Com o aumento da produtividade na área agropecuária, houve um aumento na busca por sistemas de produção mais eficientes e competitivos. Neste contexto, o melhoramento genético animal tem proporcionado avanços na obtenção de produtos de origem animal, principalmente na seleção de touros. A superioridade genética de touros para produção de leite não pode ser medida diretamente nos animais, assim, o valor genético é medido pelo desempenho de produção de leite de suas filhas pelo teste de progênie. A seleção de touros pelo teste de progênie pode ser considerada como método ideal quando temos características de baixa herdabilidade, populações grandes e um grande número de progênies, que hoje são obtidas pelo uso de inseminação artificial. O correto parentesco entre reprodutores é um pré-requisito para um eficiente programa de melhoramento genético animal. Muitas das questões de parentesco podem ser resolvidas pelos testes convencionais, como grupos sanguíneos e proteínas do soro. Entretanto em alguns casos, esses polimorfismos não são suficientes para esclarecer a correta paternidade e, em função disso outros métodos passaram a ser utilizados, como os marcadores moleculares microssatélites. Esta metodologia tem sido descrita para resolver com maior eficiência os casos de verificação e determinação de parentesco, inclusive em bovinos, devido ao alto polimorfismo que apresenta, aliado a resultados de clara interpretação. Para a investigação de paternidade, foram utilizados os marcadores microssatélites BM8246, BMS963, CSFM50, INRA112. Foram verificadas as paternidades de nove touros da raça Gir leiteiro em teste de progênie, calculada a taxa de erro de paternidade e o efeito que esta teria na estimativa do valor genético dos touros. Foi verificado que das 74 filhas analisadas, houve exclusão para 27 delas, correspondendo a um erro de 36% na identificação de paternidade. No entanto, a mudança observada na classificação dos touros devido à correção das paternidades incorretas e consequente mudanças nos valores genéticos dos touros, não foi significativa quando as duas avaliações foram comparadas pelo método de correlação de Spearman. / Increased production in agribusiness has intensified the search for more efficient and competitive production systems. In animal production, advances are achivied primarily through sire selection. Genetic superiority of bulls for milk production cannot be directly measured in the animal; therefore, genetic value is measured by the milk production of its daughters by a progeny test. Selection of bulls by the progeny test could be considered an ideal method when the following characteristics are present: low hereditability, large productions and a large number of progenies. However, the method presents two drawbacks that limit its use: 1) high cost and 2) increase in generation intervals. Nevertheless, these obstacles can be overcome when a large number of progenies are obtained with artificial insemination (A.I.). Correct relationship among sires is essential for an efficient animal-breeding program. Many questions about relationship can be solved by conventional tests, such as blood type and serum proteins. In some cases these polymorphisms are not enough for accurate results; consequently, other methods are used such as microsatelitte molecular markers. This methodology has been described to determine and verify parentage including bovines with high efficiency due to its greater polymorphism and easily interpreted results. Microsatelitte markers BM8246, BMS963, TEXAN15, BMS483, CSFM50, INRA112 were used to investigate paternity. Paternity of nine Gir dairy sires participating in a progeny test was verified. The paternity error rate was calculated and its effect on estimation of the genetic value of the sires determined. Of the 74 daughters analyzed 27 were excluded, which corresponds to a 36% error in paternity identification. However, the change observed in bull classification due to correction of inaccurate paternity and consequent changes of genetic value of the sires was not significant when the two evaluations were compared by the correlation method of Spearman.