Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-16T20:46:25Z No. of bitstreams: 1 Domingos Ramon Moreau da Cunha Lasp-HIV1-Restool Desenvolvimento de uma ferramenta de bionformática para análise de resistencia do HIV-1 aos antirretrovirais.pdf: 2043486 bytes, checksum: 1cd7e640420b0a4675e14d21f7f04c9d (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-16T20:46:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Domingos Ramon Moreau da Cunha Lasp-HIV1-Restool Desenvolvimento de uma ferramenta de bionformática para análise de resistencia do HIV-1 aos antirretrovirais.pdf: 2043486 bytes, checksum: 1cd7e640420b0a4675e14d21f7f04c9d (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / As terapias antirretrovirais (TARV) trouxeram um grande benefício para os pacientes infectados pelo HIV, porém não conseguem impedir totalmente o surgimento de formas virais resistentes, causadas principalmente pela elevada taxa mutacional do vírus. O desenvolvimento de resistência do HIV aos antirretrovirais é um fator limitante para o sucesso da TARV. Os portadores de vírus resistentes, além de não responderem adequadamente ao tratamento, podem também transmitir estes vírus mutantes, representando grave problema de saúde pública. O acúmulo de mutações de resistência aos antirretrovirais representa um desafio importante na melhoria do tratamento de pacientes com vírus multirresistentes. Atualmente, dois tipos de métodos estão estabelecidos para avaliação da resistência ou sensibilidade do HIV aos antirretrovirais: os testes fenotípicos e genotípicos de resistência. As análises de resistência do HIV aos antirretrovirais, avançaram muito nos últimos anos com o desenvolvimento dos algoritmos para avaliação de resistência. Atualmente, uma série de sistemas de interpretação de resistência fenotípica e genotípica do HIV aos antirretrovirais estão disponíveis na Internet. Estes sistemas identificam respectivamente os níveis de sensibilidade in vitro aos antirretrovirais e mutações associadas à resistência em sequêcias virais, e retornam o perfil de resistência do HIV, funcionando portanto, como importantes ferramentas para utilização em análises de resistência. No presente trabalho, foi desenvolvida uma ferramenta de bioinformática para análise de resistência do HIV-1 aos antirretrovirais, chamada de LASP-HIV1-ResTool. A ferramenta LASP-HIV1-ResTool é capaz de otimizar a análise de dados genômicos do HIV-1, é de fácil manuseio e está disponível no site da unidade de bioinformática do LASP/CPqGM/FIOCRUZ, Bioafrica e IOC/FIOCRUZ para domínio público. Esta ferramenta pode acessar um banco de dados com seqüências gênicas previamente armazenadas, extrair informações relativas à resistência aos antirretrovirais, comparar sequências de HIV-1 dos bancos de dados públicos, identificando mutações nos genes que codificam a transcriptase reversa e a protease e associar esses dados a resistência a cada antirretroviral utilizado nas terapias anti-HIV/AIDS. Adicionalmente, a ferramenta possibilita localizar sítios pós-traducionais e traçar um perfil de distribuição das sequências armazenadas no banco de dados local, tanto por resistência, quanto por sítios pós-traducionais, para servirem de parâmetro de comparação com as sequências iv submetidas pelos usuários da ferramenta. A ferramenta LASP-HIV1-ResTool apresenta uma tabela de quantidade e percentual de sequências brasileiras do HIV-1, dispostas por subtipo e outra tabela apresentando a quantidade e o percentual de seqüências das regiões Protease e Trasncriptase Reversa do HIV-1 armazenadas no Banco de Dados. Os usuários da ferramenta podem analisar sequências do banco de dados que compõe a ferramenta ou submeter suas próprias sequências de HIV-1 no formato FASTA. Durante o processamento das sequências, o sistema identifica a sequência através do número de acesso e localiza a posição inicial da sequência dentro da região gênica escolhida. Em seguida identifica a fase de leitura correta e realiza a conversão da sequência de nucleotídeos em sequência de aminoácidos. Inicia-se então o processo de localização de todas as mutações ocorridas, tanto na sequência de ácido nucléico como na sequência de aminoácido. O sistema então apresenta uma tabela apenas com as mutações que conferem a resistência do HIV-1 contra o antirretroviral. Além disso, exibe o grau de resistência de cada mutação e indica, ao final da tabela, se a amostra