Le nombre et la complexité toujours croissants des préoccupations prises en compte dans les systèmes logiciels complexes (e.g., sécurité, IHM, scalabilité, préoccupations du domaine d'application) poussent les concepteurs de tels systèmes à séparer ces préoccupations afin de les traiter de manière indépendante. L'ingénierie dirigée par les modèles (IDM) prône la séparation des préoccupations au sein de langages de modélisation dédiés. Les langages de modélisation dédiés permettent de capitaliser le savoir et le savoir-faire associés à une préoccupation au travers des constructions du langage et des outils associés. Cependant la définition et l'outillage d'un langage dédié demande un effort de développement important pour un public par définition réduit. Nous proposons dans cette thèse une relation liant les modèles et une interface de modèle permettant de faciliter la mise en place de facilités de typage pour la définition et l'outillage d'un langage dédié. Cette interface expose les éléments de modèle et les transformations de modèles associés à un langage de modélisation dédié. Nous représentons une telle interface par un type de modèles supportant des relations de sous-typage et d'héritage. Dans ce but nous définissons : une relation de typage entre les modèles et les langages de modélisation dédiés permettant de considérer les modèles comme des entités de première classe ; des relations de sous-typage entre langages de modélisation dédiés permettant la réutilisation de la syntaxe abstraite et des transformations de modèles. / The ever growing number and complexity of concerns in software intensive systems (e.g., safety, HMI, scalability, business domain concerns, etc.) leads designers of such systems to separate these concerns to deal with them independently. Model-Driven Engineering (MDE) advocates the separation of concerns in Domain-Specific Modeling Languages (DSMLs). DSMLs are used to capitalize the knowledge and know-how associated with a concern through the language constructs and its associated tools. However, both definition and tooling of a DSML require a significant development effort for a limited audience. In this thesis, we propose a relationship between models and model interfaces in order to ease the design of typing facilities for the definition and tooling of a DSML. This interface exposes the model elements and model transformations associated with a DSML. We represent such an interface by a model type supporting subtyping and inheritance relationships. For this purpose we define : a typing relationship between models and DSMLs allowing to consider models as first-class entities; subtyping relationships between DSMLs enabling the reuse of abstract syntax and model transformations.

L'ingénierie des lignes de produits est une approche utilisée pour développer une famille de produits. Ces produits partagent un ensemble de points communs et un ensemble de points de variation. Aujourd'hui, la validation est une activité disjointe du processus de développement des lignes de produits. L'effort et les moyens fournis dans les campagnes de tests de chaque produit peuvent être optimisés dans un contexte plus global au niveau de la ligne de produits. Le model-based testing est une technique de génération automatique des cas de test à partir d'un modèle d'états et de transitions construit à partir des exigences fonctionnelles. Dans cette thèse, nous présentons une approche pour tester une ligne de produits logiciels avec le model-based testing. La première contribution consiste à établir un lien entre le modèle de variabilité et le modèle de test, à l'aide des exigences fonctionnelles. La deuxième contribution est un algorithme qui extrait automatiquement un modèle de test spécifique à un produit membre de la famille de produits sous test. L'approche est illustrée par une famille de produits de tableaux de bord d'automobiles et expérimentée par un industriel du domaine aéronautique dans le cadre du projet Européen MBAT. / Software product line engineering is an approach that supports developing products in family. These products are described by common and variable features. Currently, the validation activity is disjointed from the product lines development process. The effort and resources provided in the test campaigns for each product can be optimized in the context of product lines. Model-based testing is a technique for automatically generating a suite of test cases from requirements. In this thesis report, we present an approach to test a software product line with model-based testing. This technique is based on an algorithm that establishes the relationship between the variability model released with OVM and the test model, using traceability of functional requirements present in both formalisms. Our contribution is an algorithm that automatically extracts a product test model. It is illustrated with a real industrial case of automotive dashboards and experimented by an industrial of aeronautic domain in the MBAT European project context.

