Submitted by Francisco das Chagas Santos de Oliveira (francisco.oliveira63@hotmail.com) on 2018-07-02T21:50:09Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO DEFINITIVA.pdf: 1020140 bytes, checksum: 23a863728dda618ce113cd0231e93e4c (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-07-03T13:18:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_fcs_me_jabo.pdf: 1020140 bytes, checksum: 23a863728dda618ce113cd0231e93e4c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-03T13:18:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_fcs_me_jabo.pdf: 1020140 bytes, checksum: 23a863728dda618ce113cd0231e93e4c (MD5) Previous issue date: 2018-06-06 / A cultura do milho verde é importante fonte de renda para pequenos agricultores no estado do Maranhão com o consumo in natura das espigas durante o ano todo, no entanto, ainda é pouco o que se sabe sobre a interferência das plantas daninhas nesta cultura, bem como o período adequado de controle. Desta forma, objetivou-se identificar as principais plantas daninhas e determinar os períodos de interferência na cultura do milho verde variedade Al Bandeirante. O experimento foi realizado no ano de 2017 no delineamento de blocos ao acaso, com quatro repetições. Os tratamentos consistiram de 11 períodos crescentes de controle e convivência com as plantas daninhas a partir do plantio: (0, 0-7, 0-14, 0-21, 0-28, 0-35, 0-42, 0-49, 0-56, 0-63, 0-70). Nestes períodos foram realizadas a identificação das plantas daninhas e a avaliação da produtividade da cultura para determinação do período anterior à interferência (PAI), do período total de prevenção a interferência (PTPI) e do período crítico de prevenção a interferência (PCPI). As plantas daninhas mais importantes identificadas na cultura do milho verde foram Cyperus spp, Panicum trichoides, Spermacoce latifolia, Mitracarpus hirtus. O PAI foi aos 16 DAE, o PTPI ocorreu aos 6 DAE, não havendo PCPI. Portanto, o controle das espécies identificadas neste estudo dever ser realizadas a qualquer tempo compreendido entre a emergência e os 16 dias do ciclo do milho no município de São Luís, estado do Maranhão. / Maize crop is the most important income source to small farmers in Maranhão state due to natural consumption of spikes during whole year. However, there is few information about of weeds interferences in corn, as well as appropriate period of control. The aim of this study was to identify main weeds and to determine periods of interference in culture of green corn Al Bandeirante. The experiment was conduct in randomized complete block design with four replications in 2017. The treatments consisted of 11 growing periods of control and coexistence with weeds from planting: (0, 0-7, 0-14, 0-21, 0-28, 0-35, 0-42, 0-49, 0-56, 0-63, 0- 70). During this periods were identified and analized crop productivity and its interference (FATHER), total period of interference prevention (PTPI), also critical period of interference prevention (PCPI). Thus, the most important weeds identified in green corn crop were Cyperus spp, Panicum trichoides, Spermacoce latifolia, Mitracarpus hirtus. As a result, the FATHER was at 16 DAE, PTPI occurred at 6 DAE, and there was no PCPI. Therefore, control of species identified in this study should be performed in any time, between emergency and 16 days of corn cycle in São Luís city, Maranhão state.

A análise de carvão vegetal macroscópico na turfeira do distrito de Águas Claras, município de Viamão, Rio Grande do Sul, Brasil, foi efetuada com o objetivo de detectar a ocorrência efetiva de incêndios vegetacionais, tentando relacionar a origem desses eventos a processos naturais decorrentes de fatores climáticos ou a fatores antrópicos. As análises em estereomicroscópio e microscópio eletrônico de varredura centraram-se na obtenção de resultados relativos à dimensão, concentração e morfologia dos fragmentos de lenho, além da definição de padrões de homogeneização das paredes celulares. Incêndios vegetacionais foram detectados em fases distintas dos Sistemas Deposicionais Laguna-Barreira vigentes na Planície Costeira do Rio Grande do Sul. O primeiro pico de incêndio (25.400 anos AP) de idade Pleistoceno superior foi detectado em sedimentação lagunar (Sistema Laguna-Barreira III) e está relacionado com o clímax da glaciação Wisconsiana, que atingiu mais severamente o Hemisfério Norte e o sul do Hemisfério Sul, gerando na zona tropical da America do Sul, um clima muito frio e seco. O segundo pico de incêndio (4.016 a 4.232 anos AP) detectado na turfeira sobrejacente, originou-se ao final da Última Grande Transgressão Pós-glacial do Holoceno (Sistema Laguna- Barreira IV) e ocorreu durante vigência do Ótimo Climático Atlântico. Esse evento é coincidente com intervalos de início de ressecamento concomitantes, identificados anteriormente na própria turfeira de Águas Claras e em alagados de altitude no planalto Sul-rio-grandense, os quais poderiam estar relacionados a registros decorrentes do fenômeno El Nino/La Niña entre 4200–3800 anos AP, cuja ocorrência provocou oscilações climáticas rápidas no Hemisfério Sul, caracterizadas por resfriamento polar, aridez nas faixas tropicais e importantes modificações na circulação atmosférica. Os padrões morfológicos dos fragmentos de carvão vegetal macroscópico permitiram detectar que a vegetação dominante ao longo da deposição do perfil estudado era constituída por angiospermas mono e dicotiledôneas, sugerindo afinidade com vegetação eminentemente campestre, herbácea a arbustiva. O nicho ecológico em que essa associação se desenvolveu estava afastado da área de deposição lagunar durante a ocorrência do pico de incêndio pleistocênico, no entanto, o pico de incêndio holocênico ocorreu quando esse nicho se encontrava próximo à área de deposição da turfa. Evidências do impacto humano como causador do segundo pico de incêndio (4.016 a 4.232 anos A.P) não foram estabelecidas, dado que, os primeiros povoadores do litoral do Rio Grande do Sul, constituída por caçadores-coletores-pescadores, que instalou-se por volta de 4.000 anos AP, não tinham como protótipo