Le virus de l’hépatite C (VHC) est l’un des principaux facteurs étiologiques du carcinome hépatocellulaire. Le traitement des hépatites virales C a été récemment amélioré grâce à une trithérapie (interféron, ribavirine et anti-protéase virale). Néanmoins l’importance des effets secondaires et l’émergence de mutants résistants nécessitent de découvrir de nouveaux antiviraux. Dans ce contexte, notre équipe a récemment découvert que les phosphatidylinositol 4-kinases de type III (PI4KIIIα et PI4KIIIβ) étaient indispensables à la propagation du virus dans une lignée hépatique humaine, et ce, à 2 étapes de son cycle biologique : l’entrée et la réplication. L’objectif du présent travail était de poursuivre la validation de ces nouvelles cibles thérapeutiques potentielles, en approfondissant nos connaissances sur la dépendance du virus à l’égard de ces kinases au cours de son entrée. Pour cela, nous avons utilisé le modèle des hépatocytes humains primaires, système in vitro plus proche du contexte physiologique que les modèles utilisés jusqu’à présent et qui étaient basés sur l’exploitation de lignées. Deux axes ont été développés : Vérification de l’importance de l’activité kinase des PI4KIIIs au cours de l’entrée du VHC dans les hépatocytes humains primaires, à travers une approche chimique ; Validation de l’implication de ces kinases et de leur activité enzymatique au cours de l’entrée virale grâce à une approche génétique basée sur l’ARN interférence et la restauration de phénotype. En parallèle, nous avons étudié l’expression de PI4KIIIα au cours de pathologies hépatiques. Nos résultats suggèrent une implication de PI4KIIIα au cours de l’entrée du VHC dans les hépatocytes humains primaires, mais restent à confirmer quant à l’implication de PI4KIIIβ. Par ailleurs, l’analyse de l’expression de PI4KIIIα dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) conduit à proposer cette kinase comme un nouveau marqueur moléculaire, qui pourrait améliorer les modèles de pronostic déjà établis et pourrait conduire au développement de nouvelles approches thérapeutiques pour les patients atteints d’un CHC, quelque soit l’étiologie. / Hepatitis C virus (HCV) is one of the leading causes of hepatocellular carcinoma. Therapeutic treatment against the virus has been recently improved by a tritherapy including pegylated interferon, ribavirin and antiviral protease. Nevertheless, the importance of side effects and the emergence of resistant mutants require the development of new antivirals. In this context, our team has recently discovered that Type III phosphatidylinositol 4-kinases (PI4KIIIα and PI4KIIIβ) are essential for the propagation of the virus in a human hepatic cell line at the entry and replication steps. To further characterize these potential therapeutic targets, we investigate the implication of these kinases during the HCV entry, using primary human hepatocytes, a model closer to the in vivo conditions. Two lines of research were developed: Verification of the importance of the kinase activity of PI4KIIIs during HCV entry in primary human hepatocytes, through a chemical approach; Validation of the involvement of these kinases and their enzymatic activity during viral entry through a genetic approach based on RNA interference and phenotype rescue. In parallel, we studied the expression of PI4KIIIα in liver diseases. Our results suggest the involvement of PI4KIIIα in HCV entry; the involvement of PI4KIIIIβ needs to be confirmed. The analysis of PI4KIIIα expression in hepatocellular carcinoma led us to propose this kinase as a new molecular marker, which could improve the already established prognosis models and could lead to the development of new therapeutic approaches.

