Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2013-11-18T11:36:43Z No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Approved for entry into archive by Gentil Jeorgina(jeorgina@icict.fiocruz.br) on 2013-11-26T11:00:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2014-09-25T13:20:16Z No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Approved for entry into archive by Gentil Jeorgina (jeorgina@icict.fiocruz.br) on 2014-10-01T16:29:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-01T19:12:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marcelle_f_m_silva_ioc_bcm_mest_2009.pdf: 2789273 bytes, checksum: 9eec02b2cff5e8b7d0e13273295ee5ea (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Nas décadas de 80 e início de 90 os rotavírus A (RV-A) de genótipo G5, comum em suínos, equinos e bovinos eram detectados com frequência em amostras fecais de crianças brasileiras. Após 1996, deixou de circular em caráter endêmico, tornando-se apenas esporadicamente detectado, enquanto o genótipo G9 começou a ser detectado com frequência. Esta situação leva a crer que houve a substituição do genótipo G5 pelo G9. Tendo em vista a escassez de dados moleculares a respeito de amostras de genótipo G5 de RV-A, no presente estudo foi realizada a análise filogenética para os genes que codificam para as proteínas VP1, VP2, VP3, VP4, e VP7 de vinte e oito amostras de RV-A humano de genótipo G5P[8], coletadas em diferentes estados brasileiros entre 1986 e 2005. A análise filogenética do gene que codifica para a proteína VP7 demonstrou que as mesmas agrupam juntamente com amostras humanas brasileiras de genótipo G5 (IAL28, Br 1054 e Br H8), no entanto a análise do gene que codifica para a proteína VP4 demonstrou que circularam três linhagens do genótipo P[8] (P[8]-1, P[8]-2, e P[8]-3) no Brasil entre 1986 e 2005 em associação com G5. As análises filogenéticas para os genes que codificam para VP1, VP2, e VP3 demonstraram que os mesmos pertencem ao genogrupo Wa-Like, comum a humanos, o que sugere que estas amostras possam ter se originado de uma amostra de RV-A humano. As análises filogenéticas dos genes de VP1, VP2 e Vp3 revelaram que todas as amostras foram classificadas dentro dos genótipos R1, M1 e C1, respectivamente Os resultados do presente estudo enfatizam a importância do monitoramento contínuo e a caracterização molecular das amostras de RV-A circulantes, principalmente para prever a possível emergência e/ou re-emergência de genótipos após a introdução de uma vacina contra RV-A nos diferentes continentes do mundo e para se melhor entender a dinâmica e o padrão de evolução dos RV-A de genótipo G5. / The group A rotavirus (RV-A) genotype G5, which is common in pigs but also detected in horses and cattle was frequently detected in stool samples collected in the 1980s and the early 1990s in Brazil. After 1996, the G5 has disappeared as an endemic/epidemic strain, becoming only sporadically detected. On the other hand the RV-A G9 has showed a broad geographic distribution. Recently, the G5 was reported in children with severe diarrhea in Argentina, Brazil, Cameroon, Paraguay, People’s Republic of China, and Vietnam. It suggests that the G5, although uncommon overall in humans, is found worldwide. Twenty-eight G5P[8] human RV-A strains isolated from a 19-year long sample collection (from 1986 to 2005), representing four different Brazilian states, was analyzed, and the genetic variability for VP1, VP2, VP3, VP4 and VP7 genes was determined. The nucleotide sequencing and phylogenetic analyses were performed. Based on VP7 gene phylogenetic analysis, all the analyzed sequences were clustered with other Brazilian G5 strains. The VP4 genes analyzes showed that three P[8] genetic lineages (P[8]-1, P[8]-2 and P[8]-3) circulated in Brazil between 1986 and 2005 in association with genotype G5. The analyzed partial sequences of VP1, VP2 and VP3 showed high identity with RV-A Wa-like strains, which suggests that they might have originated from a human RV-A strain. The phylogenetic analysis revealed that all Brazilian strains were classified as genotype R1, M1 and C1 for VP1, VP2 and VP3 genes, respectively. Our results show that the inner RV-A genotype G5 proteins have been adapted in humans for at least 20 years, emphasizing the importance of continuous virological surveillance of circulating RV-A to detect new variants and possible antigenic changes with potential effect on vaccine effectiveness and contribute to a better understanding of the dynamics and pattern of RV-A G5 evolution.

