Histone deacetylase 6 (HDAC6) is a cytoplasmic enzyme that acetylates several proteins that are involved in the immune response. HDAC6 inhibition has been shown in various models to decrease inflammation by altering various proteins involved in the dysregulation of B and T cell responses. In our current studies we sought to determine if HDAC6 inhibition would decrease disease in lupus-prone mice using two murine mouse models of SLE: MRL/lpr mice and NZB/W F1 mice. Both mouse models were fed a rodent diet formulated with the selective HDAC6 inhibitor ACY-738 (N-hydroxy-2-(1-phenylcycloproylamino) pyrimidine-5-carboxamide). NZBW mice received 18 weeks of treatment starting at 16-weeks-of-age and had an average of 57.3 +/- 14.6 ng/mL of ACY-738 in the plasma. MRL/lpr mice received 7 weeks of treatment starting at 11-weeks-of-age and had an average of 78.5 +/- 17.3 ng/mL of ACY-738 in the plasma. Controls received either dexamethasone 5x a week or were left untreated. As the mice aged, body weight, urine protein, and blood sera was collected weekly. Spleen cells were isolated following euthanasia for flow cytometry and kidneys were also collected for histological analyses. We found that in both mouse models that mice treated with ACY-738 had reduced splenic weight and IgG immunoglobulin isotypes. MRL/lpr mice that were treated with ACY-738 had a reduction in the number of IL-17+, ROR-gamma-t TH17 cells. NZBW/ F1 mice that received ACY-738 treatment also had a reduction in the TH17 cells and we observed a significant reduction in kidney pathology. Selective HDAC6 targeting may warrant future investigations as a potential therapeutic target for the treatment of SLE. / Master of Science

Lors d'un stress, les cellules activent un mécanisme de défense appelé “la réponse au stress”. Ce mécanisme empêche notamment l'accumulation de protéines mal enroulées grâce à la synthèse des protéines du choc thermique, les HSPs (Heat Shock Proteins),via l'activation du facteur de transcription HSF1 (Heat Shock Factor 1). Les HSPs empêchent l'agrégation des protéines et aident au repliement protéique. Deux partenaires associés à HSF1 ont récemment été identifiés : le chaperon moléculaire VCP (Valosin Containing Protein) et l'histone déacétylase 6 (HDAC6). Notre projet était d'étudier les rôles d'HDAC6 et de VCP dans la réponse au stress thermique. Nous avons mis en évidence un rôle prépondérant du domaine de fixation à l'ubiquitine d'HDAC6 dans la régulation de la durée d'activation d'HSF1 suite à un choc thermique. Lorsque HDAC6 ne peut pas se fixer à l'ubiquitine, VCP favorise une inactivation rapide de HSF1 empêchant la transcription du chaperon HSP25. Ces travaux montrent également que la réponse activée suite à un stress dépend de la nature de celui-ci. En effet, nous avons montré que les mécanismes activés dans la réponse au stress suite à un choc thermique sont différents de ceux activés suite à une inhibition du protéasome. La myopathie à corps d'inclusion associée à la maladie osseuse de Paget et à une démence fronto-temporale, appelée IBMPFD, Inclusion Body Myopathy associated with Paget disease of the bone and Frontotemporal Dementia, est une maladie autosomale dominante rare. La myopathie est la caractéristique clinique la plus commune parmi celles qui sont causées par des mutations de VCP. La perturbation de la fonction de VCP entraîne l'accumulation de protéines poly-ubiquitinées et la formation de corps d'inclusion en partie responsables de la pathogenèse de l'IBMPFD. Nous avons montré que l'activation de la réponse au stress via un choc thermique dans des cellules murines déficientes en VCP mimant le phénotype de l'IBMPFD, entraîne une diminution du taux de cellules ayant des agrégats de protéines poly-ubiquitinées. Nos résultats préliminaires montrent que HSF1 ne serait pas à l'origine de cette diminution des agrégats au contraire de HSP90 et HDAC6 qui interviendraient suite à l'activation de la réponse au stress. Cette stratégie est actuellement en cours de test sur des modèles murins. / Under stress, cells activate a defense mechanism named “cellular stress response”. This mechanism prevents especially unfolded proteins accumulation thanks to Heat Shock Proteins (HSPs) synthesis through the activation of Heat Shock Factor 1 (HSF1) transcription factor. HSPs prevent aggregation and help protein refolding. Two partners associated to HSF1, have recently been identified: the molecular chaperone, VCP (Valosin Containing Protein) and the Histone DeACetylase 6 (HDAC6). Our project was to characterize the roles of HDAC6 and VCP in the Heat Shock Response (HSR). We have highlighted a preponderant role for the HDAC6 ubiquitin binding domain in the HSF1 activation time regulation after a heat