Made available in DSpace on 2016-04-01T17:54:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:00:37Z : No. of bitstreams: 1 000860088_20171103.pdf: 373238 bytes, checksum: abe856f27b7e226d8217aae653fef307 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-11-06T13:12:12Z: 000860088_20171103.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-11-06T13:12:59Z : No. of bitstreams: 1 000860088.pdf: 1283833 bytes, checksum: aea7bb25f642eeebea4621740e3c4535 (MD5) / A crescente demanda por produção alimentar sustentável tem motivado uma re-estruturação no setor de produção de carne objetivando a obter produtos de melhor qualidade sem aumentar os custos de produção. Alimentação animal é o componente econômico mais importante dos sistemas de produção de carne bovina. Devido ao tradicional processo de refrigeração após o abate, se faz necessário uma adequada cobertura de gordura na carcaça para garantir a sua preservação e qualidade desejável para consumo. A seleção para eficiência alimentar não tem sido eficaz, principalmente devido aos custos elevados e dificuldade para obter os fenótipos. A aplicação da seleção genômica utilizando polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) pode diminuir o custo de avaliação animal, bem como o intervalo de geração. No entanto, ainda não há consenso entre os pesquisadores sobre a melhor metodologia para a obtenção predição genômica para cada característica. O objetivo deste estudo foi comparar métodos de avaliação genômica usando o painel de marcadores do tipo SNP de alta densidade (BovineHD BeadChip - Illumina) para eficiência alimentar e identificar regiões genômicas associadas à características de carcaça em uma pequena população de bovinos de corte. Após o controle de qualidade, um total de 437197 genótipos ficou disponível para 761 animais da raça Nelore do Instituto de Zootecnia, Sertãozinho, SP, Brasil. O conjunto de dados continha 896 informações fenotípicas para as características de eficiência, como a consumo residual de alimentar (CAR), taxa de conversão alimentar (TCA), ganho em peso médio diário (GMD), e consumo de matéria seca (CMS), 2.306 informações de ultrassom para a área de olho de lombo (AOL ), 1832 para a espessura de gordura na região lombar (EGL), e 1830 para a espessura de gordura na região da garupa (EGG). Os métodos analisados foram: BLUP tradicional, single step... / The growing global demand for safe and sustainable food production has motived a restructuring in the beef production sector aiming the production of better quality products without increasing the productive cost. Animal feeding is the most important economic component of beef production systems. Due the conventional processing of cattle carcasses refrigeration after slaughter, an adequate quality carcass must have enough fat covering to guarantee its preservation and desirable quality for consume. Selection for feed efficiency has not been effective mainly due to difficult and high costs to obtain the phenotypes. The application of genomic selection using single nucleotide polymorphisms (SNPs) can decrease the cost of animal evaluation as well as the generation interval. However, there is no consensus among researches about the best methodology to obtain genomic prediction for each trait. The objective of this study was to compare methods of genomic evaluation using high-density SNP panel (BovineHD BeadChip - Illumina) for feed efficiency traits and to identify genomic regions associated to carcass traits in a small beef cattle population. After quality control, a total of 437,197 SNP genotypes were available for 761 Nelore animals from Institute of Animal Science, Sertãozinho, SP, Brazil. The data set contained 896 records for efficiency traits, such as residual feed intake (RFI), feed conversion ratio (FCR), average daily gain (ADG), and dry matter intake (DMI), 2,306 ultrasound records for longissimus muscle area (LMA), 1,832 for backfat thickness (BF), and 1,830 for rump fat thickness (RF). Methods of analysis were traditional BLUP, single step genomic BLUP (ssGBLUP), genomic BLUP (GBLUP), a Bayesian regression method (BayesCπ) and single-step genome-wide association (ssGWAS). Average accuracies ranged from 0.10 to 0.58 using BLUP, from 0.09 to 0.48 using GBLUP, from 0.06 to 0.49 using BayesCπ and from 0.22 to 0.49 using ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-12Bitstream added on 2014-06-13T18:53:59Z : No. of bitstreams: 1 gelaleti_gb_me_sjrp.pdf: 706621 bytes, checksum: f280ddfe72d9aced3754ba3a7a380f9c (MD5) / O estudo dos tumores mamários