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Philosophiae Doctor - PhD / Transboundary river basins (TRBs), and its array of biodiversity, have created a web of complex security, socio-economic and political interdependencies among populations, communities and multiplicity of actors across the world. However, the continuous degradation of these vital resources, resulting from natural and anthropogenic factors, has serious implications for global development, peace and security. Indeed, it further threatens regional resource base, induce livelihoods impairment, scarcities and conflicts over the utilisation and control of strategic resources, particularly in the Global South. The study explored the causeeffect analysis of the desiccation of Lake Chad basin and the dreadful Boko Haram crisis within the prisms of human security and regional development. It reflects on the interconnections among environmental change, human development, livelihoods, conflicts and the outcomes of interventions - military and humanitarian in reconstructing human security and regional development narratives in the Lake Chad Basin. The research was contextualised within two theoretical frameworks: eco-violence, and the capability approach. This was conceived to provide an improved understanding of both the micro (individual or group interactions) and macro (large scale - national and multinational actors) development processes, the enablers and constraints of human security in the region. Their implications for regional development, security, sustainability and stabilisation process are also elucidated. Mixed-method research and a case study design was adopted to specifically study the Lake Chad impact area, covering 542,829 km2, across the four riparian countries - Cameroon, Chad, Niger and Nigeria. Although, the conventional or active basin of the lake - an estimated 984,455 km2 area was generally referenced. Purposive sampling was used to select participants for semi-structured interviews, focused group discussions (FGD) and document review. A total of 34 key informants, six (6) FGDs and 33 institutional documents (18 intervention and policy documents and 15 official bulletins) were utilised. These enable the substantiation of primary data with secondary data – qualitative and quantitative (derived from documents review). A thematic analysis of the causality of resource scarcities, livelihoods, and conflict relationships in the region was undertaken. This includes an assessment of the regional development process and the efficacies of security and humanitarian interventions in the Lake Chad Basin.The study revealed that the desiccation of Lake Chad and the destructive Boko Haram crisis (since 2009) impede development in the region. The lake’s shrinkage (estimated above 90percent from 1963 till date), caused by environmental change and unsustainable human practices or exploitation of the basin’s resources, have transboundary effects. These and the humanitarian catastrophes caused by Boko Haram menace have heightened human insecurity, and threaten communities’ fragility and transborder cooperation in the region. While regional development processes and intervention have marginal impacts on the population and their resilience capacities. Indeed, the complexity of the challenges overlaps with inconsistencies in the region’s development processes and the interventions regime – security and humanitarian management. Thus, addressing the consequences, while neglecting the root causes of human security threats in the Lake Chad Basin, further heightens the population’s deprivations amidst challenges of resource curse, geopolitics and its alteration of regional political economy. The above underscores the dialectics between human security and regional development. From these submissions, improved water resources and environmental management; inclusive development - to address the root causes of insecurity; monitoring and harnessing of national and regional development priorities; and integrated regional security-development strategy, against the military-led humanitarian approach, are recommended as critical solutions. These enhance a rethinking of human security and regional development matrix in the Lake Chad and other TRBs in the Global South. Therefore, the study highlighted the imperative of mediating exhaustive discourse on TRBs as Special Economic Zones (SEZ); constructive interactions between development processes and actors (stakeholders); the use of groundwater as a palliative; and the intrinsic mobility, multiactivity and multi-functionality of livelihoods in the Lake Chad Basin. These can be pondered in (future research and policy) discourses to enhance regional resilience, human security and sustainable development in the Lake Chad Basin.

