O processo fermentativo da Saccharomyces cerevisiae para a produção de etanol tem grande relevância para o Brasil por ser responsável por uma fonte de energia renovável que é amplamente usada na indústria automotiva. No entanto, em escalas industriais, a fermentação da levedura não ocorre em ambiente asséptico, sendo que diferentes micro-organismos contaminantes são capazes de crescer, competir por nutrientes e até mesmo interferir na fermentação da S. cerevisiae. A fim de melhor compreender quem são os micro-organismos contaminantes e o que fazem na dorna de fermentação, foi utilizado uma abordagem polifásica. O levantamento da microbiota bacteriana presente nas usinas do estado de São Paulo foi realizado através de técnicas independentes de cultivo. Posteriormente, foram realizados ensaios fermentativos com S. cerevisiae CAT-1 na presença do contaminante Lactobacillus fermentum (I-2) para a análise da interação destes na dorna de fermentação. A análise foi realizada por metabolômica acessada através da cromatografia gasosa acoplada a espectrometria de massas (GC-MS) e, para isso, inicialmente foi estabelecida uma metodologia eficiente para análise através de GC-MS. Nas usinas, foi reportada uma porcentagem de Lactobacillus maior do que a descrita e a população bacteriana pareceu ser característica de cada usina e persistente ao longo do tempo. Já o estabelecimento da metodologia de análise de metabólitos da fermentação por GC-MS possibilitou a identificação de 261 metabólitos, e as três classes mais abundantes foram Carbohydrates and carbohydrate conjugates (16%), Carboxylic acids and derivatives (12%) e Fatty Acyls (5%). E no ensaio de S. cerevisiae CAT-1 na presença do contaminante L. fermentum (I-2), possibilitou a identificação de 208 metabólitos, onde 50 foram diferencialmente abundantes. Além disso, a via glicolítica foi reforçada na fermentação de S. cerevisiae CAT-1, sendo que nas fermentações de S. cerevisiae (CAT-1) na presença de L. fermentum (I-2), a produção de aminoácidos a partir do glutamate pareceu ser importante. Desta forma, uma análise polifásica pode auxiliar no esclarecimento da relação dos micro-organismos contaminantes com a levedura dentro da dorna de fermentação. / The fermentation of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production has great importance to Brazil since it is responsible for the production of a renewable energy source that is widely used in the automotive industry. However, in industrial scale, the yeast fermentation does not occur in an aseptic environment, where different contaminant microorganisms are capable of growing, competing for nutrients and even interfering with the S. cerevisiae fermentation. In order to better understand who the contaminating microorganisms are and what they do in the fermenter, it was used one polyphasic approach. The survey of the bacterial microflora present in two different São Paulo state distilleries was carried out by cultivation independent techniques. Subsequently, fermentation assays were performed with S. cerevisiae CAT-1 in the presence of the contaminant Lactobacillus fermentum (I-2) to analyze the interaction of these microorganisms in the fermenter. The analysis was performed through metabolomics accessed by gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) and, for that, initially was established an efficient methodology for fermentation metabolite analysis by GC-MS. In the distilleries, it was reported a higher percentage of Lactobacillus than ever described and bacterial population appeared to be characteristic of each distillery and persistent over time. After the establishment of fermentation metabolite analysis methodology by GC-MS, it was possible to identify 261 metabolites, and the three most abundant classes were Carbohydrates and carbohydrate conjugates (16%), Carboxylic acids and derivatives (12%) and Fatty acyls ( 5%). In the fermentation assay of S. cerevisiae CAT-1 in the presence of the contaminant L. fermentum (I-2), it was possible to identify 208 metabolites, where 50 were differentially abundant. In addition, the glycolytic pathway was enhanced in the fermentation of S. cerevisiae CAT-1, and in fermentation of S. cerevisiae (CAT-1) in the presence of L. fermentum (I-2), the production of amino acids from glutamate appeared to be important. Thus, a polyphasic analysis can help in the understanding of the relationship between contaminating microorganisms with the yeast in the fermenter.