Made available in DSpace on 2015-10-23T12:42:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 natalia_lanzarini_ioc_mest_2014.pdf: 2473569 bytes, checksum: 3ef3e9aeef4d618351a689e2550d62e8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo rotavírus A (RVA) é responsável por cerca de 453.000 mortes anualmente e aproximadamente 40% das hospitalizações por diarreia em crianças menores de cinco anos em todo o mundo, sendo o principal causador de gastroenterite aguda nesse grupo populacional. O desenvolvimento de um método de diagnóstico rápido, barato, sensível e específico para a detecção de RVA é importante do ponto de vista epidemiológico porque permite identificar surtos no local de ocorrência. O uso da imunoglobulina Y (IgY), anticorpo purificado a partir da gema de ovo, vem crescendo nos últimos anos, devido às características vantajosas quando comparada com a imunoglobulina G (IgG), como a obtenção de anticorpos de forma não invasiva e a produção de anticorpos em grandes concentrações. Este trabalho objetivou a adaptação de um teste de diagnóstico através da substituição do anticorpo de captura IgG pela IgY específica para o antígeno de RVA (LATEXY-ROTA). Para isto 09 frangas poedeiras foram imunizadas com o RVA, os ovos foram coletados e a IgY purificada a partir da gema do ovo por polietileno glicol 6.000, seguida da purificação adicional por cromatografia de troca iônica A IgY anti-RVA purificada foi ligada covalentemente à partículas de poliestireno e usada como insumo na adaptação de um teste de aglutinação em látex, sendo testada em um painel de amostras fecais sabidamente positivas e negativas previamente selecionadas pelo Centro Regional de Referência para Rotaviroses do Laboratório de Virologia Comparada e Ambiental (LVCA/IOC-FIOCRUZ). Foi obtida uma sensibilidade de 75% e uma especificidade de 87,5% quando o LATEXY-ROTA foi comparado com um teste imunoenzimático comercial disponível (padrão ouro). Quando comparado com dois testes comerciais de aglutinação em látex testados no painel de amostras utilizando a IgG, o LATEXY-ROTA obteve uma sensibilidade de 100% e especificidade de 88,24%. Baseado nos dados obtidos, sugerimos a viabilidade da substituição da IgG por IgY no ensaio de aglutinação pelo látex / The infection by rotavirus (RV ) is responsible for approximately 453,000 de aths annually and approximately 40 % of hospitalizations by diarrhea in children under five years worldwide , being the major cause of acute gastroent eritis in this population group . The development of a rapid method, inexpensive , sensitive and specific for rotavirus diagnosis is important from the disease because it allows the identification of outbreaks in the site of occurrence . The use of Immunoglobulin Y (IgY ) antibody purified from egg yolk, has been grow n in recent years , due to the advantageous features compared to immunoglobulin G (IgG) , as a noninvasive recovery of antibodies and production in high concentrations . The aim of t his method was to adapt a diagnostic test by replacing the IgG capture antibody by specific IgY for RVA antigen (LATEXY - ROTA). For that, 09 laying hens were immunized with RVA , the eggs were collected and IgY purified from egg yolk by polyethylene glycol 6 ,000, followed by purification by ion exchange chromatography. The purified anti - IgY RVA was covalently bound to polystyrene particles , being tested in a p anel of positive and negative fecal samples previously determined by the R otavirus Regional Reference Center of Compa rative and Environmental Virology Laboratory (LVCA / IOC - FIOCRUZ ) . A sensitivity of 75% and specificity of 85,7% was observed when the adapted test was compared to a commercial available enzyme immunoassay (golden standard). When compared to two commercial l atex agglutination tests using the IgG tested on the panel of samples , the LATEXY - ROTA had a sensitivity of 100% and specificity of 88.2 %. Based on the obtained data, we suggest the feasibility of replacing the IgG by IgY in the latex agglu tination assay.