Entre as muitas aplicações das tecnologias de identificação biológica humana, estão as finalidades forenses. O objetivo desta pesquisa foi verificar frequências alélicas de Short Tandem Repeat (STR) e os parâmetros estatísticos de interesse em genética de populações e forense para desenvolver o primeiro banco de dados populacional de DNA na Faculdade de Odontologia de Bauru, Universidade de São Paulo, (FOB/USP) para futuros usos forenses. Frequências alélicas de 15 locos autossômicos e do marcador de gênero amelogenina foram determinadas utilizando amostras de 200 μL de saliva doados por 296 alunos de graduação da FOB/USP, com idade ≥ 18 anos, após aprovação ética. Os testes laboratoriais foram feitos com kits comerciais. Resultados e parâmetros estatísticos foram obtidos por meio de programas clássicos: GeneMapper-ID-X, MS Excel 2002 versão 10.6871.6870, GenAlEx 6.5 e Arlequin 3.5, comparando quatro populações (brasileira, portuguesa, norte-americana e a população deste estudo). Os locos mais polimórficos foram D18S51 (17 alelos) e FGA (15 alelos), seguidos pelo D21S11 (13 alelos) e os menos polimórficos foram D16S539 e TH01 (7 alelos cada). A análise comparativa com amostra da população brasileira proveniente de estudos anteriores (n > 100.000) pelo teste goodness of fit X2 index não mostrou diferenças significativas entre estes grupos (p = 0,9999). Outros parâmetros estatísticos foram calculados comparando as populações: local (deste estudo), portuguesa e norte-americana. A análise de variância molecular (AMOVA) entre as três populações, entre as pessoas da mesma população e para cada pessoa de cada população mostrou que existe uma elevada variância individual (99%), que esta variância é mantida uniformemente entre as pessoas da mesma amostra/região (1%) e entre as três populações estudadas (0%). O estudo confirmou o elevado grau de polimorfismo e a alta heterozigosidade (96,5%) da população. Houve diferença significativa quanto ao gênero (79,7% mulheres) quando comparado à população brasileira em geral (50,4%), explicada pelas características do corpo discente da FOB/USP composto por 80,6% de pessoas do gênero feminino. Interessante foi a observação de uma microvariante alélica no loco D18S51, fora da escada padrão e da escala de abrangência do kit, correspondente ao alelo 29, ainda não definida na base de dados internacional (STRBase, atualizada em 07/08/2015). Esta microvariante deverá ser confirmada por testes familiares e sequenciamento de DNA para verificar a possibilidade de outra ocorrência familiar ou duplicação de nucleotídeos. No futuro, os dados obtidos neste estudo devem ser incorporados ao banco de dados da população brasileira e podem ser considerados como referência genética da população regional, ajudando a elucidar casos forenses. Após a confirmação, a potencial nova microvariante alélica contribuirá para a base de dados internacional STRBase. / There are many ways of applying biological human identification technologies, among these are forensic applications. The objective of this study was to verify allele frequencies for 15 autosomal short tandem repeat (STR) loci and develop the first human DNA population database at the Bauru School of Dentistry, University of São Paulo (FOB/USP), for future forensic uses. Allele frequencies for these STR loci and an amelogenin gender marker were determined using 200 μL samples of saliva donated by 296 undergraduates from FOB/USP who were ≥ 18 years old at the time of the sample collect after signing a consent form with ethical approval. For laboratory tests, commercial kits were used. Results and statistical parameters were obtained using the following software: GeneMapper IDX (version 1.5), MS Excel 2002 (version 10.6871.6870), GenAlEx (version 6.5) and Arlequin (version 3.5) to compare four populations (Brazil, Portugal, U.S. and this study population). Results indicated that the most polymorphic loci were D18S51 (17 alleles) and FGA (15 alleles), followed by D21S11 (13 alleles); the least polymorphic loci were D16S539 and TH01 (7 alleles each). Various Brazilian populations (n > 100,000) from other studies were compared with this studys Brazilian population using a goodness-of-fit chi-squared test, and no significant differences in these frequencies were observed between these two population groups (p = 0.9999). Other forensic and population genetic statistical parameters were calculated comparing this studys population with Portugal and U.S. populations. For example, an analysis of molecular variance (AMOVA) among all populations, among people of the same population and for each person for each population, showed that people have high individual variance (99%) and that this variance is maintained evenly between people of the same sample/region (1%) and among the three populations studied (0%). This study reinforced the conclusion of other allele frequency population studies for the 15 autosomal STR loci tested, confirming high polymorphic grade and high heterozygosity (96.5%). There were significantly more women in the study (79.7%) when compared to the general Brazilian population (50.4%) since the student body of FOB/USP is 80.6% female. Interestingly, an off-ladder D18S51 allele micro-variance corresponding to the allele 29, not yet identified, was found which should be confirmed using paternity and sequencing tests to verify the possibility of either familial occurrence or nucleotide duplication. In the future, due to the small differences found, the parameters obtained in this study should be incorporated into the Brazilian population database and be considered for a regional population genetic prototype database potentially aiding forensic cases with comparisons and calculations. After confirmation, the potentially new micro variant allele found could be included in the international STRBase.

