Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T16:33:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosExon.pdf: 1535534 bytes, checksum: b86ae2c45bbee081ed98e730a5d77b7f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-03-31T14:58:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosExon.pdf: 1535534 bytes, checksum: b86ae2c45bbee081ed98e730a5d77b7f (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-31T14:58:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_InvestigacaoPolimorfismosExon.pdf: 1535534 bytes, checksum: b86ae2c45bbee081ed98e730a5d77b7f (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2008 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / UNESCO - Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura / No presente estudo foram investigadas as freqüências das mutações no éxon 1 do gene MBL em um grupo de 128 pacientes com Aids, 116 portadores assintomáticos da infecção pelo HIV-1, 84 mulheres soronegativas profissionais do sexo, com comportamentos de alto risco e 99 indivíduos controles soronegativos, com o objetivo de avaliar a ocorrência de uma possível associação entre os polimorfismos neste gene e a infecção pelo HIV-1. A identificação dos alelos MBL *A, *B, *C e *D foi realizada por meio da reação em cadeia mediada pela polimerase, utilizando sequências de iniciadores específicos e posterior digestão enzimática (RFLP). As análises das frequências alélicas e genotípicas do éxon 1 não mostraram qualquer diferença significativa entre pacientes soropositivos (assintomáticos e Aids) e soronegativos (controle e controle de alto risco) (p>0,05). Não foram observadas associações significativas entre a presença de co-infecções e as variantes alélicas. Entretanto, tuberculose, neurotoxoplasmose, candidíase, neurocriptococose e pneumonia foram as co-infecções com maior prevalência. As associações entre o número de linfócitos TCD4+, a carga viral plasmática e os polimorfismos no éxon 1 do gene MBL nos pacientes com Aids e portadores assintomáticos não foram estatisticamente significante. Desse modo, pode-se sugerir a ausência de associação entre estes polimorfismos e a susceptibilidade à infecção pelo HIV-1, destacando a necessidade de estudos adicionais para determinar se estes polimorfismos apresentam qualquer impacto associado à infecção ou a progressão para a Aids. / The present study investigated the frequency of the mutations in the exon 1 of the MBL gene in a sample of 128 Aids patients, 116 HIV-1 infected asymptomatic individuals, 84 healthy sex worker women with high risk behavior and 99 healthy control individuals, in order to evaluate the occurrence of a possible association between the polymorphisms and HIV-1 infection. The MBL*A, *B, *C and *D alleles identification was performed through a polymerase chain reaction (PCR) followed by restriction endonucleases analyses (RFLP). The analysis of allele and genotype frequencies in the exon 1 of MBL gene did not show any differences between seropositives patients (asymptomatic and Aids individuals) and seronegatives individuals (healthy and high risk controls) (p>0,05). It was not show significant associations between the presences of other related infections and the presence of the alleles variant. However, tuberculosis, toxoplasmosis of the brain, candidosis, meningitis by cryptococcos and pneumonia was the most prevalent co-infections. Associations between the MBL gene polymorphisms and the number of CD4+ T-cells and plasma viral load in the Aids and asymptomatic patients were not statistically significant. Therefore, it has been suggested the absence of association between the polymorphisms and the HIV-1 infection susceptibility, emphasizing the need for further studies to determinate if the present polymorphisms have any impact associated with infection or the progression to Aids.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-12T14:44:00Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PolimorfismosComplexoGenes.pdf: 927640 bytes, checksum: bd6afda9c1ca1e9607125629c5be9466 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T17:11:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PolimorfismosComplexoGenes.pdf: 927640 bytes, checksum: bd6afda9c1ca1e9607125629c5be9466 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T17:11:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_PolimorfismosComplexoGenes.pdf: 927640 bytes, checksum: bd6afda9c1ca1e9607125629c5be9466 (MD5) Previous issue date: 2008 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A hanseníase é uma infecção crônica e granulomatosa da pele e nervos periféricos, que infecta principalmente macrófagos e células de Schwann. A Organização Mundial de Saúde classifica a hanseníase em duas formas polares: multibacilar e paucibacilar, de acordo com o índice baciloscópico e a resposta imune do hospedeiro. As células natural killer (NK) têm um importante papel na infecção, sendo a primeira forma de defesa contra organismos intracelulares. As células NK utilizam muitos tipos de receptores de superfície celular, como os receptores imunoglobulina-símiles de célula NK (KIR), que podem inibir ou ativar a resposta citolítica de NK, através do reconhecimento de moléculas do complexo de histocompatibilidade principal (MHC) de classe I na célula alvo. Nesse estudo caso controle, a presença ou ausência de 15 genes KIR e seus ligantes HLA-C foram investigadas, na intenção de se descrever sua variabilidade genotípica, associação com a hanseníase e sua evolução clínica. A