Orientador: Mário Sérgio Palma / Coorientador: Jackson Cioni Bittencourt / Banca: Jaderson Costa da Costa / Banca: Carol Fuzeti Elias / Banca: Maria Inês Nogueira / Banca: Luciana A. de Paula Vasconcelos / Doutor

Tesis entregada a la Universidad De Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Grado De Magíster en Ciencias Biológicas. / La condición basal para synapsida es tener un astrágalo que en su cara posterior articula con la cara anterior del calcáneo, ambos elementos en el mismo plano del eje dorso-vental. Además, presentan un elemento basipodial distal por cada dedo, muy similar a la estructura que encontramos en la mayoría de los reptiles actuales. Cuando entramos a la rama de los cynodontes, uno de los cambios que podemos observar en el basipodio es la disminución de elementos distales de 5 (uno por cada dedo) a 4. En la literatura siempre se describe este cambio como la fusión del elemento distal correspondiente con el dedo 5 con el correspondiente al dedo 4, en el caso de la mano: fusión del carpal distal 4 y el 5 (CD 4+5) formando el unciforme; en el caso de la pata: fusión del tarsal distal 4 y el 5 (TD 4+5) formando en cuboide. En terápsidos tempranos, el metatarso que corresponde al quinto dedo no se articula con ningún elemento del tarso, parece estar “flotando”, hasta Theria, en donde se asocia al cuboide o al metatarso del dedo 4. También, a partir de Therias troncales, se observa consistentemente la superposición de una pequeña porción del astrágalo sobre el calcáneo, condición que se incrementa en Metatheria y aún más en Placentarios, donde encontramos que en el eje dorso-ventral la superposición del astrágalo sobre el calcáneo es casi competa, es decir, el contacto ocurre entre la cara ventral del astrágalo y la cara dorsal del calcáneo. En este trabajo se encuentra que al mirar el desarrollo del esqueleto del carpo y el tarso de Mus musculus, utilizando métodos como inmunofluorescencia whole-mount, se observan cambios similares a los recién descritos en la filogenia, como el cambio de posición entre el astrágalo y calcáneo, observando en estadios tempranos (13,5dpc) que tienen una posición relativa similar a la de reptiles y que luego en el desarrollo se superponen, pasando por estadios similares al de Therias troncales, hasta finalmente llegar a la conformación de Placentarios. Con respecto al carpo se observa que se forman 5 carpales distales y que efectivamente durante el desarrollo el cuarto y quinto se fusionan, formando un solo elemento final: el unciforme. En cambio, durante el desarrollo del tarso nunca se forma un quinto tarsal distal y, por lo tanto, el cuboide no correspondería a una fusión, sino que es el tarsal distal 4 solo. También se observa que el metatarso del dedo 5 se encuentra inicialmente desalineado como en terápsidos basales, y luego se asocia, en parte al tarsal distal 4 (aunque no de la misma manera que en synapsidos basales) y en parte al metatarso del dedo 4. / The basal synapsid condition is to have an astragalus with a posterior face that contacts with the anterior calcaneum face, both elements at the same level of the dorso-ventral axis. They also present one distal basipodial element for each digit, a similar structure to what is found in reptiles. When looking at the cynodont branch, one of the changes in the basipodial structure is the reduction of basipodial distal elements from 5 (one for each digit) to 4. In the literature this change is always explained as the fusion of de distal element corresponding to the fifth digit and the corresponding to the fourth one, when looking at the hand: fusion of the 4th and 5th distal carpal forms up the unciform; When looking at the foot: fusion of the 4t and 5th distal tarsals form the cuboid. In early therapsids, metatarsal 5 does not articulate with the tarsus and has an “offset” appearance. In therians, it articulates with the cuboid or the metatarsal 4. Also, since stem Therians the overlap of a small portion of the astragalus over the calcaneum is consistently observed. This condition increases in Metatherians and even more in Placental mammals where the overlap is almost complete which means that the contact occurs between the ventral face of the astragalus and the calcaneums’s dorsal face. This work shows that when looking at the skeletal development of