La centralisation des données patients au sein de répertoires numériques soulève des problématiques d’interopérabilité avec les différents systèmes d’information médicaux tels que ceux utilisés en clinique, à la pharmacie ou dans les laboratoires d’analyse. Les instances de santé publique, en charge de développer et de déployer ces dossiers, recommandent l’utilisation de standards pour structurer (syntaxe) et coder l’information (sémantique). Pour les données du diagnostic in vitro (DIV) deux standards sémantiques sont largement préconisés : - la terminologie LOINC® (Logical Observation Identifier Names and Codes) pour représenter les tests de laboratoire ;- l’ontologie SNOMED CT® (Systematized Nomenclature Of MEDicine Clinical Terms) pour exprimer les résultats observés.Ce travail de thèse s’articule autour des problématiques d’interopérabilité sémantique en microbiologie clinique avec deux axes principaux : Comment aligner un Système Organisé de Connaissances du DIV en microbiologie avec l’ontologie SNOMED CT® ? Pour répondre à cet objectif j’ai pris le parti dans mon travail de thèse de développer des méthodologies d’alignement adaptées aux données du diagnostic in vitro plutôt que de proposer une méthode spécifique à l’ontologie SNOMED CT®. Les méthodes usuelles pour l’alignement d’ontologies ont été évaluées sur un alignement de référence entreLOINC® et SNOMED CT®. Les plus pertinentes sont implémentées dans une librairie R, qui sert de point de départ pour créer de nouveaux alignements au sein de bioMérieux. Quels sont les bénéfices et limites d’une représentation formelle des connaissances du DIV ? Pour répondre à cet objectif je me suis intéressée à la formalisation du couple <Test—Résultat>(Observation) au sein d’un compte-rendu de laboratoire. J’ai proposé un formalisme logique pour représenter les tests de la terminologie LOINC® qui a permis de montrer les bénéfices d’une représentation ontologique pour classer et requêter les tests. Dans un second temps, j’ai formalisé un patron d’observations compatible avec l’ontologie SNOMED CT® et aligné sur lesconcepts de la top-ontologie BioTopLite2. Enfin, le patron d’observation a été évaluée afin d’être utilisé au sein des systèmes d’aide à la décision en microbiologie clinique. Pour résumer, ma thèse s’inscrit dans une dynamique de partage et réutilisation des données patients. Les problématiques d’interopérabilité sémantique et de formalisation des connaissances dans le domaine du diagnostic in vitro freinent aujourd’hui encore le développement de systèmes experts. Mes travaux de recherche ont permis de lever certains de ces verrous et pourront être réutilisés dans de nouveaux systèmes intelligents en microbiologie clinique afin de surveiller par exemple l’émergence de bactéries multi-résistantes, et adapter en conséquence des thérapies antibiotiques. / The centralization of patient data in different digital repositories raises issues of interoperability with the different medical information systems, such as those used in clinics, pharmacies or in medical laboratories. The public health authorities, charged with developing and implementing these repositories, recommend the use of standards to structure (syntax) and encode (semantic) health information. For data from in vitro diagnostics (IVD) two standards are recommended: - the LOINC® terminology (Logical Observation Identifier Names and Codes) to represent laboratory tests;- the SNOMED CT® ontology (Systematized Nomenclature Of MEDicine Clinical Terms) to express the observed results.This thesis focuses on the semantic interoperability problems in clinical microbiology with two major axes: How can an IVD Knowledge Organization System be aligned with SNOMED CT®? To answer this, I opted for the development of alignment methodologies adapted to the in vitro diagnostic data rather than proposing a specific method for the SNOMED CT®. The common alignment methods are evaluated on a gold standard alignment between LOINC® and SNOMED CT®. Themost appropriate are implemented in an R library which serves as a starting point to create new alignments at bioMérieux.What are the advantages and limits of a formal representation of DIV knowledge? To answer this, I looked into the formalization of the couple ‘test-result’ (observation) in a laboratory report. I proposed a logical formalization to represent the LOINC® terminology and I demonstrated the advantages of an ontological representation to sort and query laboratory tests. As a second step, I formalized an observation pattern compatible with the SNOMED CT® ontology and aligned onthe concept of the top-ontology BioTopLite2. Finally, the observation pattern was evaluated in order to be used within clinical microbiology expert systems. To resume, my thesis addresses some issues on IVD patient data share and reuse. At present, the problems of semantic interoperability and knowledge formalization in the field of in vitro diagnostics hampers the development of expert systems. My research has enabled some of the obstacles to be raised and could be used in new intelligent clinical microbiology systems, for example in order to be able to monitor the emergence of multi resistant bacteria and consequently adapt antibiotic therapies.