O processo fermentativo da Saccharomyces cerevisiae para a produção de etanol tem grande relevância para o Brasil por ser responsável por uma fonte de energia renovável que é amplamente usada na indústria automotiva. No entanto, em escalas industriais, a fermentação da levedura não ocorre em ambiente asséptico, sendo que diferentes micro-organismos contaminantes são capazes de crescer, competir por nutrientes e até mesmo interferir na fermentação da S. cerevisiae. A fim de melhor compreender quem são os micro-organismos contaminantes e o que fazem na dorna de fermentação, foi utilizado uma abordagem polifásica. O levantamento da microbiota bacteriana presente nas usinas do estado de São Paulo foi realizado através de técnicas independentes de cultivo. Posteriormente, foram realizados ensaios fermentativos com S. cerevisiae CAT-1 na presença do contaminante Lactobacillus fermentum (I-2) para a análise da interação destes na dorna de fermentação. A análise foi realizada por metabolômica acessada através da cromatografia gasosa acoplada a espectrometria de massas (GC-MS) e, para isso, inicialmente foi estabelecida uma metodologia eficiente para análise através de GC-MS. Nas usinas, foi reportada uma porcentagem de Lactobacillus maior do que a descrita e a população bacteriana pareceu ser característica de cada usina e persistente ao longo do tempo. Já o estabelecimento da metodologia de análise de metabólitos da fermentação por GC-MS possibilitou a identificação de 261 metabólitos, e as três classes mais abundantes foram Carbohydrates and carbohydrate conjugates (16%), Carboxylic acids and derivatives (12%) e Fatty Acyls (5%). E no ensaio de S. cerevisiae CAT-1 na presença do contaminante L. fermentum (I-2), possibilitou a identificação de 208 metabólitos, onde 50 foram diferencialmente abundantes. Além disso, a via glicolítica foi reforçada na fermentação de S. cerevisiae CAT-1, sendo que nas fermentações de S. cerevisiae (CAT-1) na presença de L. fermentum (I-2), a produção de aminoácidos a partir do glutamate pareceu ser importante. Desta forma, uma análise polifásica pode auxiliar no esclarecimento da relação dos micro-organismos contaminantes com a levedura dentro da dorna de fermentação. / The fermentation of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production has great importance to Brazil since it is responsible for the production of a renewable energy source that is widely used in the automotive industry. However, in industrial scale, the yeast fermentation does not occur in an aseptic environment, where different contaminant microorganisms are capable of growing, competing for nutrients and even interfering with the S. cerevisiae fermentation. In order to better understand who the contaminating microorganisms are and what they do in the fermenter, it was used one polyphasic approach. The survey of the bacterial microflora present in two different São Paulo state distilleries was carried out by cultivation independent techniques. Subsequently, fermentation assays were performed with S. cerevisiae CAT-1 in the presence of the contaminant Lactobacillus fermentum (I-2) to analyze the interaction of these microorganisms in the fermenter. The analysis was performed through metabolomics accessed by gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) and, for that, initially was established an efficient methodology for fermentation metabolite analysis by GC-MS. In the distilleries, it was reported a higher percentage of Lactobacillus than ever described and bacterial population appeared to be characteristic of each distillery and persistent over time. After the establishment of fermentation metabolite analysis methodology by GC-MS, it was possible to identify 261 metabolites, and the three most abundant classes were Carbohydrates and carbohydrate conjugates (16%), Carboxylic acids and derivatives (12%) and Fatty acyls ( 5%). In the fermentation assay of S. cerevisiae CAT-1 in the presence of the contaminant L. fermentum (I-2), it was possible to identify 208 metabolites, where 50 were differentially abundant. In addition, the glycolytic pathway was enhanced in the fermentation of S. cerevisiae CAT-1, and in fermentation of S. cerevisiae (CAT-1) in the presence of L. fermentum (I-2), the production of amino acids from glutamate appeared to be important. Thus, a polyphasic analysis can help in the understanding of the relationship between contaminating microorganisms with the yeast in the fermenter.