Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMMS.pdf: 957649 bytes, checksum: 26153578cc56d59b9fd242494f3cd28d (MD5) Previous issue date: 2007-03-09 / Financiadora de Estudos e Projetos / Due to the great economic importance of sugarcane crop in Brazil, the occurrence of infections by phytopathogens leading to decreased productivity and quality remains a serious problem. As the plants have natural mechanisms of defense against the attack of fungi and insects, amongst which the inhibitors of proteases are distinguished, the use of these substances in the development of resistant plants or in pesticide production may be an interesting alternative. One of the major classes of protease inhibitors acting against the attack of pathogens is the cystatins, proteins that inhibit cysteine proteases specifically. Canecystatin was the first cysteine protease inhibitor characterized from sugarcane. This gene codes for a ~ 14 kDa protein that contains conserved regions common to the cystatin family. Although the protein has previously been produced in a bacterial system of expression, in this work we use this sugarcane cystatin as a model for the implementation of a heterologous protein expression system in insect cells. This system has some advantages relatively to the prokaryotic system such as the possibility of posttranslational modifications. The recombinant protein was expressed in this system in a soluble form and purified using affinity chromatography in a nickel column, rendering approximately 23 mg/L of pure protein. The activity of the protein was assayed against papain, being capable of inhibiting the activity of this cysteine protease efficiently. Furthermore, the stability of the protein was analyzed in different conditions of pH and temperature. We conclude that the canecystatin is a good model for the implementation of the Baculovirus Expression System at the Molecular Biology Laboratory of the UFSCar / Devido à grande importância da cultura da cana-de-açúcar no Brasil, a ocorrência de infecções por fitopatógenos constitui um grave problema que acarreta queda na produtividade e na qualidade da lavoura canavieira. Uma vez que as plantas têm mecanismos naturais de defesa contra o ataque de fungos e insetos, dentre os quais se destacam os inibidores de proteases, a utilização dessas substâncias no desenvolvimento de plantas resistentes ou na produção de pesticidas seria uma alternativa interessante. Um tipo de inibidor de protease que atua na proteção contra o ataque de patógenos e como proteínas de reservas em algumas sementes são as cistatinas, proteínas que inibem especificamente cisteínoproteases. A Canacistatina foi o primeiro inibidor de cisteíno-protease caracterizado originado da cana-de-açúcar. Apesar de já ter sido anteriormente produzida em sistema bacteriano de expressão, a Canacistatina foi utilizada, nesse trabalho, como modelo de estudo para implementação do sistema de expressão de proteínas heterólogas em células de inseto. Esse sistema apresenta algumas vantagens sobre o sistema procariótico como a possibilidade de realizarem modificações pós-traducionais. A proteína recombinante foi expressa nesse sistema na forma solúvel e purificada em cromatografia de afinidade em coluna de níquel, resultando em um rendimento de 23 gramas por litro de cultura. A proteína purificada foi submetida a testes de inibição enzimática contra a papaína, sendo capaz de inibir satisfatoriamente a atividade dessa cisteíno-protease. Também foram realizados testes de estabilidade desse inibidor em diferentes condições de pH e temperatura, mostrando-se estável. A Canacistatina foi um modelo de estudo adequado para a implementação do sistema de expressão de proteínas no Laboratório de Biologia Molecular da UFSCar

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1754.pdf: 1794601 bytes, checksum: 8220baeae04cb592863e172e96970c80 (MD5) Previous issue date: 2008-03-14 / Financiadora de Estudos e Projetos / Brazilian livestock production presents great impact for the national agriculture, possessing the largest bovine commercial herd of the world. However, the productivity is low and gastrintestinal diseases caused by Haemonchus spp are one of the major constraints to the production. It is known that those parasites are responsible for many immunological responses in the host. Cytokine polarization Th1/Th2 has been studied to understand the infections caused by nematodes. However, the studies that try to understand immune response of cattle with Haemonchus spp are still scarce. The goal of this work was to verify differences in the mRNA abundance of genes