Le développement de circuits mesoscopiques avec une architecture hybride cette dernière décennie a permis d’étudier l’interaction lumière matière dans son aspect fondamental avec des photons dans le régime micro-ondes. Ces développements permettent aujourd’hui d’étudier cette interaction dans le domaine terahertz, gamme spectrale s’étendant de 0.1 THz à 10 THz (0.4 meV-41,3 meV). L’apparition de sources performantes et de méthodes de spectroscopie efficaces telles que la spectroscopie dans le domaine temporel sont des outils utilisables pour l’étude de l’interaction lumière matière dans ce domaine spectral. Dans ce travail de thèse, nous avons développé un outil afin d’étudier cette interaction dans son aspect le plus fondamental composé d’un nanotube de carbone en régime de boîte quantique et d’une cavité térahertz. Le nanotube de carbone est un élément d’autant plus adapté que sa structure électronique est régie par des énergies dont la fréquence équivalente se situe dans le terahertz. La cavité térahertz est un "split ring resonator". Le travail s’est décomposé en deux aspects, avec dans un premier temps le développement d’un banc de spectroscopie térahertz large bande (0.3 THz-20 THz) dans le domaine temporel pour l’étude des résonateurs. En utilisant un procédé original de contrôle du front d’onde d’émission de l’antenne, nous démontrons que le champ térahertz est focalisé en limite de diffraction ce qui ouvre la possibilité d’étudier des résonateurs uniques. Dans un second temps, des mesures de transport électronique ont été effectuées afin de mettre en évidence un couplage entre le résonateur et la boîte quantique. Un couplage avec un mode bosonique est observé. La conductance de ces états est modulée par la source de photons utilisée dans cette étude. Cependant, l’énergie du mode est inférieure à celle observée par les mesures de spectroscopie ne permettant pas de conclure de manière définitive sur l’origine de ce mode. / In the last ten years, research has been devoted to the development of hybrid architecture mesoscopic circuit to study the ligh-matter interaction in the microwaves range. These improvements allow us to study this interaction in the terahertz range extending from 0.1 THz to 10 THz (0.4 meV - 41.3 meV). Moreover, new efficient sources and new spectroscopy schemes like time domain spectroscopy set-up are some tools that can be used to study the light-matter interaction in this range. In this work, we developed a paradigm to study the interaction in the fundamental aspect composed of a carbon nanotube in a quantum dot regime embedded in a terahertz cavity. Carbon nanotube quantum dot is well adapted because of its electronic levels which are separated by energy in the terahertz range. The cavity used for the study is a "split ring resonator". This thesis is decomposed in two parts. Firstly, we built an ultrabroadband terahertz time domain spectroscopy set-up (0.3 THz -20 THz) to study the terahertz resonators. We demonstrated that the terahertz field is focused at the diffraction limit by exciting the antenna with an original scheme based on a control wavefront. Then, electronic transport measurements have been done to highlight the coupling between the cavity and the quantum dot. A coupling with a bosonic mode is observed. The conductance of these states is modified by the source that we used in this work. However, the energy of the observed mode is lower than the fundamental energy mode of the cavity that do not allow us to conclude about the origin of this mode.

