Resumo: Os Staphylococcus aureus são os principais microrganismos causadores de infecções nosocomiais, com uma grande variedade de manifestações clínicas, a variação deste espectro de manifestações geralmente depende dos numerosos fatores de virulência que cada cepa produz, entretanto, a importância desses patógenos está inserida na combinação da virulência mediada por suas toxinas, seu caráter invasivo e seu perfil de resistência a antibióticos. O presente estudo teve por objetivos documentar a disseminação de clones endêmicos e identificar os fatores individuais relacionados à sua aquisição, e relacioná-los a prevalência de fatores de resistência e virulência em cepas de MRSA isoladas de culturas clínicas e/ou de vigilância de pacientes de um hospital de ensino. No presente trabalho 1078 amostras de Staphylococcus aureus provenientes de pacientes internados no Hospital Estadual Bauru foram identificadas e testadas fenotipicamente frente a oxacilina (1 g), cefoxitina (30 g), vancomicina (30 g), eritromicina (15 g) e gentamicina (10 g) sendo que dessas, 810 (75.1%) apresentaram perfil fenotípico para Staphylococcus aureus Resistentes a Meticilina - MRSA. A avaliação genotípica do perfil de resistência foi realizada através da amplificação do gene mecA pela técnica de PCR onde foi observado que das 443 amostras testadas foi detectado o gene mecA em 336 amostras (75.8%), e que dessas, 305 amostras (90.8%) apresentaram perfil SCCmec Tipo III ou Tipo IIIA, 6 amostras (1.8%) Tipo II e 25 amostras (7.4%) Tipo IV. A avaliação do perfil genotípico de virulência mostrou a seguinte distribuição, 15.6% (n=69) genes da Leucocidina de Panton Valentine (lukPV), 14% (n=62) gene da Síndrome do Choque Tóxico (tst), 31.8% (n=141) gene da Enterotoxina A (sea), 19.8% (n=88) gene da Enterotoxina B (seb), 38.1% (n=169) gene da... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Staphylococcus aureus are the most common microorganisms causing nosocomial infections, with a wide variety of clinical manifestations, the variation of the spectrum of manifestations generally depends upon the numerous virulence factors that each strain produces, however, the importance of these pathogens is included in the combination of virulence mediated by their toxins, its invasive nature and profile of antibiotic resistance. This study aimed to document the spread of endemic clones and identify the individual factors related to its acquisition, and relate them to the prevalence of resistance and virulence factors in strains of MRSA isolated from clinical cultures and / or surveillance patients a teaching hospital. In this study 1078 samples of Staphylococcus aureus from hospitalized patients in Bauru State Hospital were identified phenotypically and tested against oxacillin (1  g), cefoxitin (30  g), vancomycin (30  g), erythromycin (15  g) and gentamicin (10  g) and that these, 810 (75.8%) showed phenotypic profile for Methicillin Resistant Staphylococcus aureus - MRSA. The evaluation of genotypic resistance profiles was performed by amplification of the mecA gene by PCR where it was observed that of 443 samples tested was detected mecA gene in 336 samples (75.8%), and that these, 305 samples (90.8%) profile were SCCmec type III or type IIIA, six samples (1.8%) type II and 25 samples (7.4%) type IV. The evaluation of virulence genotype was distributed as follows, 15.6% (n = 69) genes of Panton Valentine Leukocidin (lukPV), 14% (n = 62) gene for toxic shock syndrome (tst), 31.8% (n = 141) gene of enterotoxin A (sea), 19.8% (n = 88) gene of enterotoxin B (seb), 38.1% (n = 169) gene of enterotoxin C (sec-1), 100% (n = 443) Delta Hemolysin gene (hld), 99.5% (n = 441) Alpha Hemolysin gene (hla), 0.9% (n = 4) Exfoliative toxin A (eta), 3.6% (n = 16) Exfoliative... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Coorientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Banca: Antonio Carlos Pignatari / Banca: Maria Clara Padoveze Fonseca Barbosa / Banca: Ana Marisa Fusco Almeida / Doutor

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Estima-se que no Brasil ocorram centenas de milhares de Infecções Relacionadas à Assistência (IRAS) à Saúde todos os anos, e uma proporção significativa desses quadros é causada por Acinetobacter baumannii. Essa bactéria, hiperendêmica em hospitais brasileiros, é geralmente resistente a múltiplas drogas, restando um escasso arsenal terapêutico. Para além dos fatores de risco tradicionais (comorbidades, exposição ao ambiente hospitalar, procedimentos invasivos, uso de antimicrobianos), estudos recentes demonstraram sazonalidade e associação de sua incidência com altas temperaturas ambientais. No entanto, as razões para esses achados permanecem obscuras. Nós conduzimos estudos em três hospitais públicos conveniados do município de Bauru-SP, com o objetivo de colaborar para a compreensão da epidemiologia do A. baumannii, com ênfase nos isolados resistentes a carbapenêmicos (Carbapenem-resistant A. baumannii, CRAB). O primeiro deles, com delineamento ecológico, analisou o comportamento de taxas mensais de incidência de A. baumannii como