em cadelas revela-se um excelente modelo para a investigação clínico-patológica, diagnóstica e prognóstica de neoplasias mamárias. As interleucinas desempenham um papel fundamental no câncer, em especial a interleucina-8 (IL-8), que possui propriedades tumorigênicas e pró-angiogênicas e a interleucina-12 (IL-12), com propriedades anti-metastáticas e anti-angiogênicas. O marcador tumoral antígeno-carboidrato (CA 15-3) tem importante significado clínico no seguimento de pacientes com neoplasia mamária. Além disso, o DNA livre circulante de células tem sido considerado um candidato a biomarcador para tumores. Assim, foram objetivos deste estudo mensurar os níveis séricos das proteínas IL-8, IL-12, CA 15-3, bem como estimar o número de cópias das sequências CAN SINEs relacionando-os aos parâmetros clínico-patológicos e a sobrevida do grupo a fim de inferir o possível valor prognóstico desses marcadores para o câncer de mama. Através do ensaio imunoenzimático e da técnica de PCR em tempo real foram avaliadas 33 cadelas com neoplasia mamária e 50 cadelas controle e suas concentrações foram estatisticamente relacionadas aos parâmetros estabelecidos. Foi encontrada diferença significante entre os níveis séricos de IL-8 nas cadelas com neoplasia mamária quando comparadas ao grupo controle e além disso, verificou-se aumento de IL-8 em relação à evolução tumoral, ao envolvimento linfonodal, recidiva e óbito. Baixos níveis de IL-12 foram observados em cadelas com tumores com maior tempo de evolução, cadelas com idade superior a 10 anos e, além disso, a alta taxa de sobrevida teve correlação com níveis elevados de IL-12. Assim, o aumento da IL-8 e a diminuição da IL-12 podem ser considerados marcadores prognósticos independentes confirmando seu papel como citocina... / The study of mammary tumors in dogs appears to be an excellent model to investigate the clinical and pathological diagnosis and prognosis of breast cancer. Interleukins play a key role in cancer, particularly interleukin-8 (IL-8), which have tumorigenic and pro-angiogenic properties and interleukin-12 (IL-12), with anti-metastatic and anti-angiogenic properties. The tumor marker carbohydrate antigen (CA 15-3) also has important clinical significance in monitoring patients with breast cancer. In addition, free circulating DNA has been considered a candidate biomarker for cancer. The objectives of this study were to measure serum levels of protein IL-8, IL-12, CA 15-3 and to estimate the number of copies of CAN SINEs sequences relating them with clinicopathological parameters and survival of the group, in order to infer a likely value as prognostic markers in breast cancer. Through enzyme immunoassay and real-time PCR were evaluated 33 dogs with mammary cancer and 50 control dogs and their concentrations were statistically related with these parameters. Significant difference was found between IL-8 serum levels in bitches with mammary neoplasia in relation to the control group and in relation to disease progression, the lymph node involvement and in relation to death. Low levels of IL-12 were observed in female dogs with tumors with a longer evolution, aged 10 years and in addition, the high survival rate was correlated with high levels of IL-12. Thus, increased IL- 8 and decreased IL-12 can be considered independent prognostic markers which confirm their role as tumorigenic and anti-tumorigenic cytokines, respectively. For the CA 15-3 were found higher levels in dogs with lymph node involvement and poor survival of the group. In estimating the number of copies of CANSINEs, significant difference was found regarding the parameters indicators of poor prognosis and low survival. Our results... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-08Bitstream added on 2014-06-13T20:54:03Z : No. of bitstreams: 1 silva_cl_me_sjrp.pdf: 1181592 bytes, checksum: 04dbaddabd010ef67a9783ca97045cdc (MD5) / Os tumores mamários da espécie canina prestam-se como modelos apropriados, e válidos, ao estudo da biologia do câncer. O estudo de marcadores prognósticos e preditivos no câncer tem se mostrado efetivo na pesquisa e rotina diagnóstica. Dentre esses marcadores, destacam-se os envolvidos no estresse oxidativo e alterações na capacidade antioxidante celular, que desempenham papel fundamental na patogênese do câncer. A glutationa (GSH) é um dos agentes mais importantes do sistema de defesa antioxidante da célula, pois em conjugação com as enzimas glutationa peroxidase (GSH-Px) e glutationa S transferase pi (GSTpi) desempenha um papel central na biotransformação