge accumulated by modern criticism on the issue. We sought to define what each of these genres, its origin, its basic characteristics, differences and similarities with respect to the other melic genres, purpose, occasion for which were made, the situation in which they were executed and the main authors who practiced them. In addition, we performed a detailed comment of pindaric fragments classified in these genres, highlighting issues related to the poetic, historical, mythical, lexical, textual and metrics dimensions, seeking to interpret each fragment. Additionally, it was discussed the classification, by ancient sources and the modern editors, of these fragments in the genres studied. Finally, we performed a translation of these odes to the Portuguese.

Multiple sclerosis is a neurodegenerative disorder affecting the central nervous system (CNS). Currently, the disease is incurable and immunomodulating drugs are the only option to control the disease. CD49d is an adhesion receptor expressed on most immune cells. Antibodies that bind to CD49d and block immune cells from trafficking toward the CNS are being pursued as one class of therapeutics. In this work, by combining recombinant antibody and phage display technologies we isolated 10 anti-CD49d single domain antibodies from a synthetic antibody light chain variable domain (VL) phage display library. Isolated VLs (~ 12 kDa) were expressed in Escherichia coli, purified and analysed for biophysical characteristics. The majority were expressed in good yields and were non-aggregating. All 10 VLs bound recombinant CD49d by ELISA, and 7 bound to CD49d-expressing cells in flow cytometry experiments. To empower the VLs for better therapeutic efficacy (thru increasing avidity and half-life), three of the lead VLs were re-engineered as fusions to fragment crystallisable (Fc) of human immunoglobulin gamma (IgG). The engineered hFc-VL fragments (~ 70 – 90 kDa) retained their specificity for CD49d by flow cytometry. With (i) being less immunogenic due to their human nature, (ii) their efficient access to cryptic epitopes (iii) having half-lives comparable to IgGs’ and (iv) being more cost effective compared to IgGs, these novel antibody fragments (monovalent VLs and bivalent hFc-VLs) provide a promising therapeutic platform against multiple sclerosis.