um todo e em subgrupos (enfermarias versus Unidades de Terapia Intensiva [UTI], amostras clínicas totais versus hemoculturas) no período de 2006 a 2017. Estudamos o impacto de temperatura, umidade e pluviosidade sobre essa incidência. Como resultados, identificamos que temperaturas médias mensais acima do percentil 75 (24,7°C) estavam associadas a maior incidência de A. baumannii como um todo e de CRAB. Curiosamente, esses achados foram mais consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: It is estimated that in Brazil hundreds of thousands of Healthcare Associated Infections (HCAI) occur every year, and a significant proportion of these are caused by Acinetobacter baumannii. This bacterium, hyperendemic in Brazilian hospitals, is generally resistant to multiple drugs, leaving behind a scarce therapeutic arsenal. In addition to the traditional risk factors (comorbidities, exposure to the hospital environment, invasive procedures, antimicrobial use), recent studies have demonstrated seasonality and association of A. baumannii incidence with high environmental temperatures. However, the reasons underlying these findings remain obscure. We conducted studies in three public hospitals in the city of Bauru-SP, Brazil, in order to contribute to understanding the epidemiology of A. baumannii, with emphasis on carbapenem resistant isolates (CRAB). The first one, with ecological design, analyzed the behavior of monthly rates of incidence of overall A. baumannii and several subgroups (non-critical wards vs. Intensive Care Units (ICU), overall clinical samples vs. blood cultures) from 2006 to 2017. We studied the impact of temperature, humidity and rainfall on this incidence. As a result, we identified that average monthly temperatures above the 75th percentile (24.7°C) were associated with a higher incidence of overall A. baumannii and CRAB. Interestingly, these findings were more consistent in ICUs and for isolates of blood cultures. In the second study (casecontrol), w... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-07-21T17:11:17Z No. of bitstreams: 1 Lucio Macedo Barbosa, Avaliação da estrutura... 2013.pdf: 2329771 bytes, checksum: 23cce33a0281240a365b25a6b9089532 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-21T17:11:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucio Macedo Barbosa, Avaliação da estrutura... 2013.pdf: 2329771 bytes, checksum: 23cce33a0281240a365b25a6b9089532 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Os esforços para o controle da esquistossomose no Brasil foram iniciados na década. de 70, no entanto, a doença permanece como um problema de saúde pública no país,. com prevalência aproximada de 5%. As atuais estratégias de controle são focalizadas. no tratamento dos indivíduos infectados e obtiveram redução considerável na. prevalência, morbidade e mortalidade da esquistossomose. O praziquantel é o. medicamento utilizado atualmente no Brasil e apresenta uma eficácia de 80 a 90%.. Apesar da redução da prevalência e das formas graves da doença, a sucessiva. repetição do tratamento quimioterápico levanta questionamentos sobre a eficácia do. mesmo ao longo do tempo e a respeito do surgimento de resistência ao medicamento.. Com o objetivo de estudar o efeito do tratamento quimioterápico repetido nas. populações de Schistosoma mansoni foram selecionadas duas localidades rurais e. uma urbana do estado da Bahia. Foi utilizada uma estratégia de amostragem robusta e. um número de marcadores polimórficos neutros suficientes para demonstrar diferenças. entre microrregiões em momentos de equilíbrio entre deriva genética e migração, nas. comunidades da zona rural e urbana, e em momentos de estresse evolutivo póstratamento,. apenas nas comunidades rurais. Em termos epidemiológicos as localidades. estudadas se mostraram com uma alta prevalência de esquistossomose. As. características epidemiológicas das populações rurais e urbanas foram muito similares. em diversos aspectos, principalmente nos fatores de risco para aquisição da doença.. Repetidos tratamentos com o praziquantel reduziram significativamente as taxas de. prevalência, reinfecção, incidência e intensidade de infecção da esquistossomose. Os. parâmetros genéticos das populações de Schistosoma mansoni fornecem evidências. de focos de transmissão local na zona rural e urbana. Foi observada uma estabilidade. no ponto de vista genético, com baixa influência migratória, indicando que os indivíduos. tendem a se infectar na região e permanecer no ambiente ao longo da vida. As. infecções persistentes, pós tratamento, demonstraram fazer parte das populações. susceptíveis, pré tratamento. Por esta razão é improvável que a razão da persistência. da infecção seja devido a resistência ao praziquantel. Por fim, indivíduos não tratados. ou que apresentam infecção persistente são capazes de recuperar qualitativamente a. população parasitária de forma a representar a diversidade inicial, pré-tratamento, após. sucessivos tratamentos. Isso indica que para ser possível obter alguma mudança na. estrutura genética do S. mansoni, o tratamento deve ser