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Geminivirus AL2 and L2 proteins interact with and inactivate adenosine kinase

Wang, Hui 09 March 2004 (has links)
No description available.
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Reversal of RNA-mediated gene silencing pathways by geminivirus AL2 and L2 proteins

Buchmann, Cody 29 September 2008 (has links)
No description available.
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Methylation of Geminivirus Genomes: Investigating its role as a host defense and evaluating its efficacy as a model to study chromatin methylation in plants

Raja, Priya 26 August 2010 (has links)
No description available.
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Passion flower little leaf mosaic begomovirus: reação de espécies de Passiflora, gama parcial de hospedeiros, seleção de estirpe fraca e transmissão por Bemisia tabaci biótipo B / Passion flower little leaf mosaic begomovirus: reaction of species of Passiflora, partial host range, selection of mild strain and transmission by Bemisia tabaci B biotype

Alves, Ana Carolina Christino de Negreiros 03 February 2009 (has links)
O Passion flower little leaf mosaic virus (PLLMV) foi encontrado causando danos severos em plantios de maracujazeiro (Passilora edulis f. flavicarpa) em dois municípios do Estado da Bahia no ano de 2001. Nesses locais foi constatada que a incidência deste begomovirus estava relacionada à colonização das plantas por Bemisia tabaci, cujo biótipo não foi identificado. Até o momento este vírus não parece constituir grave ameaça a cultura do maracujazeiro, o que aparentemente esta relacionado ao fato de P. edulis f. flavicarpa não ser preferida para a alimentação desse aleyrodídeo. Assim, os objetivos deste trabalho foram: a) selecionar espécies silvestres de Passiflora resistentes a este begomovirus que possam ser úteis em futuro programa de melhoramento genético; b) identificar possíveis hospedeiros alternativos do patógeno entre algumas espécies da vegetação espontânea e cultivadas e c) avaliar se adultos de B. tabaci biótipo B presentes no Estado de São Paulo são capazes de transmitir esse vírus. A reação de espécies silvestres de Passiflora foi avaliada por enxertia em maracujazeiro amarelo infectado que serviu como de fonte de inóculo. As avaliações foram feitas por meio da expressão de sintomas, análise de PCR e teste de recuperação do vírus para maracujazeiro amarelo. As espécies P. alata, P. quadrangularis, P. morifolia, P. serrato-digitata, P. suberosa e P. foetida foram suscetíveis ao PLLMV, enquanto P. caerulea, P. cincinnata, P nitida, P. mucronata e P. giberti se mostraram resistentes a este vírus. No estudo de hospedeiros alternativos, primeiramente o PLLMV foi inoculado mecanicamente nas seguintes espécies vegetais: Capsicum annuum, Chenopodium quinoa, Solanum lycopersicon, S. tuberosum, P. edulis f. flavicarpa, Phaseolus vulgaris, Nicotiana benthamiana e Sida sp.. Somente N. benthamiana foi infectada sistemicamente. Posteriormente foram feitas tentativas de transmissão desse begomovirus por meio de enxertia, usando-se como fonte de inóculo (porta-enxerto), plantas infectadas de N. benthamiana. Foram avaliadas as seguintes espécies vegetais: S. pimpinellifolium, S. lycopersicon, S. tuberosum, N. benthamiana, D. stramonium, C. annuum, N. glutinosa e Sida rhombifolia. O vírus foi transmitido somente para plantas de S. pimpinellifolium. As sucessivas transmissões mecânicas do PLLMV em N. benthamiana permitiram a seleção de uma estirpe fraca e protetora deste begomovirus. B. tabaci biótipo B não foi capaz de transmitir o PLLMV. / The Passion flower little leaf mosaic virus (PLLMV) was found causing severe damage in passion flower (Passilora edulis f. flavicarpa ) orchards in two counties of Bahia state, in 2001. The high incidence of this begomovirus was related to the colonization of plants by Bemisia tabaci, whose biotype was not indentified. To date this virus doesnt seem to be a serious threat to the passion flower cultivation, which apparently is related to the fact that P. edulis f. flavicarpa is not a preferred specie for whitefly feeding. The aim of this work were: a) to select wild species of Passifloraceae resistant to PLLMV, that may be useful in future breeding program; b) to indentify some possible alternative hosts of the pathogen among some weed and cultivaded species and c) to evaluat whether adults of B. tabaci biotype B are capable of transmitting this virus. The reaction of wild species of Passifloracea was evaluated by grafting on infected yellow passion fruit that served as a source of inoculum. The evaluation of these plants were done by means of symptoms, PCR test and biological recovery of the virus to yellow passion fruit. The sepecies P. alata, P. quadrangularis, P. morifolia, P. serrato-digitata, P. suberosa and P. foetida were susceptible to PLLMV, while P. caerulea, P. cincinnata, P nitida, P. mucronata and P. giberti were resistant to this virus. In the study of alternative hosts, at first, PLLMV was mechanically inoculated in the following species: Capsicum annuum, Chenopodium quinoa, Solanum lycopersicon, S. tuberosum, Passiflora edulis f. flavicarpa, Phaseolus vulgaris, Nicotiana benthamiana and Sida sp. Only N. benthamiana was systematically infected. Subsequently, graft transmission of PLLMV was carried out using infected N. benthamiana as source of inoculum (root stock). The following species were evaluated: Solanum pimpinellifolium, S. lycopersicon, S. tuberosum, N. benthamiana, D. stramonium, C. annuum, N. glutinosa and Sida rhombifolia.The virus was transmited only to S. pimpinellifolium. Successive mechanical transmissions of PLLMV in N. benthamiana led to the selection of a mild and protective strain of this begomovirus. B. tabaci biotype B was not able to transmit the PLLMV.