O manejo de Helicoverpa armigera (Hübner) no Brasil tem sido baseado principalmente no controle químico. O uso de inseticidas de grupos químicos mais recentes, tais como diamidas e espinosinas, tem sido crescente no controle de H. armigera e de outros lepidópteros-praga que ocorrem em diferentes sistemas de produção de cultivos. Para a implementação de estratégias proativas de manejo da resistência de insetos, os objetivos da presente pesquisa foram (i) caracterizar as linhas-básicas de suscetibilidade a inseticidas diamidas (chlorantraniliprole, cyantraniliprole e flubendiamide) e espinosinas (spinosad e spinetoram) em populações de H. armigera do Brasil; (ii) estimar a frequência inicial de alelo que confere resistência a chlorantraniliprole e spinosad; e (iii) caracterizar o padrão de herança da resistência de H. armigera a flubendiamide e a resistência cruzada com outras diamidas. Inicialmente foram realizadas a caracterização das linhas-básicas de suscetibilidade a inseticidas diamidas e espinosinas em sete populações de H. armigera coletadas na safra 2013/2014. Foram verificadas baixas variações na suscetibilidade a inseticidas diamidas (< 5 vezes) e espinosinas (&asymp; 2 vezes) entre as populações testadas, baseada na DL50. A frequência inicial do alelo que confere resistência de H. armigera a chlorantraniprole, estimada pelo método F2 screen, foi de 0,00694 (IC95%, 0,00018 - 0,02561) em 2014 a 0,04348 (IC95%, 0,01216 - 0,09347) em 2015. Para spinosad, a frequência foi de 0,02632 (IC95% 0,01149 - 0,04706) em populações de H. armigera coletadas na safra 2014/2015. Posteriormente, foram conduzidos o monitoramento da suscetibilidade com bioensaios de doses diagnósticas (DL99) de cada inseticida em populações de H. armigera coletadas no período de 2013 a 2017. Foram observadas reduções significativas na suscetibilidade a inseticidas diamidas em populações de H. armigera no decorrer das safras agrícolas, com sobrevivências de lagartas de 0% (em 2013) até 22% (em 2017). Não foram observadas diferenças significativas na suscetibilidade a inseticidas espinosinas em populações de H. armigera no decorrer das safras agrícolas de 2013 a 2016. Contudo, foram verificadas reduções significativas na suscetibilidade das populações avaliadas na safra 2016/2017, com sobrevivência de até 20% na dose diagnóstica de spinosad. A razão de resistência da linhagem de H. armigera resistente a flubendiamide foi &asymp; 1770 vezes. Foram verificadas a presença de baixa resistência cruzada entre flubendiamide e outras diamidas (chlorantraniliprole e cyantraniliprole). Baseado nos cruzamentos recíprocos entre as linhagens suscetível e resistente a flubendiamide, o padrão de herança da resistência de H. armigera a flubendiamide é autossômico e incompletamente dominante. Retrocruzamentos da progênie dos cruzamentos recíprocos com a linhagem suscetível revelou que a resistência de H. armigera a flubendiamide é monogênica. Os resultados obtidos neste trabalho evidenciam o alto risco de evolução da resistência e a necessidade de implementação de estratégias de manejo da resistência a inseticidas diamidas e espinosinas em H. armigera no Brasil. / The management of Helicoverpa armigera (Hübner) in Brazil has been based mainly on chemical control. The use of insecticides from relatively new chemical groups, such as diamides and spinosyns, has increased to control H. armigera and other lepidopteran-pests occurring in different cropping production systems. For implementing a proactive insect resistance management, the objectives of this research were: (i) to characterize the baseline susceptibility to diamide (chlorantraniliprole, cyantraniliprole and flubendiamide) and sypnosyn (spinosad and spinetoram) insecticides in H. armigera populations from Brazil; (ii) to estimate the initial frequency of resistance allele to chlorantraniliprole and spinosad; and (iii) to characterize the inheritance of resistance of H. armigera to flubendiamide and the cross-resistance to other diamides. Initially, the baseline susceptibility to diamide and spinosyn insecticides was characterized in seven H. armigera populations collected in 2013/2014 growing season. Low variability in the susceptibility to diamide (< 5-fold) and sypinosyn (&asymp; 2-fold) insecticides was detected among H. armigera populations, based on LD50. The initial frequency of resistance allele of H. armigera to chlorantraniliprole, estimated by F2 screen method, was 0.00694 (CI95%, 0.00018 - 0.02561) in 2014 to 0.04348 (CI95%, 0.01216 - 0.09347) in 2015. To spinosad, the frequency was 0.02632 (CI95% 0.01149 - 0.04706) in H. armigera populations collected in 2014/2015. Then, insecticide susceptibility monitoring was conducted with diagnostic dose (LD99) bioassays of each insecticide in H. armigera populations collected from 2013 to 2017. A significant reduction in the susceptibility to diamide insecticides was detected throughout growing seasons, with larval survival from 0% (in 2013) up to 22% (in 2017). There were no significant differences in the susceptibility to spinosyn insecticides in H. armigera populations collected from 2013 to 2016. However, a significant reduction in the susceptibility was detected in populations from 2016/2017 growing season, with larval survival up to 20% at the diagnostic dose of spinosad. The resistance ratio of flubendiamide-resistant strain of H. armigera was &asymp; 1,770-fold. A low cross-resistance was detected between flubendiamide and other diamides (chlorantraniliprole and cyantraniliprole). Based on reciprocal crosses between susceptible and flubendiamide-resistant strains, the inheritance of H. armigera resistance to flubendiamide is autosomal and incompletely dominant. Backcrosses of the progenies from reciprocal crosses to the susceptible strain revealed that the resistance of H. armigera to flubendiamide is monogenic. The results obtained herein showed the high risk of resistance evolution and the need of implementation of resistance management strategies to diamide and spinosyn insecticides in H. armigera in Brazil.