involved in immune response of calves of Nelore breed (Bos indicus) submitted to the first infection with Haemonchus spp, relating these differences to patterns of cellular infiltrate. Genes were evaluated by real time PCR and relative quantification was made by the software Relative Expression Software Tool. Results showed up-regulation of the interleukins IL-4 (p≤0.05) and IL- 13 (p≤0.05) in the lymph node of challenged animals. No significant differences (p > 0.05) were found in mRNA abundance for the genes analyzed in abomasum. There were no significant differences for mast cells and eosinophil counts in abomasal tissue among analyzed groups. From the results, it can be concluded that for the short infection time, there was increased polarization of Th2 in lymph node, but it was not seen in abomasal tissue. / RESUMO A pecuária brasileira apresenta grande impacto para o setor agrícola nacional, possuindo o maior rebanho bovino comercial do mundo. Em contrapartida, a produtividade é baixa e as doenças causadas por endoparasitoses do gênero Haemonchus são um dos principais limitantes na produção. Sabe-se que esses parasitos são responsáveis por uma série de respostas imunológicas no hospedeiro. A polarização de citocinas Th1/Th2 tem sido amplamente estudada visando entender melhor as infecções causadas por parasitos gastrintestinais. Entretanto, ainda são escassos os estudos que procuram entender a resposta imunológica de bovinos endoparasitados com Haemonchus spp. Os objetivos deste trabalho foram verificar diferenças na abundância de RNA mensageiro de genes relacionados à resposta imune de bezerros da raça Nelore (Bos indicus) submetidos à primeira infecção com Haemonchus spp, relacionando-as às respostas locais de infiltrados celulares. Os genes foram quantificados por PCR em tempo real e a quantificação relativa foi feita pelo programa computacional Relative Expression Software Tool. Os resultados mostraram um aumento significativo das interleucinas IL-4 (p≤0,05) e IL- 13 (p≤0,05) nos linfonodos do grupo de animais desafiados. Não foram encontradas diferenças significativas (p > 0,05) de abundância de mRNA para os genes analisados no tecido abomasal. Não houve diferenças significativas (p > 0,05) para contagens de mastócitos e eosinófilos no tecido abomasal entre os grupos analisados. Assim, pode-se concluir que, para o curto período de infecção, houve um aumento da polarização Th2 em linfonodo, mas não em abomaso.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2146.pdf: 1671091 bytes, checksum: f97eeea1da741ae03253f4c73616f003 (MD5) Previous issue date: 2007-11-30 / Universidade Federal de Minas Gerais / Several Psittacidae species, as those of Ara genus, have biological characteristics frequently associate with extinction risk. These include corporal size, specialized food preferences, low rate of population growth, restricted habitat and geographic dispersal. Genetic studies are important tools because they provide helpfulness for the conservation of those species with high extinction risks. Microsatellite markers are frequently used in population and conservation studies, and are usually isolated from the genome of the targeted species or of the related species. The main goal of this study was evaluate the genetic variation of Ara chloroptera inhabiting a touristic area, named Buraco das Araras, in Mato Grosso do Sul. For such way, six microsatellite loci were isolated and characterized and were useful to assess the genetic variation of Ara chloroptera and presented also a good value to study other Neotropical parrot. The studied population showed a genetic variation value comparable to that previously observed in a non endangered congeneric species. A significant Hardy-Weinberg disequilibrium was detected, probably related to migrants. It was hypothesized the occurrence a throughout of the years alternation of visiting individuals. The Buraco das Araras constitutes a favorable and helpful environment for reproduction and food of the red-and-green macaw and species conservation. / Certas espécies de psitacídeos possuem uma série de características normalmente associadas ao risco de extinção, como grande tamanho corporal, pequena diversidade de itens alimentares, alta especificidade de hábitat, pequena taxa de crescimento populacional e distribuição geográfica restrita, como o gênero Ara. Estudos genéticos são importantes ferramentas para auxiliar a conservação de espécies sob risco de extinção. Um dos marcadores moleculares mais utilizados é o microssatélite, o qual deve ser isolado da própria espécie ou de espécies correlatas. O objetivo