Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6311_1.pdf: 2366152 bytes, checksum: f5adb8c408d8ad59c55286f77bfa694a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A Paracoccidioidomicose é uma importante causa de morbidade, levando à morte em alguns casos. Essa doença é provocada pelo fungo dimórfico Paracoccidioides brasiliensis e seu diagnóstico clínico é inespecífico. Recentemente, no nosso laboratório foi isolado e sequenciado um fragmento de DNA de 850pb obtido pela técnica de RAPD, presente em cepas de P. brasiliensis com morfologia típica, e virulentas quando inoculadas em camundongos, que não estava presente em cepas de morfologias atípicas não virulentas. O objetivo desse trabalho foi caracterizar este fragmento através da subclonagem em vetor de expressão pGEX e a produção da proteína recombinante cognata em hospedeiro heterólogo. A proteína expressa reagiu com soro de camundongo infectado com P.brasiliensis e a análise do BLASTx revelou homologia com um domínio de uma flavina-monoxigenase (Flavin-binding monooxygenase-like ou FMO) hipotética do fungo Neurospora crassa. A seqüência completa do DNA de ceja1 ainda precisa ser obtida e sequenciada para que seja, de fato, atribuída a esta seqüência a atividade de uma monooxigenase. Contudo, os resultados sugerem que as cepas de P. brasiliensis estocadas por longos períodos (2-3 décadas) sob uma camada de óleo na coleção de culturas de fungos do Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro tenham uma redução, se não abolição, na atividade das monooxigenases

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6408_1.pdf: 500352 bytes, checksum: 85458507aeff558a6d3cea6b1fe0801a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Desde a descoberta de que a proteína CCR5 serve como co-receptor de superfície celular para o vírus HIV-1 em células CD4, o gene que codifica essa proteína tem sido tema central de estudos genéticos na patogênese da AIDS. Uma deleção de 32pb neste gene fornece uma proteção contra a infecção pelo HIV-1 em homozigotos para este alelo na transmissão sexual. Este trabalho tem como finalidade detectar e comparar as freqüências desta deleção nos indivíduos normais e infectados pelo vírus em Pernambuco. Para tanto, foram coletados sangue venoso de 251 indivíduos não aparentados de Pernambuco e de 260 indivíduos infectados pelo HIV-1 do Hospital Correia Picanço/PE. O DNA foi extraído por mini saltingout e digestão com proteinase K. A PCR foi realizada utilizando programa de amplificação e primers específicos. Os fragmentos amplificados foram submetidos a PAGE desnaturante a 7%, e coloração com AgNO3. A freqüência do alelo mutante ccr5Δ32 foi de 0,042 na amostra controle e na amostra de pacientes infectados. A amostra controle está em desequilíbrio de Hardy-Weinberg, com excesso de homozigotos para a deleção, sugerindo a ocorrência de seleção a favor dos homozigotos. Fora a ação de seleção natural, apenas o fluxo gênico explicaria este desequilíbrio. No entanto não há registros de migração recente de europeus para o Nordeste brasileiro. Não está descartada a possibilidade do desequilíbrio observado ter sido causado por outros fatores que não o HIV. Dos indivíduos infectados, 22 eram heterozigotos e nenhum era homozigoto para deleção

O gato palheiro, Leopardus colocolo, é um felídeo neotropical de pequeno porte. A espécie possui uma ampla distribuição geográfica, ocorrendo desde os Andes do Peru e da Bolívia, até o extremo sul da América do Sul. No Brasil, a distribuição da espécie ainda é incerta, porém sabe-se que ela ocorre na região centro-oeste e no estado do Rio Grande do Sul. Embora a taxonomia de L. colocolo gere controvérsias, sabe-se que algumas populações estão geneticamente estruturadas, provavelmente como resultado de longos períodos de isolamento. Em um estudo filogeográfico baseado em genes de DNA mitocondrial, a diferenciação genética entre os indivíduos do centro-oeste e do sul do Brasil foi evidenciada. Segundo este, estas populações apresentam-se fortemente estruturadas, com um baixo nível de fluxo gênico. No entanto, a análise exclusiva de marcadores de herança unicamente maternal utilizada neste estudo impossibilita a avaliação da real extensão da divergência evolutiva entre estas populações. Em razão disso, o presente estudo procurou avaliar, através do uso de marcadores moleculares de microssatélite, a variabilidade genética das populações de L. colocolo na região central e sul do Brasil e verificar a distribuição geográfica desta variabilidade, analisando processos de fluxo gênico, isolamento genético e estrutura populacional, a fim de auxiliar no desenvolvimento de planos de manejo e conservação para a espécie. A investigação genética deste estudo revelou uma alta variabilidade gênica nas populações, comparáveis a condições encontradas em populações de gatos-palheiros do oeste da América do Sul. Os níveis de divergência gênica entre as populações foram significativos. Na análise de agrupamento Bayesiano as