A metagenômica trouxe novas perspectivas ao estudo de comunidades microbianas no ambiente, permitindo explorar tanto a diversidade taxonômica de microrganismos ainda não-cultivados, como o acesso direto a genes e vias metabólicas. Neste trabalho, foram construídas bibliotecas metagenômicas a partir de amostras de sedimentos de mangue da Baía de Guanabara (RJ), impactadas com hidrocarbonetos de petróleo e metais pesados. Proteobacteria (33,3%), bactérias afiliadas a redutoras-de-sulfato (29,7%) e Firmicutes (20%) representaram os grupos principais nas amostras ambientais, baseado em análises filogenéticas de rDNA 16S, ao passo que isolamentos seletivos utilizando diesel e naftaleno permitiram a recuperação preferencial de delta-Proteobacteria e actinomicetos. Bibliotecas metagenômicas dos sedimentos enriquecidos com óleo diesel, com insertos entre 25 e 35 Kb clonados em fosmídeos, foram triadas para detecção de genes catabólicos de monoxigenases (alkB1) e expressão de epóxido-hidrolases, esterases, lipases e monoxigenases em ensaios de alto desempenho (HTS, high throughput screening). Clones reativos a alkB1 foram detectados, porém não foram funcionais nas condições de HTS testadas. Nas bibliotecas de fosmídeos triadas, vários clones apresentaram atividade enzimática, sendo que dois apresentaram atividade de lipase-esterase com alta seletividade, elevada taxa de conversão de substratos e excesso enantiomérico (ee >99%). Os resultados de HTS comprovaram a eficiência do uso da clonagem direta de DNA ambiental na expressão de vias metabólicas de interesse com potencial de aplicação biotecnológica. / Metagenomics brought a new perspective to the study of microbial communities in the environment, enabling access to the taxonomic diversity of uncultured microorganisms, as well as direct access to genes and metabolic pathways. In the current study, metagenomic libraries were constructed from mangrove sediment samples of the Guanabara Bay (RJ, Brazil), impacted with oil hydrocarbons and heavy metals. Proteobacteria (33.3%), sulfate-reducing affiliated bacteria (29.7%) and Firmicutes (20%) represented the main groups in the environmental samples based upon 16S rDNA phylogenetic analysis, whereas selective isolation using diesel and naphtalene yielded delta-Proteobacteria and actinomycetes. Metagenomic libraries of diesel-enriched sediment samples, with 25 to 35 Kb fosmid inserts, were screened for detecting monooxigenase genes (alkB1) and expression of epoxide hydrolases, esterases, lipases and monooxigenases in high throughput screening (HTS) assays. Clones reactive to the alkB1 probe were detected, but were not functional under the HTS conditions used. Several functional clones were detected in the clone library, and two showed lipase-esterase activity with high rates of substrate conversion and enantiomeric ratio (ee >99%). The results obtained on HTS showed the efficiency of the direct cloning of environmental DNA for the expression of metabolic pathways with potential biotechnological application.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 glauciamariamfernandes_dissert.pdf: 1922219 bytes, checksum: f00f507bdc9bcdc1daa422a7965c5c41 (MD5) Previous issue date: 2013-12-12 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo / Introduction: The xenobiotics are exogenous substances to the organism, as N-nitrosamines, heterocyclic amines (HAs) and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs), can which result in DNA adducts formation. Polymorphisms in genes involved in the metabolism of xenobiotics could contribute to this process and modulate the development of cancer. Objectives: To investigate the CYP1A1*2A (rs4646903), CYP1A1*2C (rs1048943), CYP2E1*5B (rs2031920), CYP1E1*6 (rs6413432), Tyr113His EPHX1 (rs1051740) and His139Arg EPHX1 (rs2234922) polymorphisms related to the metabolism of xenobiotics, the risk of sporadic colorectal (SCRC) cancer, the interaction of these polymorphisms with lifestyle (smoking and drinking) and clinical and histopathological parameters and to evaluate the