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-05-23T19:07:54Z No. of bitstreams: 1 ana_carolina_ga_teixeira_ioc_bp_0014_2010.pdf: 1653062 bytes, checksum: c8bcad08106fd76eb4c45a58831e4f12 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-23T19:07:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ana_carolina_ga_teixeira_ioc_bp_0014_2010.pdf: 1653062 bytes, checksum: c8bcad08106fd76eb4c45a58831e4f12 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) FIOCRUZ / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Os Rotavirus A (RV-A) são os principais causadores de gastroenterites em crianças menores de cinco anos de idade. Estes vírus estão diretamente associados à diarréia e vômito e são transmitidos pela propagação de pessoa a pessoa por via fecal-oral; entretanto, a transmissão ambiental de RV-A pelo contato com superfícies contaminadas tem sido descrita em hospitais. O objetivo deste estudo foi estabelecer um protocolo para detecção de RV-A em superfícies e fômites, a fim de avaliar o RV-A como marcador biológico de contaminação de superfícies hospitalares. Um estudo piloto foi realizado para avaliação e determinação da metodologia de recuperação viral a ser utilizada em estudo no Centro de Tratamento Intensivo de um hospital da rede particular situado na cidade do Rio de Janeiro, Brasil. Neste local, no período de janeiro a junho de 2009, foram realizadas coletas mensais de 12 superfícies e fômites de 7 leitos do CTI, totalizando 504 amostras provenientes de: suporte para álcool gel, botão de descarga, cadeira do acompanhante, suporte de clorexidina, tampa da lixeira de resíduos comuns, maçaneta interna da porta do leito, controle da cama, maçaneta externa do banheiro, teclado da bomba de infusão, controle remoto, mesa de apoio e telefone. As amostras foram obtidas por fricção de ―swabs” embebidos em meio de cultura (DMEM) e a extração do ácido nucléico viral realizada pelo método de isotiocianato de guanidina/sílica, seguida da síntese do cDNA utilizando iniciador randômico (pdN6). Protocolos de reação em cadeia da polimerase (PCR) qualitativa e quantitativa foram utilizados para detecção e quantificação do RV-A pela amplificação parcial dos genes que codificam para a proteína estrutural VP6 e a não estrutural NSP3, respectivamente. Das 504 amostras analisadas, 25 (5%) foram positivas para RV-A pela RT-PCR, ao passo que pela Nested-PCR este número aumentou para 73 (14,5%). Destas 45 (61,6%) foram quantificadas pela qPCR com carga viral variando de 3,4 x 100cg/mL a 2,9 x 103cg/mL. O sequenciamento nucleotidico dos produtos obtidos pela nested-RT-PCR confirmaram a contaminação por RV-A. A detecção de RV-A em superfícies hospitalares aponta para a necessidade de um maior controle de higienização que reduza a contaminação por vírus, e sugere a utilização do RV-A como marcador biológico de contaminação de superfícies hospitalares. / Rotavirus A (RV-A) is the main cause of acute gastroenteritis in children under five years of age. This virus is directly associated with diarrhea and vomiting and is transmitted by spread from person to person by the fecal-oral route, however, environmental transmission of RV-A by contact with contaminated surfaces has been described in hospitals. The aim of this study was to establish a protocol for detection of RV-A on surfaces and fomites in order to assess RV-A as a contamination biomarker of hospital surfaces. A pilot study was performed for evaluation and determination of viral recovery methods to be used in a study in the intensive care unit (ICU) of a private hospital located in the city of Rio de Janeiro, Brazil. From January to June/2009, samples were collected monthly from 12 surfaces and fomites of 7-bed of the ICU. There was a total of 504 samples collected from the following sites: alcohol gel and chlorhexidine dispensers, toilet flush button, chair from the accompanying person, ordinary waste bin lid, door handle from outside the bathroom door and the patient’s room, bed control, infusion pump keyboard, TV remote control, desk and telephone. Samples were obtained by rubbing swabs embedded in culture medium (DMEM). Viral nucleic acid extraction was performed by the method of guanidine isothiocyanate / silica, followed by cDNA synthesis using random primer (pdN6). Qualitative and quantitative polymerase chain reaction (PCR) were used for detection and quantification of RV-A by partial amplification of genes coding for the structural protein VP6 and nonstructural protein NSP3, respectively. Of the 504 analyzed samples, 25 (5%) were positive for RV-A by RT-PCR; when nested-PCR was used, the number increased to 73 (14.5%). Of these, 45 (61.6%) were quantified by quantitative PCR with viral load ranging from 3.4 x 100cg/mL to 2.9 x 103cg/mL. Nucleotide sequences of the products obtained by nested-RT-PCR confirmed RV-A contamination. Detection of RV-A in hospital surfaces indicates the need of greater control on cleaning procedures to reduce contamination by viruses and suggests using RV-A as a possible biomarker for contamination of hospital surfaces.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-06-04T18:27:54Z No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-04T18:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ludmila_n_rocha_ioc_bp_0020_2010.pdf: 2174715 bytes, checksum: ebf8bfd1505512fa4a3904c3dc6b97f6 (MD5) Previous issue date: 2010 / Instituto Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Em todo o mundo as gastroenterites infantis agudas causadas por rotavírus do grupo A (RV-A) estão associadas a cerca de 611.000 mortes por ano. RV-A pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, e são constituídos de onze segmentos de RNA dupla-fita que codificam para seis proteínas estruturais (VPs) e seis proteínas não-estruturais (NSPs). Os genótipos de RV-A são definidos por dois genes que codificam para as duas proteínas do capsídeo externo, VP4 (P) e VP7 (G). Estudos epidemiológicos demonstraram que mundialmente cinco genótipos G são mais frequentes: G1-G4 e G9; em associação com os genótipos P [8], P [4] ou P [6]. Em 2005 houve a re-emergência do genótipo G3 em crianças internadas em um hospital público no Rio de Janeiro, em concordância com a emergência desse genótipo em diversas partes do mundo, principalmente nos países asiáticos. O objetivo do presente estudo é determinar a relação entre os genes VP4, VP7 e NSP4 de RV-A genótipo G3 isoladas no Rio de Janeiro entre 1996 e 2009. A análise filogenética realizada a partir das seqüências de nucleotídeos dos genes do VP7, VP4 e NSP4 demonstrou que as amostras que circularam em 1996 e 1997 no Rio de Janeiro são distintas daquelas que foram isoladas em 2005 e 2006, sugerindo uma possível introdução deste genótipo no Rio de Janeiro. Em 2009, mais amostras de RV-A G3 foram detectadas no Rio Grande do Sul. A análise dos três genes estudados demonstrou estreita relação genética com as amostras isoladas em 2005. Recentemente, um novo sistema de classificação de rotavírus foi proposto, em que todos os 11 segmentos do genoma de RNA são utilizados e valores de cut-off foram determinados para diferenciar os genótipos. Segundo essa nova classificação, todas as amostras desse estudo foram classificadas como pertencentes aos genótipos G3 – P[8] – E1 para VP7, VP4 e NSP4, respectivamente. Em todos os genes estudados foram observadas mutações pontuais em regiões antigênicas, porém são necessários mais estudos para avaliar a importância na estrutura e função das proteínas. Foram evidenciados eventos de reestruturação genômica entre amostras humanas para o gene que codifica para VP4 (VP8*), os quais podem estar relacionados a uma vantagem adaptativa para o vírus. Os resultados do presente estudo confirmam a importância do monitoramento contínuo e da caracterização molecular das amostras de RV-A a fim de obter melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G3. / Acute gastroenteritis caused by group A rotaviruses (RV-A) are associated to nearly 611,000 deaths of children worldwide per year. RV-A belong to the family Reoviridae, genus Rotavirus, and are characterized by having a segmented genome, composed of 11 segments of double-stranded RNA that encodes six structural proteins (VPs) and six non-structural proteins (NSPs). The genotypes of RV-A are defined by two genes that codify the two outer proteins, VP4 (P) and VP7 (G). Epidemiological studies in several parts of the world have indicated that there are five most common G genotypes: G1-G4 and G9; in association with P [8], P [4] or P [6] genotypes. In 2005, genotype G3 has emerged in hospitalized children in a public hospital in Rio de