populações brasileiras formaram clusters distintos. De modo geral, o estudo evidenciou a divergência genética entre as populações de gato-palheiro da região centro-oeste e sul do Brasil. Acredita-se que a expansão da Floresta Atlântica no final do Pleistoceno, início do Holoceno, separou as populações de L. colocolo do centro-oeste e do sul do Brasil, funcionando como uma barreira para o fluxo gênico dessa espécie entre as regiões, deixando a população do sul isolada. Com base nos resultados obtidos, sugerimos que as populações brasileiras sejam consideradas Unidades de Manejo independentes para a conservação efetiva da diversidade genética. Ainda, recomendamos que seja dada uma atenção especial à população do Rio Grande do Sul e Uruguai, pois populações isoladas estão mais propícias ao endocruzamento e perda da diversidade genética, o que diminui a viabilidade da população a longo prazo.

Los cítricos son las especies frutales más importantes a escala mundial, siendo actualmente España el cuarto país productor. Esto contrasta con la escasez de estudios genéticos para su mejora, lo cual es debido a que presentan varios problemas, entre ellos su compleja biología reproductiva. Muchas especies de cítricos son apomícticas y sus semillas producen embriones nucelares que limitan el desarrollo de embriones zigóticos y por tanto, la construcción de familias segregantes. En los programas de mejora de cítricos y en los viveros es muy importante distinguir entre individuos zigóticos y nucelares para poder eliminar los genotipos no deseados. Normalmente, los isoenzimas se han empleado para determinar el origen genético de las plantas jóvenes. En el primer trabajo se propone el uso de marcadores microsatélites como una metodología alternativa y los comparamos con los isoenzimáticos para la distinción de plántulas zigóticas. Con objeto de facilitar el análisis de microsatélites se desarrolló también un protocolo rápido de extracción de ADN y un método de alta resolución y fácil revelado sin utilizar fluorocromos ni radioisótopos.Se emplearon dos familias segregantes: una derivada de un cruce interespecífico entre Poncirus trifoliata (L.) Raf. Var. "Flying Dragon" y el tangor "Ortanique" (Citrus reticulata (Blanco) x Citrus sinensis (L.) Osb.), familia PxO, la otra familia analizada fue obtenida por autofecundación de Fortunella crasifolia Swing., familia Fc.En el cribado de las plántulas PxO únicamente fue necesaria la utilización de un marcador microsatélite, ya que con éste se pueden distinguir los 4 alelos presentes en la población. En esta misma familia se analizaron otros microsatélites al igual que varios isoenzimas, y con todos se obtuvieron los mismos resultados, el 87% de los individuos de la familia son zigóticos. En familias obtenidas por cruzamiento entre especies muy distantes filogenéticamente, cualquier marcador codominante suele ser útil, sin embargo, cuando los parentales están genéticamente más relacionados, es más difícil encontrar variabilidad en cada locus. Por esto, la eficiencia de los microsatélites aumenta respecto a la de isoenzimas, debido a que presentan mayor grado de polimorfismos. Un caso extremo es la familia Fc, que esta formada por 106 individuos y fue generada por autofecundación. Se analizaron 5 microsatélites y 5 isoenzimas, y se encontraron 6 individuos zigóticos empleando los microsatélites, mientras que con los isoenzimas sólo se pudieron detectar 3 de los 6 observados con los microsatélites. Por tanto, la conclusión de este trabajo es que el empleo de microsatélites presenta mayor eficiencia que el de marcadores isoenzimáticos para identificar plántulas de origen sexual en los cítricos o, en general, plantas de origen desconocido.Una vez comprobada la gran utilidad que tienen los microsatélites en la mejora genética por su nivel de polimorfismo, rapidez, sencillez y gran repetibilidad que poseen, nos planteamos la obtención de nuevos microsatélites de cítricos. Con este objetivo se emplearon dos estrategias: la construcción de una genoteca de ADN genómico de P. trifoliata con fragmentos de pequeño tamaño, y la estrategia bioinformática consistente en cribar microsatélites empleando el programa FINDPATTERNS en todas las secuencias de cítricos incluidas en GenBank, en las cuales se buscaron todas las posibles repeticiones de di-, tri-, tetra- y pentanucleótidos. En total se obtuvieron 33 nuevos microsatélites, 6 en el cribado de la genoteca y el resto a partir de las secuencias de la base de datos. Estos nuevos marcadores se emplearon para la realización de mapas genéticos en tres familias segregantes:- Autofecundación de Poncirus trifoliata (var. Flying Dragon) - Citrus aurantium x Poncirus trifoliata (var. Flying Dragon)- Citrus volkameriana x Poncirus trifoliata (var. Rubidoux)Se construyó un mapa para cada uno de los parentales de cada familia, que poseen entre 48 y 120 marcadores, dependiendo de la heterozigosis de cada parental. El análisis comparativo entre genomas fue posible gracias al uso de los