distribuído de uma maneira. mais eficáz para as populações infectadas. Desta forma, ações integradas incluindo. saneamento básico, fornecimento de água potável, educação em saúde e tratamentos. sucessivos são essenciais para o controle e eliminação da esquistossomose. / Efforts to control schistosomiasis in Brazil started in the 70s, however, the disease remains a public health problem in the country, with a prevalence of approximately 5%. The current control strategies are focused on the treatment of infected individuals and obtained significant reduction in the prevalence, morbidity and mortality from schistosomiasis. Praziquantel is the drug currently used in Brazil, and has an efficiency of 80 to 90%. Despite the reduction in the prevalence and severe forms of the disease, the successive rounds of chemotherapy raise questions about the effectiveness over time and in regard of the emergence of drug resistance. In order to study the effect of repeated chemotherapy in populations of Schistosoma mansoni two rural locations and urban area in the state of Bahia were selected. We used a robust sampling strategy and a number of neutral polymorphic markers sufficient to demonstrate differences between microregions in migration-drift equilibrium, in rural communities and urban areas, and in post-treatment evolutionary stress, only in rural communities. Epidemiological characteristics of rural and urban populations were very similar in many aspects, especially those related to the risk factors for acquiring the disease. Repeated treatments with praziquantel significantly reduced prevalence, reinfection and incidence rates and intensity of infection of schistosomiasis. Genetic parameters of Schistosoma mansoni populations indicated foci of local transmission in rural and urban areas. A high degree of genetic stability was observed in the studied areas with little influence of migration, indicating that individuals tend to get infected in the region and remain in the environment throughout life. Persistent infections, post-treatment, were demonstrated to be drawn from susceptible parasite populations, pre-treatment. Therefore, it is unlikely that persistence of infection is due to resistance to praziquantel. Finally, untreated or persistent infections are able to recover qualitatively the parasite population to represent the initial diversity, pretreatment, after repeated rounds of treatment. This indicates that in order to obtain some change in the S. mansoni genetic structure treatment must be distributed more efficiently for the infected populations. Thus, integrated actions including sanitation, potable water supply, health education and successive treatments are essential for the the control and elimination of schistosomiasis.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-03-22T18:32:18Z No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Efeito....docx: 5951904 bytes, checksum: d28e49e9a6c37cb463504bb5cf122c6f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-03-22T18:32:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Efeito....docx: 5951904 bytes, checksum: d28e49e9a6c37cb463504bb5cf122c6f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T18:32:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Efeito....docx: 5951904 bytes, checksum: d28e49e9a6c37cb463504bb5cf122c6f (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Streptococcus pneumoniae é uma bactéria patogênica que afeta crianças e idosos em todo o mundo, sendo responsável por elevada morbidade e mortalidade, especialmente nos países em desenvolvimento onde o acesso às vacinas pneumocócicas conjugadas (PCVs) é limitado. A colonização da nasofaringe precede o desenvolvimento de infecções e as crianças são o principal reservatório deste patógeno na comunidade. As vacinas pneumocócicas conjugadas reduzem a taxa de colonização e de doenças causadas por sorotipos vacinais, entretanto, pouco se sabe sobre seu efeito em eventos na substituição de sorotipos. Os objetivos deste estudo foram determinar o efeito da vacina pneumocócica conjugada 10-valente (PCV10) na colonização nasofaríngea por pneumococos em crianças menores que um ano, saudáveis e que apresentaram doença crônica ou desordem imunológica nos períodos pré- e pós esquema vacinal primário entre maio de 2011 a janeiro de 2014 e determinar a influência desta vacina na distribuição de sorotipos, da susceptibilidade antimicrobiana e do perfil genotípico dos pneumococos. Foram investigadas 168 crianças, sendo 63 do grupo de portadores de doenças clínicas (Grupo I) e 105 do grupo de crianças sadias (Grupo II). O isolamento, a identificação e a avaliação da resistência antimicrobiana do pneumococo foram realizados através de técnicas microbiológicas convencionais. A determinação dos sorotipos capsulares foi realizada através das técnicas de reação de polimerase em cadeia multiplex e reação de Quellung. A taxa de colonização pneumocócica total foi de 24%, sendo 17% (11/63) e 28% (29/105) para os grupos I e II, respectivamente. Convívio com crianças menores que 6 anos no mesmo domicílio mostrou associação com