En 1996, la FAO a reconnu le rôle des agriculteurs dans la construction des ressources génétiques. Dans ce contexte, l'objectif général du projet PLANTADIV, dans lequel s'inscrit cette thèse, est d'appréhender comment les facteurs anthropiques et biologiques interagissent et façonnent la diversité génétique des plantes cultivées dans le bassin du lac Tchad. Dans cette région, les populations ont mis au point une innovation agricole originale : l'utilisation en contre-saison de terres argileuses inondées pour repiquer du sorgho. Les variétés de sorgho repiqué sont capables de puiser dans les réserves hydriques du sol pour accomplir leur cycle végétatif en saison sèche sans autre apport d'eau. Le sorgho repiqué connaît un large développement dans la région depuis la moitié du XXe siècle. Le projet de thèse se focalise sur l'estimation de la diversité génétique des sorghos repiqués et sur les mécanismes biologiques et génétiques qui ont pu contribuer à sa structuration intra et inter variétale. Nous avons également entrepris de retracer l'histoire évolutive des sorghos repiqués en nous appuyant essentiellement sur des outils de génétique des populations pour discuter les hypothèses géographiques et historiques existantes. Cette étude a mis en évidence qu'au moins deux événements de dessaisonalisation avaient eu lieu à partir de sorghos pluviaux provenant de deux groupes génétiques différents. Les sorghos repiqués sont plus différenciés que les sorghos pluviaux. Ceci peut s'expliquer en partie par les pratiques paysannes : les sorghos pluviaux sont échangés plutôt via les amis, la famille et les voisins, alors que les sorghos repiqués le sont plutôt via les marchés. De par les nombreux échanges de semence entre les différentes populations humaines dans cette région, l'étude phylogénétique n'a pas permis de mettre en évidence le(s) lieu(x) d'origine de dessaisonalisation.La seconde partie de ce travail a été consacré à la biologie de la reproduction du sorgho repiqué. Les méthodes de calcul indirectes et directes ont montrées que le sorgho repiqué est, comme le sorgho pluvial, préférentiellement autofécondé. Le taux moyen chez le sorgho repiqué est cependant plus faible (1,8%) que pour le sorgho pluvial (12%). De même, les variations d'allofécondation entre des panicules d'un même type nommé semblent plus faibles que pour le sorgho pluvial. La dernière partie de la thèse est consacrée aux impacts des pratiques agricoles sur la structuration de la diversité génétique des sorghos repiqués à une échelle locale. Les analyses génétiques ont montré, que ce soit pour le village de Djongdong ou celui de Bouzar, situés à l'extrême Nord du Cameroun, que pour un agriculteur donné, chaque type nommé correspond à une entité génétique. De plus, un même morphotype chez différents agriculteurs correspond aussi à une entité génétique. Les modes de gestion des semences et les pratiques culturales ont été analysés, elles influencent peu la structuration de la diversité génétique du sorgho repiqué. / In 1996, FAO has recognized the role of farmers in building and managing genetic resources. This work is part of the project PLANTADIV which main objective is to understand how biological and anthropogenic factors interact and shape diversity of cultivated plants in the Lake Chad Basin. In this region, people have developed an original agricultural innovation: the use in dry-season of flooded clay soils for transplanting sorghum. Transplanted sorghum varieties are able to tap into soil moisture reserves to complete their growth cycle in the dry-season without any water supply. Transplanted sorghum cultivation undertook a large development in the region since the middle of the XX century.The thesis project focuses on the estimation of the genetic diversity of planted sorghum and on biological and genetic mechanisms that may have contributed to its structuration both within and between landraces. We also undertook to trace the evolutionary history of planted sorghum by relying primarily on population genetics approaches to elaborate over geographical and historical hypotheses.This study revealed that at least two events of deseasonalization occurred from rain- sorghum pools from two different genetic groups. Differentiation of dry-season sorghum is stronger than that of rain-sorghum. This may be partially due to social practices: rainy sorghum are mainly exchanged through friends, families and neighbors as planted sorghum seeds are often obtain from markets. Extensive seed exchange between different human populations across the region may have blurred the geographical pattern of the genetic diversity, not allowing us to identify potential sites for deseasonalization.The second part of this work is devoted to the reproductive biology of dry-season sorghum. Direct and indirect estimation methods have shown that dry-season sorghum is, as rain sorghum, preferably selfing. Average level of out crossing is nevertheless lower in dry-season sorghum (1.8%) than it is in rain-sorghum (12%). Within landraces, variations are also smaller for dry-season sorghum than for rain-sorghum.The last part of the thesis is devoted to the impacts of agricultural practices on the structure of the genetic diversity of dry-season sorghum at a local scale. Genetic analyzes have shown that in both studied villages of Djongdong and Bouzar, located in the extreme north of Cameroon, each landrace named by a farmer corresponds to a genetic entity. In addition, the same morphological type among different farmers corresponds to a genetic entity. Modes of seed management and cultural practices were analyzed; they seem to have little influence on the structure of the genetic diversity of dry-season sorghum.