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Variabilidade molecular e resistência a geminivirus em acessos de tomateiro do BGH-UFV / Molecular variability and resistance the geminivirus in accesses of tomato of BGH-UFV

González Aguilera, Jorge 03 August 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1132396 bytes, checksum: 0b291e326e4243ffd6914eba9be519bb (MD5) Previous issue date: 2007-08-03 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The Bank of Germplasm of Vegetables (BGH) of the Federal University of Viçosa, it maintains about 870 accesses of the gender Lycopersicon, many of them still no characterized. That culture is attacked by countless curses, where the flywhite (Bemisia tabaci) one of the most important is considered. Starting from 1994, it happened the introduction of a new biotype of B. tabaci in Brazil (biotype B), responsible for the spread of new begomovírus species in tomato. One of those new species, Tomato yellow spot virus (ToYSV), it causes severe symptoms and with high precocity in the tomato. Inside of this context, our work had as objectives: (1) to evaluate 96 tomato accesses (Lycopersicon esculentum Mill.) as the resistance to the gemivirus Tomato yellow spot virus and (2) to characterize the genetic variability starting from molecular data. The resistance to ToYSV was evaluated through a selection being inoculated the accesses through agroinoculação and he saw biobalística, using the isolated of ToYSV Bi2. As a result of that selection it was selected the accesses that manifested the largest resistance pattern and again inoculated. The accesses that showed as resistant they were selected again and inoculated the same conditions low, being planted 20 plants by accesses. It was evaluated her witnesses from the virus in a visual way to the 10, 20 and 30 days after inoculation. The visual evaluation was confirmed through PCR and hybridization. The accesses were fenotipados tends as base the percentage of infected plants confirmed by PCR and hybridization, of the total of inoculated plants. The molecular variability was characterized using molecular markers ISSR. The accesses were sowed in vegetation house and leaves of three plants by access were collected for extraction in bulk of DNA. Ten molecular markers anchored ISSR were used. The bands analyzed for each employed primer allowed the construction of the head office of binary data. The head office was used in I calculate it of the dissimilar using the complement of the coefficient of similarity of Jaccard. The head office was used in the accomplishment of the groupings by the method of optimization of Tocher and hierarchical UPGMA. Of the 96 accesses inoculated through agroinoculação, 31 accesses were selected classified as highly resistant (AR), being inoculated through biobalistica and selected among of them 4 accesses. The 4 selected accesses were inoculated again and as result he stood out the access BGH-224 that was classified as AR with only 10% of infected plants, and suitable as promising access for obtaining of you cultivate with resistance to ToYSV. The markers ISSR generated, together, 53 bands polymorphic of a total of 144 amplified. The primer 840 generated the largest number of bands polimórficas, with 18% (13 bands) of the 144 bands obtained by the 10 used primers. The size of the amplified fragments varied from 250 to 2000 pb. By the evaluation of the dendrogram obtained by the grouping method UPGMA and the grouping for the method Tocher, it was possible to differentiate the accesses. The access BGH- 980 was classified separately, being the most divergent of the tested accesses. They were classified in groups of 2 accesses the equal of accesses BGH- 674 and BGH-991, BGH-616 and BGH-970, that constitute duplicated accesses. The markers ISSR were useful in the characterization of the variability of the accesses of Lycopersicon esculentum, amplifying relatively high number of locos for primer, being enough to discriminate the appraised accesses. / O Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH) da Universidade Federal de Viçosa, mantém cerca de 870 acessos do gênero Lycopersicon, muitos deles ainda não caracterizados. Essa cultura é atacada por inúmeras pragas, onde a mosca-branca (Bemisia tabaci) é considerada uma das mais importantes. A partir de 1994, ocorreu a introdução de um novo biótipo de B. tabaci no Brasil (biótipo B), responsável pela disseminação de novas espécies de begomovírus em tomateiro. Uma dessas novas espécies, o Tomato yellow spot virus (ToYSV), causa sintomas severos e com alta precocidade no tomateiro. Dentro deste contexto, nosso trabalho teve como objetivos: (1) avaliar 96 acessos de tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) quanto a resistência ao gemivirus Tomato yellow spot virus (ToYSV) e (2) caracterizar a variabilidade genética a partir de dados moleculares. A resistência ao ToYSV foi avaliada através de uma triagem, sendo inoculados