Durant les dix dernières années, l'infrastructure informatique et l'infrastructure industrielle ont évolué de manière à passer de systèmes monolithiques à des systèmes hétérogènes, autonomes et largement distribués. Tous les systèmes ne peuvent pas coexister de manière isolée et exigent que leurs données soient partagées de manière à accroître la productivité de l'entreprise. En fait, nous progressons vers des systèmes complexes plus vastes où des millions des systèmes doivent être intégrés. Ainsi, l'exigence d'une solution d'interopérabilité peu coûteuse et rapide devient un besoin essentiel. Aujourd'hui, les solutions imposent les normes ou les middlewares pour gérer cette problématique. Cependant, ces solutions ne sont pas suffisantes et nécessitent souvent des développements ad-hoc spécifiques. Ainsi, ce travail propose l'étude et le développement d'une architecture d'interopérabilité générique, modulaire, agnostique et extensible basée sur des principes de l'architecture dirigée par les modèles et les concepts de la séparation de préoccupations. Il vise à promouvoir l'interopérabilité et l'échange de données entre les systèmes hétérogènes en temps réels sans obliger les systèmes à se conformer à des normes ou technologies spécifiques. La proposition s'applique à des cas d'usages industriels dans le contexte de réseau de distribution de gaz français. La validation théorique et empirique de notre proposition corrobore note hypothèses que l'interopérabilité entre les systèmes hétérogènes peut être atteinte en utilisant les concepts de la séparation de préoccupations et de l'ingénierie dirigée par les modèles et que le coût et le temps pour promouvoir l'interopérabilité est réduit en favorisant les caractéristiques de la réutilisabilité et de l'extensibilité. / Over the last decade, the information technology and industrial infrastructures have evolved from containing monolithic systems to heterogeneous, autonomous, and widely distributed systems. Most systems cannot coexist while completely isolated and need to share their data in order to increase business productivity. In fact, we are moving towards larger complex systems where millions of systems and applications need to be integrated. Thus, the requirement of an inexpensive and fast interoperability solution becomes an essential need. The existing solutions today impose standards or middleware to handle this issue. However, these solutions are not sufficient and often require specific ad-hoc developments. Thus, this work proposes the study and the development of a generic, modular, agnostic and extensible interoperability architecture based on modeling principles and software engineering aspects. It aims to promote interoperability and data exchange between heterogeneous systems in real time without requiring systems to comply with specific standards or technologies. The industrial use cases for this work takes place in the context of the French gas distribution network. The theoretical and empirical validation of our proposal corroborates assumptions that the interoperability between heterogeneous systems can be achieved by using the aspects of separation of concerns and model-driven engineering. The cost and time to promote the interoperability are also reduced by promoting the characteristics of re-usability and extensibility.

L'un des challenges des roboticiens consiste à gérer un grand nombre de variabilités. Ces dernières concernent les concepts liés au matériel et aux logiciels du domaine de la robotique. Par conséquent, le développement des applications de robotique est une tâche complexe. Non seulement, elle requiert la maîtrise des détails de bas niveau du matériel et du logiciel mais aussi le changement du matériel utilisé dans une application entraînerait la réécriture du code de celle-ci. L'utilisation de l'ingénierie dirigée par les modèles dans ce contexte est une voie prometteuse pour (1) gérer les problèmes de dépendance de bas niveau des applications des détails de bas niveau à travers des modèles stables et (2) faciliter le développement des applications à travers une génération automatique de code vers des plateformes cibles. Les langages de modélisation spécifiques aux domaines mettent en oeuvre les techniques de l'ingénierie dirigée par les modèles afin de représenter les concepts du domaine et permettre aux experts de celui-ci de manipuler des concepts qu'ils ont l'habitude d'utiliser. Cependant, ces concepts ne sont pas suffisants pour représenter tous les aspects d'une application car ils très généraux. Il faudrait