marcadores SSR principalmente, observándose varias reorganizaciones entre las distintas especies, así como entre las dos variedades de Poncirus trifoliata. Se observó que el orden de los marcadores en el mapa puede variar al bajar el LOD. Puesto que para futuros análisis genéticos lo más importante es que la ordenación sea la correcta, se prefirió construir los mapas a LOD alto a costa de dejar marcadores fuera de los grupos de ligamiento.Para la realización de los mapas de ligamiento también se usaron otros tipos de marcadores como los IRAPs, que aunque son menos informativos porque no son codominates, producen gran número de polimorfismos muy repetitivos con pocas combinaciones de cebadores y su distribución en el genoma es, en general, aleatoria.El análisis de segregación a nivel genómico puso de manifiesto la distorsión en la segregación en ciertas zonas concretas, que corresponderían a problemas gaméticos y/o zigóticos, es decir, presencia de factores letales.Una vez obtenidos los nuevos marcadores SSRs e IRAPs en cítricos, y sabiendo su localización genómica, nos propusimos utilizarlos para investigar sobre el origen de la variación molecular en el grupo de los mandarinos clementinos, debido a su importancia económica y por tratarse de un reto, ya que es una especie que se propaga vegetativamente, por lo que la variabilidad genética es muy limitada. En general, las nuevas variedades son detectadas por los propios citricultores mediante la identificación de mutaciones somáticas que afectan caracteres agronómicos, tales como la época de recolección.Se emplearon distintos tipos de marcadores con objeto de comparar su nivel de polimorfismo en una colección de 24 variedades. No se observó ningún polimorfismo al emplear SSR, por lo que la recombinación somática no debe ser una fuente importante de variabilidad en esta especie. Cuando se emplearon ISSRs, RAPDs y AFLPs, sólo un 2.4% de las combinaciones de cebadores produjeron polimorfismos, en comparación con los generados al emplear IRAPs (14.6%). Además, el diagrama evolutivo basado en estos últimos polimorfismos se ajusta bastante bien al origen conocido de algunas variedades.Por tanto, se concluye que los cambios en el ADN de los retrotransposones y las zonas adyacentes son más frecuentes que en el resto del ADN estudiado. Esto sugiere que los factores que provoquen la actividad de retrotransposones, como condiciones bióticas o abióticas de estrés, pueden ser una fuente importante de variabilidad genética a utilizar en programas de mejora de especies de propagación vegetativa, donde abunden los elementos de este tipo, como es el caso de los naranjos navel o los mandarinos clementinos. / Citrus are one of the major fruit crops in the world. Citrus represents a very wide set of species, but with long juvenile periods, a high level of apomixis and, generally high heterozygosity. This means that genetic studies on citrus are very costly, long and, therefore, scarce. In citrus breeding and genetics, it is very important to distinguish between zygotic and nucellar seedlings in order to eliminate unwanted genotypes. Usually, isozyme markers have been employed to determine the genetic origin of young plants. We propose the use of SSR markers as an alternative methodology and compare them with isozymes in this kind of screenings.Constructing genetic linkage maps would permit to compare the organization of different genomes and an efficient and continuous use of plant genetic resources to enrich the gene diversity of breeding programs, supported by markers at the selection stages.Five genetic linkage maps were constructed for the parents of three progenies. The number of polymorphic markers assayed ranged from 48 to 120, according to the heterozygosity of each parent. Focused on genome comparison, most of the markers were newly generated SSRs. IRAPs based on 4 retrotransposon sequences isolated from Citrus spp were also used to saturate the maps. Genomic reorganisations were observed when comparing the colinearity between Citrus and Poncirus, and also between P. trifoliata varieties.Clementines, due to their high quality, are one of the most important cultivated citrus mandarins. Genetic variability within this species is minimal when analysed by molecular markers, since the existing varieties have not been obtained through hybridisation, but through the selection of spontaneous mutations affecting traits of agronomic interest.Different kinds of markers based on primers of random sequence, simple sequence repeats and retrotransposon sequences that may reveal point mutations, somatic recombination and transposon activity, respectively, were used to compare the level of variability among 24 clementine varieties.Their ISSR, RAPD and AFLP analysis provided only two polymorphic bands. No variability was found by SSRs. The amplification of sequences adjacent to retrotransposons (IRAPs) yielded a higher number of polymorphisms (14.6 % versus 2.4 % for the previous mentioned marker types).