La modélisation de maladies métaboliques hépatiques et les approches de thérapie cellulaire nécessitent de disposer d’une source fiable et illimitée d’hépatocytes. Grâce à leurs propriétés spécifiques, les cellules souches pluripotentes peuvent représenter une telle source. Nous avons tout d’abord mis au point une approche originale pour différencier une lignée de cellules souches embryonnaires humaines européenne, générée en conditions GMP-compatibles, en hépatocytes fonctionnels in vitro et in vivo après transplantation dans un modèle murin d'insuffisance hépatique aiguë. Nous avons ensuite utilisé les cellules souches pluripotentes induites (iPSC) spécifiques d’un patient homozygote pour une mutation entrainant une absence de récepteur des lipoprotéines de basse densité (RLDL) afin de modéliser l'hypercholestérolémie familiale (HF) in vitro. Nous avons amélioré notre approche pour différencier ces iPSC en hépatocytes plus matures et polarisés car les hépatocytes sont les seules cellules capables de dégrader le cholestérol via la bile. Nous avons montré que ce modèle reproduit la physiopathologie de l'HF et établit la preuve de concept de la correction génétique ciblée par la technologie CRISPR/Cas au locus AAVS1 par la restauration de l’expression, inductible par les statines, et de la fonctionnalité du récepteur. Nous avons également mis en évidence que le RLDL ne semble pas impliqué dans l'entrée du virus de l'hépatite C (VHC) mais plutôt dans les étapes tardives de la morphogénèse virale. Ce modèle pourra désormais servir à l’étude physiopathologique de différents patients HF, au criblage de nouvelles drogues hypocholestérolémiantes et antivirales ainsi qu'à de nouvelles approches thérapeutiques. / Liver metabolic diseases modeling and cell therapy approaches require a a reliable and well-characterized cell source. Due to their specific properties, pluripotent stem cells represent a credible alternative to primary human hepatocytes. Thus, we have defined a new approach to differentiate a European human embryonic stem cell line, generated in GMP-compatible conditions, into hepatocytes that are functional in vitro and in vivo after transplantation into a murine model of acute liver failure. We have then used induced pluripotent stem cells from a homozygous patient with a mutation leading to an absence of the low-density lipoproteins receptor (LDLR) to model familial hypercholesterolemia type IIA (FH) in vitro. As hepatocytes are the only cells able to metabolize cholesterol into bile acids, we have improved our approach to differentiate these iPSC into hepatocytes displaying cell functional organization and polarization. We have shown that our model reproduced FH physiopathology and have also restored, by the genetic targeted correction at the AAVS1 locus using CRISPR/Cas technology and subsequent hepatocyte differentiation, the LDLR expression – inducible by statins - and functionality. Moreover, we have demonstrated that the LDLR does not seem to be involved in hepatitis C virus entry or replication but rather in viral morphogenesis steps. This model will be useful to develop new cholesterol-lowering and antiviral drugs as well as new cell therapy options. Furthermore, it can be applied to similar studies for other liver metabolic disorders.

Le séquençage haut débit a été utilisé dans ce travail pour reconstruire avec des méthodes adaptées le génomeviral entier du virus de l’hépatite C (VHC) notamment pour le typer avec précision. Une étude a ainsi permisde mettre en évidence la présence d’une forme recombinante du VHC chez un patient. Une autre a permisde typer et détecter les mutations de résistance de plusieurs souches de VHC de génotypes différents. Enfin,une dernière étude basée sur cette approche a permis de découvrir une souche VHC appartenant à un nouveausous-type. Le séquençage haut débit a aussi été utilisé dans ce travail pour détecter des infections multiples etanalyser l’évolution virale en ciblant des gènes du VHC et en mettant en œuvre des méthodes non spécifiquespour 2 patients VHC sous traitement. Cette étude rétrospective a permis de définir la composition de chaqueéchantillon temporel, estimer leur diversité nucléotidique, explorer la structure génétique de la population viraleet son évolution temporelle et dater les infections secondaires. Les résultats obtenus supportent l’hypothèse d’unmécanisme d’apparition de résistance au traitement (selective sweeps). / High-throughput sequencing has been used in this work to reconstruct with adapted methods the whole genomeof the hepatitis C virus (HCV) particularly for accurately typing the virus. Thus, we managed to detect in a studya recombinant form of HCV circulating within a patient. We typed and detected in another study resistancemutations of several HCV strains of different genotypes. Finally, a last study based on this approach enabled touncover a HCV strain belonging to a new subtype. High-throughput sequencing has also been used in this workto detect multiple infections and analyze viral evolution with targeted HCV genes and non-specific methods for2 HCV patients under treatment. This retrospective study enabled to define the composition of each temporalsample, assess their nucleotide diversity, investigate viral population genetic structure and temporal evolutionand date secondary infections. Results of this analysis support the hypothesis of onset mechanism of treatmentresistance (selective sweeps).