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2018-05-18T18:09:32Z No. of bitstreams: 1 2015 - Bruno Oliveira de Carvalho.pdf: 1725115 bytes, checksum: 78e6b6f127705b066a8a0f75bbb08e88 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-18T18:09:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Bruno Oliveira de Carvalho.pdf: 1725115 bytes, checksum: 78e6b6f127705b066a8a0f75bbb08e88 (MD5) Previous issue date: 2015-03-17 / CAPES / The knowledge of bacterial genetic information has enable advances in many areas allowing detecting microorganisms and evaluating the production of virulence factors and resistance in certain populations. This knowledge allows the detection of microorganisms, as well as the evaluation of virulence and resistance factors production in certain populations. More recently, molecular diagnosis based on the detection of specific fragments from these agents has been implemented in no viable bacterial cultivation environments or hampered by biotic or abiotic conditions. Besides specific agent detection, bacterial diversity analysis might be an important criterion, such as assessing soil quality. Cultivation has been the most common way for evaluating bacterial diversity. However, most of soil bacteria are not cultivable; therefore, the employment of molecular tools has been increasingly used on this sort of analysis. This survey aimed standardizing the use of cultivation independent techniques for granting three agriculture sectors demands. The first chapter standardized the employment of DGGE technique for analyzing milk bacterial diversity from mastitis and healthy teats belonging to the same animal. Results pointed to differences on bacterial profile from both groups. The second chapter evaluated the impact of the employment of drill cuttings with castor beans and cramble pies association as agricultural fertilizers by DGGE analysis. The application of this technique was efficient for evaluating treatments, as well as, confirming the treatments contribution for increasing bacterial diversity in soil samples. The third chapter compared the cultivation technique sensitivity for American Foul Brood (AFB) diagnosis, a bee disease caused by Paenibacillus larvae, to cultivation independent technique by PCR. This survey demonstrated that sensitivity of the technique was greater than that one by P. larvae cultivation technique. Thus, the present survey concluded that cultivation independent techniques were useful for granting agriculture sectors demands. / O conhecimento das informa??es gen?ticas bacterianas tem permitido avan?os em diversas ?reas do conhecimento. Esse conhecimento permite detectar microrganismos, bem como avaliar a produ??o de fatores de virul?ncia e resist?ncia em determinadas popula??es. Mais recentemente, o diagn?stico molecular pela detec??o de fragmentos de DNA espec?ficos desses agentes vem sendo implementado em situa??es onde o cultivo bacteriano n?o ? vi?vel ou ? dificultado por condi??es bi?ticas ou abi?ticas. Al?m da detec??o de agentes espec?ficos, o conhecimento da diversidade bacteriana presente em alguns ambientes pode ser um importante crit?rio, como, por exemplo, para avaliar a qualidade do solo. A forma mais comum de avaliar a diversidade bacteriana se d? atrav?s do cultivo. Por?m, a maior parte das popula??es bacterianas presentes no solo n?o s?o cultiv?veis, com isso, a utiliza??o de ferramentas moleculares s?o cada vez mais utilizadas nesse tipo de an?lise. O presente estudo teve como objetivo padronizar a utiliza??o de t?cnicas independentes de cultivo para atender demandas de tr?s setores da agricultura. O primeiro cap?tulo padronizou a utiliza??o da t?cnica de DGGE (Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante) para an?lise da diversidade bacteriana do leite de tetos mast?ticos e sadios de um mesmo animal. Os resultados apontaram para diferen?as no perfil bacteriano dos dois grupos analisados. O segundo cap?tulo avaliou o impacto sobre a microbiota bacteriana em solos tratados com associa??es de cascalho de perfura??o e tortas de mamona e crambe como adubos agr?colas atrav?s da an?lise de DGGE. A aplica??o da t?cnica de DGGE foi eficiente na avalia??o e confirmou que os tratamentos contribu?ram para o aumento da diversidade bacteriana nas amostras de solos estudadas. O terceiro experimento comparou a sensibilidade da t?cnica de cultivo, oficial para diagn?stico da Cria P?trida Americana (CPA), uma doen?a ap?cola causada por Paenibacillus larvae, com t?cnica de independente de cultivo por PCR do material extra?do direto do mel. Este estudo constatou que a sensibilidade da t?cnica proposta foi superior ? obtida pela t?cnica de cultivo de P. larvae. Com isso, conclui-se que as t?cnicas independentes de cultivo foram ?teis no atendimento das demandas das quest?es dos setores agr?colas contemplados no estudo.