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-05-02T12:45:54Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294220 bytes, checksum: 4807ec02af7b7a20b2a40958f2187326 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-02T12:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294220 bytes, checksum: 4807ec02af7b7a20b2a40958f2187326 (MD5) Previous issue date: 2001-03-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A soja cultivada apresenta base genética bastante restrita, com baixo nível de polimorfismo fenotípico, o que dificulta sobremaneira a identificação inequívoca de cultivares por meio de descritores morfológicos. Entre os marcadores moleculares, os mais indicados para a caracterização genética da soja são os microssatélites, por sua natureza co-dominante e multi-alélica, além de serem extremamente conservados dentro da espécie. Este trabalho teve como objetivo estabelecer um protocolo, de fácil aplicação em análises de rotina, para a identificação molecular de genótipos de soja. Foram utilizados 32 genótipos de soja, sendo 30 cultivares elites e 2 acessos norte-americanos. Foram utilizados 22 pares de primers de microssatélites de soja, dos quais 19 evidenciaram polimorfismos. O uso desses primers permitiu a detecção de 61 alelos em diferentes locos nos 32 genótipos estudados. A diversidade genética nos 22 locos estudados variou de 0 a 0,73, com média de 0,41. O número de alelos por loco variou de 1 a 5, com média de 2,77. Com a combinação dos pares de primers SATT186, SATT094, SATT070 e SATT197 foi possível identificar 28 dos 32 genótipos. Mantendo-se os 4 primers acima, quatro diferentes combinações de 5 pares de primers identificaram todos os genótipos, bastando incluir um dos seguintes pares de primers: SATT115, SATT184, SATT309 ou SATT536. Com base nos dados relativos à freqüência de alelos comuns nos 32 genótipos estudados, foram determinadas as dissimilaridades entre eles. As medidas de dissimilaridade variaram de 9 a 67%, com média de 43%. Apenas dois pares apresentaram dissimilaridade inferior a 10%. A maioria apresentou índices de dissimilaridade superiores a 20%. Visando classificar os 32 cultivares de soja em grupos homogêneos, a matriz de dissimilaridade foi utilizada para a análise de agrupamento dos indivíduos pelo método aglomerativo. Foram utilizados 3 métodos: UPGMA, vizinho mais próximo e vizinho mais distante. O método UPGMA (“unweighted pair-group method using an aritmetic average” ) foi o que melhor representou o inter-relacionamento entre os genótipos, com correlação cofenética de 70,5%. O método do vizinho mais próximo e vizinho mais distante tiveram correlação cofenética com os dados de dissimilaridade de 58,6% e 56,9%, respectivamente. Para obter grupos mutuamente exclusivos, foi utilizado o método de otimização de Tocher, que produziu 6 grupos, sendo o grupo 1 formado por 25 indivíduos (divididos em 8 subgrupos), os grupos 2 e 3 formados por 2 individuos cada um, e os outros três grupos, formados por um único indivíduo cada um. / The cropped soybean presents a genetic base quite restricted with low level of phenotypic polymorphism, what excessively hinders the unequivocal identification of cultivars by morphologic describers. Among the molecular markers, the most indicated for soybean genetic characterization are the microsatellites due to their co-dominant and multi-allelic nature, besides being extremely preserved in the species. The objective of this study was to establish an protocol that could be easily applied on routine analyses for molecular identification of soybean genotypes. Thirty two soybean genotypes were used, being 30 elite cultivars and 2 North American accesses. Twenty two primers pairs of soybean microsatellite were used, from which 19 showed polymorphism. The use of those primers allowed for detection of 61 alleles at different loci in all studied genotypes. The genotype diversity in the 22 studied loci varied from 0 to 0.73, reaching an average of 0.41. The number of alleles per locus varied from 1 to 5 with an average of 2.77. By combining the primers pairs SATT186, SATT094, SATT070 