Orientador: Walter Moreira / Resumo: O controle de vocabulário em periódicos científicos eletrônicos tem como finalidade minimizar ou extinguir a ambiguidade da linguagem natural para proporcionar uma linguagem artificial com vista a organização, representação e recuperação da informação. Os vocabulários controlados originados nos periódicos científicos eletrônicos deste estudo de caso são disponibilizados por meio da ferramenta VCPC Tools, e constituídos independentes, o que instiga a necessidade de mapear e torná-los interoperáveis. A contribuição pretendida com a realização deste estudo é a ampliação das condições de realizar inferências sobre a interoperabilidade entre Sistemas de Organização do Conhecimento e aplicá-las em periódicos científicos eletrônicos gerenciados pelo OJS que já fazem uso de vocabulário controlado. Busca-se responder a questão: como recuperar a informação em periódicos científicos eletrônicos por meio de vocabulários controlados mapeados a partir das palavras-chave em um modelo de interoperabilidade? Partiu-se da hipótese inicial de que os vocabulários controlados aplicados a periódicos científicos eletrônicos, gerenciados pelo OJS, podem ser considerados um instrumento interoperável para melhorar os processos de busca e recuperação dos artigos, bem como subsidiar os autores (no momento de atribuir) e os usuários na operação de encontrar, na consulta por meio de termos que representem, de modo mais eficaz, a sua pesquisa. Defende-se a tese de que o controle de vocabulário interoperáve... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Vocabulary control in electronic scientific journals aims to minimize or extinguish the ambiguity of natural language, in order to provide an artificial language heading towards organizing, representing and retrieving information. The controlled vocabularies originated in the electronic scientific journals, in this case study, are made available through VCPC Tools, as independently set device, which instigates the need to map and make them interoperable. The intended contribution, with the accomplishment of this study, is to widely enable users to make inferences about the interoperability between SOCs – Knowledge Organization Systems, and to apply them in electronic scientific journals managed by the OJS – Open Journal Systems, that already utilize controlled vocabulary. The question to be answered is: how to retrieve information in electronic scientific journals through controlled vocabularies mapped from keywords in an interoperability model? The initial hypothesis is that the controlled vocabularies when applied to electronic scientific journals, managed by the OJS, can be considered as an interoperable instrument to improve the processes of searching and retrieving articles, and constitute the basis for the authors (when assigning keywords) and for users (in the operation of finding) to properly search, through more effective terms and refined access. The thesis being held is that interoperable controlled vocabulary, in a context of a huge amount of scientific production... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

The aim of the research documented in the thesis was to design an ontology for the knowledge organization domain. Three requirements specifying areas of ontology use have been identified: making of statements for a knowledge base for knowledge organization, indexing of resources in the domain and interlinking with content-relevant ontologies. The design was elaborated by the method of reengineering the first version of ontology, created in the framework of the NAKI research project Knowledge base for subject area of knowledge organization in 2013-2015. The second version of ontology is based on the DOLCE foundational ontology, specifically on the reusing of its selected classes and predicates, including the axioms associated with them. The reengineering of the content of the first version of ontology was done by the domain and facet analysis methodology. The outcome is divided in two interlinked modules - axiomatized heavy- weight core ontology and light-weight terminological ontology. The ontology offers a solution to the compatibility of Czech and world terminology, it applies an extended concept of domain beyond the scope of memory institutions, and it presents a partial contribution to the development of the theory of knowledge organization. The content of the thesis is divided into five...