genotipagem do complexo de genes KIR e dos grupos NK1 e NK2 de HLA-C foi feita por PCR-SSP em 105 pacientes e 104 controles. KIR2DL2 e KIR2DL3, na presença do seu ligante HLA-Cw parece predispor à hanseníase (p=0,046; X²= 3,97; OR=1,99; IC 95%= 1,00-3,97). Além disso, a prevalência da hanseníase ao redor do mundo e as freqüências de KIR2DL2 se correlacionaram positivamente. Esse achado, juntamente com a associação entre KIR2DL3 e a tuberculose, descrita por outros autores, sugere que esses genes de receptores inibitórios predispõem à doença. Adicionalmente, o gene KIR2DS2 foi associado com o desenvolvimento da hanseníase paucibacilar (p=0,009; X²= 7,23; OR=3,97; IC 95%= 1,37-9,96), possivelmente modulando o desenvolvimento para a forma mais branda da doença. / Leprosy is a chronic and granulomatous disease of the skin and peripheral nerves, that infects mainly macrophages and Schwann cells. The World Health Organization classifies leprosy in two polar forms: multibacillary and paucibacillary, according to the bacillary index and the immune response from the host. Natural killer (NK) cells play an important role during infection, since it constitutes the first defense against intracellular organisms. NK cells utilize many types of cellular surface receptors, as killer immunoglobulin-like receptors (KIR) that may inhibit or activate NK cytolytic response, through recognizing major histocompatibility complex (MHC) class I molecules on the target cell. In this case-control study, the presence o absence of 15 KIR genes and their HLA-C ligands were investigated, aiming to describe their genotypic variability, association with leprosy infection and clinical progression. Genotyping of KIR repertoire and HLA-C NK1 and NK2 groups was performed by PCR-SSP in 105 patients and 104 controls. KIR2DL2 and KIR2DL3, in the presence of its HLA-Cw ligand, may predispose to leprosy (p=0,046; X²= 3,97; OR=1.99; 95% CI=1.00-3.97). Additionally, worldwide leprosy prevalence and KIR2DL2 frequencies were positively correlated. This find, along with the association between KIR2DL3 and tuberculosis described by other authors, suggests that these inhibitory receptor genes predispose to the disease. Besides, KIR2DS2 was associated with the development paucibacillary leprosy (p=0,009; X²= 7,23; OR=3,7; 95% CI=1,37-9,96), possibly modulating the development toward the mild form of the disease.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T17:45:53Z No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T13:41:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Yanna Andressa Ramos de Lima - 2014.pdf: 3948681 bytes, checksum: 03820f7151617bba515baa141492f753 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-07-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / HIV-1 mother-to-child-transmission (MTCT) is a multifactorial event associated mainly with maternal viral load. Thus, the molecular epidemiology of HIV-1 and the evaluation of factors associated with MTCT in pregnant women are crucial for epidemic understanding and monitoring in this population. Objectives: To assess the frequency of recent seroconversion cases among newly diagnosed, antiretroviral (ARV) naïve pregnant women and evaluation of pregnancy outcomes and transmitted drug resistance (TDR) in this group; to compare sociodemographical, clinical, genetic diversity of the virus and resistance among young and adult pregnant women. Methods: HIV-1-infected pregnant women (n = 250) were recruited during antenatal care conducted by the Program for the Protection of Pregnant Women from Goias State (PPPW/GO). Recent cases of seroconversion were identified by BED-CEIA among naïve pregnant women and confirmed by ambiguous nucleotide calls. Pol gene (protease/PR and 2/3 of the reverse transcriptase/RT) was sequenced from plasma samples. Resistance mutations were evaluated by Calibrated Population Resistance tool and Stanford HIV-1 and International AIDS Society-USA (IAS-USA) databases. Viral subtypes were assigned by REGA software and phylogenetic analyzes with reference sequences. Results: Cases of recent seroconversion (RS) were identified in 16.6% of 95 newly diagnosed, ARV-naïve pregnant women. Medians of CD4+ cell count and viral load were 530 cells/μL and 8,796.5 copies/mL, respectively. Nine patients with RS probably seroconverted during pregnancy. One case of MTCT was observed among pregnant women with RS. Incident cases presented a predominance of isolates assigned as subtype B. There was no difference regarding the distribution of non-B subtypes. The amont of 250 pregnant women recruited were divided into two distinct age groups: adolescents and young (96/250, 38%) and adult women (154/250, 62%). When compared with the adult group, young women had fewer previous pregnancies and they were diagnosed mainly in the current pregnancy. One case of MTCT was identified in both groups (2/250, 0.8%). The CD4+ cell counts were similar between both groups. Viral load was significantly higher among ARV-naïve pregnant adolescents (15-19 years) when compared with the group of ARV-naïve pregnant adults (>24 years). Young pregnant women previously exposed to ARVs were less likely to have viral load <1,500 copies / mL. The distribution of HIV-1 subtypes was similar in both groups and recombinant subtypes with similar recombination points were identified among both groups. The frequency of transmitted resistance was similar between young and adult women (9.5% and 7.1%, respectively). The frequency of