alors s'appuyer sur une démarche pour extraire des abstractions à partir de cas d'utilisations concrets et ainsi définir des abstractions ayant une sémantique opérationnelle. Le travail de cette thèse s'articule autour de deux axes principaux. Le premier axe concerne la contribution à la conception d'un langage de modélisation spécifique au domaine de la robotique mobile (RobotML). Nous extrayons à partir d'une ontologie du domaine les concepts que les roboticiens ont l'habitude d'utiliser pour la définition de leurs applications. Ces concepts sont ensuite représentés à travers une interface graphique permettant la représentation de modèles afin d'assurer une facilité d'utilisation pour les utilisateurs de RobotML. On offre ainsi la possibilité aux roboticiens de représenter leurs scénarios dans des modèles stables et indépendants des plateformes cibles à travers des concepts qu'ils ont l'habitude de manipuler. Une génération de code automatique à partir de ces modèles est ensuite possible vers une ou plusieurs plateformes cibles. Cette contribution est validée par la mise en oeuvre d'un scénario aérien dans un environnement inconnu proposé par l'ONERA. Le deuxième axe de cette thèse tente de définir une approche pour rendre les algorithmes résistants aux changements des détails de ba niveau. Notre approche prend en entrée la description d'une tâche de robotique et qui produit : un ensemble d'abstractions non algorithmiques représentant des requêtes sur l'environnment y compris le robot ou des actions de haut niveau , un ensemble d'abstractions algorithmiques encapsulant un ensemble d'instructions permettant de réaliser une sous-tâche de la tâche étudiée , algorithme générique configurable défini en fonction de ces abstractions. Ainsi, l'impact du changement du matériel et des stratégies définies dans les sous-tâches n'est pas très important. Il suffit d'adapter l'implantation de ces abstractions sans avoir à modifier l'algorithme générique. Cette approche est validée sur six variantes d'une famille d'algorithmes de navigation appelée Bug. / One of the challenges of robotics is to manage a large number of variability. The latter concerns the concepts related to hardware and software in the field of robotics. Therefore, the development of robotic applications is a complex task. Not only it requires mastery of low-level details of the hardware and software but also if we change the used hardware in an application, this would impact the code. The use of model-driven engineering in this context is a promising way to (1) manage low-level dependency problems through stable models and (2) facilitate the development of applications through automatic code generation to target platforms . Domain Specific Modeling Languages implement the model driven engineering technologies to represent the domain concepts and enable experts to manipulate concepts they are used to use. However, these concepts are not sufficient to represent all aspects of an application because they are very general. We would then use an approach to extract abstractions from concrete use cases and thus define abstractions with an operational semantics. The work of this thesis focuses on two main axes. The first concerns the contribution to the design of a domain specific modeling language for mobile robots (RobotML). We extract from a domain ontology concepts that roboticists have used to use to define their applications. These concepts are then represented through a graphical interface representation model to ensure ease of use for RobotML users. An automatic code generation from these models can then be performed to one or more target platforms. This contribution is enabled by setting implement an air scenario, in an unknown environment, proposed by ONERA. The second focus of this thesis attempts to define an approach to make the algorithms resistant to the change of low-level details. Our approach takes as input a description of a task and produces robotic : a set of non-algorithmic abstractions representing queries on environnment (including robot) or high-level actions, a set of algorithmic abstractions encapsulating a set of instructions to perform a sub-task of the studied task, a generic configurable algorithm defined according to these abstractions. Thus, the impact of changing hardware and strategies defined in the sub-tasks is not very important. Simply adapt the implementation of these abstractions without changing the generic algorithm. This approach is validated on six variants of a navigation algorithms family called Bug.

