L'identification de molécules bio-actives est un problème majeur pour la recherche thérapeutique et la recherche en biologie. La découverte de ces molécules repose largement sur le criblage de très grandes collections de molécules mais qui restent petites devant la taille de l'espace chimique. Dans ce contexte, les scientifiques sont demandeurs d'outils d'analyse automatique de chimiothèques et de molécules.<br />L'objectif de cette thèse est de fournir un outil de comparaison des molécules et plus généralement d'objets structurés. Nous proposons dans ce travail un algorithme générique qui identifie plusieurs sous-structures communes à entre deux objets, représentés par des graphes ou des formules logiques et évalue un degré d'inclusion entre ces objets.<br /><br />Ce degré d'inclusion correspond à un test de subsomption à valeur réelle entre formules logiques qui pourrait compléter le test de theta-subsomption classique dans les algorithmes d'apprentissage relationnel. Dans le domaine de la chimie, une mesure de similarité moléculaire a été définie à partir de deux degrés d'inclusion pour classer des molécules. L'algorithme se révèle être plus performant que les mesures de similarité et fonctions noyau auxquelles il a été comparé. Il pourra être envisagé de l'utiliser dans des problèmes de prédiction de bio-activité.

Dans cette thèse nous proposons un modèle temporel dans le cadre des machines à états abstraits (ASM). Une extension du langage de spécification ASM est développé qui correspond à ce modéle temporel pour le temps continu. L'extension du langage avec des constructions de temps permet de diminuer la taille de la spécification et donc de réduire la probabilité d'erreurs. La sémantique de l'extension du langage ASM est fournie et prend en compte les définitions des fonctions externes, les valeurs des délais et les choix de résolution des non-déterminismes. Un sous-système de vérification des propriétés exprimées en logique FOTL (FirstOrder Timed Logic) est développé. Un simulateur d'ASMs temporisées est développé et implémenté, il comprend un analyseur syntaxique, un interprète du langage, un sous-système de vérification des propriétés ainsi qu'une interface graphique

La formalisation du principe de rationalité dans la plupart des modèles d'agent permet rarement de spécifier complètement les réactions du système. C'est pourquoi nous considérons dans cette thèse l'introduction d'une phase de décision explicite au sein de ces modèles. Plus précisément, nous proposons une nouvelle façon entièrement qualitative de représenter les informations sur la désirabilité des alternatives nécessaires à cette phase : les préférences. Cette dernière est formalisée en logique des prédicats du premier ordre.<br /><br />Afin d'autoriser une spécification intuitive des préférences, nous supposons que les informations "initiales" sont des comparaisons entres des propriétés que peuvent vérifier les différentes alternatives. Ces comparaisons vérifient les principes d'expansion, de transitivité, et de Ceteris Paribus. De plus, elles sont spécifiées par points de vue éventuellement contradictoires et telles que deux propriétés quelconques sont jugées indifférentes par défaut.<br />Afin de départager un grand nombre d'alternatives et en particulier pour dépasser une limite de l'hypothèse Ceteris Paribus, nous proposons d'étendre ces informations via une phase dite "d'extension" en considérant chaque préférence (dite "primitive") comme un argument pour départager les alternatives.<br />Afin de gérer les contradictions entre points de vue, nous formalisons l'introduction d'une étape dite "d'agrégation". Cette dernière permet, via un mécanisme d'élection, de générer une unique préférence "globale".<br /><br />Enfin, nous proposons une voie pour intégrer notre travail au modèle logique d'agent rationnel proposée par Sadek ainsi qu'une manière pour utiliser nos préférences conjointement avec d'autres types d'informations sur la désirabilité.

Le travail de thèse présenté dans ce document porte sur la conception d'un service de validation et d'enrichissement d'annotations pour un outil industriel de gestion des connaissances basé sur le langage des Topic Maps (TM). Un tel service nécessitant la mise en oeuvre de raisonnements sur les connaissances, il a été nécessaire de doter le langage des TM d'une sémantique formelle. Ceci a été réalisé par l'intermédiaire d'une transformation réversible des TM vers le formalisme logique des graphes conceptuels qui dispose d'une représentation graphique des connaissances (les TM pouvant facilement en être munie d'une). La solution a été mise en oeuvre dans deux applications, l'une conçue pour la veille médiatique et l'autre pour la promotion de ressources touristiques. Schématiquement, des annotations sont extraites automatiquement des documents selon le domaine concerné (actualité/économie ou tourisme) puis ajoutées à la base de connaissances. Elles sont ensuite fournies au service d'enrichissement et de validation qui les complète de nouvelles connaissances et décide de leur validité, puis retourne à la base de connaissance le résultat de l'enrichissement et de la validation.

Dans cette thèse nous proposons un modèle temporel dans le cadre des machines à états abstraits (ASM). Une extension du langage de spécification ASM est développé qui correspond à ce modéle temporel pour le temps continu. L'extension du langage avec des constructions de temps permet de diminuer la taille de la spécification et donc de réduire la probabilité d'erreurs. La sémantique de l'extension du langage ASM est fournie et prend en compte les définitions des fonctions externes, les valeurs des délais et les choix de résolution des non-déterminismes. Un sous-système de vérification des propriétés exprimées en logique FOTL (FirstOrder Timed Logic) est développé. Un simulateur d'ASMs temporisées est développé et implémenté, il comprend un analyseur syntaxique, un interprète du langage, un sous-système de vérification des propriétés ainsi qu'une interface graphique / In this thesis a temporal model for abstract state machines (ASM) method is pro- posed. An extension of ASM specification language on the base of the proposed temporal model with continuous time is developed. The language extension helps to reduce the size of the specification hence to diminish the probability of an error. The semantics of the extended ASM language is developed which takes into account the definitions of external functions, the values of time delays and the method of non-determinism resolving. A subsystem for verification of user properties in the FOTL language is developed. A simulator prototype for ASMs with time is developed and implemented. It includes the parser of the timed ASM language, the interpreter, the verification subsystem and the graphical user interface