colonização para o grupo I [OR= 8,36 (IC95%= 1,69-44,70); p=0.004 enquanto que renda foi associada a risco para crianças do grupo II [(OR=3,22; IC95%= 1,22-8,64; p=0,01]. Os sorogrupos/tipos identificados com maior frequência foram: 23F (10%), 19F e 15B/15C (7,5%) e cepas não tipáveis (15%), Após a 3 ª dose da vacina houve uma redução de 7% para 5% na taxa de colonização por sorotipos vacinais e um aumento de três vezes na probabilidade de colonização por sorotipos não vacinais (7% para 21%). Identificamos 17% de não susceptibilidade à penicilina. Os sorotipos PCV10 associados com um ST foram os sorotipos 19F (ST177) e 23F (ST338) e os não associados a PCV10 foram os seguintes: 11A/11D (ST62 e ST408), 15A/15F (ST73), 15B/15C (ST766), 23A (ST42) e 23B (ST727). Os resultados demonstram que três doses da PCV10 reduzem ou estabilizam a colonização por sorotipos vacinais, a despeito da colonização pelos sorogrupos/tipos vacinais 6A/6B, 14 e 23F e destaca-se a colonização por sorotipos não vacinais (6C<7C<13<23A<23B<15A/15F<15B/15C<11A/11D) e cepas não tipáveis, independente do grupo de crianças avaliadas. Embora não tenha sido avaliado o efeito da PCV10 após a 4ª dose da vacina neste estudo, ressaltamos a importância da manutenção da dose de reforço no calendário vacinal do programa nacional de imunizações para que a proteção contra os sorotipos oferecida pela vacina seja alcançada. Estudos epidemiológicos devem continuar para monitorar a taxa de colonização de pneumococos circulantes no período pós-vacinal, bem como as taxas de não susceptibilidade aos antimicrobianos que são essenciais para o direcionamento das estratégias de saúde pública no manejo clínico e prevenção das doenças pneumocócicas. / Streptococcus pneumoniae is a pathogenic bacterium that affects children and elderly throughout the world, accounting for high morbidity and mortality, especially in developing countries where acess to pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) is limited. Nasopharyngeal colonization precedes the development of infections and children are the main reservoir of this pathogen in the community. The pneumococcal conjugate vaccine has been effective in reducing colonization and disease by vaccine serotypes, however, little is known about its effect on the overall rate of colonization due to serotypes replacement events. The study aims to evaluate the effect of pneumococcal conjugate vaccine on nasopharyngeal carriage in children younger than one years old, healthy, suffering from crhonic diseases or immune disorders during vaccine primary immunization with PCV-10 between may 2011 and jaanuary 2014 and the influence of this vaccine in the distribution of serotypes, antimicrobial susceptibility and genotypic profile of pneumococcus. A total of 168 children were enrolled, 63 with chronic diseases (Group I) and 105 of the group of healthy children (Group II). The isolation, identification and evaluation of antimicrobial resistance of pneumococci were made using conventional microbiological techniques. The determination of capsular serotypes was performed using the multiplex-PCR and/or Quellung reaction. Overal, the pneumococcal colonization rate was 24%, being 17% (11/63) and 28% (29/105) to group I and II, respectively. Living with children aged up to six 6 years in the same household was associated with colonization in group I[OR= 8,36 (CI95%= 1,69-44,70); p=0.004] and income was associated with risk for children in group II [(OR=3,22; IC95%= 1,22-8,64; p=0,01]. The most frequently serotypes identified were: 23F (10%), 15B/15C (7,5%) and nontypeable strains (15%). A total of 28% (11/40) of serotypes identified in both groups are represented in PCV10. After the 3rd dose of vaccine was reduced from 7% to 5% in vaccine serotypes colonization rate and a three-fold increase in the probability of colonization by serotypes not represented in the PCV-10 (7% to 21%). Penicillin nonsusceptibility was identified in 17% of the isolates. PCV10 serotypes associated with a ST serotypes were 19F (ST177) and 23F (ST338) and not associated with PCV10 were 11A/11D (ST62 and ST408), 15A/15F (ST73), 15B/15C (ST766), 23A (ST42) and 23B (ST727). The results demonstrate that three doses of PCV10 stabilizes or reduces colonization by the vaccine serotypes, regardless of colonization by vaccines types 6A/6B, 14 and 23F and highlight the rates of colonization by non vaccine serotypes (6C<7C<13<23A<23B<15A/15F<15B/15C<11A/11D) and nontypeable pneumococcal, independent of the study group. Although this study was not evaluated the effect of PCV10 after the 4th dose of the vaccine, we emphasize the importance of booster dose of maintenance in the immunization schedule of the national immunization program for the protection offered by the vaccine serotypes is achieved. Epidemiological studies should continue to monitor the rate of colonization of pneumococci circulating in the post-vaccine period and antimicrobial non-susceptibility rates that are essential for the targeting of public health strategies in the clinical management and prevention of pneumococcal diseases.