Submitted by ROBERTO PAULO CORREIA DE ARAÚJO (ppgorgsistem@ufba.br) on 2017-05-24T12:09:41Z No. of bitstreams: 1 THAIANA DE OLIVEIRA SACRAMENTO.pdf: 2144147 bytes, checksum: da22bfec1bea19a06b5a5c97d15831fa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-24T12:09:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 THAIANA DE OLIVEIRA SACRAMENTO.pdf: 2144147 bytes, checksum: da22bfec1bea19a06b5a5c97d15831fa (MD5) / A esclerose múltipla é uma doença que afeta preferencialmente o sistema nervoso central de mulheres jovens, causando-lhes graus variáveis de incapacidades física e cognitiva. Etiologicamente associa fatores ambientais, biológicos, sócioeconômicos e genéticos, como por exemplo genes do MHC classe II, especialmente os alelos HLADRB1* 15. Seu diagnóstico é bastante difícil, mas níveis solúveis de IgG podem sugerir atividade da doença. Objetivo:Determinar a frequência dos alelos HLA DRB1* na população baiana em geral e em portadores de esclerose múltipla atendidos no centro de referência do CHUPES, UFBA, no período de outubro de 2014 a abril de 2015 e associá-las aos níveis séricos de IgG. Metodologia: Estudo do tipo caso-controle, aprovado pelo comitê de ética da Faculdade de medicina da Universidade Federal da Bahia (CAAE: 3517134.0.0000.5577), que envolveu uma amostra de conveniência composta por 197 indivíduos, cujos dados sócioclínico-demográficos foram coletados através de questionário desenvolvido para a pesquisa. A genotipagem dos alelos HLADRB1* foi realizada através da técnica “HLA-DR SSO Genotyping Test” e a determinação dos níveis séricos de IgG por nefelometria. Resultados: A análise quantitativa revelou um perfil genotípico do tipo HLA-DRB1*15 (20,5%) em mulheres (83,0%) das raças negra ou parda (75,0%), com faixa etária entre 30 e 39 anos (28,0%), que desenvolveram a forma surtorremissiva da doença (76,0%), nas fases mais avançadas da vida (55,0%), sem permanência de sequela clínica (70,0%) e que usavam algum tipo de Interferon (58,0%). O IgG sérico para o grupo de doentes alcançou valor médio de 1.410 ± 323 mg/dL, e nos controles, esta média foi de 1.532 ± 310 mg/dL. A análise qualitativa indicou maiores frequências, nas formas progressivas de esclerose múltipla dos grupos alélicos HLA-DRB1*12 (22,0%), e dos alelos HLA-DRB1*13 (12,6%) e HLA-DRB1*15 (22,0%) naqueles indivíduos com a forma surto-remissiva. Negros e pardos demonstraram maior prevalência do alelo HLA-DRB1*15 (24,0%), enquanto que nos brancos maior frequência do alelo HLA-DRB1*07 (20,0%) foi encontrada. Negros e pardos portadores da doença tenderam a apresentar maiores níveis séricos médios de IgG (25,4%). Conclusão: Houve forte associação entre as frequências alélicas encontradas e as variáveis raça/etnia e forma clínica da doença. Nesta população, os níveis séricos de IgG não parecem servir como marcadores de progressividade.

Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1809210 bytes, checksum: e118d10e8ea156df56a7871608a59d7b (MD5) Previous issue date: 2014-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Human identification is based on analyzing DNA through present throughout the genome molecular markers. These markers are transmitted from parents to offspring by heredity. STR markers are currently the most commonly used genetic markers in Forensic Genetics due to their high polymorphism, high reproducibility, possibility of being amplified by PCR in multiple copies in a single reaction, and minute quantities of DNA (1ng). The DNA test that allows individualization of the people is essential tool to the solution of forensic human identification cases, sex crimes, crime scenes (including or excluding suspects), mass disasters, and its result is presented in statistical calculations that consider allele frequency of markers used. So it is important to know the allele frequencies presented in the regional population so that the results are the most reliable possible. In this study , 15 autossomal markers (loci) STR or microsatellite (CSF1PO, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, FGA, TH01, and VWA TPOX) were studied in 766 unrelated individuals paraibanos, demonstrating a tri population - hybrid formed Africans (25.86 %), Amerindian (6.81 %) and Europeans (67.33 %). The most informative were D21S11 and FGA, and were less informative TPOX, D7S820 and D13S317. The results are important for a database with allele frequencies found in Paraiba population can serve as a useful basis for calculating forensic practice in the State of Paraíba. / A identificação humana está baseada na análise do DNA através de marcadores moleculares presente em todo o genoma. Estes marcadores são transmitidos de pais para filhos por hereditariedade. Atualmente os marcadores STR são os marcadores genéticos mais utilizados em Genética Forense devido ao seu elevado polimorfismo, alta reprodutibilidade, possibilidade de serem amplificados por PCR em inúmeras cópias numa só reação e em mínimas quantidades de DNA (1ng). O exame de DNA que permite a individualização das pessoas é ferramenta indispensável à solução de casos forenses de identificação humana, crimes sexuais, locais de crime (incluindo ou excluindo suspeitos), desastres em massa, e tem seu resultado apresentado em cálculos estatísticos que consideram a frequência alélica dos marcadores usados. Por isso é importante o conhecimento das frequências alélicas apresentadas na população regional de forma que os resultados sejam os mais fidedignos possíveis. Neste trabalho, 15 marcadores autossômicos (loci) STR ou microssatélites (CSF1PO, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, FGA, TH01, TPOX e vWA) foram estudados em 766 indivíduos paraibanos não aparentados, demonstrando uma população tri - hibrida, formada de africanos (25,86%), ameríndios (6,81%) e europeus (67,33%). Os mais informativos foram D21S11 e FGA, e os menos informativos foram TPOX, D7S820 e D13S317. Os resultados são importantes para que um banco de dados com as frequências alélicas encontradas na população paraibana possa servir de base de cálculo útil para prática forense no Estado da Paraíba.