the carpus and tarsus in Mus musculus using whole-mount immunofluorescence, among other techniques, is possible to observe changes that are similar to those described in the phylogeny, as is the change of the astragalus-calcaneus relative position. Looking at early stages (13,5dpc) we see a structure similar to reptiles and that later in development astragalus and calcaneus overlap, passing through stages similar to stem Therians and finally arriving to the Placental mammal conformation. About the carpus it’s observed that 5 distal carpals form and later in development the fourth and fifth fusion, forming up one final element: the unciform. On the other hand, what happens in the tarsus is that a fifth distal tarsal never forms, therefore, the cuboid would not be a fusion but only the fourth distal tarsal. Metatarsal 5 is first offset, as in basal therapsids, and then articulates with de cuboid, but also with metatarsal 4. / Proyectos ANILLO ACT-172099 y FONDECYT 1150906. / Agosto 2020

In nature, vibrissae are tactile hairs of mammals used as sensor elements for the exploring the surrounding area. These hairs, also known as whiskers, can be found in different locations on an animals body. Mystacial vibrissae are distributed over a whiskerpad on a muzzle. Carpal vibrissae are located on the downside aspect of the forelimbs of mammals. The vibrissal hair has a conical shape and grows from a special heavily innervated hair follicle incorporating a capsule of blood. As the hair itself has no receptors along its length, the vibrissa may be considered as a system for transmitting forces and torques that arise from the contact between the hair and an object to sensory receptors inside the follicle. The present thesis deals with the vibrational motion of vibrissae dur- ing natural exploratory behaviour from the mechanical point of view. The phenomenon of the parametric resonance of the vibrissa is investigated the- oretically and numerically. In the first part of this thesis, two mechanical models of an elastic beam are presented based on findings in the literature. The first model considers a straight beam with the linearly decreasing radius of the circular cross-section. The second model takes into account the circu- lar natural configuration of the cylindrical beam. Within these models, the small transverse vibration of the beam under a periodic following force at the tip are analysed using the Euler-Bernoulli beam theory and asymptotic methods of mechanics. In the second part of the thesis, the numerical analysis of the problems is performed based on the finite element method using ANSYS 16.2 software. For each model, the dynamical response of the system on the parametric excitation is simulated for different frequency values. It is shown theoretically and numerically that at specific ranges of the excitation frequency the phenomenon of the parametric resonance of the beam takes place. That means that the amplitude of vibrations of the beam increases exponentially with time, when it is stimulated within one of the frequency ranges of the parametric resonance. These ranges depend on the geometrical and material parameters of the beam model, as well as the am- plitude of the periodic excitation. / Tesis

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-02-15T21:13:19Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_ClariceBorgesMatos_Final.pdf: 1092538 bytes, checksum: 6e9b49e419581ab13fecef327e1700c8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-15T21:13:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_ClariceBorgesMatos_Final.pdf: 1092538 bytes, checksum: 6e9b49e419581ab13fecef327e1700c8 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-06-06 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Understanding of landscape dynamics is necessary to support decisions about reserve design that need to take into account compromises about where and how to mitigate negative impacts when disturbance is inevitable. Patch size and connectivity/isolation effects on organisms have been extensively investigated and are usually strong, but the effects may be positive or negative, which leads to misleading conclusions. The patch-connectivity perspective is a result of the binary landscape concept of habitat and non-habitat, originated in Island Biogeography