secondary resistance was higher among adult pregnant women compared with younger women (21.8% and 12.8%, respectively). Conclusions: Recent seroconversion during pregnancy associated with moderate levels of transmitted resistance may contribute to vertical transmission of HIV-1. Preventive measures should include adolescents and young women as an attempt to control the vertical transmission of HIV-1 in Central Western region, Brazil. / A transmissão vertical do HIV-1 é um evento multifatorial em que a carga viral materna desempenha importante papel. Assim, a epidemiologia molecular do HIV-1 em gestantes e a avaliação de fatores associados com a transmissão vertical são cruciais para a compreensão e monitoramento da epidemia nessa população. Objetivos: Avaliação da frequência de casos de soroconversão recente entre gestantes recém-diagnosticadas, virgens de tratamento e avaliação dos desfechos da gestação nesse grupo e da frequência de resistência transmitida. Comparação entre os fatores sociodemográficos, clínicos, de diversidade genética do vírus e perfil de resistência entre gestantes jovens e adultas. Métodos: Gestantes infectadas por HIV-1 (n=250) foram recrutadas durante o pré-natal realizado pelo Programa de Proteção à Gestante/GO. Os casos de soroconversão recente em pacientes virgens de tratamento com diagnóstico recente foram identificados pelo teste imunoenzimático BED-CEIA e confirmados pela análise molecular de bases ambíguas em pol. O gene pol (protease/PR e 2/3 da transcriptase reversa/RT) foi sequenciado a partir de amostras de plasma. As mutações de resistência foram avaliadas pela ferramenta Calibrated Population Resistance tool e pelos bancos de dados Stanford HIV-1 Database e International AIDS Society-USA (IAS-USA). Os subtipos virais foram definidos pelo software REGA e análises filogenéticas com sequências de referência. Resultados: Casos de soroconversão recente (SR) foram identificados em 16,6% das 95 gestantes recém-diagnosticadas e virgens de tratamento. A mediana da contagem de células CD4+ foi 530 células/μL e da carga viral foi 8796,5 cópias/mL. Nove pacientes com SR (82%) provavelmente soroconverteram durante a gestação. Um caso de transmissão vertical foi observado entre as gestantes com SR. Os casos incidentes apresentaram predomínio de isolados com subtipo B. Não houve diferença com relação à distribuição dos outros subtipos. As 250 gestantes recrutadas foram divididas em dois grupos etários distintos: adolescentes e jovens (96/250, 38%) e adultas (154/250, 62%). Quando comparadas com as adultas, as gestantes jovens apresentaram menor número de gestações prévias e foram diagnosticadas principalmente na gestação atual. Um caso de transmissão vertical da infecção foi identificado em cada um dos grupos (2/250, 0,8%). A contagem de células CD4+ foi similar entre ambos os grupos. O grupo de gestantes adolescentes (15-19 anos), virgens de tratamento, apresentou carga viral significativamente mais alta que o grupo de gestantes adultas. As gestantes jovens previamente expostas aos ARVs tinham menor probabilidade de apresentar carga viral <1500 cópias/mL. A distribuição de subtipos do HIV-1 foi similar em ambos os grupos e foram identificados subtipos recombinantes com ponto de recombinação similar entre os dois grupos. A frequência de resistência transmitida foi similar entre as gestantes jovens e adultas (9,5% e 7,1%, respectivamente). A frequência de resistência secundária foi maior entre as gestantes adultas quando comparadas com as gestantes jovens (21,8% e 12.8%, respectivamente). Conclusões: A soroconversão recente na gestação associada com níveis moderados de resistência transmitida pode contribuir para a transmissão vertical do HIV-1. Políticas preventivas devem incluir a população de adolescentes e jovens como tentativa de controlar a transmissão vertical do HIV-1, na região Centro-Oeste do Brasil.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_neida_lucia_conrad.pdf: 1248896 bytes, checksum: effbf3a6777d64f323ea5206861ef2dd (MD5) Previous issue date: 2013-03-12 / The infectious bronchitis (IB) is an acute and highly contagious disease caused by a coronavirus that infects mainly cells of the respiratory and genitourinary of chicken. The economic importance of this disease results from decreased production, such as internal and external quality of eggs, reduced hatchability, feed efficiency and weight gain, increased mortality, condemnation of carcasses at slaughter, and also with drugs spending to suppress secondary bacterial infections. The diagnosis of IB is based on virus isolation, together with serology. The use of monoclonal antibodies (MAbs) has been collaborated to diagnosis of this type of disease, but their use are still limited because the MAbs used are imported, increasing the cost of such methodologies. This work reports the production, characterization and application of MAbs against the virus of infectious bronchitis (IBV). For the production of MAbs, Balb/c mice were immunized intraperitoneally with classic IBV (M41) or variant IBV. We generated two hybridomas secreting MAbs anti-IBV (IgM isotype) from the fusion of B-lymphocytes from a mouse immunized with the variant IBV and myeloma cells. Following the characterization by ELISA and Western blot, it was observed that MAbs recognize the IBV classic and variant, showing more intense reactions with IBV variant. The AcM 2 G4 seems to be specific for protein S1. The applicability of the MAbs was assessed using the immunohistochemistry