L’Internet des Objets (IdO) est un nouveau paradigme, dont l’idée de base est d’avoir un grand nombre d’objets de façon ubiquitaire. Ces objets sont capables d’interagir les uns avec les autres et de coopérer avec leurs voisins en partageant des données acquises directement en mesurant certains faits. Tout cela, afin d’atteindre des objectifs communs. Cette information ne représente pas seulement l’état des utilisateurs, mais aussi les processus dans lesquels ils sont impliqués, on appelle cela le Contexte. Le Contexte informe à la fois la reconnaissance et le mappage des opérations en fournissant une vue structurée et unifiée du monde dans lequel un système fonctionne.Avec l’IdO, de nombreuses applications récupèrent des informations de contexte concernant les utilisateurs (propriétaires de contexte) tels que, leurs habitudes, leurs comportements et leur «sentiment» (état de santé). Ceci, offre alors beaucoup d’avantages pour les utilisateurs, mais au dépend de leur intimité. La problématique de recherche de cette thèse se situe dans la vision orientée sémantique de l’IdO. Dans ce cadre, les technologies sémantiques jouent un rôle clé dans l’exploitation des solutions de modélisation parfaitement appropriée pour intégrer la notion de sécurité de la vie privée dans l’IdO. Les applications et services (consommateurs de contexte), qui sont sensibles au contexte, attendent des données de contexte correctes et fiables afin d’adapter leurs fonctionnalités. Dans cette thèse, la qualité de Contexte (QoC) est une métadonnée qui est associée aux informations de contexte. Elle décrit une série de critères exprimant la qualité de l’information de contexte. Ces métadonnées peuvent être utilisées pour déterminer la valeur de l’information pour une application particulière dans une situation particulière. Nous explorons des solutions intergicielles et des structures logiciels pour intégrer la gestion de la vie privée et QoC dans l’IdO.Cette thèse se distingue des autres recherches du domaine de la gestion de contexte et tient compte du découplage des participants IdO; à savoir, les propriétaires des informations de contexte et les consommateurs de ces informations de contexte. De plus, nous considérons la QoC comme un facteur affectant la vie privée des individus. Cette thèse fournit les contributions suivantes selon deux axes: Axe 1: Concevoir un contexte contrat méta-modèle pour définir la vie privée et QoC pour exprimer les préoccupations des propriétaires et consommateurs de contexte; basé sur la confiance réciproque, puisque les deux sont découplés. Cette conception est basée sur deux points : Premièrement, nous considérons que la vie privée est la capacité des propriétaires de contexte à contrôler quoi, comment, quand, où et avec qui partager des informations. Par conséquent, nous identifions quatre dimensions de la vie privée (le but, la visibilité, la rétention, la QoC), pour les utiliser au moment de la définition des politiques et des obligations d’accès. Deuxièmement, les consommateurs de contexte attendent un certain niveau de QoC afin d’accomplir leurs tâches. Nous proposons alors de définir deux types de contrat de contexte : le premier, pour la partie producteur et un second pour le côté du consommateur.Axe 2 : Proposer un algorithme pour créer des accords entre les producteurs et les consommateurs de contexte en évaluant et en comparant les exigences par rapport aux garanties indiquées sur leurs contrats de contexte respectives.Comme les deux participants de l’IdO ont des contrats symétriques, quand un participant définit ses besoins, l’autre définit ses garanties. Le processus de correspondance de ces contrats de contexte vérifie si les exigences de l’une des parties sont incluses dans les garanties offertes par l’autre partie.A partir de cette définition, nous avons conçu des algorithmes pour déterminer si l’accès et la consommation sont autorisés ou non, selon la correspondance des contrats de contexte / The Internet of Things (IoT) is a novel paradigm, which basic idea is the pervasive presence around us of a variety of things or objects that are able to interact with each other and cooperate with their neighbors by sharing data, directly acquired by measuring some facts, in order to reach common goals. This information not only represents the state of users but also the processes in which they are involved, this is called the Context. The context informs both recognition and mapping operations by providing a structured, unified view of the world in which a system operates. With the IoT, many applications consume context information concerning users (context owners) such as, daily routines, behaviors and health, offering lots of benefits to users, but compromising their privacy. The re-search problematic of this thesis lies within the “semantic-oriented” IoT vision. In this context, semantic technologies play a key role in exploiting appropriate modelling solutions for integrating privacy security into the IoT. Context-aware applications and services (context consumers) expect correct and reliable context data to