shock. When HDAC6 can't bind ubiquitin, VCP promotes a rapid HSF1 inactivation preventing HSP25 chaperone transcription. This work also emphasizes a stimulus-dependent stress response. Indeed, we showed that mechanisms activated during the stress response following a heat shock differ from those activated after a proteasome inhibition. Inclusion Body Myopathy, Paget disease of the bone, and Frontotemporal Dementia (IBMPFD) is a rare autosomal dominant disorder. Myopathy is the most common clinical feature of IBMPFD. It is caused by mutations of VCP. Alteration of VCP function leads to the accumulation of poly-ubiquitinated proteins and to the formation of inclusion bodies thought to be responsible, at least in part, for the pathogenesis of IBMPFD. We have shown that activation of the heat shock stress response in mouse cells VCP deficient mimicking IBMPFD phenotype, results in the decrease of cells with ubiquitinated protein aggregates. Our preliminary results show that HSF1 is not responsible for this decrease unlike HSP90 and HDAC6 that seems to intervene following the stress response activation. This strategy is currently tested on mouse models.

Le comportement et le devenir des lymphocytes T (LT) est conditionné par l’intégration de nombreux signaux solubles et cellulaires. Lorsque les LT ne sont pas stimulés, les facteurs de transcription FoxO orchestrent un réseau moléculaire important participant au maintien de la quiescence et à la capacité migratoire des LT. Longtemps considéré comme un état par défaut, le maintien des LT dans cet état quiescent est hautement régulé par un ensemble de signaux parmi lesquels la signalisation via le récepteur à l’interleukine 7 (IL7) et le récepteur à l’antigène (TCR) activé par des molécules du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) chargées avec des peptides du soi. Etonnamment, ces mêmes signaux sont nécessaires pour induire l’entrée des cellules dans le cycle cellulaire. L’inhibition de la prolifération des LT est donc un mécanisme actif qui peut être levé par des signaux externes. Le mécanisme moléculaire permettant le maintien de cet état quiescent reste très peu décrit. Mon projet de thèse a consisté à étudier les conséquences fonctionnelles de l’expression de Fam65b, une nouvelle cible transcriptionnelle de FoxO, sur la prolifération. Au cours de mon travail, j’ai montré que dans des cellules transformées, ayant donc perdu la capacité de réguler leur prolifération, l’expression forcée de Fam65b perturbe la mise en place du fuseau mitotique, induisant un arrêt en phase G 2 /M et la mort des cellules. Au cours de ce processus, Fam65b agit avec deux partenaires connus pour leur implication dans le cycle cellulaire, l’histone déacétylase 6 (HDAC6) et la protéine d’échafaudage 14-3-3. J’ai également pu établir que, dans les LT primaires humains, Fam65b est un facteur de quiescence. En effet, l’engagement du TCR induit une diminution d’expression de Fam65b et le maintien de son expression bloque la prolifération des LT, suggérant que l’inhibition de son expression est un pré-requis à la prolifération. Inversement, l’inhibition de l’expression de Fam65b dans des LT naïfs diminue leur seuil d’activation. L’ensemble de ces résultats désigne donc Fam65b comme une nouvelle cible pour le contrôle de la prolifération des cellules primaires et transformées. Nous avons également développé au laboratoire un modèle murin invalidé pour Fam65b dans le lignage T afin d’étudier son rôle dans un modèle plus intégré. J’ai pu initier l’analyse du phénotype de ces souris en l’absence de toute stimulation. L’ensemble de ces travaux, en complément de ceux précédemment obtenus au laboratoire, laissent apparaître Fam65b comme un nouvel effecteur de FoxO capable d’interagir avec divers partenaires afin de contrôler conjointement des fonctions cellulaires majeures. / T cell fate is conditioned by the integration of many soluble and cellular signals. When T cells are not stimulated, FoxO transcription factors orchestrate an important molecular network involved in maintaining the quiescent state and migratory ability of the cells. Considered as a "default" state, it is now known that maintenance of T cell quiescence is a process highly regulated by a set of signals including IL7 signaling and sustained contact with MHC molecules presenting self-peptides. Surprisingly, these same signals are required to induce entry of cells into the cell cycle. Inhibition of T cell proliferation is an active mechanism that can be lifted by external signals. The molecular mechanism maintaining this quiescent state is poorly described. My thesis project was studying the functional consequences of Fam65b expression, a new transcriptional target of FoxO, on proliferation. I