os acessos via agroinoculação e via biobalística, empregando o isolado de ToYSV Bi2. Como resultado dessa triagem foi selecionado os acessos que manifestaram o maior padrão de resistência e foram novamente inoculados. Os acessos que se manifestaram como resistentes foram selecionados novamente e inoculados baixo as mesmas condições, sendo plantadas 20 plantas por acessos. Foi avaliada a presencia do vírus de modo visual aos 10, 20 e 30 dias após inoculação. Foi confirmada a avaliação visual via PCR e hibridização. Os acessos foram fenotipados tendo como base a porcentagem de plantas infectadas confirmadas por PCR e hibridização, do total de plantas inoculadas. A variabilidade molecular foi caracterizada empregando marcadores moleculares ISSR. Os acessos foram semeados em casa de vegetação e folhas de três plantas por acesso foram coletadas para extração em bulk do DNA. Dez marcadores moleculares ISSR ancorados foram empregados. As bandas analisadas para cada primer empregado permitiu a construção da matriz de dados binários. A matriz foi empregada no calculo da dissimilaridade utilizando o complemento do coeficiente de similaridade de Jaccard. A matriz foi empregada na realização dos agrupamentos pelo método de otimização de Tocher e hierárquico UPGMA. Dos 96 acessos inoculados via agroinoculação, foram seleccionados 31 acessos classificados como Altamente Resistente (AR), sendo inoculados via biobalística e selecionados dentre deles 4 acessos. Os 4 acessos selecionados foram inoculados novamente e como resultado destacou-se o acesso BGH-224 que foi classificado como AR, com apenas 10% de plantas infectadas, e indicado como acesso promissor para obtenção de cultivares com resistência ao ToYSV. Os marcadores ISSR geraram, em conjunto, 53 bandas polimórficas de um total de 144 amplificadas. O primer 840 gerou o maior número de bandas polimórficas, com 18 % (13 bandas) das 144 bandas obtidas pelos 10 primers empregados. O tamanho dos fragmentos amplificados variou de 250 a 2000 pb. Mediante a avaliação do dendrograma obtido pelo método de agrupamento UPGMA e o agrupamento pelo método Tocher, foi possível diferenciar os acessos. O acesso BGH-980 foi classificado isoladamente, sendo o mais divergente dos acessos testados. Foram classificados em grupos de 2 acessos os pares de acessos BGH-674 e BGH-991, BGH-616 e BGH-970, ainda que semelhantes não constituem acessos duplicados. Os marcadores ISSR foram úteis na caracterização da variabilidade dos acessos de Lycopersicon esculentum, amplificando número relativamente elevado de locos por primer, sendo suficiente para discriminar os acessos valiados.
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Caracterização e diversidade genética de geminivírus associados ao tomateiro na região do Triângulo Mineiro / Characterization and genetic diversity of geminiviruses associated with tomato plants in the region of Triângulo Mineiro, Minas Gerais, Brazil

Fernandes, Jonas Jäger 30 November 2001 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-19T13:40:35Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4542523 bytes, checksum: c68041abd5ef22ab9466db888a2ebc85 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-19T13:40:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4542523 bytes, checksum: c68041abd5ef22ab9466db888a2ebc85 (MD5) Previous issue date: 2001-11-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Um complexo viral causando mosaico dourado e deformação (rugosidade) foliar em tomateiros na região do Triângulo Mineiro, MG, Brasil, foi obtido por meio de moscas brancas virulíferas, e denominado TGV-Ub1. Os vírus presentes neste complexo viral foram transmitidos via extrato vegetal tamponado (EVT) a partir de folhas de tomateiro para plantas de Nicotiana benthamiana. A análise via PCR utilizando oligonucleotídeos universais para o gênero Begomovirus indicou a amplificação de dois fragmentos distintos para o componente A e para o componente B, sugerindo que o complexo viral TGV-Ub1 é composto por dois vírus distintos. De fato, dois geminivírus foram purificados biologicamente a partir do complexo viral TGV-Ub1, e causaram em tomateiro sintomas de mosaico dourado suave, sem rugosidade. O complexo viral TGV--Ub1 infectou apenas plantas da família Solanaceae, incluindo várias espécies de Nicotiana e Solanum tuberosum, e excluindo S. melongena, S. gilo, Capsicum annuum e C. frutescens. Obtiveram-se 87 clones com cerca de 2.600 nucleotídeos a partir de folhas de tomateiro infectado pelo complexo viral TGV-Ub1. A comparação das seqüências completas de nucleotídeos dos clones pUb1-49 (DNA-A), pUb1-62 e pUb1-81 (ambos DNA-B) indicou que esses componentes pertencem a novos begomovírus. Com base em análise filogenética, esses componentes foram classificados como pertencente a um begomovírus do hemisfério ocidental. Os clones pUb1-49 e -81 possuem regiões comuns idênticas. Este vírus foi denominado Tomato rugose mosaic virus (TRMV). O clone pUb1-62 