adapt their functionalities. In this thesis the Quality of Context (QoC) is meta-data attached to context information describing a range of criteria that express context information quality. These meta-data can be used to determine the worth of the information for a particular application in a particular situation. We explore middleware and framework solutions to integrate the management of privacy and QoC in the IoT. This thesis is distinguished from other context management domain researches by bearing in mind the decoupling of the IoT participants, i.e., the owners of context information and the consumers of this context information. Moreover, we consider the QoC as a factor affecting the privacy of individuals. This thesis provides the following contributions along two axis: 1. Designing a Context Contract Meta-model to define privacy and QoC concerns of decoupled context owners and context consumers based on reciprocal trust. This design is based on two points. Firstly, we consider that privacy is the capacity of context owners to control what, how, when, where and with whom to share information. Therefore, we identify four privacy dimensions (purpose, visibility, retention, QoC), and use them in the definition of access policies and obligations. Secondly, context consumers expect a certain QoC level in order to perform their tasks. We then propose to define two kinds of context contract for the producer and the consumer sides as follows: Context producer contract: A context contract whose clauses are expressions of the production of context data, of privacy requirements, and of QoC guarantees; Context consumer contract: A context contract whose clauses are expressions of the consumption of context data, of QoC requirements, and of privacy guarantees. Each context contract is created without the knowledge of is counter party.2. Proposing an algorithm to create agreements among context producers and context consumers by evaluating and compare requirements against guarantees, stated on their respective context contracts. As both IoT participants have symmetric contracts, when one participant defines its requirements, the other one defines its guarantees. The matching process of these context contracts verifies if the requirements of one party are included within the guarantees offered by the other party. Therefore, taking a decision based on this compatibility match from the producer point of view is to permit or deny the access to context data. Complementarily, from a consumer point of view, the consumption of context data is permitted or denied. From this definition, we designed algorithms to determine whether access and consumption are authorized or not, according to the context contracts matching

Les logiciels modernes sont de plus en plus complexes. Ceci est dû en partie à l'hétérogénéité des solutions misent en oeuvre, au caractère distribué des architectures de déploiement et à la dynamicité requise pour de tels logiciels qui devraient être capable de s'adapter en fonction des variations de leur contexte d'évolution. D'un autre coté, l'importance grandissante des contraintes de productivité dans le but de réduire les coûts de maintenance et de production des systèmes informatiques a favorisé l'émergence de nouveaux paradigmes pour répondre à la complexité des logiciels modernes. L'informatique des systèmes autonomes (Autonomic computing) s'inscrit dans cette perspective. Elle se propose entre autres de réduire le coût de maintenance des systèmes informatiques en développant des logiciels dits autonomes, c'est à dire dotés de la capacité de s'auto-gérer moyennant une intervention limité d'un opérateur humain. Toutefois, le développement de logiciels autonomes soulèvent de nombreux défis scientifiques et technologiques. Par exemple, l'absence de visibilité de la couche de contrôle dans les applications autonomes rend difficile leur maintenabilité, l'absence d'outils de vérification pour les architectures autonomes est un frein pour l'implémentation d'applications fiables, enfin, la gestion transparente des propriétés non-fonctionnelles et la traçabilité entre le design et l'implémentation sont autant de défis que pose la construction de logiciels autonomes flexibles. La principale contribution de cette thèse est CORONA. CORONA est un canevas logiciel qui vise à faciliter le développement de logiciels autonomes flexibles. Dans cet objectif, CORONA s'appuie sur un langage de description architecturale qui réifie les éléments qui forment la couche de contrôle dans les systèmes autonomes. CORONA permet l'intégration transparente des propriétés non-fonctionnelles dans la description architecturale des systèmes autonomes. il fournit aussi dans sa chaîne de compilation un ensemble d'outils qui permet d'effectuer des vérifications sur l'architecture des systèmes autonomes. Enfin, la traçabilité entre le design et l'implémentation est assurée par un mécanisme de génération des skeletons d'implémentation à partir d'une description architecturale. Les différentes propriétés de CORONA sont illustrées par trois cas d'utilisation.