Ce travail se consacre à la simulation numérique tridimensionnelle de suspensions denses, monodispersés, non-inertielles et non-colloïdales. Nous avons pour ce faire développé une méthode numérique basée sur une approche de type domaine fictif. Le modèle inclut également une modélisation détaillée des forces de lubrification ainsi que des forces de contact avec prise en compte des rugosités et du frottement. Un résultat majeur est le rôle important du frottement entre particules sur la rhéologie de la suspension – en particulier sur la viscosité de cisaillement et les contraintes normales – mais aussi sur la viscosité normale ou la diffusion des particules. Le frottement contribue à augmenter fortement la contrainte de contact alors que la contrainte hydrodynamique n’est quasiment pas affectée. Cette contrainte de contact s’avère être la contrainte majoritaire dans les suspensions denses. La prise en compte du frottement dans les simulations permet de se rapprocher notablement des résultats expérimentaux. Le rôle du confinement est également étudié et les parois s’avèrent conduire à une organisation locale marquée de type hexagonal ainsi qu’à un glissement. Cette organisation entraîne des effets sensibles sur les propriétés rhéologiques surtout pour la première différence de contraintes normales N1 qui peut localement devenir positive. Enfin, nous abordons l’impact d’amas percolants de particules dans la suspension. La fraction volumique de percolation se situe entre 0,3 et 0,4 avec un effet marqué de la rugosité, du frottement et de la taille du domaine. / This work is devoted to three-dimensional numerical simulations of monodisperse non-inertial non-colloidal concentrated suspensions. To this end, a numerical method based on a fictitious domain technique is developed. It includes a detailed lubrication model as well as a contact model allowing for particle roughness and friction. One major result is the strong effect of friction on rheology, especially on shear viscosity and normal stresses. It also alters markedly normal viscosity or particle diffusion. Friction acts mostly through an increase in the contact stress since the hydrodynamic stress remains unaffected. This contact stress occurs to be the prevailing stress in dense suspensions. Overall, frictional results are in much better agreement with available experiments. The role of confinement is investigated as well and walls are shown to induce a strong local hexagonal ordering with a significant wall slip. This wall-induced ordering has a notable effect on rheology, especially on the first normal stress difference N1 that can be locally positive. Finally, we have studied the percolation of particle clusters across the suspension. The critical volume fraction is found to be in the range 0.3~0.4, with a significant dependence on roughness, friction, and domain size. Percolating clusters characteristics can globally be described by an isotropic percolation theory, with discrepancies regarding some critical exponents however. The role of percolating clusters on rheology is found to be very limited.

La recherche de nouvelles molécules à visée thérapeutique ou diagnostic ciblant les récepteurs membranaires incluant les RCPGs, les récepteurs à tyrosine kinase et les canaux ioniques sont au coeur des recherches investies par les entreprises pharmaceutiques. Dans ce projet nous avons étudié et caractérisé des domaines variables de chaîne lourde d'anticorps de lamas (sdAbs) qui peuvent contourner certaines limites liées à l'utilisation des anticorps monoclonaux ou des petites molécules. En effet, de par leurs particularités structurales qui les rendent particulièrement intéressants en termes de stabilité, d'affinité et de reconnaissance d'antigène, les sdAbs représentent etre une alternative prométeuse. Dans ce manuscrit sont exposés les travaux effectués sur les récepteurs aux tyrosines kinases appartenant à la famille des ErbBs et les récepteurs au glutamate mGluRs (RCPG). En plus d'avoir sélectionné des sdAbs hautement spécifiques de ces différents antigènes, ces molécules ont également montré des caractéristiques très étonnantes et inattendues. En effet, la majeure partie des sdAbs sélectionnés présentent une spécificité pour une conformation du récepteur particulière (forme active ou inactive). Cette particularité très pertinente nous ouvre un spectre d'application très diversifié, car elle permet de cibler et d'analyser les récepteurs dans ces différents états d'activation. Ajouté à cela, certains sdAbs possèdent une activité de modulateur allostérique, voir même présentent un effet agoniste. Ces résultats très encourageants nous ouvrent de nouvelles perspectives, et ces molécules représentent une nouvelle approche pour la modulation et l'étude des ces récepteurs. / The research for new therapeutic or diagnostic molecules targeting membrane receptors, including GPCRs, tyrosine kinase receptors and ion channels are the heart of the research invested by pharmaceutical companies. In this project we used the variable domain of llama antibody heavy chain also called single domain antibodies (sdAbs) that can bypass some limitations to the use of monoclonal antibodies or small molecules. Indeed, because of their structural features that make them particularly interesting in terms of stability, affinity and antigen recognition, sdAbs represent a very promising candidates that can be used in various fiels of application: as fluorescent probes , screening tools , or therapeutic molecules. In this manuscript are exposed the work performed on the tyrosine kinases receptor belonging to the ErbBs family and metabotropic glutamate receptors, mGluRs (GPCRs).We selected very highly specific sdAbs directed against antigen of interest, but these molecules have also shown very surprising and unexpected particularities. Indeed, most of the selected sdAbs exhibit specificity for a particular conformation of the receptor (active or inactive form). This very relevant feature opens an highly diversified application spectrum, because it allows to identify and analyze these receptors in different states of activation. Added to this, some sdAbs present an allosteric modulator activity, or even present an agonist effect. These encouraging results open up new perspectives, and these molecules represent a new approach for modulation and study of these membrane receptors.