Orientadora: Profa. Dra. Márcia Aparecida Sperança / Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2017. / A dengue, causada por quatro diferentes sorotipos do vírus (DENV1-4), é a arbovirose de maior prevalência em humanos no mundo. Estudos moleculares são necessários para melhor entendimento de doenças causadas por diferentes sorotipos e variantes genéticas. Em relação á sua origem e história evolucionária, análises filogenéticas e epidemiológicas sugerem que genótipos mais virulentos estão substituindo os de menor virulência. Este trabalho teve como objetivo a caracterização da dinâmica de transmissão e epidemiologia molecular dos DENV circulantes na cidade de médio porte do Estado de São Paulo, Marília, com 233.639 habitantes, durante uma epidemia de dengue ocorrida no ano de 2007. Para tanto foram obtidas amostras de pacientes com diagnóstico clínico e epidemiológico (sem confirmação laboratorial) durante ocorrência de epidemia de dengue. O estudo comparativo de características hematológicas e demográficas dos pacientes com a presença de antígeno NS1 de DENV nas amostras revelou associação significante com leucopenia e plaquetopenia (medianas: DENV+= 3.715 células/mL e DENV- = 6.760 células/mL; e medianas: DENV+ = 134.896 células/mL e DENV- = 223.872 células/mL, respectivamente), e aumento de linfócitos atípicos. Esse padrão hematológico foi mantido durante o longo período da epidemia, permitindo que, com a determinação do padrão conservado nas primeiras fases de uma epidemia, este possa ser usado para implementar medidas de diagnóstico de novos casos, bem como no controle e tratamento dos doentes em todo o restante do período. A detecção e identificação do sorotipo viral, por PCR e Nested-PCR, respectivamente, utilizando como alvo o gene que codifica a junção das proteínas estruturais do capsídeo e pré-membrana (C/prM), confirmou a co-circulação de DENV1 (33%) e DENV3 (67%) em 2007. A partir das sequências obtidas da junção C/prM dos DENV1 e DENV3 dessas amostras, foi feita a reconstrução filogenética. Os resultados indicaram que a população de DENV1 provavelmente se originou da região norte do Brasil, por apresentar pouca variabilidade genética e alta similaridade com amostras de DENV1 de pacientes de Belém do Pará isoladas no mesmo ano. A população de DENV3 apresentou variabilidade genética, provavelmente, devido à microevolução na própria região, visto que as amostras de Marília-SP apresentaram alta similaridade com amostras de vírus isoladas de pacientes da Venezuela, em 2001. Os dois sorotipos mostraram padrões hematológicos distintos, nos quais, com o aumento de linfócitos atípicos houve uma significante maior leucopenia na população de DENV3 e uma tendência a maior diminuição de plaquetas em DENV1. Os estudos realizados demonstram que a dengue é uma doença com características regionais específicas. Portanto, a implementação das atividades de manejo das epidemias dependem da caracterização das variantes genéticas dos DENV e sua relação com a população acometida. / Dengue, caused by four different serotypes of the virus (DENV1-4), is the most prevalent arbovirose in humans in the world. Molecular studies are needed to better understand diseases caused by different serotypes and genetic variants. In relation to its origin and evolutionary history, phylogenetic and epidemiological analyzes suggest that more virulent genotypes are replacing those of less virulence. This work aimed to characterize the transmission dynamics and molecular epidemiology of DENV circulating in the medium-sized city of the State of São Paulo, Marília, with 233,639 inhabitants, during a dengue epidemic occurred in 2007. For this purpose, samples were obtained of patients with clinical and epidemiological diagnosis (without laboratory confirmation) during the occurrence of a dengue epidemic. The comparative study of the hematological and demographic characteristics of patients with the presence of DENV NS1 antigen in the samples revealed a significant association with leukopenia and thrombocytopenia (median: DENV + = 3,715 cells / mL and DENV- = 6,760 cells / mL; 134,896 cells / mL and DENV- = 223,872 cells / mL, respectively), and increase of atypical lymphocytes. This hematological pattern was maintained during the long period of the epidemic, allowing the determination of the pattern preserved in the first stages of an epidemic, to be used to implement measures for the diagnosis of new cases, as well as for the control and treatment of patients in the remainder of the period. Detection and identification of the viral serotype by PCR and Nested-PCR, respectively, targeting the gene coding for the junction of the capsid and premembrane (C / prM) structural proteins, confirmed the co-circulation of DENV1 (33 %) and DENV3 (67%) in 2007. From the sequences obtained from the C / prM junction of the DENV1 and DENV3 of these samples, the phylogenetic reconstruction was performed. The results indicated that the DENV1 population probably originated from the northern region of Brazil, as it presents little genetic variability and high similarity with DENV1 samples from patients from Belém do Pará isolated in the same year. The DENV3 population showed genetic variability, probably due to the microevolution in the region itself, since the Marília-SP samples presented high similarity with virus samples isolated from patients from Venezuela in 2001. The two serotypes showed different hematological patterns in the which, with the increase of atypical lymphocytes, there was a significant greater leucopenia in the DENV3 population and a tendency to a greater decrease of platelets in DENV1. Preliminary data from another epidemic were obtained in 2015, from which we tested 100 positive samples to date, with 87% belonging to serotype 1 by means of molecular typing using the gene coding for the C / prM junction. Studies show that dengue is a disease with specific regional characteristics. Therefore, the the implementation of epidemic management activities depend on the characterization of genetic variants of DENV and its relationship with the affected population.