cultural a utilização do fogo para cultivos e agricultura, tornando-se esta prática comum, somente a partir da colonização dos europeus. Apesar das incertezas quanto aos limites temporais dos resultados obtidos no nível de solo que capeia a turfa, os dados indicam a rara ocorrência de incêndios vegetacionais. Essa evidência pode estar racionada ao fato de que os processos recentes da interferência antrópica na turfeira de Águas Claras estão mais relacionados à drenagem do que a queimadas. Desta forma, pode-se concluir que a ocorrência de incêndios regionais na área da turfeira de Águas Claras tem sido regulada muito mais pelo clima do que pela ação antrópica, permitindo inferir que o fogo tem atuado como elemento fundamental na ecologia regional. / The macroscopic charcoal analysis in the peatlands in the District of Águas Claras, the Viamão municipality in Rio Grande do Sul, Brazil, was conducted in order to detect the actual occurrence of vegetation fires, trying to relate the origin of these events whether resulting from natural processes climatic factors or anthropic (human) factors. The analysis in stereomicroscope and scanning electron microscope focused on achieving results relating to the size, concentration and morphology wood fragments and the definition of homogenization of the cell walls standards. Vegetation fires were detected at different stages of Depositional Systems at the existing lagoon barrier in the coastal plain of Rio Grande do Sul. The first peak fire, (25.400 BP) was detected in a settling lagoon (high sea level, Lagoon/Barrier System III) and is related to the climax of Wisconsin Glaciation, which hit hardest the north hemisphere and south of the Southern Hemisphere, generating in the tropical zone of South America, a very cold and dry climate. The second peak of fire during (4016-4232 BP) detected in the peat lands overlying, was originated at the end of the Last Great Transgression Post-glacial Holocene (Lagoon/Barrier System IV) and occurred during the term of Great Climate Atlantic. This event coincides with the beginning of concomitant drying intervals, previously identified in the own peat lands of Águas Claras and altitude wetlands of the Planalto Sul-rio-grandense, which could be related to records resulting from the El Nino/La Niña between (4200-3800 BP), whose occurrence caused rapid climatic oscillations in the Southern Hemisphere, characterized by polar cooling, aridity in the tropical bands and important changes in atmospheric circulation. The morphological patterns of macroscopic charcoal fragments enabled detects the dominant vegetation along the deposition profile of the study consisted of mono and dicotyledonous angiosperms, suggesting affinity with vegetation eminently pleasant, herbaceous to shrubby. The ecological niche in which this association was evolved away from the lagoon deposition area during the occurrence of the peak Pleistocene fire, however, the peak holocenic fire occurred when this niche was near to the deposition area of peat. Evidence of human impact to the cause of the second peak fire during the period of (4016-4232 BP) have not been established, since the first coastal plains settlers of the Rio Grande do Sul, were initially occupied by groups of hunter, gatherers, fishermen (with no agricultural tradition) making this a common practice only from the colonization of Europe. Despite the uncertainty about the temporal limits of results obtained on the ground level of the peat, the data indicates the occurrence of vegetation fires at the topsoil level of the turf profile. This evidence may be rationed to the fact that the recent cases of human interference in Águas Claras peat land are more related to drainage than burned. Thus, it can be concluded that the occurrence of regional fires in the area is been regulated more by the weather than by human action, leading to the conclusion that the fire has been acting as a key element in the regional ecology.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O melanoma é um tumor de origem neuroectodérmica resultante da proliferação e transformação maligna dos melanócitos, os quais se originam de precursores da crista neural que então migram para a pele e folículos capilares durante o processo de embriogênese, e se apresentam como células especializadas que produzem melanina, encontradas na camada basal da epiderme e nos folículos do cabelo onde sua homeostase é regulada pelos queratinócitos da epiderme. A última década assistiu a grandes avanços em aspectos celulares e moleculares do melanoma. As implicações terapêuticas contribuíram para o entendimento das vias de regulação nas células tumorais que resultam de complexas alterações em múltiplas cascatas de sinalização, controlando a mobilidade, controle do crescimento, invasão, metabolismo, liberação de citocinas e capacidade de escapar da resposta imune. No presente trabalho, o silenciamento com shRNAi de uma proteína reguladora da via de sinalização JAK / STAT denominada SOCS- 1 foi capaz de reverter o fenótipo tumorigênico das linhagens de melanoma murino B16F10-Nex2 inibindo a progressão e desenvolvimento tumoral e assim, um novo marcador crítico do melanoma metastático pode ser estudado de maneira isolada. Nos ensaios in vitro o silenciamento de SOCS-1 inibiu o crescimento e regulação do ciclo celular, motilidade e a invasão de Matrigel pelas células de melanoma. O ensaio clonogênico demonstrou a participação de SOCS-1 como um modulador de resistência ao anoikis. Além disso, o silenciamento de SOCS-1 culminou na redução da expressão de receptores tais como receptor do fator de crescimento endotelial (EGF), receptor de insulina e fator de crescimento fibroblástico (FGF). Nos ensaios in vivo o silenciamento de SOCS-1 inibiu o crescimento tumoral e metastático. Coletivamente, estes dados sugerem que o silenciamento da expressão da proteína SOCS-1 em células de melanoma é um evento crítico, levando a um perfil não tumorigênico. O silenciamento da expressão de SOCS-1 é uma abordagem nova e promissora para aumentar os alvos terapêuticos e