É ainda bastante controverso na literatura se o HPV pode ou não ser considerado fator etiológico ou de risco para o desenvolvimento de lesões malignas/malignizantes em boca. Já há um consenso de que existe evidência ao menos numérica da relação entre HPV e carcinogênese oral, pois em geral os estudos encontram uma relação de proporção entre grau de malignidade e infecção por HPV ? os índices de HPV encontrados em carcinoma epidermóide oral são maiores do que os encontrados em lesões potencialmente malignas, que por sua vez são maiores do que os encontrados em mucosa normal. Sabe-se, porém, que as lesões potencialmente malignas podem apresentar variados graus de displasia epitelial, o que não permite analisá-las como um grupo. Assim, nesse contexto, o objetivo desse estudo foi analisar mais refinadamente a relação entre grau de malignidade e infecção por HPV através da detecção de DNA do vírus em leucoplasias e carcinomas epidermóides orais, desmembrando-se o grupo das lesões potencialmente malignas de acordo com o grau de displasia epitelial. Foram selecionados 50 casos diagnosticados como leucoplasia e carcinoma epidermóide orais, os quais foram divididos em 5 grupos: leucoplasia sem displasia, leucoplasia com displasia discreta, leucoplasia com displasia moderada, leucoplasia com displasia intensa e carcinoma epidermóide. Dados clínicos como idade e sexo do paciente e sítio da lesão foram observados e a presença de DNA de HPV foi pesquisada através do método CSA-ISH com sonda de amplo espectro. Nos casos positivos para a sonda de amplo espectro foi realizada a genotipagem com sondas específicas para HPV dos tipos 6/11, 16/18 e 31/33. A prevalência de infecção por HPV foi de 24%, notadamente maior que a reportada em mucosa normal, que é de 1 a 2%. Os resultados mostraram uma discreta relação de proporção entre grau de malignidade e os índices encontrados em leucoplasia sem displasia, leucoplasia com displasia e carcinoma epidermóide, porém sem significância estatística. Desmembrando-se o grupo das leucoplasias com displasia, essa proporcionalidade não foi observada entre os grupos. Na genotipagem, a maior positividade foi para a sonda dos tipos 16/18, de alto potencial oncogênico, e a positividade para a sonda 6/11 só foi encontrada nos grupos de menor grau de malignidade. Apenas um caso mostrou positividade para duas sondas (16/18 e 31/33). Não houve correlação significante entre nenhuma característica clínica e infecção por HPV. Os resultados sugerem portanto que a detecção do HPV não está relacionada com o grau de malignidade das lesões, haja visto a ausência de proporcionalidade entre os índices de detecção do vírus nos grupos analisados. Entretanto, o fato de que a prevalência em nossa casuística, constituída por lesões malignas/malignizantes, foi maior do que àquela encontrada em mucosa normal e que os tipos de alto risco foram os mais prevalentes dentre os casos positivos não nos permite descartar o HPV como fator de risco para a carcinogênese oral. / It is still highly controversial whether HPV can be considered an aetiological or risk factor for the development of malignant/premalignant lesions of the oral cavity. There is an agreement that there is at least quantitative evidence to relate HPV and oral carcinogenesis, since in general the studies find a proportional relation between degree of malignancy and HPV infection ? the prevalence of HPV in squamous cell carcinoma is higher than in premalignant lesions which is higher than in normal mucosa. It is known, however, that premalignant lesions can present several degrees of epithelial dysplasia, which does not allow analyzing them as a group. Hence, in this context, the aim of this study was to analyze more refinedly the relation between degree of malignancy and infection by HPV by means of viral DNA detection in oral leucoplakias and oral squamous cell carcinomas, dividing the group of premalignant lesions according to the degree of epithelial dysplasia within the lesion. Fifty cases diagnosed as oral leucoplakia and oral squamous cell carcinoma were selected and divided into 5 groups: leucoplakia with no dysplasia, leucoplakia with mild dysplasia, leucoplakia with moderate dysplasia, leucoplakia with severe dysplasia and squamous cell carcinoma. Clinical data regarding patients? age and gender and anatomic site of the lesion were observed and the presence of HPV DNA was assessed using CSA-ISH method with a wide spectrum probe. In positive cases to the wide spectrum probe, genotyping with specific probes to HPV types 6/11, 16/18 and 31/33 was performed. The overall prevalence of HPV infection was 24%, which is higher than the reported for oral normal mucosa, which stands around 1 and 2%. Results show a discrete proportional relation between degree of malignancy and HPV infection indexes found in leucoplakia with no dysplasia, leucoplakia with dysplasia and squamous cell carcinoma, but with no statistical significance. Dividing the group of leucoplakia with dysplasia, this relation of proportion was not observed. In genotyping, most cases were positive to the probe for types 16/18, of high oncogenic potential, and cases positive to the probe for types 6/11, of low oncogenic potential, were only found within groups of lower degrees of malignancy. Only one case was positive for two specific probes (16/18 and 31/33). There was no correlation between clinical features and HPV infection. These results suggest that HPV detection is not related to the degree of malignancy in these lesions. Nevertheless, the fact that the prevalence in these cases, which were all malignant/premalignant lesions, was higher than the one found in oral normal mucosa, and that the high-risk types of HPV were the most frequently found within the positive cases does not allow excluding HPV as a risk factor in oral carcinogenesis.