possui região comum distinta do TRMV e de todos os demais geminivírus descritos. O DNA-A cognato de pUb1-62 não foi encontrado. Clones contendo 1,5 cópia dos componentes genômicos clonados em pUb1-49, -62 e -81 foram construídos. A análise da infectividade desses clones em Santa Clara e em N. benthamiana, por meio de bombardeamento de partículas, demonstrou que a combinação dos clones correspondentes ao genoma do TRMV causou sintomas sistêmicos nos dois hospedeiros, semelhantes àqueles causados pelos isolados puros obtidos neste trabalho. A combinação dos clones pUb1-49 e -62 não resultou em infecção sistêmica, indicando que esses dois componentes não formam pseudo-recombinantes viáveis. O TRMV foi transmitido via EVT a partir de folhas de N. benthamiana para N. benthamiana, e, por enxertia para S. tuberosum e Datura stramonium. Amostras de tomateiro apresentando sintomas semelhantes a mosaico dourado foram coletadas em três municípios da região do Triângulo Mineiro. Análise via PCR indicou que 148 das 170 amostras coletadas estavam infectadas por begomovírus. Das amostras infectadas, apenas uma hibridizou a 68°C com sonda para o componente A do TRMV, 109 hibridizaram a 58°C com esta sonda e 39 não hibridizaram com esta sonda em nenhuma das duas temperaturas, indicando que a maioria das amostras continha geminivírus geneticamente relacionado ao TRMV. Os componentes TRMV-A e TRMV-B foram detectados, respectivamente, em plantas de Nicandra physaloides (joá de capote) e Phaseolus vulgaris (feijão comum) coletadas em lavouras de tomateiro. Análise genética baseada em PCR-RFLP de fragmentos amplificados a partir das amostras coletadas indicou a existência de um alto grau de diversidade genética de begomovírus em tomateiros da região do Triângulo Mineiro. / A viral complex causing golden mosaic and leaf distortion (rugosity) in tomato plants in the Triângulo Mineiro region, Minas Gerais, Brasil, was obtained from viruliferous whiteflies, and named TGV-Ub1. This viral complex was sap-transmitted from tomato leaves to Nicotiana benthamiana plants. PCR amplification using universal primers for the genus Begomovirus yielded two distinct fragments for the A and B components of the viral genome. This suggested that the TGV-Ub1 complex was composed of two distinct viruses. Indeed, two geminiviruses were biologically purified from the TGV-Ub1 complex, and shown to cause symptoms of mild golden mosaic with no rugosity on tomato plants. The TGV-Ub1 complex infected only plants in the Solanaceae, including several Nicotiana species and Solanum tuberosum, but excluding S. melongena, S. gilo, Capsicum annuum and C. frutescens. Eighty-seven clones corresponding to full-length (~2.600 nucleotides) viral genomes were obtained from tomato leaves infected with TGV-Ub1. Comparisons of the complete nucleotide sequences of clones pUb1-49 (DNA-A), pUb1-62 and pUb1-81 (both DNA-B) indicated that they comprise new begomoviruses. By phylogenetic analysis, these components were identified as belonging to a begomovirus from the western hemisphere. Clones pUb1-49 and -81 showed identical common regions. This virus was named Tomato rugose mosaic virus (TRMV). Clone pUb1-62 has a distinct common region from TRMV and all other known geminiviruses. A cognate DNA-A for pUb1-62 was not found. Clones containing 1.5 copies of the genomic components cloned in pUb1-49, -62 and -81 were constructed. Infectivity analysis of these clones in Santa Clara and N. benthamiana plants using particle bombardment demonstrated that the combination of clones corresponding to the TRMV genome resulted in systemic symptoms in both hosts. These symptoms were analogous to those observed when using the pure isolates obtained in this study. The combination of pUb1-49 and -62 did not result in systemic infection, indicating that these two components do not form viable pseudo-recombinants. TRMV was sap-transmitted from N. benthamiana leaves to N. benthamiana plants, and by grafting to S. tuberosum and Datura stramonium. Samples from tomato plants showing symptoms similar to golden mosaic were collected in three different municipal districts in the region of Triângulo Mineiro. PCR analysis indicated that 148 out of 170 collected samples were infected with a begomovirus. From these infected samples, only one hybridized at 68°C to a specific probe for the DNA-A of TRMV. However, 109 samples hybridized at 58°C to the same probe. Thirty- nine samples did not hybridize to this probe at either temperature. These results indicated that most of the samples contained geminiviruses genetically related to TRMV. TRMV-A and TRMV-B were detected, respectively, in plants of Nicandra physaloides and Phaseolus vulgaris growing naturally nearby tomato fields. A genetic analysis based on PCR-RFLP from fragments obtained from collected samples demonstrated the existence of a high degree of genetic diversity of begomoviruses in tomato plants cultivated in the region of Triângulo Mineiro.