Janeiro, corroborating the global emergence of this genotype, especially in Asian countries. The present study aims to determine the relationship between the genes VP4, VP7 and NSP4 of stool samples positive for RV-A genotype G3 isolated in Rio de Janeiro between 1996 and 2006. Phylogenetic analyses carried out on the VP7, VP4 and NSP4 genes demonstrated that the samples that circulated in 1996 and 1997 in Rio de Janeiro are distinct from those that were detected in 2005 and 2006, which suggests a possible entering of a new G3 variant in Rio de Janeiro. In 2009, new samples of G3 were detected in Rio Grande do Sul. The analysis of the three studied genes demonstrated a straight genetic relation with the samples identified in 2005. A new rotavirus classification system has been recently proposed, in which all the 11 RNA genome segments are utilized and cut-off values were determinated to differ the genotypes. According to this new classification, all the samples in this study were characterized as genotypes G3 – P[8] – E1 to VP7, VP4 and NSP4, respectively. In all studied genes there were amino acids substitutions in antigenic regions, although more studies are necessary to evaluate the importance in the structure and protein functions. Genomic restructuration events in the VP4 (VP8*) codifying gene between human samples have been been described, which might be related to an adaptive advantage for the virus. The results of the current study confirm the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A samples with the purpose of a better understanding of RV epidemiology and evolution.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-23T16:32:24Z No. of bitstreams: 1 carmen_b_vieira_ioc_bcm_0002_2010.pdf: 1656859 bytes, checksum: 62b8e8b68ef938a3f60ee88a24b5056c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-23T16:32:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carmen_b_vieira_ioc_bcm_0002_2010.pdf: 1656859 bytes, checksum: 62b8e8b68ef938a3f60ee88a24b5056c (MD5) Previous issue date: 2010 / Dra. Ana Maria Coimbra Gaspar / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O aumento das atividades recreacionais na água tem contribuído para a transmissão de doenças de veiculação hídrica. Os parâmetros de balneabilidade avaliados para exposição humana em águas naturais incluem indicadores bacteriológicos. Entretanto, a presença de vírus nestas águas não é considerada. Neste contexto, os vírus excretados nas fezes de pessoas infectadas são importantes contaminantes de águas superficiais em função do contínuo despejo de esgoto doméstico. Este estudo tem como objetivo avaliar a contaminação pelos principais agentes etiológicos da gastroenterite viral aguda, rotavírus grupo A (RV-A) e norovírus (NV), em águas superficiais da Lagoa Rodrigo de Freitas pela detecção, quantificação e caracterização molecular destes agentes, correlacionando-os com parâmetros microbiológicos e físico-químicos de qualidade da água. A Lagoa é um ponto turístico e de lazer de grande expressão na cidade do Rio de Janeiro, tem sua água classificada como água de recreação de contato primário e, atualmente, está passando por um programa de despoluição para reverter o seu estado de degradação ambiental. Entre Agosto de 2007 e Julho de 2008, 2L de água superficial foram coletados mensalmente em 12 pontos, incluindo 10 pontos na Lagoa Rodrigo de Freitas, um no Rio dos Macacos, que desemboca na Lagoa, e um na praia do Leblon, onde a água da Lagoa é escoada, totalizando 144 amostras. As amostras foram concentradas 1000X pelo método de adsorção-eluição utilizando uma membrana carregada negativamente e reconcentradas a uma volume final de 2mL em Centriprep®YM-50. RV-A e NV foram detectados e quantificados pelas técnicas de reação em cadeia pela polimerase convencional e quantitativa (cPCR / qPCR) precedidas por transcrição reversa (RT). Pela análise conjunta destas metodologias, RV-A e NV-GII foram detectados em 24,3% (35/144) e 18,8% (27/144) das amostras estudadas, respectivamente. A quantificação de RV-A e NV- GII variou de 3,34 a 4680 cg/100mL e 1,57 a 26,5 cg/100mL, respectivamente. As amostras positivas de RV-A foram caracterizadas pelo sequenciamento parcial do segmento 6 (VP6) como subgrupo I e genótipo I2 segundo a nova classificação proposta para estes vírus. E.coli