A rubelose é uma doença que atinge galhos e ramos, e é causada pelo fungo Erythricium salmonicolor, o qual infecta várias espécies vegetais, tais como citros, seringueira, e macieira. Esta doença vem chamando a atenção dos citricultores devido à redução de até 10% da produção de citros, a qual é preocupante para o Brasil, o maior produtor de laranja do mundo. Entretanto, a diversidade do fungo E. salmonicolor em cultivares brasileiras ainda não foi avaliada. Desta maneira, este trabalho teve como objetivos: i) avaliar a variabilidade genética, por meio de RAPD, de isolados do fungo E. salmonicolor provenientes de diferentes regiões citrícolas de São Paulo e Minas Gerais, ii) avaliar a compatibilidade vegetativa e fusão de hifas deste fungo e iii) selecionar bactérias endofíticas com potencial para o controle deste fungo fitopatogênico. Após a análise por RAPD, foram observados 6 grupos distintos (A, B, C, D, E, F), os quais não apresentaram correlação com o local de origem e espécie hospedeira. No teste de compatibilidade vegetativa houve encontro de hifas em todos os cruzamentos e 84% destes apresentaram fusão entre as hifas. Foi verificada compatibilidade entre linhagens, embora não tenha sido observada correlação com os haplótipos. No teste de antagonismo, 8 isolados bacterianos inibiram E. salmonicolor. Entretanto, foi observada diferença na interação entre as bactérias e diferentes isolados de E. salmonicolor, visto que bactérias diferentes inibiram os dois genótipos do fungo, revelando a variabilidade genética entre estas linhagens que pertencem a diferentes haplótipos. Os resultados observados neste trabalho indicam a importância de futuros estudos sobre a fase sexual de E. salmonicolor, uma vez que a anastomose de hifas precede a formação de heterocário, responsável pelos processos de recombinações sexuais e parassexuais, que geram variabilidade genética em fungos filamentosos. / The fungus Erythricium salmonicolor is the causal agent of pink disease, which infects branches of many host plants, such as citrus, rubber, and apple. This disease may be a serious problem in Brazil, since it can reduce the citrus production up to 10%. Brazil is the major world citrus producer, therefore this problem is alarming. The genetic diversity of E. salmonicolor from Brazilian plants has not been evaluated, so the aims of this study were i) to evaluate the genetic diversity by RAPD of E. salmonicolor isolates from São Paulo and Minas Gerais; ii) to evaluate the vegetative compatibility and hyphal fusion of this fungus; and iii) to select endophytic bacteria able to inhibit the E. salmonicolor growth. RAPD analysis showed at least 6 distinct haplotypes (A, B, C, D, E, F), which did not have correlation with the isolation site and host plant. Also, vegetative compatibility tests showed that 84% of crosses resulted in hyphal fusion, but this compatibility was not related to the RAPD haplotypes. Eight endophytic bacteria were selected against E. salmonicolor, which could be used for biological control of this pathogen. However it was observed different types of interaction among endophytic bacteria and E. salmonicolor strains, since these bacteria inihibited differentially two fungi isolates. It reveals the genetic variability between these fungi isolates that belongs to different haplotypes These results show the importance of future studies concerning the sexual phase of E. salmonicolor, since the genetic variability seems to be high and this hyphal fusion, which precede the formation of heterokaryon (sexual and parassexual reproduction), could be responsible for the variability in this filamentous fungus.

Os caracteres quantitativos normalmente têm elevada importância agronômica e econômica, sendo geralmente os mais importantes nos programas de melhoramento das mais diversas espécies, como é o caso do milho (Zea mays L.). Dentre os vários caracteres considerados, destaca-se a produção de grãos e seus componentes. Dessa forma, o objeto de estudo do presente trabalho foi mapear QTL´s relacionados à vários caracteres de importância agronômica, estimar seus efeitos genéticos e entender as causas da correlação genética (pleiotropia ou ligação), em uma população de milho tropical. Para tanto, foi utilizada uma população com 400 progênies F2:3, foram avaliadas em quatro delineamento látice 10 x 10 em cinco ambientes. Os métodos de mapeamento utilizados foram o Mapeamento por Intervalo Composto (CIM), de forma univariada e multivariada considerando múltiplos caracteres (mCIM). O mapa de ligação previamente construído possui 117 locos marcadores microssatélites, com distância média de 14 cM entre eles em média. Os caracteres avaliados foram: produção de grãos (PG), peso da espiga (PE), prolificidade (PROL), número de espigas (NE), número de ramificações do pendão (NRP), rendimento (REND); altura de planta (AP), altura da espiga (AE), comprimento da espiga (CE), diâmetro da espiga (DE), número de fileiras da espiga (NFI), número de grãos por fileira (NGFI), número de folhas acima da primeira espiga (NFO), posição relativa da espiga (PR), porcentagem de acamamento de plantas (ACP) e porcentagem de quebramento do colmo (QUE). Em geral poucos QTL´s foram mapeados devida à alta interação G x A, e esses resultados foram consistentes com os apresentados na literatura. Usando o mCIM, foi possível separar QTL´s ligados de QTL´s com efeito pleiotrópico, permitindo melhor entendimento das causas genéticas da correlação. De forma geral, caracteres mais correlacionados como PG e