El género Helianthus consiste de 51 especies, nativas de América del Norte, clasificadas en cinco secciones y seis series. Comprende especies diploides, tetraploides y hexaploides, e incluye a las formas silvestres del girasol cultivado H. annuus L. var. macrocarpus. Diferentes trabajos han abordado el estudio de las relaciones filogenéticas entre las especies del género, aunque varios puntos continúan sin resolverse, particularmente el origen de las especies poliploides que son en su totalidad perennes. El objetivo general de esta tesis es contribuir al conocimiento de la historia evolutiva del género, examinando las afinidades existentes entre las especies hexaploides, H. resinosus y H. tuberosus, especies diploides anuales, y especies diploides y tetraploides perennes. Se llevaron a cabo estudios citogenéticos, clásicos y moleculares, como así también análisis con marcadores moleculares nucleares y organelares y secuencias de regiones intergénicas de cloroplasto. Las configuraciones meióticas en la progenie de la cruza H. annuus × H. resinosus incluyeron univalentes, bivalentes, trivalentes y cuadrivalentes. La ocurrencia de husos con disposición anormal en meiosis II, condujo a la formación de productos meióticos en forma de díadas y tríadas además de las tétradas normales. Como consecuencia, los granos de polen de los híbridos presentaron heterogeneidad en el tamaño, con una distribución que pone en evidencia la formación de gametos 2n no reducidos. En el caso de la cruza H. resinosus × H. neglectus, los productos meióticos se caracterizaron por la presencia de micronúcleos, adicionados a las tétradas de tamaño normal. La hibridización de cromosomas de la progenie de H. resinosus × H. annuus con sondas de ADN genómico de H. annuus (GISH) confirmó el nivel tetraploide de los individuos F1 y puso en evidencia la marca de 17 cromosomas provenientes del parental H. annuus. En cuanto a las configuraciones meióticas, los bivalentes estaban compuestos principalmente por apareamiento autosindético de cromosomas de H. resinosus, aunque también se observaron apareamientos alosindéticos entre cromosomas de ambas especies parentales. Esto sugiere cierta homología parcial, que permite el apareamiento homeólogo y probablemente la recombinación. Los univalentes correspondieron a una u otra especie parental. El GISH utilizando ADN genómico de H. annuus, y otras especies diploides, aplicados a células mitóticas de H. resinosus y H. tuberosus mostró una señal de hibridación débil y uniformemente distribuida sobre los cromosomas de las especies hexaploides. De este modo, no fue posible detectar subgenomas en el complemento cromosómico 6x, lo que puede ser atribuido a la presencia de secuencias repetitivas comunes a las especies del género. Estos resultados rechazan la hipótesis de H. annuus como una de las especies diploides parentales. La única posibilidad que permite retener a H. annuus como candidato implica la ocurrencia de un mecanismo de homogeneización de los subgenomas a nivel de ADN repetitivo luego del evento de hibridización, lo que volvería inefectiva la técnica de GISH para detectar complementos cromosómicos originales. Las técnicas de RAPD e ISSR generaron marcadores consistentes y polimórficos. Fue posible diferenciar a las especies hexaploides, H. resinosus y H. tuberosus, de 9 diploides anuales y de 8 diploides y tetraploides perennes, y se detectaron grupos taxonómicos previamente descriptos dentro de cada sección. En nuestro conocimiento, este es el primer estudio que emplea loci microsatélites de cloroplasto (SSRcp) para el estudio de las relaciones filogenéticas entre especies de Helianthus. El nivel de polimorfismo de siete loci SSRcp fue alto. Las relaciones obtenidas entre especies con estos marcadores mostraron grandes discrepancias con clasificaciones previas, probablemente adjudicados a procesos como homoplasia en tamaño o transferencia diferencial de los genomas nuclear y de cloroplasto. El empleo de secuencias de una región intergénica de cloroplasto permitió la separación de las especies perennes de las anuales y esto la coloca como una técnica comparativamente