showed that, in transformed cells, that have lost the ability to regulate their proliferation, forced expression of Fam65b disrupts the establishment of the mitotic spindle, inducing an arrest in G 2 /M phase and cell death. During this process, Fam65b acts with two partners, known to be involved in the cell cycle process, the histone deacetylase HDAC6 and the 14-3-3 protein scaffold. I have also been able to establish that in human primary T cell, Fam65b is a quiescence factor. Indeed, the TCR stimulation induces a reduction of Fam65b expression and maintaining its expression blocks the proliferation of T cells, suggesting that inhibition of Fam65b expression is a prerequisite for proliferation. Conversely, inhibition of Fam65b expression in naive T cells reduces their activation threshold. Altogether these results show that Fam65b is a new target for the control of the proliferation of primary and transformed cells. We have also developed, in the laboratory, a mouse model invalidated for Fam65b in T cell lineage. I initiated the phenotype analysis of these mice in the absence of any stimulation. This work, in addition to the previous results obtained in the laboratory, reveal that Fam65b is a new effector of FoxO factors, able to interact with various partners to jointly control major cellular functions.

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L'histone déacétylase HDAC6 est une enzyme multifonctionnelle possédant deux domaines déacétylases en tandem et un domaine fixant l'ubiquitine. Localisée exclusivement dans le cytoplasme, cette protéine peut déacétyler les microtubules acétylés et participer à la prise en charge des protéines ubiquitinées lors de la formation d'agrésomes. Elle possède également une activité sur d'autres substrats comme les histones ou HSP90, et elle contribue à divers processus cellulaires. Le travail présenté dans cette thèse décrit un rôle supplémentaire de cette déacétylase dans la réponse après un stress. Il vise à comprendre comment HDAC6 participe dans les mécanismes d'activation des gènes HSPs, et dans les processus de récupération cellulaire à la suite d'un choc thermique. La découverte d'un nouveau domaine nommé SE14 chez la protéine HDAC6 humaine, présente un dispositif supplémentaire de régulation nucléocytoplasmique pour cette protéine. Ce domaine permet la rétention dans le cytoplasme de cette protéine en renforçant le mécanisme d'export nucléaire. A coté de ce contrôle, le fonctionnement des deux domaines déacétylases est analysé. Des expériences in vitro et in vivo confirment l'importance de l'arrangement spatial des deux domaines dans la réaction de déacétylation. Finalement, ce travail montre que la protéine HDAC6 intervient lors de la différenciation ostéoclastique. Par son activité catalytique sur les microtubules acétylés et grâce à son interaction avec l'effecteur mDIA2, cette déacétylase est impliquée dans la maturation des ostéoclastes.

Sébastien Legros (2010). La protéine Tax du virus HTLV-1 inhibe la formation des granules de stress en interagissant avec lhistone désacétylase 6 (HDAC6) (thèse de doctorat, en anglais). Université de Liège - Gembloux Agro-Bio Tech, 153 p., 2 tabl., 24 fig. Résumé Le virus T-lymphotrope humain qui infecte 20 millions de personnes dans le monde, est responsable de deux pathologies : une leucémie fatale, appelée leucémie des cellules T de ladulte (ATL) et une maladie neurodégénérative, la paraparésie tropicale spastique (TSP). Loncoprotéine virale Tax-1 constitue une cible thérapeutique privilégiée car elle joue un rôle crucial dans les pathologies induites par HTLV-1. En réponse à un stress comme une infection virale, un stress oxydatif ou une exposition aux UV, la cellule bloque la traduction des ARNm et les séquestre dans des structures cytoplasmiques spécifiques appelées granules de stress (GS). Ces granules sont caractérisés par la présence de protéines spécifiques telles que G3BP et Tiar. Récemment, lhistone désacétylase HDAC6 a été identifiée comme un composant critique de ces GS. Dans ce travail, nous démontrons qu'en présence d'un stress cellulaire, Tax-1 relocalise du noyau vers le cytoplasme. Dans le cytoplasme, Tax-1 colocalise avec G3BP et Tiar dans les GS de certaines cellules. De plus, la protéine Tax-1 exprimée dans le cytoplasme, empêche la formation des GS en interagissant avec HDAC6. Finalement, nous avons montré que les lymphocytes T infectés par HTLV-1 contiennent moins de GS et que ceux-ci sont de taille réduite par rapport aux cellules contrôles Jurkat. Nos résultats révèlent une nouvelle stratégie développée par HTLV-1 et nous postulons que cette nouvelle fonction pourrait avoir un rôle important dans la transformation et loncogenèse induite par le virus