assim prevenir o desenvolvimento e a progressão do melanoma. / Melanoma is the most aggressive form of skin cancer and its incidence has increased dramatically over the years. The origin of melanoma is neuroectodermal and it results from the proliferation and malignant transformation of melanocytes that originate from the neural crest and migrate to the skin and hair follicles during embryogenesis. The last decade has seen major advances in both cellular and molecular aspects of melanoma biology and therapeutic implications. Knowledge on the regulatory pathways involved in melanoma development and progression has advanced significantly in recent years. It is now recognized that melanoma development is regulated by multiple cascade signaling pathways that affect, motility, growth control, invasion, metabolism, cytokine release and the ability to escape immune response. Here, we demonstrate a novel signaling mechanism whereby silencing of SOCS-1 protein, a negative regulator of Jak/Stat pathway, leads to partial reversion of the tumorigenic phenotype of B16F10-Nex2 melanoma cells. SOCS-1 silencing with small hairpin RNA inhibits in vitro growth by cell cycle regulation and S phase arrest, motility inhibition and decreased melanoma cell invasion through Matrigel. Clonogenic assay showed that SOCS-1 acted as a modulator of anoikis resistance. Additionally, downregulation of SOCS-1 expression decreased the expression of epidermal growth factor (EGF), insulin receptor and fibroblast growth factor receptor (FGFR). We further demonstrate by in vivo assay that SOCS-1 silencing inhibits tumor growth and metastatic spread in the lungs. Collectively, these data show that silencing of SOCS-1 protein expression in melanoma cells is a critical event, leading to nontumorigenesis and incapacity to metastasize. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Estudos pré-clínicos de vacinação mostram que a Proteína 2 de Superfície de Amastigotas (ASP-2) é um alvo importante para a imunidade protetora contra a infecção pelo Trypanosoma cruzi. Baseado nestas propriedades protetoras da ASP-2, nós pensamos que seria importante avaliar o seu polimorfismo nas diferentes cepas do parasita. Utilizando anticorpos policlonais e monoclonais contra a proteína recombinante da cepa Y, nós confirmamos a presença de epítopos associados a ASP-2 em amastigotas das cepas pertencentes ao grupo T. cruzi II (Y), T. cruzi I (Sylvio X10/4, Dm28c, Tulahuén, G e Colombiana) e na cepa híbrida (CL-Brener). A estrutura primária da ASP-2 em cada cepa diferente foi determinada a partir de cDNAs de amastigotas intracelulares. A comparação da estrutura primária da ASP-2 expressa pelas cepas Y, CL-Brener, Tulahuén, G (G2) e Colombiana confirmou os dados imunológicos revelando um alto grau de identidade entre eles (>82%). Por outro lado, a ASP-2 das cepas Sylvio X10/4 e G (G1) apresentaram uma identidade limitada em relação às outras cepas (<50%), mas um alto grau de identidade quando comparadas entre si (78,7%). Os estudos de vacinação confirmaram os dados estruturais. Camundongos altamente susceptíveis A/Sn imunizados com cDNAs das cepas Y (pIgSPclone9) ou CL-Brener (pIgSPclone50) apresentaram um grau semelhante de proteção contra desafio com a cepa Y. Em contrapartida, o cDNA da cepa G (pIgSPclone62, G1) foi significativamente menos efetivo. Dessa forma, nossos estudos forneceram evidências que a ASP-2 expressas por diferentes cepas de T. cruzi compartilham um alto grau de identidade estrutural e imunológica. Entretanto, há na natureza algumas poucas cepas que apresentam formas distintas desta proteína. Para estudar a possível função biológica da ASP-2, nós avaliamos inicialmente a ligação da proteína recombinante em células de mamíferos em cultura. Apesar desta proteína se ligar nas células em cultura, parasitas transfectados expressando a ASP-2 na sua superfície não induzem a mobilização de Ca+2 intracelular em célula HeLa, um fenômeno importante na invasão de células hospedeiras. xviii A ASP-2 contém um domínio C-terminal denominado FLY (VTVXNVFLYNR) que foi demonstrado interagir com a citoqueratina (CK18), uma proteína abundante no citoplasma da célula hospedeira. Baseado nesta informação, nós propusemos que a interação do domínio FLY da ASP-2 com a CK18 seria um passo crítico para a multiplicação do T. cruzi no citoplasma da célula hospedeira. RNAi foi utilizado para diminuir a expressão de CK18 em células HeLa in vitro e após 24h de transfecção, as células foram infectadas com tripomastigotas das cepas Y, CL-Brener ou Sylvio X10/4 de T. cruzi. A redução dos níveis do mRNA e da proteína da CK18 decorrentes da transfecção com RNAi, foram determinados por PCR em tempo real, Western blot e imunofluorescência. Seguindo a infecção por tripomastigotas de T. cruzi, nós não observamos uma redução significativa na porcentagem de células infectadas, indicando que a invasão dos parasitas não foi significativamente alterada pela ausência de CK18. Contudo, as células transfectadas com RNAi específicos para a CK18 e infectadas com tripomastigotas das cepas Y ou CL-Brener, apresentaram uma redução significativa no número de parasitas intracelulares 48 horas após a infecção quando comparados a células controles. Em contraste, a expressão reduzida de CK18 não afetou o número de parasitas intracelulares da cepa Sylvio X10/4. Experimento de dupla marcação mostrou que os parasitas da cepa Y, mas não da cepa Sylvio X10/4, co-localizam junto com a CK18. A redução nos níveis de CK18 não afetou a ligação da proteína recombinante His-65kDa à célula HeLa, nem a indução da fosforilação de ERK1/2 por esta proteína. Dessa forma, nossos estudos demonstraram que o RNAi pode ser utilizado para reduzir a expressão de CK18 in vitro em células HeLa e que a inibição de CK18 não interfere na invasão do T. cruzi, mas reduz a multiplicação das formas intracelulares de cepas que co-localizam com a CK18. Além disso, nossos resultados demonstraram que a CK18 não é necessária nem para a ligação da proteína recombinante a células HeLa nem para a ativação da via de sinalização de