Le virus de l'hépatite C (HCV) est un virus à ARN qui synthétise ses nouveaux génomes dans les cellules hôtes infectées grâce à une ARN polymérase ARN dépendante (RdRp), appelée NS5B. Cette polymérase a été pendant longtemps une cible majeure dans la recherche d'antiviraux contre l'hépatite C. Aujourd'hui, de nombreux antiviraux ont été approuvés dans le traitement de l’hépatite C ciblant différentes protéines virales, entre autre, NS5B. Le sofosbuvir qui cible le site actif de NS5B est un antiviral qui a démontré une efficacité extraordinaire dans le traitement anti-HCV.Durant ces dernières années, les recherches sur NS5B ont permis de caractériser cette protéine, à la fois structuralement et biochimiquement. La richesse des connaissances ainsi accumulées fait de NS5B un excellent modèle pour les RdRp des virus à ARN.Toutefois, peu d'études portent sur le mécanisme d’acheminement et de sélection des ribonucléotides au site actif de NS5B, et de façon générale, sur la description atomique du mécanisme de réplication assuré par NS5B, qui implique deux dications magnésium pour la catalyse comme chez toutes les polymérases de cette famille.Durant ce travail, nous avons exploité les données structurales issues de complexes ternaires (NS5B+RNA+nucleotide) obtenus en 2015 par cristallographie à l'échelle atomique. Nous avons utilisé ces structures pour mener des études de modélisation moléculaire, essentiellement par dynamique moléculaire afin d’aborder la question de l'acheminement des nucléotides vers le site actif de NS5B.Nous avons eu recours à la fois à des méthodes de dynamiques moléculaires classiques et des méthodes de dynamiques moléculaires dites biaisées telles que différentes méthodes de dynamiques moléculaires dirigées (SMD et TMD) et la dynamique moléculaire accélérée (aMD).Nos résultats indiquent que l’acheminement du nucléotide au site actif associé à un magnésium Mg(B) est contrôlé tout au long du tunnel par différents éléments de NS5B. Initialement, le nucléotide se lie à une région proche de la boucle qui surplombe le tunnel lui permettant, grâce aux interactions qu’il établit avec sa partie triphosphate, de s’orienter base en avant. Ensuite, le nucléotide atteint un point de contrôle formé essentiellement par le motif F3 (R158) et le motif F1(E143). Le nucléotide reste lié à ce site jusqu’à l’arrivée du second dication magnésium (Mg(A)) qui provoque des réarrangements structuraux, notamment au niveau du motif F3, entrainant l’avancée du nucléotide vers le site actif. Une fois ce point de contrôle passé, le nucléotide interroge alors la base du brin d’ADN matrice sans s’insérer entièrement dans le site actif.Nos simulations ont clairement établi que les dernières étapes d’entrée du nucléotide sont finement régulées par l’arrivée du second dication magnésium qui a donc un rôle de coordinateur en plus de son rôle connu dans la catalyse.Ce mécanisme d’entrée semble être spécifique aux RdRp virales et permet de comprendre pourquoi les analogues de nucléotides peuvent être aussi efficaces contre les virus à ARN. / The hepatitis C virus is an RNA virus that synthesises its new genomes in the infected host cells thanks to an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) termed NS5B. This polymerase has been a prime target for antiviral therapy. Numerous direct antiviral drugs are now approved in the HCV treatment and allow very high rates of treatment success. These drugs target among others the HCV NS5B RdRp with the sofosbuvir being one of the most successful drugs.Tremendous efforts have been made in the past decades to characterize NS5B, in