association of SCRC with socio-demographic factors. Methods: A case-control study was conducted in 641 subjects in the Brazilian population (241 patients with colorectal cancer and 400 controls (individuals without a history of cancer). Real-Time PCR and PCR-RFLP was performed for genotyping. Statistical analysis was performed using the chi-square tet and multiple logistic regression binary. Results: The results showed statistically significant differences between the case and control groups for age greater than 50 years (OR=8.21, 95%CI=5.49-12.28, p<0.01) and male gender (OR=0.50, 95%CI=0.32-0.87, p<0.01) The analysis of polymorphisms revealed an association between the alleles polymorphic CYP2E1*5B (OR=2.84, 95%CI=1.78-4.52, p<0.01, additive model) and CYP2E1*6 (OR=2.78, 95%CI=1.91-4.06, p<0.01, additive model) and the SCRC. Tumor size, lymph node involvement and disease primary site were not associated with polymorphisms. Conclusion: The CYP2E1*5B and CYP2E1*6 polymorphisms are involved in the risk of SCRC and individuals with age &#8805; 50 years are more susceptible to this tumor type, of males are less susceptible. / Introducão: Os xenobióticos são substâncias exógenas ao organismo, tais como as N-nitrosaminas, aminas heterocíclicas (HAs) e hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs), que podem formar adutos de DNA. Polimorfismos em genes envolvidos no metabolismo dos xenobióticos podem contribuir com este processo e, consequentemente, modular o desenvolvimento de câncer. Objetivos: Investigar os polimorfismos CYP1A1*2A (rs 4646903), CYP1A1*2C (rs1048943), CYP2E1*5B (rs 2031920), CYP1E1*6 (rs 6413432), EPHX1 Tyr113His (rs1051740) e EPHX1 His139Arg (rs2234922), relacionados com o metabolismo dos xenobióticos, no risco de câncer de colorretal esporádico (CCRE), a interação desses polimorfismos com os hábitos de vida (tabagismo e etilismo) e parâmetros clínico-histopatológicos e avaliar a associação do CCRE com os fatores sócio-demográficos. Os Métodos: Um estudo caso-controle foi realizado em 641 indivíduos da população brasileira (241 pacientes com câncer de coloretal e 400 controles (indivíduos sem histórico de câncer). As técnicas de PCR em Tempo Real e PCR-RFLP foram realizadas para a genotipagem dos polimorfismos. A análise estatística utilizou os testes de Qui-Quadrado e Regressão Logística Múltipla Binária. Resultados: Os resultados mostraram diferenças estatisticamente significantes entre os grupos caso e controle para idade superior a 50 anos (OR=8,21; IC95%=5,49-12,28, p<0,01) e gênero masculino (OR=0,50; IC95%=0,32-0,87, p<0,01). A análise dos polimorfismos revelou associação entre os alelos polimórficos CYP2E1*5B (OR=2,84; IC95%=1,78-4,52; p<0,01, modelo aditivo) e CYP2E1*6 (OR=2,78; IC95%=1,91-4,06, p<0,01, modelo aditivo) e o CCRE. O tamanho do tumor, envolvimento de linfonodos e sítio primário da doença não foram associados com os polimorfismos. Conclusão: Os polimorfismos CYP2E1*5B e CYP2E1*6 estão envolvidos no risco de CCRE e indivíduos com idade superior ou igual a 50 anos são mais suscetíveis a este tipo tumoral, enquanto aqueles do gênero masculino são menos suscetíveis.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-09T18:04:23Z No. of bitstreams: 1 andre_b_veloso_ioc_bp_0047_2011.pdf: 4592043 bytes, checksum: a2b54a8751c7c9a32fe93ed74e1392a6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-09T18:04:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 andre_b_veloso_ioc_bp_0047_2011.pdf: 4592043 bytes, checksum: a2b54a8751c7c9a32fe93ed74e1392a6 (MD5) Previous issue date: 2011 / FAPERJ / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / No presente trabalho, as atividades proteolíticas de extratos totais das fases pré-imaginais (ovos, larvas e pupa) e de imagos (machos e fêmeas), de Cx. quinquefasciatus foram caracterizadas por enzimografia em uma dimensão. Adicionalmente, o perfil proteolítico dos órgãos internos dos adultos (intestino e gônadas) foi analisado. Ao se comparar o perfil proteolítico das distintas fases evolutivas, observou-se que esses