Entre as muitas aplicações das tecnologias de identificação biológica humana, estão as finalidades forenses. O objetivo desta pesquisa foi verificar frequências alélicas de Short Tandem Repeat (STR) e os parâmetros estatísticos de interesse em genética de populações e forense para desenvolver o primeiro banco de dados populacional de DNA na Faculdade de Odontologia de Bauru, Universidade de São Paulo, (FOB/USP) para futuros usos forenses. Frequências alélicas de 15 locos autossômicos e do marcador de gênero amelogenina foram determinadas utilizando amostras de 200 &#x3BC;L de saliva doados por 296 alunos de graduação da FOB/USP, com idade &#x2265; 18 anos, após aprovação ética. Os testes laboratoriais foram feitos com kits comerciais. Resultados e parâmetros estatísticos foram obtidos por meio de programas clássicos: GeneMapper-ID-X, MS Excel 2002 versão 10.6871.6870, GenAlEx 6.5 e Arlequin 3.5, comparando quatro populações (brasileira, portuguesa, norte-americana e a população deste estudo). Os locos mais polimórficos foram D18S51 (17 alelos) e FGA (15 alelos), seguidos pelo D21S11 (13 alelos) e os menos polimórficos foram D16S539 e TH01 (7 alelos cada). A análise comparativa com amostra da população brasileira proveniente de estudos anteriores (n > 100.000) pelo teste goodness of fit X2 index não mostrou diferenças significativas entre estes grupos (p = 0,9999). Outros parâmetros estatísticos foram calculados comparando as populações: local (deste estudo), portuguesa e norte-americana. A análise de variância molecular (AMOVA) entre as três populações, entre as pessoas da mesma população e para cada pessoa de cada população mostrou que existe uma elevada variância individual (99%), que esta variância é mantida uniformemente entre as pessoas da mesma amostra/região (1%) e entre as três populações estudadas (0%). O estudo confirmou o elevado grau de polimorfismo e a alta heterozigosidade (96,5%) da população. Houve diferença significativa quanto ao gênero (79,7% mulheres) quando comparado à população brasileira em geral (50,4%), explicada pelas características do corpo discente da FOB/USP composto por 80,6% de pessoas do gênero feminino. Interessante foi a observação de uma microvariante alélica no loco D18S51, fora da escada padrão e da escala de abrangência do kit, correspondente ao alelo 29, ainda não definida na base de dados internacional (STRBase, atualizada em 07/08/2015). Esta microvariante deverá ser confirmada por testes familiares e sequenciamento de DNA para verificar a possibilidade de outra ocorrência familiar ou duplicação de nucleotídeos. No futuro, os dados obtidos neste estudo devem ser incorporados ao banco de dados da população brasileira e podem ser considerados como referência genética da população regional, ajudando a elucidar casos forenses. Após a confirmação, a potencial nova microvariante alélica contribuirá para a base de dados internacional STRBase. / There are many ways of applying biological human identification technologies, among these are forensic applications. The objective of this study was to verify allele frequencies for 15 autosomal short tandem repeat (STR) loci and develop the first human DNA population database at the Bauru School of Dentistry, University of São Paulo (FOB/USP), for future forensic uses. Allele frequencies for these STR loci and an amelogenin gender marker were determined using 200 &#x3BC;L samples of saliva donated by 296 undergraduates from FOB/USP who were &#x2265; 18 years old at the time of the sample collect after signing a consent form with ethical approval. For laboratory tests, commercial kits were used. Results and statistical parameters were obtained using the following software: GeneMapper IDX (version 1.5), MS Excel 2002 (version 10.6871.6870), GenAlEx (version 6.5) and Arlequin (version 3.5) to compare four populations (Brazil, Portugal, U.S. and this study population). Results indicated that the most polymorphic loci were D18S51 (17 alleles) and FGA (15 alleles), followed by D21S11 (13 alleles); the least polymorphic loci were D16S539 and TH01 (7 alleles each). Various Brazilian populations (n > 100,000) from other studies were compared with this studys Brazilian population using a goodness-of-fit chi-squared test, and no significant differences in these frequencies were observed between these two population groups (p = 0.9999). Other forensic and population genetic statistical parameters were calculated comparing this studys population with Portugal and U.S. populations. For example, an analysis of molecular variance (AMOVA) among all populations, among people of the same population and for each person for each population, showed that people have high individual variance (99%) and that this variance is maintained evenly between people of the same sample/region (1%) and among the three populations studied (0%). This study reinforced the conclusion of other allele frequency population studies for the 15 autosomal STR loci tested, confirming high polymorphic grade and high heterozygosity (96.5%). There were significantly more women in the study (79.7%) when compared to the general Brazilian population (50.4%) since the student body of FOB/USP is 80.6% female. Interestingly, an off-ladder D18S51 allele micro-variance corresponding to the allele 29, not yet identified, was found which should be confirmed using paternity and sequencing tests to verify the possibility of either familial occurrence or nucleotide duplication. In the future, due to the small differences found, the parameters obtained in this study should be incorporated into the Brazilian population database and be considered for a regional population genetic prototype database potentially aiding forensic cases with comparisons and calculations. After confirmation, the potentially new micro variant allele found could be included in the international STRBase.