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Caracterização de dois begomovírus (Tomato severe rugose virus e Tomato yellow vein streak virus) que infectam tomateiro e obtenção de clones infecciosos / Characterization of two begomoviruses (Tomato severe rugose virus and Tomato yellow vein streak virus) that infect tomato and production of infectious clones

Lima, Alison Talis Martins 30 July 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2474594 bytes, checksum: 6cdab11f886d77e7d0c8a3d024dde318 (MD5) Previous issue date: 2008-07-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genus Begomovirus (family Geminiviridae) includes viruses with a genome comprised of one or two molecules of circular, single-stranded DNA, transmitted to dicot species by the whitefly Bemisia tabaci. In Brazil, after the introduction of the B biotype of B. tabaci in the early 1990s, the incidence of begomoviruses in tomato has become frequent, with several reports of new viral species. Some of these species have become prevalent under field conditions, including Tomato severe rugose virus (ToSRV) and Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV). The purpose of this study was to characterize two isolates of these species through the cloning of their whole genomes followed by molecular analysis, and the production of infectious clones for determination of their host ranges. Total DNA extracts of infected plants were used for whole genome amplification using the phi29 phage DNA polymerase. The amplification products were cloned into plasmids and completely sequenced. Sequence analysis indicated that the DNA-A and DNA-B of ToSRV-[BR:Pir1:05] and ToYVSV- [BR:Pda30:05] isolates had greater than 90% identities with other isolates of ToSRV and ToYVSV, respectively. The molecular analysis indicated that the DNA-A of the BR:Pir1:05 isolate may be the result of a recombination event, in which the virus acquired the rep ORF of Tomato rugose mosaic virus (ToRMV) and the cp ORF of an unidentified virus. Analysis of the DNA-B of the same isolate indicated the existence of a relationship with viruses that infect weed/wild hosts in Brazil, corroborating the hypothesis that viruses present in wild hosts led to the virus currently found in tomatoes. Additionally, because of the high identity observed between the DNA-B of ToSRV-[BR:Pir1:05] and ToRMV, it is possible that this genomic component is shared by the two viruses. In host range assays, plants showing latent infections were observed for both isolates. Such plants can act as natural reservoirs and serve as a primary source of inoculum for host plants of economic importance such as the tomato. The infectious clones of ToYVSV- [BR:Pda30:05] had low infectivity in the host range assays. It is possible that the inoculation method was not effective in the transmission of this isolate, or one or both clones could contain mutations that reduce the efficiency of their replication. / O gênero Begomovirus (família Geminiviridae) inclui vírus com genoma composto por uma ou duas moléculas de DNA fita simples, transmitidos a espécies de plantas dicotiledôneas pela mosca-branca Bemisia tabaci. No Brasil, após a introdução do biótipo B de B. tabaci no início da década de 1990, a incidência de begomovírus em tomateiro tornou-se freqüente, com vários relatos de novas espécies virais. Algumas dessas espécies tornaram-se prevalentes em condições de campo no Brasil, incluindo o Tomato severe rugose virus (ToSRV) e o Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV). O objetivo deste trabalho foi caracterizar dois isolados dessas espécies, por meio da clonagem de seus genomas completos seguida de análise molecular, e da obtenção de clones infecciosos para determinação de suas gamas de hospedeiros. Extratos de DNA total de plantas infectadas foram utilizados para a amplificação do genoma viral completo utilizando-se a DNA polimerase do fago φ29. Os produtos da amplificação foram clonados em plasmídeos e completamente seqüenciados. A análise das seqüências do DNA-A e DNA-B dos isolados ToSRV- [BR:Pir1:05] e ToYVSV- [BR:Pda30:05] indicou valores de identidade acima de 90% com outros isolados de ToSRV e ToYVSV, respectivamente. A análise molecular indica que o DNA-A do isolado BR:Pir1:05 pode ser resultado de um evento de recombinação, no qual o vírus adquiriu a ORF rep do Tomato rugose mosaic virus (ToRMV) e a ORF cp de um vírus não identificado. A análise do DNA-B do mesmo isolado indica a existência de relacionamento com vírus que infectam plantas daninhas/silvestres no Brasil, reforçando a hipótese de que vírus presentes em hospedeiros silvestres deram origem aos vírus atualmente encontrados em tomateiro. Adicionalmente, devido à alta identidade observada entre os DNAs-B dos isolados BR:Pir1:05 e do ToRMV, é possível que este componente genômico seja compartilhado pelos dois vírus. Nos testes de gama de hospedeiros, plantas apresentando infecções latentes foram observadas para os dois isolados. Tais plantas podem atuar como reservatórios naturais e servir de fonte de inóculo primário para plantas hospedeiras de importância econômica, como o tomateiro. Os clones infecciosos do isolado BR:Pda30:05 apresentaram baixa infectividade nos testes de gama de hospedeiros. É possível que o método de inoculação não tenha sido eficiente na transmissão deste isolado, ou que os clones apresentem mutações que reduzam a eficiência de sua replicação.