perfis apresentam diferenças qualitativas e quantitativas na expressão de peptidases. As atividades proteolíticas de todos os estágios do inseto são devidas, principalmente, a serinopeptidases do tipo tripsina, com atividades ótimas na faixa de pH alcalino. As tripsinas ativas dos quatro estádios larvais apresentam ampla estabilidade térmica, sendo ativas entre 25 °C – 65 °C, com atividade ótima entre 37 °C – 50 °C.. O perfil proteolítico dos imagos revelou que a expressão de algumas peptidases do tipo tripsina é sexo-específica e órgão-específica, sendo o perfil proteolítico das fêmeas mais complexo em número e intensidade quando ao perfil dos machos. Finalmente, o primeiro mapa proteômico parcial do intestino de fêmeas de Cx. quinquefasciatus foi obtido por eletroforese bidimensional e as proteínas foram identificadas por espectrometria de massas. / In this work, the proteolytic activities from total extracts of pre-imaginal stages (eggs, larvae and pupa) and adults (male and female) of peptidases of Cx. quinquefasciatus were characterized by one-dimensional zymography. In addition, the proteolytic profile from specific tissues such as gut and gonads was analyzed. Comparison of the proteolytic profiles from all life cycle stages revealed several quali- and quantitative differences in the peptidase expression. The proteolytic activities from both pre-imaginal and imaginal stages are mostly due to trypsin-like serine peptidases which display optimal activities at alkaline pH. The proteolytic enzymes of the four larval stages exhibited a broad thermal stability, showing activities in a range of 25 °C – 65 °C, with optimal activity between 37 °C – 50 °C. The proteolytic profile from imaginal stages revealed that the expression of some peptidase isoforms is sex-specific and tissue-specific. In addition, it was observed that the proteolytic profile from females is more complex, both in number of activities and in intensity levels, than that observed in males. Finally, it is reported here the first proteomic map of Cx. quinquefasciatus female gut obtained by two-dimensional electrophoresis and mass spectrometry analysis.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-25. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:12Z : No. of bitstreams: 1 Publico-12837a.pdf: 1258726 bytes, checksum: a7e0f280ec3b88f2f775c2b325704cd7 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:12Z : No. of bitstreams: 2 Publico-12837a.pdf: 1258726 bytes, checksum: a7e0f280ec3b88f2f775c2b325704cd7 (MD5) Publico-12837b.pdf: 2043061 bytes, checksum: 4edc37b57c73112ae7353868a78233ca (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:12Z : No. of bitstreams: 3 Publico-12837a.pdf: 1258726 bytes, checksum: a7e0f280ec3b88f2f775c2b325704cd7 (MD5) Publico-12837b.pdf: 2043061 bytes, checksum: 4edc37b57c73112ae7353868a78233ca (MD5) Publico-12837c.pdf: 1773766 bytes, checksum: 56addbd5601cb4e7336afb640ed56fe8 (MD5) / Objetivo: O prolapso de órgãos pélvicos (POP) resulta da falha na sustentação do assoalho pélvico, e anormalidades do tecido conjuntivo podem estar envolvidas na etiologia e/ou na progressão da disfunção. Analisar-se-á a expressão diferencial de genes e de proteínas que participam da biossíntese do colágeno e da elastina: lisil oxidases (LOXs), fibulina-5, fibrilinas-1 e -2 e pró-colágeno C proteinase (PCP/BMP1), no tecido vaginal de mulheres sem e com POP acentuado consoante seu estado hormonal. Casuística e Métodos: Durante a histerectomia total, biópsias de parede vaginal anterior foram obtidas de mulheres caucasianas na pré-menopausa (fase proliferativa do ciclo menstrual) e na pós-menopausa com POP acentuado (POPQ estadio III e IV), e de controles assintomáticas (POPQ 0). RNAm e proteínas totais foram extraídos usando Trizol e RIPA Buffer, e os genes e proteínas de interesse quantificados por RT-PCR em tempo real e Imunobloting, respectivamente. As seguintes análises comparativas foram realizadas: (1) expressão dos genes e das proteínas da família LOX (LOX e LOXL1-4), fibulina-5 e fibrilinas- 1 e -2 em