Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario. Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias / Para caracteres de resistencia a enfermedades dentro del objetivo de mejoramiento en programas de selección genética acuícolas, los candidatos a selección son evaluados usando información fenotípica de sus parientes para obtener los valores de cría (EBVs) por medio del método BLUP. La obtención de fenotipos implica el sacrificio de los peces antes de que se puedan reproducir, por lo que el uso de información molecular para su evaluación genética se esta volviendo una práctica común en especies acuícolas de interés comercial. La selección genómica (GBLUP) es un método que usa información genotípica desde paneles de SNPs, la que podría aumentar la precisión con que se seleccionan individuos. Una limitante de esto, es el elevado costo en la obtención de esta información, pero la imputación de genotipos puede representar una solución a bajo costo para resolver este problema. La presente tesis permitió evaluar y comparar, por medio de la simulación de evaluación genómica, los valores de precisión para EBVs usando los métodos BLUP y GBLUP como una aproximación inicial para estudiar la inclusión de dicha información. Se simularon 5 generaciones de 3,600 individuos de trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) cada una desde una población fundadora de 831 padres y 831 madres los cuales cuentan con datos genotípicos reales. Las posiciones de los QTLs se muestrearon aleatoriamente en cada cromosoma (4 QTLs por cromosoma, 116 QTLs totales) desde 42,822 SNP disponibles. Los escenarios variaron de acuerdo con tres niveles de heredabilidad (0.1, 0.2 y 0.4), cuatro densidades de SNPs (0.5K, 3K. 7K y 42K), con un error de imputación asociado a cada uno (10%, 5%, 1% y 0%, respectivamente). Las simulaciones, análisis estadístico posterior y evaluación económica mostraron que: (1) Existen diferencias significativas (p<0.05) al comparar valores de precisión de BLUP y GBLUP en todos los escenarios; (2) un incremento no-lineal en los valores de precisión de GBLUP a través de las diferentes densidades de SNPs y niveles de heredabilidad; (3) se detectaron diferencias significativas entre precisión y exactitud de EBVs al comparar BLUP y GBLUP, en todos los casos; (4) no se detectaron diferencias significativas entre precisión de paneles 0.5K, 3K y 7K SNPs, especialmente a valores de h2 medias y altas. (5) Debido a esto, sería suficiente contar con 500 SNPs para realizar selección genómica de manera rentable y con mayor precisión que utilizando el método BLUP. Palabras Claves: selección genómica; simulación; precisión; heredabilidad; densidad de panel de SNP; error de imputación; programa de selección acuícola / For disease resistance traits included in aquaculture breeding programs, candidates for selection are tested using phenotypic information of relatives to obtain breeding values by the BLUP method because it implies the slaughtering of fishes before reproduction. Therefore, the use of molecular information for genetic evaluations is becoming a common practice in most relevant aquaculture species. Genomic selection (GBLUP) is a methodology that uses genotypic information obtained from single nucleotide polymorphism (SNP) panels and it could increase the accuracy of individuals’ selection. A limitation of this method is the high costs of obtaining molecular information, but the imputation of genotypes could be a low-cost solution. In the present study was evaluated and compared the precision and accuracy of EBVs using BLUP and GBLUP methods at varying levels of genotypes imputation as an approach to study the inclusion of this molecular information. We simulated 5 generations of 3,600 rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) each one from 831 sires and 831 dams as founder population with real genotypic data from. The QTLs positions were randomly sampled in each chromosome (4 QTLs per chromosome, 116 QTLs in total) from 42,822 available SNPs. The scenarios vary in heritability levels (0.1, 0.2 and 0.4) and density of SNPs panel (0.5K, 3K, 7K and 42K), rendering varying error rates (10%, 5%, 1% and 0%, respectively). The simulations, statistical analyses and economic evaluation showed: (1) significant differences (p<0.05) in precision between BLUP and GBLUP estimates in all scenarios; (2) a non-linear increase in GBLUP precision with SNP density and heritability levels; (3) significant differences were found between BLUP and GBLUP in precision and accuracy of EBVs, (4) non-significant differences between GBLUP0.5K, GBLUP3K and GBLUP7K precisions, especially for medium and high heritability levels. (5) Consequently, a 500 SNPs panel would be enough to obtain higher precision of EBVs from genomic selection than from pedigreebased method in a rentable way / Proyecto Fondef IT/10100

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2008. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2009-09-22T18:53:56Z No. of bitstreams: 1 Dissert_Carolina Paola Sansaloni.pdf: 1344496 bytes, checksum: a9eae5d22eaec31835f3534662d4075c (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2009-12-12T14:56:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissert_Carolina Paola Sansaloni.pdf: 1344496 bytes, checksum: a9eae5d22eaec31835f3534662d4075c (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-12T14:56:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissert_Carolina Paola Sansaloni.pdf: 1344496 bytes, checksum: a9eae5d22eaec31835f3534662d4075c (MD5) Previous issue date: 2008-02 / Marcadores microssatélites permitem o gerenciamento de variabilidade genética, proteção varietal e identificação individual em populações de melhoramento e produção de Eucalyptus. A análise de locos microssatélites em sistemas “multiplex” (i.e. vários locos analisados simultaneamente) vem sendo realizada tradicionalmente com microssatélites dinucleotídeos cujos alelos diferem em apenas dois pares de bases. Entretanto o padrão de qualidade recomendado internacionalmente para a investigação genética forense estabeleceu a utilização exclusiva de microssatélites baseados em repetições de tetra ou pentanucleotídeos. A maior diferença de tamanho entre os alelos e a minimização de artefatos de amplificação permitem uma interpretação significativamente mais robusta de genótipos em comparação a dinucleotídeos e conseqüentemente uma fácil e confiável comparação de perfis genotípicos entre laboratórios. O objetivo deste trabalho foi, portanto, o desenvolvimento, caracterização e mapeamento genético de uma nova categoria de microssatélites para espécies de Eucalyptus, baseados em repetições de tetra e pentanucleotídeos. Um banco de dados de 18.510 mil seqüências genômicas derivadas de clones de cromossomos artificiais de bactérias (BAC) de E. grandis totalizando 9,6 mega pares de bases foram mineradas para repetições de tetra e pentanucleotídeos e pares de iniciadores desenhados automaticamente para flanquear repetições totalizando dez ou mais pb. Dos 304 e 196 pares de iniciadores desenhados para a amplificação de locos tetra e pentanucleotídeos perfeitos, respectivamente, foram selecionados 80 locos de tetra e 30 de pentanucleotídeos para estudos detalhados. Após uma triagem em eletroforese de alta resolução foram selecionados 22 locos tetra e 10 pentanucleotídeos os quais foram geneticamente mapeados e caracterizados para número de alelos, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), probabilidade de identidade (PI), probabilidade de exclusão de paternidade (PE) e conteúdo de informação polimórfica (PIC) em amostras populacionais de seis procedências das três principais espécies plantadas de Eucalyptus no mundo (E. grandis, E. globulus e E. urophylla). Os locos tetra e pentanucleotídeos selecionados revelaram um conteúdo informativo inferior àquele de dinucleotídeos, embora adequado para discriminar indivíduos e determinar parentesco com elevada precisão. Ao avaliar a capacidade efetiva de discriminação individual em um grupo de 46 clones elite plantados comercialmente 5 locos tetra ou pentanucleotídeos foram suficientes para identificar unicamente todos os clones. A herança mendeliana de todos os 32 locos selecionados foi confirmada. Destes, 23 locos apresentaram uma configuração de segregação que permitiu o seu mapeamento genético em 8 dos 11 grupos de ligação com base em mapas de referência de duas famílias de E. grandis x E. urophylla. Dois sistemas multiplex, cada um com 7 locos selecionados foram testados com sucesso disponibilizando assim os primeiros sistemas de análise genética de alta precisão para espécies de Eucalyptus, passíveis de adoção em escala internacional para a análise genética de clones e populações. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Microsatellite markers allow the management of genetic variation, varietal protection and individual identification in breeding and production populations of Eucalyptus. The analysis of microsatellite markers in multiplexed systems has been traditionally accomplished using dinucleotide repeat based loci whose alleles differ by only two base pairs. However the golden standard recommended for individual identification in forensic genetics requires the exclusive use of microsatellites based on equal or higher than tetranucleotide repeats. The larger difference in allele size and the reduction in amplification stuttering artifacts allows a significantly more robust genotype calling and thus an easier and more reliable comparison of multilocus genotypes across laboratories. The objective of this work was, therefore, the development, characterization and mapping of a novel category of microsatellites for Eucalyptus species, based on tetra and pentanucleotide repeats. A database of 18,510 sequences derived from Bacterial Artificial Chromosomes (BAC) clones of E. grandis totalling 9.6 mega basepairs of high quality sequence was mined for tetra and pentanucleotide repeats and primers designed automatically to flank repeats equal or larger than 10 bp. Out of the 304 and 196 primer pairs designed for perfect tetra and pentanucleotide repeats respectively, 80 tetranucleotide and 30 pentanucleotide based loci were selected for detailed studies Following a screening step for polymorphism in high resolution PAGE, 22 tetra and 10 pentanucleotide repeat based loci were selected and genetically mapped and characterized for numbers of alleles, observed and expected heterozigosity, probability of identity (PI), probability of paternity exclusion (PE) and polymorphism information content in population samples of six provenances of the three most widely planted species of the genus (E. grandis, E. globulus e E. urophylla). The tetra and pentanucleotide repeat loci showed a lower information content when compared to dinucleotide repeat markers however fully adequate to discriminate individuals and determine parentage with confidence. When assessing the actual discrimination power on a gruoup of 46 commercially planted Eucalyptus clones, five tetra or pentanucleotide markers were sufficient to uniquely identify all the clones. The mendelian inheritance of all 32 selected loci was confirmed. Twenty three displayed a segregation configuration that allowed genetically mapping them on 8 of the 11 linkage groups using two reference maps of E. grandis x E. urophylla. Two multiplex systems, with 7 loci each were successfully tested introducing the first high precision systems of genetic analysis for species of Eucalyptus, likely to be internationally adopted for the genetic analysis of clones and populations.