e detoxificação de drogas quimioterápicas. O objetivo deste estudo foi avaliar a expressão da proteína GSH e das enzimas GSTpi e GSH-Px por imunohistoquímica em tumores de mama em cadelas, a fim de inferir o seu valor prognóstico, e validar por análise molecular, verificando a resistência das células neoplásicas ao quimioterápico, bem como o nível de estresse oxidativo avaliado bioquimicamente pelo malondialdeído (MDA), e a avaliação da atividade antioxidante total em equivalência ao Trolox (TEAC) . As proteínas foram detectadas no tecido tumoral de 30 cadelas por imunohistoquímica e quantificadas pela técnica de densitometria óptica. As médias relacionadas à expressão das proteínas foram estatisticamente comparadas com as características clínico-patológicas das cadelas. A expressão dos genes glutamato cisteina ligase (GCLC) e glutationa sintetase (GSS) que sintetizam a GSH e do gene GSH-Px foi verificada por qPCR em células neoplásicas de mama cultivadas e submetidas ao tratamento com doxorrubicina. A dosagem sérica do MDA e TEAC foi realizada em cadelas no momento da cirurgia, um, seis e 18 meses após... / The mammary tumors of canine species lend themselves as models appropriate, and valid, to study of cancer biology. The study of prognostic and predictive markers in cancer have been proven effective in research and diagnostic routine. Among these markers include those involved in oxidative stress and changes in antioxidant capacity, which play a fundamental role in the pathogenesis of cancer. Glutathione (GSH) is one of the most important agents of the antioxidant defense system of the cell because in conjunction with glutathione peroxidase (GSH-Px) and glutathione S transferase pi (GSTpi) plays a central role in the biotransformation and detoxification of drugs chemotherapy. The objective of this study was to evaluate the protein expression of GSH and the enzymes GSH-Px and GSTpi by immunohistochemistry in breast tumors of dogs in order to infer its prognostic value, and prospective study to evaluate them by molecular analysis, verifying the resistance of cancer cells to chemotherapy, as well as the level of oxidative stress assessed biochemically by malondealdehyde (MDA), and the evaluating the total antioxidant activity equivalent to Trolox (TEAC). The proteins were detected in tumor tissue of 30 female dogs by immunohistochemistry and quantified by optical densitometry technique. The mean expression of related proteins were statistically compared with the clinical- pathologic of the bitches. The expression of genes glutamate cysteine ligase (GCLC) and glutathione synthetase (GSS) that synthesize GSH and of GSH-Px gene was verified by qPCR in breast cancer cells grown and subjected to treatment with doxorubicin. The serum dosage of MDA and TEAC was performed in betches at the time of surgery, one, 6 and 18 months after surgery and compared with dogs in the control group. The results showed... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-15Bitstream added on 2014-06-13T19:12:55Z : No. of bitstreams: 1 dias_es_me_sjrp.pdf: 1177689 bytes, checksum: f1f230e591b3ef47a8155f3bc9916e14 (MD5) / Três modelos têm sido propostos para explicar o modo de expansão dos elementos de transposição nos genomas – master gene, transposon e intermediário. O modelo master gene aplica-se à situação em que existe apenas uma única sequência ativa, de uma subfamília particular, que dá origem às demais sequências, as quais não apresentam capacidade de mobilização, enquanto o modelo transposon assume que todas as sequências de uma subfamília são ativas. Por outro lado, o modelo intermediário, considera que algumas cópias apresentam capacidade de mobilização e outras permanecem inativas. Os modelos propostos podem ser relacionados aos mecanismos de transposição, copy-and-paste e cut-and-paste, característicos das classes de elementos transponíveis I e II, respectivamente. Contudo, os estudos de dispersão intragenômica se concentram em elementos da classe I sem LTRs. Com o objetivo de ampliar o entendimento da dinâmica de dispersão genômica dos elementos de transposição e buscando verificar se os modelos propostos para a dispersão dos retroposons ajustam-se aos transposons e aos retrotransposons, foram analisados o transposon Bari e o retrotransposon 412 no genoma das espécies do grupo melanogaster de Drosophila e em populações naturais de D. melanogaster e D. simulans. Assim, buscas por seqüência similares a ambos os elementos selecionados foram realizadas nos genomas seqüenciados de seis espécies do grupo