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 256039 bytes, checksum: edbe984f43e7b349a38086c87c1ebcb2 (MD5) Previous issue date: 2008-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Heritability and genetic and phenotypic correlations estimates to morphologic, handling and milk yield traits were obtained by REML method, using data from Associação Brasileira de Criadores de Gado Gir Leiteiro (ABCGIL). The software REMLF90 was utilized for such objective. The morphologic and handling traits were analysed for a model that differ of the utilized to the milk yield. The fixed effects used in the model of morphologic and handling traits were: contemporary group of herd, year and season of classification (RAEC); classifier; lactation phase and animal age on evaluation. For the milk yield was included in the model the fixed effects of cow age at calving and the contemporary group RAEP, shaped by combination herd, year and season of calving. The animal model was adopted in both analyses, which consider the random effect of repeatability, due to the fact that it was used more than one information per trait. The estimates of the heritability varied of 0.03 to 0.54, being the majority their larger than 0.15. Teat length and rump height were the traits that presented the largest coefficients of heritability (0.44 and 0.54, respectively), and backside view of rear legs, rear udder width, and foot angle, the least (0.03; 0.04; and 0.09, respectively). On practice, the additive genetic variability of the majority of traits was sufficient in order to reach significative annual genetic gain with the selection process. Rear udder width, fore udder insertion, backside view of rear legs, and side view of rear legs were the traits that presented the largest genetics correlations with milk yield (0.53; - 0.50; 0.42; and 0.30, respectively). The genetic antagonism between milk yield and fore udder insertion, associated to moderate heritability and direct influence of this trait on productive life of the cow, suggest that on formation of the selection index for milk yield, special attention must be given to it. The phenotypic correlations among milk yield and morphologic and handling traits were, in many cases, lower than the correspondent genetic correlations. Among the morphologic traits, the most expressive phenotypic correlations involved only the traits related to cow size. Genetic correlations among some morphologic traits were high, enabling the exclusion of some traits of the linear classification program adopted for the Gir breed in Brazil. / Estimativas de herdabilidade e correlações genéticas e fenotípicas para características morfológicas, de manejo e produção de leite em 305 dias de lactação foram obtidas pelo Método da Máxima Verossimilhança Restrita (REML), a partir de dados da Associação Brasileira de Criadores de Gado Gir Leiteiro (ABCGIL). O aplicativo REMLF90 foi utilizado para tal propósito. As características morfológicas e de manejo foram analisadas por um modelo que diferiu do utilizado para produção de leite. Os efeitos fixos usados no modelo das características morfológicas e de manejo foram: grupo contemporâneo de rebanho, ano e estação da classificação (RAEC), classificador, estádio da lactação e idade do animal na avaliação. No caso da produção de leite, incluí-se no modelo os efeitos fixos de idade da vaca ao parto e do grupo contemporâneo RAEP, formado pela combinação rebanho, ano e estação de parição. O modelo animal foi adotado em ambas as análises, que consideraram o efeito aleatório de repetibilidade, uma vez que foi utilizada mais de uma informação por característica. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,03 a 0,54, sendo a maioria delas superiores a 0,15. Comprimento das tetas e altura da garupa foram as características que apresentaram os maiores coeficientes de herdabilidade (0,44 e 0,54, respectivamente), e vista traseira das pernas posteriores, largura do úbere posterior e ângulo dos cascos, os menores (0,03; 0,04; e 0,09, respectivamente). Na prática, a variabilidade genética aditiva da maioria das características foi suficiente para que, com o processo seleção, se possa atingir significativo ganho genético anual. Dentre as características morfológicas e de manejo, as que apresentaram maiores correlações genéticas com produção de leite foram: largura do úbere posterior (0,53); inserção do úbere anterior (-0,50); vista traseira das penas posteriores (0,42); e vista lateral das pernas posteriores (0,30). O antagonismo genético entre produção de leite e inserção do úbere anterior, associada à moderada herdabilidade e influência direta desta característica na vida produtiva da vaca, sugere que na formação de índices de seleção para produção de leite, atenção especial deve ser dada à mesma. As correlações fenotípicas entre produção de leite e as características morfológicas e de manejo foram, em muitos casos, menores do que as correlações genéticas correspondentes. Entre as características morfológicas, as correlações fenotípicas mais expressivas envolveram apenas as relacionadas ao tamanho da vaca. Correlações genéticas entre algumas características morfológicas foram altas, possibilitando a exclusão de algumas delas do programa de classificação linear adotado para a raça Gir no Brasil.