Câncer e desenvolvimento embrionário possuem diversos aspectos em comum, pois ambos exibem alternância entre proliferação e diferenciação celular. A família dos genes homeobox codifica fatores de transcrição fundamentais para o adequado desenvolvimento embrionário, e têm sido descritos em diferentes neoplasias. O PMX1 (Paired Mesoderm Homeobox 1) é um gene homeobox que está expresso durante o desenvolvimento de diversos tecidos mesenquimais, como o sistema cardiovascular e elementos do esqueleto. A relação entre o PMX1 e neoplasias malignas ainda não está bem estabelecida. O objetivo desse trabalho foi verificar a presença dos transcritos do gene PMX1 em carcinomas epidermóides de boca e tecidos não tumorais adjacentes. Foi realizada hibridização in situ com sondas marcadas com digoxigenina em dezesseis amostras de carcinoma epidemóide de boca e dez de tecido não tumoral adjacente. No tecido não tumoral adjacente o sinal de hibridização é mais intenso nas camadas basal e suprabasal, mesmo quando ele pode ser observado em outras camadas. No carcinoma epidermóide de boca, o sinal está disperso por todo o tecido sendo mais intenso em áreas com células isoladas. Nossos resultados mostram a presença dos transcritos do PMX1 em epitélio de boca e em carcinoma epidermóide de boca e sugerem a participação do gene PMX1 na carcinogênese de boca. A sua expressão em neoplasias pouco diferenciadas deve ser melhor analisada / Cancer and development share common features since both processes exhibit shifts between cell proliferation and differentiation. Homeobox gene family encodes transcription factors essentials for appropriate embryonic development and they have been described in different types of neoplastic tissues. PMX1 (Paired Mesoderm Homeobox 1) is homeobox gene that has been related with mesenchyma throughout development such cardiovascular system and skeletal elements, however its relation with tumor development is not well established yet. The purpose of this study was to verify the presence of PMX1 transcripts in oral squamous cell carcinomas and adjacent non-tumoral tissues. In situ hybridization was performed with probes labeled with digoxigenin in sixteen samples of squamous cell carcinoma and ten o adjacent non-tumoral tissues. In the adjacent non-tumoral tissues in situ hybridization signaling detected were more intense in the basal and parabasal layers even when it could be observed in other layers. In the oral squamous cell carcinoma the signaling was spread all over the tissue becoming more intense in areas with isolated carcinoma cells. Our findings show PMX1 transcripts in adjacent non-tumoral tissues and oral squamous cell carcinoma and suggest participation of PMX1 in oral carcinogenesis. Its expression in poorly differentiated carcinomas needs to be analyzed in detail

Orientador: Maria Aparecida Custódio Domingues / Banca: Maria Cláudia Nogueira Zerbini / Banca: Roberto Antonio Pinto Paes / Banca: Alexandre Todorovic Fabro / Banca: Elida Paula Benquique Ojopi / Resumo: Introdução: Linfomas Double-Hit (LDH) são neoplasias de alto grau raras, caracterizadas pela translocação do gene MYC concomitante a translocação envolvendo os genes BCL2 e/ou BCL6, cujo diagnóstico depende da realização de exame citogenético, técnica de baixa disponibilidade e elevado custo. Diante disso, tem-se valorizado a identificação de fatores morfológicos e/ou imunofenotípicos que tenham associação com a detecção de tais translocações diagnósticas. Objetivos: Identificar pacientes portadores de LDH em casuística de linfomas Não-Hodgkin de alto grau e avaliar as associações entre os resultados citogenéticos imunoistoquímicos (IHQ) relativos aos marcadores MYC, BCL2 e BCL6. Material e Métodos: Procedeu-se revisão clínico-morfológica de 120 pacientes com diagnóstico de linfoma difuso de grandes células B (LDGCB) e linfoma de Burkitt (LB), com confecção de plataforma de tissue microarray (TMA) para realização IHQ (CD20, CD79a, PAX5, CD10, BCL6, BCL2, MUM1, TDT e c-MYC) e hibridação por fluorescência in situ (FISH) para detecção de translocações dos genes c-MYC, BCL6 e BCL2. Resultados: Detectaram-se