particular structurally and biochemically. However, there is little information about the molecular mechanisms of NS5B ribonucleotides entry and selection and in general on the atomistic details of the RNA replication mechanism, although the involvement of two magnesium dications in catalysis is well established in this family of polymerases. Since 2015, structures of ternary complexes of NS5B have been resolved by crystallography offering very valuable details about the binding of nucleotides at the NS5B active site.In this work, we took advantage of these structural data to address the ribonucleotides entry and to further explore the nucleotide addition cycle in NS5B using molecular modelling and molecular dynamics simulations. We used both conventional molecular dynamics techniques and biased simulations that enhance sampling such as Steered Molecular Dynamics (SMD), Targeted Molecular Dynamics (TMD) or accelerated Molecular dynamics (aMD).Based on our modelling results, we found that the access to the active site through the nucleotides tunnel is checked by successive NS5B elements. First, the entering ribonucleotide together with an associated magnesium Mg(B) binds next to a loop that overhangs the nucleotide tunnel and interactions with its triphosphate moiety orient it base-first towards the active site. Second, the ribonucleotide encounters a checkpoint constituted by the residues of motif F3(R158) and motif F1(E143) where it is blocked until the arrival of a second magnesium ion, the Mg(A). This allowed the motif F3 to undergo small structural rearrangements leading to the advancement of the nucleotide towards the active site to interrogate the RNA template base prior to the complete nucleotide insertion into the active site.Our simulations pointed out that these dynamics are finely regulated by the second magnesium dication, thus coordinating the entry of the correct magnesium-bound nucleotide with shuttling of the second magnesium necessary for the two-metal ion catalysis. This entry mechanism is specific to viral RdRps and may explain why modified ribonucleotides can be so successful as drugs against RNA viruses.

Host immune responses must be tightly regulated by an intricate balance between positive and negative signals while fighting pathogens; persistent pathogens may usurp these regulatory mechanisms to dampen host immunity to facilitate survival in vivo. Here we report that Tim-3, a negative signalling molecule expressed on monocytes and T cells, is up-regulated on natural killer (NK) cells in individuals chronically infected with hepatitis C virus (HCV). Additionally, the transcription factor T-bet was also found to be up-regulated and associated with Tim-3 expression in NK cells during chronic HCV infection. MicroRNA-155 (miR-155), an miRNA that inhibits signalling proteins involved in immune responses, was down-regulated in NK cells by HCV infection. This Tim-3/T-bet over-expression and miR-155 inhibition were recapitulated in vitro by incubating primary NK cells or NK92 cell line with Huh-7 hepatocytes expressing HCV. Reconstitution of miR-155 in NK cells from HCV-infected patients led to a decrease in T-bet/Tim-3 expression and an increase in interferon-γ production. Blocking Tim-3 signalling also enhanced interferon-γ production in NK cells by improving signal transducer and activator of transcription-5 phosphorylation. These data indicate that HCV-induced, miR-155-regulated Tim-3 expression regulates NK cell function, suggesting a novel mechanism for balancing immune clearance and immune injury during chronic viral infection.