A produção de leite em geral é a característica mais importante em programa de melhoramento animal de rebanhos leiteiros. Vários estudos tem sido conduzidos para no Gir Leiteiro envolvendo a estimação de parâmetros genéticos para características produtivas nos últimos anos, mas pequena atenção foi dada a saúde do úbere e características reprodutivas. Os índices de seleção são utilizados em vários países para selecionar animais mais lucrativos e para quantificar a resposta correlacionada entre as características a serem incluídas como objetivos de seleção. Este trabalho tem como objetivo desenvolver um estudo visando a construção de índices de seleção para posterior utilização na classificação e seleção dos animais avaliados no programa de teste de progênie de bovinos Gir Leiteiro no Brasil. Componentes de (co) variância para a produção de leite (PL), gordura (G), proteína (P), porcentagem de gordura (G%), porcentagem de proteína (P%), escore de células somáticas (ECS), intervalo de partos (IDP) e idade ao primeiro parto (IPP) foram estimados usando informações de desempenho fornecidas pela Associação Brasileira de Criadores de Gir Leiteiro (ABCGIL). Os dados incluíram registros de 10.146 vacas, filhas de 1005 touros, com partos ocorridos entre 1989 e 2013, distribuídas em 289 rebanhos. As análises estatísticas foram realizadas utilizando modelo animal, em análises bivariadas pelo método de máxima verossimilhança restrita (REML). Sete diferentes índices foram propostos (chamados GPI = Gir Performance Index), com alternativos objetivos de seleção e fatores de ponderação. GPI-1: PL + G +P, incluindo os respectivos valores econômicos (VE$) das características. GPI-2: PL + P + IDP + IPP, incluindo os respectivos valores econômicos (VE$) para as características reprodutivas e ponderação zero para IDP e IPP; GPI-3: PL + P + IDP + IPP, incluindo os respectivos valores econômicos (VE$) para as características produtivas e para IDP, e ponderação zero para IPP. Baseados nas possíveis respostas esperadas obtidas nos índices anteriores, diferentes fatores de ponderação foram atribuídos para as características do GPI-4 ao GPI-7. GPI-4: 0.20*PL + 0.40*P - 0.30*IPP - 0.10*IDP; GPI-5: 0.10*PL + 0.50*P - 0.10*IPP - 0.30*IDP; GPI-6: 0.10*PL + 0.60*P - 0.10*IPP - 0.20*IDP e GPI-7: 0.10*PL + 0.30*P - 0.20*IPP - 0.40*IDP. O GPI-1, GPI-2, GPI-3 e GPI-4 apresentaram maiores respostas para a produção de leite. Pequenas diferenças nas respostas para P foram observadas entre os índices. A resposta para IDP diminuiu do GPI-1 ao GPI-7 o que pode ser favorável, pois diminuiria o IDP. Entretanto, não foram obsevadas grandes diferenças entre as respostas econômicas, indicando que é possível a seleção para características reprodutivas sem diminuir o lucro. Os resultados sugerem que a seleção somente para produção de leite poderia levar a um declínio no desempenho reprodutivo. A inclusão da PL, P, IDP e IPP como objetivos de seleção no programa desenvolvido pela ABCGIL poderia promover um equilíbrio entre o melhoramento das características produtivas e reprodutivas. No entanto, espera-se lenta resposta à seleção devido às baixas estimativas de herdabilidade das características. / Milk production traits in general are the most important trait in dairy cattle breeding program. Several studies have been conducted on Gir cattle involving the estimation of genetic parameters for milk production traits over last years, but small attention was given to udder health and reproductive traits. Selection indexes have been used around the world to select more profitable animals and to quantify the correlated response among all traits included in the breeding goal. Thus, the main goal of the present study was to develop a selection indexes for future use in the classification and selection of animals evaluated in a breeding program of Gir dairy cattle in Brazil. The estimate genetic parameters for 305d milk yield (MILK); fat yield (F), fat content (F%), protein yield (P), protein content (P%), lactation somatic cell score (LSCS), calving interval (CI) and age at first calving (AFC), were calculated using information on milk and reproduction traits provided by the Brazilian Association of Gir Dairy Breeders (ABCGIL). Dataset included records of 10,146 cows, daughters of 1,005 sires, who calved between 1989 and 2013, reared in 289 herds. The statistical analyses were carried out by an animal model, in bivariate analyses using the restricted maximum likelihood method. Seven different situations were created in the present study to define the breeding goals for Gir Dairy cattle (named GPI = Gir Performance Index). GPI-1; MILK + F + P, including the respective economic values (EV$) of traits; GPI-2: Milk + P + AFC + CI, including the respective economic values (EV$) for milk traits and zero for CI and AFC; GPI-3: M + P + AFC + CI, considering EV ($) for MILK, P, CI and zero for AFC. Based on possible expected responses obtained from previous indexes, different weighting factors were attributed to traits in GPI-4 to GPI-7. GPI-4: 0.20*MILK + 0.40*P - 0.30*AFC - 0.10*CI; GPI-5: 0.10*MILK + 0.50*P - 0.10*AFC - 0.30*CI; GPI-6: 0.10*MILK + 0.60*P - 0.10*AFC - 0.20*CI and GPI-7: 0.10*MILK + 0.30*P - 0.20*AFC - 0.40*CI. GPI-1, GPI-2, GPI-3 and GPI-4 provided higher genetic responses for MILK. Small differences on responses were observed for P across all indexes. Responses for CI decreased from GPI-1 to GPI-7, which could be favorable, however no differences among the economic selection response were observed, indicating that is possible include reproduction traits in the index without decrease the profit. These results suggest that the selection based only on the improvement of milk yield could lead to a decrease in reproduction performance. These results suggest that inclusion of MILK, P, CI and AFC traits in the breeding goals in the breeding program developed by ABCGIL could generate a balanced improvement of production and reproduction traits. However, is expected smal response to selection due to low heritability estimates for these traits.