Ces dernières années, l’intérêt pour l’apprentissage automatique n’a cessé d’augmenter dans des domaines aussi variés que la reconnaissance d’images ou l’analyse de données médicales. Cependant, une limitation du cadre classique PAC a récemment été mise en avant. Elle a entraîné l’émergence d’un nouvel axe de recherche : l’Adaptation de Domaine, dans lequel on considère que les données d’apprentissage proviennent d’une distribution (dite source) différente de celle (dite cible) dont sont issues les données de test. Les premiers travaux théoriques effectués ont débouché sur la conclusion selon laquelle une bonne performance sur le test peut s’obtenir en minimisant à la fois l’erreur sur le domaine source et un terme de divergence entre les deux distributions. Trois grandes catégories d’approches s’en inspirent : par repondération, par reprojection et par auto-étiquetage. Dans ce travail de thèse, nous proposons deux contributions. La première est une approche de reprojection basée sur la théorie du boosting et s’appliquant aux données numériques. Celle-ci offre des garanties théoriques intéressantes et semble également en mesure d’obtenir de bonnes performances en généralisation. Notre seconde contribution consiste d’une part en la proposition d’un cadre permettant de combler le manque de résultats théoriques pour les méthodes d’auto-étiquetage en donnant des conditions nécessaires à la réussite de ce type d’algorithme. D’autre part, nous proposons dans ce cadre une nouvelle approche utilisant la théorie des (epsilon, gamma, tau)-bonnes fonctions de similarité afin de contourner les limitations imposées par la théorie des noyaux dans le contexte des données structurées / During the past few years, an increasing interest for Machine Learning has been encountered, in various domains like image recognition or medical data analysis. However, a limitation of the classical PAC framework has recently been highlighted. It led to the emergence of a new research axis: Domain Adaptation (DA), in which learning data are considered as coming from a distribution (the source one) different from the one (the target one) from which are generated test data. The first theoretical works concluded that a good performance on the target domain can be obtained by minimizing in the same time the source error and a divergence term between the two distributions. Three main categories of approaches are derived from this idea : by reweighting, by reprojection and by self-labeling. In this thesis work, we propose two contributions. The first one is a reprojection approach based on boosting theory and designed for numerical data. It offers interesting theoretical guarantees and also seems able to obtain good generalization performances. Our second contribution consists first in a framework filling the gap of the lack of theoretical results for self-labeling methods by introducing necessary conditions ensuring the good behavior of this kind of algorithm. On the other hand, we propose in this framework a new approach, using the theory of (epsilon, gamma, tau)- good similarity functions to go around the limitations due to the use of kernel theory in the specific context of structured data