más informativa. Se continúa con la secuenciación de otras regiones intergénicas a fin de incrementar la resolución de las relaciones entre las especies del género Helianthus. / The genus Helianthus consists of 51 species, native to North America, classified into five sections and six series. It contains diploid, tetraploid and hexaploid species, and includes wild forms of cultivated sunflower H. annuus L. var. macrocarpus. Several studies have addressed the study of the phylogenetic relationships among species of the genus, but a number of points remain unresolved, particularly the origin of polyploid species which are completely perennial. The general objective of this thesis is to contribute to the knowledge of the evolutionary history of the genus, examining the affinities between the hexaploid species, H. resinosus and H. tuberosus, annual diploid species, and diploid and tetraploid perennial species. Cytogenetic studies (both classical and molecular) were carried out, along with nuclear and organellar molecular marker analyses and chloroplast intergenic-regions sequencing. The meiotic configurations in the progeny of the crosses H. annuus × H. resinosus included univalents, bivalents, trivalents and quadrivalents. The occurrence of anormal spindles in meiosis II generated the formation of meiotic products like dyads and triads besides the normal tetrads. Consequently, pollen grains of the hybrids showed heterogeneity in size, with a distribution that exposes the formation of unreduced 2n gametes. In the case of cross H. resinosus × H. neglectus, the meiotic products were characterized by the presence of micronuclei, added to normal size tetrads. The hybridization of chromosomes of the progeny of H. resinosus × H. annuus with probes of genomic DNA of H. annuus (GISH) confirmed the tetraploid level of the F1 and showed the mark of 17 chromosomes coming from the parental H. annuus. Regarding meiotic configurations, bivalents were composed mainly of autosyndetic pairing of H. resinosus chromosomes, although allosyndetic pairings between chromosomes of both parental species were observed. This suggests some parcial homology that allows homeologous paring and probably recombination. Univalents corresponded to one or other parental species. GISH using genomic DNA of H. annuus and others diploids species, applied to mitotic cells of H. resinosus and H. tuberosus rendered a weak signal of hybridization, and uniformly distributed over chromosomes of hexaploide species. Therefore, subgenomes of the 6x chromosomic complement could not be identified, which can be attributed to the presence of repetitive sequences common to the species of the genus. These results reject the hypothesis of H. annuus as one diploid parental species. The only possibility that allows keeping H. annuus as a candidate involves the occurrence of a mechanism of subgenomes homogenization at repetitive DNA level following hybridization, which would make GISH technique ineffective for detecting original chromosome complements. RAPD and ISSR techniques generated polymorphic and consistent markers. It was possible to differentiate the hexaploid species, H. resinosus and H. tuberosus, from 9 diploid annual and 10 diploid and tetraploid perennial species, and taxonomic groups previously described were detected within each section. To our knowledge, this is the first study using chloroplast microsatellite loci (SSRcp) to study the phylogenetic relationships among species of Helianthus. The polymorphism level of seven loci SSRcp was high. The relationships between species obtained with these markers showed large discrepancies with previous classifications, probably awarded to processes such as homoplasy in size or selective transfer of nuclear and chloroplast genomes. The use of a sequence of an intergenic region of chloroplast allowed the separation of perennial species from the annual species, and this characterizes this technique as comparatively more informative. The sequencing of other intergenic regions follows, in order to increase the resolution of relationships among species of the genus Helianthus.