Com o aumento da produtividade na área agropecuária, houve um aumento na busca por sistemas de produção mais eficientes e competitivos. Neste contexto, o melhoramento genético animal tem proporcionado avanços na obtenção de produtos de origem animal, principalmente na seleção de touros. A superioridade genética de touros para produção de leite não pode ser medida diretamente nos animais, assim, o valor genético é medido pelo desempenho de produção de leite de suas filhas pelo teste de progênie. A seleção de touros pelo teste de progênie pode ser considerada como método ideal quando temos características de baixa herdabilidade, populações grandes e um grande número de progênies, que hoje são obtidas pelo uso de inseminação artificial. O correto parentesco entre reprodutores é um pré-requisito para um eficiente programa de melhoramento genético animal. Muitas das questões de parentesco podem ser resolvidas pelos testes convencionais, como grupos sanguíneos e proteínas do soro. Entretanto em alguns casos, esses polimorfismos não são suficientes para esclarecer a correta paternidade e, em função disso outros métodos passaram a ser utilizados, como os marcadores moleculares microssatélites. Esta metodologia tem sido descrita para resolver com maior eficiência os casos de verificação e determinação de parentesco, inclusive em bovinos, devido ao alto polimorfismo que apresenta, aliado a resultados de clara interpretação. Para a investigação de paternidade, foram utilizados os marcadores microssatélites BM8246, BMS963, CSFM50, INRA112. Foram verificadas as paternidades de nove touros da raça Gir leiteiro em teste de progênie, calculada a taxa de erro de paternidade e o efeito que esta teria na estimativa do valor genético dos touros. Foi verificado que das 74 filhas analisadas, houve exclusão para 27 delas, correspondendo a um erro de 36% na identificação de paternidade. No entanto, a mudança observada na classificação dos touros devido à correção das paternidades incorretas e consequente mudanças nos valores genéticos dos touros, não foi significativa quando as duas avaliações foram comparadas pelo método de correlação de Spearman. / Increased production in agribusiness has intensified the search for more efficient and competitive production systems. In animal production, advances are achivied primarily through sire selection. Genetic superiority of bulls for milk production cannot be directly measured in the animal; therefore, genetic value is measured by the milk production of its daughters by a progeny test. Selection of bulls by the progeny test could be considered an ideal method when the following characteristics are present: low hereditability, large productions and a large number of progenies. However, the method presents two drawbacks that limit its use: 1) high cost and 2) increase in generation intervals. Nevertheless, these obstacles can be overcome when a large number of progenies are obtained with artificial insemination (A.I.). Correct relationship among sires is essential for an efficient animal-breeding program. Many questions about relationship can be solved by conventional tests, such as blood type and serum proteins. In some cases these polymorphisms are not enough for accurate results; consequently, other methods are used such as microsatelitte molecular markers. This methodology has been described to determine and verify parentage including bovines with high efficiency due to its greater polymorphism and easily interpreted results. Microsatelitte markers BM8246, BMS963, TEXAN15, BMS483, CSFM50, INRA112 were used to investigate paternity. Paternity of nine Gir dairy sires participating in a progeny test was verified. The paternity error rate was calculated and its effect on estimation of the genetic value of the sires determined. Of the 74 daughters analyzed 27 were excluded, which corresponds to a 36% error in paternity identification. However, the change observed in bull classification due to correction of inaccurate paternity and consequent changes of genetic value of the sires was not significant when the two evaluations were compared by the correlation method of Spearman.