and SATT197 it was possible to identify 28 from the 32 genotypes. By maintaining these 4 primers, four different combinations of 5 primers pairs identified all studied genotypes, being enough to include one of the following primers pairs: SATT115, SATT184, SATT309 or SATT536. Based on the data relative to the frequency of common alleles in the 32 studied genotypes, the dissimilarities among them were determined. The dissimilarity measures varied from 9 to 67% and reached an average of 43%. Only two pairs presented a dissimilarity below 10%. Most pairs presented dissimilarity indexes above 20%. In order to classify all 32 soybean cultivars into homogeneous groups, the dissimilarity matrix was used to analyze the individuals grouping by agglomerative method. Three methods were used: the UPGMA, the Single Linkage and the Complete Linkage methods. The UPGMA method (" unweighted pair-group method using an arithmetic average ") was the one representing better the inter-relationship among genotypes, with a cophenetic correlation of 70.5%. Both the Single Linkage and the Complete Linkage methods showed a cophenetic correlation with dissimilarity data of 58.6% and 56.9%, respectively. To obtain mutually exclusive groups the Tocher optimization method was used, that produced 6 groups, being group 1 formed by 25 individuals (divided into 8 subgroups) and groups 2 and 3 formed by 2 individuals each one, whereas the other three groups were formed by only an individual in each one.

O gato palheiro, Leopardus colocolo, é um felídeo neotropical de pequeno porte. A espécie possui uma ampla distribuição geográfica, ocorrendo desde os Andes do Peru e da Bolívia, até o extremo sul da América do Sul. No Brasil, a distribuição da espécie ainda é incerta, porém sabe-se que ela ocorre na região centro-oeste e no estado do Rio Grande do Sul. Embora a taxonomia de L. colocolo gere controvérsias, sabe-se que algumas populações estão geneticamente estruturadas, provavelmente como resultado de longos períodos de isolamento. Em um estudo filogeográfico baseado em genes de DNA mitocondrial, a diferenciação genética entre os indivíduos do centro-oeste e do sul do Brasil foi evidenciada. Segundo este, estas populações apresentam-se fortemente estruturadas, com um baixo nível de fluxo gênico. No entanto, a análise exclusiva de marcadores de herança unicamente maternal utilizada neste estudo impossibilita a avaliação da real extensão da divergência evolutiva entre estas populações. Em razão disso, o presente estudo procurou avaliar, através do uso de marcadores moleculares de microssatélite, a variabilidade genética das populações de L. colocolo na região central e sul do Brasil e verificar a distribuição geográfica desta variabilidade, analisando processos de fluxo gênico, isolamento genético e estrutura populacional, a fim de auxiliar no desenvolvimento de planos de manejo e conservação para a espécie. A investigação genética deste estudo revelou uma alta variabilidade gênica nas populações, comparáveis a condições encontradas em populações de gatos-palheiros do oeste da América do Sul. Os níveis de divergência gênica entre as populações foram significativos. Na análise de agrupamento Bayesiano as populações brasileiras formaram clusters distintos. De modo geral, o estudo evidenciou a divergência genética entre as populações de gato-palheiro da região centro-oeste e sul do Brasil. Acredita-se que a expansão da Floresta Atlântica no final do Pleistoceno, início do Holoceno, separou as populações de L. colocolo do centro-oeste e do sul do Brasil, funcionando como uma barreira para o fluxo gênico dessa espécie entre as regiões, deixando a população do sul isolada. Com base nos resultados obtidos, sugerimos que as populações brasileiras sejam consideradas Unidades de Manejo independentes para a conservação efetiva da diversidade genética. Ainda, recomendamos que seja dada uma atenção especial à população do Rio Grande do Sul e Uruguai, pois populações isoladas estão mais propícias ao endocruzamento e perda da diversidade genética, o que diminui a viabilidade da população a longo prazo.