E. curvula (Schrad.) Nees “pasto llorón”, es una gramínea perenne que constituye un importante recurso forrajero para regiones semiáridas. El objetivo general de este trabajo de tesis fue contribuir al mejoramiento del pasto llorón a partir de dos estrategias. La primera consistió en la obtención de nuevos materiales híbridos a partir de cruzamientos entre materiales sexuales y apomícticos y evaluar sus características moleculares y agronómicas. Por otro lado, se intentó poner a punto un protocolo de transformación genética, basado en Agrobacterium tumefaciens, que permita contribuir al mejoramiento de la calidad del forraje por regulación negativa de la biosíntesis de lignina y que sea una herramienta para la validación de genes relacionados con el modo reproductivo. En este trabajo se realizaron 15 cruzamientos entre OTA-S USDA y Tanganyika USDA, ambos tetraploides, siendo el primero sexual y el segundo apomíctico. De estas cruzas se obtuvo un total de 2063 semillas de las cuales solo germinó el 39,31% y de este, solo se obtuvo un 15,85% de plantas normales. Se extrajo ADN de las plantas normales a fin de proceder a determinar la naturaleza híbrida de las mismas. Se utilizaron AFLPs y EST-SSR. Se obtuvieron 691 marcadores de AFLP de los cuales 317 fueron polimórficos. Con estos análisis se determinó que de las 232 plantas analizadas, solo seis resultaron de origen híbrido, es decir que portaban bandas paternas. El resto de las plantas obtenidas provenían de autofecundación del progenitor femenino OTA USDA por efecto mentor del polen del material apomíctico. Esto fue un resultado inesperado, dada la autoincompatibilidad de este genotipo. El segundo análisis con marcadores moleculares, fue realizado con el objetivo de buscar variabilidad dentro del complejo de plantas no hibridas obtenidas. En este caso se analizaron seis combinaciones de primers de marcadores de AFLPs, con los cuales se obtuvieron 376 marcadores en total, de los cuales 46 resultaron ser polimórficos. Se observó variabilidad a nivel molecular y en caracteres morfológicos y agronómicos; el progenitor masculino se diferenció a ambos niveles de las demás plantas; las plantas hijas fueron más similares a la madre aunque algunas la superaron en caracteres de interés. La distancia genética observada entre el progenitor femenino y el masculino pudo haber afectado la obtención de plantas híbridas. El bajo porcentaje de germinación (39%) observado y la elevada mortalidad de plántulas, podría también atribuirse a este factor, correspondiendo las semillas no germinadas y las plantas anómalas a híbridos no viables. Por último, se realizaron 23 ensayos para la transformación de pasto llorón utilizando dos cepas de Agrobacterium tumefaciens que difieren en su capacidad de virulencia, AGL0 y AGL1, ambas conteniendo el vector binario (Ppzp201BUGI). Se inoculó un total de 8428 semillas maduras bajo diferentes condiciones experimentales. Se obtuvo un protocolo de transformación transiente para pasto llorón a partir de semillas maduras. Deberán ajustarse algunas variables a fin de obtener un protocolo de transformación estable. / E. curvula (Schrad.) Nees "weeping lovegrass", is a perennial grass that is an important forage resource for semiarid regions. The overall objective of this thesis was to contribute to the improvement of weeping lovegrass from two strategies. The first involved the development of new hybrid materials from crosses between sexual and apomictic materials and to assess its molecular and agronomic characteristics. On the other hand, we tried to develop a protocol for genetic transformation, based on Agrobacterium tumefaciens, that could contribute to improve forage quality through downregulation of lignin biosynthesis and as a tool for validation of genes related to the reproductive mode. In this work 15 crosses between OTA-S and Tanganyika, both apomictic tetraploid materials, were perform and 2063 seeds were obtained. After two months only the 39.31% of these seeds geminated and 15.85% of these seeds gave origin to viable plants. DNA of these plants was isolated in order to assess the hybrid origin of these plants and also to analyze the variability present in the obtained plant population. EST-SSR and AFLP markers were used with this purpose and 691 AFLP markers were amplified, of which 317 were polymorphic. With these markers it could be established that from 232 analyzed plants, only six were true hybrids. This would indicate that the remaining plants were obtained by self-fertilization of the female parent OTA-S. This was an unexpected result, given the self-incompatibility of this genotype. The second analysis was performed in order to assess the variability within the obtained plant population. Six AFLPs primer combinations allowed to amplify 376 markers of which 46 were polymorphic. A high level of variation was observed at molecular, morphological and agronomic traits; the male parent differed significantly from the other plants at all levels being the offspring plants very variable and similar to the maternal plant and, is some instances superior to this plant in different interesting traits. These results also allowed to assess that the genetic distance between the female and the male parents may have affected the production of hybrid plants. The low percentage of germination (39%) and the high seedlings mortality could also be attributed to this factor.. Finally, 23 transformation assays were performed in order to establish a plant transformation protocol for weeping lovegrass using two Agrobacterium tumefaciens strains differing in its virulence (AGL1 and AGL0) and containing the binary vector Ppzp201BUGI. A total of 8428 mature seeds were inoculated and different treatments were performed changing different parameters in order to establish the best conditions for inoculation and plant regeneration. It was not possible to obtain a protocol for stable transformation but a transient transformation protocol was obtained from mature seeds. Some variables should be adjusted in order to obtain a stable and reliable transformation protocol for weeping lovegrass.