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Genetic variability of Euphorbia yellow mosaic virus and Macroptilium yellow vein virus in their respective natural hosts, Euphorbia heterophylla and Macroptilium lathyroides / Genetic variability of Euphorbia yellow mosaic virus and Macroptilium yellow vein virus in their respective natural hosts, Euphorbia heterophylla and Macroptilium lathyroides

Lemos, Pedro Paulo Ferreira 15 March 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 668759 bytes, checksum: 554c480543a7e27e41087d744a247db0 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Begomoviruses (genus Begomovirus, family Geminiviridae) comprise a group of plant viruses of great economic importance causing serious economic losses in tropical and subtropical crops. It is believed that the emergence of begomoviruses in Brazil occurred through horizontal transfer of viruses previously restricted to non-cultivated plants by the B biotype of Bemisia tabaci. Little is known about the genetic variability of weedinfecting begomoviruses. The study of this variability is important to understand how viruses evolve in order to adopt strategies for the development of crop cultivars with durable resistance. In this study we investigated the genetic variability of two weedinfecting begomoviruses, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) and Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), which infect Euphorbia heterophylla and Macroptilium lathyroides, respectively. Our results, based on 19 DNA-A sequences of EuYMV and 18 of MaYVV obtained from samples collected in 2011 and 2012, support the hypothesis that the genetic structure of begomoviruses can be modulated by their hosts by common processes of selection, mutation and recombination. We observed distinct degrees of genetic variability between the two viruses. EuYMV presented a higher variability, similar to other weed-infecting begomoviruses, while MaYVV presented a lower variability. The nucleotide diversity of EuYMV (0.00819) was four-fold higher than that of MaYVV (0.00197). The mutation frequency of EuYMV (2.5×10-3) was higher than that of MaYVV (4.2×10-4). This difference was supported by the higher nucleotide diversity of all genes of EuYMV compared to MaYVV: CP (~three-fold), Rep (~seven-fold), Trap (~32-fold), Ren (~four-fold), AC4 (~eight-fold). Therefore the higher variability of EuYMV can be explained mostly by the Trap gene. The lower diversity observed for MaYVV could be due to its recent emergence compared to EuYMV, reported since the 1950's in Brazil. / Os begomovírus (gênero Begomovirus, familia Geminiviridae) são um grupo vírus de plantas de grande importância econômica causando sérias perdas em diversas culturas tropicais e subtropicais. Acredita-se que a emergência dos begomovírus presentes no Brasil se deu por meio da transferência horizontal de vírus anteriormente restritos a plantas silvestres e invasoras para plantas cultivadas mediada pelo biótipo B de Bemisia tabaci. A maioria dos trabalhos realizados até o presente tiveram enfoque na caracterização molecular dos begomovírus e pouco se sabe sobre a variabilidade genética das populações destes no campo. O estudo desta variabilidade é importante para entender como os vírus evoluem no sentido de serem adotadas estratégias para o desenvolvimento de cultivares com resistência durável. Neste trabalho foi investigada a variabilidade genética de dois begomovírus encontrados em plantas invasoras, Euphorbia yellow mosaic virus (EuYMV) e Macroptilium yellow vein virus (MaYVV), que infectam Euphorbia heterophylla e Macroptilium lathyroides, respectivamente. Os resultados, baseados em 19 sequências de EuYMV e 18 de MaYVV obtidas de amostras coletadas em 2011 e 2012, reforçam a hipótese de que a estrutura genética de begomovírus pode ser modulada pelo hospedeiro por processos comuns de seleção, mutação e recombinação. Foram observados diferentes graus de variabilidade genética entre os dois vírus. O EuYMV apresentou maior variabilidade, semelhante a outros begomovírus que infectam plantas não cultivadas, enquanto o MaYVV apresentou baixa variabilidade. A diversidade nucleotídica do EuYMV (0,00819) foi aproximadamente quatro vezes mais elevada do que a do MaYVV (0,00197). A frequência de mutação do EuYMV (2,5×10-3) foi superior à do MaYVV (4,2×10-4). Esta diferença foi suportada pela maior diversidade nucleotídica de todos os genes do EuYMV em comparação ao MaYVV: CP (aprox. três vezes maior), Rep (sete vezes), Trap (32 vezes), Ren (quatro vezes), AC4 (oito vezes). Esses resultados indicam que a maior variabilidade genética de EuYMV pode ser explicada, principalmente, pelo gene Trap. A menor variabilidade observada para o MaYVV pode ser devido à sua provável emergência recente em comparação ao EuYMV, relatado desde a década de 1950 no Brasil.