La forte croissance démographique (~3%.an-1) observée au cours des dernières décennies en Afrique subsaharienne a engendré la conversion de grandes étendues de savane arborée en cultures pluviales ou irriguées et la diminution de la durée des jachères. Afin de déterminer l'impact de tels changements d'usage du sol sur la recharge des nappes phréatiques, la zone non saturée a été investiguée pendant trois ans (2009-2011) pour deux régions du Niger (sud-ouest et sud-est) aux conditions climatiques et géomorphologiques différentes.Une approche expérimentale in-situ a tout d'abord permis de caractériser qualitativement les propriétés de la zone non saturée et les flux hydriques associés (profondeur 0-10 m) pour les principaux usages du sol : savane naturelle ; jachère ; culture pluviale de mil ; et culture irriguée de poivron. Des profils granulométriques et de résistivité électrique apparente ont été réalisés et des suivis temporels de la teneur en eau et du potentiel matriciel du sol ont été mis en place. A partir des résultats et de la synthèse des données ainsi recueillies, deux analyses détaillées ont été proposées.Afin de quantifier le différentiel de recharge diffuse entre une jachère à Guiera senegalensis et une culture pluviale de mil (Pennisetum sp.) au sud-ouest Niger, une modélisation à base physique via le code Hydrus-1D a été appliquée. Dans un premier temps, une inversion basée sur la méthode GLUE a permis d'établir les densités de probabilité pour les paramètres hydrodynamiques de la zone non saturée ; dans un second temps, des simulations pluriannuelles (2 × 100 ans) du drainage profond (0-10 m) lors d'une transition jachère-mil ont été réalisées. Il a ainsi été montré que l'expansion des surfaces cultivées en mil pourrait se traduire par une augmentation du drainage profond, de 20 à 25 mm.an-1 après un délai de 35 à 60 ans.Afin d'étudier les conséquences des mises en culture pluviales et irriguées sur le potentiel de salinisation des sols et des eaux souterraines au sud-est Niger, les concentrations en ions majeurs dissous dans l'eau des pores de la zone non saturée ont été mesurées, puis comparées à la composition géochimique des apports d'eau associés (pluie, eau d'irrigation). Il a été ainsi mis en évidence que la mise en culture pluviale a un effet négligeable sur la qualité des eaux interstitielles et souterraines tandis que l'irrigation est associée à un enrichissement de l'eau de la zone non saturée en solutés qui pourrait induire, à terme, une salinisation de la nappe par lessivage des sols devenus salins/sodiques. / In semiarid sub-Saharan Africa, the rapid population growth (~3%.yr-1) during the past few decades has resulted in land clearing and large-scale conversion from savannah and fallow to rainfed or irrigation crop fields. The traditional duration of fallow has been also shortened. In order to estimate the impact of these land use changes on groundwater recharge, the vadose zone was investigated during three years (2009-2011) for two regions located in Niger (south-west and south-east).A qualitative analysis was first carried out for identifying vadose zone properties and for characterizing the corresponding water fluxes (0-10 m depth) for the main land use types: natural savannah; fallow; rainfed millet crop; and irrigated sweet pepper crop. Grain size and electrical resistivity profiles were established and soil water content and matric potential were monitored. Based on the results of this analysis, two more detailed investigations were performed.In southwestern Niger, in order to estimate changes in diffuse recharge from a fallow with Guiera senegalensis to a rainfed millet crop (Pennisetum sp.), a physically-based modeling with Hydrus-1D code was completed. Probability density functions were first built for the soil hydraulic parameters based on the GLUE approach; then, deep drainage (0-10 m depth) was simulated for a 2 × 100 year time-period including a fallow-millet conversion. It was shown that the increase in millet crop areas could result in an increase in deep drainage from 20 to 25 mm.yr-1 after a delay of 35 to 60 years.In southeastern Niger, in order to assess the impact of rainfed and irrigated cropping development on soil and groundwater salinization, major ion concentrations in pore water of the vadose zone were measured and compared with the geochemical composition of water inputs (rainfall, irrigation). It was shown that rainfed cropping does not affect soil water and groundwater quality whereas irrigation results in an increase of solutes concentrations in soil pore water, which could lead to a groundwater salinization at mid-term through soil leaching.