Les entreprises collaborent pour saisir des opportunités, échanger des documents et ressources, cela en suivant des processus métier pouvant évoluer. Les portails collaboratifs sont une solution orientée web à ce besoin de collaboration. Cependant, la conception et la maintenance d'un portail collaboratif métier n'est pas trivial et reste peu accessible aux acteurs de l'entreprise. Cela a comme conséquence la difficulté de maintenir et faire évoluer le portail collaboratif sans que cela ne soit trop coûteux en temps et financièrement. Afin de répondre à cette problématique, une solution consiste à capter les besoins métier de la collaboration dans un modèle, puis générer automatiquement le portail collaboratif correspondant. Le modèle, dans ce cas, doit être accessible aux acteurs métier et expressif décrivant ainsi les aspects les plus complexes d'une collaboration. C'est dans ce contexte que se situent nos travaux. À défaut d'avoir une solution toute faite, nous avons mis en place une approche de conception de portail collaboratif fondée sur l'Ingénierie Dirigée par les Modèles. Pour la description de nos portails, nous avons choisi de privilégier la modélisation des entreprises centrée sur les processus métier comme point de départ. Notre solution repose sur notre métamodèle MACoP (Modeling and Analysis of Collaborative Portal). Dans ce métamodèle nous avons fait cohabiter l'accessibilité et l'expressivité. Cela en proposant de nouveaux concepts permettant ainsi la génération complète des portails collaboratifs. Le métamodèle MACoP est accompagné d'une chaîne de transformations permettant de passer directement d'un modèle MACoP au code Python du portail collaboratif.

Une entreprise doit être capable de décrire et de demeurer réactive face à un événement endogène ou exogène. Une telle flexibilité peut s'obtenir par la gestion des processus d'entreprise (Business Process Management - BPM). Lors d'une démarche BPM, différentes transformations interviennent sur les modèles de processus développés par l'analyste métier et l'expert en technologies de l'information. Un non-alignement se crée entre ces modèles hétérogènes lors de leurs manipulations : il s'agit du "fossé métier-TI" tel que décrit dans la littérature. L'objectif de notre travail est de proposer un cadre méthodologique permettant un meilleur pilotage des processus métier, afin de tendre vers un alignement systématique de leur modélisation à leur implémentation au sein du système cible. A l'aide de concepts issus de l'ingénierie d'Entreprise et des Systèmes d'Informations dirigée par les modèles et des TI, nous définissons une démarche générique assurant une cohérence intermodèle. Son rôle est de conserver et de fournir toutes les informations liées à la structure et à la sémantique des modèles. En permettant la restitution intégrale d'un modèle transformé au sens de l'ingénierie inverse, notre plateforme permet une synchronisation entre modèle d'analyse et modèle d'implémentation. Le manuscrit présente également l'adéquation possible entre l'ingénierie des procédés et le BPM à travers un point de vue multi-échelle. / A company must be able to describe and to remain responsive against endogenous or exogenous events. Such flexibility can be obtained with the Business Process Management (BPM). Through a BPM approach, different transformations operate on process models, developed by the business analyst and IT expert. A non-alignment is created between these heterogeneous models during their manipulation: this is the "business-IT gap" as described in the literature. The objective of our work is to propose a methodological framework for a better management of business processes in order to reach a systematic alignment from their modelling to their implementation within the target system. Using concepts from Model-driven Enterprise and Information System engineering, we define a generic approach ensuring an intermodal consistency. Its role is to maintain and provide all information related to the model structure and semantics. By allowing a full restitution of a transformed model, in the sense of reverse engineering, our platform enables synchronization between analysis model and implementation model. The manuscript also presents the possible match between process engineering and BPM through a multi- erspective scale.