três pacientes portadores de LDH: dois com translocações de MYC e BCL2 e um com translocações de MYC e BCL6, todos evoluindo para óbito em menos de seis meses. Entre 90 amostras com citogenética avaliável, houve associação entre IHQ e FISH para MYC (p=0,036) e BCL2 (p=0,001), com concordância regular indicada por valores de Kappa de 0,23 [0,0;0,49] e de 0,35 [0,13;0,56], respectivamente. No grupo de LDGCB (n=72), as translocações envolvendo individualmente os genes MYC, BCL6 e BCL2 representaram 4,1%, 12,5% e 15,2%, respectivamente, sendo a morfologia de céu estrelado fortemente associada à detecção de translocações do gene MYC (p=0,01). Conclusão: A detecção de apenas três pacientes portadores de LDH na casuística estudada, todos com evolução para óbito, corrobora... / Abstract: Background: Double-Hit Lymphomas (DHL) are rare high-grade neoplasms characterized by the translocation of gene MYC to other translocations involving genes BCL2 and/or BCL6, whose diagnosis depends on the cytogenetic examination, a technique with low availability and high cost. Therefore, it has been valued the identification of morphologic and/or immunophenotypic factors that have association with the detection of those translocations. Objectives: To identify DHL patients in group of high grade non-Hodgkin lymphoma (NHL-B) and evaluate the associations between the cytogenetic and immunohistochemical (IHC) results for the MYC, BCL2 and BCL6 markers. Design: Clinical and morphological review of 120 patients diagnosed with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and Burkitt lymphoma (BL) was proceeded, with production of a tissue microarray platform (TMA) to perform IHC (CD20, CD79a, PAX5, CD10, BCL6, BCL2, MUM1, TDT and c-MYC) and fluorescence in situ hybridization (FISH) for detection of c-MYC, BCL2 and BCL6 gene translocations. Results: Three patients with DHL were detected: two with translocations of MYC and BCL2 and one with translocations of MYC and BCL6, all leading to death in less than six months. Among 90 cytogenetically evaluable samples, associations were determined between IHC and FISH for MYC (p=0.036) and BCL2 (p=0.001), though with regular compliance testing, indicated by Kappa value of 0.23 [0.0;0.49] and 0.35 [0.13;0.56], respectively. In the DLBCL group (n=72), MYC, BCL6 and BCL2 translocations were present in 4.1%, 12.5% and 15.2%, respectively. "Starry sky" morphology was strongly associated with MYC positivity (p=0.01). Conclusion: The detection of only three DHL patients in this series, all evolving to death, confirms the rarity and aggressiveness of this neoplasm. The morphological pattern "starry sky" and the expression by IHC of MYC and BCL2 can represent possible selection factors for the ... / Doutor

A história de domesticação da cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é atípica. As variedades modernas derivam de um processo que inclui hibridações entre a espécie domesticada S. officinarum e a silvestre S. spontaneum, sucessivos retrocruzamentos, no sentido de recuperar o genoma de S. officinarum e a seleção de progênies superiores. Além disso, as genealogias contemplam cruzamentos entre genótipos e eventualmente espécies, todos com elevado grau de ploidia e número de cromossomos distintos, assim como aneuploidias. Frente ao exposto, este trabalho teve como objetivos estabelecer o número de cromossomos e avaliar o comportamento meiótico da cultivar IACSP93-3046, bem como, identificar as associações cromossômicas em meiose I dos genótipos IACSP93-3046, IACSP95-3018 e de um representante de S. officinarum, Caiana Fita, pela marcação dos centrômeros usando FISH. O número de cromossomos da cultivar IACSP93-3046 foi determinado a partir de preparações do meristema radicular, pré-tratado com 8-hidroxiquinolina (0,03%, 4h), e corado pelo método de Feulgen. As células metafásicas foram analisadas sob microscopia óptica, preferencialmente intactas e com o mínimo de sobreposição de cromossomos. Para a análise do comportamento meiótico utilizou-se a técnica de esmagamento, e as células foram coradas com carmim propiônico. Foram observadas as fases meióticas desde a