Thesis (M.S.)--Oregon State University, 2007. / Printout. Includes bibliographical references (leaves 33-43). Also available on the World Wide Web.

This study investigates the economic impact of the ARC PPRI Weeds Research Division. The Division researches appropriate methods of biological control for invasive alien plants (IAPs). These plants pose an increasing threat to environmental integrity and ecosystem service provision impacting on economic potential. Since the work of the Division is considered a public good, a predominantly descriptive approach has been adopted for the valuation process. A combination of quantitative cost analysis and a qualitative study of the impacts of research and invasive alien plants is used to deal with the challenges associated with non-market valuation. The study found that investment into the Weeds Division is a valuable activity that supports the long-term growth potential of the South African economy. The role of a well-functioning environment is highlighted as an essential base for the creation of sustained growth opportunities in any society. It was determined that investment into the Division should be increased into the future to support efficient spending of scarce state funds. Biological control research was found to provide strategic future growth potential, creating opportunities for the development of a competitive advantage in the biotechnology and environmental management sectors. The study adds to the increasing move towards a more holistic view of economic valuation, taking factors other than pure finance and econometrics into consideration. This is an important shift in prevailing economic thought, as a realisation is reached that a single, or even triple, bottom line is an outdated and insufficient decision making basis.

L’aérosolthérapie est une modalité thérapeutique complexe souvent prescrite dans les services de réanimation et de surveillance continue, les services d’urgences et les unités de soins intensifs, notamment chez les patients obstructifs, ce qui fait des bronchodilatateurs la classe médicamenteuse la plus prescrite par voie aérosolisée. Les patients de ces unités de soins aiguë nécessitent aussi fréquemment un support ventilatoire parmi lesquels le haut débit nasal humidifié se montre être une modalité prometteuse en raison de ses effets physiologiques, y compris chez les patients obstructifs. La question de l’administration d’aérosols de médicaments et notamment de bronchodilatateurs chez des patients soumis au haut débit nasal est donc posée. L’administration d’aérosols médicamenteux au cours du haut débit nasal directement dans le circuit de ce support ventilatoire pourrait être une méthode simple, efficace, voire même bénéfique. / Aerosol therapy is a complex method of drug delivery frequently used in intensive care units, step down units and emergency departments, especially in obstructive patients which makes bronchodilators the most prescribed drug class in critical care. Critically ill patients often require ventilatory support, including nasal high flow therapy which showed promising clinical benefits. Given the physiologic effects of nasal high flow therapy, its implementation may be beneficial for obstructive patients. Consequently, the question of aerosol administration, especially bronchodilators, in patients undergoing nasal high flow arises. Aerosol administration during nasal high flow therapy directly in the high flow circuit could be a simple, efficient and possibly beneficial method. However, technical and physiological issues may jeopardize efficacy of this combined administration.

This dissertation examines nursery/garden centre compliance with Invasive Alien Plant (IAPs) legislation in eThekwini and uMsunduzi, South Africa. Despite South African governmental programmes, an apparent lack of public awareness regarding IAPs persists. The cost to clear IAPs in South Africa is estimated to be 12 billion Rand over 20 years. Nurseries/garden centres should be able to increase customer awareness of IAPs. However, Government regulation/instruction of nurseries/garden centres seems inadequate. A mixed methods approach involving quantitative and qualitative analyses of questionnaires, observations and interviews was used in this study. There was little evidence that nurseries/garden centres stocked/sold CARA plants. However, they were stocking/selling NEMBA plants in spite of knowing CARA, NEMBA and indigenous alternatives. There is little interaction with relevant government/industry programmes. It is recommended that the Department of Environmental Affairs institute a IAPs Advisory Committee to see to the dissemination and provision of relevant information and training concerning IAPs to the industry.