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Passion flower little leaf mosaic begomovirus: reação de espécies de Passiflora, gama parcial de hospedeiros, seleção de estirpe fraca e transmissão por Bemisia tabaci biótipo B / Passion flower little leaf mosaic begomovirus: reaction of species of Passiflora, partial host range, selection of mild strain and transmission by Bemisia tabaci B biotype

Ana Carolina Christino de Negreiros Alves 03 February 2009 (has links)
O Passion flower little leaf mosaic virus (PLLMV) foi encontrado causando danos severos em plantios de maracujazeiro (Passilora edulis f. flavicarpa) em dois municípios do Estado da Bahia no ano de 2001. Nesses locais foi constatada que a incidência deste begomovirus estava relacionada à colonização das plantas por Bemisia tabaci, cujo biótipo não foi identificado. Até o momento este vírus não parece constituir grave ameaça a cultura do maracujazeiro, o que aparentemente esta relacionado ao fato de P. edulis f. flavicarpa não ser preferida para a alimentação desse aleyrodídeo. Assim, os objetivos deste trabalho foram: a) selecionar espécies silvestres de Passiflora resistentes a este begomovirus que possam ser úteis em futuro programa de melhoramento genético; b) identificar possíveis hospedeiros alternativos do patógeno entre algumas espécies da vegetação espontânea e cultivadas e c) avaliar se adultos de B. tabaci biótipo B presentes no Estado de São Paulo são capazes de transmitir esse vírus. A reação de espécies silvestres de Passiflora foi avaliada por enxertia em maracujazeiro amarelo infectado que serviu como de fonte de inóculo. As avaliações foram feitas por meio da expressão de sintomas, análise de PCR e teste de recuperação do vírus para maracujazeiro amarelo. As espécies P. alata, P. quadrangularis, P. morifolia, P. serrato-digitata, P. suberosa e P. foetida foram suscetíveis ao PLLMV, enquanto P. caerulea, P. cincinnata, P nitida, P. mucronata e P. giberti se mostraram resistentes a este vírus. No estudo de hospedeiros alternativos, primeiramente o PLLMV foi inoculado mecanicamente nas seguintes espécies vegetais: Capsicum annuum, Chenopodium quinoa, Solanum lycopersicon, S. tuberosum, P. edulis f. flavicarpa, Phaseolus vulgaris, Nicotiana benthamiana e Sida sp.. Somente N. benthamiana foi infectada sistemicamente. Posteriormente foram feitas tentativas de transmissão desse begomovirus por meio de enxertia, usando-se como fonte de inóculo (porta-enxerto), plantas infectadas de N. benthamiana. Foram avaliadas as seguintes espécies vegetais: S. pimpinellifolium, S. lycopersicon, S. tuberosum, N. benthamiana, D. stramonium, C. annuum, N. glutinosa e Sida rhombifolia. O vírus foi transmitido somente para plantas de S. pimpinellifolium. As sucessivas transmissões mecânicas do PLLMV em N. benthamiana permitiram a seleção de uma estirpe fraca e protetora deste begomovirus. B. tabaci biótipo B não foi capaz de transmitir o PLLMV. / The Passion flower little leaf mosaic virus (PLLMV) was found causing severe damage in passion flower (Passilora edulis f. flavicarpa ) orchards in two counties of Bahia state, in 2001. The high incidence of this begomovirus was related to the colonization of plants by Bemisia tabaci, whose biotype was not indentified. To date this virus doesnt seem to be a serious threat to the passion flower cultivation, which apparently is related to the fact that P. edulis f. flavicarpa is not a preferred specie for whitefly feeding. The aim of this work were: a) to select wild species of Passifloraceae resistant to PLLMV, that may be useful in future breeding program; b) to indentify some possible alternative hosts of the pathogen among some weed and cultivaded species and c) to evaluat whether adults of B. tabaci biotype B are capable of transmitting this virus. The reaction of wild species of Passifloracea was evaluated by grafting on infected yellow passion fruit that served as a source of inoculum. The evaluation of these plants were done by means of symptoms, PCR test and biological recovery of the virus to yellow passion fruit. The sepecies P. alata, P. quadrangularis, P. morifolia, P. serrato-digitata, P. suberosa and P. foetida were susceptible to PLLMV, while P. caerulea, P. cincinnata, P nitida, P. mucronata and P. giberti were resistant to this virus. In the study of alternative hosts, at first, PLLMV was mechanically inoculated in the following species: Capsicum annuum, Chenopodium quinoa, Solanum lycopersicon, S. tuberosum, Passiflora edulis f. flavicarpa, Phaseolus vulgaris, Nicotiana benthamiana and Sida sp. Only N. benthamiana was systematically infected. Subsequently, graft transmission of PLLMV was carried out using infected N. benthamiana as source of inoculum (root stock). The following species were evaluated: Solanum pimpinellifolium, S. lycopersicon, S. tuberosum, N. benthamiana, D. stramonium, C. annuum, N. glutinosa and Sida rhombifolia.The virus was transmited only to S. pimpinellifolium. Successive mechanical transmissions of PLLMV in N. benthamiana led to the selection of a mild and protective strain of this begomovirus. B. tabaci biotype B was not able to transmit the PLLMV.