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Lenira El Faro Zadra / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Arione Augusti Boligón / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: Parâmetros genéticos para produção de leite acumulada até 305 dias (P305) e para produções no dia do controle (PLDC) de varias lactações da raça Gir Leiteiro foram estimados utilizando modelos de regressão aleatória (MRA).Primeiramente, as P305 em várias idades foram analisadas por meio de um modelo de repetibilidade (REP) e de MRA. Com base nos critérios de comparação, o modelo contendo 3, 3 e 4 ordens de ajuste, respectivamente, para os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente, com quatro classes de variâncias residuais, foi o que promoveu o melhor ajuste aos dados de produção de leite ao longo da vida produtiva. Altas correlações de ordem entre os valores genéticos, associadas às coincidências na classificação dos 5% de touros com maior valor genético para P305 nas diferentes idades estimados pelos MRA e pelo REP, indicaram haver pouca variação na classificação dos touros independente do modelo adotado. As produções de leite em diferentes idades podem ser analisadas como a mesma característica. Em um segundo estudo foram analisadas as PLDC das duas primeiras lactações por meio de MRA bi-características, cujos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por polinômios ortogonais de Legendre de quarta ordem, considerando uma estrutura de cinco classes de variâncias residuais. As estimativas médias de heredabilidade (h2) para as PLDC variaram de 0,24 a 0,38 e de 0,29 a 0,41 na primeira e segunda lactação, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas entre as PLDC 1, 5 e 10 da primeira lactação com todos os controles das duas lactações foram positivas, sendo maiores com os controles adjacentes dentro da primeira lactação e entre controles de ordem equivalente entre lactações. A seleção com base nas PLDC do meio da primeira lactação aparece como uma estratégia de seleção... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study estimates the genetic parameters for 305-day cumulative yield (305d) and test day yield (TD) of several lactations of Gyr dairy cattle using random regression models (RRM). Firstly, 305d at various ages were analyzed using repeatability (REP) and random regression (RRM) models. Based on the comparison criteria, the 3rd, 3rd and 4th order models fitted best the milk yield data along cattle productive life for the random additive genetic and permanent environmental effects, with four classes of residual variances, respectively. High order correlations between genetic values associated with coincidences in the ranking of 5% of bulls with high genetic value for 305d at different ages estimated by REP and RRM, indicate that there is little variation in bull rankings regardless of the adopted model. Milk yield should be considered as same trait at any age. In a second study, TD of the first two lactations were analyzed using two-trait RRM whose additive genetic and permanent environmental effects were fitted by a fourth order Legendre orthogonal polynomials, considering a five-class residual variance structure. The mean heritability estimates (h2) for the TD varied from 0.24 to 0.38 and 0.29 to 0.41 for the first and second lactation, respectively. Estimates of genetic correlations between TD1, 5 and 10 of the first lactation and all controls of the two lactations were positive and higher with the adjacent controls within the first lactation and between controls of same order between lactations. The selection based on TD of the middle of the first lactation appears as an important selection strategy in order to change lactation curve shape for the first and second lactation. In the final study, the genetic parameters for 305d and two persistence measurements (PS1 and PS2) were estimated using a two-trait RRM. The estimates for h2 were 0.19, 0.12 and 0.41... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Ricardo da Fonseca / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: José Fernando Garcia / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: João Cláudio do Carmo Panetto / Banca: Adriana Santana do Carmo / Resumo: A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeito parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos / Abstract: The genetic basis of physiological processes underlying milk production traits are not completely understood, and few causal genes and markers associated with these traits have been reported to date. The emergence of the genomics era, efforts for the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are numerous. These markers allow for establishing relationships between differences in economically important traits and specific genomic coordinates. These relationships are confirmed in genome-wide association studies (GWAS), which provide knowledge about genes and chromosomal segments affecting traits of interest that can be further explored in systems biology. Inferences about genomic localtions that are potentially implicated in phenotypic differences rely on a reference genome assembly where genes are annotated. However, genome assembly is a complex task that is prone to errors, and cases of wrong positioning of nucleotide sequences are not rare. Therefore, this thesis aimed at assessing candidate misassembled regions in the reference bovine genome assembly and performing a GWAS for milk traits in Gir cattle (Bos indicus), including milk, protein and fat yield, percentage of protein and fat, and age at first calving, targeting the identication of genomic regions that are potentially related to important aspects of fertility and milk production / Doutor