Neisseria meningitidis (Nm) is one of the major causes of bacterial meningitis in the African meningitis belt (AMB). This organism is part of the genus Neisseria, which includes ten human restricted species, mostly harmless commensals of the nasopharynx; however, Nm is capable of causing invasive meningococcal disease. The transition from carriage to pathogenic state remains perplexing, and strict virulece factors have yet to be identified. It has been hypothesised that non-pathogenic Neisseria (NPN) carried asymptomatically in the oroopharynx could play a role in modulating carriage of Nm, and therefore, its likelihood of invasion. In chapter 3, the diversity of the genus was characterised within a collection of 46 034 nasopharyngeal samples obtained across the AMB: five different species were identified, with Nm and NPNs displaying inversely related risk factors fo carriage. Chapter 5 presents the whole genome sequence (WGS) analysis of 107 Neisseria isolates unclassified by other methods. This higher genetic resolution, complemented with the use of a novel speciation approach, revealed seven novel Neisseria species, mostly collected in African countries. The invasive potential may also be due to the presence of particular genetic factors in the meningococcal genome. Chapter 4 presents the WGS comparison of 23 carried and invasive serogroup A Nm collected in Chad during the 2011 meningitis epidemic. Isolates from both phenotypic groups were found to be part of the same bacterial populations; however, discrete clusters were identified, associated with distinct age groups. These results indicate that genomic analyses are essential to appropriately study Neisseria diversity, and that lower resolution methods have greatly underestimated the diversity of the genus in Africa. The identification of Nm clusters associated with certain niches and of the differences in carriage risk factors suggests that variation in the environment, including the presence of NPNs, may be key in modulating carriage of Nm.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-09Bitstream added on 2014-06-13T21:05:06Z : No. of bitstreams: 1 martineli_tm_dr_jabo.pdf: 880688 bytes, checksum: 67253abaf98ac4939615f0fa6dfaf21a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O gênero Aeromonas compreende espécies consideradas importantes patógenos para os seres humanos sendo as gastrenterites as infecções mais comumente atribuídas a estas bactérias. Tendo em vista sua importância como patógeno de origem alimentar, a ocorrência de Aeromonas sp. foi estudada em carcaças bovinas e ambiente do abatedouro em uma indústria do estado de São Paulo. Foram colhidas 285 amostras de 19 locais. Foi realizada a contagem direta por semeadura em meio seletivo, pesquisa e caracterização de espécies após enriquecimento seletivo, teste de susceptibilidade a antimicrobianos e caracterização molecular dos isolados pelas técnicas de REP e ERIC-PCR. A contagem direta permitiu a quantificação destas bactérias em apenas 12 amostras, variando de 0,5 a 9,2 x 100 UFC/cm2, sendo cinco delas de ambiente, com populações que variaram de 1,0 x 100 a 3,0 x 100 UFC/placa. Entretanto, após o enriquecimento seletivo, aeromonas foram isoladas de 38 amostras. A caracterização bioquímica das espécies permitiu verificar a ocorrência de A. caviae, A. schubertii, A. trota e A. sobria. Os testes com antimicrobianos revelaram resistência de todas as cepas a ampicilina e cefalotina, e para os demais antimicrobianos esta foi variável. A resistência da totalidade dos cultivos a determinados princípios indica que os antimicrobianos devem ser utilizados criteriosamente com a finalidade de evitar o surgimento precoce de cepas de Aeromonas sp. resistentes. As técnicas moleculares não possibilitaram a identificação precisa da origem das bactérias na indústria, mas possibilitaram identificar os manipuladores como disseminadores das mesmas. Ainda, a maior prevalência de A. caviae deve ser considerada relevante, pois trata-se de uma das espécies causadoras de gastrenterite em humanos. / The genus Aeromonas comprises important human pathogens and the gastroenteritis are the most common infections attributed to these microorganisms. Considering their importance as foodborne pathogens, the occurrence of Aeromonas sp. was studied on bovine carcasses and environment in an industry in São Paulo State. From 19 location were collected 285 samples. It was done the direct count by seeding on selective medium and biochemical characterization of the species after selective enrichment, antimicrobial susceptibility test and molecular characterization of the isolates by REP and ERICPCR. The direct count permitted bacteria quantification only in 12 samples ranging from 0.5 to 9.2 x 100 CFU/cm2 and five of then were from environment, ranging from 1,0 x 100 a 3,0 x 100 CFU/plate. However after selective enrichment, aeromonas were isolated from 38 samples. Biochemical characterization permitted to verify the occurrence of 59 samples of A. caviae, one of A. schubertii, one of A. trota and one of A. sobria. Antimicrobial test revealed all isolates were resistant to ampicillin and cephalotin, while the results for the other antimicrobials were variable. Resistance of all isolates to some principles indicates that antimicrobials must be used critically to avoid early development of resistant Aeromonas sp. Molecular techniques did not identify precisely the origin of the contamination into the industry, but identified handlers as agent of spreading the bacteria. Also, the greatest prevalence of A. caviae must be considered relevant because it is one of the human gastrenteritis causative species.