Nos últimos anos, o aumento na produção de plantas em sistemas de cultivo hidropônico ou em substratos comerciais, além da proibição do uso de brometo de metila, resultou em uma maior incidência de doenças radiculares causadas por patógenos de solo como Pythium spp.. A caracterização dos mecanismos de patogênese de espécies do gênero Pythium que causam danos às culturas poderia promover maiores possibilidades de controle. O objetivo do presente estudo foi caracterizar a resposta de tomate (Solanum lycopersicum) à infecção de isolados de diferentes espécies do gênero Pythium. A incidência da doença em plântulas, causada pela inoculação com cinco isolados do gênero Pythium, foi avaliada quanto à ocorrência de mortalidade, enquanto a severidade foi avaliada quanto a alterações no comprimento da parte aérea e das raízes. O efeito da temperatura e da concentração do inóculo na severidade da doença também foi avaliado. A fim de caracterizar a ação de alguns compostos químicos na ocorrência da doença, foi avaliada a aplicação de ácido abscísico, ácido salicílico (AS), etefon (ET), aminoetoxivinilglicina e um surfactante sintético. Por fim, a técnica de quantificação relativa por PCR em tempo real foi utilizada para avaliar o acúmulo de mRNA de genes de defesa em resposta à inoculação. Na caracterização biológica, verificou-se que todos os isolados foram patogênicos a tomate, apresentando variações na severidade da doença causada. A severidade da doença provocada por P. inflatum é baixa, quando comparada com os outros isolados. Já P. ultimum causa sintomas inicialmente pouco severos, mas que evoluem rapidamente. A adição de ET, AS e do surfactante reduziu significativamente a severidade da doença. Na caracterização molecular, observou-se que um maior acúmulo de mRNAs dos genes LOXD, PR-1A1 e PR-5 depende da interação em questão. A diversidade observada nos resultados reflete a complexidade das respostas de S. lycopersicum induzidas pelos patógenos. A análise funcional in vivo desses e de outros genes poderá contribuir para utilização dos mesmos na obtenção de resistência contra Pythium spp.. / In recent years, the increase in plant production in hydroponic culture systems or in commercial soil media, in addition to the ban on the use of methyl bromide, resulted in a higher incidence of root diseases caused by soil pathogens like Pythium spp.. The characterization of the pathogenesis mechanisms of species of the genus Pythium that cause damage to crops could promote greater opportunities for control. The objective of this study was to characterize the response of tomato (Solanum lycopersicum) to the infection with isolates of different species of the genus Pythium. The disease incidence in seedlings caused by inoculation with five isolates from the genus Pythium was evaluated according to the occurrence of death, while the severity was assessed by changes in the length of shoots and roots. The effect of temperature and inoculum concentration in disease severity was also assessed. In order to characterize the action of some chemical compounds in the disease occurrence the application of abscisic acid, salicylic acid (SA), ethephon (ET), aminoethoxyvinilglycine and a synthetic surfactant was evaluated. Finally, the technique of relative quantification by realtime PCR was used to assess the accumulation of mRNA from defense genes in response to the inoculation. In the biological characterization, it was found that all isolates were pathogenic to S. lycopersicum, although they have induced variable disease severity. The disease severity caused by P. inflatum is low when compared with the other isolates. On the other hand, P. ultimum initially causes less severe symptoms which progress very rapidly. The addition of ET, AS, and the surfactant, significantly reduced the severity of the disease. In the molecular characterization, it was observed that the accumulation of mRNAs of genes LOXD, PR-1A1, and PR-5 depends on the species of Pythium in the interaction. The diversity observed in the results reflects the complexity of the responses of S. lycopersicum induced by pathogens. In vivo functional analysis of these and other genes could contribute to the use of them in obtaining resistance against Pythium spp..