melanogaster; bem como, foram amplificadas, clonadas e sequenciadas cópias presentes nas populações naturais de ambas as espécies. Foram reconstruídas as relações evolutivas entre as sequências dos genomas, como também entre aquelas das populações naturais por meio do programa Network, utilizando o algoritmo Median Joining. Nossos resultados indicam a ausência de um modelo único de dispersão para ambos os elementos... / Three models have been proposed to explain the expansion of transposable elements within genomes - master gene, transposon and intermediate. The master gene model applies to situations in which there is only one active sequence of a particular subfamily, which gives rise to other sequences which have no capacity for mobilization, while the transposon model assumes that all sequences of a subfamily are active. On the other hand, the intermediate model considers that some copies have the capacity for mobilization and others remain inactive. The proposed models can be related to mechanisms of transposition, copy-and-paste and cut-and-paste, characteristic of class I and II of transposable elements, respectively. However, studies of intragenomic dispersion concentrate on elements of the class I without LTRs. Aiming at enhancing the understanding of the transposable elements genomic dynamics of dispersion and trying to verify whether the proposed models for dispersion of retroposons fit to transposons and retrotransposons, we analyzed the retrotransposon 412 and Bari transposon in the genome of the species melanogaster group of Drosophila and in natural populations of D. melanogaster and D. simulans. Thus, searches for sequences similar to both elements were done in the sequenced genomes of six species of the melanogaster group; as well as copies present in natural populations of both species were amplified, cloned and sequenced. We reconstructed the evolutionary relationships between the sequences of the genomes, as well as those amplified from samples of wild populations through the Network program, using the Median Joining algorithm. Our results indicate the absence of a single model of dispersion for both transposable elements, Bari and 412, in the different species analyzed, as well as in the populations of both species... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-26Bitstream added on 2014-06-13T18:54:00Z : No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_me_jabo.pdf: 259787 bytes, checksum: a9355a8d714eb3c000f9cf13cdd9e5cc (MD5) / Objetivou-se com este trabalho estimar as associações genéticas e fenotípicas entre as características de crescimento e as características da carcaça e carne em animais da raça Nelore. Foram utilizados registros de 241.416, 126.596, 78.687 e 90.720 animais machos e fêmeas, respectivamente para peso à desmama (PD), peso ao sobreano (PS), ganho em peso da desmama ao sobreano (GS), altura da garupa ao sobreano (ALTS) e para as características de carcaça e carne foram utilizados 877 animais machos para peso da carcaça quente e 884 para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, índice de marmorização e maciez. Os componentes de (co)variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita. Para a estimação dos componentes de (co)variância foram utilizados modelos animal tricaracterísticas, sempre incluindo o PD. Para PD foram incluídos no modelo os efeitos aleatórios genéticos aditivos, direto e materno, ambiente permanente materno e residual, e os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (GC) e idades da vaca ao parto (IVP) e do animal (efeito linear e quadrático), como covariáveis. Para as demais características foram excluídos os efeitos maternos (genéticos e de ambiente permanente) e o efeito idade da vaca ao parto. Os GC para PD foram formados por fazenda, ano de nascimento, grupo de manejo à desmama e sexo. Para PS, GS e ATLS foi acrescentado ao GC o grupo de manejo ao sobreano. Para as características de carcaça e carne os GC foram definidos da mesma forma que para as outras características medidas ao sobreano, excluindo o sexo do animal. Para todas as características foram excluídas observações com medidas de três desvios-padrão acima ou abaixo da média do seu GC. Para as características de crescimento o GC com menos de 10 animais foram excluídos. Para as características de carcaça e carne foram mantidos... / The objective of this study was estimate genetic parameters for growth traits and carcass and meat traits in Nellore. Data from 241.416, 126.596, 78.687, 90.720 males and females, respectively, respectively, for