principal desse estudo foi avaliar a variação genética de uma população de Ara chloroptera que habita uma região turística do Mato Grosso de Sul, conhecida por Buraco das Araras. Para tanto foram identificados e caracterizados seis locos de microssatélites na espécie, os quais foram úteis para acessar a variação genética e também apresentaram potencial para utilização em estudos com outros psitacídeos neotropicais. A população estudada apresentou uma variabilidade genética comparável a observada em uma espécie congenérica não ameaçada. Mostrouse significativamente em desequilíbrio de Hardy-Weinberg, provavelmente devido aos imigrantes detectados. Foi hipotetizada a ocorrência de alternância de indivíduos visitantes ao através dos anos. O Buraco das Araras proporciona um ambiente favorável para reprodução e alimentação da arara vermelha, ajudando na conservação da espécie.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2152.pdf: 1768000 bytes, checksum: bfe924ab33d5d72de49d9edd1a2c9176 (MD5) Previous issue date: 2008-08-15 / Financiadora de Estudos e Projetos / The sheep production has been growing surprinsingly in the last years in Brazil, but in despite of this, it can not be considered competitive yet, principally because the lack of structure and organization of the sector. Among the problems faced by the Brazilian sheep producers we could cite the gastrointestinal parasites and the relatively low productivity of the native breeds when compared with the exotic ones. The knowledge of the genetic factors controlling these traits can help in the improvement of then without impair the correlated traits. Through molecular biology and statistical technics is possible to identify genes/chromosomal regions associated with these traits and once the region is confirmed as really important in the control of the characteristic this information could be used in breeding programs through marker assisted selection. Many regions were identified as candidate for growth and nematode resistance traits in sheep and other ruminants, and among of them is the Q arm of the sheep chromosome OAR3. Because of this, the aim of this study was to investigate three microssatelite markers located in the Q arm of the OAR3 and its relationship with growth and nematode resistance traits in sheep from three genetic groups: Santa Inês X Santa Inês, Dorper X Santa Inês e Suffolk X Santa Inês. The association analysis revealed two alleles of the BL4 marker with significative effect in the Santa Inês x Santa Inês genetic group and one allele form the same marker with significative effect in the genetic group Dorper x Santa Inês on birth weight. It was also observed one allele from the BL4 marker associated with slaughter weight in the Santa Inês x Santa Inês genetic group. We did not observe any association between the markers studied and nematode resistance. Our results suggest that there are one or more genes in the studied region related with growth traits, but more studies are required to confirm the importance of this region in the control of these traits and to identificate the candidate genes. / A ovinocultura, apesar de apresentar um crescimento significativo nos últimos anos, ainda não pode ser considerada no Brasil como uma exploração competitiva. Isto se deve principalmente pela falta de organização e estruturação do setor produtivo. Dentre os problemas da ovinocultura nacional podemos citar as parasitoses gastrintestinais e a baixa produtividade das raças locais quando comparadas com raças importadas. O entendimento dos fatores genéticos que controlam as características produtivas pode auxiliar na melhoria dos rebanhos para uma característica importante sem significar prejuízo a outras características. Através de técnicas de biologia molecular e estatística pode-se identificar genes/regiões cromossômicas responsáveis pelo controle dessas características e uma vez que essas regiões sejam identificadas e comprovadas como importantes, essa informação pode ser utilizada em programas de melhoramento genético através de seleção assistida por marcadores. Algumas regiões já foram identificadas como sendo candidatas a conter genes importantes tanto para resistência aos nematódeos gastrintestinais quanto para características de crescimento em ovinos e outras espécies de ruminantes. Dentre estas regiões está o braço Q do cromossomo OAR3 dos ovinos. Por isso, o objetivo deste trabalho foi estudar três marcadores microssatélites localizados no braço Q do cromossomo ovino OAR3 e suas relações com as características de crescimento (peso ao nascimento e peso ao abate) e resistência aos