AP tiveram predomínio de QTL´s pleiotrópicos, enquanto que caracteres menos correlacionados (como por exemplo, CE e NGFI) tiveram QTL´s segregando de forma independente ou com ligação entre si, ou seja, com baixa presença de efeitos pleiotrópicos. Caracteres correlacionados negativamente com os demais em geral apresentaram efeitos aditivos com sinais opostos aos dos demais caracteres. Dessa forma, foi possível identificar regiões que podem ser manipuladas para realizar seleção assistida de forma mais eficiente. De forma geral, foi difícil localizar QTL´s de grande efeito, principalmente com uso do mCIM, dada a presença de elevada interação entre genótipos e ambientes, que fez que que apenas os QTL´s mais estáveis fossem mapeados. / Quantitative traits normally are the most important ones in plant breeding programs for several species, such as maize (Zea mays L.). Several traits are commonly evaluated and grain yield and its components are normally the major focus of selection. The objective of this study was to map QTL related to the several traits of agronomic importance, estimating their genetic effects and genomic locations, aiming to understand the genetic causes of correlation (pleiotropy or linkage) in tropical maize population. A population with 400 F 2:3 inbred lines was used and the progenies were evaluated in five different environments in Piracicaba, São Paulo, Brazil. QTL were mapped using Composite Interval Mapping (CIM) for several traits in a univariate way, and also using an extension of CIM allowing QTL mapping for several traits simultaneously (multivariate CIM, or mCIM). The genetic map was previously estimated and had 117 microsatelite loci, with average distance of 14 cM between them. The traits considered were: grain yield (GY), ear weight (EW), prolificacy (PROL), ear number (EN), tassel branch number (TBN), plant height (PH), ear height (EH), ear length (EL), ear diameter (ED), kernel row number (KRN), kernels per row (KR), leaf number (LN), ear position (EP) and stalk lodging (SL). In general, few stable QTL were mapped due to high G x E interaction, and the results were consistent with previous ones reported on the literature. Using mCIM, it was possible to separate linked QTL from QTL with pleiotropic effects, allowing a better understand of the genetic causes of the correlation. In general, traits with higher correlation such as GY and PH tend to have more pleiotropic QTL than low correlated traits, such as EL and KR, which have some linked QTL. Negative correlated traits in general had QTL with additive effects with opposite signs. Based on the results, it was possible to identify regions that can be manipulated to do marker assisted selection in a more efficient way, combining QTL alleles in order to build favorable genotypes.

O mapeamento de QTLs em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é de grande importância para entendimento da arquitetura genética de caracteres quantitativos e aperfeiçoamento dos programas de melhoramento. Entretanto uma situação comum é a ocorrência de genótipos de marcadores não observados, ocasionando viés na estimativa e localização de possíveis QTLs. Portanto, métodos que consideram a informação de genótipos não observados devem ser utilizados. O presente trabalho teve como objetivo detectar QTLs em uma população de irmão completos de cana-de-açúcar utilizando o método de mapeamento por intervalo com a implementação da abordagem da imputação múltipla. A população de mapeamento foi composta por 220 indivíduos oriundos do cruzamento entre os genitores IACSP95-3018 e IACSP93-3046. Os caracteres avaliados foram : percentual de fibra (Fibra), conteúdo de sacarose (POL), produção de cana por parcela (PC) e produção de açúcar por parcela (PP). Foram utilizadas dez imputações para gerar pseudomarcadores a cada 1cM no mapa de ligação que totalizou 4370 cM. Observou-se que ao total, 57 QTLs foram mapeados nos 113 grupos de ligação avaliados, sendo 14 QTLs para o caráter Fibra, 19 para POL, 12 para PC e 12 para PP. O valor de LOD Score e R2 variaram entre 3,82-7,52 e 6,49%-16,61%, respectivamente. Foi observado que em geral, os efeitos aditivos e de dominância foram significativos, predominando os efeitos aditivos. Além de reduzir o viés ocasionado pelos genótipos não observados, a abordagem da imputação múltipla aumentou o poder de detecção de QTLs, mapeando QTLs com sucesso. Assim, acredita-se que os resultados do presente trabalho, contribuiram para futuros estudos que objetivem a melhor compreensão da arquitetura genética dos caracteres quantitativos da cana-de-açúcar. / QTL mapping in sugarcane (Saccharum spp.) is important to understand the genetic architecture of quantitative traits that are important in breeding programs. However, the ocurrence of missing marker phenotypes is common and decrease the power to detect QTL and causes bias in estimates of locations and effects of QTL. Therefore, methods that include missing marker phenotypes should be considered. Our work was aimed at detecting QTL in a full-sib family of sugarcane via interval mapping method using the multiple imputation approach. The mapping population was composed of 220 individuals derived from a biparental cross between IAC95-3018 and IACSP93-3046. The evaluated traits related to yield were: fiber content (Fiber), sugar content (POL), cane yield in kg.plot1 (PC), sugar yield in kg.plot1 (PP). Ten imputation data sets were build using a 1-cM grid to infer pseudomarker genotype along the genetic linkage map. The QTL mapping on the data with imputed pseudomarker genotypes detected 57 QTLs; 14 QTL were obtained for Fiber; 19 for POL; 12 for cane yield and 12 for sugar yied. The LOD Score value and the R2 proportional to the average weight of all pseudomarker realizations at each grid position ranged from 3.82-7.52 and 6.49%- 16.61%, respectively. In general, it was observed that additive and dominance effects were significant, with predominance of additive effects. The application of multiple imputation approach was successful in reducing the bias and increasing the power of QTL detection. Thus, it is believed that the results of this work contribute to future studies to understand the genetic architecture of quantitative traits in sugarcane