Archiv' ist bei Foucault der Titel für eine historische Größe der Wissensgeschichte, die unter bestimmten Bedingungen der Sagbarkeit zustande kommt und diese zugleich wirksam macht: 'Das Archiv ist zunächst das Gesetz dessen, was gesagt werden kann, das System, das das Erscheinen der Aussagen als einzelner Ereignisse beherrscht. Aber das Archiv ist auch das, was bewirkt, daß all diese gesagten Dinge sich nicht bis ins Unendliche in einer amorphen Vielfalt anhäufen, sich auch nicht in eine bruchlose Linearität einschreiben und nicht allein schon bei zufälligen äußeren Umständen verschwinden; sondern daß sie sich in distinkten Figuren anordnen, sich aufgrund vielfältiger Beziehungen miteinander verbinden, gemäß spezifischen Regelmäßigkeiten sich behaupten ( ... ).' Archiv in diesem Sinn ist so etwas wie ein Ermöglichungsgrund von Diskursivität, eine Instanz der historischen Analyse, die das Gesagte in seiner Existenz verständlich macht. In dieser Beziehung soll der Begriff im folgenden auf eine Bibliothek bezogen werden, die wie keine andere das Wissen das 17. Jahrhunderts repräsentiert. So kann man jedenfalls sprechen, wenn man im Hinblick auf die in Wolfenbüttel vollendete Büchersammlung blickt, die nicht nur die zweit- oder drittgrößte Bibliothek war, als ihr Gründer, Herzog August, 1666 starb, sondern die mit größter Wahrscheinlichkeit umfangreichste jemals von einem einzelnen Menschen mit größter Sorgfalt zusammengetragene Bibliothek überhaupt ist.

(in English): The thesis investigates knowledge management in the context of information science and human resources management strategy. It includes (1) analysis of the current status of knowledge management and the potential of knowledge management to be evaluated using audit procedures, (2) comparative analysis of knowledge management as approached in the Czech Republic and other countries, and (3) knowledge management audit proposal.

Den Begriff 'Dispositiv' hat Foucault nicht viel länger als den des 'Archivs' benutzt. Nach seinem eigenen Bekenntnis sind Begriffe nur 'Werkzeuge' des Analysierens, einer methodologischen Fixierung war er grundsätzlich abhold und privilegierte lieber die Erfindung passender Kategorien im konkreten Zusammenhang historischer Forschungen. Vom Dispositiv spricht er am ausführlichsten im Zusammenhang mit seinem Spätwerk, der 'Geschichte der Sexualität'. Der Begriff ist jenseits dieses Verwendungszusammenhangs allerdings auch anderweitig erfolgreich benutzt worden, und kann auch im hier angesprochenen Zusammenhang eine gewisse Geltung beanspruchen. Als Dispositiv kann eine Bibliothek im Foucaultschen Sinne angesehen werden, wenn institutionelle, administrative und architektonische Gesichtspunkte im Sinne eines Ensembles oder eines Netzwerks rekonstruierbar sind. Dafür liegen in Wolfenbüttel jedenfalls eine Reihe von historischen Zeugnissen vor. Oie Bibliothek als Dispositiv zu verstehen, bedeutet weiterhin, das intellektuelle Unternehmen ihrer Anlage und Disposition, ihrer Vermehrung und ihrer Verfügbarkeit, im Zusammenhang mit administrativen, institutionellen Maßnahmen und allgemein einer Politik ihrer Handhabung zu sehen.

Tout d’abord, nous abordons les problématiques liées à l’organisation et à la gestion des connaissances ainsi que les principes présidant à l’élaboration des classifications à facettes. Nous proposons ensuite une synthèse des méthodes existantes d’élaboration de classifications à facettes. Nous poursuivons en réalisant une analyse de l’impact des types de Systèmes d’Information sur l’activité de gestion de l’information. Ce faisant, nous produisons une analyse de l’activité inspirée de la Théorie de l’Activité, et influencée par les travaux de la psychologie du travail et de l’ergonomie cognitive. Le prototype Hypertagging développé dans le cadre du projet Miipa-Doc fondé sur le tagging des utilisateurs et structuré par les principes de la classification à facettes est présenté. Notre expérimentation sur l’élaboration de classifications à facettes pour la gestion des documents de travail est détaillée. Enfin, nous exposons notre méthodologie d’élaboration de FolkClassifications à facettes pour la gestion des connaissances métier. Elle vise à appuyer une démarche de gestion des connaissances sur la gestion personnelle de l’information / We address Knowledge Organization and Knowldege Management general issues and we present the basic principles for the development of faceted classifications. Then we introduce a synthesis of existing methods to develop this kind of classification. Next we propose an analysis of effects of Information Systems on information management activities. By doing this, we produce an analysis of the concept of activity inspired by Activity Theory, occupational psychology and french ergonomics. A presentation of Hypertagging prototype developed in the frame of Miipa-Doc research project, based on users tagging and structured by faceted classification principles, is provided. Our experiment about generating faceted classification for document management activities is detailed. Finally, we expose our method for the development of faceted classification for Knowledge Management purposes in the context of specific trades. This Knowledge Management approach is incorporated in Knowledge Organization activities.