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Couplage entre la dynamique moléculaire et la mécanique des milieux continusBugel, Mathilde 09 October 2009 (has links)
A l'échelle macroscopique, la mécanique des milieux continus (MMC) rencontre parfois des difficultés à représenter correctement le comportement d'un système physique, du fait d'une modélisation insuffisante des phénomènes. Ces faiblesses sont particulièrement marquées dans les systèmes où les interfaces, qui font apparaître des échelles d'espace très différentes, jouent un rôle prépondérant : microfluidique, écoulements polyphasiques etc.. Or, dans de nombreux domaines, et notamment dans le milieu pétrolier, les modèles macroscopiques existants semblent insuffisants pour pouvoir traiter correctement les cas proposés. Par ailleurs, la méconnaissance des paramètres d’entrée d'une simulation macroscopique tels que les propriétés de transport, introduit parfois une mauvaise représentation de l’ensemble des processus diffusifs. La simulation à l'échelle microscopique, en l'occurrence la dynamique moléculaire classique (DM), peut pallier certains problèmes rencontrés par les approches macroscopiques, en permettant de mieux appréhender les divers processus physiques, notamment aux interfaces. Elle permet également de suppléer l’expérimentation, en permettant de calculer pour un fluide modèle les propriétés physiques du mélange étudié. Ainsi, à partir des ces données générées, il est possible de construire des corrélations palliant aux différents manques. Néanmoins, de par son caractère microscopique, cette approche ne permet de simuler que des échelles sub-micrométriques qui sont bien éloignées de la taille indispensable à la plupart des cas réalistes, qu’ils soient académiques ou industriels. En couplant les deux démarches, macroscopique et microscopique, de manière directe ou indirecte, il est donc envisageable d’accéder à des informations que l’une ou l’autre des ces approches ne peut fournir seule. / Hybrid atomistic-continuum methods allow the simulation of complex flows, depending on the intimate connection of many spatiotemporal scales : from the nanoscale to the microscale and beyond. By limiting the molecular description within a small localized region, for example near fluid/fluid or fluid/solid interfaces (breakdown of the continuum), these methods are useful to study large systems for reasonable times. Besides, there is a wide variety of applications for such hybrid methods, ranging from the micro- or nano-scale devices, and other industrial processes such as wetting, droplet formation, and biomolecules near interfaces. In this work, we present one scheme for coupling the Navier-Stokes set of equations with Molecular Dynamics. Among the existing alternatives to couple these two approaches, we have chosen to implement a domain decomposition algorithm based on the alternating Schwarz method. In this method, the flow domain is decomposed into two overlapping regions : an atomistic region described by molecular dynamics and a continuum region described by a finite volume discretization of the incompressible Navier-Stokes equations. The fundamental assumption is that the atomistic and the continuum descriptions match in the overlapping region, where the exchange of information is performed. The information exchange, requires the imposition of velocity from one sub-domain in the form of boundary conditions (Dirichlet)/constraints on the solver of the other subdomain and vice versa. The spatial coupling as well as the temporal coupling of the two approaches has been investigated in this work. To show the feasibility of such a coupling, we have applied the multiscale method to a classical fluid mechanics problems.