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Identificação de um fator do hospedeiro, RPS5A, envolvido na interação com a proteína de movimento (MP) de geminivírus / Identification of movement protein MP-intaracting host facotrs

Balmant, Kelly Mayrink 18 February 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2368630 bytes, checksum: cd9eaf09470bcfbf6727027ecade3b46 (MD5) Previous issue date: 2011-02-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The movement protein MP from bipartite geminivirus (begomovirus) facilitates the cell-to-cell and long-distance transport of viral DNA in addition to affecting viral pathogenicity. To identify host factors that interact with MP, initially a cDNA library prepared from CaLCuV (Cabbage leaf curl virus)-infected Arabidopsis leaf mRNA was generated in a pEXPAD502 vector. To select for interactions between the bait BD-MP and cDNA library-encoded proteins, double transformants (BD-MP+ cDNA-AD) were plated on medium lacking histidine but supplemented with 3-aminotriazole (3-AT). From 5 x 105 transformants screened, two clones, encoding AtEXL3 (Exordium Like 3), a cell wall protein, and AtRPS5A, ribosomal protein S5A, displayed histidine/adenine auxotrophy and activate LacZ expression, on X-gal indicator plates. Expression of a full-length RPS5A cDNA fused to the Gal4 activation domain in yeast carrying BD-MP promoted growth of the double transformants in the absence of histidine and presence of 3-AT, in addition to activating high levels of LacZ expression. Furthermore, the interaction between MP and RPS5A was confirmed in vitro by pull down assays. Analysis of RPS5A gene expression by qRT-PCR demonstrated that the accumulation of rpS5A transcripts is suppressed by geminivirus infection. Based on these results and others, a functional model for the MP-RPS5A interaction is discussed. / A proteína de movimento (MP) de geminivírus bissegmentados (begomovirus) facilita o movimento célula-célula, bem como o movimento a longas distâncias do DNA viral, além de influenciar na patogenicidade viral. Com o objetivo de identificar fatores do hospedeiro que interagem com MP, inicialmente foi construída uma biblioteca de cDNA a partir de mRNAs de folhas de Arabidopsis infectadas com CaLCuV (Cabbage leaf curl virus) no vetor pEXPAD502. Para selecionar por interações entre a proteína quimérica BD-MP e proteínas codificadas pelos cDNAs da biblioteca, transformantes duplos (BDMP+ cDNA-AD) foram plaqueados em meio deficiente de histidina e suplementados com 3-amino triazol (3-AT). De um total de 5 x 105 transformantes escrutinados, dois clones, codificando EXL3 (Exordium Like 3), uma proteína de parede celular, e RPS5A, proteína ribossomal S5A, apresentaram auxotrofia a histidina e expressão do gene repórter LacZ, em placas indicadoras de X-gal. Expressão do cDNA completo de RPS5A fusionado ao domínio de ativação de Gal-4 em leveduras, carreando BD-MP, promoveu crescimento dos transformantes na ausência de histidina e presença de 3-AT, além de ativar altos níveis de expressão de LacZ.. Além disso, a interação entre MP e RPS5A foi confirmada in vitro por ensaios de pull down. Análises de expressão do gene RPS5A por meio de qRT-PCR demonstraram que o acúmulo de seus transcritos é reprimido por geminivírus. Baseado nestes resultados e de outros, um modelo funcional para interação de MP com RPS5A é discutido.

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