Tesis presentada a la Universidad de Chile para optar al grado de Magíster en Bioquímica, área de especialización en Toxicología y Diagnóstico Molecular y Memoria para optar al Título de Bioquímico / Las colecciones de museos son una fuente preciada de información acerca del pasado. En particular las colecciones de plantas y animales, como también los objetos etnográficos de origen biológico se han sometidos recientemente a análisis genéticos, permitiendo la reconstrucción directa de ciertos aspectos del pasado. A diferencia del análisis genético de muestras contemporáneas que sólo permiten proponer una hipótesis acerca del pasado, los análisis de muestras antiguas permiten acceder a información sin el sesgo o alteraciones provocados por eventos históricos posteriores. Los estudios de ADN antiguo (ADNa) han permitido reconstruir las rutas de migración de los primeros grupos humanos que salieron de África. El último gran movimiento migratorio humano hacia zonas inhabitadas del planeta, que culminó con el poblamiento de las islas de Oceanía Remota, finalizó hace tan solo alrededor de mil años, cuando el hombre colonizó las islas de Hawái, Rapa Nui y Nueva Zelanda. Este proceso fue complejo, y no hay consenso de las rutas seguidas por los navegantes prepolinésicos. La reconstrucción de las rutas de los humanos para llegar a las remotas islas del Océano Pacífico, se ha abordado mediante diversas estrategias. Una de ellas es el “enfoque comensal”, que consiste en el estudio genético de especies animales y vegetales estrechamente asociadas al hombre y que fueron transportadas intencionalmente hasta las islas de Oceanía Remota. El estudio de estas especies permite dilucidar posibles rutas migratorias, complementando información arqueológica y lingüística existente. Entre las especies vegetales transportadas hacia el Pacífico se encuentra la morera de papel (Broussonetia papyrifera), especie dioica proveniente de Taiwan y el sur y este de Asia continental. Esta especie fue introducida al Pacífico por su gran valor cultural como fuente de fibra para la elaboración de textiles, conocidos como tela de corteza (“bark-cloth”) o “tapa”. Los textiles de corteza, al ser un símbolo de riqueza y poder, se conservaban en las familias por mucho tiempo, por lo que podrían entregar información genética de individuos de B. papyrifera presentes en Oceanía de tiempos incluso anteriores a los primeros contactos con los europeos, y anteriores a la toma de las primeras muestras para herbarios. Además, fueron materiales etnográficos de interés para los europeos que los colectaron o recibieron como regalos, por lo que actualmente se encuentran en diversas colecciones del mundo. La pregunta fundamental de investigación que guió este trabajo fue la siguiente: ¿Es posible obtener ADN a partir de tapa antigua y caracterizarlo mediante marcadores moleculares? Las hipótesis de esta tesis son: 1.- Es posible extraer y caracterizar ADN de textiles etnográficos (tapa) antiguos mediante la región ITS-1 para identificar la especie vegetal utilizada como fuente de fibra y 2.- Es posible caracterizar ADN de B. papyrifera aislado a partir de textiles etnográficos antiguos (tapa) mediante un marcador de sexo y marcadores de microsatélites, para aportar a la comprensión general de la dispersión antrópica de esta especie en Oceanía Remota. El objetivo general de este trabajo fue aislar y caracterizar ADN de muestras de textiles etnográficos (tapa) antiguos mediante marcadores moleculares y comparar las características genéticas de los textiles elaborados a partir de B. papyrifera con los datos de muestras contemporáneas y de herbario con el fin de aportar a la comprensión general de la dispersión antrópica de esta especie en Oceanía Remota. A partir de 17 muestras de textiles antiguos provenientes de distintas islas de Oceanía, se extrajo exitosamente ADN antiguo de todas las muestras, no observándose una correlación entre la antigüedad de la pieza de tapa y la cantidad de ADN obtenido. Mediante el estudio del marcador molecular ITS-1 se determinó la especie vegetal de origen de cada pieza textil, identificándose 13 de las 17 piezas como elaboradas a partir de B. papyrifera. Además, se detectaron sitios polimórficos en la región