technique on histological tissues of birds inoculated experimentally with classic IBV. These MAbs anti-IBV had the same pattern of label of the MAb used as positive control, labeling predominantly inflammatory cells. This result can be explained by the fact that in severe cases of infection with IBV, the antigen may be located also in inflammatory cells. It was concluded that the MAbs obtained have potential for use in immunodiagnostic for IB. / A bronquite infecciosa das galinhas (BI) é uma doença aguda, altamente contagiosa, causada por um Coronavírus que infecta principalmente células dos aparelhos respiratório e genito-urinário das galinhas. A importância econômica dessa doença decorre da diminuição na produção e qualidade interna e externa dos ovos, da redução da eclodibilidade, da diminuição da eficiência alimentar e do ganho de peso e do aumento da mortalidade e da condenação de carcaças ao abate, além dos gastos com medicamentos para debelar infecções bacterianas secundárias. A confirmação do diagnóstico de BI é baseada no isolamento viral, em conjunto com a sorologia. O uso de anticorpos monoclonais (AcMs) tem colaborado e facilitado o diagnóstico desse tipo de enfermidade, porém seu uso ainda é limitado, pois os AcMs utilizados são importados, elevando o custo de tais metodologias. Este trabalho relata a produção, caracterização e aplicação de AcMs contra o vírus da bronquite infecciosa das galinhas (VBI). Para a produção dos AcMs, camundongos Balb/c foram imunizados intraperitonealmente com o VBI clássico (M41) local ou com o variante. Foram gerados dois hibridomas secretores de AcMs anti-VBI do isotipo IgM a partir da fusão entre os linfócitos B de um camundongo imunizado com o VBI variante e células de mieloma. Foi observado, na caracterização por ELISA indireto e Western blot, que os AcMs reconhecem o VBI clássico e variante, sendo as reações com o VBI variante mais intensas. O AcM 2G4 parece ser específico para a proteína S1. A aplicabilidade dos AcMs foi avaliada através da técnica de imuno-histoquímica em tecidos de aves inoculadas experimentalmente com o VBI clássico. Os AcMs anti-VBI apresentaram o mesmo padrão de marcação que o AcM utilizado como controle positivo, ou seja, marcaram predominantemente células inflamatórias. Este resultado pode ser explicado pelo fato de que, em casos mais severos da infecção por VBI, o antígeno pode ser localizado também em células inflamatórias. Concluiu-se que os AcMs obtidos apresentam potencial para uso no imunodiagnóstico para BI.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_vanessa_galli.pdf: 1411317 bytes, checksum: f2cb4b3ef71fd9550e04ca13f65ab510 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Mycoplasma hyopneumoniae is the causative agent of Porcine Enzootic Pneumonia (PEP), one of the most common respiratory diseases in swine industry worldwide. Commercially available vaccines are inactivated whole-cell preparations (bacterin), which provide only partial protection and do not prevent microorganism colonization. In this context, it is necessary to search new alternatives prophylaxis. Potential antigens are being tested in different vaccination strategies; however none was more efficient than commercial bacterins for PEP control. This work aimed the production and evaluation of antigenicity and immunogenicity of M. hyopneumoniae antigens delivered as naked DNA and/or recombinant subunit vaccines, aiming the development of a vaccine against PEP. Recombinant subunit vaccines were obtained by the expression of eleven M. hyopneumoniae recombinant proteins in E. coli and purification by affinity chromatography, whereas the DNA vaccines were obtained by cloning four M. hyopneumoniae genes in pcDNA3 vector. Recombinant proteins antigenicity was verified against convalescent pig serum. The humoral and cellular immune response elicited by these vaccines was evaluated in mice immunized intramuscularly. All recombinant proteins evaluated were recognized by convalescent pig serum, in ELISA and/or Western blot assay, especially MHP0418, indicating that they are expressed during disease. These recombinant proteins, as well as P37, P42, P46 and P95 showed immunogenic capacity, eliciting both Th1 and Th2 immune response. The P37, P42, P46 and P95, and the DNA vaccine pcDNa3/P46 were also able to elicit INFγ expression, the cytokine associated with cellular immune response, and decrease TNFα and IL1 expression, both associated with pig lesions, during M. hyopneumoniae infeccion, suggesting their potencial as candidate vaccines. The immunization strategy using proteins combinated potencialized the immune response, and the MHP0443 and MHP0372 proteins were the main responsable for the Mix1 and Mix2 immunogenicity, respectivally. Moreover, MHP0107, MHP0418 and MHP0372 elicited antibodies that react against proteins from M. hyopneumoniae strains 7448, 4722 and J, and did not show cross reaction with M. hyohinis and M. flocculare. Thus, these proteins could be used in imunodiagnosis assay. / Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da Pneumonia Enzoótica Suína (PES), uma das doenças respiratórias de maior incidência na criação de suínos no mundo. As vacinas disponíveis comercialmente consistem de células inteiras inativadas (bacterina), as quais proporcionam apenas uma proteção parcial e não previnem a colonização pelo microrganismo. Neste contexto, faz-se necessária a busca de novas alternativas para a profilaxia da PES. Alguns antígenos vêm sendo testados em