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2016-10-11T21:19:41Z No. of bitstreams: 1 2015 - Bruno Oliveira de Carvalho.pdf: 1725115 bytes, checksum: 78e6b6f127705b066a8a0f75bbb08e88 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-11T21:19:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Bruno Oliveira de Carvalho.pdf: 1725115 bytes, checksum: 78e6b6f127705b066a8a0f75bbb08e88 (MD5) Previous issue date: 2015-03-17 / CAPES / The knowledge of bacterial genetic information has enable advances in many areas allowing detecting microorganisms and evaluating the production of virulence factors and resistance in certain populations. This knowledge allows the detection of microorganisms, as well as the evaluation of virulence and resistance factors production in certain populations. More recently, molecular diagnosis based on the detection of specific fragments from these agents has been implemented in no viable bacterial cultivation environments or hampered by biotic or abiotic conditions. Besides specific agent detection, bacterial diversity analysis might be an important criterion, such as assessing soil quality. Cultivation has been the most common way for evaluating bacterial diversity. However, most of soil bacteria are not cultivable; therefore, the employment of molecular tools has been increasingly used on this sort of analysis. This survey aimed standardizing the use of cultivation independent techniques for granting three agriculture sectors demands. The first chapter standardized the employment of DGGE technique for analyzing milk bacterial diversity from mastitis and healthy teats belonging to the same animal. Results pointed to differences on bacterial profile from both groups. The second chapter evaluated the impact of the employment of drill cuttings with castor beans and cramble pies association as agricultural fertilizers by DGGE analysis. The application of this technique was efficient for evaluating treatments, as well as, confirming the treatments contribution for increasing bacterial diversity in soil samples. The third chapter compared the cultivation technique sensitivity for American Foul Brood (AFB) diagnosis, a bee disease caused by Paenibacillus larvae, to cultivation independent technique by PCR. This survey demonstrated that sensitivity of the technique was greater than that one by P. larvae cultivation technique. Thus, the present survey concluded that cultivation independent techniques were useful for granting agriculture sectors demands. / O conhecimento das informa??es gen?ticas bacterianas tem permitido avan?os em diversas ?reas do conhecimento. Esse conhecimento permite detectar microrganismos, bem como avaliar a produ??o de fatores de virul?ncia e resist?ncia em determinadas popula??es. Mais recentemente, o diagn?stico molecular pela detec??o de fragmentos de DNA espec?ficos desses agentes vem sendo implementado em situa??es onde o cultivo bacteriano n?o ? vi?vel ou ? dificultado por condi??es bi?ticas ou abi?ticas. Al?m da detec??o de agentes espec?ficos, o conhecimento da diversidade bacteriana presente em alguns ambientes pode ser um importante crit?rio, como, por exemplo, para avaliar a qualidade do solo. A forma mais comum de avaliar a diversidade bacteriana se d? atrav?s do cultivo. Por?m, a maior parte das popula??es bacterianas presentes no solo n?o s?o cultiv?veis, com isso, a utiliza??o de ferramentas moleculares s?o cada vez mais utilizadas nesse tipo de an?lise. O presente estudo teve como objetivo padronizar a utiliza??o de t?cnicas independentes de cultivo para atender demandas de tr?s setores da agricultura. O primeiro cap?tulo padronizou a utiliza??o da t?cnica de DGGE (Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante) para an?lise da diversidade bacteriana do leite de tetos mast?ticos e sadios de um mesmo animal. Os resultados apontaram para diferen?as no perfil bacteriano dos dois grupos analisados. O segundo cap?tulo avaliou o impacto sobre a microbiota bacteriana em solos tratados com associa??es de cascalho de perfura??o e tortas de mamona e crambe como adubos agr?colas atrav?s da an?lise de DGGE. A aplica??o da t?cnica de DGGE foi eficiente na avalia??o e confirmou que os tratamentos contribu?ram para o aumento da diversidade bacteriana nas amostras de solos estudadas. O terceiro experimento comparou a sensibilidade da t?cnica de cultivo, oficial para diagn?stico da Cria P?trida Americana (CPA), uma doen?a ap?cola causada por Paenibacillus larvae, com t?cnica de independente de cultivo por PCR do material extra?do direto do mel. Este estudo constatou que a sensibilidade da t?cnica proposta foi superior ? obtida pela t?cnica de cultivo de P. larvae. Com isso, conclui-se que as t?cnicas independentes de cultivo foram ?teis no atendimento das demandas das quest?es dos setores agr?colas contemplados no estudo.