ITS-1. Para caracterizar las piezas elaboradas a partir de B. papyrifera, se utilizó un marcador de sexo, que permitió tipificar una pieza textil como proveniente de una planta femenina. Además, el análisis mediante 10 marcadores de SSR indicó la presencia de 41 alelos detectados anteriormente en muestras contemporáneas y de herbario de B. payrifera. Interesantemente, se encontraron 74 nuevos alelos no observados anteriormente en material de herbario, ni contemporáneo de B. papyrifera, sugiriendo que en el pasado existió una mayor diversidad genética en individuos de B. papyrifera en Oceanía Remota. El estudio de 51muestras de herbario provenientes de las mismas islas o de islas cercanas de las cuales provenían las muestras de tapa antigua analizadas en esta tesis, contribuyó a la comparación de resultados. Se registraron además 9 alelos y 10 genotipos nuevos en muestras de herbario, no observados anteriormente en material contemporáneo ni en otras muestras de herbario de B. papyrifera. Los resultados de esta tesis confirman que es posible extraer y caracterizar ADNa proveniente de piezas textiles antiguas, siendo éste el primer reporte hasta la fecha, de la extracción y análisis de ADN a partir de muestras etnográficas y arqueológicas de textiles de origen vegetal / Museum collections are a prized source of information about the past. In particular, collections of plants and animals, as well as ethnographic objects of biological origin have recently undergone genetic analysis, allowing the direct reconstruction of certain aspects of the past. Unlike the genetic analysis of contemporary samples that only allow to propose a hypothesis about the past, the analyses of old samples allow access to information without the bias or alterations provoked by later historical events. Ancient DNA studies have allowed reconstructing the migration routes of the first human groups that left Africa. The last great human migratory movement to uninhabited areas of the planet, culminating in the settlement of the islands of Remote Oceania, ended only about a thousand years ago, when humans colonized the islands of Hawaii, Rapa Nui and New Zealand. This process was complex, and there is no consensus on the routes followed by pre-polynesian navigators. The reconstruction of human routes to reach the remote islands of the Pacific Ocean has been approached through various strategies. One of these is the "commensal approach," which consists of the genetic study of animal and plant species closely associated with humans and that were intentionally transported to the islands of Remote Oceania. The study of these species allows to suggest migratory routes taken by these species and the people that transported them, complementing existing archaeological and linguistic information. Among the plant species transported into the Pacific is paper mulberry (Broussonetia papyrifera), a species native to South and continental Asia, as well as Taiwan. This multifunctional dioecious tree species was introduced to the Pacific because of its great cultural value as a source of fiber for the production of textiles, known as bark-cloth or tapa. Bark cloth textiles, being a symbol of wealth and power, were kept in families for a long time, and therefore can provide genetic information on the genetic diversity of the B. papyrifera poplation used to manufacture these textiles. These samples may even provide information on paper mulberry in Oceania that precedes even the first contacts with Europeans. Barkcloth may also provide a window to the past on times prior to the taking of the first herbarium samples by European explorers. Bark cloth was of interest to Europeans who collected or received them as gifts, and later these became part of various museum collections around the world / FONDECYT 1120175