A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é uma cultura muito importante para a produção de açúcar e álcool no Brasil. Um importante avanço a respeito do seu genoma tem surgido com o emprego de marcadores moleculares, os quais têm sido extensamente utilizados para diversas finalidades, como o mapeamento de QTLs a partir de cruzamentos bi-parentais. Entretanto, o uso de populações oriundas de cruzamentos controlados tende a limitar os eventos de recombinação genética, gerando menor resolução de mapeamento. Nesse sentido, o mapeamento associativo surge como ferramenta promissora no estudo de QTLs, uma vez que podem ser utilizadas populações naturais, coleções de germoplasmas, conjunto de materiais elite, entre outros, possibilitando detectar eventos de recombinação em um contexto histórico-evolutivo. Para definir as melhores estratégias de mapeamento associativo, é fundamental conhecer o desequilíbrio de ligação (DL) e a estrutura genética presentes em determinada população, de modo a verificar o número de marcadores necessários e promover o controle de falsos positivos. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar o DL e a estrutura populacional ao longo do genoma de variedades comerciais e clones de interesse para o melhoramento da cana-de-açúcar no Brasil, com base em 135 indivíduos do painel brasileiro de variedades de cana-de-açúcar (PBVCA). Esse painel, que foi desenvolvido principalmente para a realização do mapeamento associativo, reúne ancestrais importantes, variedades mais cultivadas, clones promissores, principais genitores em cruzamentos e variedades utilizadas em programas de mapeamento. Um total de 1.474 marcadores polimórficos foi obtido, considerando 86 EST-SSRs e 14 SSRs. Um mapa de ligação prévio foi utilizado para verificar as distâncias entre marcadores mapeados do PBVCA. O teste exato de Fisher foi realizado entre todos os possíveis pares de locos e usado como uma medida do DL. A estrutura populacional foi analisada através do método probabilístico implementado no STRUCTURE e do método Neighbor-Joining, este baseado na dissimilaridade genética, calculada pelo simple matching, entre todos os pares de indivíduos. Forte DL foi observado em uma distância de até 15 cM, principalmente nos primeiros 5 cM. Quatro subpopulações foram detectadas no PBVCA através de ambos os métodos, que parecem estar de acordo com informações oriundas de pedigree. Esses resultados podem fornecer direcionamentos importantes para futuros estudos de mapeamento genético, os quais certamente precisarão considerar o elevado nível de ploidia da cana-de-açúcar. / Sugarcane (Saccharum spp.) is a very important crop for sugar and alcohol production in Brazil. A great progress on its genome has emerged through molecular markers, which have been widely used for several purposes, such as QTL mapping based on bi-parental crosses. However, the use of populations derived from designed crosses tend to limit the genetic recombination events, resulting in a lower mapping resolution. In this sense, association mapping has emerged as a promising tool for QTL detection, since may be used natural populations, germplasm collections, elite set of materials, and others, allowing to detect recombination events in a historical and evolutionary context. To define the best strategies of association mapping, it is fundamental to account linkage disequilibrium (LD) and genetic structure existing in a certain population, so to verify the number of molecular markers and to promote the control of false positives. Here we measured LD and population structure across the genome of commercial varieties and clones of interest for sugarcane improvement in Brazil, based on 135 individuals from the Brazilian collection of sugarcane varieties (BCSV). This collection, which was mainly developed for association mapping, brings together important ancestral species, most planted varieties, promising clones, most used varieties as progenitors and varieties from the genetic mapping programs. A total of 1,474 polymorphic markers was scored, considering 86 EST-SSRs and 14 SSRs primers. A previous genetic map was used to verify distances between mapped BCSV markers. Fisher exact test was performed for all pairs of markers and used as a LD measure. Population structure was assessed by the probabilistic model implemented in STRUCTURE and the Neighbor-Joining method, based on simple matching dissimilarity between all pairs of individuals. Strong LD was observed up to 15 cM, mainly within the first 5 cM. Four subpopulations were detected in the BCSV with both methods, which is in agreement with pedigree informations. These results can provide important directions for future studies of genetic mapping, which would certainly need to consider high ploidy level of sugarcane.