weaning weight (WW), yearling weight (YW), gain from weaning to yearling (GWY), yearling hip height (YHH) and, for carcass and meat traits, only males animals, 877 for hot carcass weight (HCW), and 884 for longissimus muscle area (LMA), backfat thickness (BF), marbling (MAR) and shear force (SF) were used. The (co)variance components were estimated by restricted maximum likelihood. For estimation of (co)variance, three-trait animal models were apllied, always including WW in the analyses. For WW, it included in model the random direct and maternal additive genetic effects, maternal permanent environmental and residual effects, fixed effects of contemporany group and age of animal and age of dam at calving (linear and quadratic effect) as covariates. For the others traits, maternal effects (genetic and permanent environmental) and the effect of age of dam at calving were excluded. The contemporany group for WW were formed by farm, year of birth, weaning management group and sex. For YW, GWY, YHH it was added the management group at yearling. For carcass and meat traits the contemporany groups were defined similarly for the traits measured yearling, excluding the sex of the animal. For all traits observations with measurements of three standard deviations above or below the average of the contemporary groups were excluded. For the growth traits, contemporary groups with less than 10 animals were excluded. For carcass traits and meat CG with more than 3 animals were kept. The heritability estimates for growth traits ranged from 0.12 ± 0.009 to 0.44 ± 0.007. For carcass and meat traits, the heritability estimates were 0.10 ± 0.12 to 0.39 ± 0.15... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-29Bitstream added on 2014-06-13T19:12:56Z : No. of bitstreams: 1 acevedojimenez_ee_me_jabo.pdf: 157367 bytes, checksum: ab9e57a695c0551e930b20859c7fcb05 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve como objetivo estimar parâmetros genéticos para características de crescimento, utilizando-se um modelo multi-característica. Foram analisados registros de 14956 animais da raça Brahman, participantes do programa de melhoramento da raça Brahman, desenvolvido pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Por meio de inferência bayesiana foram obtidas estimativas de componentes de variância para os pesos nas idades padrão aos 60 (P60), 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365), 450 (P450) e 550 (P550) dias. As análises foram realizadas empregando-se o software GIBBS2F90, assumindo um modelo animal. Para os pesos às idades padronizadas estudadas foram considerados os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (rebanho - ano nascimento - estação de nascimento – sexo - manejo) e idade do animal no momento da pesagem (linear e quadrático) como covariável, e os efeitos aleatórios genético aditivo direto, genético aditivo materno e residual. As estimativas de herdabilidade genética direta foram 0,31 (P60), 0,37 (P120), 0,34 (P210), 0,38 (P365), 0,37 (P450) e 0,45 (P550). As estimativas de herdabilidade genética materna foram 0,18 (P60), 0,19 (P120), 0,22 (P210), 0,14 (P365), 0,11 (P450), e 0,08 (P550). Os valores de correlação genética direta variaram de 0,79 (P60 / P450) a 0,94 (P365 / P450). Em vista dos parâmetros estimados, verifica-se que as características aqui estudadas apresentam variabilidade genética suficiente para realizar a seleção dos animais. As correlações genéticas indicam que a seleção simultânea para as características em estudo pode ser eficiente / The objective of this work was to estimate genetic parameters for growth traits using a multiple-traits model. Were analyzed records of 14956 animals of Brahman Breed, participants of Breeding Program of Brahman cattle, developed by Breeders and Researchers National Association (ANCP). Using Bayesian inference were obtained estimations of variance components for standardized weights at 60 (W60), 120 (W120), 210 (W210), 365 (W365), 450 (W450) and 550 (W550) days. Analyzes were done using Gibbs2f90 Software, assuming an animal model. For standardized weights were considered fixed effects of contemporary group (herd - birth year – birth season – sex - management) and animal age at weighting moment (linear and quadratic) as covariate, and randomized effects of direct additive genetic, maternal additive genetic and residual. Direct Heritability estimations were 0,31 (W60), 0,37 (W120), 0,34 (W210), 0,38 (W365), 0,37 (W450) and 0,45 (W550). Maternal heritability estimations were 0,18 (W60), 0,19 (W120), 0,22 (W210), 0,14 (W365), 0,11 (W450), and 0,08 (W550). Genetic correlation values varied from 0,79 (W60 / W450) a 0,94 (W365 / W450).. According estimated genetic parameters, was verified that standardized weights presented enough genetic variation for animal selection. Genetic correlations indicate that a simultaneously selection for all the traits of this study could be efficient