ERK1/2 induzida pela ASP-2. / Pre-clinical vaccination studies provided evidence that the Amastigote Surface Protein-2 (ASP-2) is an important target for protective immunity against Trypanosoma cruzi infection. Based on the remarkable protective properties of ASP-2, we thought it would be important to evaluate its polymorphism in different strains of T. cruzi. Using polyclonal and monoclonal antibodies against a bacterial recombinant protein representing ASP-2 expressed by the Y strain, we confirmed the presence of ASP-2 associated epitopes on amastigotes of a T. cruzi II strain (Y), T. cruzi I strains (Sylvio X10/4, Dm28c, Tulahuén, G and Colombian) and a hybrid strain (CL-Brener). The ASP-2 primary structure in each different strain was determined from intracellular amastigotes cDNAs. Comparison of the primary structure of ASP-2 expressed by Y, CL-Brener, Tulahuén, G (G2) and Colombian strains confirmed the immunological data revealing a high degree of identity between them (>82%). In contrast, ASP-2 deduced sequences from Sylvio X10/4 and G (G1) strains displayed a limited identity to the others (<50%) and a high degree of identity between them (78.7%). Vaccination studies confirmed the structural data. Highly susceptible A/Sn mice immunized with cDNAs from Y (pIgSPclone9) or CL-Brener (pIgSPclone50) strains had a similar degree of protective immunity against a challenge with the Y strain. In contrast, the cDNA of the G strain (pIgSPclone62, G1) was significantly less effective. Overall, our study provides evidence that ASP-2 expressed by different T. cruzi strains share a high degree of structural and immunological identity. However, there are few strains with distinct forms of this protein in nature. To study the possible function of ASP-2, we firstly evaluated the binding of the recombinant protein to mammalian cells in culture. Although the recombinant protein binds to cultured cells, transfected parasites expressing ASP-2 on the surface do not induce intracellular Ca2+ mobilization in HeLa cells, an important phenomenon in host cells invasion. ASP-2 contains a C-terminal domain denominated FLY domain (VTVXNVFLYNR) that was shown to interact with cytokeratin (CK18), a protein abundant on the host cell cytoplasm. Based on these observations, we hypothesized xx that the interaction of the FLY domain of ASP-2 with CK18 could be a critical step for T. cruzi multiplication in the host cell cytoplasm. RNAi was used to knock down the expression of CK18 in HeLa cells in vitro. Following RNAi transfection, reduced level of CK18 mRNA and protein were confirmed by real time RT-PCR, Western blot and immunofluorescence. Following infection with trypomastigotes of Y, CL-Brener or Sylvio X10/4 strains of T. cruzi, we could not observe a significant reduction in the percentage of cells infected, indicating that parasite invasion was not significantly altered by the absence of CK18. However, CK18 RNAi transfected cells infected with trypomastigotes of Y or CL-Brener strains displayed a significant reduction in the number of intracellular parasites 48 hours later when compared with control cells. The reduced level of CK18 did not affect the number of intracellular parasites of a third parasite strain (Sylvio X10/4). Colocalization experiments showed that parasites of Y strain, but not Sylvio X10/4 strain, may interact with CK18. The reduced level of CK18 did not affect the His-65kD recombinant protein binding to HeLa cells, nor the ERK1/2 phosphorilation. Our studies demonstrated that RNAi can be useful to reduce the CK18 expression in HeLa cells in vitro and the inhibition of CK18 does not interfere with T. cruzi invasion, but it seems to reduce the multiplication of intracellular forms in strains that interact with the CK18. Our results also showed that the CK18 is not necessary for the recombinant protein binding to HeLa cells nor the activation of ERK1/2 pathway signaling induced by ASP-2. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-31 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Pesquisas (CNPq e INV) / National Institute of Health (NIH) / Protozoários do gênero Trypanosoma possuem um complexo ciclo de vida, alternando entre hospedeiros vertebrados e invertebrados. A adaptação a essas diversas condições ambientais necessita de rápidas mudanças na expressão gênica para preencher os requerimentos metabólicos ou morfológicos para sobrevivência. Muito pouco se sabe sobre os mecanismos que controlam estas transformações e sobre as vias de sinalização celular implicadas. Como nestes organismos o controle da expressão gênica ocorre ao nível pós transcricional, decidimos neste trabalho estudar a função de proteínas quinases envolvidas no controle da síntese protéica e no crescimento destes parasitas. Em diversos eucariotos a proteína quinase TOR (Target Of Rapamycin) está envolvida no controle da síntese protéica e crescimento celular frente à disponibilidade de nutrientes ou fatores de crescimento. Por análise de seqüências de T. brucei disponíveis nos bancos de dados do genoma desses parasitas encontramos quatro candidatos para TOR (TbTOR1, TbTOR2, TbTOR-like1 and TbTOR-like 2). Dois complexos TOR em T. brucei (TbTORC1 e TbTORC2) foram descritos previamente. No primeiro capítulo desta tese estudamos: TbTOR-like 1 e a comparamos com TbTOR2. TbTOR-like 1 não se encontra em nenhum dos complexos TORC e possui um domínio PDZ não encontrado nas outras TORs de T. brucei ou de outros eucariotos. Ela se localiza em grânulos no citosol que após estresse hiperosmótico migram para a periferia celular. Depleção de TbTOR-like 1 causa uma inibição progressiva do crescimento celular, gerando células de tamanho maior que se acumulam na fase S/G2 do ciclo celular. Estas células também apresentam um aumento no número de acidocalcissomos assim como aumentos nos níveis de polifosfato e pirofosfato. Estes dados indicam que TbTOR-like1 parece estar envolvida no controle do crescimento celular e na biogênese de acidocalcissomos respondendo a variações osmóticas do meio. No segundo capítulo da tese estudamos proteínas