A mancha foliar de Phaeosphaeria em milho (Zea mays L.) tornou-se uma preocupação no Brasil, nos últimos anos, por causa de sua ampla disseminação em áreas de cultivo. Estudos de herança da reação de genótipos de milho a essa doença foliar são necessários para dar suporte aos programas de melhoramento. Assim, o objetivo desta pesquisa foi mapear QTLs para estudar a herança e para identificar alelos favoráveis de reação à mancha foliar de Phaeosphaeria em uma população de milho tropical. Linhagens endogâmicas L 14- 04B e L 08-05F, altamente susceptível e altamente resistente à mancha foliar de Phaeosphaeria, respectivamente, foram utilizadas para gerar uma população F2. Duzentas e cinqüenta seis plantas F2 foram genotipadas com 143 marcadores microssatélites, e suas progênies F2:3 foram avaliadas em látices simples, 16 x 16, delineados em três estações experimentais, no ano agrícola de 2002/2003, e em quatro estações experimentais no ano agrícola de 2003/2004. A infecção artificial não foi usada, mas parcelas com o parental susceptível L-14-04B foram alocadas no início e no final de cada repetição, a cada dezesseis progênies, e como bordadura ao redor dos experimentos, para propiciar a disseminação dos esporos de P. maydis. Foram avaliadas dez plantas por parcela, aos 30 dias após o florescimento, por escala de notas de 1 (altamente resistente) a 9 (altamente susceptível). As médias de parcelas foram utilizadas para as análises de variância, e as médias dos ambientes foram usadas para mapear QTLs. A metodologia de mapeamento por múltiplos intervalos (MIM) foi utilizada para mapear QTLs. A análise de variância conjunta mostrou alta significância para as progênies e para a interação progênies x ambientes, mas a estimativa da variância genética foi significativamente maior que a estimativa da interação genética x ambientes, e o coeficiente de herdabilidade, no sentido amplo, foi alto (91,37%). Seis QTLs foram mapeados, um para cada dos seguintes cromossomos: 1 (Ph1), 3 (Ph3), 4 (Ph4), e 6 (Ph6); e dois para o cromossomo 8 (Ph8a e Ph8b). O grau médio de dominância foi de dominância parcial, mas a ação gênica dos QTLs variou de aditiva a dominância parcial, e a epistasia do tipo dominante x dominante foi também detectada entre os QTLs mapeados do cromossomo 8. A variância fenotípica, explicada pelos QTLs ( 2 R ), variou de 2,91% (Ph8b) a 11,86% (Ph8a), e os efeitos conjuntos dos QTLs explicaram 41,62% da variância fenotípica. Todos os alelos favoráveis para a reação à mancha de Phaeosphaeria; por exemplo, alelos de resistência, estavam na linhagem parental resistente L-08-05F. A correlação entre os valores de médias fenotípicas e os valores genotípicos preditos, baseados nos efeitos de QTLs das progênies, foi 70 , 0 = r ; a seleção, baseada em ambos os critérios (médias fenotípicas e valores preditos) para a intensidade de seleção de 10% (26 progênies) mostrou concordância de somente 46,15% (12 progênies). Todavia, os alelos favoráveis dos QTLs, mapeados da linhagem parental resistente L-08-05F, poderão ser transferidos para outras linhagens em programas de melhoramento via retrocruzamentos assistidos por marcadores moleculares, os quais poderão ser úteis para o melhoramento. / Phaeosphaeria leaf spot disease in maize (Zea mays L.) has becoming a concern in Brazil in the last years because of its increase spreading in maize growing areas. Inheritance studies of the reaction of maize genotypes to this foliar disease are necessary to support plant breeding programs. Thus, the objective of this research was to map QTLs to study the inheritance and to identify favorable alleles for reaction to the Phaeosphaeria leaf spot in a tropical maize population. Inbred lines L 14-04B and L 08-05F, highly susceptible and highly resistant to Phaeosphaeria leaf spot, respectively, were used to develop an F2 reference population. Two-hundred and fifty-six F2 plants were genotyped with 143 microsatellites markers, and their F2:3 progenies were evaluated in 16 x 16 simple lattice designs at three locations in the 2002/2003 growing season, and at four locations in the 2003/2004 growing season. Artificial infection was not used, but plots of the highly susceptible parental inbred L 14-04B were allocated at the beginning and at the end of each replication, at each set of sixteen progenies, and as a border all around the experiments, to provide the spread of P. maydis spores. Ten plants were evaluated per plot, 30 days after silk emergence, following a note scale; i.e., from 1 (highly resistant) to 9 (highly susceptible). The plot means were used for the analyses of variance, and the least squares means across environments were used to map QTLs. The multiple intervals mapping (MIM) was used for QTL mapping. The joint analysis of variance showed highly significance for progenies and for progenies by environment interaction, but the estimate of genetic variance was significantly greater than the estimate of the genetic by environment interaction, and the broad sense coefficient of heritability was high (91.37%). Six QTLs were mapped, one at each of the following chromosomes: 1 (Ph1), 3 (Ph3), 4 (Ph4), and 6 (Ph6); and two at chromosome 8 (Ph8a and Ph8b). The average level of dominance was partial dominance, but the gene action of the QTLs ranged from additive to partial dominance, and dominance x dominance epistasis was also detected between the QTLs mapped at chromosome 8. The phenotypic variance explained by the QTLs ( 2 R ) ranged from 2.91% (Ph8b) to 11.86% (Ph8a), and the joint QTLs effects explained 41.62% of the phenotypic variance. All the favorable alleles to reaction to Phaeosphaeria leaf spot; i.e., resistance alleles, were in the resistant parental line L- 08-05F. The correlation between mean phenotypic values and the predicted genotypic values based on QTLs effects of the progenies was 70 , 0 = r ; and the selection based under both criteria (phenotypic means and predicted values) at 10% selection intensity (26 progenies) showed an agreement of only 46.15% (12 progenies). Nonetheless, the favorable alleles of the QTLs mapped in the parental line L 08-05F could be transferred to other inbred lines by marker-assisted backcross breeding programs, which could make them useful for breeding purposes.