diferentes sistemas de vacinação, porém nenhum deles foi mais eficiente que as bacterinas comerciais no controle da PES. Este trabalho teve como objetivo a produção e avaliação da antigenicidade e imunogenicidade de antígenos de M. hyopneumoniae administrados como vacinas de DNA e/ou subunidade recombinante, visando o desenvolvimento de uma vacina contra a PES. As vacinas de subunidade recombinante foram obtidas através da expressão de onze proteínas recombinantes de M. hyopneumoniae em E. coli e purificação por cromatografia de afinidade, enquanto que as vacinas de DNA foram obtidas pela clonagem de quatro genes de M. hyopneumoniae no vetor pcDNA3. A antigenicidade das proteínas recombinantes foi verificada confrontando-as com soro de suínos convalescentes. A imunidade humoral e celular destas vacinas foi avaliada em camundongos imunizados intramuscularmente. Todas as proteínas recombinantes avaliadas foram reconhecidas pelo soro de animais convalescentes, em ensaios de ELISA e/ou Western blot, em especial a proteína MHP0418, indicando serem expressas durante o processo infeccioso. Estas proteínas recombinantes, bem como P37, P42, P46 e P95 apresentaram capacidade imunogênica, induzindo ambas as respostas imune Th1 e Th2. As proteínas P37, P42, P46 e P95, e a vacina de DNA pcDNa3/P46 também foram capazes de induzir a expressão de INFγ, citocina associada a resposta imune celular e reduzir a expressão de TNFα e IL1, relacionadas com as lesões em suínos, durante infecção por M. hyopneumoniae, sugerindo o potencial destas como candidatas vacinais. A estratégia de imunização utilizando proteínas combinadas potencializou a resposta imune, sendo que as proteínas MHP0443 e MHP0372 foram as principais responsáveis pela imunogenicidade induzida pelos Mix1 e Mix2, respectivamente. Além disso, MHP0107, MHP0418 e MHP0372 induziram anticorpos que reagiram especifiamente contra proteínas das cepas 7448, 4722 e J de M. hyopneumoniae, não apresentando reação cruzada com M. hyohinis e M. flocculare, podendo, portanto, serem utilizadas em ensaios de imunodiagnóstico.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T16:44:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirus.pdf: 1170321 bytes, checksum: da4e03bfc36fd6fcd133e64edcce5f7d (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-13T17:24:06Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirus.pdf: 1170321 bytes, checksum: da4e03bfc36fd6fcd133e64edcce5f7d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-13T17:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirus.pdf: 1170321 bytes, checksum: da4e03bfc36fd6fcd133e64edcce5f7d (MD5) Previous issue date: 2006 / A distribuição geográfica da infecção pelo Vírus Linfotrópico de Células T HTLV 1/2 humanas 1 e 2 é ampla, porém existem áreas de maior endemicidade e também particularidades de acordo com o tipo de HTLV. O HTLV-1 apresenta maior soroprevalência no sudoeste do Japão, no Caribe, na América Central, nas diferentes regiões da América do Sul e nas porções centrais e ocidentais da África e Melanésia. Enquanto o HTLV-2 parece acometer grupos populacionais distintos, como as populações nativas de indígenas das Américas do Norte, Central e Sul, pigmeus da África Central, mongóis na Ásia e também usuários de drogas injetáveis. O trabalho realizado teve como objetivo descrever a epidemiologia molecular do HTLV em três populações distintas do estado do Amapá, que foram: pacientes HIV/AIDS infectado, população afro-descendente e finalmente indivíduos atendidos no Laboratório Central de Saúde Pública do Amapá (LACEN-AP), encaminhados para diagnóstico de HTLV. As amostras foram avaliadas para a presença do vírus por métodos sorológicos (ELISA e Western blot) e moleculares (amplificação gênica e caracterização de segmentos das regiões pX e env pela análise de polimorfismo de fragmentos de restrição por ação de endonuclease. Os resultados obtidos nas diferentes populações foram na população de indivíduos infectados pelo HIV/AIDS, todas as amostras foram negativas, na população afro-descendente, apenas uma amostra apresentou positividade na sorologia pelo método de ELISA, porém foi negativa no Western blot e quando submetida ao método molecular, não houve amplificação. No entanto, entre os indivíduos encaminhados para diagnóstico de HTLV, 06 (seis) amostras foram positivas, e dessas, 05 (cinco) foram confirmadas por Western blot e pelo método molecular. O resultado molecular demonstrou a presença de HTLV-1. / The geographical distribution of the infection by human T-cell lymphotropic virus 1/2 – HTLV 1 / 2 is extensive, nevertheless, there are areas that are more endemic and have more particularities depending on the HTLV type. The HTLV 1 shows a bigger occurrence in south west of Japan, Caribbean, Central America, in different regions of South America and in parts of Central, as well as in western Africa, while HTLV-2, seems to assault distinct groups of people, such as Indians native people from North, Central and South America, Pigmies from Central Africa, Mongols in Asia as well as in infecting drug users. The present work had as objective describing HTLV molecular epidemiology, in three different populations the State of Amapá, they are: HIV/IDS positive patients, Afro-descenig population and individuals assisted of Public Health Center Laboratory of Amapá – LACEN-AP, directed for diagnosis of HTLV. The samples were tested for the presence of virus using serological (ELISA and Western blot) and molecular assays (gene amplification and restriction fragment length polymorphism from pX and env for the analysis of polimorfismo o restriction fragments for endonuclease action. The obtained results in different populations are In the population of HIV infected people, all the samples were negative; in the Afro-desceding population, only one sample was positive confirmed by serological test (ELISA), but negative according to western blot test and submitted to the molecular analysis, there wast not amplification. However, among samples of individuals directed for diagnosis of HTLV, 06 (six) were positive, 5(five) out of 6/them were confirmed by western blot test. The molecular result demonstrated the presence of HTLV-1.