quinases envolvidas no controle da síntese protéica através da fosforilação da subunidade &#61537; do fator de iniciação eucariótico 2 da tradução (eIF2α&#61481;. Estas quinases são ativadas por distintos tipos de estresse. T. brucei codifica para três potenciais proteínas quinases de eIF2α (TbeIF2K1, K2 e K3). Estudamos mais especificamente a K2. Mostramos que ela é uma glicoproteína transmembrânica localizada na região da bolsa flagelar em ambas as formas de T. brucei e nos compartimentos endossomais de Trypanosoma cruzi. Estes compartimentos endossomais são denominados de reservossomos e se formam apenas no estágio do parasita que vive no lúmen do tubo digestivo do inseto vetor. Este fato sugere que em ambos os parasitas esta proteína quinase possa estar funcionando como um sensor no transporte de nutrientes e proteínas. De maneira geral revelamos a existência de pelo menos dois mecanismos pelos quais os tripanossomas percebem e resistem às modificações ambientais durante seu ciclo de vida. / Protozoa of the genus Trypanosoma have a complex life cycle alternating between vertebrate and invertebrate hosts. The adaptation to different environmental conditions requires rapid changes in gene expression to fill up the morphological and metabolic requirements for survival. Very little is known about the mechanisms that control these changes and the signaling pathways involved. As in these organisms the control of gene expression occurs at post-transcriptional level, in this work we decided to investigate the function of protein kinases involved in the control of protein synthesis and growth of these parasites. In several eukaryotes TOR (target of rapamycin) protein kinases are involved in protein synthesis control and cell growth in response of the availability of nutrients or growth factors. By searching T. brucei genomic database we found four candidates for TOR (TbTOR1, TbTOR2, TbTOR-like1 and TbTOR-like 2). Two TOR complexes were previously described in T. brucei (TbTORC1 and TbTORC2). In the first chapter of this thesis we study: TbTOR-like 1 and compared it with TbTOR2. TbTOR-like 1 is not present in any of the TORC complexes and has a PDZ domain not found in any of other TORs of T brucei, or other eukaryotes. It is located cytosolic granules that migrate to the cell periphery after hyperosmotic stress. Depletion TbTOR-like 1 causes a progressive inhibition of cell growth, generating enlarged cells that accumulate in S/G2 phase of the cell cycle. These cells also show increased number of acidocalcisomes and augmented levels of polyphosphate and pyrophosphate. These data indicate that TbTOR-like seems to be involved in controlling cell growth and biogenesis of acidocalcisomes responding to osmotic changes in the medium. In the second chapter of the thesis we studied protein kinases involved in protein synthesis control through the phosphorylation of the &#61537; subunit of the eukaryotic translation initiation factor 2 (eIF2α).These kinases are activated by different types of stress. T. brucei encodes three potential eIF2α protein kinases (TbeIF2K1, K2 and K3). We studied more specifically the K2. We showed that it is a transmembrane glycoprotein located in the region of the flagellar pocket in both forms of T. brucei, and in the endosomal compartments of Trypanosoma cruzi. These endosomal compartments are known as reservosomes and they are formed only in the parasite’s stage that li ves in the digestive tract lumen of the insect vector. This fact suggests that in both parasites this protein kinase may be acting as a sensor in the transport of nutrients and proteins. In conclusion we revealed the existence of at least two mechanisms by which trypanosomes perceive and resist to environmental changes during their life cycle. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 1020.pdf: 3422662 bytes, checksum: ac25c5ebbb2188bdc40b1940ea52d4c5 (MD5) Previous issue date: 2008 / A administração simultânea de várias vacinas em uma mesma visita a um serviço de saúde é amplamente recomendada como uma estratégia de evitar a perda de oportunidades de vacinação. No Brasil, a vacina contra febre amarela e a vacina combinada contra sarampo, rubéola e caxumba (triviral) são dadas simultaneamente narotina para crianças de 12 meses de idade apenas no Distrito Federal. Em outros estados brasileiros a administração simultânea dessas vacinas é recomendada para aqueles quenão foram imunizados contra febre amarela aos 9 meses de idade. A interferência de outras vacinas de vírus vivos atenuados pode explicar a baixa resposta imune contra febre amarela em crianças e isto pode ser bastante relevante quando o país estáfortemente engajado no controle da rubéola. Para avaliar a interação da vacina contra febre amarela e da vacina contra rubéola combinada com sarampo e caxumba foi conduzido um ensaio clínico randomizado duplo-cego com as vacinas 17D/213 e 17DDadministradas concomitantemente com a vacina triviral (em injeções separadas) ou com 30 dias de intervalo. Crianças com 12 a 23 meses de idade elegíveis para vacinação contra febre amarela e rubéola foram convidadas a participar do estudo em unidades públicas de saúde do Distrito Federal. Amostras de soro obtidas antes e 30 dias após avacinação foram testadas para anticorpos contra essas doenças. Em crianças vacinadas simultaneamente, 90,6 por cento e 66,8 por cento soroconverteram para rubéola e febre amarela, respectivamente. / Entre os vacinados contra febre amarela 30 dias após a triviral, as proporções de soroconversão foram 97,3 por cento e 85,9 por cento respectivamente. Consistentemente, os títulos médios geométricos dos anticorpos contra rubéola e febre amarela foramsignificativamente menores nas crianças vacinadas simultaneamente. A resposta imune não diferiu entre as subcepas vacinais de febre amarela. O estudo indica que a interferência recíproca entre a resposta imune para o componente rubéola da triviral epara a vacina contra febre amarela justifica uma revisão dos calendários vacinais e recomendações do Programa Nacional de Imunizações brasileiro.