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:06:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Introdução: A enzima Citocromo P450 é integrante de uma superfamília de proteínas organizadas em famílias, subfamílias e genes individuais com base na porcentagem de identidade entre as seqüências de aminoácidos. Essas enzimas desempenham o importante papel de metabolisar e detoxificar diversos compostos. A família do gene CYP1 é induzida pelo receptor aril hidrocarboneto hidroxilase (AHH) que acarretará na ativação dos hidrocarbonetos policíclico aromático (PAHs), presente em vários compostos resultando em um aumento da atividade da enzima. Foram descritos na literatura dois polimorfismos associados ao gene CYP1A1, transição T→C na região 3’ não codificadora, e uma outra transição de A → G (Ile462 Val, exon 7). Cada uma das alterações dão origem a sítios de restrição MspI . Somente o polimorfismo T→C recebe o nome da enzima MspI. Entretanto, apenas o polimorfismo. A→G demonstra ter associação com o aumento da inducibilidade do gene CYP1A1demonstrando um maior significância e de interesse para esse estudo. Objetivo: investigar a incidência do polimorfimo A → G (Ile462 Val, exon 7) e sua associação com câncer colorretal, correlacionando com alguns fatores de risco da doença . Casuística e Método: Foram selecionados 114 pacientes portadores de câncer colorretal e 114 indivíduos sem câncer que constituíram o grupo controle. Todos foram submetidos à entrevista e a coleta de sangue periférico para extração do DNA genômico. Investigamos a presença do polimorfismo do gene CYP1A1 utilizando técnica de reação em cadeia de polimerase (PCR) e reação de genotipagem por técnica de RFLP. As amostras foram analisadas por meio de corrida eletroforética em gel de agarose e gel Low melting para a identificação da presença do polimorfismo . Resultados: No grupo caso, 64 eram do sexo masculino, 96 eram da etnia branca, 10 negros e 8 amarelos, 53 eram etilistas , 68 tabagistas, 59 tinham historia de câncer . Em relação ao polimorfismo estudado 14 eram homozigotos selvagem A/A, 97 heterozigoto A/G e 3 homozigotos mutados : No grupo controle, 61 eram do sexo XV XV masculino, 99 eram da etnia branca e 15 eram negros , 67 eram etilistas , 53 tabagistas, 40 tinham história de câncer . Em relação ao polimorfismo estudado 81 eram homozigotos selvagem A/A, 33 heterozigoto A/G. O tabagismo, historia familiar de câncer e a presença do alelo G foram mais freqüentes entre os indivíduos com câncer. Não observamos correlação entre a evolução da doença e freqüência dos alelos. Os pacientes de etnia amarela e estádio III tiveram maior índice de recorrência da doença. Conclusão: Para estudar a associação conjunta dos fatores estudados com a presença ou ausência da doença, verificou-se que a característica mais ligada à doença foi a presença do alelo G. Observou-se um aumento da proporção do alelo A/G e G/G em três vezes, no grupo de pacientes com câncer colorretal em relação ao grupo controle. Sugerindo que a enzima CYP1A1 possa ser um marcador de risco para a doença. O uso do tabaco e história familiar positiva foram mais freqüentes entre os doentes com câncer. Não foi encontrada correlação entre o polimorfismo e sexo, grau de diferenciação, estádio ou evolução da doença. / Introduction The enzyme Citocromo P450 is an integrant of a super family of proteins organized in families, subfamilies and individual genes based on the percentual of the identity of the amino acid sequences. These enzymes play an important role in the metabolization and detoxification of various compounds. The aril hydro-carbon hidroxilase (AHH) receptor induce the family of the gene CYP1 responsible for the activation of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), that are present in high concentration in cigarette smoke, polluted air and foods. Two polymorphisms of the gene CYP1A1 has been described, one on the transition T→C in the 3' noncoding region, and the other one in the A→ G transition (Ile462 Val, exon 7). Both the polymorphisms generate fragments that are digestion sites of MspI, but only the T→C polymorphism receives the name of MspI enzyme. Due to its high inducibility of the CYP1A1 gene polymorphism A→G had a bigger interest. AIM: to investigate the incidence of the polymorphism A→ G (Ile462 Val, éxon 7) in colorectal cancer patients and the correlation of this polymorphism and others risk factors. Patients and Method: 114 patients with colorectal cancer and 114 without cancer matched by age with the case group were included in the control group. All of the patients had been submitted to an interview and peripheral blood was drawn for DNA extraction. The presence of the polymorphism in the CYP1A1 gene was determined by a specific polymerase chain reaction (PCR) and RFLP technique. The samples had been analyzed agarosis electrophoresis gel and gel Low melting for the identification of the presence of the polymorphism. Results: In the case group 64 were male, being 96 white, 10 blacks and 8 yellows, 53 were etilists, 68 smokers, and 59 had family history of cancer. In the relation of the polymorphism studied 14 were wild homozygous A/A, 97 heterozygous A/G and 3 homozygous mutated G/G. In the control group 61 were male, 99 were white race and 15 black, 67 were etilists, 53 smokers, 40 had history of cancer, and 81 were wild homozygous A/A and 33 heterozygous A/G. The percentual of smokers, the familiar XVII XVII history of cancer and the presence of the allele G had been more frequent in the cancer group. The asiatics and stage III patients had higher index of recurrence of the disease. Conclusion: The presence of the G had been the most important aspect observed when the characteristics studied were correlated to the presence of cancer. The colorectal cancer group had a higher proportion of A/G or G/G alleles in 3 times. These results suggest that the CYP1A1 Val allele may be a marker of risk for the disease. The tabagism and positive history of cancer were also more frequent in the patients with cancer. There were not found any correlation among this polymorphism and sex, grade of differentiation, stage or evolution of the disease. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

As condições ambientais do subtrópico brasileiro favorecem o desenvolvimento da ferrugem da folha da aveia de maneira que a severidade torna-se alta e extremamente danosa. O desenvolvimento de variedades com resistência parcial (RP), tem sido sugerido como uma estratégia para tornar a efetividade da resistência à ferrugem da folha mais durável. Este trabalho teve por objetivos determinar a variabilidade, quantificar a herdabilidade e identificar as regiões genômicas (QTLs) associadas à expressão da RP, em linhagens do cruzamento UFRGS 7 x UFRGS910906, avaliadas na média de parcelas. Oitenta e três linhagens F6:7 e F6:8 e os genitores UFRGS 7 (suscetibilidade) e UFRGS 910906 (parcialmente resistente) foram avaliados, em 2002 e 2003, quanto à severidade da ferrugem da folha da aveia no decorrer do ciclo da cultura, em parcelas experimentais. A partir desses dados, foi calculada a área sob a curva do progresso da doença (ASCPD), a severidade máxima (SM) e o tempo em dias para atingir 12,5% da SM (T12,5). O rendimento de grãos (REND) e o peso de hectolitro (PH) das linhagens com RP foram comparados nos tratamentos com e sem fungicida. Uma análise por intervalo simples foi utilizada para identificar em mapa molecular F6, anteriormente desenvolvido, QTLs associados à ASCPD, SM e T12,5. A população de UFRGS 7 X UFRGS 910906 apresentou variabilidade para os parâmetros da RP, com as linhas 211, 238, 241, 243 e 245 apresentando os menores valores de ASCPD, SM e T12,5, nos dois anos. As estimativas de herdabilidade de ASCPD (0,87), SM (0,86), T12,5 (0,76), REND (0,99) e PH (0,64) foram altas. Seis QTLs foram identificados para as características ASCPD, SM e T12,5, avaliadas com base em parcelas experimentais, nos dois anos de estudo. Os resultados permitem concluir que a avaliação em parcelas da RP à ferrugem da folha de UFRGS 910906 é efetiva na distinção de genótipos resistentes. O nível de RP conferido por UFRGS 910906 não fornece proteção suficiente para manter o rendimento e qualidade de grãos, na presença de alta severidade da moléstia. A RP de UFRGS 910906 apresenta um QTL identificado pelo marcador AFLP PaaMtt340 com consistência de expressão em diferentes ambientes, capaz de ser detectado na avaliação de parcelas experimentais e com potencial para ser explorado através do uso de seleção assistida por marcadores moleculares em programas de melhoramento de aveia.