Les domaines SH3 (Src Homology domain) représentent l'un des modules protéiques le plus largement répandu dans la nature. Ils participent à des interactions intra- et intermoléculaires avec d’autre partenaires au travers de la formation et de la dissociation de complexes multi-protéiques. Le gène nef du Virus d'Immunodéficience Humain (VIH-1) code pour la protéine nef, importante pour la réplication du virus et le développement optimal du SIDA (Syndrome d’Immunodéficience Acquise) chez les personnes infectées. De précédentes études ont mis en évidence que la protéine nef utilise un mode « tertiaire » d’interaction pour mettre en place une affinité et une sélectivité élevées envers les domaines SH3 des kinases de la famille Src (SFKs). Savoir si cette stratégie de reconnaissance tertiaire des domaines SH3 peut être retrouvée dans des protéines cellulaires humaines est donc une question importante pour évaluer le degré de spécificité de la protéine nef comme cible anti-HIV. Nous avons identifié Alix (ALG-2 [apoptosis-linked gene 2]-interacting protein X) comme protéine originale interagissant avec le domaine SH3 de la kinase de cellules Hématopoïétique (Hck). Alix possède une sélectivité comparable à nef envers les domaines SH3 de SFKs. Nous avons combiné une analyse biophysique et structurale, alliant des méthodes telles que la microcalorimetrie à titration isotherme(‘ITC’), la Résonance Plasmonique de Surface (‘SPR’), des méthodes in vitro dites de ‘GST pulldown’, l'interférométrie (‘NPOI’), la Résonance Magnétique Nucléaire (‘NMR’ - HSQC) et la diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS) pour explorer les caractéristiques définissant le mode d’interaction entre Alix et le domaine SH3 de la kinase Hck. Cette étude démontre que la protéine cellulaire Alix est unique, structurellement différente mais fonctionnellement semblable à nef. / Src homology (SH) 3 domains is one of the most wide-spreaded protein modules found in nature. They mediate both inter- and intra-molecular protein-protein interactions (PPIs) through the formation and dissociation of multi-protein complexes. These SH3-mediated interactions are responsible for signal transduction, cytoskeleton organization and other cellular processes. The nef gene of Human immunodeficiency virus (HIV-1) encodes the HIV-1 Nef protein, which is important for optimal virus replication and development of AIDS (acquired immunize deficiency syndrome) in HIV-1 infected persons. Previous studies show that the HIV-1 Nef protein uses a “tertiary” binding mode to achieve high affinity and selectivity toward SH3 domains of Src-family kinases (SFKs). Whether this strategy of ‘tertiary’ binding mode of SH3 domains can be found in human cellular proteins, besides HIV-1 Nef, is an important question in the specificity of the HIV-1 Nef protein as an anti-HIV target. We identified Alix (ALG-2 [apoptosis-linked gene 2]-interacting protein X) as a novel protein interacting with Hemopoietic cell kinase (Hck) SH3 domain. Alix has similar selectivity towards SH3 domains of SFKs as the HIV-1 Nef. We have combined biophysical and structural biology analysis, including ITC (isothermal titration calorimetry), SPR (surface Plasmon resonance), GST (glutathione S-transferase) pull-down, interferometry, HSQC (heteronuclear single quantum coherence) and SAXS (small-angle X-ray scattering) to explore the characteristics of Alix-SH3 recognition mode. This study shows that Alix as a unique cellular protein, which is structurally different but functionally similar in recognizing HIV-1 Nef. The structural information of the Alix-Hck association facilitates the understanding of how Hck and Alix assist viral budding and cell surface receptor regulation.