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:54:02Z : No. of bitstreams: 1 regatieri_ic_me_jabo.pdf: 347561 bytes, checksum: 0ceedd7351a78c3c74de3d03c22faae1 (MD5) / As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13... / Reproductive traits are related to economic efficiency and productivity of cattle systems. Age at first calving (AFC) and occurrence of early pregnancy (OP) are used in beef breeding programs in order to anticipate the reproductive life. The measure (r²) of linkage disequilibrium (LD) is used in genome wide association studies to detect genetic markers and genes affecting quantitative traits (QTL). The aim of this study was to determine the extent of LD in the genome of Nellore cattle, and examine associations between single nucleotide polymorphisms (SNP) and AFC and OP, using a panel of high-density SNPs. Data from 1.182 Nellore born in 2007 and 2008, belonging to Agropecuária Jacarezinho were used. A total of 13 contemporary groups (CG) consisting of farm, season and year of birth, with an average of 90 animals per CG were formed. For genomic-wide association, SNPs with minor allele frequency (MAF) below 0.05, and animals with Call Rate below 0.90 were excluded, totaling 431,885 SNPs. For the statistics analyses, a linear model was used for IPP and a threshold model was used for OP. To estimate the significance of the associations, for both traits, the model included the classificatory fixed effects of GC and SNPs (0,1, and 2). To estimate the allelic substitution effect, the same model was used, considering the SNP effects as covariable. The Bonferroni correction was applied to adjust the limit of significance (1.16 x10-7). The average r ² for all autosomes was 0.18 at a distance of 4.8 kb and the average MAF was 0.25 ± 0.13. The LD decreased as the distance between markers increased: 0.35 (1 kb) to 0.12 (100 kb). Eleven significant associations were detected in seven different chromosomes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, and BTA22). Among these, seven SNPs were associated with AFC and four were linked to the OP. Three SNPs were significant for both traits... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:33:48Z : No. of bitstreams: 1 000736264.pdf: 1121541 bytes, checksum: 010c2d99d683decfb45fc13975d70d2b (MD5) / O crescente mercado de carne bovina brasileiro tem sinalizado a busca de rebanhos mais produtivos e com maiores proporções de animais precoces ao abate, de grande importância a seleção para precocidade sexual. Existem evidências que o perímetro escrotal está correlacionado, negativa e favoravelmente, com a idade ao primeiro parto de fêmeas. Portanto, a seleção para aumentar o perímetro escrotal, em longo prazo, deve levar a um aumento na precocidade sexual das fêmeas. No Brasil a pressuposição comumente assumida é a ausência de interação genótipo-ambiente (IGA) nas características de interesse econômico para a raça Nelore. Ainda são escassos os estudos de IGA para características de precocidade sexual, como o perímetro escrotal. O objetivo do presente trabalho foi quantificar a magnitude da IGA sobre o perímetro escrotal ao sobreano em machos da raça Nelore utilizando normas de reação. Foram utilizadas 31.370 medidas de machos da raça Nelore de propriedades localizadas no Sul, Centro-Oeste e Sudeste do Brasil. Os diferentes grupos ou descritores ambientais foram definidos conforme a informação de ano e estação de nascimento, fazenda de origem dos dados e grupo de manejo alimentar (nascimento, desmama e sobreano). Para a estimação dos parâmetros genéticos foi aplicado um modelo animal utilizando análises de regressão aleatória, em análises uni-característica, utilizando polinômios de Legendre como funções base. Para perímetro escrotal foram considerados a idade do animal no momento da avaliação como consequência aleatória foi considerado o efeito genético aditivo do animal. Polinômios de Legendre (de primeiro grau) regredidos sobre os grupos ambientais foram utilizados para modelar o efeito genético aditivo do animal e as (co)variâncias entre a característica estudada nos diferentes ambientes. Foram consideradas classes heterogêneas e homogêneas... / The