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Les effets du changement climatique sur les pays méditerranéens. / The effects of climate change in the mediteranean countriesQuefelec, Stephane 13 October 2011 (has links)
Cette thèse étudie les liens entre développement et changement climatique dans les pays méditerranéens afin de mieux comprendre les processus et les interactions spécifiquement en jeux dans cette région, en particuliers dans les pays du Maghreb et du Mashrek. Dans le chapitre 1, nous étudions l’état des connaissances scientifiques sur le changement climatique au niveau global et au niveau méditerranéen. Cela nous permet d’aborder le problème des projections climatiques et d’analyser les résultats pour le bassin méditerranéen. Sur cette base, dans le chapitre 2, en rapprochant les projections de changement climatique et le contexte local du développement, nous mettons en évidence une vulnérabilité relativement plus élevée des pays méditerranéens en développement. Nous analysons dans le chapitre 3, les méthodes et outils permettant d’appréhender le coût du changement climatique et en déduisons des enseignements pour les pays méditerranéens. Afin d’aller plus loin dans la caractérisation et la compréhension des mécanismes en jeux au niveau méditerranéen, nous proposons, dans le chapitre 4, des approches économétriques en longue période sur données de panel de l’impact des variables climatiques sur d’une part le niveau de PIB par tête et d’autre part les rendements céréaliers. Les résultats mettent en évidence que même les économies des pays riches du bassin méditerranéen sont sensibles aux tendances climatiques, au moins sur la période 1950-2000, bien qu’ils le soient beaucoup moins que les pays en développement de la rive Sud et Est. Par ailleurs, nous confirmons que l’agriculture est un canal de diffusion majeur des effets du changement climatique dans l’économie, en particulier dans les pays en développement. La question de l’eau apparait centrale dans le traitement de l’adaptation au changement climatique. Ainsi, dans le chapitre 5, nous analysons l’état de la ressource en eau, les modes de gouvernance actuels et les options d’adaptation qui s’offrent aux pays arides. Nous présentons un exercice de simulation des demandes futures par secteur dans les pays d’Afrique du Nord, ce qui nous permet d’obtenir des ordres de grandeur sur les bénéfices à attendre des différentes options de politique qui pourront être suivies par les pouvoirs publics. Nous montrons que la gestion de la demande en eau est un des leviers déterminants de l’adaptation au changement climatique dans les pays méditerranéens et que sa mise en œuvre repose avant tout sur des réformes de gouvernance. / This thesis studies the links between development and climate change in Mediterranean countries to better understand the processes and interactions in specific games in the region, particularly in the Maghreb and the Mashreq. In Chapter 1, we review the state of scientific knowledge on climate change at global level and at Mediterranean level. This allows us to address the problem of climate projections and analyze the results for the Mediterranean. On this basis, in Chapter 2, by comparing the projections of climate change and the local context of development, we highlight a relatively higher vulnerability of the developing Mediterranean countries. We discuss in Chapter 3, methods and tools to estimate the economic cost of climate change and deduce lessons for the Mediterranean countries. To go further in the characterization and understanding of the mechanisms at play in the Mediterranean, we propose, in Chapter 4, econometric approaches using long term panel data. We test the impact of climate variables on, first, the level of GDP per capita and, second, on cereal yields. The results show that even rich Mediterranean countries are sensitive to climate change - at least over the period 1950-2000 - although much less than Southern and Eastern developing countries of the Mediterranean basin. Furthermore, we confirm that agriculture is a major channel of climate change impact in the economy, particularly in developing countries. The issue of water appears in a key parameter in adaptation to climate change. Thus, in Chapter 5, we analyze the state of water resources, the existing modes of governance and adaptation options available to Mediterranean arid countries. We present a simulation of future demands by sector in North Africa, enabling us to obtain orders of magnitude of the expected benefits of different policy options that can be followed by the government. We show that water demand management is one of the key tools to adapt to climate change in Mediterranean countries and that its implementation depends primarily on governance reforms.