Made available in DSpace on 2016-04-12T12:49:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 alexandre_silva_ioc_dout_2015.pdf: 3064215 bytes, checksum: 17baa3c62b9ecd7cb85bea746669aba0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O vírus Herpes simplex 1 (HSV-1) é um vírus neurotrópico, responsável por manifestações, como herpes labial, ceratoconjuntivite e encefalite herpética (HSE). A HSE apresenta incidência anual de 1-4 casos/milhão de habitantes, podendo causar nível reduzido de consciência, crise convulsiva e déficit motor. Além disso, pode causar sequelas como afasia, amnésia e dificuldades cognitivas, motoras ou sensoriais A HSE pode ser mais grave e exacerbada em indivíduos co-infectados com HIV/HSV-1, principalmente em grupos de comportamento de risco. Atualmente, o tratamento da HSE com antivirais anti-herpéticos apresenta elevada toxicidade, efeitos colaterais metabólicos e resistência ao antiviral. Uma alternativa aos tratamentos atuais é o uso de pequenas moléculas de RNA de interferência (siRNA) como inibidoras da replicação viral. Os objetivos desse estudo foram (1) avaliar a prevalência da infecção por HSV em 283 homens que fazem sexo com homens (HSH) de Campo Grande, Mato grosso do Sul e (2) utilizar o siRNA anti-HSV-1 conjugado com RVG-9R (siRNA:RVG-9R anti-HSV-1) para avaliar o tratamento da HSE in vivo. Inicialmente foi avaliado o perfil epidemiológico por sorologia e fatores de risco para infecção por HSV no grupo HSH. Posteriormente, foi avaliada a infecção por HSE em camundongos BALB/c inoculados com diferentes diluições da cepa HSV-1 EK pela análise dos sinais clínicos da HSE, IFN-\03B3 e replicação do HSV-1. Por fim, o tratamento com a molécula siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 foi avaliado pela cinética da inibição da replicação viral, número de doses administradas e tratamento do siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 combinado com aciclovir no modelo experimental da HSE Além disso, foi realizada a análise dos sinais clínicos da HSE, mortalidade e inibição da replicação viral. A soroprevalência do grupo HSH foi de 85,2% e fatores de risco como idade, nível educacional, baixa renda, práticas sexuais frequentes, uso de drogas e infecção por HIV foram associados com HSV. Animais infectados com HSV-1 EK em modelo experimental de HSE apresentaram sinais clínicos da HSE, alta mortalidade, aumento na concentração de IFN-\03B3 e replicação do HSV-1 no cérebro e gânglio trigeminal (TG). Na avaliação do tratamento com siRNA, animais tratados com duas doses de siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 apresentaram tempo de sobrevivência prolongado, redução dos sinais clínicos da HSE e inibição da replicação viral no cérebro em 67,7% e TG em 85,7%. Além disso, animais tratados com siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 combinado com aciclovir demonstraram redução dos sinais clínicos da HSE e 100% de sobrevivência, bem como inibição da replicação viral no cérebro de 83,2% e TG de 74,5%. Em conclusão, ocorreu alta prevalência do HSV e de coinfecção HIV/HSV, o que pode aumentar a possibilidade de infecções severas da HSE no grupo HSH, facilitando a manifestação clínica. Além disso, a molécula siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 se mostrou bastante eficaz no tratamento da HSE, possibilitando a redução dos sinais clínicos de HSE, aumento de sobrevivência e inibição da replicação do HSV-1 em camundongos. Esses resultados demonstram que o siRNA pode ser utilizado como terapia antiviral alternativa no tratamento da HSE / Herpes simplex virus 1 (HSV-1) is a neurotropic virus responsible for clinical manifestations as herpes labialis, keratoconjunctivitis and herpetic encephalitis (HSE). Herpetic encephalitis (HSE) presents an annual incidence of 1-4 cases/million of inhabitants and causes reduced level of consciousness, convulsive crisis and motor deficit. Besides that, HSE can cause sequels as aphasia, amnesia and motor, cognitive or sensory difficulties. HSE can be more severe and exacerbate in individuals co-infected with HIV/HSV-1, especially in risk behavior group. Nowadays, HSE treatment with antiherpetic antivirals presents elevated toxicity, metabolic side effects and antiviral resistance. An alternative to current treatments is the use of of small interference RNA (siRNA) as inhibitors of viral replication. The aim of this study was (1) to evaluate the prevalence of HSV infection in 283 men who has sex with men (MSM) from Campo Grande, Mato Grosso do Sul and (2) to utilize siRNA anti-HSV-1 conjugated with RVG-9R (siRNA:RVG-9R anti-HSV-1) to evaluate HSE treatment in vivo. At first was evaluated the epidemiological profile by serological testing and risk factors of HSV infection in MSM. After that, was evaluated the HSE infection of BALB/c mice inoculated with different dilutions of HSV-1 EK strain by assessment of HSE clínical signs, IFN-\03B3 and HSV-1 replication. At last, siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 treatment was evaluated by kinetics of viral replication inhibition, number of administered doses and treatment with siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 combined with acyclovir in HSE experimental model. Besides that, was performed the analysis of HSE clínical signs, mortality and viral replication inhibition The seroprevalence of MSM group was of 85.2% and risk factors as age, education level, low income, frequently sexual practices, drug use and HIV infection were associated with HSV. Animals infected with HSV-1 EK in HSE experimental model presented HSE clínical signs, high mortality, high mortality, increase of IFN-\03B3 concentration and HSV-1 replication in brain and trigeminal ganglia (TG). When evaluating siRNA treatment, animals treated with two doses of siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 showed prolonged survival time, reduction of HSE clínical signs and viral replication inhibition in brain (67.7%) and TG (85.7%). Also, animals treated with siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 combined with acyclovir demonstrated reduction of HSE clínical signs and survival of 100%, as well as viral replication inhibition in brain (83.2%) and in TG (74.5%). In conclusion, occurred high prevalence of HSV and HIV/HSV co-infection, which can increase the possibility of HSE severity infections on HSH group and facilitate the clínical manifestation. Besides that, the molecule siRNA:RVG-9R anti-HSV-1 demonstrated to be quite effective on HSE treatment, enabling HSE clínical signs reduction, increase of survival and HSV-1 replication inhibition in mice. These results demonstrate that siRNA can be utilized as alternative antiviral therapy on HSE treatment