increasing search on growing market for Brazilian Beef are related to herds more productive and availability of animals for slaughter, as consequence more significant importance for sexual precocity selection. The use of indicator's characteristics to sexual precocity in indirect selection can result in improving of reproductive efficiency of females. There is significant evidence that scrotal circumference is correlated, negatively and positively, with age at first calving females. Therefore, the selection for increasing scrotal circumference in long-term should lead to an increase of sexual precocity in females. Nowadays, several Brazilian summaries for Nellore bulls are published with amount of characteristics with focus in economically important traits, including all large data sets of animals distributed in some regions of the country. These genetics evaluations have the assumption, commonly assumed, of absence the genotype-environment interaction (GxE). Although there are few studies of GxE related to indicator's characteristics to sexual precocity, such as scrotal circumference.The objectives of this study was to verify the occurrence of genotype-environment interaction on the scrotal circumference, as well as studying genetic association between this trait in different environments, in animals of Nellore breed using the approach of reaction norms. We used information from 31,370 male Nellore property located in the south-central and southeastern Brazil. The different groups or environmental descriptors were defined according to information year and season of birth, home farm and data feed management group (birth weaning and yearling). For the estimation of genetic parameters was applied an animal model using random regression analyzes in single-trait analyzes, using Legendre polynomials as basis functions. For scrotal circumference were considered the age of the animal at the ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-29Bitstream added on 2014-06-13T20:14:39Z : No. of bitstreams: 1 grupioni_nv_me_jabo.pdf: 221088 bytes, checksum: 685a9df392d2aa5d8eb3645175fa9508 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Características reprodutivas e de crescimento testicular como idade ao primeiro parto (IPP), primeiro intervalo de partos (IP1), período de gestação (PG), perímetro escrotal aos 365 dias (PE365) e aos 450 dias (PE450) podem ser consideradas na avaliação da eficiência reprodutiva de bovinos de corte. Neste trabalho, o objetivo foi estimar parâmetros genéticos em bovinos da raça Guzerá para as características citadas com o intuito de fornecer subsídios para o programa de avaliação genética dos animais desta raça. A estimação dos parâmetros genéticos foi realizada pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML), em modelo animal bi-característica. O modelo animal utilizado incluiu os efeitos fixos de grupos de contemporâneos para IPP, IP1, PG, PE365 e PE450, além da co-variável idade da vaca ao parto (efeitos linear e quadrático) para as características PE365 e PE450. A covariável idade ao primeiro parto (efeito linear) foi incluída no modelo animal para IP1 nas análises bi-característica, exceto entre IPP e IP1. Os efeitos aleatórios genético aditivo e residual foram considerados para todas as características. Para PG, foi considerado efeito genético aleatório materno. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,08±0,05 (IP1) a 0,48±0,11 (PG). As correlações genéticas observadas entre PE365 e IPP (-0,41±0,12) e entre PE450 e IPP (-0,23±0,14) indicaram que a seleção para perímetro escrotal, principalmente ao ano, poderá favorecer a seleção indireta de fêmeas sexualmente mais precoces. As tendências genéticas foram... / Testicular growth and reproductive traits such as age at first calving (AFC), first calving interval (CI), gestation period (GP), scrotal circumference at 365 days (SC365) and at 450 days of age (SC450) can be considered in the evaluation of reproductive efficiency in beef cattle. In this work, the goal for the aforementioned traits was to estimate genetic parameters in Guzera cattle in order to provide support for the program of genetic evaluation of animals of this breed. The genetic parameters were estimated by restricted maximum likelihood method (REML) in two-trait animal model. The animal model included fixed effects of contemporary groups for AFC, CI, GP, SC365 and SC450, and the covariate age of cow at calving (linear and quadratic effects) to SC365 and SC450. The covariate age at first calving (linear effect) was included in animal model for CI in two-trait analysis, except between AFC and CI. Random additive genetic and residual effects were considered for all traits. Random maternal genetic effect was considered for GP. The heritability estimates ranged from 0.08 ± 0.05 (AFC) to 0.48 ± 0.11 (GP). Genetic correlation observed between SC365 and AFC (-0.41 ± 0.12) and SC450 and AFC (-0.23 ± 0.14) indicated that selection for scrotal circumference, mainly at 365 days of age, may favor the indirect selection of females sexually earliest. Genetic trends were significant (p <0.0001) for all traits, except for the GP maternal... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-11Bitstream added on 2014-06-13T19:12:58Z : No. of bitstreams: 1 000736054.pdf: 1405695 bytes, checksum: 73c42f9ce73d73410ad5bdf42be52611 (MD5) / O temperamento bovino é uma característica que influencia o potencial produtivo de rebanhos por estar correlacionada com o desempenho dos animais e ter relação com aspectos facilitadores das atividades de manejo, bem-estar e segurança dos animais e funcionários. Deste modo, é importante a compreensão de fatores ambientais e genéticos que influenciam essa característica, a fim de estabelecer métodos de seleção para animais com temperamento mais adequado. Esse estudo teve o objetivo de estimar parâmetros genéticos para escore de temperamento de bovinos da raça Nelore, entre os quais a correlação genética desta característica com o peso à desmama, utilizando-se diferentes modelos estatísticos. Foram utilizados 285.020 registros de escore de temperamento (TEMP) e peso a desmama (PDES) de animais da raça Nelore controlados pelo Programa de Melhoramento Genético da CRV Lagoa Ltda. Os dados foram analisados utilizando-se 5 modelos estatísticos: análise uni-catacterística de PDES (modelo linear 1), TEMP (modelo linear 2) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-linear 3), pelo método de máxima verossimilhança restrita, análise uni-característica para TEMP (modelo limiar 4) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-limiar 5), por meio de inferência bayesiana. O peso a desmama (PDES) foi considerado na análise bi-característica com temperamento visando investigar eventuais efeitos de seleção sequencial, também possibilitando estimar a correlação genética entre estes dois critérios de seleção. As herdabilidades estimadas de TEMP foram da ordem de 0,21 ± 0,003 (modelos lineares em análises uni e bi-característica) e 0,26 (modelo de limiar e modelo limiar-linear-intervalo de confiança a 95%, IC95%, compreendido entre 0,21 e 0,32). As correlações genéticas estimadas entre TEMP e PDES foram de baixa a moderada magnitude... / Temperament is a trait that influences the production potential of livestock because it is related to performance traits as well as the day by aspects of handling, welfare and of animals and employees safety. So, it is important to understand the environmental and genetic factors that influence temperament in order to establish methods of selection for animals with suitable temperament. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for temperament score of Nelore cattle, among them the genetic correlation of temperament and weaning weight, using different statistical models. Records on 285,020 temperament score (TEMP) and weaning weight (PDES) of Nellore cattle controlled by the breeding program of CRV Lagoa Ltda were used. Data were analyzed using 5 statistical models: uni-trait model for PDES (linear model 1) and TEMP (linear model 2), two-trait model considering PDES and TEMP (linear-linear model 3), an uni-trait threshold model for TEMP (threshold model 4) and a bi-trait threshold model for PDES and TEMP (linear- threshold model 5), using Bayesian inference. The characteristic weaning weight (PDES) has been considered in the bi-trait analysis with temperament in order to investigate possible effects of sequential selection, and also to estimate the genetic correlation between these two selection criteria. Heritability estimates of TEMP were approximately 0.21 ± 0.003 (linear models for univariate and bi-trait models) and 0.26 (threshold model and linear-threshold model confidence interval of 95%, comprised between 0.21 and 0.32.) The genetic correlation between TEMP and PDES was low to moderate (-0.33 ± 0.01 (linear-linear model) and 0.34 (95% CI: -0.40, -0.28) (linear threshold model). The temperament is a moderately heritable trait and can respond to selection. The correlations between EBVs of animals obtained based on five models were quite high (> 0.92). The use ...