Le bruit neutronique désigne les fluctuations de la population neutronique induites par des changements déterministes ou stochastiques des sections efficaces macroscopiques lors du fonctionnement à puissance nominale d’un réacteur nucléaire. Ces perturbations peuvent avoir des origines diverses comme une variation de densité du caloporteur ou une vibration d’un élément mécanique (barres de contrôle, assemblages ou crayons combustibles…). Dans les réacteurs de puissance, ces bruits neutroniques sont observables par les détecteurs de neutrons placés à l’intérieur et à l’extérieur du cœur. Lorsque ces bruits sont jugés anormaux, tout l’enjeu est de savoir identifier et localiser leurs sources afin de pouvoir mettre en place les mesures de sûreté éventuellement nécessaires au bon fonctionnement de l’installation. Ces bruits peuvent aussi être exploités pour déterminer certaines propriétés du caloporteur comme sa vitesse ou son titre vapeur, ou encore d’autres propriétés dynamiques globales comme le coefficient de température d’un réacteur à eau pressurisée.Les équations générales du bruit neutronique sont issues de la linéarisation et de la transformée de Fourier de l’équation de Boltzmann cinétique perturbée autour de l’état d’équilibre du cœur en suivant l’hypothèse de petites perturbations et en prenant en compte le couplage avec les équations des précurseurs. Ceci a pour résultat une équation à source dans le domaine fréquentiel. Résoudre cette équation complexe permet de prédire le bruit pour différents emplacements de détecteurs.Cette thèse a pour principal objectif de mettre en place des outils de calculs neutroniques en implémentant notamment un solveur de bruit neutronique dans le code de transport déterministe multi-filière APOLLO3® développé au CEA.Au cours de nos travaux, nous avons tout d’abord étudié et analysé la théorie classique du bruit neutronique. Il nous est apparu qu’il était plus judicieux de définir comme opérateur d’équilibre la moyenne temporelle de l’opérateur cinétique perturbé plutôt que l’opérateur de Boltzmann stationnaire. Ce nouvel opérateur d’équilibre, qui a été développé pour la théorie linéaire et non linéaire, permet en effet de prendre en compte le système de régulation de la puissance présent dans les cœurs de réacteurs qui contrebalance automatiquement tout surplus de réactivité introduit par des perturbations.Nous avons implémenté par la suite la résolution numérique des équations du bruit en théorie de la diffusion et du transport dans une maquette dite « fil » pour des géométries à une dimension en multigroupe. La résolution des équations non linéarisées du bruit en théorie de la diffusion a aussi été implémentée afin d’étudier les limites de la théorie linéaire. Deux méthodes Monte Carlo ont été implémentées dans cette maquette : une méthode proposée très récemment dans la littérature et une nouvelle méthode que nous avons mise en place afin d’améliorer cette dernière. Cette nouvelle méthode a vocation à être implémentée dans le code Monte Carlo de référence TRIPOLI-4® développé au CEA. À l’aide de cette maquette, nous avons de plus proposé une nouvelle façon de modéliser plus exactement une vibration mécanique, modélisation que nous avons comparée avec les diverses modélisations analytiques existantes.Enfin, nous avons implémenté la résolution des équations linéaires du bruit en théorie de la diffusion et du transport dans le code déterministe APOLLO3® (solveur réseau IDT). Afin de tester ce nouveau solveur, nous avons mené à bien des calculs de bruit sur un cœur complet de réacteur à eau légère et à baffle lourd à deux et trois dimensions. Ces simulations nous ont permis de conclure nos travaux en étudiant l’impact de certaines sources de bruit, une oscillation ou une vibration d’un assemblage par exemple, sur un système aussi réaliste que ceux étudiés en calculs stationnaires et ce en théorie de la diffusion et du transport à deux groupes d’énergie. / Neutron noise analysis addresses the description of small time-dependent flux fluctuations induced by small global or local perturbations of the macroscopic cross-sections. These fluctuations may occur in nuclear reactors due to density fluctuations of the coolant, to vibrations of fuel elements, control rods, or any other structures in the core. In power reactors, ex-core and in-core detectors can be used to monitor neutron noise with the aim of detecting possible anomalies and taking the necessary measures for continuous safe power production. Thus, neutron noise techniques are more and more used by the nuclear industry for non-invasive monitoring, control and detection of anomalies in nuclear power plants. They are also applied to the measurement of the properties of the coolant, such as speed and void fraction, or of global dynamic