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da substituição total ou parcial do leite (M-x1) por extrato de soja (S-x2) e/ou WPI combinado com inulina (PI-x3) em formulações de sorvete simbiótico de maçã sobre a viabilidade e sobrevivência de L. acidophilus La-5 e B. animalis Bb-12 através de condições gastrointestinais simuladas in vitro e monitorar mudanças morfológicas das células durante períodos de estresse gastrointestinal em uma das formulações, bem como investigar características tecnológicas (overrun, taxa de derretimento e dureza instrumental) e aceitação sensorial. Para este fim, um desenho experimental para misturas simples (simplex-centroid) foi utilizado, incluindo um ponto axial, utilizando diferentes proporções de x1, x2, x3. Foram estudadas oito formulações de sorvete simbiótico de maçã durante o armazenamento congelado por até 84 dias. Os sorvetes mostraram-se satisfatórios como veículos para La-5 e Bb-12 (cerca de 7,5 log ufc/g), mesmo ao final do período de 84 dias de armazenamento a -18 °C. Em todas as formulações, a análise por qPCR combinada com o uso de propidium monoazide (PMA-qPCR) evidenciou que os probióticos resistiram ao ensaio in vitro, com níveis significativos de sobrevivência, atingindo taxas de sobrevivência superiores a 50%. Além disso, imagens de microscopia eletrônica de varredura evidenciaram células com diferenças morfológicas, sugerindo alterações fisiológicas em resposta ao estresse induzido durante o ensaio in vitro. Um modelo linear e um especial cúbico foram obtidos para os parâmetros de overrun e de dureza, respectivamente, mostrando que os fatores leite, extrato de soja e isolado proteico de soro + inulina influenciaram fortemente esses parâmetros tecnológicos. No entanto, a taxa de derretimento foi pouco afetada por tais fatores. O modelo especial cúbico mostrou que a interação binária (S-PI) e ternária (M-S-PI) resultou em maiores valores de dureza. Para este parâmetro específico, a combinação recomendada dos ingredientes é de 3,7% de leite em pó, 1,3% de extrato de soja e 5,0% PI. Os escores médios de aceitabilidade sensorial variaram de 5,6 a 8,0. A aceitabilidade geral do sorvete produzido apenas com o PI foi menor quando comparada a ao sorvete de leite (M), embora uma grande frequência de escores tenha sido observada na área da escala compreendendo as opiniões \"gostei ligeiramente\" (escore 6) e \"gostei extremamente\" (escore 9) para todas as formulações de sorvete avaliadas. Apesar de todas as formulações terem conferido resistência às cepas sob estresse, a variação encontrada na sobrevivência de La-5 e Bb-12 sugere que a tolerância é, de fato, afetada pela escolha da matriz alimentar. Os resultados também mostraram que, além de ser um alimento nutritivo, as formulações de sorvete que tiveram a substituição parcial do leite em pó poderiam assegurar aos consumidores um produto funcional com baixo teor de lactose, enquanto sorvetes sem leite em pó oferecem um alimento funcional sem lactose. / The aim of this study was to assess the effect of the total or partial replacement of milk (M-x1) by soy extract (S-x2), and/or WPI combined with inulin (PI-x3) in synbiotic apple ice cream formulations on the viability and survival of L. acidophilus La-5 and B. animalis Bb-12 through in vitro simulated gastrointestinal (GI) conditions and to monitor cells morphological changes during gastrointestinal stress in one of the formulations, as well as investigating technological features (overrun, meltdown rate, instrumental hardness) and sensory acceptability. For this purpose, an experimental design for simple mixtures (simplex-centroid) was used including an axial point, using different proportions of x1, x2, x3. Eight formulations of synbiotic apple ice cream were studied during frozen storage for up to 84 days. The ice creams showed to be satisfactory vehicles for La-5 and Bb-12 (populations around 7.5 log cfu/g), even after the whole storage period (84 days/-18°C). In all formulations, the propidium monoazide qPCR (PMA-qPCR) analysis evidenced that probiotics could resist to the in vitro GI assay, with significant survival levels, achieving survival rates exceeding 50%. Additionally, scanning electron microscopy images evidenced cells with morphological differences, suggesting physiological changes in response to the induced stress during the in vitro assay. A linear and a special cubic models were obtained for the overrun and hardness parameters showing that factors milk, soy extract, and whey protein isolate + inulin strongly influenced these technological parameters. However meltdown rate was slightly affected by the factors studied. The special cubic model showed that the binary (S-PI) and tertiary (M-S-PI) interactions resulted in higher hardness values. For this specific parameter, combination of the factors is recommended to be 3.7% milk, 1.3% soy extract, and 5.0% PI. The sensory acceptability mean scores ranged from 5.6 to 8.0. The overall acceptability of the ice cream produced only with PIn was lower when compared to milk based ice cream (M), even though a high frequency of scores was observed in the scale area comprising the opinions \"liked slightly\" (score 6) and \"liked extremely\" (score 9) for all ice cream formulations evaluated. Although all formulations provided resistance to the probiotic strains under GI stress, the variation found in La-5 and Bb-12 survival suggests that GI tolerance is indeed affected by the choice of the food matrix. The results also showed that, besides being a nutritious food, the ice cream formulations that had the partial replacement of milk powder could assure consumers a functional product with low content of lactose, whereas ice creams with no milk powder offer a lactose-free functional food.