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Apprentissage de vote de majorité pour la classification supervisée et l'adaptation de domaine : Approches PAC Bayésiennes et combinaison de similaritésMorvant, Emilie 18 September 2013 (has links)
De nombreuses applications font appel à des méthodes d'apprentissage capables de considérer différentes sources d'information (e.g. images, son, texte) en combinant plusieurs modèles ou descriptions. Cette thèse propose des contributions théoriquement fondées permettant de répondre à deux problématiques importantes pour ces méthodes :(i) Comment intégrer de la connaissance a priori sur des informations ?(ii) Comment adapter un modèle sur des données ne suivant pas la distribution des données d'apprentissage ?Une 1ère série de résultats en classification supervisée s'intéresse à l'apprentissage de votes de majorité sur des classifieurs dans un contexte PAC-Bayésien prenant en compte un a priori sur ces classifieurs. Le 1er apport étend un algorithme de minimisation de l'erreur du vote en classification binaire en permettant l'utilisation d'a priori sous la forme de distributions alignées sur les votants. Notre 2ème contribution analyse théoriquement l'intérêt de la minimisation de la norme opérateur de la matrice de confusion de votes dans un contexte de données multiclasses. La 2nde série de résultats concerne l'AD en classification binaire : le 3ème apport combine des fonctions similarités (epsilon,gamma,tau)-Bonnes pour inférer un espace rapprochant les distributions des données d'apprentissage et de test à l'aide de la minimisation d'une borne. Notre 4ème contribution propose une analyse PAC-Bayésienne de l'AD basée sur une divergence entre distributions. Nous en dérivons des garanties théoriques pour les votes de majorité et un algorithme adapté aux classifieurs linéaires minimisant cette borne. / Many applications make use of machine learning methods able to take into account different information sources (e.g. sounds, image, text) by combining different descriptors or models. This thesis proposes a series of contributions theoretically founded dealing with two mainissues for such methods:(i) How to embed some a priori information available?(ii) How to adapt a model on new data following a distribution different from the learning data distribution? This last issue is known as domain adaptation (DA).A 1st series of contributions studies the problem of learning a majority vote over a set of voters for supervised classification in the PAC-Bayesian context allowing one to consider an a priori on the voters. Our 1st contribution extends an algorithm minimizing the error of the majority vote in binary classification by allowing the use of an a priori expressed as an aligned distribution. The 2nd analyses theoretically the interest of the minimization of the operator norm of the confusion matrix of the votes in the multiclass setting. Our 2nd series of contributions deals with DA for binary classification. The 3rd result combines (epsilon,gamma,tau)-Good similarity functions to infer a new projection space allowing us to move closer the learning and test distributions by means of the minimization of a DA bound. Finally, we propose a PAC-Bayesian analysis for DA based on a divergence between distributions. This analysis allows us to derive guarantees for learning majority votes in a DA context, and to design an algorithm specialized to linear classifiers minimizing our bound.
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Etude structurale et fonctionnelle d'un domaine intrinsèquement désordonné de l'oncoprotéine BCR-ABL responsable de la leucémie myéloïde chronique / Structural and functional study of an intrinsically disordered domain of the BCR-ABL oncoprotein responsible for chronic myeloid leukemiaManeville, Stephanie 09 October 2013 (has links)
L'oncoprotéine BCR-ABL est responsable de la physiopathologie de la Leucémie Myéloïde Chronique (LMC). La fusion d'une partie de la protéine ABL et de BCR entraîne une dérégulation de l'activité kinase portée par ABL. Plusieurs domaines contenus dans ces deux protéines jouent un rôle important dans l'activation du pouvoir oncogène. L'un d'entre eux est une région de BCR, située en N-terminal, contenant un domaine de liaison au domaine SH2. Durant ce travail de thèse, j'ai caractérisé, pour la première fois, les propriétés structurales de cette région, à l'aide de plusieurs méthodes biophysiques: le domaine de BCR est intrinsèquement désordonné. En parallèle, j'ai étudié les interactions entre le domaine de liaison de BCR et les domaines SH d'ABL. J'ai identifié de nouveaux sites d'interactions avec ABL sur BCR. Enfin, j'ai évalué l'impact fonctionnel des nouveaux sites d’interactions au sein de l'oncoprotéines BCR-ABL, dans un modèle cellulaire. Les résultats préliminaires montrent que deux nouveaux sites auraient un rôle dans le pouvoir oncogénique de BCR-ABL. Ces résultats offrent la possibilité de développer de nouveaux médicaments complémentaires aux existants, qui cibleraient une nouvelle région de BCR-ABL, ainsi pourraient lutter contre les résistances apparues chez les patients vis-à-vis des traitements actuels. / The BCR-ABL oncoprotein is responsible for the pathogenesis of chronic myelogenous leukemia (CML). The fusion of a part of ABL and BCR leads to deregulation of kinase activity of ABL. Several domains in these two proteins play an important role in the activation of oncogenic properties. One of them is a BCR region, located at the N- terminal part, containing a SH2 domain binding. In this thesis , I have characterized for the first time , the structural properties of this region, using several biophysical methods : the domain of BCR is intrinsically disordered. In parallel, I have studied the interactions between the binding domain of BCR and theSH domains of ABL. I identified new sites of interaction with ABL into BCR. Finally, I evaluated the functional impact of new sites of interaction within the BCR- ABL oncoprotein in a cellular model. Preliminary results show that two new sites have a role in the oncogenic properties of BCR- ABL. These results offer the possibility to develop new drugs complementary to existing , that target a new region of BCR- ABL and could fight against the resistance occurred in patients vis-a-vis current treatments.
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L'évolution du droit international public et la notion de domaine de compétence nationale de l'Etat / The evolution of public international law and the notion of state's domestic jurisdictionThiam, Oumar 17 October 2014 (has links)
La notion de domaine de compétence nationale de l'État ou domaine réservé est envisagée par la majorité de la doctrine internationaliste comme renvoyant à une sphère de matières dans lesquelles l'État, parce que non tenu par des obligations juridiques internationales, jouit d'une liberté totale de décision et d'action. Or, les transformations de la société internationale depuis 1945 ont engendré une extension matérielle du droit international de telle sorte qu'il est aujourd'hui difficile de déterminer une matière où l'État n'est pas soumis à des règles internationales et où il jouit d'une liberté absolue. À ce titre, le domaine de compétence nationale doit être appréhendé non dans sa dimension matérielle, mais de manière fonctionnelle qui permet d'expliquer la persistance de cette notion dans droit international, mais aussi de mettre en exergue la singularité du phénomène étatique par rapport aux autres phénomènes de pouvoir tant à l'échelle nationale qu'internationale. Cette singularité de l'institution étatique fait que certaines fonctions comme celle de gouvernement à travers ses manifestations et implications, lui sont intrinsèquement rattachées de telle manière que, s'il se les prive ou s'il en est privé, il perd sa qualité d'État. Dans cette mesure, le domaine de compétence nationale apparaît comme un critère incompressible de sauvegarde de la souveraineté en tant qu'indépendance de l'État dans l'ordre international. / The notion of domestic jurisdiction of the State is considered by the majority of the internationalist doctrine as referring to a sphere of material in which the State, because not bound by international legal obligations, has a complete freedom of decision and action. However, changes in international society since 1945 have resulted in a material extension of international law so that it is now difficult to determine a matter in which the State is not subject to international rules and where it has absolute freedom. As such, the domestic jurisdiction must be understood not in its material dimension, but functional way that helps explain the persistence of this notion in international law, but also to highlight the uniqueness of the phenomenon of State in relation to the other phenomena of power both nationally and internationally. This peculiarity of the state institution is such that certain functions such as government through its manifestations and implications are intrinsically linked him so that if he does without them or if it is deprived of them, it loses its statehood. To this extent, the domestic jurisdiction appears as an incompressible criterion safeguarding sovereignty as that independence of the State in the international order.
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Les personnes publiques propriétaires / Public persons as ownersSchmaltz, Benoît 24 November 2014 (has links)
Comme la propriété privée, la propriété publique a été confondue avec les biens qui n’en sont que les objets. En droit privé, comme en droit public, il est possible, pourtant, de considérer que la propriété n’est pas un bien. Droit subjectif, la propriété est la puissance que le sujet exerce sur les biens. Formellement, elle est le droit de jouir et de disposer des choses conformément au droit objectif. Matériellement, elle variera en fonction du statut de droit objectif qui habilite le sujet de la propriété, le propriétaire. Les personnes publiques, sujets de l’action publique, sont propriétaires sur le fondement d’une compétence que leur assigne immédiatement l’obligation d’agir dans l’intérêt public. La compétence attribue aux personnes publiques un droit de propriété public, affecté au service du seul intérêt public. Envisager les personnes publiques propriétaires au lieu de la propriété des personnes publiques, aura permis de contribuer à la théorie des ordres juridiques partiels comme représentation de la distinction du droit public et du droit privé. Cela conduit à proposer une définition juridique de l’action publique : l’ensemble d’activités mises en œuvre à partir de l’exercice, par les personnes publiques, de leurs droits subjectifs publics, de puissance et de propriété. / As it is the case for private property, the public property was long time confused with the goods that are its objects. However, in public law as in private law, we should consider that property right is not a good. Being an individual right, the property stands for the power exerted by a subject over goods. Formally, it is the right to enjoy and dispose of goods according to law. Materially, it will vary depending on the applicable law which empowers the owner, subject of the property. Public entities, subjects of public action, are owners based on a competency immediately assigned to them by their duty to act in the public interest. This competency grants to public entities a right to public property only affected to the public interest. Focusing on the public persons as owners instead of considering only their property helps contributing to the theory of partial legal orders (“théorie des ordres juridiques partiels”) as a representation of the distinction between public and private law. This finally leads to suggest a legal definition of the public action as a set of activities implemented by the public persons in the exercise of their subjective rights of property.
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Compilation efficace d'applications de traitement d'images pour processeurs manycore / Efficient Compilation of Image Processing Applications for Manycore ProcessorsGuillou, Pierre 30 November 2016 (has links)
Nous assistons à une explosion du nombre d’appareils mobiles équipés de capteurs optiques : smartphones, tablettes, drones... préfigurent un Internet des objets imminent. De nouvelles applications de traitement d’images (filtres, compression, réalité augmentée) exploitent ces capteurs mais doivent répondre à des contraintes fortes de vitesse et d’efficacité énergétique. Les architectures modernes — processeurs manycore, GPUs,... — offrent un potentiel de performance, avec cependant une hausse sensible de la complexité de programmation.L’ambition de cette thèse est de vérifier l’adéquation entre le domaine du traitement d’images et ces architectures modernes : concilier programmabilité, portabilité et performance reste encore aujourd’hui un défi. Le domaine du traitement d’images présente un fort parallélisme intrinsèque, qui peut potentiellement être exploité par les différents niveaux de parallélisme offerts par les architectures actuelles. Nous nous focalisons ici sur le domaine du traitement d’images par morphologie mathématique, et validons notre approche avec l’architecture manycore du processeur MPPA de la société Kalray.Nous prouvons d’abord la faisabilité de chaînes de compilation intégrées, composées de compilateurs, bibliothèques et d’environnements d’exécution, qui à partir de langages de haut niveau tirent parti de différents accélérateurs matériels. Nous nous concentrons plus particulièrement sur les processeurs manycore, suivant les différents modèles de programmation : OpenMP ; langage flot de données ; OpenCL ; passage de messages. Trois chaînes de compilation sur quatre ont été réalisées, et sont accessibles à des applications écrites dans des langages spécifiques au domaine du traitement d’images intégrés à Python ou C. Elles améliorent grandement la portabilité de ces applications, désormais exécutables sur un plus large panel d’architectures cibles.Ces chaînes de compilation nous ont ensuite permis de réaliser des expériences comparatives sur un jeu de sept applications de traitement d’images. Nous montrons que le processeur MPPA est en moyenne plus efficace énergétiquement qu’un ensemble d’accélérateurs matériels concurrents, et ceci particulièrement avec le modèle de programmation flot de données. Nous montrons que la compilation d’un langage spécifique intégré à Python vers un langage spécifique intégré à C permet d’augmenter la portabilité et d’améliorer les performances des applications écrites en Python.Nos chaînes de compilation forment enfin un environnement logiciel complet dédié au développement d’applications de traitement d’images par morphologie mathématique, capable de cibler efficacement différentes architectures matérielles, dont le processeur MPPA, et proposant des interfaces dans des langages de haut niveau. / Many mobile devices now integrate optic sensors; smartphones, tablets, drones... are foreshadowing an impending Internet of Things (IoT). New image processing applications (filters, compression, augmented reality) are taking advantage of these sensors under strong constraints of speed and energy efficiency. Modern architectures, such as manycore processors or GPUs, offer good performance, but are hard to program.This thesis aims at checking the adequacy between the image processing domain and these modern architectures: conciliating programmability, portability and performance is still a challenge today. Typical image processing applications feature strong, inherent parallelism, which can potentially be exploited by the various levels of hardware parallelism inside current architectures. We focus here on image processing based on mathematical morphology, and validate our approach using the manycore architecture of the Kalray MPPA processor.We first prove that integrated compilation chains, composed of compilers, libraries and run-time systems, allow to take advantage of various hardware accelerators from high-level languages. We especially focus on manycore processors, through various programming models: OpenMP, data-flow language, OpenCL, and message passing. Three out of four compilation chains have been developed, and are available to applications written in domain-specific languages (DSL) embedded in C or Python. They greatly improve the portability of applications, which can now be executed on a large panel of target architectures.Then, these compilation chains have allowed us to perform comparative experiments on a set of seven image processing applications. We show that the MPPA processor is on average more energy-efficient than competing hardware accelerators, especially with the data-flow programming model. We show that compiling a DSL embedded in Python to a DSL embedded in C increases both the portability and the performance of Python-written applications.Thus, our compilation chains form a complete software environment dedicated to image processing application development. This environment is able to efficiently target several hardware architectures, among them the MPPA processor, and offers interfaces in high-level languages.
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GH70 dextransucases : Insights on the molecular determinants of dextran molar mass control / Dextransucrases de la famille GH70 : investigations sur les déterminants moléculaires du contrôle de la masse molaire des dextranes produitsClaverie, Marion 20 December 2017 (has links)
Les glucane-saccharases (GS) de la famille GH70 sont des enzymes produites par certaines bactéries lactiques. A partir de saccharose, substrat renouvelable et peu coûteux, elles sont capables de catalyser la synthèse d’α-glucanes, homopolysaccharides dont les propriétés diffèrent suivant la spécificité de l’enzyme (taille, type de liaisons α-osidiques, degrés de branchement). Les glucanes contenant une très grande majorité de liaisons α-(1,6), appelés dextranes, présentent de nombreuses applications industrielles qui dépendent principalement de leur taille. Cependant, la synthèse directe de dextranes de taille contrôlée (de 1 à plusieurs millions de kg/mol) avec une faible polydispersité et en utilisant une seule enzyme n’est encore pas envisageable. En effet, les mécanismes moléculaires mis en jeu pour le contrôle de la taille des polymères produits n’ont encore été que peu explorés. Dans ce contexte, deux GSs ont été sélectionnées. La première, DSR-M synthétise uniquement des dextranes de faible masse molaire (MM) (28 kg/mol) exclusivement composés de liaisons α-(1,6). A contrario, le second modèle, DSR-OK produit le plus long dextrane décrit à ce jour (>109 g/mol). La caractérisation biochimique et structurale ainsi que la construction de mutants ont permis l’exploration du mode d’action de ces deux candidats. Plusieurs structures 3D de DSR-M2 (forme tronquée de DSR-M) - sans ou en complexe avec son substrat ou ses produits (isomaltotetraose) - ont été résolues. C’est la première fois que de tels complexes sont décrits et l’une de ces structures présente le domaine V le plus complet décrit à ce jour. L’analyse de ces structures couplée au suivi cinétique de la synthèse du polymère ont montré que la spécificité de DSR-M pour la synthèse de dextranes courts s’explique par un mode d’élongation distributif dû à la faible affinité de deux poches à sucre de son domaine V envers la chaîne en cours de synthèse. Des analyses RMN (15N1H – HSQC) – jamais réalisées auparavant sur une protéine si grosse – ont également étayé l’importance de la présence de résidus aromatiques dans le domaine catalytique pour la synthèse de dextranes supérieurs à 2 kg/mol. En comparaison, la synthèse de dextranes de haute MM par DSR-OK est principalement due au plus grand nombre de poches à sucre de son domaine V, permettant d’assurer une meilleure interaction avec la chaîne en cours d’élongation. L’implication de ces poches dans la détermination de la taille du dextrane a été montrée pour les deux candidats. Leur fonctionnalité est fortement liée à la présence d’un résidu aromatique de stacking, et leur répartition le long du domaine V a aussi une influence. L’ensemble de ces résultats démontre la coopération du domaine V avec le domaine catalytique pour l’élongation des dextranes, tout en offrant de nouvelles perspectives pour approfondir la compréhension de ce mécanisme. Ils offrent également des stratégies prometteuses pour l’ingénierie d’enzyme de la famille des GH70 pour la modulation de la taille des glucanes. / Glucansucrases (GS) from glycoside hydrolase family 70 (GH70) are -transglucosylases produced by lactic acid bacteria. From sucrose, an economical and abundant agro resource, they catalyze the polymerization of glucosyl residues. Depending on the enzyme specificity, α-glucans vary in terms of size, types of glucosidic bonds and degree of branching and have found multiple industrial applications mainly related to their molar mass (MM). However synthesizing polymers of controlled size with average MM ranging from 1 kg/mol to several millions g/mol and low polydispersity using one single enzyme remains challenging. Indeed, the molecular mechanisms underpinning the control of polymer size have been scarcely explored. To tackle this question, two GSs producing dextran (glucan composed of a majority of α-(1,6) linkages) were selected, and their mode of action explored via biochemical and structural analyses coupled to mutagenesis. The first enzyme selected, called DSR-M synthesizes only low molar mass (LMM) dextran (28 kg/mol) exclusively composed of -(1→6) linkages without any trace of HMM dextran (105 to 108 g/mol). In contrast, DSR-OK (second model), produces the highest MM dextran (>109 g/mol) described to date. Several 3D crystallographic structures of a truncated form of DSR-M (DSR-M2), either free or in complex with its substrate or product (isomaltotetraose) in the domain V or in the active site were solved. Such complexes were never obtained before. Noteworthy, one structure encompassed the most complete domain V reported to date. Analyses of these structures coupled to dextran synthesis monitoring, showed that the LMM dextran specificity of DSR-M2 is explained by a distributive elongation mode due to the weak affinity of its two sugar binding pockets in the domain V which interact with the growing dextran chains and allow the synthesis of dextran longer than 16 kg/mol. 15N1H NMR analyses (HSQC), for the first time performed with such a big protein, further revealed the crucial role of aromatic residues in the catalytic domain for the production of dextran from 2 to 16 kg/mol. In comparison, synthesis of HMM dextran by DSR-OK was shown to be mainly due to the sugar binding pockets of its domain V, ensuring much stronger interactions with growing dextran chains. The role of these pockets was evidenced for both enzymes, their functionality proposed to be linked to the presence of one aromatic stacking residue. Their positioning along domain V relatively to the active site is also important to promote efficient binding. All these findings highlight the cooperation between domain V and the catalytic domain for dextran elongation, offer new perspectives to acquire a deeper knowledge on this interplay and open promising strategies for GH70 enzyme engineering aiming at modulating glucan size.
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La régulation du conflit impliquant le nom de domaine : articulation des sources / The regulation of domain name disputes : articulation of sourcesFau, Jean 30 September 2015 (has links)
Les noms de domaine sont des objets polymorphes, à la fois techniques et sémantiques. La question de leur régulation, avec l’essor du Domain Name System, est rapidement devenue un défi de taille pour le législateur. Face à une certaine défaillance du droit étatique s’est développé un véritable corpus supplétif de source privée. C’est notamment le cas des procédures extrajudiciaires de résolution des conflits mises en places par l’ICANN. Ces différents mécanismes de nature transnationale forment un ensemble cohérent, en constante évolution, que l’on peut qualifier de véritable lex domainia. Ce concept implique cependant une vision nécessairement pluraliste du droit - où cohabitent systèmes publics, privés et hybrides -, qui invite le juriste à repenser la théorie des sources. Cette thèse contribue à la compréhension de la nature et de l’articulation de ces différentes sphères normatives. Celles-ci ne doivent pas être considérées comme des espaces clos et hermétiques ; il existe entre eux des perméabilités qui dessinent un dispositif de régulation transnational aux sources plurielles. Il s’agit, selon l’auteur, d’une parfaite illustration de la théorie du réseau. / Domain names are polymorphic objects, whose nature is both technical and semantic. The question of their regulation has quickly become, with the rapid growth of the Domain Name System, a major challenge for the lawmaker. A certain default of state law favored the development of what one might call a private supplementary corpus. This is notably the case for extrajudicial domain name dispute resolution mechanisms promoted by the ICANN. These various transnational mechanisms form a coherent whole, in constant evolution, which can be described as a real lex domainia. This concept, however, necessarily implies a pluralistic conception of law - where public, private and hybrid systems cohabit -, which invites legal theorists to rethink the sources theory. This thesis contributes to the understanding of the nature and the articulation of these various normative spheres. These should not be regarded as closed and hermetic spaces ; permeabilities exist between them, that draw a transnational regulation pattern with plural sources. This is, according to the author, a perfect illustration of the mesh theory.
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Extraction de relations en domaine de spécialité / Relation extraction in specialized domainsMinard, Anne-Lyse 07 December 2012 (has links)
La quantité d'information disponible dans le domaine biomédical ne cesse d'augmenter. Pour que cette information soit facilement utilisable par les experts d'un domaine, il est nécessaire de l'extraire et de la structurer. Pour avoir des données structurées, il convient de détecter les relations existantes entre les entités dans les textes. Nos recherches se sont focalisées sur la question de l'extraction de relations complexes représentant des résultats expérimentaux, et sur la détection et la catégorisation de relations binaires entre des entités biomédicales. Nous nous sommes intéressée aux résultats expérimentaux présentés dans les articles scientifiques. Nous appelons résultat expérimental, un résultat quantitatif obtenu suite à une expérience et mis en relation avec les informations permettant de décrire cette expérience. Ces résultats sont importants pour les experts en biologie, par exemple pour faire de la modélisation. Dans le domaine de la physiologie rénale, une base de données a été créée pour centraliser ces résultats d'expérimentation, mais l'alimentation de la base est manuelle et de ce fait longue. Nous proposons une solution pour extraire automatiquement des articles scientifiques les connaissances pertinentes pour la base de données, c'est-à-dire des résultats expérimentaux que nous représentons par une relation n-aire. La méthode procède en deux étapes : extraction automatique des documents et proposition de celles-ci pour validation ou modification par l'expert via une interface. Nous avons également proposé une méthode à base d'apprentissage automatique pour l'extraction et la classification de relations binaires en domaine de spécialité. Nous nous sommes intéressée aux caractéristiques et variétés d'expressions des relations, et à la prise en compte de ces caractéristiques dans un système à base d'apprentissage. Nous avons étudié la prise en compte de la structure syntaxique de la phrase et la simplification de phrases dirigée pour la tâche d'extraction de relations. Nous avons en particulier développé une méthode de simplification à base d'apprentissage automatique, qui utilise en cascade plusieurs classifieurs. / The amount of available scientific literature is constantly growing. If the experts of a domain want to easily access this information, it must be extracted and structured. To obtain structured data, both entities and relations of the texts must be detected. Our research is about the problem of complex relation extraction which represent experimental results, and detection and classification of binary relations between biomedical entities. We are interested in experimental results presented in scientific papers. An experimental result is a quantitative result obtained by an experimentation and linked with information that describes this experimentation. These results are important for biology experts, for example for doing modelization. In the domain of renal physiology, a database was created to centralize these experimental results, but the base is manually populated, therefore the population takes a long time. We propose a solution to automatically extract relevant knowledge for the database from the scientific papers, that is experimental results which are represented by a n-ary relation. The method proceeds in two steps: automatic extraction from documents and proposal of information extracted for approval or modification by the experts via an interface. We also proposed a method based on machine learning for extraction and classification of binary relations in specialized domains. We focused on the variations of the expression of relations, and how to represent them in a machine learning system. We studied the way to take into account syntactic structure of the sentence and the sentence simplification guided by the task of relation extraction. In particular, we developed a simplification method based on machine learning, which uses a series of classifiers.
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