Le bassin endoréique du lac Tchad (BLT) couvre 2,5 millions de km2 au centre de la zone sahélienne. Le lac Tchad agit comme un amplificateur des variations climatiques sur le BLT tandis que le système aquifère multicouche contient d'importantes ressources en eau. La réponse hydro(géo)logique du BLT aux variations du climat est étudiée par un couplage entre traceurs géochimiques et modélisation. Un bilan hydrologique, chimique et isotopique permet de distinguer les flux d'évaporation, de transpiration et d'infiltration à la surface du lac. La transpiration, jusqu'alors négligée, contribue à environ 15% de l'ET. La dynamique du chlore dans le BLT suggère un temps de transfert dans le bassin amont autour de 10 ans, un renouvellement rapide des eaux du lac et une infiltration de 200 mm an-1. Le couplage d'un modèle pluie-débit (GR2M) et du modèle de lac, forcé par des simulations paléoclimatiques de GCM sur le dernier millénaire, montre la difficulté de la comparaison modèle-données dans les reconstitutions paléohydrologiques. La cartographie de la recharge moderne de l'aquifère quaternaire est obtenue par l'interprétation des teneurs en 36Cl thermonucléaire dans les eaux. Une recharge récente, proche des eaux de surface, est mise en évidence dans 60% de l'aquifère quaternaire et la reprise évaporatoire actuelle en bord du lac Tchad est évaluée entre 85 et 98%. Les eaux géochimiquement contrastées des dépressions piézométriques ne signent pas de recharge actuelle. La composition géochimique propre aux eaux du CT suggère un temps de résidence supérieur à 300 000 ans. Ces données originales pourraient servir à mieux contraindre la paléorecharge en zone sahélienne. / Lake Chad Basin (LCB) is a 2.5 billion km2 closed drainage basin, in the center of Africa. Lake Chad enhances the climatic variations over the LCB while the multi-layers aquifer system contains large water resources. The hydro(geo)logical response of the LCB to climatic variability is studied by combining geochemical and modeling approaches. The lake Chad levels modeling, calibrated from hydrological, chemical and isotopic data, allows to disentangle evaporation from transpiration and from infiltration. Transpiration, neglected in previous studies, accounts for 15% of the total ET. From the chlorine dynamic in the LCB, a transit time of 10 yr in the upper basin, a short renewal rate of lake waters and their infiltration toward the aquifer are estimated. GCM paleoclimatic simulations over the last millennium were introduced into a rainfall-runoff model (GR2M) and the lake level model. It shows the difficulty to reconcile lake level records from paleohydrological modeling. The detection of thermonuclear 36Cl together with stable isotopic composition of groundwaters allow to draw the present-day recharge distribution in the Quaternary aquifer. Present-day recharge occurs close to surface waters in 60% of the groundwater sampled and an evaporation between 85 and 98% of waters in the surrounding of Lake Chad is estimated. Groundwaters with a contrasted geochemical signature are stored in the center of the piezometric depressions, suggesting no present-day recharge. The deep waters of the CT, with water ages of 300 000 yr, show geochemical patterns indicative of an old and humid recharge period. These original data give new insights into paleorecharge in the Sahelian band.