metáfase I até a telófase II, bem como as tétrades. O pareamento cromossômico em meiose I foi analisado usando a técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH). Para tanto, preparações dos genótipos IACSP93-3046, IACSP95-3018 e Caiana Fita foram realizadas pelo gotejamento de uma suspensão de células em diacinese. As sondas foram obtidas por PCR a partir da amplificação da região centromérica de cana-de-açúcar, marcadas com digoxigenina-11-dUTP, por nick translation, e detectadas com anti-digoxigenina-rodamina. As lâminas foram montadas em DAPI-Vectashield e analisadas sob microscopia de fluorescência. O número diplóide 2n = 112 foi observado para a cultivar IACSP93-3046, sendo caracterizado pela primeira vez neste estudo. A microsporogênese de IACSP93-3046 apresentou elevado percentual de irregularidades (68%). De modo geral, as anormalidades foram relativas à segregação dos cromossomos, e incluíram migração precoce para os polos em metáfase I e II, cromossomos retardatários em anáfase (I e II) e em telófase (I e II), cromossomos perdidos em prófase II, e micronúcleos nas tétrades. A análise dos sítios de hibridização permitiu comprovar que os cromossomos se associam predominantemente como bivalentes em IACSP93-3046, IACSP95-3018 e Caiana Fita. As irregularidades na segregação dos cromossomos conduzem a micrósporos aneuploides, como constatado em IACSP93-3046. Sugere-se que a assincronia do processo meiótico entre os genomas que compõem a cana-de-açúcar tem papel relevante na geração dessas irregularidades. / The history of the sugarcane domestication (Saccharum spp.) is atypical. Modern varieties are derived from a hybridization process between the domestic species S. officinarum and the wild species S. spontaneum, successive backcrossings to recover the genome of S. officinarum, and the selection of superior progenies. The genealogies include crossings among genotypes, and possibly Saccharum species, all with a high degree of ploidy and different numbers of chromosomes, as well as aneuploidies. The study aimed to establish the number of chromosomes and evaluate the meiotic behavior of cultivar IACSP93-3046, and identify chromosomal associations in meiosis I of genotypes IACSP93-3046, IACSP95-3018 and Caiana Fita (a representative of S. officinarum) by labeling centromeres using fluorescence in situ hybridization (FISH). The number of chromosomes in cultivar IACSP93-3046 was determined from the root meristem preparations, pretreated with 8-hydroxiquinoline and stained by the Feulgen method. Metaphasic cells, preferably intact and with minimum chromosome overlap, were analyzed under an optical microscope. Meiotic behavior was examined from the preparations by using squashing method and stained with propionic carmine. Meiotic phases were observed from metaphase I to telophase II, and tetrad stages. Chromosomal pairing in meiosis I was analyzed by using the FISH technique. The slides of genotypes IACSP93-3046, IACSP95-3018 and Caiana Fita were produced by dropping a suspension of meiocytes in diakinesis. The probes were obtained by PCR, with amplification of the centromere region, and labeled with digoxigenin-11-dUTP, by nick translation, and detected with anti-digoxigenin-rhodamine. The slides were mounted in DAPI-Vectashield and analyzed under a fluorescence microscope. The diploid number 2n = 112 was observed for cultivar IACSP93-3046 and characterized in this study for the first time. Microsporogenesis of IACSP93-3046 presented a high irregularity percentage regarding chromosome segregation, especially precocious migration to poles in metaphase I and II, laggard chromosomes in anaphase and telophase I and II, lost chromosomes in prophase II, and micronuclei in the tetrad stages. The analysis from the hybridization sites proved that the chromosomal pairing occurred predominantly as bivalents in IACSP93-3046, IACSP95-3018 and Caiana Fita. Chromosomal segregation irregularities led to aneuploid microspores, as confirmed in IACSP93-3046, suggesting the asynchrony in the meiotic process between the sugarcane genomes play an important role in producing these irregularities.