GUIMARÃES, A. A. P. Estudo de Redes Ad-Hoc sem fio pela abordagem de geometria estocástica. 2014. 194 f. Tese (Doutorado em Engenharia de Teleinformática) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-08-06T14:12:50Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_aapguimaraes.pdf: 4232013 bytes, checksum: 33348654c8638dc0f9654881c998a75c (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-08-06T14:26:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_aapguimaraes.pdf: 4232013 bytes, checksum: 33348654c8638dc0f9654881c998a75c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-06T14:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_aapguimaraes.pdf: 4232013 bytes, checksum: 33348654c8638dc0f9654881c998a75c (MD5) Previous issue date: 2014-07-28 / Currently, cellular technology is present in all aspects of everyday life: homes, offices, industries, etc. Such technology had grown rapidly over the last two decades trying to follow up with the increased traffic volume on the networks of wireless communication. Naturally, to propose possible more realistic models, with the purpose of characterizing phenomena that affect the signal quality or performance system, new ideas, concepts and other tools to describe such situations arise. This is the case of Stochastic Geometry or, particularly, the point process Poisson, which has been often used as a model for cellular network from the random node locations in the network. Faced with this mathematical tool, it is possible deploy base stations in cellular external network and access points based picocells, femtocells, etc. Moreover, it allows to quantify the interference, coverage area, outage probability, among others. These results also consider the impact of mobility on the performance of such networks. In this context, this thesis will analyze ad-hoc wireless networks offering analytical expressions for the following metrics of performance characterization: interference and transmission connections. These metrics take into account both signal-to-interference-plus-noise ratio (SINR) and signal-to-interference ratio (SIR), in which case, the noise power is considered null. Specifically, the interference phenomena will be characterized via shot-noise model according to a point process called marked point process (MPP), this being more realistic than the traditional Poisson model. Furthermore, this type of model incorporates effects of radio propagation small and large scale, mainly the different technologies for the detection and signal processing. In parallel, we will adopt a radio channel with Nakagami-m fading. Finally, the mathematical treatment for the proposed model becomes a challenging factor in this work, since such results generalize some already published in the literature, which adopt some less realistic parameters / Atualmente, a tecnologia celular está presente em todos os aspectos da vida cotidiana: lares, escritórios, indústrias, etc. Tal tecnologia teve um rápido crescimento durante as duas últimas décadas tentando acompanhar o aumento do volume de tráfego nas redes de comunicação sem-fio. Naturalmente, ao propor modelos mais realistas possíveis, com o propósito de caracterizar fenômenos que afetam a qualidade do sinal ou o desempenho do sistema, novas ideias, concepções e outras ferramentas surgem para descrever tais situações. Este é o caso da Geometria Estocástica ou, particularmente, o processo pontual de Poisson, o qual vem sendo frequentemente utilizado como um modelo de rede celular, a partir da localização aleatória dos nós na rede. Diante desta ferramenta matemática, é possível implantar estações rádio base na rede externa celular, bem como pontos de acesso baseados em picocélulas, femtocélulas, etc. Além disso, permite-se quantificar a interferência, área de cobertura, probabilidade de outage, dentre outros. Estes resultados também levam em consideração o impacto de mobilidade no desempenho de tais redes. Nesse contexto, este trabalho analisará redes ad-hoc sem-fio propondo expressões analíticas para as seguintes métricas de caracterização de desempenho: interferência e conectividade de transmissão. Essas métricas levam em consideração tanto a razão sinal-ruído mais interferência (signal-to-interference-plus-noise ratio (SINR)) como a razão sinal-interferênca (signal-to-interference ratio (SIR)), em que neste caso, a potência de ruído é considerada nula. Especificamente, o fenômeno interferência será caracterizado via modelo shot-noise segundo um processo pontual chamado de processo pontual marcado (marked point process (MPP)), sendo este mais realista do que o tradicional modelo de Poisson. Além disso, este tipo de modelo incorpora os efeitos de propagação de rádio de pequena e larga escala e sobretudo as diferentes tecnologias de detecção e tratamento de sinal. Paralelamente, adotaremos um canal de rádio com desvanecimento Nakagami-m. Por fim, o tratamento matemático para o modelo proposto torna-se um fator desafiador deste trabalho, visto que, tais resultados generalizam alguns já publicados na literatura, os quais adotam alguns parâmetros menos realistas

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-04-19T04:15:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 338177.pdf: 3426328 bytes, checksum: b4df44b3b293360aca3ecfaa6076f040 (MD5) Previous issue date: 2015 / Altos níveis de tensão e corrente podem ser induzidos em dutos metálicos devido as linhas de transmissão (LTs) em áreas onde estas estruturas compartilham o mesmo corredor. Esta interferência eletromagnética tem sido um importante assunto de pesquisa nas últimas décadas. Neste trabalho, os diferentes acoplamentos entre LTs e dutos enterrados (acoplamento indutivo e condutivo) são estudados, implementados e validados. A zona de interferência e a influência da estrutura do solo também são abordadas em ambos acoplamentos. Ao final, um estudo de caso é apresentado para validação do modelo completo, onde a interferência indutiva e a interferência condutiva são calculadas.<br> / Abstract : Significant voltage and current levels can be induced in metallic pipelines due to power lines in areas where this structures share the same corridor. This electromagnetic interference has been an important research subject over the last decades. In this work, the different couplings between power lines and buried pipelines (inductive and conductive coupling) ares tudied, implemented and evaluated. The interference zone and the influence of the soil structure are also addressed for both couplings. Finally, a study case is presented to evaluate the complete model, where the inductive and conductive interference are calculated.