L'étude du système aquifère du Chari Baguirmi vise à améliorer sa connaissance en vue d'une gestion durable etprudente de la ressource en eaux souterraines. Dans la zone d'étude qui couvre 70000 Km2, des campagnes demesures et d'échantillonnages des eaux et de sédiments ont été réalisés. Les eaux échantillonnées ont fait l'objetd'analyses chimiques et isotopiques (O18 et 2H) afin de comprendre le comportement hydrogéochimique dusystème aquifère. La synthèse des données géologiques existantes et la mise en évidence de l'hétérogénéité litho-stratigraphiquepar l'étude granulométrique ont confirmé la complexité hydrogéologique de la zone d'étude. La minéralogie desargiles a montré que le dépôt des différents sédiments se fait de la périphérie vers le centre de la dépression. Cemode de sédimentation permet d'avancer l'hypothèse de l'existence d'une dépression vers laquelle les sédimentsseraient entrainés par l'agent de transport. Cette hypothèse de “ dépression structurale ” réfute l'hypothèseadmise jusqu'à présent d'une origine hydrogéologique (forte évaporation) de cette dépression piézométrique.L'étude basée sur la piézométrie et les données chimiques et isotopiques (O18 et 2H) des eaux a permis decomprendre les processus hydrogéochimiques qui gouvernent la minéralisation des eaux. En plus des isotopes(O18 et 2H), l'utilisation des ratios Br/Cl, Sr/Ca et l'indice d'échanges de bases a permis de mettre en évidenced'une part, l'origine de la salinité des eaux de la dépression piézométrique et d'autre part, les phénomènesd'échanges de bases liés au long temps de séjour des eaux au contact des roches encaissantes et les zones derecharge potentielles de la nappe. / The study of the Chari Baguirmi aquifer system aims to improve the knowledge about this system forsustainable groundwater resource management. In the study area, which covers 70,000 km2, measurementcampaigns and sampling of water and sediments were undertaken. The waters have been sampled for chemicaland isotopic analyzes (18O and 2H) to understand the hydrogeochemical behavior of the aquifer system.The synthesis of existing geological data and highlighting the litho-stratigraphic heterogeneity through thegranulometric study confirmed the hydrogeological complexity of the study area. Clay mineralogy showed thatthe deposition of different sediments occurred from the periphery to the center of the depression. This mode ofsedimentation can hypothesize the existence of a depression into which sediments are trained by the transportagent. This assumption of "structural depression" refutes the hypothesis of a hitherto accepted hydrogeologicalorigin (high evaporation) of the piezometric depression. The study based on the piezometry and chemical and isotopic data (18O and 2H) of water enabled to understand the hydrogeochemical processes that govern the mineralization of the water. In addition to isotopes (2H and 18O), the use of ratios Br/Cl, Sr/Ca and base exchanges index has highlighted on the one hand, the origin of the salinity of waters in the piezometric depression and secondly, the phenomena of base exchanges related to longresidence time of water in contact with rocks and areas of potential groundwater recharge. Numerical modeling of the aquifer was performed in steady state and the results confirm the prevalence of the phenomenon of evaporation in the western p

Boko Haram est un groupe terroriste dont l’épicentre se situe au nord du Nigéria. Ce groupe qui avait au départ comme activité la dénonciation des tares de la société nigériane a plongé dans actions de terrorisme à partir de 2009 suite à la répression militaire de l’armée nigériane. Face à la difficulté du Nigéria de contenir Boko Haram, ce groupe s’est régionalisé, faisant ainsi ressortir les problèmes de coopération sécuritaire régionale dans le Bassin du Lac Tchad et au-delà. Malgré l’application de ces mécanismes régionaux de sécurité, Boko Haram a continué ses activités avec un bilan lourd : plus de 30 000 morts en sept années de conflit armé, plus 1.5 million de réfugiés et déplacés, 4.2 millions de personnes en situation d’insécurité alimentaire et sanitaire. Ceci nous amène à qualifier Boko Haram comme étant un des groupes terroristes islamistes les plus féroces des temps contemporains. En s’appuyant sur des ressources documentaires, ce mémoire vise à expliquer pourquoi les mécanismes régionaux de sécurité n’ont pas permis d’endiguer la menace Boko Haram. Ma démonstration se base sur deux arguments : tout d’abord, l’absence de leadership dans la lutte contre Boko Haram, manifesté par l’attitude du Nigéria au niveau régional et le manque d’intérêt du Tchad, a causé une difficulté d’alliance régionale. Le second argument stipule que la multiplication des organisations régionales dans le Bassin du Lac Tchad a créé des difficultés de coordination entre elles et des problèmes de monopole institutionnel empêchant à ces organisations d’agir efficacement contre le