de HIV-1 submetida na análise é susceptível, apresenta resistência intermediária ou se é resistente ao antirretroviral. O sistema exibe dois gráficos que relacionam: a quantidade de sítios pós-traducionais em função do total de sequências submetidas e os padrões de resistência aos antirretrovirais (susceptível, intermediária e resistente) em função do total de sequências. Além de apresentar um gráfico de barras mostrando a quantidade de ocorrências de cada mutação de resistência no conjunto de sequências analisadas. A ferramenta LASP-HIV1-ResTool também gera uma página em formato XML contendo os dados das análises do usuário, que podem ser salvas em um arquivo. Os arquivos XML podem ser importados de outras ferramentas tais como: planilhas eletrônicas, programas de análise estatística e sistemas gerenciadores de bancos de dados. Para validação da aplicabilidade da ferramenta LASP-HIV1-ResTool foram utilizadas 111 amostras correspondentes a região gênica da protease e da transcriptase reversa derivadas da genotipagem da resistência do HIV-1 provenientes de pacientes infectados, que apresentavam falha virológica a TARV. Quando comparados os dados obtidos na ferramenta LASP-HIV1-ResTool com os dados obtidos através das análises realizadas com a ferramenta de Stanford, pode-se observar a similaridade entre os resultado. Por outro lado, pode-se observar diferenças entre os resultados das análises realizadas com a ferramenta LASP-HIV1-ResTool quando comparados com a ferramenta o sistema RENAGENO. / The antiretroviral therapy (HAART) has brought a great benefit to HIV-infected patients, but can not completely prevent the emergence of resistant viral forms, mainly caused by the high mutation rate of the virus. The development of HIV resistance to antiretroviral drugs is a limiting factor for the success of HAART. The patients with resistant virus, that do not respond adequately to treatment, may also transmit this virus mutants, representing a serious public health problem. The accumulation of resistance mutations to antiretroviral drugs represents a major challenge in improving the treatment of multiresistant virus. Currently, two types of methods are established to assess resistance or susceptibility of HIV to antiretroviral drugs: the phenotypic and genotypic resistance. However, the analysis of HIV resistance to antiretrovirals, have advanced greatly in recent years with the development of algorithms for evaluation of resistance. Currently, a number of systems for interpretation of HIV resistance to antiretrovirals, using algorithms, are available on the Internet. These systems identify the mutations associated with resistance, in amino acids sequences and return the viral resistance profile of HIV, acting therefore as, important tools for use in resistance analysis. In this study, we developed a bioinformatics tool for analysis of HIV-1 resistance to antiretrovirals. This tool is easy to use, will be available at the bioinformatics unit of LASP / CPqGM / FIOCRUZ, Bioafrica and IOC / FIOCRUZ in public domain and is able to optimize the analysis of genomic data of HIV-1. This tool can access a database of gene sequences previously stored, extract information, compare HIV-1 sequences from public databases, identifying mutations in genes that encode reverse transcriptase and protease, and associate that data with resistance to the individual anti -retroviral therapies used in anti-HIV/AIDS. Additionally, the tool allows locate post-translational sites and establish a distribution profile of the sequences stored in local databases, both for resistance and by post-translational sites to serve as parameter for comparison with the sequences submitted by users of the tool.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:04:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karlla Antonieta Amorim Caetano.pdf: 5818068 bytes, checksum: 41220e2db27a45236177ed921aa8eeba (MD5) Previous issue date: 2011-03-02 / A biological and behavioral surveillance survey was carried out employing the Respondent Driven Sampling methodology, between May 2009 and June 2010, to estimate the prevalence and risk factors/risk behaviors for HIV among female sex workers (FSW) in Goiânia city, Goiás, as well as their knowledge about this disease. The participants were interviewed and blood samples were taken and tested for antibodies against HIV-1 and HIV-2, and confirmed