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T15:35:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoFatoresRisco.pdf: 443800 bytes, checksum: d37908afb422ab24a201164564bfd50e (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-14T16:58:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoFatoresRisco.pdf: 443800 bytes, checksum: d37908afb422ab24a201164564bfd50e (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-14T16:58:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoFatoresRisco.pdf: 443800 bytes, checksum: d37908afb422ab24a201164564bfd50e (MD5) Previous issue date: 2006 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com o objetivo de definir o perfil epidemiológico da infecção pelos Vírus linfotrópico de células T humanas (HTLV-1 e HTLV-2), na população de doadores de sangue inaptos, da Fundação HEMOPA, na cidade de Belém do Pará, analisaram-se 113 fichas, em relação a fatores de risco associados à transmissão destes retrovírus, entre portadores e não portadores dos HTLV. Observou-se infecção em 76% (n=50) dos doadores inaptos pelo HTLV-1 e em 24% (n=16) pelo HTLV-2; 62% (n=70) dos portadores eram do sexo masculino e 38% (n=43) do sexo feminino, havendo uma maior tendência da infecção por indivíduos deste sexo (p=0,007). Os fatores de risco que exibiram resultados significativos foram: ter recebido transfusão sangüínea (p=0,0003), mais especificamente para HTLV-2 (p=0,02); ter sido amamentado por ama de leite (p=0,006), mais especificamente para HTLV-1 (p=0,04); ter sido submetido à cirurgia (p=0,01), discriminadamente para HTLV-1 (p=0,03) e HTLV-2 (p=0,04); compartilhar lâmina/barbeador (p=0,02), mais especificamente para HTLV-1 (p=0,02); não usar preservativo nas relações sexuais (p=0,0003), discriminadamente para HTLV-1 (p=0,001) e HTLV-2 (p=0,002). Apesar das diversas etapas existentes no processo de triagem de doadores de sangue, cujo objetivo é eliminar potenciais candidatos portadores de doenças transmissíveis pelo sangue, em especial as de curso crônico e assintomático, existem vieses que impossibilitam um processo isento de falhas. / In order to define the epidemiological profile of the Human T-cell Lymphotropic Virus (HTLV-1 and HTLV-2) among inapt blood donors population, at the HEMOPA Foundation, in Belém, state of Pará, we analyzed 113 epidemiological forms, related with risk factors associated with these retrovirus transmission, among carriers and noncarriers of HTLV. We observed that 76% (n=50) of the inapt blood donors were infected by HTLV-1 and 24% (n=16) by HTLV-2; 62% (n=70) of the carriers were male and 38% (n=43) were female, with a tendency of infection in this gender (p=0,007). The risk factors which exhibited significant results were: have received blood transfusion (p=0,0003), more specifically to HTLV-2 (p=0,02); have been breastfeeding from non-mother (p=0,006), more specifically to HTLV-1 (p=0,04); have been submitted to surgery (p=0,01), discriminately to HTLV-1 (p=0,03) and HTLV-2 (p=0,04); share blades/shavers (p=0,02), more specifically to HTLV-1 (p=0,02); do not use condoms during sexual intercourse (p=0,0003), discriminately to HTLV-1 (p=0,001) and HTLV-2 (p=0,002). Despite of the diverse stages existing in the process of selection of blood donors, which the main objective is to eliminate potentials candidates carrying transmissible blood diseases, in special of chronic and asymptomatic course, exist bias that disable an exempt process of fails.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T16:52:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficiencia.pdf: 630679 bytes, checksum: 39ccd5ebcb2c01cce8610d34e719a8d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T16:57:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficiencia.pdf: 630679 bytes, checksum: 39ccd5ebcb2c01cce8610d34e719a8d8 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T16:57:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficiencia.pdf: 630679 bytes, checksum: 39ccd5ebcb2c01cce8610d34e719a8d8 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2007 / Uma das principais características do Vírus da imunodeficiência humana (HIV) é sua grande diversidade genética. O presente trabalho tem como objetivo descrever a epidemiologia molecular do HIV-1 circulante na cidade Macapá, Amapá, assim como os fatores associados à aquisição da infecção e correlacionar estes com os subtipos virais encontrados e as informações epidemiológicas da população examinada. Amostras de sangue de 48 indivíduos portadores do HIV foram colhidas no Serviço de Assistência Especializada (SAE) da cidade de Macapá, no período de junho de 2003 a junho de 2004. Após a extração do DNA, foi realizada a amplificação de 297 pb da protease (gene pro) por meio da técnica de Nested PCR, sendo seqüenciadas, posteriormente, para