Submitted by LETICIA CHAMMA LASTÓRIA (lelastoria@yahoo.com.br) on 2016-06-30T19:14:39Z No. of bitstreams: 1 MestradoCORRIGIDO - PDF.pdf: 2088587 bytes, checksum: 05ada9bd23eac2f3af4059632d527df0 (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-07-04T12:49:01Z (GMT) / Submitted by LETICIA CHAMMA LASTÓRIA (lelastoria@yahoo.com.br) on 2016-07-06T13:41:54Z No. of bitstreams: 1 Mestrado com ficha catalográfica pdf.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-06T16:29:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lastoria_lc_me_bot.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-06T16:29:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lastoria_lc_me_bot.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Staphylococcus aureus resistente à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) é cada vez mais reconhecido como uma ameaça para pessoas vivendo com HIV/AIDS (PVHA). No entanto, a magnitude da colonização por MRSA varia entre diferentes países e regiões geográficas. Nós realizamos um estudo que teve por objetivo identificar a prevalência e os fatores de risco para colonização por S. aureus como um todo e MRSA em PVHA residindo em cidades de pequeno porte do interior do Estado de São Paulo. Isolados de MRSA foram caracterizados por Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE) e tiveram o Cassete Cromossômico Estafilocóccico (Staphylococcal Chromosome Cassete, SCC) mec tipado. Análise espacial foi realizada para identificar agregados geográficos e correlação com indicadores socioeconômicos. No primeiro momento, realizamos um estudo de prevalência pontual coletando swab nasal e de orofaringe de 368 PVHA atendidas em ambulatório de referência em Botucatu, SP. Sessenta e sete sujeitos residentes na cidade sede foram seguidos com coletas em dois outros momentos, e tiveram seus contactantes domiciliares também investigados para colonização. As taxas de prevalência de S. aureus e MRSA no primeiro levantamento foram 25,8% e 2,7%. A colonização por S. aureus foi negativamente associada com o uso de antibióticos beta-lactâmicos e drogas ilícitas. Por outro lado, fatores de risco para MRSA incluíam uso de crack e internação hospitalar recente. Inquéritos repetidos identificaram novos casos de colonização por MRSA, mas nenhum sujeito apresentou positividade em mais de uma ocasião. Quatro clusters foram identificados na PFGE, agrupando sujeitos em diferentes níveis – domicílio, cidade, região. Dos 19 isolados caracterizados, apenas um não carreava o SCCmec tipo IV. Análise espacial identificou hot spots par sujeitos colonizados com S. aureus, mas não conseguimos ligar esse padrão a indicadores sócio-econômicos. Em conclusão, nós idenficamos baixa – mas relevante – prevalência de MRSA em PVHA. Foram identificados tanto fatores de risco tradicionalmente associados a aquisição na comunidade quanto outros ligados a exposição a hospitais, de modo que as rotas predominantes de transmissão não puderam ser determinadas com base epidemiológica. / Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is increasingly recognized as a threat for people living with HIV/AIDS (PLWHA). However, the magnitude of asymptomatic MRSA colonization in that group varies among different countries and geographic regions. We conducted a study that aimed at identifying the prevalence and risk factors for both overall S. aureus and MRSA colonization among PLWHA attending in small cities from inner São Paulo State, Brazil. MRSA isolates were characterized using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), and submitted to typing of the Staphylococcal Chromosome Cassete (SCC)mec. Spatial analysis was performed to search for geographical clusters and correlation with socioeconomic indicators. In a first point prevalence survey, nasal and oropharyngeal swabs of 368 people were collected. Sixty-seven subjects from the main city (Botucatu) were surveyed for colonization in two other occasions, and had swabs collected from household members. The prevalence rates for S. aureus and MRSA in the first survey were 25.8% and 2.7%. The overall S. aureus colonization was negatively associated with the use of beta-lactams and of illicit drugs. On the other hand, MRSA colonized subjects were more likely to use crack and to have been admitted to a hospital during the past year. Repeated surveys found additional cases of MRSA colonization, but all subjects were positive in only one occasion. Four PFGE clusters were characterized, grouping subjects in household, city and region level. Of 19 total MRSA isolates, only one did not harbor SCCmec type IV. Spatial analysis detected hot spots of S. aureus colonized subjects from Botucatu, but that finding could not be linked to socio-economic indicators. In conclusion, we found small but relevant prevalence of MRSA among PLWHA. Community and healthcare-associated risk factors were identified, so that predominant routes of transmission could not be determined on epidemiological grounds.