nematódeos gastrintestinais utilizando ovinos pertencentes a três grupos genéticos (Santa Inês X Santa Inês, Dorper X Santa Inês e Suffolk X Santa Inês). A análise de associação revelou a presença de dois alelos do marcador BL4 com efeito significativo no grupo genético Santa Inês x Santa Inês e um alelo do mesmo marcador com efeito significativo no grupo genético Dorper x Santa Inês para peso ao nascimento. Também foi observado efeito de um alelo do marcador BL4 com efeito significativo no grupo genético Santa Inês x Santa Inês para peso ao abate. Não foi observado efeito significativo de nenhum marcador na característica de resistência aos nematódeos gastrintestinais. Os resultados deste trabalho sugerem a presença de um ou mais genes na região estudada para características de crescimento, porém mais estudos são necessários para confirmar a real importância desta região no controle destas características bem como a identificação de possíveis genes candidatos.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-03-16Bitstream added on 2014-06-13T19:24:35Z : No. of bitstreams: 1 fernandesjunior_ja_dr_jabo.pdf: 445416 bytes, checksum: 4bac6b29781fb993518ed16e0f89eec5 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os objetivos do presente trabalho foram: verificar o estádio de maturação sexual em animais compostos com idade ao redor de 22 meses; determinar os parâmetros médios de biometria testicular para o composto Montana; estimar os coeficientes de herdabilidade das características perímetro escrotal ajustado para 390 (PE390) e 730 (PE730) dias de idade, volume testicular na colheita (VT) e aptidão reprodutiva (AR); e estimar as correlações genéticas das características PE390, PE730, VT e AR. Os resultados obtidos da análise de 3636 animais foram: aptidão reprodutiva aos 22 meses de idade de 66%, formato testicular tipo longo de 99%, correlação de Pearson entre perímetro escrotal e volume testicular na colheita de 0,78, herdabilidade genética para aptidão reprodutiva de 0,27 e correlação genética entre perímetro escrotal aos 390 dias de idade e volume testicular de 0,62. Desta forma foi possível concluir que: o formato testicular dos animais Montana avaliados neste estudo estão contribuindo positivamente para a adaptação destes animais ao clima tropical; a presença das raças adaptadas na composição racial deste composto deve estar influenciando decisivamente para a obtenção do formato testicular longo destes animais; a aptidão reprodutiva do Montana está muito mais próximo de animais 80S taurus primigerus indicus do que de 80S taurus primigerus taurus; a análise de regressão logística demonstrou ser extremamente importante como forma complementar e auxiliar no descarte de animais jovens, como potenciais candidatos a touros; os valores de aptidão reprodutiva neste estudo foram satisfatórios para se iniciar um trabalho de predição da aptidão reprodutiva de todos os touros. (DEPs para aptidão reprodutiva). / The objectives of this work were: to verify the sexual maturity stage of bovine composed with age average of 22 months; to determine the parameters of testicular biometric to composed Montana; to estimate the coefficients of inheritability of the characteristics scrotal perimeter adjusted to 390 (Sp390) and 730 (SP730) days of age, testicular volume on harvest (TV) and reproductive ability (RA); and to estimate the genetic correlations of the characteristics Sp390, Sp730, TV and RA. The results obtained from the analysis of 3636 animais were: reproductive ability at 21 months of age of 66%, testicular format type long of 99%, Pearson correlation between scrotal perimeter and testicular volume on harvest of 0.78, genetic inheritability to reproductive ability of 0.27 and genetic correlation between scrotal perimeter at 390 days of age and testicular volume of 0.62. The conclusions were: the testicular format of the animais Montana are contributing positively to the adaptation of these animais to the tropical climate; the presence of races adaptated in the racial composition should be influenced decisively on the obtention of the testicular format type long of these animais; the Montana reproductive ability was closer to the animais 80S taurus primigerus indicus than the animais Bos taurus primigerus taurus; the analyse of the logistics regression demonstrated it is extremely important as a supplementary and auxiliary way on the discard of the young animais, which were potential candidates to buli; the values of reproductive ability were satisfactory to begin a work of prediction of the reproductive ability of ali bulls (DEPs to reproductive ability).