a determinação dos subtipos virais. Foram identificados os subtipos B (93,7%) e F (6,3%) na cidade de Macapá, que são os mais prevalentes no Brasil, não tendo sido observada associação entre os subtipos do HV-1 circulantes nesta cidade e a preferência sexual. No entanto, uma parcela significativa da população examinada possui um baixo grau de escolaridade, característica esta que reflete a maior parcela população infectada pelo HIV no Brasil. / One of the main characteristics of Human immunodeficiency virus (HIV) is its great genetic diversity. The present work has as main objective the description of the molecular epidemiology of HIV-1 circulating in the city of Macapa, Amapa, as well as the factors associated with the infection and to correlate these with the viral subtypes found and the epidemiological data of the investigated population. Blood samples from 48 subjects bearers of the HIV were collected in the Service of Specialized Assistance (SSA) in the city of Macapa, in the mean time of June 2003 to June 2004. After the DNA extraction, was performed an amplification of 297 bp from the protease (gene pro) y means of the Nested PCR assay, being sequenced, afterwards, for the determination of the viral subtypes. Were identified the subtypes B (93.7%) and F (6.3%) in the city of Macapa which are the most prevalent in Brazil, and was not observed an association between the subtypes of HIV-1 circulating in this city with sexual preferences. Although, a significant part of the population examined has a low degree of scholarity, characteristic which reflects the majority of the population infected with HIV in Brazil.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T11:37:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficienciaHumana.pdf: 1061765 bytes, checksum: c96996ccb795b170dce7b4547e3ceccd (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-08T14:58:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficienciaHumana.pdf: 1061765 bytes, checksum: c96996ccb795b170dce7b4547e3ceccd (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T14:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusImunodeficienciaHumana.pdf: 1061765 bytes, checksum: c96996ccb795b170dce7b4547e3ceccd (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / A transmissão vertical é a principal fonte de infecção pelo HIV em crianças, e pode ocorrer antes, durante e depois do nascimento, dessa forma sendo um grande problema de saúde pública mundial. O presente trabalho teve como objetivo descrever a epidemiologia molecular e o perfil de susceptibilidade/resistência das cepas de HIV-1 identificadas em mulheres nos estados do Acre e do Tocantins. Coletou-se amostra de sangue de 36 mulheres, sendo 9 grávidas e 16 mães de Palmas (Tocantins) e 1 grávida e 10 mães do Rio Branco (Acre) entre abril de 2007 a outubro de 2008. Realizou-se a técnica molecular Reação em Cadeia mediada pela Polimerase (PCR) Nested, para a amplificação de duas regiões genômicas (pro e tr) do DNA proviral, seguido de sequenciamento nucleotídico e análise filogenética. No Acre, tanto em relação ao segmento da protease quanto da transcriptase reversa, todas as amostras foram do subtipo B. Em Tocantins, quanto ao segmento da protease, todas as amostras pertenceram ao subtipo B, já em relação ao segmento da transcriptase reversa 87,5% foram do subtipo B e 12,5% pertencente ao subtipo F. No estado do Acre, todas as cepas analisadas foram suscetíveis aos inibidores de protease (IP) e apenas uma grávida de Tocantins (4,7%) apresentou cepa com resistência aos IP utilizados atualmente. Além disso, verificou-se uma baixa prevalência de cepas com mutações de resistência aos inibidores de transcriptase reversa nucleosídicos (ITRN) e não nucleosídicos (ITRNN), sendo que a resistência as três classes desses ARV foi observada em apenas uma amostra proveniente do estado do Tocantins. Dessa forma, a maioria das cepas de HIV isoladas mostrou susceptibilidade aos ARV utilizados, indicando que há baixa circulação de cepas do HIV resistentes a estes medicamentos nesses estados. / The vertical transmission is the main source of the HIV infection in children, and it may occur before, during, of after birth and thus a big world public health problem. The present work had as objective to describe the molecular epidemiology and the profile of susceptibility/resistance of HIV-1 strains identified in women from the States of Acre and Tocantins. Samples were collected from 36 women, being 9 pregnants and 16 mothers from Palmas (Tocantins) and 1 pregnant and 10 mothers from Rio Branco (Acre) between April 2007 and October 2008. The molecular technique of Polimerase Chain Reaction was performed mediated by Nested Polimerase, to the amplification of two genomic regions (pro and tr) from proviral DNA, followed by nucleotidic sequencing and phylogenetic analysis. In the Acre, both in relation to the segment of protease and reverse transcriptase, all samples were subtype B. In the Tocantins, the segment of the protease, all samples belonged to subtype B, as compared to the reverse transcriptase segment of 87.5% were subtype B and 12.5% belonging to subtype F. In the State of Acre, as the strains analyzed showed susceptibility to the protease inhibitors (PI) and only ne pregnant from Tocantins (4,7%) showed a strain with resistance to current used PI. Beyond that, was verified a low prevalence of strains with resistance mutations to the nucleosidic reverse transcriptase inhibitor (NRTI) and non nucleosidic (NNRTI), being that the resistance to the three classes of these ARV was observed in only one sample from the State of Tocantins. So the majority of HIV isolated strains showed susceptibility to the ARV used, suggesting that there is low circulation of HIV resistant strains to these drugs in these states.