O presente trabalho teve como objetivo identificar polimorfismos em cinco genes candidatos (MyoD, Myf5, miogenina, MRF4 e miostatina) que atuam no desenvolvimento muscular de galinhas, e avaliar os efeitos de suas variantes alélicas sobre características quantitativas de crescimento e desenvolvimento muscular. Os genes MyoD e Myf5 são essenciais para a determinação da linhagem miogênica de células precursoras das fibras musculares na etapa inicial da miogênese, enquanto que a miogenina e MRF4 são requeridos na diferenciação final destas células. A miostatina por sua vez, atua como um potente regulador negativo do crescimento muscular esquelético durante a miogênese, persistindo por toda a fase adulta. Os produtos amplificados dos cinco genes foram clonados e seqüenciados a partir de pools de DNA dos parentais de duas linhagens divergentes desenvolvidas pela Embrapa - Suínos e Aves, uma de corte (TT) e outra de postura (CC). Os polimorfismos identificados foram validados e genotipados em uma população experimental F2, originada do cruzamento entre machos da linhagem TT e fêmeas da linhagem CC. Para avaliação dos efeitos dos polimorfismos sobre características quantitativas foram genotipados os genes da miostatina, miogenina e MyoD. Os polimorfismos dos genes da miostatina e MyoD não apresentaram efeito sobre nenhuma das características avaliadas. Dentre os sítios polimórficos detectados no gene da miogenina, um identificado como T455C apresentou associação estatisticamente significativa com as características: peso vivo ao 42 dias (P = 0,0263), ganho de peso do nascimento aos 42 dias de idade (P = 0,0291), ganho de peso dos 35 aos 42 dias de idade (P = 0,0368), peso da carcaça (P = 0,0245), peso das asas (P = 0,0099) e da carcaça residual (P = 0,0056), peso da gordura abdominal (P = 0,0320), do fígado (P = 0,0373) e do pulmão (P = 0,0262). Novas investigações poderão ser feitas no intuito de validar este polimorfismo como possível marcador genético para seleção de aves com maior capacidade de desenvolvimento muscular. Embora inúmeros polimorfismos tenham sido detectados nos genes Myf5 e MRF4, não foi possível estabelecer condições ideais para realização da genotipagem destes genes. / The aim of this work was to identify polymorphisms in five candidate genes (MyoD, Myf5, Myogenin, MRF4 and Myostatin) which act in chicken muscle development and evaluate the effects of its allelic variants on growth and muscle development quantitative traits. MyoD and Myf5 are essential for the determination of the myogenic lineage of muscle precursor cells in early stages of myogenesis, whereas myogenin and MRF4 are required for the final differentiation of these cells. Myostatin acts as a potent negative regulator of skeletal muscle growth during myogenesis and continues to be expressed in adult animals. PCR products of these five genes were cloned and sequenced from DNA pools of parental individuals from two distinct lineages developed by Embrapa - Suínos e Aves, a broiler sire line (TT) and a layer line (CC). The polymorphisms identified were validated and genotyped in a F2 experimental population originated from a crossing of TT line sires ands CC line dams. Polymorphisms of Myostatin, Myogenin and MyoD genes were genotyped to evaluate their effects on quantitative traits. The effects of Myostatin and MyoD polymorphisms were not significant on any traits. Among the polymorphic sites detected in the myogenin gene one, identifyed as T455C, was significantly associated with the following traits: body weight at 42 days of age (P = 0,0263), body weight gain between birth and 42 days of age (P = 0,0291), body weight gain between 35 and 42 days of age (P = 0,0368), carcass weight (P = 0,0245), weight of drums (P = 0,0099), residual carcass (P = 0,0056), abdominal fat (P = 0,0320), liver (P = 0,0373) and lungs (P = 0,0262). New investigations should be conducted to validate this polymorphism as a possible genetic marker for selection of chickens with increased muscle development potential. Although many polymorphisms were detected in Myf5 and MRF4 genes, it was not possible to establish ideal conditions for their genotyping.

Espécies autopoliploides são extremamente importantes na agricultura. No entanto, a estrutura complexa de seus genomas não é bem compreendida. Apesar de todos os avanços no mapeamento genético de autotetraploides, a grande maioria dos modelos utilizados para a construção de mapas em espécies autopoliploides com elevado nível de ploidia, tais como a canade- açúcar, são aproximações daqueles usados para organismos diplóides. Assim, este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de um novo modelo para construção de mapas genéticos em espécies autopoliploides com qualquer nível de ploidia e incluindo marcadores com todas as dosagens possíveis. Para tanto foi utilizada a tecnologia dos modelos de Markov ocultos. O modelo aqui apresentado pode ser aplicado a dados de marcadores dominantes e codominantes, com comportamento bialélico ou multialélico. O método baseia-se no cálculo das probabilidades condicionais que compõem a matriz de transição seguido da redução de sua dimensão usando uma abordagem computacional. O uso do método foi ilustrado em uma população de mapeamento de cana-de-açúcar proveniente do cruzamento entre duas variedades pré-comerciais (IACSP 95-3018 × IACSP 93-3046) e genotipadas com três tipos de marcadores: SNPs, microssatélites e AFLPs. Os resultados indicam que o novo método é muito eficiente na obtenção de mapas genéticos, mesmo em situações com níveis de ploidia altos e marcadores com altas doses, particularmente quando estes marcadores têm comportamento codominante. Também foi possível estimar a verossimilhança, as frações de recombinação e as fases de ligação usando a abordagem multiponto, a qual leva em consideração todos os marcadores do grupo de ligação analisado simultaneamente. O novo modelo aqui proposto representa um importante passo para realizar futuramente a localização de regiões genômicas associadas à variação das características quantitativas, no entendimento da arquitetura genética de tais características e na montagem de genomas de espécies autopoliploides. / Autopolyploid species are extremely important in agriculture. However, the complex structure of their genomes is not well understood. Despite all advances in genetic mapping of autotetraploids, the vast majority of the models used for autopolyploid species with high ploidy level, such as sugarcane, are approximations of those used in diploid organisms. Thus, the aim of this work was to develop a new model to build genetic linkage maps in autopolyploid species with any ploidy level, including markers with all possible dosages. For doing so, hiddenMarkov model technology was used. The new model presented herein can be applied to dominant and codominantmarkers data, with biallelic or multiallelic behavior. The method is based on the calculation of conditional probabilities that comprise the transition matrix followed by a reduction of its dimension using a computer-based approach. An application of the method was illustrated with a sugarcane mapping population derived from a cross between two pre-commercial varieties (IACSP 95-3018 × IACSP 93-3046), scored with three types of markers: SNPs, microssatellite and AFLPs. The results indicate that the new method is very efficient in obtaining genetic maps, even for high ploidy levels and for markers with high dosages, particularly when these markers have codominant behavior. It was also possible to estimate the likelihood, the recombination fractions and the linkage phases between allmarkers using themultipoint approach, which takes into account all markers of the linkage group simultaneously. The new model proposed in this work represents a major step towards the location of genomic regions associated with variation in quantitative traits and its genetic architecture, and assembling autopoliploid genome sequences.