Le virus de l'hépatite C (VHC) est un problème majeur de santé publique dont les usagers de drogues (UD) constituent la principale source de contamination en France. Réaliser des enquêtes séro-épidémiologiques auprès de cette population pour suivre la dynamique du VHC s'avère difficile notamment en raison de leurs pratiques illicites. Cette population est en partie accessible par les lieux d'enquêtes et en partie "cachée" car ne fréquentant aucun lieu répertorié. Pour enquêter chaque partie, nous avons considéré l'échantillonnage lieux-moments (TLS) puis l'échantillonnage conduit par les répondants. Après avoir formalisé le TLS dans le cadre d'un sondage indirect, nous avons proposé un estimateur pour un total et une proportion, qui tient compte de la fréquentation multiple et hétérogène des lieux d'enquêtes. Nous recommandons cette méthode pour estimer la prévalence d'une maladie dans des études auprès de populations fréquentant des services, même en cas d'erreurs sur les fréquentations déclarées par les participants. L'enquête ANRS-Coquelicot réalisée en 2004 auprès des UD fréquentant des centres dédiés, puis répétée en 2011, a permis d'estimer la prévalence du VHC à 43,7%. A partir des deux enquêtes, nous avons ensuite estimé l'incidence du VHC par âge et en fonction du temps en construisant un modèle mathématique reposant sur la formulation d'une relation entre la prévalence et l'incidence. Ce modèle consistait en la combinaison d'un modèle compartimental et d'un modèle de régression. L'incidence du VHC a ainsi été estimée à 4,4/100 personnes-années en 2011. Cette approche est une alternative satisfaisante pour estimer l'incidence d'une maladie à partir d'enquêtes épidémiologiques transversales en l'absence de cohorte ou de tests biologiques permettant d'identifier les infections récentes. Compte tenu de la baisse de la prévalence, des mesures de réduction des risques et des avancées thérapeutiques, une diminution de l'incidence du VHC devrait se poursuivre malgré une potentielle augmentation des comportements à risque des UD. / Hepatitis C virus (HCV) is a public-health issue that drug users (DU) remain the major source of contamination in France. Conducting seroepidemiological surveys among this population to assess the HCV dynamic is difficult particularly due to their illicit practices. This population can be accessible through survey locations or can be hidden (who does not visit any location). To survey each part, we presented time-location sampling (TLS) and respondent-driven sampling. We presented TLS in the context of an indirect sampling and proposed a design-based inference taking into account the frequency of venue attendance (FVA) to estimate a total or a proportion. We recommend this method for estimating the prevalence of a disease in surveys among hard-to-reach populations, even if errors occur in the FVA reported by the participants. The ANRS-Coquelicot survey carried out in 2004 among DU attending centres providing services to drug users, then repeated in 2011, allowed us to estimate the HCV prevalence at 43.7%. Using these two surveys, we estimated age- and time-dependent HCV incidence from a mathematical model linking prevalence and incidence. This model consisted in combining a compartmental model with a regression model. The HCV incidence was thus estimated at 4.4/100 person-years in 2011. This method is an alternative approach to estimate incidence of a disease from cross-sectional epidemiological data in the absence of cohort or biological tests to identify acute infections. The decline in HCV incidence is to be expected given decreasing prevalence, recent developments in harm reduction measures and new therapeutic approaches despite a potential increase of at-risk behaviors.

T cells play a pivotal role in controlling viral infection; however, the precise mechanisms responsible for regulating T‐cell differentiation and function during infections are incompletely understood. In this study, we demonstrated an expansion of myeloid‐derived suppressor cells (MDSC s), in particular the monocytic MDSC s (M‐MDSC s; CD 14+ CD 33+ CD 11b+ HLA ‐DR −/low), in patients with chronic hepatitis C virus (HCV ) infection. Notably, HCV ‐induced M‐MDSC s express high levels of phosphorylated signal transducer and activator of transcription 3 (pSTAT 3) and interleukin‐10 (IL ‐10) compared with healthy subjects. Blocking STAT 3 signalling reduced HCV ‐mediated M‐MDSC expansion and decreased IL ‐10 expression. Importantly, we observed a significant increase in the numbers of CD 4+ CD 25+ Foxp3+ regulatory T (Treg) cells following incubation of healthy peripheral blood mononuclear cells (PBMC s) with MDSC s derived from HCV ‐infected patients or treated with HCV core protein. In addition, depletion of MDSC s from PBMC s led to a significant reduction of Foxp3+ Treg cells developed during chronic HCV infection. Moreover, depletion of MDSC s from PBMC s significantly increased interferon‐γ production by CD 4+ T effector (Teff) cells derived from HCV patients. These results suggest that HCV ‐induced MDSC s promote Treg cell development and inhibit Teff cell function, suggesting a novel mechanism for T‐cell regulation and a new strategy for immunotherapy against human viral diseases.