foi quantificada por Kit Colilert-18Kit Quanti-Tray®/ 2000 em cada ponto de coleta como um indicador bacteriológico de contaminação fecal e 87,5% (126/144) das amostras de água foram caracterizadas como próprias conforme estabelecido pela legislação vigente. RV-A e/ou NV-GII foram detectados em 38,1% (48/126) dessas amostras, evidenciando a presença de vírus em águas que estão dentro dos padrões aceitáveis para E.coli, não sendo observada a associação entre este parâmetro e a detecção destes vírus. Adenovirus humano (HuAdV) foram pesquisados como possíveis marcadores virais de contaminação fecal humana, sendo detectados em 16,7% (24/144) das amostras, apresentando distribuição não homogênea em relação aos resultados de E.coli, RV-A e NV-GII. Parâmetros físico-químicos como salinidade, temperatura, pH, cloro e turbidez foram determinados, sendo demonstrada uma distribuição não homogênea entre RV-A e turbidez e NV-GII e pH. Os dados obtidos neste estudo enfatizam a necessidade do estabelecimento de parâmetros virais para a avaliação da qualidade da água e a necessidade de se disponibilizar protocolos de detecção viral que auxiliem para a adoção de medidas de controle de contaminação ambiental pelas autoridades Municipal e Estadual. / The increase of recreational activities in water has contributed to the transmission of waterborne diseases. The bathing parameters evaluated for human exposure in natural waters include bacteriological criteria. However the presence of virus is not considered. In this context, viruses excreted in feces of infected people are important contaminants of surface water due to the continuous discharge of domestic sewage.This study aims to evaluate the contamination by the main etiologic agents of viral acute gastroenteritis, group A rotavirus (RV-A) and norovirus (NV), in surface waters of the Rodrigo de Freitas Lagoon by detection, quantification and molecular characterization of these agents, correlating with the microbiological and physico- chemical standards for water quality. From August 2007 to July 2008, 2L of surface water were monthly collected at 12 sites, including 10 sites in the Rodrigo de Freitas Lagoon, one in the Macacos River, which flows into Lagoon, and one at Leblon Beach, where water Lagoon is drained, totalizing 144 samples. The samples were concentrated 1000X by an adsorption-elution method using a negatively charged membrane and reconcentrated to a final volume of 2mL in Centriprep ®YM-50 concentrator. RV-A and NV were detected and quantified by conventional and quantitative polymerase chain reaction (cPCR/qPCR) preceded by reverse transcription (RT). For the joint analysis of these methodologies RV-A and NV-GII were detected in 24,3% (35/144) and 18,8% (27/144) of the studied samples, respectively. Quantification of RV-A and NV-GII ranged from 3,34 to 4680 cg/100mL and 1,57 to 26,5 cg/100mL, respectively. The RV-A positive samples were characterized by partial sequencing of segment 6 (VP6) as subgroup I and I2 genotype according to the new classification proposed. E.coli was quantified using Colilert®-18Kit Quanti-Tray®/2000 in each collection site as bacterial standard of fecal contamination and 87.5% (126/144) of water samples analyzed were characterized as suitable for bath as established by legislation. RV-A and/or NV-GII were detected in 38,1% (48/126) of these samples, showing the presence of viruses in waters that are within the standards for acceptable E.coli and there was no association between this parameter and viral detection. Human adenoviruses (HuAdV) were investigated as possible viral markers of human fecal contamination and were detected in 16,7% (21/144) of the samples showing non-homogeneous distribution in relation to the results of E. coli, RV-A and NV-GII. Physico-chemical parameters, like salinity, temperature, pH, chlorine and turbidity, were determined in loco. It was demonstrated a non-homogeneous distribution of positive and negative samples between RV-A and turbidity and NV-GII and pH. Data obtained in this study emphasize the need for the establishment of viral parameters for the assessment of water quality and the need to provide viral detection protocols that lead to the adoption of measures to control environmental contamination by municipal and state authorities