properties such as the moderator temperature coefficient of a pressurized water reactor.The general noise equations are obtained by assuming small perturbations around a steady state in the neutron field and by subsequently taking the Fourier transform in the frequency domain. The analysis is performed based on the neutron kinetic equations including the coupling with neutron precursors. For each frequency, the outcome of the Fourier transform analysis is a fixed-source equation for the perturbed neutron field, which can then be solved so as to predict noise measurements at detector locations.The objective of this thesis is to develop techniques for neutron noise analysis and especially to implement a neutron noise solver in the deterministic transport code APOLLO3® developed at CEA.First, we studied and analyzed the traditional neutron noise theory. In order to take into account the action of the regulating system which cancel the time-averaged reactivity added by a perturbation in a core, we found that it is preferable to choose as steady-state operator the time-averaged of the kinetic operator rather than the stationary Boltzmann operator. This new steady-state operator has been developed for the linear and the non-linear full theory.Then, we have implemented a neutron noise solver in diffusion and transport theory for a simple “rod” geometry in multigroup. A non-linear neutron noise solver has been also implemented in diffusion theory for this rod geometry in order to analyze the limits of the linear theory. Moreover, two Monte Carlo methods that solve the transport equations for the neutron noise in the frequency domain have been implemented for this rod geometry: one recently developed in the literature and a new Monte Carlo algorithm that we have developed so as to improve the latter. This new algorithm is supposed to be implemented in the reference Monte Carlo code TRIPOLI-4® developed at CEA. In addition, a new one-dimension vibration model has been developed and tested for the rod geometry in order to simulate a periodic vibration of a mechanical element and to determine the neutron noise generated by this perturbation.Lastly, a neutron noise solver has been implemented in diffusion and transport theory in the deterministic transport code APOLLO3® (IDT lattice solver). In order to test this new solver, we have performed neutron noise simulations in a large pressurized water reactor with heavy baffle in two and three dimensions. Thus, we have concluded our work by analyzing the neutron noise induced by different noise sources, an oscillation or a vibration of one assembly for example, in a case as realistic as ones used in stationary calculations. These simulations have been performed in diffusion and transport theory with two energy groups.

Dans le contexte actuel des technologies de l’information, le traitement séquentiel effectué par les ordinateurs d’architecture classique bute sur des problématiques de consommation d’énergie. En s’inspirant de la nature, et tout particulièrement du cerveau, une solution alternative apparaît à travers les réseaux de neurones artificiels. Dans ce cadre, la réalisation de nano-composants, appelés memristors, qui miment la plasticité synaptique, permet grâce à leur taille nanométrique d’envisager la réalisation de réseaux neuronaux densément interconnectés. Dans ce travail de thèse, notre intérêt est porté sur la réalisation d’un tel composant, défini comme une nano-résistance variable et non-volatile, et dont le fonctionnement repose sur le principe de la spintronique (ou l’utilisation du spin des électrons comme vecteur d’information), qui présente les avantages de compatibilité avec les technologies actuelles (CMOS, MRAM, …etc). En utilisant une jonction tunnel magnétique, le concept de memristor spintronique repose sur le déplacement d’une paroi de domaine magnétique par transfert de spin, où chaque position de paroi défini un état de résistance intermédiaire. Afin de maitriser les variations de résistance du dispositif memristif spintronique, l’étude des propriétés statiques et dynamiques de la paroi de domaine sous l’influence d’un courant polarisé en spin est requise. Grâce à l’étude du déplacement et de la résonance de la paroi dans des systèmes à aimantations planaires, comprenant un nombre limité de 3 états intermédiaires de résistance, nous avons pu établir un premier bilan (temps de commutation du dispositif inférieur à la nanoseconde et mis en avant d’un phénomène de ‘sur-amortissement’). En s’appuyant sur ces travaux préliminaires, nous avons par la suite optimisé des jonctions tunnel magnétiques à aimantations perpendiculaires, pour lesquels d’une part le nombre d’états intermédiaires de résistance se voit fortement augmenter (entre 15 et 20 états), autorisant l’utilisation