Os solos de várzea ou hidromórficos têm como principal característica a drenagem natural defi lente. No Rio Grande do Sul, este tipo de solo representa 20% da ár a, sendo cultivado principalmente em um sistema de arroz e pecuária de corte. O milho pode ser uma alternativa para rotação de culturas em áreas de várzea, entretanto é indispensável o desenvolvimento de genótipos tolerantes ao encharcamento do solo. Este trabalho teve por objetivo avaliar a variabilidade enética da tolerância ao encharcamento do solo em milho, bem como avalia a complexidade de fatores envolvidos na tolerância ao encharcamento. Uma série de experimentos foi realizada em casa de vegetação para testar a reação de 105 genótipos de milho sob estresse e foram feitas análises de tecido da parte aérea das plantas para avaliar os diferentes fatores en olvidos. Os resultados indicaram a presença de variabilidade genética para a tolerância ao estresse. Em torno de 4% dos genótipos testados de onstraram tolerância, apresentando-se mais verdes e mais vigorosos em rel ção aos demais no decorrer de cada experimento. A temperatura foi um f tor decisivo na avaliação da tolerância, sendo que temperaturas mais altas aumentaram os efeitos nocivos ocasionados pelo encharcamento. O alagamento do solo determinou uma elevação drástica na concentração de ferre e uma redução nos elementos nitrogênio, fósforo, potássio e boro no tccido das plantas. As plantas sensíveis apresentaram teores de sódio signifi ativamente maiores no tecido em comparação com as plantas tolerantes. Co o conclusão, é possível selecionar genótipos de milho adaptados às condiço:s de encharcamento do solo, entretanto a análise deste estresse é complexa • evido à interação com diversos fatores do ambiente, especialmente a temperatura. / Lowland or hydromorphic soils present naturally poor drainage. In Rio Grande do Sul this type of soil represents 20% of the total cultivated area. R is cultivated under a rice and livestock succession system. Maize may be an alternative to crop rotation in these areas, however it is essential to develop waterlogging tolerant genotypes. This study aimed to evaluate the genetic variability for waterlogging tolerance in maize, and to assess the complexity of factors involved in waterlogging tolerance. Several experiments were conducted in greenhouse to test the reaction of 105 maize genotypes. Tissue analysis was additionally performed to evaluate different factors involved. Results indicated genetic variability for stress tolerance. About 4% genotypes showed tolerance, presenting greener leaves and more vigorous during each experiment. Temperature was a decisive factor for tolerance evaluation, where higher temperatures increased stress by fiooding. Waterlogging caused an elevation in iron tissue concentration. At the same time nitrogen, phosphorus, potassium, and boron concentration were decreased. Sensitive plants showed significantly higher levels of sodium on the tissues when compared to tolerant plants. As a conclusion, it is possible to select maize genotypes adapted to waterlogging conditions, however stress analysis is complex due to interaction with several environmental factors, especially temperature.

Diversos fatores de risco ambientais, fenotípicos e genéticos estão associados ao desenvolvimento do melanoma cutâneo. CDKN2A é considerado o principal gene de susceptibilidade para esta neoplasia. O polimorfismo p.A148T do gene CDKN2A parece ser um indicador de risco para o melanoma em determinadas populações. No presente estudo, a frequência de p.A148T foi estudada em 127 casos de melanoma e 128 controles por PCR-RFLP. Nos casos, a sua frequência foi significativamente superior do que em controles (0,126 x 0,039, p=0,009), demonstrando que esta variante deve ser considerada associada ao desenvolvimento do melanoma cutâneo no nosso meio como fator de risco genético para a doença. Além de identificar indivíduos geneticamente mais predispostos ao melanoma, grandes esforços têm sido empregados para o melhor entendimento dos eventos moleculares envolvidos na sua gênese. Recentemente, a teoria de que uma subpopulação de células seria responsável pela manutenção e proliferação dos tumores tem sido estudada. A presença em subgrupos de células de melanoma de uma série de marcadores, que existem em células multipotentes neurais no período embrionário e que são perdidos durante a diferenciação, seria um indício do retorno desta multipotencialidade. Reconhecer este subgrupo de células fenotipicamente distinto e estudar a sua via de ativação seria de extrema importância para o desenvolvimento de novas alternativas terapêuticas para casos avançados. A expressão imunoistoquímica da nestina, uma proteína freqüente na embriogênese neural, e de fatores de transcrição da família POU e SOX, envolvidos na sua ativação, foi estudada. Expressões aumentadas das proteínas foram encontradas nos tecidos de melanoma em relação a nevos. Além disso, observou-se coexpressão de nestina com SOX9 e SOX10, mostrando seu papel principal na ativação. A associação da nestina com ulceração e de SOX9 com tumores mais avançados pode indicar que o perfil de expressão destas proteínas seja um biomarcador de valor prognóstico.