and Metapopulation Theories, so the matrix variation is not considered in many studies. The matrix may influence patch quality and connectivity, and recent studies have shown that the types of matrix may have different effects on different species. We tested the effects of patch size, connectivity and matrix on non-volant small mammals in a semi-natural mosaic in eastern Amazonia (Alter do Chão village, Pará state), a region threatened with increasing cattle and soybean activities pressure. We sampled 16 standard plots in 14 forest patches and 2 continuous forest. To capture small mammals, we used 30 Sherman® and 30 Tomahawk® baited live traps and 8 pitfall traps made of 60L plastic buckets per plot, during 4 nights, in 3 field expeditions. Using GIS tools, we calculated the patch size, local connectivity with the Proximity Index, and proportions around sampled patches of the two main types of matrix present in the landscape: regrowth forest and amazonian savananna. We used onedimensional NMDS and multiple regression to test the relationships among response and predictor variables. We captured 178 individuals from 16 species and the NMDS ordination showed a general pattern of species turnover that was significantly related to the type of matrix. The local connectivity showed evidence to be related to species composition and patch size showed no significant relation. The greater the patch local connectivity, the more similar their assemblages were to those located in regrowth-forest matrix, and these assemblages were also more similar to those in the continuous-forest plots, which suggests regrowth-forest matrix is enhancing local connectivity to its patches. There were a segregation of species along the gradient from patches immersed in savanna matrix to those in regrowth-forest matrix. Most species associated with the regrowth-forest matrix were rodents, which are mostly relatively large and mainly frugivorous, while most species associated with the savanna matrix were smaller, mostly insectivorous, marsupials. As different types of matrix selected for different kinds of small-mammal assemblages, the matrix enhances small-mammal diversity in the landscape studied and this should be taken into consideration in management of the Alter do Chão Environmental Protection Area. Most small-mammal species can probably be maintained in forest fragments as long as these are surrounded by the appropriate matrix. i / Entender a dinâmica de paisagens é necessário para embasar decisões sobre o desenho de reservas, especialmente quando é preciso conciliar sobre onde e como mitigar impactos negativos quando o distúrbio é inevitável. Os efeitos do tamanho e da conectividade/isolamento de manchas sobre os organismos têm sido extensivamente estudados. Estes efeitos são fortes em geral, mas podem ser positivos ou negativos, o que leva a conclusões confusas e potencialmente enganosas. A perspectiva tamanho-conectividade é um resultado do conceito de paisagem binário de habitat e não-habitat, originado nas Teorias de Biogeografia de Ilhas e de Metapopulações, que não considera a variação na matriz. A matriz pode influenciar na qualidade e na conectividade da mancha e estudos recentes têm demonstrado que os tipos de matriz têm efeitos diferentes sobre distintas espécies. Nós testamos os efeitos de tamanho da mancha, conectividade e matriz sobre pequenos mamíferos não voadores em um mosaico semi-natural no leste da Amazônia (Alter do Chão, Pará), uma região ameaçada com a crescente pressão das atividades de pecuária e plantação de soja. Amostramos 16 parcelas padronizadas, 14 em manchas de floresta e duas em floresta contínua. Para capturar os pequenos mamíferos, utilizamos armadilhas com isca, 30 Sherman® e 30 Tomahawk®, e uma linha de armadilha de interceptação de queda com oito baldes de plástico de 60L em cada parcela, durante quatro noites, em três expedições de campo. Com ferramentas de SIG, calculamos o tamanho das manchas, a conectividade local a partir do Índice de Proximidade, e as proporções em volta de cada mancha amostrada dos dois principais tipos de matriz na paisagem: floresta em regeneração e savana amazônica. Usamos o NMDS de uma dimensão e regressão múltipla para testar as relações entre variáveis resposta e preditoras. Capturamos 178 indivíduos de 16 espécies e a ordenação