Eucalyptus benthamii tem se mostrado especialmente vantajoso como alternativa ao cultivo em regiões frias, justificando esforços para o estabelecimento de protocolos para sua micropropagação. Porém, as matrizes são preferencialmente selecionadas quando adultas (material apresenta menor competência morfogênica), tornando a micropropagação dependente de maior número de subcultivos e maior tempo para se reverter o material ao rejuvenescimento. Assim, a redução das perdas in vitro tem merecido atenção, como por exemplo, as manifestações endofíticas, que exigem maximização da eficiência da cultura e adequações no protocolo, visando minimizá-las, possibilitando melhorar o entendimento das relações estabelecidas e mantidas entre os endófitos e seu hospedeiro durante a micropropagação. Dessa maneira, foram utilizadas minicepas provenientes de duas fontes de miniestacas coletadas a partir do brotamento de gemas epicórmicas de megaestacas da base da copa e de brotamentos do anelamento da base do tronco, de uma matriz de E. benthamii com 13 anos de idade, estabelecidas em minijardim clonal sob condição de casa de vegetação, com o objetivo de avaliar como se dá a multiplicação, sob diferentes condições de cultivo, das duas fontes de explantes (minicepas); analisar se a frequência e intensidade das manifestações endofíticas são afetadas pelas diferentes condições de cultivo; investigar a ocorrência de alterações na comunidade bacteriana endofítica devido à alteração das condições de cultivo e fase da micropropagação (in vivo = minicepas, e in vitro = microcepas, material alongado e enraizado). Visando atender estes objetivos, a pesquisa se dividiu em duas partes. Na primeira (capitulo 3) o desenvolvimento, os aspectos morfofisiológicos, histoquímicos e a manifestação endofítica foram avaliados na multiplicação das duas fontes de explante sob diferentes meios e condições de cultivo. Na segunda (capítulo 4) as comunidades bacterianas endofíticas foram analisadas por meio de PCR-DGGE, baseada na região V6 do gene 16S DNAr. Os resultados mostraram que as microcepas provenientes de megaestaca tiveram melhor desenvolvimento independentemente do tratamento e maior frequência de manifestações endofíticas, comparando-se com as de anelamento. As comunidades bacterinas endofíticas foram distintas entre as amostras in vivo e in vitro, e se alteraram ao longo dos subcultivos e nas amostras alongadas e enraizadas. As diferenças existentes no desenvolvimento das microcepas podem ser inerentes à totipotencialidade do material, mas também podem ser afetadas, tanto pela ocorrência de manifestação, quanto pela comunidade bacteriana endofítica mais ou menos sensível ao processo de micropropagação, auxiliando ou prejudicando o desenvolvimento in vitro de seus hospedeiros. Cabe destacar, ainda, que mesmo em um sistema asséptico e ambientalmente controlado, os microrganismos endofíticos que resistiram a todo processo de desinfestação e cultivo, não estão \"adormecidos\", muito pelo contrário podem se alterar em quantidade à medida que seu hospedeiro é submetido a um novo sistema de cultivo (introdução) ou uma nova fase dentro da micropropagação (multiplicação → alongamento e enraizamnento) ou, ainda, ao longo dos subcultivos. Sendo assim, a complexa rede de relações das plantas com seus endófitos não cessa durante o cultivo in vitro, ao contrário mantém-se dinâmica. / Eucalyptus benthamii has proven to be especially advantageous as an alternative culture in cold regions, justifying efforts to establish protocols for micropropagation. However, the matrices are preferably selected when adults (material with lower morphogenic efficiency), making micropropagation more dependent of subcultures and too longer to reverse the material to rejuvenation. Thus, reduction of losses in vitro has deserved attention, such for example the endophytic manifestations that require the maximization of efficiency culture and adjustments to the Protocol, in order to minimize them, enabling better understanding of the relations established and maintained between endophytes and its host along micropropagation. For this, mini-stumps were used from two sources of mini-cuttings collected from the epicormic shoots of mega-cuttings from the treetop base and shoots from girdling from the trunk base, both of one E. benthamii matrix with 13 years of age established