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-18Bitstream added on 2015-05-14T16:58:54Z : No. of bitstreams: 1 000816187_20160901.pdf: 105662 bytes, checksum: 2e6093c10157b40df91450fe5fd49495 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-09-01T14:08:37Z: 000816187_20160901.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-01T14:09:15Z : No. of bitstreams: 1 000816187.pdf: 420717 bytes, checksum: 22781a1de14c050b79f4d11a1314a1c2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Entre as principais enfermidades genéticas identificadas nos equinos da raça Quarto de Milha (QM) estão a miopatia por acúmulo de polissacarídeo 1 (PSSM1), a paralisia periódica hipercalêmica (HYPP) e a hipertermia maligna (HM). No Brasil o teste molecular para a PSSM1 e para HM não está disponível e tampouco se conhece sobre a prevalência destas enfermidades, enquanto que, para HYPP apesar do teste estar disponível no país, informações sobre sua prevalência são escassos. O objetivo deste trabalho foi padronizar o teste para PSSM1, HYPP e HM e estudar a prevalência destas enfermidades em cavalos da raça QM no Brasil. Foram utilizados DNA sanguíneo de 741 cavalos. O teste genético para as três enfermidades foi padronizado e as amostras sequenciadas para identificação da mutação no gene GYS1 responsável pela PSSM1, no gene SCN4A responsável pela HYPP e no gene RYR1 responsável pela HM. A prevalência da PSSM1 foi de 6,7%, da HYPP de 4,2% e não foram encontrados animais com a mutação responsável pela HM. Os resultados alertam para a importância da PSSM1 e da HYPP nos cavalos QM no Brasil. A padronização dos testes será útil para o diagnóstico da PSSM1 e da HM. Identificar os animais positivos para PSSM1, HYPP e HM irá auxiliar na escolha dos acasalamentos e será importante para minimizar a ocorrência destas enfermidades / Type 1 polysaccharide storage myopathy (PSSM1), hyperkalemic periodic paralysis (HYPP) and malignant hyperthermia (MH) are considered major genetic diseases identified in Quarter Horses (QH). In Brazil, the molecular test for PSSM1 and MH is not available and the prevalence of both diseases is not known. Regarding HYPP, information about the disease prevalence is limited, although a molecular test is available in the country. The aim of this study was to standardize a molecular test for PSSM1, HYPP and MH, as well as to evaluate the diseases’ prevalence in Brazilian QM. Blood DNA from 741 horses were used and genetic tests for the three diseases were standardized. Samples were sequenced to identify the mutation on GYS1 gene, responsible for the PSSM; on SCN4A gene, responsible for HYPP; and on RYR1 gene, responsible for MH. The prevalence obtained was 6.7% for PSSM1, 4.2% for HYPP and no positive results were found for MH. The results indicate the importance of PSSM1 and HYPP in QM in Brazil. Tests standardization would be useful for the diagnosis of PSSM1 and MH. The identification of positive animals for PSSM1, HYPP and MH would assist on the mating selections and thus reduce the occurrence of these diseases

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834736.pdf: 493833 bytes, checksum: d3f0a12fdefdf3d19b9b37d16148c6b4 (MD5) / Características economicamente importantes, como as características de carcaça, medidas post mortem, não vem sendo incluídas nos programas de melhoramento da raça Nelore devido, dentre outros fatores, aos altos custos e dificuldade de mensuração. Com a genômica, torna-se possível a seleção dos animais sem a necessidade de mensuração de seus próprios fenótipos e/ou de seus parentes, e tem-se, também, a possibilidade da realização da busca por genes ou regiões cromossômicas envolvidas com a expressão das características, por meio do estudo de associação genômica ampla (GWAS). Objetivou-se com o presente trabalho comparar diferentes modelos quanto à habilidade de predição de valores genéticos genômicos (GEBVs), e realizar um estudo de associação genômica ampla para as características: peso de carcaça quente, área de olho de lombo e espessura de gordura subcutânea, visando trazer subsídios para a incorporação da informação genômica nas avaliações genéticas de bovinos de corte no Brasil. Foram utilizados dados fenotípicos e genotípicos de 1.756 animais machos da raça Nelore. Os animais foram genotipados com um painel de alta densidade com 777.962 SNPs. Os GEBVs foram preditos utilizando três modelos: Regressão de cumeeira - (Bayesian Ridge Regression - BRR), BayesC (BC) e Lasso Bayesiano - (Bayesian Lasso - BL) e dois tipos de variáveis resposta: o valor genético tradicional e o fenótipo corrigido para os efeitos