de ce dispositif memristif spintronique pour la réalisation de tâches neuromorphiques. D’autre part, ce dispositif est optimisé pour exploiter le couple de transfert de spin le plus efficace afin de déplacer la paroi de domaine. / In the current context of information technology, the sequential processing carried out by classical computer architectures stumbles on problems of energy consumption. Inspired by nature, especially the brain, an alternative solution appears through artificial neural networks. In this background, the realization of nano-components, called memristors, which mimic synaptic plasticity, enables to consider achieving densely interconnected neural networks due to their small size. In this work, our focus is on the realization of such a component, defined as a tunable and non-volatile nano-resistor, and which operation is based on the principle of spintronics (use of the spin of electrons as information vector), which has the advantages of compatibility with current technologies (CMOS, MRAM …etc). By using a magnetic tunnel junction, the concept of the spintronic memristor is based on the motion of a magnetic domain wall by spin transfer effect, where each wall position defines an intermediate resistance state. In order to control the resistance of this spintronic memristive device, the study of static and dynamic properties of the domain wall under the influence of a spin polarized current is required. By the study of the displacement and resonance of the wall whithin an in-plane magnetized device, we established a first assessment (commutation time of the device below one nanosecond and observation of an over-damping). Based on these preliminary studies, we then optimized magnetic tunnel junctions with out-of-plane magnetizations. On one hand, we show that the number of intermediate resistance states is strongly increased (between 15 and 20 states), allowing this spintronic memristive device to be used to perform neuromorphic tasks. Furthermore, we show that the device is optimized to use the most efficient spin transfer torque to displace the magnetic domain wall.

Ce mémoire porte sur l'utilisation des ontologies dans les systèmes de recherche d'information SRI dédiés à des domaines particuliers. Il se base sur une approche à deux niveaux, à savoir la formulation et la recommandation des requêtes. La formulation consiste à assister l'utilisateur dans l'expression de sa requête en se basant sur des concepts et des propriétés de l'ontologie de domaine utilisée. La recommandation consiste à proposer des résultats de recherche en utilisant la méthode du raisonnement à partir de cas. Dans cette méthode, une nouvelle requête est considérée comme un nouveau cas.La résolution de ce nouveau cas consiste à réutiliser les anciens cas similaires qui ne sont que des requêtes traitées auparavant. Afin de valider l'approche proposée, un système OntoCBRIR a été développé et un ensemble d'expérimentations a été élaboré. Enfin, les perspectives de recherche concluent le présent rapport. / This thesis study the using of ontologies in information retrieval systemdedicated to a specific domain. For that we propose a two-level approach to deal with i) the query formulation that assists the user in selecting concepts and properties of the used ontology ; ii) the query recommendation that uses the case-based reasoning method, where a new query is considered as a new case. Solving a new case consists of reusing similar cases from the history of the previous similar cases already processed. For the validation of the proposed approaches, a system was developed and a set of computational experimentations was made. Finally, research perspectives conclude that this present report.

Cette thèse a pour objectif d'améliorer la classification d'objets sous-marins dans des images sonar haute résolution. En particulier, il s'agit de distinguer les mines des objets inoffensifs parmi une collection d'objets ressemblant à des mines. Nos recherches ont été dirigées par deux contraintes classiques en guerre de la mine : d'une part, le manque de données et d'autre part, le besoin de lisibilité des décisions. Nous avons donc constitué une base de données la plus représentative possible et simulé des objets dans le but de la compléter. Le manque d'exemples nous a mené à utiliser une représentation compacte, issue de la reconnaissance de visages : les Structural Binary Gradient Patterns (SBGP). Dans la même optique, nous avons dérivé une méthode d'adaptation de domaine semi-supervisée, basée sur le transport optimal, qui peut être facilement interprétable. Enfin, nous avons développé un nouvel algorithme de classification : les Ensemble of Exemplar-Maximum Excluding Ball (EE-MEB) qui sont à la fois adaptés à des petits jeux de données mais dont