in clonal mini garden under greenhouse condition, aimed to evaluate how is the multiplication of two sources of explants (mini-stumps) under different growing conditions; analyze how the endophytic manifestations frequency and intensity are affected by different conditions; investigate the changes to occurrence in the endophytic bacterial community due to the variation of culture conditions and micropropagation phase (in vivo = mini-stumps, and in vitro = micro-stumps, elongated and rooted materials). In order to meet these objectives, the research was divided in two parts. In the first (chapter 3) the development, morphophysiological aspects, histochemical and endophytic manifestation were evaluated in the multiplication of the two explants sources from different media and culture conditions. In the second (chapter 4) endophytic bacterial communities were analyzed by PCR-DGGE based on the V6 region of 16S rDNA gene. The results showed that micro-stumps from mega-cuttings had better development regardless of treatment and increased frequency of endophytic events, comparing with the girdling. Endophytic bacterial communities were different between samples in vivo and in vitro, and have changed over the subcultures and the elongated and rooted samples. The differences in the development of micro-stumps can be explained by the totipotentiality inherent to the material, but may also be affected by both the manifestation occurrence and the endophytic bacterial community more or less sensitive to the micropropagation, helping or harming the in vitro development of their hosts. We also highlight that even in an aseptic and environmentally controlled system, the endophytic microorganisms that resisted the whole process of disinfection and cultivation, are not \"asleep\", quite the opposite may change in quantity when your host is subjected to a new cultivation system (in vitro establishment) and a new phase within the micropropagation (multiplication → stretching and enraizamnento), or even along the subcultures. This way, the complex network of relationships of the plant with their endophyte does not cease during the in vitro culture, unlike remains dynamic.

Eucalyptus benthamii tem se mostrado especialmente vantajoso como alternativa ao cultivo em regiões frias, justificando esforços para o estabelecimento de protocolos para sua micropropagação. Porém, as matrizes são preferencialmente selecionadas quando adultas (material apresenta menor competência morfogênica), tornando a micropropagação dependente de maior número de subcultivos e maior tempo para se reverter o material ao rejuvenescimento. Assim, a redução das perdas in vitro tem merecido atenção, como por exemplo, as manifestações endofíticas, que exigem maximização da eficiência da cultura e adequações no protocolo, visando minimizá-las, possibilitando melhorar o entendimento das relações estabelecidas e mantidas entre os endófitos e seu hospedeiro durante a micropropagação. Dessa maneira, foram utilizadas minicepas provenientes de duas fontes de miniestacas coletadas a partir do brotamento de gemas epicórmicas de megaestacas da base da copa e de brotamentos do anelamento da base do tronco, de uma matriz de E. benthamii com 13 anos de idade, estabelecidas em minijardim clonal sob condição de casa de vegetação, com o objetivo de avaliar como se dá a multiplicação, sob diferentes condições de cultivo, das duas fontes de explantes (minicepas); analisar se a frequência e intensidade das manifestações endofíticas são afetadas pelas diferentes condições de cultivo; investigar a ocorrência de alterações na comunidade bacteriana endofítica devido à alteração das condições de cultivo e fase da micropropagação (in vivo = minicepas, e in vitro = microcepas, material alongado e enraizado). Visando atender estes objetivos, a pesquisa se dividiu em duas partes. Na primeira (capitulo 3) o desenvolvimento, os aspectos morfofisiológicos, histoquímicos e a manifestação endofítica foram avaliados na multiplicação das duas fontes de explante sob diferentes meios e condições de cultivo. Na segunda (capítulo 4) as comunidades bacterianas endofíticas foram analisadas por meio de PCR-DGGE, baseada na região V6 do gene 16S DNAr. Os resultados mostraram que as microcepas provenientes de megaestaca tiveram melhor desenvolvimento independentemente do tratamento e maior