Les microorganismes constituent la plus grande diversité du monde vivant. Ils jouent un rôle clef dans tous les processus biologiques grâce à leurs capacités d’adaptation et à la diversité de leurs capacités métaboliques. Le développement de nouvelles approches de génomique permet de mieux explorer les populations microbiennes. Dans ce contexte, les biopuces à ADN représentent un outil à haut débit de choix pour l'étude de plusieurs milliers d’espèces en une seule expérience. Cependant, la conception et l’analyse des biopuces à ADN, avec leurs formats de haute densité actuels ainsi que l’immense quantité de données à traiter, représentent des étapes complexes mais cruciales. Pour améliorer la qualité et la performance de ces deux étapes, nous avons proposé de nouvelles approches bioinformatiques pour la conception et l’analyse des biopuces à ADN en environnements parallèles. Ces approches généralistes et polyvalentes utilisent le calcul haute performance (HPC) et les nouvelles approches du génie logiciel inspirées de la modélisation, notamment l’ingénierie dirigée par les modèles (IDM) pour contourner les limites actuelles. Nous avons développé PhylGrid 2.0, une nouvelle approche distribuée sur grilles de calcul pour la sélection de sondes exploratoires pour biopuces phylogénétiques. Ce logiciel a alors été utilisé pour construire PhylOPDb: une base de données complète de sondes oligonucléotidiques pour l’étude des communautés procaryotiques. MetaExploArrays qui est un logiciel parallèle pour la détermination de sondes sur différentes architectures de calcul (un PC, un multiprocesseur, un cluster ou une grille de calcul), en utilisant une approche de méta-programmation et d’ingénierie dirigée par les modèles a alors été conçu pour apporter une flexibilité aux utilisateurs en fonction de leurs ressources matériel. PhylInterpret, quant à lui est un nouveau logiciel pour faciliter l’analyse des résultats d’hybridation des biopuces à ADN. PhylInterpret utilise les notions de la logique propositionnelle pour déterminer la composition en procaryotes d’échantillons métagénomiques. Enfin, une démarche d’ingénierie dirigée par les modèles pour la parallélisation de la traduction inverse d’oligopeptides pour le design des biopuces à ADN fonctionnelles a également été mise en place. / Microorganisms represent the largest diversity of the living beings. They play a crucial rôle in all biological processes related to their huge metabolic potentialities and their capacity for adaptation to different ecological niches. The development of new genomic approaches allows a better knowledge of the microbial communities involved in complex environments functioning. In this context, DNA microarrays represent high-throughput tools able to study the presence, or the expression levels of several thousands of genes, combining qualitative and quantitative aspects in only one experiment. However, the design and analysis of DNA microarrays, with their current high density formats as well as the huge amount of data to process, are complex but crucial steps. To improve the quality and performance of these two steps, we have proposed new bioinformatics approaches for the design and analysis of DNA microarrays in parallel and distributed environments. These multipurpose approaches use high performance computing (HPC) and new software engineering approaches, especially model driven engineering (MDE), to overcome the current limitations. We have first developed PhylGrid 2.0, a new distributed approach for the selection of explorative probes for phylogenetic DNA microarrays at large scale using computing grids. This software was used to build PhylOPDb: a comprehensive 16S rRNA oligonucleotide probe database for prokaryotic identification. MetaExploArrays, which is a parallel software of oligonucleotide probe selection on different computing architectures (a PC, a multiprocessor, a cluster or a computing grid) using meta-programming and a model driven engineering approach, has been developed to improve flexibility in accordance to user’s informatics resources. Then, PhylInterpret, a new software for the analysis of hybridization results of DNA microarrays. PhylInterpret uses the concepts of propositional logic to determine the prokaryotic composition of metagenomic samples. Finally, a new parallelization method based on model driven engineering (MDE) has been proposed to compute a complete backtranslation of short peptides to select probes for functional microarrays.

No description available.