A transcobalamina II (TCII) é a única proteína que leva a cobalamina (Cbl) para dentro das células. A TCII ligada a Cbl é denominada Holo-TC. Polimorfismos no gene TC2 podem alterar tanto a função como a concentração de Holo-TC. Os objetivos deste estudo foram avaliar se o parâmetro Holo-TC é um bom marcador de deficiência de Cbl; avaliar o efeito dos polimorfismos TC2 P259R, I23V e Q234R nos marcadores da deficiência da Cbl; verificar os fatores de predição para os valores de tHcy, SAM/SAH, MMA e Holo-TC nas gestantes e seus recém- nascidos. A Holo-TC não foi bom marcador para discriminar as gestantes com e sem deficiência de Cbl, diferente do encontrado no grupo de recém nascidos. Os genótipos matemos para os polimorfismos TC2 P259R e I23V não foram associados com as alterações nos valores matemos de tHcy, MMA e Holo-TC. Os neonatos portadores dos genótipos PR+RR apresentaram menores valores da razão SAM/SAH e maiores de MMA. Os neonatos com genótipos 23V+23VV apresentaram menores valores de SAM e maiores valores de tHcy. A combinação dos genótipos IV+VV/PR+RR no grupo de gestantes foi associada a menores valores de SAM. Já os neonatos com a mesma combinação de genótipos apresentaram menores valores de SAM e da razão SAM/SAH. O folato sérico foi o melhor fator de predição para a variação da tHcy materna, e a Cbl para os valores de Holo-TC, e finalmente a creatinina e a Cbl foram os fatores de predição para os valores de MMA. A Cbl e o folato foram os preditores para a tHcy neonatal quando foi utilizado apenas as variáveis independentes maternas no modelo de regressão linear múltipla. No entanto, quando as variáveis independentes foram as neonatais, Cbl, folato sérico e SAM/SAH neonatais foram as selecionadas para explicar os valores de tHcy neonatal. Para os modelos neonatais de MMA, a Cbl materna foi a única selecionada quando o modelo foi feito com variáveis independentes maternas. E noutro modelo da MMA neonatal, a Cbl e o genótipo PR + RR neonatal explicaram a variabilidade do MMA neonatal. Para a razão SAM/SAH neonatal, foram o folato sérico e o genótipo RR maternos as variáveis selecionadas quando só foram colocadas as variáveis independentes maternas no modelo. E finalmente, a tHcy e genótipos PR + RR foram as variáveis neonatais selecionadas no modelo de regressão linear múltipla para a razão SAM/SAH neonatal. Podemos concluir que os genótipos para os polimorfismos TC2 P259R e I23V não estão associados a variabilidade dos valores matemos dos metabólitos, no entanto, no recém nascido esta associação foi evidenciada. / Transcobalamin II (TCII) is the only protein that can take cobalamin (Cbl) into cells. When TCII is bound to the Cbl it is called Holo-TC. Polymorphisms inTC2 gene can alter both the function and the concentration of Holo-TC. The objective of this study was to evaluate whether the parameter Holo-TC is a good Cbl deficiency marker; to evaluate the effect of the polymorphisms TC2 P259R, I23V and Q234R in the Cbl deficiency markers; to verify the prediction factors for the values of tHcy, SAM/S~ MMA and Holo-TC in pregnant women and their neonates. Holo-TC has proved not be a good marker for discriminating pregnant women with Cbl deficiency from those without Cbl deficiency, unlike what was seen in the neonatal group. Maternal genotypes for polymorphisms TC2 P259R and I23 V were not related with the alterations ofmaternal values of tHcy, MMA and Holo-TC. The neonates presenting genotypes PR+RR showed lower SAM/SAH ratio values and higher MMA values. The neonates with genotypes 23V+23VV presented lower SAM values and higher tHcy values. The combination of genotypes IV+VV/PR+RR in the group of pregnant women was related with lower SAM values. On the other hand, the neonates presenting the same combination of genotypes presented lower SAM values and SAM/SAH ratio values. Se rum folate was the best predictor for the variation of the maternal tHcy, and Cbl for the Holo-TC values. The creatinine and the Cbl were the predictors for the values of MMA. Cbl and folate were the predictors for the neonatal tHcy when only the maternal independent variables were used in the multiple linear regression model. However, when the neonatal independent variables were used, Cbl, serum folate and SAM/SAH of neonates were selected to explain the neonatal tHcy values. For the neonatal models of MMA, only the maternal Cbl was selected for the model with maternal independent variables. In another neonatal MMA model, Cbl and neonatal PR + RR genotype explained the variability of the neonatal MMA. For the neonatal SAM/SAH ratio, serum folate and maternal RR genotype were the variables selected when only the maternal independent variables were used in the model. Finally, tHcy and genotypes PR + RR were the neonatal variables selected in the multiple linear regression model for the neonatal SAM/SAH ratio. We have concluded that the genotypes for the polymorphisms TC2 P25 9R and I23 V are not related to the variability of the maternal values of the metabolites; however, this relation is clear when evaluating the values observed in their newborn babies.