HTLV-1. Sébastien Legros (2010). HTLV-1 Tax inhibits stress granules formation by interacting with histone deacetylase 6 (HDAC6) (thèse de doctorat, in English). University of Liège - Gembloux Agro-Bio Tech, 153 p., 2 tabl., 24 fig. Summary Human T cell leukaemia virus type-1 (HTLV-1) which infects 20 million people worldwide is the causative agent of two major diseases: a rapidly fatal leukaemia designated adult T-cell leukaemia (ATL) and a neurological degenerative disease known as tropical spastic paraparesis (TSP). The viral transcriptional activator and oncoprotein Tax-1 has been the major focus of scientific investigation because of its numerous and crucial roles in the pathogenesis of HTLV-1-induced diseases. In response to stress such as viral infection, oxidative stress or UV exposure, the cell blocks mRNA translation and sequesters mRNAs in specific cytoplasmic structures called stress granules (SGs). Stress granules are characterized by the presence of specific proteins such as G3BP and Tiar. Recently, the histone deacetylase HDAC6 was identified as a critical component of SGs. In this report, we demonstrated that in response to cellular stress, Tax-1 relocalizes in the cytoplasm, where it can be found colocalizing with G3BP and Tiar in SGs. Moreover, cytoplasmic Tax-1 prevents SGs formation by interacting with HDAC6. Finally, we have shown that HTLV-1 infected cells exhibit less and smaller SGs than the control Jurkat cells. Our findings thus unravel a new strategy developed by HTLV-1 and we postulate that this new function of Tax might have important role in HTLV-I-induced transformation and oncogenesis. Copyright : Aux termes de la loi belge du 30 juin 1994, sur le droit d'auteur et les droits voisins, seul l'auteur a le droit de reproduire partiellement ou complètement cet ouvrage de quelque façon et forme que ce soit ou d'en autoriser la reproduction partielle ou complète de quelque manière et sous quelque forme que ce soit. Toute photocopie ou reproduction sous autre forme est donc faite en violation de la dite loi et de des modifications ultérieures.

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HDAC6 est une histone déacétylase hautement conservée, principalement cytoplasmique. Contrairement à d'autres désacétylases, HDAC6 a une spécificité de substrat unique pour les protéines non - histones . Outre les domaines de désacétylation, HDAC6 contient également un domaine de liaison à l'ubiquitine , qui relie HDAC6 de la voie ubiquitine / protéasome .L’atrophie du muscle squelettique est une condition sévère de perte progressive de masse musculaire au cours de certaines maladies telles le cancer, le diabète, le SIDA ou également immobilizations prolongées. Le contrôle de la masse musculaire est sous la dépendance d’un équilibre entre les processus anaboliques et cataboliques. L’atrophie se caractérise par une augmentation substantielle de la dégradation des protéines par le système ubiquitine-protéasome, causée par l'expression d'une série de gènes spécifiques, les atrogenes . Un des atrogenes induits plus spectaculaire est le muscle spécifique de l'ubiquitine ligase E3 MAFbx/Atrogin-1, qui prend soin de la dégradation de MyoD et de eIF3 -f. La dégradation de ces deux protéines inhibe l'expression de gènes et la traduction myotrophiques empêchant le remplacement de protéines dégradées.Récemment, nous avons identifié l’Histone Deacetylase 6 (HDAC6) comme un nouvel atrogène. L’expression de HDAC6 augmente au cours de l’atrophie musculaire, à la fois chez la souris et l’homme, à travers un mécanisme FOXO3 -dépendante. La déplétion de cet enzyme in vivo (electroporation de l’shRNA contre HDAC6 dans des muscle squelettiques de souris ou analyse de souris invalidées pour ce gène) protège contre l’atrophie. De plus, l’inhibition de HDAC6 après déclenchement de l’atrophie peut aussi atténuer le phénotype. Lors de la caractérisation du mécanisme d’action de HDAC6, nous avons montré que HDAC6 intéragit avec MAFbx et que elle est nécessaire pour l’ubiquitination de MyoD par MAFbx. Nos résultats montrent que la surexpression d’un mutant MyoD resistant à la degradation par MAFbx protège contre l’atrophie provoqué par la denervation.. De plus, certaines données préliminaires indiquent une implication de HDAC6 dans la dégradation de eIF3-f et dans le processus de autophagy dans le tissu musculaire , révélant une double rôle de HDAC6 dans le muscle squelettique .Ces preuves suggèrent que HDAC6 représente potentiellement une cible utile pour des traitements curatifs. / HDAC6 is a highly conserved histone deacetylase, mostly cytoplasmic. Unlike other deacetylases, HDAC6 has unique substrate specificity for non-histone proteins. Besides the deacetylation domains, HDAC6 also contains