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T12:04:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-08T15:49:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-08T15:49:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EpidemiologiaMolecularVirusOropouche.pdf: 8072606 bytes, checksum: 4583fd996c0fca9e376db310de118adb (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / O Virus Oropouche (VORO; Bunyaviridae, Orthobunyavirus) é um dos mais importantes arbovírus que infecta humanos na Amazônia brasileira, e é causador da febre do Oropouche. Entre 1961 e 2009, um grande número de epidemias foi registrado em diferentes centros urbanos dos Estados Brasileiros do Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Pará, Rondônia e Tocantins, e também no Panamá, Peru e Trinidad & Tobago. Este trabalho teve por objetivo desenvolver um estudo retrospectivo dos aspectos epidemiológicos e moleculares do VORO enfatizando sua distribuição, a dinâmica das epidemias ocorridas no período, bem como a dispersão de diferentes genótipos na América Latina e no Brasil como contribuição à epidemiologia molecular do VORO. Para tanto 66 isolamentos do VORO pertencentes ao acervo do Instituto Evandro Chagas foram propagados em camundongos e em cultura de células VERO, seguida da extração do RNA viral e obtenção do cDNA por RTPCR; os amplicons foram purificados e submetidos ao sequenciamento nucleotídico para análises moleculares e evolução, incluindo o rearranjo genético, estudo de relógio molecular e análise de dispersão viral. Foi demonstrada a presença de quatro linhagens distintas do VORO na Amazônia brasileira (genótipos I, II, III e IV), sendo os genótipos I e II, respectivamente os mais frequentemente encontrados em áreas da Amazônia ocidental e oriental. Esses e o genótipo III estão constantemente evoluindo, mediante o mecanismo “boom and boost” que resulta na emergência seguida de substituição das sublinhagens (subgenótipos) circulantes por outras mais recentes. O genótipo III do VORO, previamente encontrado somente no Panamá, foi descrito na Amazônia e Sudeste do Brasil. Os dados obtidos pela análise filogenética comparativa das topologias para os segmentos PRNA e MRNA sugerem que o VORO utiliza o rearranjo genético como mecanismo de geração de biodiversidade viral, sendo o genótipo I o mais estável e o II o mais instável e, portanto, mais sensível às pressões evolutivas; foi reconhecido um novo genótipo do VORO neste estudo em amostras isoladas em Manaus no ano de 1980, que foi denominado de genótipo IV. O estudo do relógio molecular mostrou que a emergência do VORO se deu no Estado do Pará provavelmente há 223 anos e daí ao longo dos anos se dispersou pela PanAmazônia bem como para o Caribe, sendo que o genótipo I foi o que originou os demais genótipos do VORO. / Oropouche Virus (OROV; Bunyaviridae, Orthobunyavirus) is one of most important arbovirus which infects humans in the Brazilian Amazon, and is also the causal agent of Oropouche fever. Between 1961 and 2009, dozens of epidemics were registered in several urban centers of the Brazilian states of Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Pará, Rondônia and Tocantins, and also in Panama, Peru and Trinidad & Tobago. This work aimed to develop a retrospective epidemiologic and molecular study of OROV emphasizing its distribution, epidemic dynamics in the period, as well as the dispersion of the OROV genotypes in Brazil and other Latin American countries as a contribution to understanding of the molecular epidemiology of it. A total of 66 OROV isolates of the Instituto Evandro Chagas collection were growth into VERO cells and suckling mice; then, RNA was extracted and cDNA prepared by RT-PCR; the amplicons were purified and submitted to nucleotide sequencing to further molecular and evolution analyzes including genetic reassortment, molecular clock and viral dispersion. It was demonstrated the circulation of four different genetic lineages of OROV in the Brazilian Amazon (genotypes I, II, III, and IV); the genotypes I and II were respectively the most distributed OROV genotypes in Occidental and Oriental Amazon areas. These and the genotype III have been continuously under evolution pressure and changing by the mechanism “boom and boost” which result in an emergence of new OROV sub-genotypes that replace the older circulating sub-lineages in an area. The genotype III which was previousouly recognized in Panama it was identified in the Amazon and Southeast regions. The results obtained by the comparative phylogenetic analyses of the SRNA and MRNA topologies suggest that OROV uses the genetic reassortment as mechanism to further generate its viral biodiversity, and the genotype I is the most stable, while the genotype II is the most unstable, and therefore under higher evolutionary pressure; it was recognized a new OROV genotype in this study, the genotype IV. The molecular clock analysis showed that OROV emerged in Pará State approximately 223 years ago, and along of the years did its dispersal and evolution through the Pan- Amazon as well as to the Caribbean and Central America regions, and the genotype I was responsible by the emergence of all other OROV genotypes.