Orientador: Doralice Maria Cella / Banca: Carlos Ribeiro Vilela / Banca: Claudio Juan Bidau / Banca: Francisco de Assis Ganeo de Mello / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Resumo: Dentre todas as ordens de aracnideos conhecidas taxonomicamente, Araneae e a segunda mais diversa, com numero de especies menor somente em relacao a Acari. Atualmente, 39.725 especies ja foram descritas, sendo que centenas de novas descricoes sao feitas a cada ano em diversas familias de aranhas. O conhecimento citogenetico sobre a ordem restringe-se a analise de 638 especies (ca 2%) do total descrito do ponto de vista taxonomico. Este trabalho tem como objetivos fornecer uma compilacao dos dados citogeneticos existentes para a ordem na literatura ate a presente data, bem como caracterizar e estabelecer as estrategias de diferenciacao cromossomica em 13 especies de aranhas pertencentes ao grupo das haploginas, clado que corresponde a somente 3.257 especies (ca 8%) do total da ordem e a apenas 41 especies (ca 6%) do total cariotipado ate os dias atuais. Aliado a baixa representatividade dos dados cariologicos, outros pontos que fazem das haploginas um grupo interessante para estudos sao a predominancia de cromossomos meta/submetacentricos e de sistemas cromossomicos de determinacao sexual simples e multiplos, muitas vezes incluindo um cromossomo Y, ambas caracteristicas raras entre os outros clados de Araneae. As especies analisadas pertencem a tres familias de haploginas, Pholcidae (Mesabolivar luteus e Micropholcus fauroti), Sicariidae (Loxosceles amazonica, Loxosceles gaucho, Loxosceles hirsuta, Loxosceles intermedia, Loxosceles laeta, Loxosceles puortoi, Loxosceles similis e Sicarius tropicus) e Scytodidae (Scytodes fusca, Scytodes globula e Scytodes itapevi). Em Pholcidae, os resultados ineditos para os dois generos mostraram ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mesabolivar luteus (Keyserling 1891) and Micropholcus fauroti (Simon 1887) specimens were collected in Ubatuba and Rio Claro, both in the state of São Paulo, Brazil. Mesabolivar luteus showed 2n(.) = 15 = 14 + X and 2n(.) = 16 = 14 + XX in mitotic metaphases and 7II + X in diplotenic cells. During late prophase I, all bivalents presented a ring shape, evidencing two chiasmata per bivalent. In this species, some diplotenic cells appear in pairs, maybe due to specific characteristics of the intercellular bridges. The metaphases II showed n = 7 or n = 8 = 7 + X chromosomes. Micropholcus fauroti evidenced 2n(.) = 17 = 16 + X in spermatogonial metaphases and 8II+X in diplotenic cells, with only one chiasma per bivalent, contrasting with M. luteus. In both species, all chromosomes were metacentrics. The X sexual chromosome was the largest element and appeared as a univalent during meiosis I. These are the first cytogenetical data for the genera Mesabolivar and Micropholcus. Additionally, M. luteus is the first chromosomally analyzed species of the New World clade and the observed diploid number for M. fauroti had not yet been recorded in Pholcidae. / Doutor

Câncer e desenvolvimento embrionário possuem diversos aspectos em comum, pois ambos exibem alternância entre proliferação e diferenciação celular. A família dos genes homeobox codifica fatores de transcrição fundamentais para o adequado desenvolvimento embrionário, e têm sido descritos em diferentes neoplasias. O PMX1 (Paired Mesoderm Homeobox 1) é um gene homeobox que está expresso durante o desenvolvimento de diversos tecidos mesenquimais, como o sistema cardiovascular e elementos do esqueleto. A relação entre o PMX1 e neoplasias malignas ainda não está bem estabelecida. O objetivo desse trabalho foi verificar a presença dos transcritos do gene PMX1 em carcinomas epidermóides de boca e tecidos não tumorais adjacentes. Foi realizada hibridização in situ com sondas marcadas com digoxigenina em dezesseis amostras de carcinoma epidemóide