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2017-10-26T13:06:49Z No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Goulart Rodovalho - 2017.pdf: 4249347 bytes, checksum: b731c79e9585351e61ca0e415749d4b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-10-26T14:48:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Goulart Rodovalho - 2017.pdf: 4249347 bytes, checksum: b731c79e9585351e61ca0e415749d4b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-26T14:48:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Goulart Rodovalho - 2017.pdf: 4249347 bytes, checksum: b731c79e9585351e61ca0e415749d4b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-05 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The main scope of the current study was to develop a short tandem repeat (STR) multiplex system, made up of 22 highly informative loci, for application in forensic genetics. The system comprised of 21 polymorphic autosomal short tandem repeat loci, namely D3S1358, TH01, D21S11, D18S51, Penta E, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, vWA, D8S1179, TPOX, FGA, D2S441, D17S1301, D19S433, D18S853, D20S482 and D14S1434, and the amelogenin gene locus. Strategies were developed to overcome the challenges involved in creating a multiplex system. Based on the literature and available databases, STR loci were selected to obtain discriminatory markers, and followed specific criteria for this purpose. Primers were designed using the Primer3 software and the AutoDimer was used to evaluate potential interactions between them. The 21 selected STR loci were validated individually and jointly, both to assess their sensitivity and to test the efficiency of the multiplex system. Statistical analyses were based on the genetic data of 450 unrelated individuals living in the State of Goiás, thus allowing the establishment of the parameters necessary to use this system. A total of 239 alleles were detected for the 21 loci in the set, allowing for a probability of identity of 4.23 x 10-25 to be obtained. The combined power of discrimination was 0.999999999999999999999999 and the combined power of exclusion was 0.99999. Upon complete validation of the entire system, this multiplex assay was considered to be a powerful tool for application in human identification by DNA analysis. / O escopo principal do atual estudo foi o desenvolvimento de um sistema multiplex de loci STR, composto por 22 loci altamente informativos para aplicação em genética forense. O sistema compreendeu 21 loci STRs polimórficos autossômicos, a seguir D3S1358, TH01, D21S11, D18S51, Penta E, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, vWA, D8S1179, TPOX, FGA, D2S441, D17S1301, D19S433, D18S853, D20S482 e D14S1434, e o locus do gene da amelogenina. As estratégias foram desenvolvidas para superar os desafios envolvidos na criação de um sistema multiplex. Com base na literatura e nas bases de dados disponíveis, os loci STRs foram selecionados para obter marcadores discriminatórios e seguiram critérios específicos para esse fim. Os primers foram projetados usando o software Primer3, e o AutoDimer foi usado para avaliar potenciais interações entre eles. Os 22 loci selecionados foram validados individualmente e em conjunto, tanto para avaliar sua sensibilidade quanto para testar a eficiência do sistema multiplex. As análises estatísticas foram baseadas nos dados genéticos de 450 indivíduos não relacionados e residentes no estado de Goiás, permitindo assim estabelecer os parâmetros necessários para a utilização do sistema. Um total de 239 alelos foram detectados para os 21 loci do conjunto, permitindo obter uma probabilidade de identidade de 4,23 x 10-25. O poder combinado de discriminação foi 0,999999999999999999999999 e o poder combinado de exclusão foi 0,99999. Após a validação completa de todo o sistema, este ensaio de multiplex foi considerado uma ferramenta poderosa para aplicação na identificação humana pela análise do DNA.