fixos. A implementação da GWAS foi realizada através da aplicação de um modelo poligênico-genômico, que considerou, simultaneamente, todas as informações disponíveis (fenótipos, pedigree e SNPs) por meio de um processo que combina a matriz de parentesco aditivo com a matriz de parentesco genômico. No geral, foi verificado que as predições genômicas sofreram influência da herdabilidade das características e do tipo de pseudo-fenótipo utilizado, sendo a... / Economic relevant traits as carcass, measured after slaughter, are not included in the animal breeding program of Nelore breed due to the difficult and high cost to measure. With the advent of genomic selection, it is possible to select animals without the need of recording phenotypic performance of its own or from close relatives, and there is also the possibility of investigating genes or chromosome regions affecting the expression of traits using genome-wide association study (GWAS). The aim of this study was to compare different models on the predictive ability of genomic breeding values (GEBVs), and to perform a GWAS for the following traits: hot carcass weight, rib eye area, and backfat thickness, in order to contribute to the incorporation of genomic information into the genetic evaluation of beef cattle in Brazil. Genotypic and phenotypic information of 1,756 Nelore bulls were used in the analysis. Genotypes were generated based on a panel with 777.962 SNPs. The GEBVs were predicted using three models: Bayesian Ridge Regression (BRR), BayesC (BC) e Bayesian Lasso (BL), and two types of response variables: estimated breeding value and adjusted phenotypes for the fixed effects. GWAS was performed using the singlestep approach which combines all available phenotypic, pedigree and genomic information adjusting a polygenic-genomic model. In general, it was verified that heritability and response variable affected the genomic predictions, where the adjusted phenotype was the most appropriate response variable to perform SNPs estimates. It was also observed that the predictive abilities were similar among the methods (BRR, BC and BL). GWAS study detected potential genome regions that may be affecting the phenotypes. These regions can contribute to understand the genetic control of these traits and can be useful to include them into the genetic process for selecting the animals. The results showed that marker assited selection is ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834559.pdf: 388353 bytes, checksum: 77a6b5025d1c329db5a929f31567cdf0 (MD5) / As características de crescimento são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois estão diretamente relacionadas à economia do sistema. Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Objetivou-se com este estudo avaliar modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos, bem como a detecção de polimorfismos de DNA associados à características de crescimento de animais da raça Nelore. Para tanto, foram genotipadas 5.064 animais, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, SanDiego, CA, USA) e, após o controle de qualidade, foram utilizados 412.993 SNPs. No Capítulo 2, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores para as características de peso ao nascer (PN), ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e da desmama ao sobreano (GDS), altura ao sobreano (ALTS) e peso da vaca (PV): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Foram utilizados os valores genéticos desregredidos como pseudo-fenótipos. Os métodos Bayesianos foram os mais adequados para estimação dos efeitos dos SNPs e dos valores genômicos para as características estudadas. No Capítulo 3, aplicou-se o modelo ssGBLUP para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características PN, GND, GDS, ALTS e PV. Observaram-se associações com PN no BTA (Bos taurus chromosomes) 14, com GND nos BTA 5 e 29, com GDS no BTA 11 e com ALTS no BTA 8, sendo destacados os genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associado ao PN e ALTS, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associado ao PN e NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associado a ALTS / Growth traits are fundamental to the genetic improvement of beef cattle, because they are directly related to the economy of the system. Recent technological advances have enabled the use of genomic data in the assessment of animals. The objective of this study was to evaluate models to predict breeding values from genomic data, and detection of DNA polymorphisms associated with growth traits in Nellore animals. Thus, it was genotyped 5,064 