groupe terroriste Boko Haram. / Boko Haram is a terrorist group from northern Nigeria. This group promoting the application of Sharia in northern Nigeria, became a terrorist group in 2009 after military repression by the Nigerian state. With the inability of the Nigerian army to contain this terrorist threat, Boko Haram increased its activities around the Lake Chad Basin and beyond. During several years of Boko Haram's atrocities, one of the most important problems comes from the failure of regional security mechanisms to stem this group. Despite the implementation of these regional security mechanisms, Boko Haram remains a serious threat that has taken a heavy toll: more than 20,000 deaths in seven years of armed conflict, more than 1.5 million refugees and displaced persons, 4.2 million facing health problems and food insecurity. This leads us to consider Boko Haram one of the most ferocious Islamist terrorist groups in modern times. Using resources such as books, scientific articles, newspapers, governments and NGO reports and documents published by international organizations, this thesis seeks to explain why the regional security mechanisms failed to contain Boko Haram. I focus on two arguments: first, the lack of leadership in the fight against Boko Haram, manifested by Nigeria's regional attitude and the lack of interest of Chad, led to the failure of collective action against the Boko Haram phenomenon. Then, the second argument states that the multiplication of regional organizations in the Lake Chad Basin created difficulties of coordination between them and problems of institutional monopoly, preventing these organizations from acting effectively against the terrorist group Boko Haram.

Le lac Tchad étonne par sa singularité. Alors que le développement des autres grandes zones humides sahéliennes a reposé sur les périmètres irrigués, le sien a reposé sur la valorisation du mouvement des eaux par l'agriculture, l'élevage et la pêche, et par les mobilités. Quasi espace vierge dans les années 1940, le Lac est devenu une région densément peuplée et cosmopolite exportant des vivriers diversifiés sur les marchés urbains de la sous-région. À travers l'analyse des dynamiques agraires et territoriales de la fenêtre lacustre camerounaise, ce travail interroge les opportunités qu'offrent, dans un environnement incertain, le multiusage des ressources et les mobilités à l'intensification des processus productifs et à la densification démographique.Le renforcement des complémentarités et synergies entre activités dégage les voies d'une intensification écologique du mode d'exploitation et d'un développement territorial, créateurs de richesse et d'emplois. En favorisant l'émergence de rapports sociaux et d'institutions innovantes assurant l'accès aux ressources productives et aux marchés à une grande diversité de populations, le statut de marge territoriale de la fenêtre lacustre a été déterminant dans la dynamique d'intensification. L'incertitude hydro-écologique, économique et démographique a été intégrée au fonctionnement « normal » du système agraire et à celui de territoires qui se singularisent par leur mobilité. Aujourd'hui, c'est l'incertitude politique qui menace l'avenir du lac Tchad. Elle résulte des conflits de pouvoirs locaux constitutifs du rapport de l'État aux populations, et de l'action publique à travers les politiques agricoles et environnementales. / The Lake Chad is unique in the Sahelian band. Whereas large scale irrigated schemes has characterized the other wetlands, here the development of agriculture, cattle breeding and fishing has been based on the use of the water floods and on mobilities. Almost virgin until the 1940s, the Lake has become a highly populated and cosmopolitan area, exporting diversified foodstuffs to the urban markets of the sub-region. Through the analysis of agrarian and territorial dynamics of the Cameroonian lake shores, this research questions to which extent multi-use of the natural resources and mobilities may allow further agricultural intensification and population increase in such an uncertain environment.Closer complementarity and synergy between activities pave the way for ecological intensification and territorial development inducing wealth and job generation. Due to its marginal nature, the Cameroonian part of the Lake has been the place of continuous social innovations, ensuring to a great diversity of people the access to productive assets and markets. In this sense, it has been actually decisive for the dynamic of intensification. Hydro-ecological, economic and demographic uncertainty has been integrated into the “normal” functioning of the agrarian system and territory. Nowadays, the political uncertainty threatens the future of the Lake Chad. It results both from agricultural and environmental policies and from conflicts between local authorities, that are constitutives of the relation between the State and the populations.