O uso de inseticidas do grupo das espinosinas tem sido crescente no manejo de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) no Brasil. Sendo assim, o objetivo do presente trabalho foi fornecer subsídios para a implementação de estratégias de Manejo da Resistência de Insetos (MRI), mediante a condução de estudos de monitoramento e de padrão de herança da resistência de S. frugiperda a spinetoram. Inicialmente foram realizadas linhas-básica de suscetibilidade para definições de concentrações diagnósticas para o monitoramento da resistência, e posteriormente foram conduzidos estudos para estimar a frequência do alelo que confere resistência a este inseticida de S. frugiperda a spinetoram. A caracterização da suscetibilidade foi realizada por meio bioensaio de ingestão mediante tratamento superficial da dieta com o inseticida. Os valores de CL50 estimadas variaram de 0,97 a 2,98 &mu;g de spinetoram /mL (variação de 3 vezes) entre as populações de S. frugiperda testadas. A concentração diagnóstica baseada na CL99 foi de 5,6 &mu;g de spinetoram /mL. Foram verificadas diferenças significativas nas suscetibilidades das populações de S. frugiperda nas safras 2016/17 e 2017/18, com sobrevivência variando de 0 a 30,2% na concentração diagnóstica. Os resultados obtidos evidenciam o aumento da sobrevivência de S. frugiperda a spinetoram ao longo das safras, com maiores sobrevivências registradas em populações coletadas na região Oeste do estado da Bahia. As frequências do alelo que confere resistência a spinetoram, estimadas pelo método de F2 screen, variaram de 0,0107 a 0,1688 nas populações testadas. A linhagem de S. frugiperda resistente a spinetoram foi isolada a partir do método de F2 screen realizado em uma população proveniente da cultura do milho da região Oeste da Bahia coletada na safra de 2016. Os valores de CL50 (95% IC) obtidos pelos bioensaios de concentração-resposta foram de 0,635 (0,555 - 0,730) &mu;g de spinetoram /mL para a linhagem suscetível (SUS) e de 1170,96 (1041,61 - 1323,89) &mu;g de spinetoram/mL para a linhagem resistente a spinetoram (SPT-R), resultando em uma razão de resistência de 1844 vezes. A população SPT-R apresentou alta resistência cruzada com spinosad. Os cruzamentos recíprocos entre as linhagens SUS e SPT-R revelaram que a resistência de S. frugiperda a spinetoram é autossômica e incompletamente recessiva. Os retrocruzamentos da progênie F1 com a linhagem SPT-R evidenciaram que a resistência possui efeito poligênico. A estimativa do número efetivo de loci com contribuições iguais de efeito para a resistência foi de 1,18 a 1,76, sugerindo que a resistência de S. frugiperda a spinetoram está associada a poucos genes. Os resultados apresentados nesse estudo fornecem subsídios para elaboração de programas de MRI para preservar a vida útil de spinetoram para o manejo de S. frugiperda no Brasil. / The use of spynosin insecticides has increased to manage Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) in Brazil. Then, the objective of this study was to provide information to implement Insect Resistance Management (IRM) by conducting studies to characterize the baseline susceptibility to spinetoram in Brazilian populations of S. frugiperda, to conduct resistance monitoring and to understand the inheritance of the resistance. Initially, baseline susceptibility studies were conducted to define diagnostic concentration for resistance monitoring, and then we conducted to estimate the frequency of alleles conferring resistance to this insecticide in S. frugiperda. The baseline susceptibility was performed by feeding bioassays using diet-overly treatment with the insecticide. The LC50 values ranged from 0.97 to 2.98 &mu;g spinetoram / mL (3-fold variation). The diagnostic concentration based on LC99 was 5.6 &mu;g spinetoram / mL. There were significant differences in the susceptibilities of S. frugiperda populations in the 2016/17 and 2017/18 growing seasons, with survival rates varying from 0 to 30.2%. These results showed the increase in survival of S. frugiperda to spinetoram across the growing seasons, with highest survival rates in populations of S. frugiperda collected in the Western region of Bahia state. The frequency of alleles conferring resistance to spinetoram, estimated by F2 screen, varied from 0.0107 to 0.1688 in tested S. frugiperda populations. The spinetoram-resistant strain was selected using F2 screen method in a maize field-collected population from Western Bahia region during 2016 growing season. LC50 values (95% CI) obtained from concentration-response bioassays were 0.63 (0.55-0.73) &mu;g spinetoram/mL for the susceptible strain (SUS) and 1170.96 (1041,61 - 1323.89) &mu;g spinetoram/mL for the SPT-R strain, resulting in a resistance ratio of 1,844-fold. The SPT-R strain showed high cross-resistance to spinosad. The reciprocal crosses between SUS and SPT-R showed that the S. frugiperda resistance to spinetoram is autosomal and incompletely recessive. The backcrossing of the progeny F1 with the SPT-R strain showed that the resistance has a polygenic effect. The estimation of the effective number of loci with equal resistance effect contributions was from 1.18 to 1.76, suggesting that the resistance of S. frugiperda to spinetoram is associated to few genes. The results obtained in this study provide information to implement IRM strategies to preserve the lifetime of spinetoram for managing S. frugiperda in Brazil.