Buscando o estabelecimento de base concreta para conservação dos fragmentos florestais em Ribeirão Preto, SP, foi efetuado o diagnóstico da vegetação natural no município. Existem 102 remanescentes florestais, e em 99 deles foi efetuado levantamento florístico expedito. Foram encontradas 494 espécies arbóreas, pertencentes a 74 famílias botânicas, além de 31 espécies exóticas. Baseada na composição de espécies de cada fragmento, foi efetuada análise de correspondência retificada (DCA), utilizando a classe de solo onde situa-se o fragmento como variável categórica. Esta análise indica a existência de quatro grupos de vegetação: Mata Mesófila, Mata Decídua, Mata Paludícola e Cerrado, que ocorrem, respectivamente, em Latossolo Roxo, Litossolo, Solo Hidromórfico e Latossolo Vermelho Escuro ou Latossolo Vermelho Amarelo. Cada grupo apresenta composição florística própria e fisionomia típica. A riqueza de espécies encontrada em cada fragmento variou de 13 a 134 espécies. Há um grande número de espécies com ocorrência rara – 275 espécies (52,38%) ocorrem em menos de 5% dos fragmentos, e nove espécies (1,71%) ocorrem em mais de 50% dos remanescentes. Há espécies com ocorrência rara em todos os fragmentos, mas elas tendem a ocorrer em maior número nos fragmentos maiores. Cada fragmento apresenta uma pequena porcentagem do total de espécies da formação, o que indica que, para conservar a diversidade de espécies, todos os fragmentos são importantes. Em geral, predominam nos fragmentos as espécies secundárias iniciais e zoocóricas, com uma tendência de aumentar a proporção de espécies pioneiras e anemocóricas com o aumento das perturbações antrópicas. A maioria dos fragmentos são pequenos e isolados. A análise do componente principal (PCA) mostrou que a área e a área core, fator de forma e dimensão fractal, e os índices de proximidade e similaridade são, respectivamente, os principais fatores atuantes nos três primeiros eixos. A área e a área core apresentaram correlação significativa e positiva com a riqueza de espécies nas Matas Mesófilas e Decíduas. A forma e o isolamento não apresentaram correlação com a riqueza de espécies. Considerando fatores biológicos (riqueza de espécies e proporção de espécies com ocorrência rara) e abióticos (área do fragmento, proporção de área core e índice de similaridade), foi construído o Valor de Conservação (VC), que permite hierarquizar os fragmentos de acordo com sua importância para conservação. A análise conjunta do resultado deste índice e a distribuição espacial dos fragmentos indica que há duas situações que merecem atenção: 1) muitos fragmentos com elevado valor de conservação situam-se em área de expansão urbana e, portanto, expostos a maior pressão antrópica; 2) há uma concentração de fragmentos grandes e próximos entre si, que apresentam elevado VC, na região sul do município, ao longo do ribeirão da Onça, que incluem matas mesófilas, matas paludícolas e cerrado. Em ambos os casos, é sugerida a criação de Áreas de Proteção Ambiental (APA), para potencializar as ações de conservação destas áreas. / In a search to establish a solid base for conservation of forest fragments in Ribeirão Preto, SP, a diagnosis of the natural vegetation of the municipality was done. There are 102 forest remnants and in 99 of them an expeditious floristic survey was carried out. In this survey, 494 tree species were found belonging to 74 botanic families along with 31 exotic species. Based on the species composition of each fragment, a Detrended Correspondence Analysis (DCA) was conducted using the soil class where the fragment is found as categorical variable. This analysis indicates the existence of four vegetation groups: mesophytic forests, deciduous forests, swampy forests and cerrado, that occur respectively in purple latosol, lithosol, hydromorphic soil and dark red latossol or yellow red latossol. Each group presents its own floristic composition and typical vegetation physiognomy. The richness of species found in each fragment was from 13 to 134 species. There is a very large number of species that are very difficult to find - 275 species (52,38%) that occur in less than 5% of the fragments and 9 species (1,71%) occur in more than 50% of the remnants. There are species with rare occurrences in all fragments, but they tend to occur in larger number in the bigger ones. Each fragment presents a small percentage of the total of species, which indicates that to preserve the species diversity all the fragments are important. Generally, the initial secondary and animal dispersed species predominate in the fragments with the tendency to increase the proportion of the pioneer and wind dispersed species with the increase of the human disturbance. The majority of the fragments are small and isolated. The Principal Component Analysis (PCA) shows that the area and the core area, shape factor and fractal dimension, and the proximity index and similarity are, respectively, the main factors acting on the first three axes. The area and the core area showed significant and positively correlated with the species richness in the mesophytic and deciduous forests. The shape and the isolation did not show correlation with the species richness. Considering the biological factors (richness and proportion of species with rare occurrence) and spatial patterns (fragment area, core area proportion and similarity index), the conservation value (VC) was built, which allows us to set a hierarchy of the fragments according to their importance to conservation. The joint analysis of the result of this index and the fragments spatial distribution indicates that there are two situations that deserve attention: 1) many fragments with high conservation value are located in the urban expansion area and therefore exposed to a bigger human disturbance; 2) There is a concentration of large fragments, which are close to each other, that show a high VC in the southern region of the municipality, along the Onça creek, that includes mesophytic forests,swampy forests and cerrado. In both cases the creation of Environmental Protection Areas (APA) are suggested in order to enhance the conservation actions in these areas.

Atualmente, existe um grande número de ferramentas para montagem de fragmentos de DNA disponíveis. Neste trabalho apresentamos um estudo comparativo das ferramentas CAP2, FAKtory, TIGR e PHRAP. Para realizarmos este estudo, primeiramente executamos esses sistemas de montagem sobre 12 casos de testes distintos. Após isso, tomamos os resultados obtidos por cada um deles e os comparamos com as seqüências de onde os fragmentos foram originalmente obtidos. Os testes utilizados avaliam a eficiências dos programas com relação a três problemas associados ao processo de montagem (erros no sequenciamento, fragmentos quimeras e regiões repetidas) e pudemos ver que nenhum dos sistemas é claramente superior aos demais no tratamento de todos eles. Cada ferramenta de montagem parece tratar de melhor forma um problema em especial.Além de avaliarmos os resultados, realizamos também um estudo. / Noways, several peckages for DNA fragment assembly are aviable. In this wok we present a comparative study of the preformances of the programs CAP2, FAKtory, TIGR e PHrap. To get to our objetives, we firt ran each of these programs on twelve intances. After this,we compared the outputs with the sequences from wich the fragments were originally obtained. In this comparison,we took into consideration three problems related to fragments assembly (sequencing errors, chimeric fragments and repeats regions). We conclude that no one of the packages we tested is more efficient than the others when considering all the problems cited above. If we consider a particular problem, the we observed different performances among the programs. Even more, we compare the packages with respect to theirs to CPU times.