Resumo não disponível

O câncer de mama é uma doença multifatorial causada pela combinação de fatores de risco genéticos e ambientais. Polimorfismos genéticos de baixa penetrância têm sido associados a esta doença, porém existem poucos estudos publicados sobre a prevalência destes na população brasileira. No presente estudo, determinamos a freqüência alélica e genotípica dos polimorfismos ER)-397 PvuII C/T, ER)-351 XbaI A/G, PR PROGINS e STK15 F31I e investigamos a relação destes com fatores de risco estabelecidos para câncer de mama. Foram estudadas 750 mulheres sem câncer de mama, envolvidas em um programa de rastreamento mamográfico no Sul do Brasil, uma região com altos índices de incidência da doença. As freqüências genotípicas do polimorfismo PROGINS não foram significativamente diferentes das encontradas em populações brasileiras e nãobrasileiras. A distribuição dos genótipos de ER)-397 PvuII C/T, ER)-351 XbaI A/G e STK15 F31I, no entanto, foram significativamente diferentes da maioria dos estudos previamente publicados, enfatizando a necessidade de análises de populações específicas para avaliação do impacto de polimorfismos de baixa penetrância no risco para câncer de mama. Adicionalmente, a distribuição dos haplótipos de ER) (ER)-397 PvuII - ER)-351 XbaI) foram significativamente diferentes das descritas em outras populações. A média estimada do risco de desenvolver câncer de mama ao longo da vida na amostra estudada foi de 7.8%, a maioria (97.5%) das mulheres apresentavam achados normais ao exame de mamografia (BIRADS 1 e 2), e nenhum fator de ri sco reprodutivo para câncer de mama foi identificado na amostra. No entanto, a média do índice de massa corporal foi 29.6 e 41.1% das mulheres apresentavam índice de massa corporal a 30. Ao analisamos a relação entre os três polimorfismos e fatores de risco já estabelecidos, as seguintes associações estatisticamente significativas foram encontradas: (a) genótipo GG de ER)-351 e menarca a 14 anos, (b) genótipos A2A2 e A1A2 de PR PROGINS e maior estimativa de risco de desenvolver câncer de mama em 5-anos em mulheres pósmenopáusicas; (c) genótipos A2A2 e A1A2 PR PROGINS e maior índice de massa corporal em mulheres pós-menopáusicas; (d) genótipo AT e AA de STK15 F31I e densidade mamográfica moderadamente densa (tecido fibroglandular em 50-75% do tecido mamário) em mulheres pré-menopáusicas; (e) genótipo TT de STK15 F31I e mamas menos densas (tecido fibroglandular em 0-50% do tecido mamário) em mulheres pré-menopáusicas e (f) genótipo TT de STK15 F31I e idade da menarca a 12 anos. Estudos de caso-controle adicionais são necessários para melhor compreensão da relação entre estes e outros polimorfismos e risco para câncer de mama na população brasileira. / Breast cancer is a multifactorial disease caused by a combination of genetic and environmental risk factors. Highly prevalent low-penetrance genetic polymorphisms have been associated with an increased risk of developing the disease. Only a few studies have been published about the prevalence of such polymorphisms in the highly heterogeneous Brazilian population. In the present study, we have determined the allelic and genotypic frequencies of the ER)-397 PvuII C/T, ER)-351 XbaI A/G, PR PROGINS and STK15 F31I polymorphisms and investigated their relationship with established breast cancer risk factors. We studied 750 breast cancer-unaffected women enrolled in a mammographic screening program in Southern Brazil, a region with particularly high breast cancer incidence rates. Genotypic frequencies for PROGINS were not significantly different from previous studies in Brazilian and non-Brazilian individuals. The distribution of ER)- 397 PvuII C/T, ER)-351 XbaI A/G and STK15 F31I genotypes, however, was significantly different from most of the previously published reports, emphasizing the need for population-specific analyses in evaluating the impact of low-penetrance gene polymorphisms on breast cancer risk. Furthermore, the distribution of ER) haplotypes using the ER)-397 PvuII C/T and ER)-351 XbaI A/G polymorphic markers was also distinct from that described in other populations. The mean estimated lifetime risk of developing breast cancer in the sample was 7.8%, most of the women (97.5%) had normal mammographic image results (BIRADS 1 and 2) and no significant reproductive risk factors for breast cancer were identified in the sample. However, mean body mass index was 29.6 and 41.1% of the women had a body mass index a 30. When analyzing the relationship between the three polymorphisms and other established breast cancer risk factors the following significant associations were found between: (a) ER)-351 GG genotype and menarche a 14 years; (b) PROGINS A2 allele and higher mean estimated 5-year risk of developing breast cancer in postmenopausal women; (c) A1A2 and A2A2 genotypes and higher mean body mass index in postmenopausal women; (d) STK15 F31I AT and AA genotypes and moderately dense (50-75% of the breast with fibroglandular tissue) in premenopausal women; (e) STK15 F31I TT genotype and less dense (0-50% of the breast with fibroglandular tissue) in premenopausal women and (f) STK15 F31I TT genotype and later age at menarche (a 12 years). Additional case-control studies are necessary to clarify the relationship between this and other polymorphisms and breast cancer risk in the Brazilian population.