A presença de DNA fetal livre de células no plasma materno possibilitou o surgimento de novas tecnologias para o diagnóstico pré natal não invasivo. Existem técnicas de genotipagem fetal já estabelecidas em investigações de sequências exclusivas fetais, mas a sua aplicação para a identificação humana em testes de paternidade ainda é pouco conhecida. A metodologia de genotipagem fetal não invasiva foi padronizada com o uso de três lócus InDels e iniciadores inserção-específicos. Entretanto, para que se alcance o poder satisfatório, é necessário investigar elevado número de lócus informativos. Para suprir a ausência de informações suficientes sobre lócus deste tipo, são descritas, no presente trabalho, as condições laboratoriais para PCR e as frequências alélicas de um conjunto de lócus InDels, ainda inéditos, em uma amostra representativa da população urbana brasileira, visando aumentar a robustez e a confiabilidade da genotipagem fetal não invasiva na investigação de paternidade. Foram selecionados 20 lócus, um em cada cromossomo. Em um dos lócus polimórficos foi encontrado um alelo novo, não registrado no banco de dados do NCBI. O poder de discriminação e o poder de exclusão dos 16 lócus polimórficos combinados (0,999 e 0,937, respectivamente) tiveram valores dentro do esperado para um conjunto com essa quantidade de lócus bialélicos. Alguns lócus apresentaram elevado número de indivíduos que não responderam à amplificação, indicando a necessidade de reajustes na padronização dos procedimentos laboratoriais e a possibilidade de variabilidade das sequências complementares aos iniciadores empregados, o que exigirá o sequenciamento completo das regiões. Para a maioria dos lócus, entretanto, os parâmetros forenses atingiram valores esperados e sugerem que podem ser úteis na composição de painel robusto e eficiente para ser usado na genotipagem fetal não invasiva. / The presence of cell-free fetal DNA in maternal plasma allows for new non-invasive prenatal diagnosis technologies to develop. Even though there are already well-established fetal genotyping techniques in fetal-exclusive sequence investigations, their application to human identification in paternity tests is not yet well-known. Non-invasive fetal genotyping methodology was previously standardized using three InDel loci and insertion-specific primers. However, in order to attain satisfactory power, it is necessary to investigate large number of informative loci. To compensate for the absence of sufficient information about this type of locus, this work describes the PCR conditions and determinates allelic frequencies for a set of unpublished InDel loci, in a representative group of Brazilian population, raising the robustness and reliability of non-invasive fetal genotyping in paternity investigation. We selected 20 loci, one in each chromosome. Not previously registered on NCBI database allele was found in one of the polymorphic loci. Discrimination and exclusion power of the 16 polymorphic loci combined (0.999 and 0.937, respectively) had expected values for an ensemble with such an amount of biallelic loci. Some loci showed many non-amplified individuals, vincing the need of corrections in the standardizing process and the possible variability of the complementary sequences to the primers used. However, for most loci, the forensic parameters reached the expected values and suggest that they may be useful in the more robust panel for utilization in non-invasive fetal genotyping.

A presença de DNA fetal livre de células no plasma materno possibilitou o surgimento de novas tecnologias para o diagnóstico pré natal não invasivo. Existem técnicas de genotipagem fetal já estabelecidas em investigações de sequências exclusivas fetais, mas a sua aplicação para a identificação humana em testes de paternidade ainda é pouco conhecida. A metodologia de genotipagem fetal não invasiva foi padronizada com o uso de três lócus InDels e iniciadores inserção-específicos. Entretanto, para que se alcance o poder satisfatório, é necessário investigar elevado número de lócus informativos. Para suprir a ausência de informações suficientes sobre lócus deste tipo, são descritas, no presente trabalho, as condições laboratoriais para PCR e as frequências alélicas de um conjunto de lócus InDels, ainda inéditos, em uma amostra representativa da população urbana brasileira, visando aumentar a robustez e a confiabilidade da genotipagem fetal não invasiva na investigação de paternidade. Foram selecionados 20 lócus, um em cada cromossomo. Em um dos lócus polimórficos foi encontrado um alelo novo, não registrado no banco de dados do NCBI. O poder de discriminação e o poder de exclusão dos 16 lócus polimórficos combinados (0,999 e 0,937, respectivamente) tiveram valores dentro do esperado para um conjunto com essa quantidade de lócus bialélicos. Alguns lócus apresentaram elevado número de indivíduos que não responderam à amplificação, indicando a necessidade de reajustes na padronização dos procedimentos laboratoriais e a possibilidade de variabilidade das sequências complementares aos iniciadores empregados, o que exigirá o sequenciamento completo das regiões. Para a maioria dos lócus, entretanto, os parâmetros forenses atingiram valores esperados e sugerem que podem ser úteis na composição de painel robusto e eficiente para ser usado na genotipagem fetal não invasiva. / The presence of cell-free fetal DNA in maternal plasma allows for new non-invasive prenatal diagnosis technologies to develop. Even though there are already well-established fetal genotyping techniques in fetal-exclusive sequence investigations, their application to human identification in paternity tests is not yet well-known. Non-invasive fetal genotyping methodology was previously standardized using three InDel loci and insertion-specific primers. However, in order to attain satisfactory power, it is necessary to investigate large number of informative loci. To compensate for the absence of sufficient information about this type of locus, this work describes the PCR conditions and determinates allelic frequencies for a set of unpublished InDel loci, in a representative group of Brazilian population, raising the robustness and reliability of non-invasive fetal genotyping in paternity investigation. We selected 20 loci, one in each chromosome. Not previously registered on NCBI database allele was found in one of the polymorphic loci. Discrimination and exclusion power of the 16 polymorphic loci combined (0.999 and 0.937, respectively) had expected values for an ensemble with such an amount of biallelic loci. Some loci showed many non-amplified individuals, vincing the need of corrections in the standardizing process and the possible variability of the complementary sequences to the primers used. However, for most loci, the forensic parameters reached the expected values and suggest that they may be useful in the more robust panel for utilization in non-invasive fetal genotyping.