Submitted by PAULO ROBERTO FIDELIS GIANCOTTI null (paulogiancotti@gmail.com) on 2016-01-17T13:09:22Z No. of bitstreams: 1 Tese - Paulo Giancotti.pdf: 604609 bytes, checksum: 5380cd245b316215f5206eef774e7315 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-01-18T16:23:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 giacontti_prf_dr_jabo.pdf: 604609 bytes, checksum: 5380cd245b316215f5206eef774e7315 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-18T16:23:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 giacontti_prf_dr_jabo.pdf: 604609 bytes, checksum: 5380cd245b316215f5206eef774e7315 (MD5) Previous issue date: 2015-12-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O sorgo sacarino (Sorghum bicolor) é caracterizado por conter elevados teores de açúcares fermentescíveis em seu colmo, sendo considerado atualmente de alto potencial para compor a matriz energética nacional, ao produzir álcool durante a entressafra da cultura da cana-de-açúcar. A interferência das plantas daninhas é um dos fatores de maior importância durante a condução de uma lavoura. Uma vez que pouco tem sido estudado sobre esse tipo de sorgo, especificamente, estudos da interação entre as plantas daninhas e a cultura do sorgo sacarino são muito bem-vindas no desenvolvimento da agricultura energética. Os objetivos do trabalho foram: (I) determinar os períodos de interferência e índices fitossociológicos da comunidade infestante da cultura do sorgo sacarino; (II) analisar o desenvolvimento inicial de sorgo sacarino sob alta infestação de plantas daninhas; (III) estudar o efeito do exsudado do sorgo sacarino em outras espécies de plantas e avaliar o extrato radicular de uma potencial planta estimuladora da produção de sorgoleone pelo sorgo; (IV) avaliar o efeito supressor de restos culturais de sorgo sacarino sobre as plantas daninhas. Para o primeiro objetivo, os tratamentos consistiram de períodos crescentes da cultura em convivência e controle da comunidade infestante, em duas safras; sendo avaliada a biometria e a produção comercial do sorgo sacarino, além da determinação de índices fitossociológicos da comunidade infestante (densidade, dominância e importância relativa das espécies daninhas, além dos índices de diversidade e equitabilidade da comunidade). Em vasos, foi instalado o experimento para avaliar o terceiro objetivo, no qual híbridos de sorgo sacarino foram submetidos à presença de cinco plantas daninhas em alta densidade; sendo avaliadas as características morfofisiológicas do sorgo sacarino e a massa seca acumulada pela cultura e pelas plantas daninhas. Os estudos sobre a alelopatia foram realizados em laboratório, utilizando diferentes metodologias de química analítica, além de bioensaios avaliando a atividade de exsudados de híbridos de sorgo sacarino sobre germinabilidade e o desenvolvimento de plântulas teste e o crescimento de coleóptilo de trigo. No estudo do efeito supressor de restos culturais de sorgo sacarino, este foi comparado, no campo, com outros tipos de coberturas, e avaliada a reinfestação da comunidade infestante por meio de estudos fitossociológicos e a avaliação do banco de sementes do solo. Durante a produção de colmos de sorgo sacarino, a densidade de plantas daninhas foi o fator determinante para a importância das mesmas dentro da comunidade infestante, uma vez que o desenvolvimento e acúmulo de biomassa destas foram suprimidos pela competição estabelecida pela cultura. O sorgo sacarino se mostrou extremamente competitivo no campo, sendo que a interferência das plantas daninhas não acarretou em redução da produtividade da cultura, em duas safras. A supressão das plantas daninhas proporcionada pelos restos culturais da cultura de sorgo sacarino se equiparou a da cobertura de mucuna-cinza, suprimindo as plantas daninhas no campo por, pelo menos, quatro meses, durante a época seca. Em vasos, quatro plantas daninhas tiveram sua massa seca reduzida pela presença de sorgo sacarino, mesmo em reduzida densidade; além disso, o sorgo foi insensível à presença de três espécies daninhas presentes em alta densidade. Os bioensaios não apresentaram o esperado resultado de inibição alelopática do exsudado de sorgo sacarino sobre plantas teste. Devido ao elevado coeficiente de variação, a produção de sorgoleone pelo sorgo submetido ao extrato de A. theophrasti, não apresentou resultados conclusivos. / Sweet sorghum (Sorghum bicolor) is featured by the high level of fermentable sugars present in its stalk. The crop is currently considered of high potential to compose the national energetic system, by producing alcohol during the sugarcane off season. The weed interference is one of the most important factors during a crop management. Because not too much have been studied about sweet sorghum, studies about the interaction between weeds and sweet sorghum crop are very welcome for the development of the bioenergy nationwide. The aim of this research were: (I) determine the periods of weed interference and the phytosociological indexes of the weed community on the sweet sorghum crop; (II) analyze the initial growth of sweet sorghum under high weed infestation; (III) study the effect of the sweet sorghum root exudate in other plant species and also evaluate the root extract of an potential stimulant plant on the production of sorgoleone by sorghum; (IV) evaluate the suppressive effect of sweet sorghum crop residues on weeds. For the first objective, the treatments were composed by increasing periods of weed presence and weed absence at two crop seasons; when it was evaluated the sweet sorghum biometry and yield, besides the determination of phytosociological indexes of the weed community (the relative indexes of density, dominance and importance, and the weed community indexes of diversity and equitability). In pots, it was carried out an assay in order to evaluate the third aim, in which hybrids of sweet sorghum were submitted to the presence of five weed species in higher density. It was evaluated the morphophysiological features of sweet sorghum and the dry mass of both crop and weeds. The studies about allelopathy were carried out in laboratory, using different methods of analytical chemistry. Bioassays was carried out in order to evaluate the activity of exudates of sweet sorghum hybrids on test plants seed germinability and seedling development. In the study of the suppressor effect of sweet sorghum residues, it was compared at field with other cover crops and it was evaluated the reinfestation of the weed community by phytosociological studies and seed soil bank evaluation. During the sweet sorghum crop, the weed density was the determinant factor for the weed importance in the weed community, once the weed development and dry mass accumulation were suppressed by the competition established by the crop. The sweet sorghum showed an extremely competitive behavior on field and the interference of weeds did not cause yield loss, in two crop seasons. The weed suppression provided by the sweet sorghum crop residues was similar to the one provided by Mucuna pruriens, controlling the weeds on field for at least four months, during the dry season. In pots, four weed species had their dry mass reduced by the presence of sweet sorghum, even in lower density of the crop. Besides that, the sweet sorghum was insensitive to the presence of three weed species that were present in higher density. The bioassays didn’t show the expected result of allelopathic inhibition of sweet sorghum exudate on test plants. Due to the high coefficient of variation, the production of sorgoleone by sorghum subjected to root extract of A. theophrasti, did not show conclusive results. / FAPESP: 2012/11464-5