la décision est également aisément analysable / This thesis aims to improve the classification of underwater objects in high resolution sonar images. Especially, we seek to make the distinction between mines and harmless objects from a collection of mine-like objects. Our research was led by two classical constraints of the mine warfare : firstly, the lack of data and secondly, the need for readability of the classification. In this context, we built a database as much representative as possible and simulated objects in order to complete it. The lack of examples led us to use a compact representation, originally used by the face recognition community : the Structural Binary Gradient Patterns (SBGP). To the same end, we derived a method of semi-supervised domain adaptation, based on optimal transport, that can be easily interpreted. Finally, we developed a new classification algorithm : the Ensemble of Exemplar-Maximum Excluding Ball (EE-MEB) which is suitable for small datasets and with an easily interpretable decision function

Les spermaphytes majoritairement représentés par les angiospermes ou plantes à fleur, ont le trait fondamental de pouvoir se multiplier par la formation de graine. Les graines représentent un caractère essentiel pour la survie des plantes, leur dissémination et un usage important pour l’industrie, notamment agro-alimentaire. Lors de la formation de la graine, des transitions cruciales ont lieu, en particulier pour le développement, l’établissement des réserves, la maturation, l’acquisition de la tolérance à la dessiccation et la dormance. Ces étapes sont régulées par des facteurs de transcription et notamment les LAFL (LEC1, ABI3, FUS3, LEC2). Les LAFL sont composés de deux familles, les facteurs de transcription à domaine B3 (ABI3, FUS3, LEC2) et les NF-Y (LEC1), qui sont impliqués dans la régulation génique dans différentes étapes du développement de la graine. Des études suggèrent la possibilité de la formation d’un complexe composé de ABI3, LEC1 et LEC2 sur le promoteur de l’OLEOSINE1 permettant d’activer plus fortement la transcription du gène. Néanmoins la caractérisation des protéines, leur action, régulation et leur capacité à interagir entre elles et former un complexe, restent encore méconnues. Dans un premier temps, je me suis attachée à caractériser la formation du complexe protéique composé d’ABI3, LEC1 et LEC2, plus particulièrement, l’interaction entre LEC1 et LEC2. La localisation subcellulaire des deux protéines par étiquetage in planta, ou grâce à des anticorps spécifiques, leur interaction dans un système double hybride et la mesure de l’effet de LEC1 sur LEC2 par thermophorèse ont permis de montrer que LEC2 et LEC1 peuvent former un dimère sur le promoteur de l’OLEOSINE1 et que cette association change l’affinité de LEC2 pour son ADN cible. Dans une deuxième approche, j’ai cherché à identifier des partenaires avec (données bibliographiques) et sans (approche de TAP-tag) a priori pour compléter l’étude. / The spermaphytes predominantly represented by angiosperms or flowering plants, have the fundamental ability to disseminate through seeds. Seeds are essential for the survival of plants, their dissemination and important resource for industry, especially food industry. During seed formation, critical transitions occur, in particular for development, establishment of reserves, maturation, acquisition of desiccation tolerance and dormancy. These steps are regulated by transcription factors and especially LAFL (LEC1, ABI3, FUS3, LEC2). LAFLS are composed of two families, B3 domain containing transcription factors (ABI3, FUS3, and LEC2) and NF-Y (LEC1) that are involved in gene regulation in different stages of seed development. Studies have suggested the possibility that a complex composed of ABI3, LEC1 and LEC2 is formed on the promoter of OLEOSINE1, allowing activating the transcription of the gene. Nevertheless, the characterization of proteins, their action, regulation and their capacity to interact with each another and form a complex, are still unknown. In a first step, I focused on characterizing the formation of the protein complex composed of ABI3, LEC1 and LEC2, more particularly on the interaction between LEC1 and LEC2. The subcellular localization of the two proteins were followed by labelling in planta, or by means of specific antibodies, their interaction tested in a double hybrid system and the measurement of the effect of LEC1 on LEC2 validated by thermophoresis. All the results demonstrated that LEC2 and LEC1 can form a dimer on the promoter of OLEOSINE1 and that this association change the affinity of LEC2 for its target DNA. In a second approach, I sought to identify partners with (bibliographic data) and without (TAP tagging approach) a priori to complete the study.