O gato palheiro, Leopardus colocolo, é um felídeo neotropical de pequeno porte. A espécie possui uma ampla distribuição geográfica, ocorrendo desde os Andes do Peru e da Bolívia, até o extremo sul da América do Sul. No Brasil, a distribuição da espécie ainda é incerta, porém sabe-se que ela ocorre na região centro-oeste e no estado do Rio Grande do Sul. Embora a taxonomia de L. colocolo gere controvérsias, sabe-se que algumas populações estão geneticamente estruturadas, provavelmente como resultado de longos períodos de isolamento. Em um estudo filogeográfico baseado em genes de DNA mitocondrial, a diferenciação genética entre os indivíduos do centro-oeste e do sul do Brasil foi evidenciada. Segundo este, estas populações apresentam-se fortemente estruturadas, com um baixo nível de fluxo gênico. No entanto, a análise exclusiva de marcadores de herança unicamente maternal utilizada neste estudo impossibilita a avaliação da real extensão da divergência evolutiva entre estas populações. Em razão disso, o presente estudo procurou avaliar, através do uso de marcadores moleculares de microssatélite, a variabilidade genética das populações de L. colocolo na região central e sul do Brasil e verificar a distribuição geográfica desta variabilidade, analisando processos de fluxo gênico, isolamento genético e estrutura populacional, a fim de auxiliar no desenvolvimento de planos de manejo e conservação para a espécie. A investigação genética deste estudo revelou uma alta variabilidade gênica nas populações, comparáveis a condições encontradas em populações de gatos-palheiros do oeste da América do Sul. Os níveis de divergência gênica entre as populações foram significativos. Na análise de agrupamento Bayesiano as populações brasileiras formaram clusters distintos. De modo geral, o estudo evidenciou a divergência genética entre as populações de gato-palheiro da região centro-oeste e sul do Brasil. Acredita-se que a expansão da Floresta Atlântica no final do Pleistoceno, início do Holoceno, separou as populações de L. colocolo do centro-oeste e do sul do Brasil, funcionando como uma barreira para o fluxo gênico dessa espécie entre as regiões, deixando a população do sul isolada. Com base nos resultados obtidos, sugerimos que as populações brasileiras sejam consideradas Unidades de Manejo independentes para a conservação efetiva da diversidade genética. Ainda, recomendamos que seja dada uma atenção especial à população do Rio Grande do Sul e Uruguai, pois populações isoladas estão mais propícias ao endocruzamento e perda da diversidade genética, o que diminui a viabilidade da população a longo prazo.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T14:51:55Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Izaquiel Santos de Andrade.pdf: 746888 bytes, checksum: 02b6375e8b0f2fcb2873bcd9c726389d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T14:51:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Izaquiel Santos de Andrade.pdf: 746888 bytes, checksum: 02b6375e8b0f2fcb2873bcd9c726389d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / CAPES / Para investigar a organização cromossômica de sequências de DNA repetitivo e estimar a variabilidade em duas populações de Lonchorhina aurita do Estado de Pernambuco foi realizado o mapeamento físico das sequências de DNA repetitivo (5S e telomérico) e a análise da variabilidade genética através de marcadores ISSR e COI. A técnica de FISH com sonda de DNAr 5S revelou sítios na região pericentromérica do par 14 da espécie e com sonda da sequência (TTTAGGG)n revelou sítios na região terminal dos cromossomos. A presença de apenas um par de sítios de DNAr 5S representa o padrão mais comum em mamíferos e é consistente com resultados descritos em outros representantes da família Phyllostomidae, indicando uma conservação quanto ao número de sítios de DNAr 5S para a família. Os sinais de hibridização com a sequência (TTAGGG)n na região terminal dos cromossomos de L. aurita suportam a ideia da presença de caracteristicas plesiomórficas quando comparados com outras espécies de Phyllostomidae uma vez que a presença de ITS pode estar relacionada à evolução cariotípica das espécies. Os resultados dos marcadores moleculares mostraram atráves da filogenia que a população de Triunfo é monofilética e a de Toritama é parafilética e que as duas populações de L. aurita apresentaram alta estruturação genética, com maior diferença entre as sequências das duas populações.