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: André Luís Ferreira Lima / Coorientador: Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: Renato Irgang / Banca: Ignácio Aguilar / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: As corridas de homozigose, do inglês "Runs of homozygosity" (ROH), são segmentos homozigóticos contínuos que estão presentes em indivíduos e populações. A habilidade desses segmentos em elucidar sobre eventos genéticos populacionais torna-os uma ferramenta capaz de prover informações valiosas a respeito da evolução demográfica de uma população ao longo do tempo. Além disso, informações amplas do genoma fornecem subsídios relevantes para compreender a constituição genética de um animal por meio da caracterização dos ROH, constituindo uma metodologia acurada para manter a diversidade genética em diversas populações animais. O objetivo deste estudo foi (i) acessar a autozigosidade do genoma de bovinos da raça Gir Leiteiro a fim de caracterizar os padrões de ROH; (ii) prospectar genes em ROH compartilhados por mais de 50% da população, e por fim (iii) comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir da proporção genômica em homozigose (FROH), da matriz genômica de parentesco G (FGRM) e do pedigree tradicional (FPED). Animais da raça Gir Leiteiro foram genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) que contêm 777.962 SNPs (n=582), BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) contendo 54.609 SNPs (n=1664) e GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K) que contêm 27.533 SNPs (n=662). Todos os genótipos foram imputados para o painel BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs sem posição definida ou mapeados nos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments that are common in individuals and populations. The ability of these segments to give insight into a population's genetic events makes them a useful tool to provide information about the demographic evolution of a population over time. Additionally, genome-wide information provides valuable information to comprehend the animal's genome based on ROH, being and accurate tool to maintain diversity and fitness in livestock populations. The aim of this study was (i) to access genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), GRM approach (FGRM), and from pedigree-based coefficient (FPED). Gyr dairy animals were genotyped with the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), that contains 777,962 bialleleic SNPs markers (n=582); the BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), containing 54,609 SNPs (n=1664); and with the GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K), that contains 27,533 bialleleic SNPs markers (n=662). All genotypes were imputed to the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs unsigned to any chromosome and mapped to sexual chromosomes were removed from the dataset. After editing, 2908 animals and 735,236 SNPs were retain... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A produção animal com foco nas características qualitativas da carcaça e na composição do corpo vazio de bovinos nortearam as discussões do capítulo 1o desta tese. No segundo capítulo, dados de nove estudos foram compilados para avaliar os efeitos da seleção para peso pós-desmame nas características de carcaça e qualidade de carne em rebanhos experimentais Nelore Controle (NeC), Nelore Seleção (NeS), Caracu (CaS), Guzerá (GuS) e Gir (GiS). Estes estudos foram conduzidos com animais do programa de melhoramento genético da Estação Experimental de Sertãozinho. Após a prova de ganho de peso, machos (n=490) de progênies nascidas entre 1992 e 2000 foram abatidos para avaliação das características de carcaça e de qualidade de carne. Foi conduzida uma meta-análise com modelo de coeficientes aleatórios; neste rebanho foi considerado efeito fixo e tratamentos dentro de ano e ano (progênie) efeitos aleatórios. Tanto o grau de maturidade calculado como o peso vivo inicial foram usados como covariáveis. As carcaças de CaS e NeS foram mais pesadas que as carcaças de NeC e GiS; as carcaças de GuS apresentaram pesos intermediários. Animais CaS apresentaram o menor valor de força de cisalhamento, comparados aos NeS, NeC, GuS e GiS. A seleção para peso pós-demame aumentou o tamanho corporal, o peso da carcaça e os pesos dos cortes cárneos comerciais sem alterar o rendimento de carcaça e o conteúdo de gordura corporal. No capítulo 3o, equações de regressão linear para estimar a composição química corporal de bovinos CaS, NeS e NeC foram desenvolvidas a partir das composições química e física do corte das 9a -10a -11a costelas. Foram utilizados 56 machos não castrados, sendo 20 animais Ca, 20 NeS e 16 NeC, com 20 a 24 meses de idade ao abate. A composição química dividida em água, proteína, extrato etéreo e minerais foi determinada no corte das costelas e em amostras obtidas após moagem completa e homogeneização de todos os tecidos corporais, separados em: sangue, couro, cabeça + patas, vísceras e carcaça. Os componentes físicos músculo, gordura e ossos foram também determinados no corte das costelas. Os totais de água e extrato etéreo do corte das 9a -10a -11a costelas estimaram, com boa precisão, os totais de água, extrato etéreo e proteína no corpo vazio dos animais. As quantidades de músculo e gordura no corte das costelas foram eficientes para estimar os totais de água, extrato etéreo e proteína no corpo vazio. As composições química e física do corte das costelas pertimitiram estimar com precisão os componentes químicos do corpo vazio dos animais. Equações retiradas da literatura permitiram estimar, com precisão, os teores de extrato etéreo e água no corpo vazio dos animais deste estudo. / Animal production, specially beef cattle carcass characteristics and