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Die vorliegende Habilitationsschrift befasst sich schwerpunktmäßig vor allem mit der Klinik und Therapie der Hepatitis C. Evaluiert wurden: 1. verschiedene therapeutische Strategien, 2. die Ursachen der "Non-Response" auf eine anti-virale Therapie sowie 3. die klinische Relevanz der neu entdeckten Hepatitis-assoziierten Viren und 4. ihre Bedeutung bei Patienten mit akuter bzw. chronischer Lebererkrankung unklarer Ätiologie sowie bei Patienten vor und nach Lebertransplantation. Ad 1. Aus dem Vergleich verschiedener Therapie-Konzepte wie der Kurzzeit- Kombinationstherapie, Triple-Therapie, Hochdosis-Interferon?-Therapie und der Anwendung antiviraler Substanzen wie Ribavirin und Amantadin ergaben sich neue Erkenntnisse hinsichtlich relevanter prognostischer Parameter für die Therapieresponse. Ad 2. Analysiert wurden die möglichen molekularen Mechanismen der Therapieresponse bzw. Non-Response sowie der Stellenwert von Interaktionen bestimmter HCV-Proteine (NS5A, E2, sogenannte PKR-eIF2a Phosphorylisations-Homologie-Domäne [PePHD]) mit den Interferon? induzierten Effektorproteinen. Es konnte gezeigt werden, daß die Anzahl der Mutationen innerhalb des NS5A Proteins einen prognostischen Parameter darstellen hinsichtlich der Response auf eine Interferon?-Therapie. Dagegen spielen Mutationen innerhalb der PePHD-Region keine Rolle. Ad 3. Aus den Untersuchungen zur klinischen Relevanz der neu entdeckten Hepatitis-assoziierten Viren GB Virus-C/Hepatitis G Virus (GBV-C/HGV) und TT-Virus (TTV) ergaben sich keine Hinweise bzgl. eines Einflusses von GBV-C/HGV bzw. TTV-Infektionen auf den Verlauf der chronischen Hepatitis C. Die durchgeführten Verlaufsuntersuchungen bei koinfizierten Patienten sprechen dafür, daß es sich um Interferon-sensitive Viren handelt; jedenfalls beeinflussen sie nicht die IFN?-induzierte Response. Ad 4. Untersucht wurden ferner die Prävalenz, Transmission und Relevanz der GBV-C/HGV und TTV-Infektion im Hinblick auf ihre Hepatitis-induzierenden Eigenschaften. Die Ergebnisse belegen, dass beide Viren parenteral übertragen werden, und dass sie eine hohe Prävalenz bei Patienten mit parenteralen Risikofaktoren besitzen. Eine Hepatitis-induzierende Potenz dieser Viren konnten wir nicht beobachten; bei der Mehrzahl aller chronisch infizierter Personen ließen sich keine Zeichen einer chronischen Hepatitis finden. / The major goal of this thesis is the analysis of the clinical outcome of patients with Hepatitis C virus (HCV) infection and the response to therapy. Analysed were 1. different types of therapeutic strategies 2. causes responsible for ineffective antiviral therapy (non-response) 3. clinical relevance of the newly discovered hepatitis-associated viruses and 4. the role of these viruses in patients with acute or chronic hepatitis of unknown causes and in those receiving liver grafts. Ad 1. Compared were different therapeutic concepts such as short-term combination therapy, triple-therapy, high dose IFN?-therapy and the use of antiviral substances such as ribavirin and amantadine. It emerged that relevant prognostic parameters can be deduced with respect to the therapeutic response rate. Ad 2. Analysed were possible molecular mechanisms, which may interfere with response or non-response to antiviral therapy. In this respect, we focussed on the interaction of certain HCV-proteins as NS5A, E2, so-called PKR-eIF2a phosphorylisation-homology-domain (PePHD). with the interferon-?-induced effector proteins. There is evidence, that number of mutations within the NS5A proteins are of prognostic relevance with respect to the response to interferon?-therapy. In contrast, mutations within the PePHD-region do not play any role in this respect. Ad 3. We also studied the clinical relevance of the newly discovered viruses GBV-C/HGV and TTV, and found, that they have no impact concerning the course of chronic hepatitis C. These viruses are interferon-sensitive and do not influence the IFNa-response as it could be documented by following the course of co-infected patients. Ad 4. Our studies also focused on the prevalence, transmission and relevance of GBV-C/HGV and TTV infections with respect to their role as hepatitis-inducing agents. We can show that both virus types are parenterally transmitted. There is a high prevalence for both types in patients confronted with risk factors for parenteral factors. From analysis of many patients being chronically infected with these viruses it became quite clear that they lack any important potency to provoke chronic liver disease.