an ubiquitin-binding domain, which links HDAC6 to the ubiquitin/proteasome pathway. Skeletal muscle atrophy is a severe condition of muscle mass loss occurring during aging or in many clinical disorders as cancer, diabetes and AIDS. The maintenance of muscle mass is subtly controlled by an equilibrium between catabolic and anabolic processes. Muscle atrophy results as a partial suppression of protein synthesis and a substantial increase of protein breakdown by the ubiquitin-proteasome system, caused by the expression of a series of specific genes, the atrogenes. One of the atrogenes induced more dramatically is the muscle specific E3 ubiquitin ligase MAFbx/Atrogin-1, which takes care of the degradation of MyoD and of eIF3-f. Degradation of those two proteins inhibits expression of myotrophic genes and translation preventing the replacement of degraded proteins.We identified HDAC6 as a new atrogene. HDAC6 expression is up regulated during muscle atrophy in mouse and human through a mechanism FoxO3-dependent. In vivo depletion of this enzyme by shRNA electroporation or homologous recombination gives protection against atrophy and its inhibition during atrophy can partially reverse the muscle wasting phenotype. HDAC6 can interact with MAFbx and is required for MAFbx-mediated degradation of MyoD. According to our results, forced expression of a MyoD mutant resistant to HDAC6 and MAFbx dependent degradation prevents muscle wasting induced by denervation. Furthermore, some preliminary data show an involvement of HDAC6 in the degradation of eIF3-f and in the autophagy process in muscle tissue, revealing a double role of HDAC6 in skeletal muscle.These evidences suggest that HDAC6 potentially represents a valuable target for curative treatments.

Systemic lupus erythematosus (SLE) is a chronic multifactorial inflammatory autoimmune disease with heterogeneous clinical manifestations. Among different manifestations, lupus nephritis (LN) remains a major cause of morbidity and mortality. There are few FDA approved treatments for LN. In general, they are non-selective and lead to global immunosuppression with significant side effects including an increased risk of infection. In the past 60 years, only one new drug, belimumab was approved for lupus disease with modest efficacy in clinic and not approved for patients suffering for nephritis. Therefore, it is urgent to develop new treatments to replace or reduce the use of current ones. Histone deacetylase 6 (HDAC6) plays a variety of biologic functions in a number of important molecular pathways in diverse immune cells. Both innate and adaptive immune cells contribute to pathogenesis of lupus. Among those cells, B cells play a central role in pathogenesis of lupus nephritis in an anti-body dependent manner through differentiation into plasma cells (PCs). As a result, HDAC6 inhibitors represent an entirely new class of agents that could have potent effects in SLE. Importantly, the available toxicity profile suggests that HDAC6 inhibitors could be advanced into SLE safely. We have demonstrated previously that histone deacetylase (HDAC6) expression is increased in animal models of systemic lupus erythematosus (SLE) and that inhibition of HDAC6 decreased disease. ACY-738 is a hydroxamic acid HDAC6 inhibitor that is highly selective for HDAC6. In our current studies, we tested if an orally selective HDAC6 inhibitor, ACY-738, would decrease disease pathogenesis in a lupus mouse model with established early disease. Moreover, we sought to delineate the cellular and molecular mechanism(s) of action of a selective HDAC6 inhibitor in SLE. In order to define the mechanism by which HDAC6 inhibition decreases disease pathogenesis in NZB/W mice by using RNAseq to evaluate the transcriptomic signatures of splenocytes from treated and untreated mice coupled with applied computational cellular and pathway analysis. In addition, we sought to bridge between the transcriptomic data obtained from the HDAC6 treated mice and human gene expression information to determine the relevance to this target in possibly controlling human lupus. We treated 20-week-old (early-disease) NZB/W F1 female mice with two different doses of the selective HDAC6 inhibitor (ACY-738) for 4~5 weeks. As the mice aged, we determined autoantibody production and cytokine levels by ELISA, and renal function by measuring proteinuria. At the termination of the study, we performed a comprehensive analysis on B cells, T cells, and innate immune cells using flow cytometry and examined renal tissue for immune-mediated pathogenesis using immunohistochemistry and immunofluorescence. We then used RNAseq to determine the genomic signatures of splenocytes from treated and untreated mice and applied computational