de boca e dez de tecido não tumoral adjacente. No tecido não tumoral adjacente o sinal de hibridização é mais intenso nas camadas basal e suprabasal, mesmo quando ele pode ser observado em outras camadas. No carcinoma epidermóide de boca, o sinal está disperso por todo o tecido sendo mais intenso em áreas com células isoladas. Nossos resultados mostram a presença dos transcritos do PMX1 em epitélio de boca e em carcinoma epidermóide de boca e sugerem a participação do gene PMX1 na carcinogênese de boca. A sua expressão em neoplasias pouco diferenciadas deve ser melhor analisada / Cancer and development share common features since both processes exhibit shifts between cell proliferation and differentiation. Homeobox gene family encodes transcription factors essentials for appropriate embryonic development and they have been described in different types of neoplastic tissues. PMX1 (Paired Mesoderm Homeobox 1) is homeobox gene that has been related with mesenchyma throughout development such cardiovascular system and skeletal elements, however its relation with tumor development is not well established yet. The purpose of this study was to verify the presence of PMX1 transcripts in oral squamous cell carcinomas and adjacent non-tumoral tissues. In situ hybridization was performed with probes labeled with digoxigenin in sixteen samples of squamous cell carcinoma and ten o adjacent non-tumoral tissues. In the adjacent non-tumoral tissues in situ hybridization signaling detected were more intense in the basal and parabasal layers even when it could be observed in other layers. In the oral squamous cell carcinoma the signaling was spread all over the tissue becoming more intense in areas with isolated carcinoma cells. Our findings show PMX1 transcripts in adjacent non-tumoral tissues and oral squamous cell carcinoma and suggest participation of PMX1 in oral carcinogenesis. Its expression in poorly differentiated carcinomas needs to be analyzed in detail

É ainda bastante controverso na literatura se o HPV pode ou não ser considerado fator etiológico ou de risco para o desenvolvimento de lesões malignas/malignizantes em boca. Já há um consenso de que existe evidência ao menos numérica da relação entre HPV e carcinogênese oral, pois em geral os estudos encontram uma relação de proporção entre grau de malignidade e infecção por HPV ? os índices de HPV encontrados em carcinoma epidermóide oral são maiores do que os encontrados em lesões potencialmente malignas, que por sua vez são maiores do que os encontrados em mucosa normal. Sabe-se, porém, que as lesões potencialmente malignas podem apresentar variados graus de displasia epitelial, o que não permite analisá-las como um grupo. Assim, nesse contexto, o objetivo desse estudo foi analisar mais refinadamente a relação entre grau de malignidade e infecção por HPV através da detecção de DNA do vírus em leucoplasias e carcinomas epidermóides orais, desmembrando-se o grupo das lesões potencialmente malignas de acordo com o grau de displasia epitelial. Foram selecionados 50 casos diagnosticados como leucoplasia e carcinoma epidermóide orais, os quais foram divididos em 5 grupos: leucoplasia sem displasia, leucoplasia com displasia discreta, leucoplasia com displasia moderada, leucoplasia com displasia intensa e carcinoma epidermóide. Dados clínicos como idade e sexo do paciente e sítio da lesão foram observados e a presença de DNA de HPV foi pesquisada através do método CSA-ISH com sonda de amplo espectro. Nos casos positivos para a sonda de amplo espectro foi realizada a genotipagem com sondas específicas para HPV dos tipos 6/11, 16/18 e 31/33. A prevalência de infecção por HPV foi de 24%, notadamente maior que a reportada em mucosa normal, que é de 1 a 2%. Os resultados mostraram uma discreta relação de proporção entre grau de malignidade e os índices encontrados em leucoplasia sem displasia, leucoplasia com displasia e carcinoma epidermóide, porém sem significância estatística. Desmembrando-se o grupo das leucoplasias com displasia, essa proporcionalidade não foi observada entre os grupos. Na genotipagem, a maior positividade foi para a sonda dos tipos 16/18, de alto potencial oncogênico, e a positividade para a sonda 6/11 só foi encontrada nos grupos de menor grau de malignidade. Apenas um caso mostrou positividade para duas sondas (16/18 e 31/33). Não houve correlação significante entre nenhuma característica clínica e infecção por HPV. Os resultados sugerem portanto que a detecção do HPV não está relacionada com o grau de malignidade das lesões, haja visto a ausência de proporcionalidade entre os índices de detecção do vírus nos grupos analisados. Entretanto, o fato de que a prevalência em nossa casuística, constituída por lesões malignas/malignizantes, foi maior do que àquela encontrada em mucosa normal e que os tipos de alto risco foram os mais prevalentes dentre os casos positivos não nos permite descartar o HPV como fator de risco para a carcinogênese oral. / It is still highly controversial whether HPV can be considered an aetiological or risk factor for the development of malignant/premalignant lesions of the oral cavity. There is an agreement that there is at least quantitative evidence to relate HPV and oral carcinogenesis, since in general the studies find a proportional relation between degree of malignancy and HPV infection ? the prevalence of HPV in squamous cell carcinoma is higher than in premalignant lesions which is higher than in normal mucosa. It is known, however, that premalignant lesions can present several degrees of epithelial dysplasia, which does not allow analyzing them as a group. Hence, in this context, the aim of this study was to analyze more refinedly the relation between degree of malignancy and infection by HPV by means of viral DNA detection in oral leucoplakias and oral squamous cell carcinomas, dividing the group of premalignant lesions according to the degree of epithelial dysplasia within the lesion. Fifty cases diagnosed as oral leucoplakia and oral squamous cell carcinoma were selected and divided into 5 groups: leucoplakia with no dysplasia, leucoplakia with mild dysplasia, leucoplakia with moderate dysplasia, leucoplakia with severe dysplasia and squamous cell carcinoma. Clinical data regarding patients? age and gender and anatomic site of the lesion were observed and the presence of HPV DNA was assessed using CSA-ISH method with a wide spectrum probe. In positive cases to the wide spectrum probe, genotyping with specific probes to HPV types 6/11, 16/18 and 31/33 was performed. The overall prevalence of HPV infection was 24%, which is higher than the reported for oral normal mucosa, which stands around 1 and 2%. Results show a discrete proportional relation between degree of malignancy and HPV infection indexes found in leucoplakia with no dysplasia, leucoplakia with dysplasia and squamous cell carcinoma, but with no statistical significance. Dividing the group of leucoplakia with dysplasia, this relation of proportion was not observed. In genotyping, most cases were positive to the probe for types 16/18, of high oncogenic potential, and cases positive to the probe for types 6/11, of low oncogenic potential, were only found within groups of lower degrees of malignancy. Only one case was positive for two specific probes (16/18 and 31/33). There was no correlation between clinical features and HPV infection. These results suggest that HPV detection is not related to the degree of malignancy in these lesions. Nevertheless, the fact that the prevalence in these cases, which were all malignant/premalignant lesions, was higher than the one found in oral normal mucosa, and that the high-risk types of HPV were the most frequently found within the positive cases does not allow excluding HPV as a risk factor in oral carcinogenesis.