Made available in DSpace on 2016-08-19T18:16:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FABIO FRANCA SILVA.pdf: 387985 bytes, checksum: b614ae131f06a658fbdac4196b4d623c (MD5) Previous issue date: 2009-04-06 / FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA E AO DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLÓGICO DO MARANHÃO / Recurrent spontaneous abortion (RSA) is defined as two or more consecutive spontaneous pregnancy losses before the 20th week of gestation, a situation that occurs in 1 to 2% of women in reproductive age. Genetic, anatomical, endocrine, infectious and immunologic factors through mechanisms that relate to the Major Histocompatibility Complex (MHC) and the presence of certain HLA (Human Leukocyte Antigens) are associated to RSA. HLA gene is located on the short arm of chromosome 6 between the 6p21.31 and 6p21.33 regions. This gene is inherited in haplotypes and expressed in codominance, having influence on modulation and induction of mother tolerance during the pregnancy. The aim of this study was to compare the allelic frequencies of HLA-A*, HLA-B* and HLA-DRB1* loci in women with and without RSA. It was a case-control study in 200 women (100 for each group) between 18 and 35 years of age. All samples were typified by the PCR-SSOP method (Polymerase Chain Reaction-Sequence Specific Oligonucleotide Probes). The most frequent alleles observed in the group of women with and without RSA were: HLAA* 02 (56%) and (49%), HLA-DRB1*13 (31%) and (39%) respectively - there was no statistical significative difference when compared among the groups for this alleles; HLA-A*24 (12%) e (25%), (OR: 0.41; 95% CI: 0.18-0.92; p=0.028); HLA-A*34 (8%) e (1%), (OR: 8.61; 95% CI: 1.06-187.04; p=0.034); HLA-B*35 (16%) e (41%) (OR: 0.27; 95% CI: 0.13 0.56; p=0.0002). The most frequent haplotypes observed in the group of women with and without RSA were: A*02DRB1*16 (12%) e (2%) (OR: 6.68; 95% CI: 1.36 44.52; p=0.012) respectively. In this research, DRB1* locus in women with RSA was in linkage disequilibrium (p=0.01.). The high frequency of HLA-A*02 and HLA-DRB1*13 alleles in this study was due to the wide distribution of this allele in the population of Maranhão. HLA-A*24 e HLA-B*35 alleles were considered as a protection factor and HLA-A*34 allele was considered as a risk factor to RSA. The A*02DRB1*16 haplotype was the most frequent and considered as a risk factor to RSA. In order to confirm the observed results in this research, a study involving a higher sample size is necessary as well as genetic epidemiology researches to shed light on the role of HLA antigens and/or its connection to other genes as a risk factor. / Abortamento Espontâneo Recorrente (AER) caracteriza-se por duas ou mais perdas conceptuais espontâneas e consecutivas antes da 20ª semana de gestação, acometendo entre 1% e 2% das mulheres em idade reprodutiva. Fatores genéticos, anatômicos, endócrinos, infecciosos e imunológicos, por meio de mecanismos que relacionam o Complexo Principal de Histocompatibilidade (CPH) e a frequência de determinados antígenos HLA (Antígeno Leucocitário Humano), estão associados ao AER. O gene HLA localiza-se no braço curto do cromossomo 6 entre as regiões 6p21.31 e 6p21.33, é herdado em bloco e expresso em co-dominância. O mesmo exerce uma grande influência na modulação e indução da tolerância materna durante a gestação. Esta pesquisa teve como objetivo verificar as frequências alélicas dos loci HLA-A*, -B* e - DRB1* em mulheres com e sem AER. Realizou-se um estudo caso-controle em 200 mulheres (100 para cada grupo), entre 18 e 35 anos de idade. Todas as amostras foram tipificadas pelo método PCR-SSOP (Reação em cadeia da Polimerase Sondas de Oligonucleotídios de Sequências Especificas). Os alelos mais frequentes tanto em mulheres com e sem AER foram, respectivamente: HLA-A*02 (56%) e (49%), HLADRB1* 13 (31%) e (39%)-embora sem resultado estatisticamente significante; HLAA* 24 (12%) e (25%), (OR: 0,41; 95% IC: 0,18-0,92; p=0,028); HLA-A*34 (8%) e (1%), (OR: 8,61; 95% IC: 1,06-187,04; p=0,034); HLA-B*35 (16%) e (41%) (OR: 0,27; 95% IC: 0,13 0,56; p=0,0002). Os haplótipos mais frequentes em mulheres com e sem AER foram, respectivamente: A*02DRB1*16 (12%) e (2%) (OR 6,68; 95% IC: 1,36 44,52; p=0,012). No presente estudo, apenas o locus DRB1* apresentou desequilíbrio de ligação significante (p=0,01) em mulheres com AER. A elevada frequência dos alelos HLA-A*02 e HLA-DRB1*13 é justificada pela ampla distribuição desses alelos na população maranhense. Os alelos HLA-A*24 e HLA-B*35 apresentaram-se como um fator de proteção e o alelo HLA-A*34 um fator de risco para AER. Para as associações haplotípicas, o haplótipo A*02DRB1*16 foi mais frequente em mulheres com AER, sendo um fator de risco para este grupo. Para a ratificação dos resultados deste trabalho, faz-se necessário aumentar o número amostral, bem como estudos de epidemiologia genética para o melhor entendimento do papel dos antígenos HLA e/ou sua ligação a outros genes como fator de risco para o AER.