com o NMDS mostrou um padrão geral de substituição de espécies, o qual foi significativamente relacionado com o tipo de matriz. A conectividade local mostrou evidências de estar positivamente relacionada com a composição de espécies, e o tamanho da mancha não teve relação significativa. Quanto maior a conectividade local das manchas, mais parecidas eram suas assembleias às das manchas situadas em matriz de floresta em regeneração, e estas assembleias eram também as mais parecidas àquelas encontradas nas parcelas de floresta contínua, o que sugere que a matriz florestal está aumentando a conectividade local de suas manchas. Houve uma segregação de espécies ao longo do gradiente de matriz. A maioria das espécies associadas à matriz de floresta em regeneração foram em geral roedores, relativamente grandes e principalmente frugívoros, ao passo que a maioria das espécies associadas à matriz de savana eram marsupiais, menores, principalmente insetívoros. Como os distintos tipos de matriz selecionam diferentes assembleias de pequenos mamíferos, a matriz aumenta a diversidade de pequenos mamíferos na paisagem estudada e isto deve ser levado em consideração no manejo da Área de Preservação Ambiental de Alter do Chão. A maior parte das espécies de pequenos mamíferos provavelmente pode ser mantida em manchas de floresta, desde que estas estejam rodeadas pela matriz apropriada. vii

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-06-19T13:16:55Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_G.C.Alvarenga_Final.pdf: 1663633 bytes, checksum: abd84b5eca7ca01b09d0805f4e56ee22 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-19T13:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_G.C.Alvarenga_Final.pdf: 1663633 bytes, checksum: abd84b5eca7ca01b09d0805f4e56ee22 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-05-16 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Studies that try to understand how mammals use the space are extremely important to improve conservation decisions. Despite the high knowledge of mammals in the Amazon forest, little is known about this group in the varzea forests. These forests are located in the lowland inundated regions of the Amazon basin, and are seasonally inundated by white-water rivers. Varzea forests were, and still are, intensively used by humans, because of the easy access and the high fertility of it soils. Beyond that, climatic changes and the actual Brazilian politics, which encourages constructions of hydroelectric plants, are direct threats to the varzea and the animals that live there. The goal of this study is understand how variations on the vegetation influence the distribution of medium and large-sized mammals in the varzea forest. For this, we executed two consecutive years of camera traps surveys during dry season in Sustainable Development Reserves Amanã and Mamirauá, Central Amazonia. Specifically, we compared the community composition of mammals between an upland forest (Amanã) and a varzea forest (Mamirauá), and we tested the response of mammal’s species to the vegetation variation in the varzea forest. The sampling grid in each reserve consisted of up to 50 baited camera trap stations and an overall sampling effort of 4075 camera trap*days. We used a pre-exist landscape mapping of Mamirauá Reserve and from it we calculated the area (km2) of the habitats inside two different scales (500 m and 1000 m) around each camera trap station. The comparison between the mammal species of upland and varzea was made with an ordination by NMDS of two dimensions and after that a Similarity Analysis (ANOSIM), both using Bray-Curtis indice. To test the influence of the varzea vegetation’s in the mammal distribution we used Generalized Linear Models (GLM) and, for the species with too many zeros, Zero- Inflated Models (ZIP/ZINB) or Hurdle Models (ZAP/ZANB). During the study, we recorded 21 medium and large-sized mammal species of 3443 records. Among this species, seven are classified as ‘vulnerable’ globally or in Brazil. As expected the community composition of mammals were different between upland and varzea forest. At the varzea we recorded only six species, while upland recorded 20 species. The mammal’s community of várzea forest presented a hierarchical subgroup pattern of the upland community, and all the