empty body composition were discussed in the first chapter. On the second chapter data from nine studies were compiled to evaluate the effects of selection for post-weaning weight on carcass characteristics and meat quality in experimental herds of control Nellore (NeC) and selected Nellore (NeS), Caracu (CaS), Guzerah (GuS) and Gir (GiS) breeds. These studies were conducted with animals from a genetic selection program at the Experimental Station of Sertãozinho. After the performance test, bulls (n = 490) from the progeny groups born between 1992 and 2000 were finished and slaughtered to evaluate carcass traits and meat quality. A meta-analysis was conducted with a random coefficients model in which herd was considered a fixed effect and treatments within year and year as random effects. Either calculated maturity degree or initial body weight were interchangeably used as covariates. The CaS and NeS had heavier carcasses than NeC and GiS; GuS were intermediate. CaS had the lowest shear force values compared to NeS, NeC, GuS and GiS. Selection for post weaning weight increased body size, carcass weight, and meat retail weights in Nellore without altering dressing percentage and body fat content. On the third chapter linear regression equations to estimate the empty body chemical composition of CaS, NeS and NeC bulls were established from chemical and physical composition of 9th-10th-11th rib cut. Fifty six intact males, being 20 Ca, 20 NeS and 16 NeC, from 20 to 24 months of age at slaughter were utilized. The content of water, protein, ether extract and ash were determined on the rib cut and on samples obtained after grinding and homogenizing the entire tissue, separated in: blood, hide, head + feet, viscera and carcass. The physical components muscle, fat and bones were also determined on the rib cut. Total of water and ether extract in the 9th-10th-11th rib cut estimated with great precision the total of water, ether extract and protein on animals\' empty body. The ribs muscle and fat quantities were good estimators of water, ether extract and protein total on empty body. The chemical and physical compositions of the rib cut estimated with precision the animals\' empty body components. Equations from literature estimated with precision the ether extract and water percentages of this study animals.

Os problemas decorrentes da geração excessiva e deposição inadequada de resíduos de construção e demolição (RCD), devido ao crescimento demográfico e o processo da urbanização, tem afetado negativamente o ambiente das cidades. O Município de Palmas-TO, que em 2015 possui aproximadamente 240 mil habitantes, tem sofrido as consequências desta deposição inadequada de RCD e necessita de soluções apropriadas para minimizar tal questão. Para melhor análise deste tema foi realizado em Palmas a identificação e classificação dos pontos de lançamento de RCD. O levantamento destes pontos de lançamento foi realizado entre os meses de janeiro e março do ano de 2014, percorrendo-se a área urbana e registrando a ocorrência. Os pontos foram cadastrados no software GIR@SSOL, o qual foi desenvolvido para servir de apoio à decisão como ferramenta de análise de diferentes cenários de gestão integrada de resíduos sólidos da construção civil. Os mapas relacionando os pontos de lançamento ofereceram subsídio para comparação entre os endereços em que há edificações em construção e os endereços que possuem uma ou mais caçambas alocadas. Com a utilização do software GIR@SSOL foi possível verificar que a coleta de RCD na cidade de Palmas é ineficiente, visto que 52% das obras que apresentam licença de construção não possuem sequer uma única caçamba de coleta de RCD locada, além de evidenciar durante o cruzamento dos dados da prefeitura municipal de Palmas e das empresas de locação de caçambas um número significativo de obras não licenciadas para construção, comprovando a necessidade de um sistema mais eficaz de fiscalização e gerenciamento. Espera-se que esta ferramenta contribua para identificação dos problemas, auxiliando na tomada de decisão que levem a uma gestão adequada de RCD pelo Município. / The problems arising from excessive generation and inappropriate disposal of construction and demolition solid waste (CDSW) due to population growth and the process of urbanization has adversely affected the environment of cities. The city of Palmas-TO, in 2015 has approximately 240,000 inhabitants, has suffered the consequences of inadequate deposition CDSW and requires appropriate solutions to minimize this issue. For a better analysis of these problems in Palmas make the identification and classification of release points of CDSW . The survey of these launch sites was conducted between the months of January and March of 2014, visiting to urban area and recording the occurrence. The points were registered in GIR@SSOL software, which was developed to serve as a decision support tool to analyze different scenarios of integrated solid waste management construction. The maps listing the release points offered for comparison between the addresses in that there are buildings under construction and the addresses that have one or more buckets allocated. Using the GIR@SSOL software we found that the collect of CDSW in Palmas is inefficient, since 52% of the works that have construction permission not even have a single bucket collect CDSW leased, in addition to show for the crossing of the data of the municipal government of Palmas and leasing companies of buckets a significant number of works not licensed for construction, proving the need for a more effective system of supervision and management. It is hoped that this tool will help to identify problems, assisting in decision-making that lead to appropriate management of CDSW by the city.