Muito pouco se conhece sobre os ácaros Eriophyoidea associados às palmeiras no Brasil e em outras partes do mundo. O ácaro do coqueiro, Aceria guerreronis Keifer (Prostigmata: Eriophyidae), representa uma das principais pragas desta cultura em diversas regiões produtoras. Informações sobre o espectro de hospedeiros, região de origem e fontes de recentes introduções deste ácaro são importantes para orientar a prospecção de agentes de controle biológico e a adoção de medidas quarentenárias. Levantamentos de ácaros Eriophyoidea em palmeiras podem fornecer novas informações sobre o espectro de hospedeiros de A. guerreronis. O conhecimento da acarofauna associada às palmeiras também pode fornecer subsídios ao reconhecimento futuro destes ácaros em cultivos comerciais de palmeiras. No presente estudo, realizou-se um levantamento de Eriophyoidea em 191 espécies de palmeiras (nativas e introduzidas) de algumas localidades da América. Foram coletadas 38 espécies de Eriophyoidea, mas A. guerreronis não foi encontrada em nenhuma das amostras analisadas, exceto no coqueiro, Cocos nucifera L.. Relatos de novos hospedeiros e novas localidades de ocorrência são apresentados. Dentre os 26 táxons identificados como novos, foram descritos três novos gêneros e 17 novas espécies. Com o objetivo de facilitar estudos futuros, foram reunidas informações, publicadas e novas (adquiridas durante o desenvolvimento deste projeto), sobre as espécies de Eriophyoidea associadas às palmeiras no mundo, e uma chave dicotômica para auxiliar na separação das mesmas foi elaborada. Visando a obtenção de informações sobre aspectos biogeográficos de A. guerreronis, foram realizadas análises filogeográficas, baseadas em seqüências de DNA ribossomal (ITS) e mitocondrial (16S e CO-I), e morfométricas, utilizando técnicas de morfometria multivariada tradicional [Análise dos Componentes Principais (ACP) e Análise de Variáveis Canônicas (AVC)] e morfometria geométrica [Análise de Deformações Relativas (ADR), utilizando a função Thin-plate splines], de 29 populações ao longo de sua área de ocorrência na América, África e Ásia. As análises filogenéticas foram realizadas utilizando-se probabilidade máxima, parcimônia máxima e inferência Bayesiana. ACPs e ADCs foram conduzidas para seis combinações de populações (Brasil; América; América & África; América & Ásia; África & Ásia e América, África & Ásia). ADR foram aplicadas às regiões do escudo dorsal, coxi-genital e ventral de A. guerreronis. As matrizes de peso das ADR aplicadas aos indivíduos de todas as populações foram analisadas através de AVC. Os resultados das análises filogeográficas e morfométricas foram concordantes e são consistentes com o possível histórico de disseminação e invasões de A. guerreronis e com a hipótese de que o coqueiro não seja seu hospedeiro original. Estes resultados sugerem que A. guerreronis apresenta origem americana, que a introdução na África ocorreu a partir de um número reduzido de indivíduos, e que possivelmente a introdução na Ásia se deu a partir de populações africanas ou tenha a mesma população fonte que estas. Visando a aquisição de espécimes de A. guerreronis para o estudo da variabilidade genética e morfológica de populações, foram inspecionadas amostras de frutos de coco de diversas localidades da América. Vários outros ácaros além de A. guerreronis foram também coletados e identificados. Os sintomas observados nos frutos infestados pelas diferentes espécies fitófagas foram descritos. / Little is known about the Eriophyoidea mites associated with palm trees in Brazil and other parts of the world. The coconut mite, Aceria guerreronis Keifer (Prostigmata: Eriophyidae), represents a major pest of this crop in several production areas. Information on host range, region of origin and sources of recent introductions of this mite are important aspects to guide prospections of biological control agents and adoption of quarantine measures. Surveys of Eriophyoidea mites on palm trees can provide new information on the host range of A. guerreronis. Knowledge on the mite fauna associated with palms can be useful in their future recognition in commercial palm crops. A survey of the Eriophyoidea on 191 palm species (native and introduced) was conducted in some localities of America in this study. Thirty-eight Eriophyoidea species were collected, but A. guerreronis was not found. Reports of new hosts and new localities of occurrence were presented. Of 26 taxa identified as new, three new genus and 17 new species were described. With the objective to facilitate future studies, published and new (acquired during development of this project) information on Eriophyoidea mites associated with palms was summarized and a dichotomous key to help in the separation of those mites was prepared. To obtain information on biogeographical aspects of A. guerreronis, phylogeographical analyses, based on ribosomal (ITS) and mitochondrial (16S e CO-I) DNA, and morphometrical analyses, using traditional multivariate morphometry [Principal Component Analysis (PCA) and Canonical Variables Analysis (CVA)] and geometric morphometry techniques [Relative Warp Analysis (RWA) through Thin-plate splines function] of 29 populations, along its occurrence area in America, Africa and Asia, were conducted. Phylogenetic analyses were conducted using maximum likelihood, maximum parsimony and Bayesian inferences. PCAs and CVAs were conducted with six combinations of populations (Brazil; America; America & Africa; America & Asia; Africa & Asia and America, Africa & Asia) were conducted. RWAs were applied to prodorsal shield, coxi-genital and