Até recentemente, o povoamento das Américas era visto como um produto de uma expansão em linhas paralelas do norte para o sul do continente. Sob este cenário, os sítios arqueológicos dos primeiros americanos deveria obedecer um gradiente cronológico seguindo a mesma lógica, independente de sua longitude. Recentemente, no entanto, especialistas começaram a reconhecer que certas características dos diferentes biomas poderiam favorecer diferentes taxas de expansão populacional. Beaton (1991), por exemplo, sugeriu que as expansões humanas em escala continental seriam mais condicionadas às características do ambiente (biomas) de que a distâncias geográficas lineares, ideia esta, também suportada por Dixon (2001). Neste estudo foi testada a hipótese de Beaton e Dixon, aplicada às Américas, investigando se a estrutura genética dos nativos americanos atuais é influenciada pelos biomas que elas ocupam. Para fazer isso, três diferentes tipo de matrizes foram construídas baseadas em dados de DNA mitocondrial e microssatélites de grupos de nativos americanos: uma, formada por distâncias genéticas (Fst) entre as populações, outra formada pelas distâncias geográficas entre as mesmas populações em quilômetros, e uma última formada pelas distâncias fisiográficas. Essas matrizes foram comparadas pela correlação de Pearson seguida de testes de Mantel e parciais de Mantel. Os resultados obtidos mostraram que em geral os diferentes biomas não tiveram um papel significativo na estruturação genética das populações nativas americanas, ao menos como estão distribuídas hoje. / Until recently, the settlement of the Americas was seen as the product of a \"bow wave\" human expansion from north do south. Under this scenario, the archaeological sites of the first americans should obey a chronological gradient following the same logic, independent of their longitude. Recently, however, specialists began to recognize that certain characteristics of different biomes could have favored different rates of demic expansion. Beaton (1991), for instance, suggested that human expansions in continental scales are much more conditioned by the ecological attributes of the macro environmental zones (biomes) involved than by linear geographic distances, an idea also spoused by Dixon (2001). In this study we test Beaton´s and Dixon´s ideas, as applied to the Americas, by investigating if the genetic structure of recent native american populations is influenced by the biomes they occupy. In order to do this, three different kinds of matrices were constructed based on the frequency of mtDNA and microsatelites from native american groups: one formed by the genetic distances (Fst) among the populations, a second one formed by the geographic distances among the same populations in kilometers, and a last one formed by their \"physiographic\" distances. These matrices were compared by Pearson´s correlation followed by Mantel and partial Mantel tests. The results obtained showed that in general the different biomes did not play a significant role in the native american genetic structuring, at least as they are distributed today.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2015-11-03T19:51:40Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Carolina Rabelo Maia.pdf: 4128769 bytes, checksum: d0259a5700d4178935dd32245c0b50cc (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T19:51:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Carolina Rabelo Maia.pdf: 4128769 bytes, checksum: d0259a5700d4178935dd32245c0b50cc (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-05-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / He studied the genetic diversity of an electric fish genus monotypic (Microsternachus) in the basin of the Rio Negro in order to identify strains genetically distinguishable by DNA barcode technique. In addition, the recovery of identified strains was tested by phylogenetic analysis of two mitochondrial molecular markers (IOC and D-Loop) and a core (RAG-1), suggesting the existence of species to be described, and highlighting the need to perform a review of a taxonomic revision within the genre. / Estudou-se a diversidade genética de um gênero de peixe elétrico monotípico (Microsternachus) na bacia do rio Negro a fim de se identificar linhagens geneticamente diferenciáveis por meio da técnica de DNA barcode. Além disso, a recuperação das linhagens identificadas foi testada por meio de análises filogenéticas de dois marcadores moleculares mitocondriais (COI e D-Loop) e um nuclear (RAG-1), sugerindo a existência de espécies ainda não descritas e ressaltando a necessidade da realização de uma revisão de uma revisão taxonômica dentro do genêro.