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Todavia, o sucesso econ?mico da pecu?ria leiteira n?o est? associado apenas ? efici?ncia produtiva, mas tamb?m ? efici?ncia reprodutiva, sa?de e longevidade do rebanho. Contudo, os ganhos em produtividade levaram a redu??o na efici?ncia das caracter?sticas reprodutivas e ao decl?nio na longevidade. A longevidade ? uma caracter?stica altamente desej?vel em rebanhos leiteiros, em raz?o da sua rela??o com a lucratividade, pois em rebanhos com vacas mais longevas, tem-se uma redu??o com o custo de animais para reposi??o. Entretanto, a longevidade ? uma caracter?stica complexa influenciada por diversos fatores, como produ??o de leite, bem estar, endogamia e objetivos de cria??o. Al?m disso, a maioria das medidas de longevidade s?o obtidas tardiamente na vida da vaca ou at? mesmo ap?s a sua morte. Este fato, faz com que a sele??o direta para a longevidade seja impratic?vel devido ao tempo necess?rio para se obter a medida, bem como o longo intervalo de gera??es, sendo uma caracter?stica de baixa herdabilidade. Portanto, a sele??o indireta para longevidade tem sido utilizada por meio da sele??o de outras caracter?sticas de interesse econ?mico, expressas precocemente, como a idade ao primeiro parto, podendo contribuir para obten??o de ganhos gen?ticos. Sendo assim, o estudo das caracter?sticas de longevidade e as outras caracter?sticas de import?ncia econ?mica s?o indispens?veis para inclus?o da longevidade em programas de melhoramento gen?tico para produ??o de leite. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2016. / Brazil is a country that stands out for milk production, ranking fifth in the world, according to the Brazilian Institute of Geography and Statistics (IBGE, 2015). The Brazilian dairy herd is mostly composed of zebu and mestizo animals (crossbreeding between European and zebu breeds). Among the zebu breeds, the Gir and Guzer? stand out for the production of meat or milk, besides being animals that adapt well the conditions of the climate. For many years the genetic improvement programs of dairy cattle had as main concern the production characteristics. However, the economic success of dairy farming is not only related to the productive efficiency, but also to the reproductive efficiency, health and longevity of the herd. However, gains in productivity led to a reduction in the efficiency of reproductive traits and a decline in longevity. Longevity is a highly desirable characteristic in dairy herds, because of its relation to profitability, since in livestock with longer cows, there is a reduction with the cost of replacement animals. However, longevity is a complex feature influenced by many factors, such as milk production, well-being, endogamy and creation goals. In addition, most longevity measures are obtained late in the life of the cow or even after death.This fact makes the direct selection for longevity impractical due to the time required to obtain the measure, as well as the long generation interval, being a characteristic of low heritability. Therefore, indirect selection for longevity has been used through the selection of other characteristics of economic interest, expressed early, such as age at first calving, and may contribute to obtain genetic gains. Thus, the study of longevity characteristics and other characteristics of economic importance are indispensable for inclusion of longevity in genetic breeding programs for milk production.