Submitted by Andre Moraes Queiroz (andre.moraesqueiroz@ufpe.br) on 2015-04-14T15:05:53Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Patricia Rocha.pdf: 2020756 bytes, checksum: 96804531919a1d7e9cb5ab9787d73242 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T15:05:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Patricia Rocha.pdf: 2020756 bytes, checksum: 96804531919a1d7e9cb5ab9787d73242 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / FACEPE / A ordem Lepidoptera apresenta uma gama de espécimes de importância econômica, algumas são agentes polinizadores e outras são pragas. Vários estudos têm sido realizados com base na morfologia com base em dados moleculares para elucidar a evolução da ordem. O DNA mitocondrial é muito utilizado por proporcionar boa resolução filogenética. Com base em genes mitocondriais informativos, nós propusemos um conjunto de dados que pode ser utilizado em análise filogenética de Lepidoptera obtendo a mesma robustez que a análise com mtDNAs completos. Para isso, as sequências dos mitogenomas de Lepidoptera foram recuperadas no banco de dados do NCBI. Foi identificada a ordem gênica das sequências utilizando o programa MAUVE. As regiões de interesse em D. flavipennella foram sequenciadas para testar a eficiência dos marcadores moleculares em sequência nova. Foi realizada análise de entropia, teste de sinal filogenético e de saturação para verificar características de bons marcadores moleculares e foram realizadas análises filogenéticas nos programas PhyML e MrBayes. Foram realizados também testes com e sem a terceira posição dos códons para verificar a influência da terceira posição nas análises filogenéticas de Lepidoptera. As regiões estudadas foram concatenadas para aumentar os valores de confiança das árvores. Verificamos que com a concatenação dos genes COI, ATP6, COIII, ND3, ND5, CYTB, ND1 e 16S foi possível obter resultados com robustez semelhante a dos mitogenomas completos.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:57:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10673_Dissertação Final Lucimara Cruz de Souza.pdf: 3482809 bytes, checksum: 62b9d8b66fe36d3eeb4fc9afe9be8da8 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / A fragmentação florestal e a exploração na forma de corte seletivo de determinadas espécies são responsáveis pela redução de extensas áreas contínuas, ocasionando a redução da diversidade genética. Assim, torna-se necessário definir estratégias de conservação e manejo dos remanescentes florestais para garantir a sobrevivência e a manutenção de populações reduzidas. Os marcadores moleculares destacam-se como ferramentas interessantes para esses estudos. A espécie Plathymenia reticulata Benth., conhecida popularmente como vinhático, pertence à família Fabaceae. Essa espécie se destaca por sua importância econômica e ecológica, devido a madeira de alta qualidade e o potencial para uso em recuperação e restauração de áreas degradadas. Este estudo teve como objetivo caracterizar a diversidade e a estrutura genética em uma população natural de P. reticulata, ocorrente em um fragmento de Floresta Estacional Semidecidual Montana no sul do estado do Espírito Santo, por meio de marcadores moleculares Inter Single Sequence Repeats (ISSR). Amostras de DNA de 149 indivíduos foram analisadas por meio de dez primers ISSR, gerando 156 fragmentos, dos quais, 101 foram polimórficos (64,74%). Os indivíduos amostrados foram classificados em três unidades amostrais: árvores adultas saudáveis e em idade reprodutiva (A), plântulas originadas de sementes coletadas no interior do fragmento mistura de progênies (B) e indivíduos jovens em áreas de regeneração natural no entorno do fragmento (C). O conteúdo de informação polimórfica (PIC) para os marcadores, revelou média de 0,38, caracterizando-os como mediamente informativos. O número de locos utilizados (n = 101), foi maior do que o estabelecido como número ótimo (n = 88), indicando precisão nas análises. Constatou-se alta diversidade genética na espécie, fundamentada nos valores do índice de diversidade de Nei (H= 0,407), índice de Shannon (I = 0,594) e pela formação de grupos distintos pelo método UPGMA. Além disso, por meio dos parâmetros de diversidade avaliados foi possível confirmar que nas áreas de regeneração natural e na mistura de progênies existe diversidade genética equivalente ao que é encontrado nos adultos. A análise de variância molecular indicou que a maior parte da variação genética é encontrada dentro dos grupos (96,53%) e revelou moderada diferenciação entre adultos e regenerantes e adultos e mistura de progênies. A diferenciação genética entre as árvores adultas foi baixa (ΦST = 0,03) indicando que as altas taxas de fluxo gênico (Nm = 12,70) estão anulando os efeitos da deriva genética. Tais resultados também foram confirmados pelas análises de distância genética de Nei, análises de coordenadas principais (PCoA) e pela abordagem bayesiana realizada pelo software STRUCTURE. Os dados obtidos permitiram avaliar o potencial das árvores adultas como matrizes para obtenção de mudas com variabilidade genética certificada.