species registered in the várzea have semi-arboreal habits. Tree species recorded in varzea forest were more represented there than in upland forest, which could be related with biggest populations at this region. The varzea vegetation’s were related with almost all species distributions, the exception was Leopardus wiedii. The total number of records and the composition of species were influenced by the habitat chavascal, such there were fewer records with chavascal area increase. At the same way, Didelphis marsupialis e Nasua nasua avoided areas of chavascal. N. nasua avoided too the open fields of herbaceous vegetation. The specie Coendou prehensilis was positively influenced by constant water habitats and high varzea forest, while Panthera onca avoided high varzea forest. / Entender o uso do espaço por mamíferos é extremamente importante para tomada de decisões eficazes para conservação. Na Amazônia, apesar deste grupo ser intensamente estudado, pouco se sabe sobre sua relação com as florestas de várzea. As florestas de várzea estão restritas às planícies inundáveis nas calhas dos grandes rios de água branca. Essas florestas foram, e ainda são, intensamente utilizadas pelo homem, devido ao fácil acesso e aos solos férteis. Além disso, as mudanças climáticas e as políticas de incentivo à produção energética via barragens hidrelétricas são ameaças diretas às florestas inundáveis e à fauna associada. Com intuito de melhor entender a distribuição das espécies de mamíferos de médio e grande portes na várzea, executamos dois anos consecutivos de amostragem durante a estação seca nas RDS’s Amanã e Mamirauá, Amazônia Central. Comparamos a comunidade das espécies de mamíferos entre terra firme (RDSA) e várzea (RDSM), e testamos a influência das fitofisionomias da várzea na distribuição das espécies de mamíferos lá registradas. A grade de amostragem em cada RDS consistiu de 50 estações com um par de armadilhas fotográficas iscadas. O esforço de campo total foi de 4075 armadilhas fotográficas*dia. A partir do mapeamento espacial pré-existente da RDSM nós determinamos duas escalas de buffer com raio de 500 m e 1000 m ao redor das estações fotográficas e mensuramos a área ocupada (km2) por cada classe de habitat. Para comparação entre as comunidades de mamíferos da terra firme e da várzea usamos uma ordenação por NMDS de duas dimensões e em seguida uma Análise de Similaridade (ANOSIM), ambos baseados no índice de similaridade de Bray- Curtis. Para testar a influência das fitofisionomias da várzea na distribuição dos mamíferos usamos Modelos Lineares Generalizados (GLM) e, para espécies com excesso de zeros, modelos de Zeros-Inflados (ZIP/ZINB) e modelos de Obstáculo (ZAP/ZANB). Nós registramos 21 espécies de mamíferos de médio e grande portes de um total de 3443 registros. Dentre as espécies registradas, sete são classificadas como ‘vulneráveis’ globalmente ou em listas do Brasil. Como esperado as comunidades de mamíferos foram dissimilares entre várzea e terra firme. Na várzea foram registradas apenas seis espécies, enquanto na terra firme foram 20 espécies. A comunidade de mamíferos da floresta de várzea apresentou um padrão de subgrupo hierárquico da comunidade da terra firme, sendo que todas as espécies registradas na várzea possuem hábitos semi-arborícolas. Das cinco espécies compartilhas entre os dois ambientes, três espécies foram registradas com maior frequência na várzea, o que pode estar relacionado com maiores populações nesses ambientes. As fitofisionomias da várzea influenciaram a distribuição de todos os mamíferos testados, com exceção de Leopardus wiedii. O número total de registros e a composição das espécies foram influenciados pelo chavascal, sendo que houveram menos registros com aumento da área de chavascal. Do mesmo modo, Didelphis marsupialis e Nasua nasua também evitaram o chavascal. N. nasua também foi menos registrada nos campos abertos de vegetação herbácea. A espécie Coendou prehensilis teve relação positiva com os habitats água constante e várzea alta, enquanto Panthera onca evitou a várzea alta. Este é o primeiro estudo de comunidade de mamíferos com foco em ambientes de várzea, portanto novos estudos são necessários para se entender os padrões em outras regiões de várzea, o que auxiliará diretamente no direcionamento de ações conservacionistas.