pacientes na pré-menopausa com e sem POP; (2) expressão do gene e da proteína PCP/BMP1 em pacientes na pré- e pós-menopausa com POP, e respectivos controles. Os testes de Wilcoxon signed-rank e Fisher foram usados para as análises estatísticas (p<0.05). Resultados: Obtivemos amostras de 15 pacientes e 11 controles na pré-menopausa para o estudo (1), e 39 pacientes na pré-menopausa (POP=23 e Controle=16) e 18 na pósmenopausa (POP=13 e Controle=5) para o estudo (2). A partir das análises, observamos (1) diminuição significativa na expressão dos genes LOX, LOXL1 e LOXL3, bem como nas proteínas LOX e LOXL3 no tecido vaginal de pacientes POP na pré-menopausa comparadas com mulheres assintomáticas (p<0.05); (2) hipoexpressão do gene PCP/BMP1 nos tecidos vaginais de mulheres com POP acentuado comparadas com controles, tanto na prémenopausa como na pós-menopausa (ambos p=0.01); redução significativa das isoformas 130kDa, 92,5kDa e 82,5kDa da PCP/BMP1 no tecido vaginal de pacientes na pósmenopausa (p=0.01), bem como hiperexpressão da isoforma 130kDa nas mulheres com POP acentuado na pré-menopausa (p=0.009), comparadas com as respectivas controles. Conclusão: As expressões das enzimas LOXs e pró-colágeno C proteinase estão alteradas no tecido vaginal de mulheres com POP, e são moduladas pelo estado hormonal. A alteração na regulação destas enzimas, envolvidas na biossíntese da matriz extracelular, pode contribuir para deficiente síntese do tecido conjuntivo e do suporte vaginal, e estar envolvida no desenvolvimento do POP. / Objective: Pelvic organ prolapse (POP) results from the failure of pelvic floor support, and connective tissue abnormalities may be involved in the etiology and/or progression of the dysfunction. We aimed to analyze the differential expression of genes and proteins related to the collagen and elastin biogenesis: lysyl oxidases (LOXs), fibulin-5, fibrillin -1 and -2, and procollagen C proteinase (PCP/BMP1) in vaginal tissue of women without and with advanced POP controlled by hormonal status. Materials and Methods: During total hysterectomy, anterior vaginal wall biopsies were obtained from Caucasian premenopausal women (proliferative phase of menstrual cycle) and postmenopausal women with severe POP (POPQ stage III and IV) and asymptomatic controls (POPQ 0). Total mRNA and protein were extracted using Trizol and RIPA buffer, and the genes and proteins of interest were quantified by real-time RT-PCR and Immunoblotting, respectively. The following analysis were performed: (1) expression of LOX family genes and proteins (LOX and LOXL1-4), fibulin-5, fibrillin-1 and -2 in premenopausal women with and without POP; (2) PCP/BMP1 gene and protein expression in vaginal tissue of pre- and postmenopausal POP women, and respective controls. Wilcoxon signed-rank and Fisher tests were used for statistical analysis (p<0.05). Results: Samples from 15 premenopausal patients and 11 controls were obtained for study (1); 39 premenopausal (POP=23 and Control=16) and 18 postmenopausal women samples (POP=13 and Control=5) for study (2). We observed: (1) significant decrease in expression of LOX, LOXL1 and LOXL3 genes, as well as LOX and LOXL3 proteins in vaginal tissue of premenopausal POP patients compared with asymptomatic women (p<0.05); (2) PCP/BMP1 gene downregulation in the vagina of women with severe POP compared with controls, in both premenopausal and postmenopausal phase (both p=0.01); significant reduction of 130 kDa, 92.5 kDa and 82.5 kDa PCP/BMP1 isoforms in vaginal tissue of postmenopausal patients (p=0.01), and 130 kDa isoform upregulation in premenopausal women with severe POP (p=0.009), compared with their respective controls. Conclusion: The expression of LOXs enzymes and PCP/BMP1 are altered in vaginal tissue of women with severe POP, and are modulated by hormonal status. Dysregulation of these enzymes involved in the extracellular matrix biogenesis may contribute to impaired tissue and vaginal support, and may be involved in POP development. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações