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Role of Nrd1p and Ctk1p in transcription termination and the metabolism of non-coding RNAs in Saccharomyces cerevisiae / Le rôle de Nrd1p et Ctk1p dans la terminaison de la transcription et le métabolisme des ARNs non-codant chez Saccharomyces cerevisiae

Tudek, Agnieszka 21 March 2014 (has links)
L’ARN polymérase II (ARNPII) synthétise des ARNs codants et des ARNs non-codants (ARNnc) tels que les petits ARNs nucléaire/nucléolaire (sn/snoRNAs) et les CUTs (Cryptic Unstable Transcripts). Les CUTs sont des transcrits ubiquitaire souvent produits dans des régions codants dont la transcription peut interférer avec l’expression des gènes. Le contrôle de l’expression des ARNnc est essentiel et se fait aux niveaux de la terminaison de la transcription et la dégradation de l’ARN. Chez la levure Saccharomyces cerevisiae la terminaison de la transcription des gènes codants est effectuée par le Facteur de Clivage et de Polyadénylation (CPF), tandis que les ARNnc courts sont terminés par le complexe Nrd1p-Nab3p-Sen1p (NNS). La terminaison de la transcription est régulée par la phosphorylation du domaine C-terminal (CTD) de l’ARNPII composé de répétitions du motif Y1S2P3T4S5P6S7. Un niveau élevé de phosphorylation des résidus Ser5 près du promoteur permet l’activité du complexe NNS. La phosphorylation des résidus Ser2 est catalysée durant la transcription par la kinase Ctk1p et ces résidus sont reconnus par des éléments de la voie CPF. Mon travail de thèse a porté sur le mécanisme de terminaison de la transcription par le complexe NNS. La terminaison NNS dépend de la liaison de Nrd1p et Nab3p à des motifs dans l’ARN naissant et l’activité hélicase de Sen1p qui provoque le relarguage de la polymérase. La sous-unité Nrd1p interagit avec le domaine CTD de l’ARNPII phosphorylé sur Ser5 à travers son domaine CID (CTD-interaction domain). Le rôle du CID dans la terminaison à été proposé mais pas encore clairement démontré. En collaboration avec le groupe de P. Cramer (Université Louis-et-Maximilien de Munich Allemagne) nous avons mis en évidence que le CID est requis pour une terminaison efficace par la voie NNS et qu’il est important pour le recrutement de Nrd1p sur l’ARNPII. Le CID est aussi impliqué de manière directe ou indirecte dans l’interaction de Sen1p avec Nrd1p et Nab3p. En parallèle, avec le groupe de F. Holstege (Université Centre Médicale de Utrecht, Pays-Bas) nous avons montré que la phosphorylation en Ser2 du domaine CTD est requise pour une terminaison efficace par la voie NNS. De manière surprenante, ce résidu joue un rôle mineur dans la terminaison des ARNs codants effectuée par le complexe CPF. Les ARNs naissant terminés par le complexe NNS sont rapidement ciblés par le complexe nucléase exosome/Rrp6p et son cofacteur TRAMP ce qui mène a la maturation des sn/snoRNAs et la destruction des CUTs. Le complexe NNS interagit in vivo avec l’exosome et le complexe TRAMP, ce qui facilite la dégradation. Cependant les détails moléculaires de cette interaction restent inconnus. Nous avons montré que le domaine CID est requis et suffisant in vivo et in vitro pour l’interaction de Nrd1p avec la partie C-terminale de la sous-unité Trf4p du complexe TRAMP, que nous avons appelé NIM (Nrd1p-Interaction Motif). En collaboration avec le groupe de R. Stefl (Université Masaryk, République Tchèque) nous avons étudié par spectroscopie RMN la structure de ce motif NIM lié au CID. Nous avons mis en évidence que le CID lie le NIM et le CTD de façon similaire, et que ces interactions sont mutuellement exclusives. Le NIM se lie au CID environ 100 fois plus fortement qu’au CTD. Nous proposons que ces interactions alternatives de Nrd1p définissent des formes différentes du complexe NNS, une qui fonctionne dans la terminaison de la transcription, l’autre qui est active dans la dégradation. In vitro l’interaction du NIM avec le CID stimule l’activité poly(A)-polymérase de Trf4p ce qui suggère une fonction importante de cette interaction dans la dégradation. Nous montrons aussi que Rrp6p interagit directement avec Trf4p et cette liaison in vivo sert à recruter le complexe TRAMP à l’exosome Nous proposons que ce jeu serré d’interactions entre les complexes NNS, TRAMP et l’exosome/Rrp6p contribue à augmenter l’efficacité de dégradation de l’ARN in vivo / The RNA polymerase II (RNAPII) synthesizes protein-coding RNAs and many non-coding RNAs (ncRNAs) such as small nuclear/nucleolar (sn-/snoRNAs) and Cryptic Unstable Transcripts (CUTs). CUTs are ubiquitously transcribed including overlapping and antisense to genes, which can interfere with gene expression. Control of ncRNA expression is vital and also operates at the level of transcription termination and RNA degradation.In yeast Saccharomyces cerevisiae transcription of protein-coding genes is terminated by the Cleavage and Polyadenylation Factor (CPF), while short ncRNAs are generated by transcription termination dependent from the Nrd1p-Nab3p-Sen1p (NNS) complex. Transcription termination is regulated by phosphorylation of the carboxy-terminal domain (CTD) of the Rpb1p subunit of RNAPII, composed of repeats of the Y1S2P3T4S5P6S7 motif. Promoter-proximal high levels of serine 5 phosphorylated (Ser5P) CTD favors the function of the NNS pathway while the Ser2 phosphorylated mark (Ser2P), which is gradually introduced during transcription by Ctk1p, is recognized by components of the CPF pathway. The study of the mechanism of action of the NNS complex was the subject of my PhD work.NNS-dependent transcription termination is driven by the recognition of four nucleotide motifs in the nascent RNA by Nrd1p and Nab3p and the release of the RNAPII by the Sen1p helicase. Nrd1p interacts with the CTD-Ser5P via its CTD-interaction domain (CID). Thus a role of the CID in termination was anticipated but not demonstrated. In collaboration with the group of P. Cramer (Ludwig Maximilian University of Munich, Germany), we have shown that the Nrd1p CID domain is required for efficient transcription termination at most NNS-target genes and that it is important for the recruitment of Nrd1p to the RNAPII. This domain is also involved, directly or indirectly, in the interaction of the Sen1p helicase with Nrd1p and Nab3p. In the second project, in collaboration with F. Holstege group (University Medical Center Utrecht, Netherlands), we have shown that the CTD-Ser2P mark is important for efficient transcription termination by the NNS pathway but, surprisingly, it appears to play a minor role in termination of mRNA-coding genes by the CPF-complex.Shortly after NNS-dependent termination, the released ncRNAs are targeted by the nuclear exosome/Rrp6p nuclease complex and its cofactor the TRAMP which results in trimming of sn-/snoRNAs to a mature form and complete degradation of CUTs. The NNS complex co-purifies in vivo with the TRAMP/exosome, which is believed to facilitate subsequent degradation and processing. However, the molecular details of this interaction are unknown. We show that the CID is required and sufficient in vivo and in vitro for the interaction of Nrd1p with a motif present in the C-terminal region of Trf4p, which we called NIM (for Nrd1p-Interaction Motif). In collaboration with the group of R. Stefl (Masaryk University, Czech Republic), we obtained the NMR structure of the CID bound to the NIM and demonstrated that the CID binds in a similar manner to the CTD and the NIM. The CID interacts with the CTD and the NIM in a mutually exclusive manner and the former interaction is roughly 100 times stronger than the first. We propose that these alternative interactions represent two forms of the NNS complex, one functioning in termination and the other in degradation. Importantly, the NIM-CID interaction is likely to be functionally relevant since in vitro it results in the stimulation of the polyA polymerase activity of the Trf4p. We further show that Trf4p interacts directly with Rrp6p, which in vivo serves to recruit the TRAMP to the core exosome complex. This tight interplay between the NNS, TRAMP and exosome/Rrp6p complexes most likely accounts for the efficiency of RNA degradation in vivo.
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Etudes des matériaux, composants et systèmes dans le domaine térahertz par analogie aux méthodes optiques / Study of materials, devices and systems in terahertz domain by analogy with optical methods

Poulin, Cyndie 27 November 2018 (has links)
L’objectif de ma thèse est d’étendre les modèles électromagnétiques existants à l’Institut Fresnel pour les fréquences optiques vers le domaine des fréquences térahertz (THz), pour mieux comprendre les phénomènes physiques mis en jeu lors d’interaction onde-matière. Cette compréhension permettrait d’améliorer l’analyse des images THz acquises et de mieux définir les configurations des systèmes optiques utilisés. Ce travail est réalisé en comparant les résultats issus de la modélisation avec ceux provenant d’expériences menées par imagerie THz au sein de l’entreprise Terahertz Waves Technologies. Dans le futur, la modélisation pourrait devenir un outil prédictif pour la caractérisation de matériaux dans le domaine THz.Les ondes THz se situent entre l’infrarouge lointain et les micro-ondes dans le spectre électromagnétique allant de 0.01 mm à 3 mm (ou 100 GHz à 30 THz). Ces ondes bénéficient des avantages des ondes optiques et des micro-ondes dépendant des longueurs d’ondes utilisées. L’imagerie THz présente un fort potentiel pour la caractérisation de la matière, car ces ondes peuvent pénétrer beaucoup de matériaux qui sont opaques dans le visible et dans l’infrarouge. La détection de défauts, les délaminations, la présence d’humidité, etc…, sont un exemple des problématiques qui peuvent être investiguées grâce au rayonnement THz.Dans un premier temps, j’ai pu simuler la réponse optique d’échantillons polymères plans homogènes et isotropes avec de bons accords entre le calcul et la mesure. Ces résultats ont permis de réaliser de premières modélisations d’images en adéquation avec l’imagerie THz. L’étude est ensuite élargie aux matériaux anisotropes qui existent dans l’environnement industriel actuel ainsi qu’aux objets de forme cylindrique. Les modèles développés considèrent l’indice de réfraction complexe d’un échantillon et son épaisseur, c’est pourquoi un chapitre est dévolu à la méthode d’estimation de ces paramètres à partir de mesures issues de spectroscopie THz dans le domaine temporel mise en œuvre. / The aim of my thesis is to extend the electromagnetic models already existing at the Institut Fresnel for the optical frequencies towards the terahertz (THz) range, to have a better knowledge of the physical phenomena involved in THz light-matter interactions. This understanding would allow to improve the analysis of the THz images acquired and to have a better definition of the optical systems configurations that we use. To achieve this work, we compare the results coming from the model with those from the experiments led by THz imaging by Terahertz Waves Technologies. In the future, the modelling could become a predictive tool for the characterization of materials in the THz domain.THz waves are located between far infrared and microwaves in the electromagnetic spectrum going from 0.01 mm to 3 mm (or 100 GHz to 30 THz). These waves benefit from advantages of the optical waves and from microwaves depending on used frequencies. THz imaging presents a high potential one for the characterization on the material, because these waves can penetrate a lot of materials which are opaque in the visible and the infrared lights. Detection of defects, delaminations, the presence of humidity, etc…, are examples of the problems which can be investigated with THz light.At first, I was able to model the optical response of planar, homogenous, isotropic and polymeric samples with good agreements between the calculation and the measurement. These results allowed to realize first modellings of images which are consistent with THz imaging. Therefore, the study is enlarged to anisotropic materials which exist in the current industrial environment as well as the objects of full cylindrical shape. The developed models consider the complex refractive index of a sample and its thickness, that is why a chapter is devoted to the method of estimation of these parameters from measurements coming from THz Time-Domain Spectrocopy signals which was implemented.
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Using timed automata formalism for modeling and analyzing home care plans / L'utilisation du formalisme des automates temporisés pour la modélisation et l'analyse des plans de soins à domicile

Gani, Kahina 02 December 2015 (has links)
Dans cette thèse nous nous sommes intéressés aux problèmes concernant la conception et la gestion des plans de soins à domicile. Un plan de soins à domicile définit l'ensemble des activités médicales et/ou sociales qui sont menées jour après jour au domicile d'un patient. Ce plan de soins est généralement construit à travers un processus complexe impliquant une évaluation complète des besoins du patient ainsi que son environnement social et physique. La spécification de plans de soins à domicile est difficile pour plusieurs raisons: les plans de soins à domicile sont par nature des processus non structurés qui impliquent des activités répétitives mais irrégulières, dont la spécification requiert des expressions temporelles complexes. Ces caractéristiques font que les plans de soins à domicile sont difficiles à modéliser en utilisant les technologies traditionnelles de modélisation de processus. Tout d'abord, nous présentons l'approche basée sur les DSL (Langage spécifique au domaine) qui permet d'exprimer les plans de soins à domicile en utilisant des abstractions de haut niveau et orientées utilisateur. Le DSL nous permet à travers cette thèse de proposer un langage de temporalités permettant de spécifier les temporalités des activités du plan de soins à domicile. Ensuite, nous décrivons comment les plans de soins à domicile, formalisés grâce aux automates temporisés, peuvent être générés à partir de ces abstractions. Nous proposons une approche en trois étapes qui consiste à: (i) le mapping entre les spécifications temporelles élémentaires et les automates temporisés appelés "pattern automata", (ii) la combinaison des "patterns automata" afin de construire les automates d'activités en utilisant l'algorithme de composition que nous avons déni, et aussi (iii) la construction de l'automate de plan de soins à domicile global. L'automate de plan de soins à domicile résultant englobe tous les schedules autorisés des activités pour un patient donné. Enfin, nous montrons comment la vérification et le suivi de l'automate du plan de soins à domicile résultant peuvent être faits en utilisant des techniques et des outils existants, en particulier en utilisant l'outil de verification UPPAAL. / In this thesis we are interested in the problems underlying the design and the management of home care plans. A home care plan defines the set of medical and/or social activities that are carried out day after day at a patient's home. Such a care plan is usually constructed through a complex process involving a comprehensive assessment of patient's needs as well as his/her social and physical environment. Specication of home care plans is challenging for several reasons: home care plans are inherently nonstructured processes which involve repetitive, but irregular, activities, whose specification requires complex temporal expressions. These features make home care plans difficult to model using traditional process modeling technologies. First, we present a DSL (Domain Specific Language) based approach tailored to express home care plans using high level and user-oriented abstractions. DSL enables us through this thesis to propose a temporalities language to specify temporalities of home care plan activities. Then, we describe how home care plans, formalized as timed automata, can be generated from these abstractions. We propose a three-step approach which consists in (i) mapping between elementary temporal specifications and timed automata called Pattern automata, (ii) combining patterns automata to build the activity automata using our composition algorithm and then (iii) constructing the global care plan automaton. The resulting care plan automaton encompasses all the possible allowed schedules of activities for a given patient. Finally, we show how verification and monitoring of the resulting care plan can be handled using existing techniques and tools, especially using UPPAAL Model Checker.
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L’architecture religieuse des Xe et XIe siècles dans le sud-est du Domaine royal capétien / Religious architecture of the 10th and 11th centuries in the southeast of the Capetian royal Domain

Coulangeon, Cécile 06 December 2014 (has links)
Le sud-est du Domaine royal capétien est longtemps resté ignoré des études sur les débuts de l’architecture romane. Ceci est en grande partie lié à la position marginale qu’il occupe par rapport aux grands ensembles de l’historiographie, un état de fait qui découle comme nous avons eu l’occasion de le montrer d’une longue évolution historique depuis l’époque celtique où la zone fut subdivisée entre Sénons et Carnutes. Les premiers souverains capétiens ont toutefois porté un intérêt particulier à cette région, tentant au XIe siècle d’unifier l’espace compris entre leurs trois grands centres : Orléans, Étampes et Melun, face aux poussées de leurs rivaux bléso-champenois. L’activité architecturale semble alors battre son plein, avec de très nombreuses constructions, certes secondaires, mais témoignant d’un certain dynamisme architectural à cette époque. L’examen des monuments les plus importants, confrontés aux autres réalisations phares menées par les Capétiens dans le reste de leur Domaine royal, permet d’envisager le développement d’une politique édilitaire, favorisant certaines formes architecturales monumentales comme la tour-porche ou le chevet dit harmonique, dans une volonté claire de la part des nouveaux souverains de s’imposer visuellement dans le paysage, de se positionner en héritiers de leurs prédécesseurs carolingiens et de s’imposer face à leurs contemporains ottoniens, en reprenant certaines de leurs formes architecturales les plus emblématiques. Ces résultats ne doivent pas cacher en revanche des questions laissées en suspens, notamment en ce qui concerne les datations des édifices considérés ici. L’architecture apparaît en effet assez uniforme, entre petit appareil de tradition antique, opus spicatum, remplois de sarcophages haut-médiévaux et débuts du moyen appareil ; et les critères de datation généralement admis s’opposent à ceux des rares décors conservés. / The southeast of the Capetian royal Domain remained for a long time unknown by studies on the beginnings of Romasnesque architecture. This is largely connected to the marginal position which it occupies compared with the large sets of the historiography, an established fact which ensues as we had the opportunity to show it of a long historic evolution since the Celtic period when the zone was subdivided between Sénons and Carnutes. The first Capetian sovereigns however carried a particular interest in this region, trying in the 11th century to unify the space between their three big centers : Orléans, Étampes and Melun, in front of pushes of their bléso-champenois rivals. The architectural activity then seems to be in full swing, with very numerous constructions, certainly secondary, but testifying of a certain architectural dynamism at that time. The examination of the most important buildings, confronted with the other key realizations led by the Capetians in the rest of their royal Domain, allows us to envisage the development of a artistic policy, favoring certain architectural monumental forms as tower-hall and harmonious bedhead, in a clear will on behalf of the new sovereigns to stand out visually in the landscape, to position in heirs of their Carolingian predecessors and to stand out in front of their ottonian contemporaries, by taking back their most symbolic architectural forms. These results can’t hide on the other hand questions left unsettled, in particular as regards the datings of buildings considered here. The architecture indeed seems rather uniform, between walls with small rubbles, opus spicatum, re-uses of high-medieval sarcophagus, and beginnings of carved stone ; and the generally admitted criteria of dating oppose those of the rare preserved decorations.
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The roles of the small pMEKK subfamily comprising MAPKKK19, 20 and 21 in Arabidopsis thaliana

Bai, Fangwen 01 1900 (has links)
No description available.
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Compréhension fine du comportement des lignes des réseaux métro, RER ettramway pour la réalisation des études d’exploitabilité. / Detailed understanding of the metro, RER and streetcar network lines behaviour for the realization of operating studies

Dimanche, Vincent 11 June 2018 (has links)
Les réseaux ferroviaires en milieu dense font face à des saturations importantes. Et l'adéquation entre l'offre théorique et la demande croissante impose des contraintes d'exploitabilités fortes. Un déséquilibre générera des points conflictuels comme des goulets d'étranglement avec pour effet des retards sur les trains amonts. Comme le facteur humain, parmi une multitude, influence l'exploitation ; le prendre en compte plus finement devrait améliorer la compréhension et la modélisation des lignes pour en accroître la capacité sans sacrifier le confort des passagers. Pour répondre à cet objectif, nos travaux reposent sur une visualisation adaptée des données remontées de l'exploitation et sur leur fouille automatisée. Elles ont été adaptées et appliquées au domaine ferroviaire notamment aux lignes des réseaux ferrés exploités par la RATP. Le processus « Visual Analytics », mis en œuvre dans nos travaux pour répondre à ces besoins, englobe les étapes nécessaires à la valorisation de la donnée, allant de leur préparation à l’analyse experte en passant par leur représentation graphique et par l’utilisation d'algorithmes de fouille de données. Parmi ces derniers, le CorEx et le Sieve nous ont permis par un apprentissage non supervisé basé sur une mesure de l'information mutuelle multivariée d'analyser les données d'exploitation pour en extraire des caractéristiques du comportement humain. Enfin, nous proposons aussi une visualisation intuitive d'une grande quantité de données permettant leur intégration et facilitant le diagnostic global du comportement des lignes ferroviaires. / Dense railway networks face significant saturation. And the balance between the theoretical offer and the growing demand imposes strong operability constraints. An imbalance will generate conflicting points such as bottlenecks with the effect of delays on the following trains. As the human factor influences the operation performance; taking it into account more accurately should improve understanding and modeling of railway lines to increase capacity without reducing passenger comfort. To fulfill this objective, we are working on an adapted visualization of the operating data and on their automated mining. These two solutions have been adapted and applied to the railway sector, particularly to the lines of rail networks operated by RATP. The "Visual Analytics" process, implemented in our work to meet these needs, encompasses the steps required to value the data, going from the preparation of the data to the expert analysis. This expert analysis is made through graphic representation and the use of data mining algorithms. Among these data mining algorithms, CorEx and Sieve allowed us to analyze operating data and then extract characteristics human behavior thanks to unsupervised learning based on a multivariate mutual information measure to. Finally, we propose an intuitive visualization of a large amount of data allowing their global integration and facilitating the overall diagnosis of the railway lines behavior.
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Réutilisation de composants logiciels pour l'outillage de DSML dans le contexte des MPSoC / Reuse of legacy code for DSML tools in the context of MPSoC

Vallejo, Paola 15 December 2015 (has links)
La conception d’un langage de modélisation pour domaine spécifique (DSML) implique la conception d’un outillage dédié qui met en oeuvre des fonctionnalités de traitement et d’analyse pour ce langage. Dans bien des cas, les fonctionnalités à mettre en oeuvre existent déjà , mais elles s’appliquent à des portions ou à des variantes du DSML que le concepteur manipule. Réutiliser ces fonctionnalités existantes est un moyen de simplifier la production de l’outillage d’un nouveau DSML. La réutilisation implique que les données du DSML soient adaptées afin de les rendre valides du point de vue de la fonctionnalité à réutiliser. Si l’adaptation est faite et les données sont placées dans le contexte de la fonctionnalité, elle peut être réutilisée. Le résultat produit par l’outil reste dans le contexte de l’outil et il doit être adapté afin de le placer dans le contexte du DSML (migration inverse). Dans ce cadre, la réutilisation n’a de sens que si les deux adaptations de données sont peu coûteuses. L’objectif de cette thèse est de proposer un mécanisme qui intègre la migration, la réutilisation et la migration inverse. La principale contribution est une approche qui facilite la réutilisation de fonctionnalités existantes via des migrations de modèles. Cette approche facilite la production de l’outillage d’un DSML. Elle permet de faire des migrations réversibles entre deux DSMLs sémantiquement proches. L’utilisateur est guidé lors du processus de réutilisation pour fournir rapidement l’outillage complet et efficace d’un DSML. L’approche a été formalisée et appliquée à un DSML (Orcc) dans le contexte des MPSoC. / Designers of domain specific modeling languages (DSMLs) must provide all the tooling of these languages. In many cases, the features to be developped already exist, but it applies to portions or variants of the DSML.One way to simplify the implementation of these features is by reusing the existing functionalities. Reuse means that DSML data must be adapted to be valid according to the functionality to be reused. If the adaptation is done and the data are placed in the context of the functionality, it can be reused. The result produced by the tool remains in the context of the tool and it must be adapted to be placed in the context of the DSML (reverse migration).In this context, reuse makes sense only if the migration and the reverse migration are not very expensive. The main objective of this thesis is to provide a mechanism to integrate the migration, the reuse and the reversemigration and apply them efficiently. The main contribution is an approach that facilitates the reuse of existing functionalities by means of model migrations. This approach facilitates the production of the tooling for a DSML. It allows reversible migration between two DSMLs semantically close. The user is guided during the ruse process to quickly provide the tooling of his DSML.The approach has been formalised et applied to a DSML (Orcc) in the context of the MPSoC.
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Caractérisation biochimique des phospholipases D et de leurs domaines fonctionnels : nouvelle méthode de mesure de l’activité phospholipase D / Biochemical characterization of phospholipases D and their functional domains : novel method for measuring phospholipase D activities.

Rahier-Corticchiato, Renaud 14 December 2016 (has links)
La phospholipase D (PLD) hydrolyse les phospholipides membranaires en libérant leur tête polaire afin de générer l'acide phosphatidique (PA), impliqué dans la signalisation cellulaire. Pour comprendre les propriétés biochimiques des PLDs, les travaux présentés ont été réalisés autour de deux axes. Le premier axe concerne l'expression recombinante et la purification de la PLDa d'Arabidopsis thaliana (AtPLDa) dans la levure Pichia pastoris. La détermination de la séquence N-terminale a révélé que l'AtPLDa est amputée de ses 35 premiers résidus, suggérant ainsi la participation d'un mécanisme de maturation. Cependant, la région N-terminale des PLDs de plantes est homologue au domaine C2, impliqué dans leur interaction Ca2+-dépendante avec la membrane. Afin d'évaluer l'impact d'un tel clivage, les domaines C2 de l'AtPLDa mais également de l'AtPLDß, à titre de comparaison, ont été étudiés sous leur forme entière ou mature. Ainsi, la caractérisation de leur affinité pour les phospholipides, associée à leur modélisation tridimensionnelle, ont permis de démontrer que les différences de régulation par le Ca2+, observées entre les formes entières et mature, provenait de la présence d'une hélice a amphipathique, retirée lors du processus de maturation. Le second axe concerne le développement d'une nouvelle méthode de mesure des activités PLD via le dosage de manière direct, spécifique et continu du PA grâce à la propriété d'amplification de fluorescence par chélation de la 8-hydroxyquinoléine, en présence de Ca2+. Ainsi, ce test apparait adapté pour le suivi de l'inhibition des PLDs et pour l'étude de leur spécificité de substrat, en utilisant des phospholipides naturels avec différentes tête polaires, et à l'échelle d'une microplaque / Phospholipase D (PLD) hydrolyses membrane phospholipids, leading to the formation of free polar headgroup and phosphatidic acid releasing, involved in cell signaling. To understand the biochemical properties of PLDs, this work has been made around two axes. The one first concerns the recombinant expression and purification of the PLDa of Arabidopsis thaliana (AtPLDa) in the yeast Pichia pastoris. The N-terminal sequence of the recombinant AtPLDa has been determined and found to lack its first 35 amino acids, suggesting the involvement of a maturing mechanism. However, plant PLDs exhibit a C2-lipid binding domain at their N-terminal region, which is involved in their Ca2+-dependent membrane targeting. Thus, to assess the impact of such a cleavage, whole and mature-like C2 domains of AtPLDa, as well as of AtPLDß, for the sake of comparison were studied. Thus, the characterization of their affinity for phospholipids, combined with their three-dimensional modeling have demonstrated that the differences observed in their regulation by Ca2+, observed between whole and mature-like forms, originated from the presence of a N-terminus amphipathic a helix, removed during the maturation process. The second axis concerns the development of a novel PLD assay that measure PA in a direct, specific and continuous manner, using the chelation enhanced fluorescence property of 8-hydroxyquinoline in the presence of Ca2+. Thus, this assay appears suitable for monitoring both the inhibition of PLDs as well as their substrate specificity, using natural phospholipids with different polar headgroups, and at a microplate scale
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Analyse de la stabilité au feu des murs en béton armé par l'approche calcul à la rupture / Stability of reinforced concrete walls under fire conditions by a yield design approach

Yang, Mingguan 20 December 2018 (has links)
Pour les panneaux de grande hauteur soumis à un fort gradient thermique associé à l’incendie, ils subissent des déplacements hors plan importants qui, du fait de l’excentrement du poids propre qui en résulte, vont engendrer des efforts de flexion venant s’ajouter aux efforts de compression déjà existants. Un tel changement de géométrie, d’autant plus prononcé que le panneau est de grande hauteur, combiné à une dégradation simultanée des propriétés de résistance des matériaux sous l’effet de l’élévation de température, peut conduire à un effondrement de la structure sous poids propre. L’évaluation de la résistance au feu d’éléments de structures de grandes dimensions, repose sur la théorie du calcul à la rupture, appliquée d’une part à la détermination d’un diagramme d’interaction au feu caractérisant la résistance du panneau en chacune de ses sections, d’autre part à l’analyse de la ruine globale du panneau dans sa configuration déformée. Le programme comporte deux volets complémentaires. Le premier volet concerne l’approche expérimentale. Un mur de 9 mètre a été testé sur le grand équipement Vulcain afin de valider le modèle de calcul d’une part, qui est en cours du développement, et à identifier des phénomènes locaux éventuels non accessibles par la modélisation d’autre part. Le deuxième volet concerne le développement d’outils de modélisation et de calcul performants. Basées sur une approche cinématique, des procédures itératives qui se reposent sur la méthode de perturbation ont été construit pour chercher une solution analytique pour prédire la configuration déformée d’une plaque soumis à un fort gradient thermique. Ensuite, des méthodes numériques fondées sur la discrétisation en éléments finis du panneau déformé, traité comme une coque à faible courbure, et l’utilisation de techniques d’optimisation non-linéaires, qui ont connu récemment des progrès importants, devront pouvoir être développées et appliquées à ce problème / High rise reinforced concrete walls under fire exhibit important out-of-plane displacements, which in turn lead to an eccentricity of the self-weight with respect to the initial undeformed configuration, resulting in supplementary bending moments. This geometrical change, combined with the degradation of the stiffness and strength properties of reinforced concrete due to severe temperature increase, may lead to the failure of walls under fire.Investigation on fire resistance of reinforced concrete walls will be based on the yield design approach in order to analyze the global stability of high rise walls, taking into account the geometry changes induced by the thermal loading.The program consists of two parts.Firstly, a 9-meter high reinforced concrete wall has already been tested under fire with the equipment Vulcan. This full size experiment aims at validating the modeling of plates under large out-of-plan displacement and identifying potential local phenomenon which has not been considered in the model.Secondly, a yield design approach will carried out to analyze the stability of reinforced concrete walls. By using the perturbation method, a recursive analytical procedure based on a kinematic approach is proposed to find the deformed configuration of reinforced concrete walls under fire. The deformed configuration will be later modeled as a shallow shell, on which a yield design procedure will be performed by a non-linear optimization
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Conception d'un solveur linéaire creux parallèle hybride direct-itératif

Gaidamour, Jérémie 08 December 2009 (has links) (PDF)
Cette thèse présente une méthode de résolution parallèle de systèmes linéaires creux qui combine efficacement les techniques de résolutions directes et itératives en utilisant une approche de type complément de Schur. Nous construisons une décomposition de domaine. L'intérieur des sous-domaines est éliminé de manière directe pour se ramener à un problème sur l'interface. Ce problème est résolu grâce à une méthode itérative préconditionnée par une factorisation incomplète. Un réordonnancement de l'interface permet la construction d'un préconditionneur global du complément de Schur. Des algorithmes minimisant le pic mémoire de la construction du préconditionneur sont proposés. Nous exploitons un schéma d'équilibrage de charge utilisant une répartition de multiples sous-domaines sur les processeurs. Les méthodes sont implémentées dans le solveur HIPS et des résultats expérimentaux parallèles sont présentés sur de grands cas tests industriels.

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