animals, using high-density SNPs Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), and after quality control 412,993 SNPs were used. In Chapter 2, three models were used to estimate the effects of markers for birth weight (BW), weight gains from birth to weaning (WGBW) and from weaning to yearling (WGWY), yearling height (YH) and cow weight (CW): better linear estimator not biased (GBLUP), BAYESCπ and Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Breeding values were desregressed and used as pseudo-phenotypes. Bayesian methods were the most suitable for estimating the effects of SNPs and genomic values for the studied traits. In Chapter 3, we applied the ssGBLUP model to estimate the effects of markers and associate them with BW, WGBW, WGWY, YH and CW. There were associations with BW in BTA (Bos taurus chromosomes) 14, with WGBW in BTA 5 and 29, with WGWY in BTA 11 and YH in BTA 8, distinguishing the genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associated with BW and YH, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associated with BW and NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associated with the YH

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:02Z : No. of bitstreams: 1 000834416.pdf: 589713 bytes, checksum: e67aef51366f6081936855769601b405 (MD5) / Esta dissertação foi dividida em três capítulos, o primeiro é uma revisão de literatura sobre o assunto que será discutido nos capítulos seguintes. No segundo capítulo, foi realizado um estudo de associação genômica ampla para a característica idade ao primeiro parto (IPP) em gado Nelore, que objetivou: 1) avaliar se a informação fenotípica adicional dos animais não genotipados afeta o mapeamento de QTLs da IPP; avaliar, por simulação, se esta informação fenotípica adicional contribui para detectar QTLs mais precisamente para uma característica complexa, com poucos genótipos disponíveis. O terceiro capítulo apresenta um estudo de associação para a característica reconcepção de primíparas (RP) em gado Nelore, cujo objetivo foi detectar importantes regiões genômicas (QTLs) associadas com esta característica. No capítulo dois, estudos de associação foram realizados utilizando as metodologias Bayes C e Weighted single step GBLUP (WssGBLUP) e as 10 janelas de marcadores (de 1Mb) que explicaram a maior proporção da variância para IPP foram identificadas e exploradas. Dois cenários foram investigados, um incluindo todas as fêmeas com informação fenotípica disponível (cenário SI - 43.482 fêmeas), e outro incluindo apenas as fêmeas com genótipo disponível (cenário SII - 1.813 fêmeas). Três iterações foram realizadas no método WssGBLUP, sendo recomputados os efeitos dos animais e dos SNPs a cada iteração. Foi simulada uma população com parâmetros e estrutura similares aos dos dados reais, com dois diferentes níveis de desequilíbrio de ligação (alto e baixo) entre os marcadores adjacentes. No capítulo três, os dados consistiram de 142.878 registros fenotípicos de RP e 2.923 genótipos. Os estudos de associação foram realizados com o método WssGBLUP usando três diferentes pesos (iterações) para os efeitos dos SNPs. Para cada iteração subsequente a variância genética ... / This dissertation was divided in three chapters, the first one is a literature review about the subject that will be discussed in subsequent chapters. In the second chapter, a genome wide association study (GWAS) for age at first calving (AFC) in Nelore cattle was performed, using real and simulated data, aiming to 1) assess if additional phenotypic information from non-genotyped animals affect QTL mapping of AFC; 2) evaluate, by simulation, if this additional phenotypic information contributes to detect QTLs more precisely for a low heritable complex trait, and with few available genotypes. The third chapter presents a GWAS for heifer rebreeding (HR) in Nelore cattle. In chapter two, GWA studies were performed using Bayes C and weighted single step GBLUP (WssGBLUP) methods and the top 10 marker windows (1Mb) that explained the larger proportion of variance for AFC were identified and further explored. Two scenarios were investigated, one including all females with available phenotypic information (SI scenario, with 43,482 females), and the other including just the females with available genotype (SII scenario, with 1,813 females). Three iterations were performed in WssGBLUP, recomputing the animals and SNPs effect in each subsequent iteration. It was simulated a population mimicking the parameters and the structure of the real dataset. Two different disequilibrium linkage levels (low and high) between adjacent markers were simulated. In chapter three, the data consisted of 142,878 HR phenotypic records and 2,923 genotypes. The GWAS was performed with WssGBLUP method using three different weightings (iterations) for the SNP effects. Total genetic variances were calculated for the top 10 1Mb SNP-windows, detected by each iteration. On each subsequent iteration, the genetic variance was distributed for a smaller number of SNPs, and the SNP effects were recomputed. Genes possibly associated with HR were searched to reinforce the suggestive ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-20. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:49:22Z : No. of bitstreams: 1 000834174.pdf: 440659 bytes, checksum: a5a9de673fd4e5ba8765c27942090b38 (MD5) / As estimativas de parâmetros genéticos das características relacionadas à produção de ovos auxiliam no processo de seleção de linhagem de aves poedeiras. O objetivo deste trabalho foi estimar os parâmetros genéticos para as características de desempenho e reprodutivas, para fornecer suporte ao programa de melhoramento de poedeiras. As características reprodutivas estudadas foram registros de fertilidade (FERT), eclodibilidade (ECLO) e taxa de nascimento (NASC) medidas às 60 semanas de idade, e de desempenho foram peso corporal às 16 e 60 semanas de idade (PC16 e PC60), idade à maturidade sexual (IMS), relação alturalargura, peso e densidade dos ovos às 28, 36 e 40 semanas de idade (REL28, REL36, REL40, POVO28, POVO36, POVO40, DENS28, DENS36 e DENS40, respectivamente). Foram utilizados dados de 1894 animais, provenientes de três gerações de uma linhagem denominada CC, desenvolvida pelo Programa de Melhoramento Genético de Aves da Embrapa Suínos e Aves, em Concórdia, SC. Análises multicaracterísticas foram realizadas pela metodologia de inferência bayesiana por meio do software GIBBS2F90 para cada conjunto de características (desempenho e reprodutivas). O modelo estatístico considerou os efeitos aleatórios genético aditivo e residuais e o efeito fixo de geração. A variação das médias à posteriori das estimativas de herdabilidade para as características reprodutivas foi de 0,14±0,003 (ECLO) à 0,22±0,005 (FERT) e de 0,07±0,001 (REL28) à 0,42±0,001 (POVO40) para as características de desempenho. As médias à posteriori das estimativas de correlações genéticas entre as características reprodutivas variaram de 0,18±0,026 (FERT e ECLO) até 0,79±0,007 (FERT e NASC). Para as características de desempenho, as médias à posteriori das estimativas de correlação genética variaram de - 0,49±0,001 (POVO36 e DENS36) à 0,75±0,003 (DENS28 e DENS36). Em geral, as características poderiam ser ... / Genetic parameter estimates for traits associated to egg production help in the selection process of laying hens. The aim of this study was to estimate genetic parameters for performance and reproductive traits to provide support for an egg stock breeding program. The reproductive traits studied were fertility (FERT), hatchability (ECLO), birth rate (NASC) at 60 weeks of age and the performance traits were body weight at 16 and 60 weeks of age (PC16 and PC60), age at first egg (IMS), eggs height-width ratio, weight and density at 28, 36 and 40 weeks of age (REL28, REL36, REL40, POVO28, POVO36, POVO40, DENS28, DENS36 and DENS40, respectively). Data from 1894 animals from three generations of line of laying hens, developed by the Embrapa Poultry Breeding Program, Concordia, SC, was used. Analyses multi-trait were conducted by Bayesian inference through GIBBS2F90 software. The statistical model included the fixed effects of generation and additive and residual random. The posterior means of heritability for reproductive traits was 0.14 ± 0.003 (ECLO) to 0.22 ± 0.005 (FERT) and 0.07 ± 0.001 (REL28) to 0.42 ± 0.001 (POVO40) for the performance characteristics. The posterior means of genetic correlation estimates between reproductive traits ranged from 0.18 ± 0.026 (FERT and ECLO) to 0.79 ± 0.007 (FERT and NAAT). For performance traits, the posterior means of genetic correlation ranged from -0.49 ± 0.001 (POVO36 and DENS36) to 0.75 ± 0.003 (DENS28 and DENS36). In general, the traits could be used in animal breeding programs of laying hens because they have enough genetic variability to respond to selection, except for REL28. It is concluded that the applied selection on the birth rate would be most appropriate to improve fertility and hatchability of eggs. Also, the use of POVO40 could improve egg weight or uniformity thereof. If the selection is conducted to reduce body weight at 16 weeks of age, result in increased age at first egg ...