Lors de travaux, la mise en suspension des spores d’Aspergillus constitue un facteur de risque reconnu dans le développement d’une aspergillose invasive. Durant l’année 2015, un pavillon de 6000 m2 (60 lits) de notre établissement a été entièrement déconstruit. L’objectif principal de cette étude a été d’évaluer l’association entre la concentration des spores d’Aspergillus fumigatus (AF) dans l’environnement extérieur et intérieur des pavillons, mais également avec la coexistence de cas cliniques, afin de proposer des recommandations d’amélioration (pratiques & techniques). Pour cela, durant 11 mois, une surveillance prospective de la contamination à Aspergillus fumigatus (AF) de l’air extérieur et intérieur par impaction sur gélose, mais aussi une investigation épidémiologique des patients à risque ont été mis en place. Au total, 3885 prélèvements d’air ont été réalisés (1744 extérieurs et 2141 intérieurs) permettant, par calcul des ratios de contamination (extérieurs vs intérieurs), de confirmer une efficacité des mesures de précautions pour réduire l’aérocontamination. Des prélèvements extérieurs continus des spores d’Aspergillacées (spore/m3/jour) ont également été réalisés par un capteur Hirst. Ce capteur, mais aussi le suivi des conditions météorologiques se sont révélés être des systèmes d’alerte utiles pour prévenir les pics de contamination. Enfin, 394 (383 environnementaux, 11 cliniques) isolats d’AF sensibles aux antifongiques ont été génotypés (MLVA). L’analyse des génotypes a montré 7 génotypes similaires entre des isolats d’AF cliniques et environnementaux confirmant un rôle de l’environnement hospitalier dans l’infection ou la colonisation des patients / Invasive aspergillosis (IA) due to Aspergillus has been associated with building construction, which may increase spores emission nearby immunocompromised patients. In 2015, one blocks of 6,000 m2 (60 beds) form our hospital has been entirely demolished. The aim of this study was to evaluate possible association between concentration of A. fumigatus (AF) spores in the outdoor and indoor environment and also with the clinical cases in order to propose some improvements in actuals methods and practices. A daily surveillance of fungal contamination was implemented during 11-months. Environmental survey was realized by air samplings, outdoor and indoor, with an automatic agar sampler. In parallel, surveillance of IA infection cases was conducted by epidemiological investigation. A total of 3885 air samples (1744 outdoor samples and 2141 indoor samples) were collected, allowing calculation of ratios (outdoor vs indoor) to confirm efficacy of preventives measures applied to reduce indoor aerocontamination. Outdoor continuous sampling of Aspergillaceae spores (spore/m3/day) was also realized by a Hirst collector. This collector was useful as alarm system to detect contamination peaks. Similarly, monitoring of meteorological parameters seems to be an interesting tool, to prevent Aspergillus peaks. Finally, 394 isolates of AF, susceptible to antifungals (383 environmental and 11 clinical isolates) were genotyped using MLVA. Analysis of genotypes showed 7 similar genotypes shared by environmental and clinical isolates, suggesting that clinical colonization and/or infection may originate from the hospital environment