<p>A series of novel methods for detection of known sequence variants in DNA, in particular single nucleotide polymorphism, using padlock probes and rolling circle replication are presented. DNA probes that can be circularized – padlock probes – are ideal for rolling circle replication. Circularized, but not unreacted probes, can generate powerful signal amplification by allowing the reacted probes to template a rolling circle replication (RCR) reaction. However, when hybridized and ligated to a target DNA molecule with no nearby ends, the probes are bound to the target sequence, inhibiting the RCR reaction is. This problem can be solved by generating a branched DNA probe with two 3’ arms such that the probes may be circularized while leaving the second 3’ arm as a primer for the RCR reaction. We describe how T4 DNA ligase can be used for efficient construction of DNA molecules having one 5’ end but two distinct 3’ ends that extend from the 2’ and 3’ carbons of an internal nucleotide. An even stronger approach to circumvent the topological problem that can inhibit RCR is to restriction digest the template downstream of the padlock recognition site. By using Phi 29 DNA polymerase with efficient 3’ exonuclease and strand displacement activity, the template strand can then be used to prime the RCR reaction. The amplified molecule is contiguous with the target DNA, generating an anchored localized signal. The kinetics of the reaction was investigated by following the reaction in real-time using molecular beacon probes. Localized RCR signal were obtained on DNA arrays, allowing detection of as little as 104-105 spotted molecules, of either single- or double-stranded M13 DNA, in a model experiment. We have also established a serial rolling circle amplification procedure. By converting rolling circle products to a second and even third generation of padlock probes the signal was amplified thousand-fold per generation. This procedure provides sufficient sensitivity for detection of single-copy gene sequences in 50 ng of human genomic DNA, and large numbers of probes were amplified in parallel with excellent quantitative resolution.</p>

A series of novel methods for detection of known sequence variants in DNA, in particular single nucleotide polymorphism, using padlock probes and rolling circle replication are presented. DNA probes that can be circularized – padlock probes – are ideal for rolling circle replication. Circularized, but not unreacted probes, can generate powerful signal amplification by allowing the reacted probes to template a rolling circle replication (RCR) reaction. However, when hybridized and ligated to a target DNA molecule with no nearby ends, the probes are bound to the target sequence, inhibiting the RCR reaction is. This problem can be solved by generating a branched DNA probe with two 3’ arms such that the probes may be circularized while leaving the second 3’ arm as a primer for the RCR reaction. We describe how T4 DNA ligase can be used for efficient construction of DNA molecules having one 5’ end but two distinct 3’ ends that extend from the 2’ and 3’ carbons of an internal nucleotide. An even stronger approach to circumvent the topological problem that can inhibit RCR is to restriction digest the template downstream of the padlock recognition site. By using Phi 29 DNA polymerase with efficient 3’ exonuclease and strand displacement activity, the template strand can then be used to prime the RCR reaction. The amplified molecule is contiguous with the target DNA, generating an anchored localized signal. The kinetics of the reaction was investigated by following the reaction in real-time using molecular beacon probes. Localized RCR signal were obtained on DNA arrays, allowing detection of as little as 104-105 spotted molecules, of either single- or double-stranded M13 DNA, in a model experiment. We have also established a serial rolling circle amplification procedure. By converting rolling circle products to a second and even third generation of padlock probes the signal was amplified thousand-fold per generation. This procedure provides sufficient sensitivity for detection of single-copy gene sequences in 50 ng of human genomic DNA, and large numbers of probes were amplified in parallel with excellent quantitative resolution.

In Sweden, close to 10 000 men are annually diagnosed with prostate cancer (PCa) and approximately 2400 men die of their disease each year. Today there is no reliable marker that can separate patients who will have an aggressive type of disease that requires treatment, from patients who will have a more indolent clinical course and can be left untreated. This further leads to the current problem of over treatment of men with PCa. Hence, there is an urgent need for reliable prognostic markers that can be used at time of diagnosis. With the discovery of recurrent gene rearrangements in PCa, most commonly ERG rearrangements, hope came that this aberration could play a role in diagnosis and/or prognosis of the disease. The aim of this thesis was to investigate the clinical implication of ERG rearrangements in the management of PCa. The work in this thesis supports the findings from previous studies, suggesting that the ERG rearrangement is a sign of a more aggressive type of cancer. The major findings are that in multifocal PCa, the ERG rearranged cancer foci are more prone to metastatic dissemination compared to foci without the ERG rearrangement and that patients harboring the ERG rearrangement have a faster disease progression leading up to earlier start of hormonal treatment. Furthermore, the results add an additional level of complexity in a subset of PCa tumors that harbor multiple gene rearrangements on the cellular level. The result also show that the newly available ERG antibody is highly predictive of ERG rearrangement and is appropriate to use when faced with limitations in tissue amounts. The findings in this thesis indicate that the ERG rearrangement has a potential role in the clinical management of PCa but further studies arerequired.