Etwa 3% der Weltbevölkerung sind von dem Hepatitis-C-Virus-Infektion betroffen. Phänotyp der HCV-induzierten Lebererkrankung variiert stark von einem Patienten zum anderen. Die Wahrnehmung der viralen doppelsträngigen RNA (dsRNA) und einzelsträngigen RNA (ssRNA) durch den Toll-like-Rezeptor 3 (TLR3) bzw. TLR7 scheinen an der Früherkennung der Pathogene und an der Wirtsantwort auf viraler Infektion beteiligt zu sein. Darüber hinaus ist die membran-assoziierte Form des Endotoxin-Rezeptor-Bestandteils CD14 (mCD14) mit TLR3 in Intrazellulärräumen kolokalisiert und erweitert die dsRNA-Erkennung und TLR3-Signalleitung. Die vorliegende Arbeit analysiert epidemiologische und klinische Daten von Patienten kaukasischer Abstammung mit einer chronischen Hepatitis C in Bezug auf bestimmte Einzellnukleotidpolymorphismen (SNPs) mit relevanten minor allele frequencies (MAFs) in Genen, die für obengenannte Rezeptoren kodieren. Es wurde keine Assoziation von dem TLR3-Promotor-Polymorphism rs5743305 (T/A) mit TLR3-Genexpression gefunden, weder in peripheren mononukleären Zellen des Blutes (PBMCs) noch in der Leber; keine weitere Korrelation mit epidemiologischen und klinischen Parametern der chronischen Erkrankung waren zu beobachten. Andererseits, T-homozygote Patienten am rs3775291-(C/T)-Polymorphismus (der in Exon 4 lokalisierter nicht-synonymer SNP) zeigen Tendenz zu einer höheren TLR3-Genexpression in der Leber. Außerdem, unter HCV-subtyp-1a-infizierten Patienten sind keine T-Homozygoten zu finden. Im Unterschied zur Lage bei alkoholischer Lebererkrankung wurde in chronischen Hepatitis-C-Patienten keine Assoziation zwischen den Fibrosegrad und CD14-Gen-C-159T-Polymorphismus gefunden. Bei T-homozygoten Patienten wurden jedoch häufiger portale lymphoide Aggregaten gefunden als bei C-Allele-Trägern. Außerdem das Vorhandensein von portalen lymphoiden Aggregaten korrelierte eng mit der Leberentzündung und mit Gallengangsläsionen. Am Ende wurde der funktionelle nicht-synonyme SNP in Exon 3 des X-gekoppelten TLR7 Gens, rs179008/Gln11Leu, untersucht. Die Analyse war auf homo- und hemizygoten Personen, die mittels Allelspezifischentranskriptquantifizierung (ASTQ) in heterozygoten weiblichen Personen eingeordnet wurden, eingeschränkt. Es zeigte sich dabei ein individueller verzerrter Mosaizismus in PBMCs. Das variante T-Allel war nur mit der Anwesenheit der portalen lymphoiden Aggregaten assoziiert. Hepatische Viruslast und Expression der Gene, die bekannterweise bei einer chronischer HCV-Infektion induziert sind, unterschieden sich zwischen Wildtyp- und Variantallelträger nicht. Jedoch eine signifikant niedrigere Expression der interleukin-29 (IL-29)/lambda1 interferon (IFN-λ1) und beider Untereinheiten seines Rezeptors (IL-10 Rβ and IL-28Rα) war bei T-homo- und hemizygoten Patienten zu beobachten. Diese Tatsache könnte eher eine Auswirkung auf die Ansprechbarkeit auf zukünftige IFN- λ-basierte Therapie haben, als auf eine Vorhersage des Ausgangs der gängigen IFN-α-basierten Therapie.