L’imagerie de fluorescence est une technique d’imagerie médicale permettant de visualiser l’émission d’un traceur, ou fluorophore, à l’aide d’une excitation de type Laser ou LED. Les domaines d’application de la technologie sont la chirurgie oncologique, la chirurgie reconstructive ou encore la chirurgie cardiaque. Bien que les besoins en chirurgie ouverte soient importants, l’évolution des pratiques tend à démocratiser la chirurgie dite minimalement invasive. La chirurgie endoscopique va dans ce sens, le but étant de limiter les traumatismes opératoires rencontrés en chirurgie ouverte. Parmi les avantages de cette techniques on note une diminution des saignements et de la douleur, ou encore une réduction de la durée d’hospitalisation.Lors d’une intervention de type chirurgie ouverte, le praticien peur se contenter de la seuls information de fluorescence fournie par le système d’imagerie. Cependant, tout l’enjeu de l’imagerie de fluorescence pour la chirurgie mini-invasive est de venir greffer ne information relative au fluorophore sur une image couleur de très bonne qualité, essentielle au chirurgien. Pour une première évaluation, un système deux caméras a été réalisé. Un capteur est dédié à l’acquisition de l’image couleur et un autre à l’information de fluorescence. Cependant, notamment pour conserver pour conserver un système compact et proposer la meilleure ergonomie possible au chirurgien, l’endoscope final ne devra comporter qu’un seul imageur. Le principe de base est d’utiliser des impulsions de lumière d’excitation et de lumière blanche afin de séquentiellement acquérir les données de fluorescence et les images couleur. Il convient ensuite de traiter les informations recueillies pour reconstruire l’image désirée en temps réel. / Fluorescence image-guided surgery is a medical imaging modality which allows the surgeon to visualize a fluorescent probe previously injected to the patient. The probe could be specific or not and the technology is useful in a wide range of application from oncologic procedures to reconstructive surgeries or cardiac procedures. Despite the important needs of this technology in open-procedures, the surgery in general is more and more minimally invasive. The goal of mini-invasive surgery is to limit patient's per and post operation trauma. The advantages of the technique are a decrease of bleeding and pain and a decreasing hospitalization time.During an open surgery, the B&W fluorescence information given by the fluorescence image-guided surgery system is enough for the surgeon. For mini-invasive procedures, the in-game is to overlay the fluorescence information to high quality color image, compulsory for the surgeon to perform his procedure. As a first evaluation, a 2-sensors system has been rapidly developed. One sensor is dedicated to the acquisition of the color image and the other to the fluorescence information. In order to make the system more compact and improve the quality of the color image furnished to the surgeon, the final system should be composed of only one sensor. To create the color image and collect the fluorescence information with one sensor, the technique involved pulsed white light and excitation light in a sequential acquisition mode. The two information are combined and a real-time color plus fluorescence video is displayed to the surgeon.

Les patients de réanimation sont des patients à très haut risque de survenue de candidoses invasives associées à une importante mortalité. Les espèces du genre Candida sont retrouvées en troisième position des agents infectieux les plus fréquemment isolés au cours des septicémies. Le diagnostic reste difficile en raison d’une clinique aspécifique et d’une sensibilité médiocre des hémocultures. Des scores prédictifs, des biomarqueurs ou encore des PCR ont été développés de manière à améliorer le diagnostic et l’identification des patients à risque. Dans ce travail, la première partie présente les données de l’évolution de l’écologie fongique, des candidoses invasives, des prescriptions d’antifongiques et des sensibilités aux antifongiques sur une période de dix ans dans un service de réanimation. Au cours de cette période, les changements observés dans la prescription d’antifongiques n’ont pas entrainé de modifications significatives de l’écologie fongique ni d’apparition de résistances. Dans une deuxième partie, nous présentons les résultats d’une étude prospective observationnelle bicentrique réalisée chez 435 patients non neutropéniques de réanimation. L’analyse de plusieurs variables (facteurs de risque de candidose invasive, colonisation à Candida sp., dosages d’antigène mannane et d’anticorps anti-mannane) a permis l’élaboration d’un score prédictif de survenue de candidose invasive. Finalement, la dernière partie du travail présente la mise au point de PCR Candida en temps réel dans le sang ainsi qu’une évaluation de la technologie de digital PCR. / Patients in intensive care units (ICU) are at very high risk of invasive candidiasis associated with high mortality rate. Candida species are the third cause of septicemia. Clinical signs lack of specificity and blood cultures lack of sensitivity, and therefore the diagnosis remains a challenge. In order to improve the identification of patients with invasive candidiasis, predictive rules, biomarkers and PCR have been developed. The first part of this work describes the evolution over a ten years period in one ICU in Candida species distribution, susceptibility to antifungal drugs and consumption of antifungal agents. Changes in antifungal drug consumption were observed but they were not associated with significant changes in fungal ecology or with the emergence of resistant species. In a second part, we present a prospective, observational and bicentric study performed in 435 non-neutropenic patients in ICU. Several variables (risk factors of invasive candidiasis, Candida colonization, mannan antigen and anti-mannan antibodies) were analyzed and a predictive score of invasive candidiasis has been developed. Finally, the last part presents the development of Candida real-time PCR in blood, as well as the evaluation of a digital PCR.