Made available in DSpace on 2018-08-01T23:27:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11228_88 - Fabiana de Mendonça Cruz.pdf: 2420629 bytes, checksum: 4762211132af0443f0da329a076e727d (MD5) Previous issue date: 2017-08-08 / Queixadas (Tayassu pecari Link, 1975) e catetos (Pecari tajacu Linnaeus, 1758) são as duas espécies de porcos nativos com ocorrência natural no Brasil. Diversas áreas onde os porcos se distribuem foram severamente alteradas pelo desmatamento, desenvolvimento agrícola e urbanização, como é o caso da Mata Atlântica (MA). Para determinar possíveis locais de extinção dos porcos nesse bioma, é necessário conhecer os registros que compõem a sua distribuição histórica pois sabe-se que diferentes regiões estão suscetíveis a diferentes intensidades e tipos de impactos, o que pode influenciar a maneira como as espécies responderão a eles espacialmente. Assim, o presente estudo teve como propósitos (1) descrever a ocorrência histórica, (2) determinar o padrão de ocupação atual de queixadas e catetos e (3) estimar a probabilidade de extinção local de ambas as espécies ao longo do bioma, analisando a influência das seguintes variáveis: tamanho de áreas protegidas, tamanho de fragmentos florestais, densidade populacional humana atual, presença do javali (Sus scrofa) e tempo entre o último registro histórico e o registro atual. Registros de detecção históricos e a ausência de registros (não-detecção) históricos e recentes dos porcos-do-mato foram levantados e integrados em modelos de ocupação, que indicaram as áreas mais prováveis de ocupação e extinção na MA. Ao todo, 469 registros de catetos foram utilizados e resultaram em uma estimativa de probabilidade de extinção de 4% na MA, influenciada positivamente pela densidade populacional humana e negativamente pelas áreas protegidas. Já para o queixada, 448 registros foi utilizados, resultando em uma estimativa de probabilidade de extinção de 46% na MA, positivamente influenciada pelo tempo decorrido entre o registro histórico e o atual e negativamente pelo tamanho das áreas protegidas. Conclui-se, portanto, que os queixadas estão consideravelmente mais ameaçados que os catetos e que as áreas protegidas possuem grande importância na manutenção das populações dessas espécies. A extinção do queixada na MA pode ocasionar preocupantes consequências ao longo da cadeia trófica, dado seu papel como arquiteto ecológico e engenheiro de ecossistemas.

Los Xenarthra son uno de los grupos de mamíferos más peculiares y característicos de la Región Neotropical y han sido considerados representantes del stock inicial de mamíferos sudamericanos. Su evolución estuvo ligada a la historia geológica y paleoclimática de Sudamérica y aún existen muchos interrogantes en torno al origen y centros de dispersión de los linajes basales o ancestrales y su evolución Se analizaron secuencias parciales de la Región Control de ADN mitocondrial principalmente a través de un Análisis de Clados Anidados. Se utilizaron 76 peludos colectados en 20 localidades a lo largo de Argentina y un hincapié especial fue puesto en las colectas de muestras en Tierra del Fuego para determinar la relación de la población allí introducida con las continentales. Por otro lado, se utilizaron secuencias de 30 pichis llorones provenientes de 6 puntos del país y, en este caso, un mayor esfuerzo fue puesto en el muestreo del reducto costero disyunto de la Bahía Samborombón. Se persiguió inferir si las poblaciones muestran señales de estructuración genética y si existieron procesos históricos o recurrentes que pudieran explicar dicha estructuración para cotejarlos con la información acerca de la evolución climática cuaternaria y explicar la distribución actual de las secuencias de ADNmt. Además, hallar las áreas de distribución ancestral mas probables de las especies y que relación guardan éstas con el registro fósil, los patrones de expansión de las especies a lo largo de su distribución y posibles causas de la distribución disyunta de Chaetophractus vellerosus para cotejarlas con hipótesis previas.

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Made available in DSpace on 2012-09-06T01:12:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 977.pdf: 4955317 bytes, checksum: 4e92edc20c1d2780fb97ce7aab110d25 (MD5) Previous issue date: 2007 / Este trabalho teve como objetivo contribuir para o conhecimento da fauna de helmintos intestinais dos mamíferos silvestres e domésticos que coabitam o Parque Nacional Serra da Capivara, no semi-árido do Piauí, e seu entorno. Este diagnóstico permite avaliar a possibilidade de emergência de patógenos nocivos ao homem e aos animais domésticos, que a cada dia estão mais próximos de ambientes naturais pela expansão das fronteiras agrícolas. (...) Estes dados contribuem para o conhecimento de formas imaturas de helmintos intestinais principalmente com a apresentação de fotos e amplitude de medidas dos ovos, média e desvio padrão de todas as medidas encontradas, documentado na forma de um apêndice.

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