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Júnior / Banca: Naiá Carla Marchi de Rezende Lago / Banca: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Angela Cleusa de Fátima Banzatto de Carvalho / Resumo: O gênero Aeromonas compreende espécies consideradas importantes patógenos para os seres humanos sendo as gastrenterites as infecções mais comumente atribuídas a estas bactérias. Tendo em vista sua importância como patógeno de origem alimentar, a ocorrência de Aeromonas sp. foi estudada em carcaças bovinas e ambiente do abatedouro em uma indústria do estado de São Paulo. Foram colhidas 285 amostras de 19 locais. Foi realizada a contagem direta por semeadura em meio seletivo, pesquisa e caracterização de espécies após enriquecimento seletivo, teste de susceptibilidade a antimicrobianos e caracterização molecular dos isolados pelas técnicas de REP e ERIC-PCR. A contagem direta permitiu a quantificação destas bactérias em apenas 12 amostras, variando de 0,5 a 9,2 x 100 UFC/cm2, sendo cinco delas de ambiente, com populações que variaram de 1,0 x 100 a 3,0 x 100 UFC/placa. Entretanto, após o enriquecimento seletivo, aeromonas foram isoladas de 38 amostras. A caracterização bioquímica das espécies permitiu verificar a ocorrência de A. caviae, A. schubertii, A. trota e A. sobria. Os testes com antimicrobianos revelaram resistência de todas as cepas a ampicilina e cefalotina, e para os demais antimicrobianos esta foi variável. A resistência da totalidade dos cultivos a determinados princípios indica que os antimicrobianos devem ser utilizados criteriosamente com a finalidade de evitar o surgimento precoce de cepas de Aeromonas sp. resistentes. As técnicas moleculares não possibilitaram a identificação precisa da origem das bactérias na indústria, mas possibilitaram identificar os manipuladores como disseminadores das mesmas. Ainda, a maior prevalência de A. caviae deve ser considerada relevante, pois trata-se de uma das espécies causadoras de gastrenterite em humanos. / Abstract: The genus Aeromonas comprises important human pathogens and the gastroenteritis are the most common infections attributed to these microorganisms. Considering their importance as foodborne pathogens, the occurrence of Aeromonas sp. was studied on bovine carcasses and environment in an industry in São Paulo State. From 19 location were collected 285 samples. It was done the direct count by seeding on selective medium and biochemical characterization of the species after selective enrichment, antimicrobial susceptibility test and molecular characterization of the isolates by REP and ERICPCR. The direct count permitted bacteria quantification only in 12 samples ranging from 0.5 to 9.2 x 100 CFU/cm2 and five of then were from environment, ranging from 1,0 x 100 a 3,0 x 100 CFU/plate. However after selective enrichment, aeromonas were isolated from 38 samples. Biochemical characterization permitted to verify the occurrence of 59 samples of A. caviae, one of A. schubertii, one of A. trota and one of A. sobria. Antimicrobial test revealed all isolates were resistant to ampicillin and cephalotin, while the results for the other antimicrobials were variable. Resistance of all isolates to some principles indicates that antimicrobials must be used critically to avoid early development of resistant Aeromonas sp. Molecular techniques did not identify precisely the origin of the contamination into the industry, but identified handlers as agent of spreading the bacteria. Also, the greatest prevalence of A. caviae must be considered relevant because it is one of the human gastrenteritis causative species. / Doutor

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Eliana Aparecida Varanda / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes como Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) e Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. Foram analisados isolados clínico de pacientes portadores de tuberculose pulmonar no município de Araraquara, entre os anos 2000 e 2006, através de genotipagem por RFLP e Spoligotyping (n=122). A técnica de RFLP permitiu a identificação de um índice de 26,4% de casos de tuberculose proveniente de infecção recente na cidade de Araraquara, no período de 2000 a 2006. Verificou-se relação epidemiológica em cerca de 68% dos casos envolvendo grupos genéticos identificados pelo RFLP. Destaca-se as transmissões intradomiciliares e a moradia em condomínios residenciais do CDHU. A técnica de RFLP permitiu a distinção de dois grandes grupos genéticos, A e B, dentre os isolados de Araraquara. Cerca de 73% dos spoligotipos obtidos foram identificados no Banco Internacional de Spoligotyping SpolDB4, sendo as famílias LAM, T e H as mais predominantes e cerca de 27% dos spoligotipos encontrados apresentaram perfis não descritos no SpolDB4. A associação do RFLP, Spoligotyping e MIRU não foi uma boa ferramenta para a análise genética dos isolados clínicos visando esclarecimentos epidemiológicos. Embora a genotipagem através do RFLP permita uma melhor discriminação entre os isolados bem como uma excelente associação entre amostras relacionadas epidemiologicamente, a técnica de Spoligotyping associada ao MIRU permite uma boa discriminação entre os isolados clínicos, da mesma forma que propicia uma satisfatória correlação entre casos ligados epidemiologicamente / Abstract: Molecular epidemiology study using different current methods such as Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) and Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) modified tuberculosis epidemiology comprehension. Clinical isolates from pulmonary tuberculosis patients from Araraquara, between 2000 and 2006, were genotyped through RFLP and Spoligotyping (n=122). RFLP provided the identification of a 26.4% level of tuberculosis cases caused by recent infection in the period. Epidemiologic association were verified in 68% of the cases in clusters identified by RFLP. Intradomiciliary transmissions and living in residential condominiums from CDHU were important factors. RFLP fingerprint provides the distinction of two big genetic groups, A and B, among Araraquara isolates. About 73% of spoligotypes were described in the International Spoligotyping Database SpolDB4 and LAM, T and H families were the most frequent, in the other hand, 27% of spoligotypes had unique profifes not described in SploDB4. RFLP, Spoligotyping and MIRU association was not a good tool to genotype clinical isolates in order to provide epidemiological understandings. Although RFLP fingerprinting allows a better discrimination as well as an excellent association among epidemiological related isolates, Spoligotyping associated with MIRU provides a good discrimination among clinical isolates as well as provides a satisfactory correlation among cases epidemiological connected / Doutor