by Western blot. All women enrolled were counseled on HIV and safer sex practices. Behavioral survey and biological testing data were analyzed using RDSAT 5.6. Of the 395 women, most (67.1%) were single, half (56.9%) had between 21 and 30 years old, and 10 to 12 years of education (47.4%). Some women (14.3%) reported to recruit their clients in more than one type of venue, being nightclubs (41%), bars (27.7%) and streets (25%) predominant. Regarding the last day of work, 52.7% of women reported two or more clients. Daily income ranged from US$ 8,00 to US$ 833,00. Of the women, 87.1% reported regular condom use with clients in the last 30 days. However, condom use with non-paying partners in last one year was reported by 20.9% of women. Regarding the thirty days prior to interview, 85.2% of FSW reported having drunk alcohol and 34.1% reported having used illicit drugs. Only 26.7% of FSW obtained condom in health services. Vaginal discharge and genital ulcer in last year was reported by 49% and 8.6% of FSW, respectively. Of the total, 37.4% of FSW mentioned midge bites as a form of viral transmission, and 17.4% sharing utensils with infected persons. Virtually all women (99%) acknowledged the transmission of the virus by sharing needles contaminated. Also, 90.6% of FSW are aware that pregnant women can transmit the HIV to their babies, but almost half (45.5%), unaware of the measures to prevent vertical transmission of HIV in the pregnancy. It was estimated that 1.8% of women were HIV positive. In addition, most anti-HIV positive (5/6) was found in women working in the streets. The findings of this study suggest the risk for HIV infection among FSW in Goiânia, highlighting the need of health promotion and prevention for this population, mainly among those who recruit their clients in the streets. / Um inquérito comportamental e sorológico, utilizando a técnica de amostragem Respondent Driven Sampling, foi conduzido entre maio de 2009 e junho de 2010, em Goiânia-GO para estimar a prevalência e identificar fatores/comportamentos de risco para a infecção pelo HIV em mulheres profissionais do sexo (MPS), bem como seus conhecimentos acerca desse agravo. As participantes foram entrevistadas e amostras sanguíneas coletadas para testagem de anticorpos anti-HIV1 e anti-HIV2; todas foram confirmadas por western blot. As participantes receberam aconselhamento sobre HIV e sexo seguro. Dados das entrevistas e testes sorológicos foram analisados pelo programa RDSAT 5.6. Das 395 mulheres investigadas, a maioria era solteira (67,1%), e praticamente a metade possuía idade de 21 a 30 anos (56,9%) e 10 a 12 anos de estudo (47,4%). Algumas mulheres (14,3%) relataram recrutar seus clientes em mais de um tipo de local de encontro. Os locais mais frequentes foram boates (41%), bares (27,7%) e ruas (25%). A metade das MPS referiu dois ou mais clientes no último dia de trabalho. A renda diária variou de R$ 15,00 a R$ 1.500,00. Do total de mulheres, 87,1% referiu uso regular de preservativos com clientes nos últimos 30 dias. Já em relação aos parceiros não pagantes, o uso do preservativo foi infrequente, e somente 20,9% das mulheres relataram esse comportamento nos últimos 12 meses. Considerando os trinta dias anteriores a entrevista, 85,2% das MPS referiram ter consumido alguma bebida alcoólica e 34,1% relataram já ter usado drogas ilícitas. Dentre os locais citados de obtenção do preservativo, somente 26,7% informaram adquirir em unidades de saúde. Corrimento vaginal e ferida/úlcera genital, no último ano, foi relatado por 49% e 8,6% das MPS, respectivamente. Do total de MPS, 37,4% citaram picada de mosquito como forma de transmissão viral, e 17,4% o compartilhamento de talheres com pessoas infectadas. Por outro lado, praticamente todas as mulheres (99%) reconheciam a transmissão do vírus por compartilhamento de agulhas contaminadas. Verificou-se que 90,6% das MPS têm consciência que mulheres grávidas podem transmitir o HIV para o bebê, porém praticamente a metade (45,5%) desconhece as medidas de prevenção da transmissão vertical desse vírus. Estimou-se que 1,8% das MPS eram anti-HIV positivas, sendo que a maioria (5/6) trabalhava na rua. Os dados do presente estudo sugerem o risco das MPS para a infecção pelo HIV, evidenciando a necessidade de programas de promoção e prevenção da saúde nesta população, com ênfase nas mulheres que se prostituem nas ruas da cidade.