cellular and pathway analysis to reveal multiple signaling events associated with B cell activation and differentiation in SLE that were modulated by HDAC6 inhibition. Our results showed a reduced germinal center B cell response, decreased T follicular helper cells and diminished interferon (IFN)-γ production from T helper cells in splenic tissue. Additionally, we found the IFN-α-producing ability of plasmacytoid dendritic cells was decreased along with immunoglobulin isotype switching and the generation of pathogenic autoantibodies. Renal tissue showed decreased immunoglobulin deposition and reduced inflammation as judged by glomerular and interstitial inflammation. The molecular pathways by which B cells become pathogenic PC secreting autoantibodies in SLE are incompletely characterized. RNA sequence data showed that PC development was abrogated and germinal center (GC) formation was greatly reduced. When the HDAC6 inhibitor-treated lupus mouse gene signatures were compared to human lupus patient gene signatures, the results showed numerous immune and inflammatory pathways increased in active human lupus were significantly decreased in the HDAC6 inhibitor treated animals. Pathway analysis suggested alterations in cellular metabolism might contribute to the normalization of lupus mouse spleen genomic signatures, and this was confirmed by direct measurement of the impact of the HDAC6 inhibitor on metabolic activities of murine spleen cells. Taken together, these studies show selective HDAC6 inhibition decreased several parameters of disease pathogenesis in lupus-prone mice. The decrease was in part due to inhibition of B cell development and response. RNA sequence data analysis show HDAC6 inhibition decreases B cell activation signaling pathways and reduces PC differentiation in SLE and suggests that a critical event might be modulation of cellular metabolism. / Doctor of Philosophy / Systemic lupus erythematosus (SLE) is a chronic inflammatory autoimmune disease by which immune cells mistakenly attacks healthy self-cells in different organs. Kidney inflammation occurs in nearly 50% of patients with lupus resulting in kidney damage leading to end stage renal disease. Lupus nephritis (LN) is major cause of morbidity and mortality associated with SLE. Current treatments for LN consist primarily of immunosuppressants that block the immune response and leave the patients with unwanted side effects including an increased risk of infection. To circumvent the unwanted side effects, we explored a novel mechanism to target the immune response. My project was to determine whether histone deacetylase 6 (HDAC6) inhibition would suppress the autoimmune inflammatory response in lupus. We found that inhibition of HDAC6 was effective at attenuating early LN, probably by down-regulating innate immune response, which suppressed subsequent adaptive immune responses downstream. HDAC6 inhibition affected the innate immune response by inhibiting type I interferon production by plasmacytoid dendritic cells. HDAC6 inhibition affected the cell mediated immune response by decreasing T helper cell and B cell activation. To determine the mechanism by which HDAC6 inhibits immune cells activation, we used RNAseq to reveal HDAC6 inhibition on multiple signaling events associated with the induction of lupus disease. These results suggest that HDAC6 could be a potential therapeutic target in the early stage of LN.

The replication cycle of polyomaviruses is, consistently with other viruses, fully dependent on host cells. Not only the cellular replicational and translational mechanisms are important for viruses, but also the virus infection is affected by other cellular proteins. This work is focused on the role of major cytoplasmic deacetylase, histone deacetylase 6 (HDAC6) in replication cycle of murine polyomavirus (MPyV). We showed that the presence of fully functional HDAC6 is essential for successful and productive infection. We found that HDAC6 affects not only early phase, but also late phase of infection. Cells with inhibited, or absent HDAC6 are infected with decreased effectivity and moreover lower amount of infectious viral particles is produced. On the other side, using cells with partially functional HDAC6, either in its deacetylase activity or in ubiquitin-binding activity, leads to increased ability of MPyV to infect those cells. Analysis of levels of early LT antigen and late structural protein VP1 in the infected cells showed, that viral proteins are affected by HDAC6. Our data suggest, that in the replication cycle of MPyV mainly the ubiquitin-binding domain of HDAC6 is required and the role of this domain in protein metabolism and degradation. In the second part of diploma project, we...