ventral regions of A. guerreronis. Weight matrixes of RWA applied to specimens of all populations were analyzed through CVA. Results of phylogeographical and morphometric analyses were compatible and are consistent with the possible historic of dissemination and invasion of A guerreronis history and with the hypothesis that the coconut is not the original host of this mite. These results suggest that A. guerreronis has an American origin; that few individuals were introduced to Africa; that populations introduced to Asia probably originated in Africa or had the same source as the African populations. Aiming to acquire A. guerreronis specimens for the genetic and morphological variability studies, coconut fruits from several localities in America were inspected. Several other mites were also collected and identified. Symptoms observed on the fruits infested by different phytophagous species were described.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T17:32:23Z No. of bitstreams: 1 Clebia Maria Alves de Almeida.pdf: 885121 bytes, checksum: db5bd5e1c9af576492c6e88c329f0a80 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T17:32:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clebia Maria Alves de Almeida.pdf: 885121 bytes, checksum: db5bd5e1c9af576492c6e88c329f0a80 (MD5) Previous issue date: 2006-06-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Habitats fragmentation is the greatest cause of biodiversity erosion in tropical forests among the anthropic action. Due to the high degree of fragmentation and the isolation of the remaining Atlantic forest, many populations are being extinguished locally while others are suffering losses of its genetic variability. The Bromeliaceae family has a great variety of tropical ornamental species. Eleven species of the Aechmea genus occur in the State of Pernambuco, and although it is of great economic and ecological importance, there has been few studies on its genetic diversity. Aechmea fulgens is a native Atlantic forest species, which natural populations may be suffering losses on the genetic variability. Plants genetic diversity may be estimated in many ways. Modern techniques on molecular biology allow observing the polymorphism directly on the organism genic sequence. Molecular markers broaden the horizons on researches for the conservation of species and have been widely used to monitor the genetic variability. Among many molecular markers available, SSR and ISSR are relevant. With the of aim evaluating the degree of genic diversity on Aechmea fulgens populations, providing from three different fragments of Atlantic forest in Pernambuco, SSR and ISSR markers were used. Twelve pairs of microsatellites oligonucleotides developed for Tillandsia, Guzmania and Pictairnia bromeliad genera were tested. From these, only five pairs had polymorphism, showing transference of these primers to the Aechmea gender. Twenty ISSR oligonucleotides were used to amplify Aechmea fulgens sample, from which eight primers that had the most consistent polymorphism. The analysis on variance results revealed greater differences inside populations than among them. The results suggest that both markers may be used for genetic variability evaluation, contributing for the success of future studies and species conservation programs. / A fragmentação de habitats é a maior causa da erosão da biodiversidade nas florestas tropicais junto com a ação antrópica. Devido ao alto grau de fragmentação e ao isolamento dos remanescentes atuais da floresta atlântica, várias populações estão se extinguindo localmente e outras sofrendo perda de sua variabilidade genética. A família Bromeliaceae inclui uma grande variedade de espécies ornamentais tropicais. O gênero Aechmea tem significativa representatividade no Estado de Pernambuco, onde ocorrem onze espécies e, apesar de sua grande importância ecológica e econômica, existem poucos estudos sobre sua diversidade genética. Aechmea fulgens é uma especie nativa da Mata Atlântica, cujas populações naturais podem estar sofrendo perda de sua variabilidade genética. A diversidade genética em plantas pode ser estimada de várias maneiras. As modernas técnicas de biologia molecular permitem a observação de polimorfismo diretamente na seqüência gênica de organismos. Os marcadores moleculares abriram novas perspectivas para pesquisas em conservação de espécies e têm sido amplamente utilizados no monitoramento da variabilidade genética. Dentre os diversos marcadores moleculares disponíveis atualmente, destacam-se as seqüências simples repetidas (SSR) e repetições entre seqüências simples (ISSR). Com o objetivo de avaliar o nível de diversidade genética de populações de Aechmea fulgens (Brongn.) provenientes de três fragmentos distintos da mata atlântica de Pernambuco, foram utilizados marcadores SSR e ISSR. Um total de 12 pares de oligonucleotídeos de microssatélites, desenvolvidos para bromeliáceas dos gêneros Tillandsia, Guzmania e Pitcairnia foram testados. Desse total apenas cinco pares apresentaram polimorfismo demonstrando a transferência desses primers para o gênero Aechmea. Adicionalmente, 20 oligonucleotídeos ISSR foram utilizados para amplificar as amostras de A. fulgens, tendo sido selecionados oito primers por apresentarem polimorfismo mais consistente. Os resultados das análises de variância revelaram que a maior divergência esteve presente dentro das populações do que entre elas. Os resultados sugerem que os dois tipos de marcadores são adequados para a avaliação da variabilidade genética, colaborando para o sucesso de futuros estudos e programas de conservação dessa espécie.