Depuis la disponibilité des combinaisons antirétrovirales (cART) en 1996, l’incidence des infections opportunistes classantes SIDA (IO), dont la pneumocystose (PCP) a très fortement diminué. Malgré tout, chez les patients infectés par le VIH, la PCP était la 2ème IO la + fréquente en France en 2001-2003 et les infections fongiques, avec 1 million de nouveaux cas/an de cryptococcose, restent un problème de santé publique majeur au niveau mondial. Cependant, depuis l’ère des cART, très peu de recherches épidémiologiques sur les infections fongiques dans les pays industrialisés ont été entreprises. C’est dans ce contexte que nous avons mené une étude épidémiologique de 2 infections fongiques chez les patients infectés par le VIH en France sur la French Hospital Database on HIV ANRS CO4 (FHDH) : la pneumocystose et l’aspergillose invasive. Concernant la pneumocystose, sur la période 2004-2011, dans la base FHDH, la moitié des 1259 cas de PCP étaient survenus chez des patients qui avaient interrompus leur suivi, et, pour ceux qui avaient déjà eu une IO avant la PCP, leur mortalité était de 25% à 3 ans. Pour l’aspergillose invasive (AI), après un retour national aux dossiers des cas déclarés sur 20 ans sur la base FHDH, un comité d’experts a validé 242 cas d’AI. Les données montrent que, chez les patients infectés par le VIH, seulement la moitié des AI validées répondaient aux critères EORTC. La mortalité à 3 mois après une AI s’est améliorée après l’ère des cART et un rôle protecteur du voriconazole sur la survie à 3 mois a également été démontré pour la 1ère fois chez les patients infectés par le VIH. / The advent of combined antiretroviral therapy (cART) in 1996 resulted in a dramatic fall in the incidence of AIDS-defining illness (ADI), including Pneumocystis jirovecii pneumonia (PCP). Nevertheless, PCP was the second most frequent ADI in France in 2001-2003 and fungal infections remain a major threat for HIV-infected individuals worldwide. Epidemiological data on fungal infections in the late cART period in resource-rich settings are scarce. The purpose of our work was to study changes in the epidemiology of fungal infections among HIV-infected individuals in France in the late cART period, focusing on PCP and invasive aspergillosis (IA) in the French Hospital Database on HIV ANRS CO4 (FHDH). In the FHDH, during the 2004-2011 period, half of the 1259 PCP cases occurred among HIV-infected individuals who had waning adherence to care, and for those who had a prior ADI before PCP the 3-year mortality rate was 25%. For the second study on IA, a review committee validated IA cases among all the cases that included a diagnostic code for aspergillosis (ICD-9 or ICD-10) in the FHDH over a 20-year period. Our study demonstrated that only half of validated IA cases among HIV-infected individuals met EORTC criteria. The 3-months survival rate after IA diagnosis improved after the advent of cART and a protective role of voriconazole was observed in the period after 2001.

The control and eradication of the invasive biennial herb garlic mustard (Alliaria petiolata) and the restoration of invaded forest habitats present important linked challenges to land managers in North America. Removing garlic mustard by hand and by glyphosate herbicide application have both been used as eradication strategies with mixed results. Each method has advantages and disadvantages, but they are rarely compared for effectiveness and community impact across multiple years of management. Some previous studies have shown improvements in species diversity and plant community composition following management, while others have found no differences. To better understand both garlic mustard population and native plant community responses to these two methods across a broad geographic range, we tested these two management methods for four years in seven northern hardwood forests in Massachusetts and New York State. We found that pulling juvenile and adult garlic mustard plants for four years significantly reduced adult abundance, while spraying had no effect compared to invaded control plots. In the plant community, we found no negative impacts of garlic mustard on species diversity nor increased diversity in managed plots following three consecutive years of management. Our results suggest that increased diversity should not be the primary goal of garlic mustard management at these sites and plant community monitoring at the site-specific scale should be explored. This study highlights how complicated decisions can be for managers when deciding which invasions to prioritize and how to measure plant community recovery.

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