frequência de manifestações endofíticas, comparando-se com as de anelamento. As comunidades bacterinas endofíticas foram distintas entre as amostras in vivo e in vitro, e se alteraram ao longo dos subcultivos e nas amostras alongadas e enraizadas. As diferenças existentes no desenvolvimento das microcepas podem ser inerentes à totipotencialidade do material, mas também podem ser afetadas, tanto pela ocorrência de manifestação, quanto pela comunidade bacteriana endofítica mais ou menos sensível ao processo de micropropagação, auxiliando ou prejudicando o desenvolvimento in vitro de seus hospedeiros. Cabe destacar, ainda, que mesmo em um sistema asséptico e ambientalmente controlado, os microrganismos endofíticos que resistiram a todo processo de desinfestação e cultivo, não estão \"adormecidos\", muito pelo contrário podem se alterar em quantidade à medida que seu hospedeiro é submetido a um novo sistema de cultivo (introdução) ou uma nova fase dentro da micropropagação (multiplicação → alongamento e enraizamnento) ou, ainda, ao longo dos subcultivos. Sendo assim, a complexa rede de relações das plantas com seus endófitos não cessa durante o cultivo in vitro, ao contrário mantém-se dinâmica. / Eucalyptus benthamii has proven to be especially advantageous as an alternative culture in cold regions, justifying efforts to establish protocols for micropropagation. However, the matrices are preferably selected when adults (material with lower morphogenic efficiency), making micropropagation more dependent of subcultures and too longer to reverse the material to rejuvenation. Thus, reduction of losses in vitro has deserved attention, such for example the endophytic manifestations that require the maximization of efficiency culture and adjustments to the Protocol, in order to minimize them, enabling better understanding of the relations established and maintained between endophytes and its host along micropropagation. For this, mini-stumps were used from two sources of mini-cuttings collected from the epicormic shoots of mega-cuttings from the treetop base and shoots from girdling from the trunk base, both of one E. benthamii matrix with 13 years of age established in clonal mini garden under greenhouse condition, aimed to evaluate how is the multiplication of two sources of explants (mini-stumps) under different growing conditions; analyze how the endophytic manifestations frequency and intensity are affected by different conditions; investigate the changes to occurrence in the endophytic bacterial community due to the variation of culture conditions and micropropagation phase (in vivo = mini-stumps, and in vitro = micro-stumps, elongated and rooted materials). In order to meet these objectives, the research was divided in two parts. In the first (chapter 3) the development, morphophysiological aspects, histochemical and endophytic manifestation were evaluated in the multiplication of the two explants sources from different media and culture conditions. In the second (chapter 4) endophytic bacterial communities were analyzed by PCR-DGGE based on the V6 region of 16S rDNA gene. The results showed that micro-stumps from mega-cuttings had better development regardless of treatment and increased frequency of endophytic events, comparing with the girdling. Endophytic bacterial communities were different between samples in vivo and in vitro, and have changed over the subcultures and the elongated and rooted samples. The differences in the development of micro-stumps can be explained by the totipotentiality inherent to the material, but may also be affected by both the manifestation occurrence and the endophytic bacterial community more or less sensitive to the micropropagation, helping or harming the in vitro development of their hosts. We also highlight that even in an aseptic and environmentally controlled system, the endophytic microorganisms that resisted the whole process of disinfection and cultivation, are not \"asleep\", quite the opposite may change in quantity when your host is subjected to a new cultivation system (in vitro establishment) and a new phase within the micropropagation (multiplication → stretching and enraizamnento), or even along the subcultures. This way, the complex network of relationships of the plant with their endophyte does not cease during the in vitro culture, unlike remains dynamic.