As plantas estão expostas a uma gama de patógenos que utilizam diversas estratégias para infectar seus hospedeiros. Em resposta, as plantas expressam diferentes mecanismos de defesa, onde ocorre o reconhecimento de moléculas conservadas do patógeno por receptores específicos das plantas, desencadeando as respostas de defesa. A descoberta de sinais endógenos e exógenos que regulam a expressão de genes de defesa em Arabidopsis thaliana tem auxiliado a compreensão dos mecanismos de defesa. O desenvolvimento de uma estratégia de superexpressão para avaliação do papel do peptídeo endógeno AtPep1 na resistência a isolados de diferentes espécies do gênero Pythium é importante para a compreensão do mecanismo de defesa e a futura utilização do mesmo em cultivares resistentes ao patógeno. Nesse sentido, foram realizados experimentos que consistiram da inoculação de A. thaliana com isolados das espécies de P. graminicola, P. inflatum, P. deliense e P. ultimum. As plantas foram avaliadas quanto à presença de sintomas da doença. Paralelamente, o gene codificante do peptídeo AtPep1, PROPEP1, foi isolado de A. thaliana, ligado nos vetores binários pGSA1427 ou pEGAD, e transformados em Agrobacterium tumefaciens. Células de A. tumefaciens contendo os plasmídeos com e sem PROPEP1 foram usadas para transformação floral de A. thaliana. As plantas transformadas foram selecionadas pela presença do gene que confere tolerância ao herbicida glufosinato de amônio e, no caso da planta transformada com o vetor pEGAD, também pela presença da GFP (proteína verde fluorescente). A presença dos genes inseridos foi confirmada por PCR seguido de seqüenciamento. As plantas transformadas foram avaliadas quanto ao acúmulo de mRNA de PROPEP1 e a resistência aos isolados do gênero Pythium. Os resultados indicam que plantas tipo selvagem de A. thaliana são suscetíveis aos isolados das diferentes espécies do gênero Pythium. As plantas pEGAD-AtPep apresentaram um aumento na expressão relativa de PROPEP1 de até 4.000 vezes a encontrada nas plantas controle. Este alto acúmulo de PROPEP1 nas plantas pEGAD-AtPep e pGSAAtPep revelou ser importante na resistência ao isolado de P. deliense. As evidências suportam o papel do peptídeo AtPep1 como um elicitor endógeno que é gerado em resposta aos patógenos e suas PAMPs. / Plants are exposed to a range of pathogens that use several strategies to infect their host. In response, the plants express different mechanisms of defense, in which the recognition of conserved pathogen molecules by plant specific receptors triggers the defence responses. The discovery of exogenous and endogenous signals that regulate the expression of defense genes in Arabidopsis thaliana has helped the understanding of the mechanisms of defense. The development of a strategy of overexpression for evaluating the role of endogenous peptide AtPep1 in resistance to isolates of different species of the genus Pythium is important for understanding the mechanism of defense and its future use in resistant cultivars to the pathogen. Therefore, experiments that were performed consisted in the inoculation of A. thaliana with isolates of the of P. graminicola, P.inflatum, P. deliense, and P. ultimum species. The plants were evaluated for the presence of disease symptoms. In addition to that, the gene coding the peptide AtPep1, PROPEP1 was isolated from A. thaliana, ligated in the binary vectors pGSA1427 or pEGAD, and transformed in Agrobacterium tumefaciens. Cells of A. tumefaciens containing the plasmids with or without PROPEP1 were used to floral transformation of A. thaliana. The transformed plants were selected for the presence of the gene that confers tolerance to the herbicide ammonium glufosinate and, in the case of plants transformed with the vector pEGAD, they were also selected for the presence of GFP (green fluorescent protein). The presence of the inserted gene was confirmed by PCR followed by sequencing. The transformed plants were evaluated on the accumulation of mRNA from PROPEP1 and resistance to isolates of the genus Pythium. The results indicate that A. thaliana wild type plants are susceptible to isolates from various species of the genus Pythium. The pEGAD-AtPep plants showed an increase in the expression of PROPEP1 of up to 4.000 times more than that was found in control plants. Such high accumulation of PROPEP1 in pEGAD-AtPep and pGSA-AtPep plants was shown to be important in resistance to the isolate of P. deliense. The evidences support the role of the peptide AtPep1 as an endogenous elicitor that is generated in response to pathogens and their PAMPs.