A subfamília Palaemoninae é um táxon bastante diverso, com alta variabilidade nas formas e estruturas de seus representantes. A grande diversidade de habitats e diferentes estratégias reprodutivas e comportamentais que esses crustáceos apresentam se reflete na sua elevada diversidade morfológica. O uso de ferramentas moleculares pode auxiliar em questões sobre a taxonomia, descendência e relações de parentesco para algumas espécies desse gênero, contribuindo pra a melhor compreensão de suas histórias evolutivas. Para a espécie Palaemon argentinus o uso de marcadores mitocondriais possibilitou a análise da homogeneidade genética da espécie, condizente com a hipótese de ocupação recente em ambientes dulcícolas. Complementarmente, foi demonstrada uma forte correspondência entre a estrutura populacional de P. argentinus e os eventos glaciais que moldaram a região de abrangência da espécie. Além disso, foram desenhados “primers” específicos para regiões microssatélites de P. argentinus que poderão ser utilizados em estudos futuros a respeito dos eventos que moldaram a história evolutiva recente desses camarões. A aplicação de ferramentas moleculares também resulta em importantes contribuições para o conhecimento sobre a evolução de Macrobrachium potiuna, para a qual foi verificado que a variação genética intraespecífica pode ser resultante de estruturação geográfica devido ao isolamento pela distância e às especializações de habitat, corroborando para a existência de espécies crípticas dentro de um grande “pool” de variação genética nesse grupo com taxonomia confusa.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Final Hugo.pdf: 1981769 bytes, checksum: 0f3cf22d17120d73b392f22413e85375 (MD5) Previous issue date: 2007-08-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The vulvovaginal candidiasis (VVC) it is one of the most frequent vaginal infections. The yeasts of the genus Candida are the etiologic agents of this infection, being Candida albicans the majority responsible. However, an increase has been verifying in the incidence of infections caused by other species ( C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis and C. krusei). With intention of presenting an inclination for the process of identification of Candida's five species, commonly isolated of the vulva and vagina, it was made the analysis of species - specific molecular markers for the region ITS1 -5.8S-ITS2, of the rDNA. The analysis of the nucleotides sequences of that region came quite conserved for the strains of a same species and, parallel, divergent among the species of the genus. The markers were translated in nucleotides segments, of the whic h it was possible to develop species -specific oligonucleotides technically proper, besides ranches enzymatic inter and intra -specific capable of to identify/differentiate Candida's species. A parallel analysis of the " fingerprint ", generated by simple PCR, it verified the inadequability of the use of the universal oligonucleotídeos ITS1, ITS2, ITS3 and ITS4 for the identification of those species. In a contrary way, the developed species -specific oligonucleotides came efficient corroborating, in practice, with the hypothesis presented in this work. Restriction enzymes selected for the differentiation of Candida's species they constitute an alternative to be explored hereafter, in experiments of PCR-RFLP. / A candidíase vulvovaginal (CVV) é uma das mais freqüentes infecções vaginais. As leveduras do gênero Candida são os agentes etiológicos desta infecção, sendo Candida albicans a responsável majoritária. Contudo, tem -se verificado um aumento na incidência de infecções causadas por outras espécies (C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis e C. krusei). Com intuito de apresentar um viés para o processo de identificação das cinco espécies de Candida, comumente isoladas da vulv a e vagina, foi feita a análise de marcadores moleculares espécie-específicos para a região ITS1-5.8S-ITS2, do rDNA. A análise das seqüências nucleotídicas dessa região apresentou-se bastante conservada para as cepas de uma mesma espécie e, paralelamente, divergente entre as espécies do gênero. Os marcadores se traduziram em segmentos nucleotídicos, dos quais foi possível dese nvolver oligonucleotídeos espécie-específicos tecnicamente apropiados, além de sítios enzimáticos inter e intraespecíficos capazes de identificar/diferenciar as espécies de Candida. Uma análise paralela do fingerprint , gerado por simples PCR, constatou a inadequabilidade do uso dos oligonucleotídeos universais ITS1, ITS2, ITS3 e ITS4 para a identificação dessas espécies. De forma contrária, os oligonucleotídeos espécie -específicos desenvolvidos apresentaram-se eficientes corroborando, na prática, com a hipótese apresentada neste trabalho . Enzimas de restrição selecionadas para a diferenciação das espécies de Candida constituem uma alternativa a ser explorada futuramente, em experimentos de PCR -RFLP.

Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Os processos migratórios realizados por diferentes espécies animais com finalidades tróficas ou reprodutivas tem despertado grande interesse por parte dos pesquisadores há várias décadas. Entre as espécies de grande importância nestes ambientes, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) se caracteriza como um peixe migrador de ampla distribuição em território brasileiro, principalmente na bacia do Prata, constituída pelos rios Paraná, Paraguai e Uruguai, onde pode atingir grande tamanho. Assim, estudos que visam proporcionar melhores condições de manejo e sua conservação são muito importantes. Neste contexto, as alterações antropogênicas que afetam a espécie S. brasiliensis e a falta de informação que dificultam estratégias eficazes de manejo e conservação, o presente estudo teve como objetivo investigar a variabilidade genética e a estrutura genética das populações migratórias e residentes de S. brasiliensis da bacia do Rio Mogi Guaçu, a partir de amostragem realizada no período de 2008, 2009, 2010 e 2015, tendo como ferramenta a aplicação de técnicas de genética molecular. Os resultados obtidos indicaram altos níveis de variabilidade genética em todos os grupos amostrados, sendo que a heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,59 a 0,67 e a heterozigosidade esperada (He) variou de 0,70 a 0,74. A Análise da Variância Molecular (AMOVA) revelou baixa estruturação genética em todos os grupos (FST = 0,0072), nas quais a maior fonte de variabilidade genética foi verificada entre os i... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The migratory processes carried out by different animal species for trophic or reproductive purposes have aroused great interest on the part of researchers for several decades. Among the species of great importance in these environments, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) is characterized as a migratory fish of wide distribution in Brazilian territory, mainly in the Prata basin, constituted by the rivers Paraná, Paraguay and Uruguay, where it can reach large size. Thus, studies aimed at providing better management conditions and its conservation is important and well received. In this context, considering the anthropogenic changes that affect the S. brasiliensis species and the lack of information that allow effective management and conservation strategies, this study aimed to investigate the genetic variability and genetic structure of the migratory and resident populations of S. brasiliensis from the Mogi Guaçu River basin, based on sampling carried out from 2008 to 2015 using as a tool the application of molecular genetic techniques. The results indicated high levels of genetic variability in all the sampled groups and the observed heterozygosity (Ho) varied from 0.59 to 0.67 while the expected heterozygosity (He) ranged from 0.70 to 0.74. Molecular Variance Analysis (AMOVA) revealed low genetic structure in all groups analyzed (FST = 0.0072), in which the greatest source of genetic variability was observed in comparisons among individuals (85.98%). However, the analysis... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fabio Porto-Foresti / Resumo: Os cromossomos B são cromossomos adicionais de natureza dispensável e estão amplamente distribuídos entre os genomas dos eucariotos. Sua estrutura, origem, função, manutenção e comportamento são particulares nos diferentes grupos de uma maneira espécie-específica. Dentre os peixes portadores de cromossomos B da região Neotropical podemos destacar a espécie Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836), sendo uma espécie de grande ocorrência na bacia do rio de La Plata. Citogeneticamente, essa espécie apresenta um número diploide composto por 54 cromossomos dos tipos meta/submetacêntrico e apresenta um interessante sistema de microcromossomos B, que pode ocorrer variação interindividual de zero a nove supranumerários, além de apresentar polimorfismo, sendo encontrados três variantes morfológicas (acrocêntrica, metacêntrica e submetacêntrica). P. lineatus pode ser considerada uma espécie modelo de peixe Neotropical para estudos concernentes à origem, comportamento e evolução dos cromossomos B, devido à facilidade de captura, manejo, elevada frequência de supranumerários, além de ter sido utilizada em vários estudos pioneiros relacionados a estrutura, herança e origem dos Bs nos peixes. Entretanto, ainda pouco se sabe sobre a ocorrência dos cromossomos B em P. lineatus ao longo da bacia do rio de La Plata, onde esta espécie esta amplamente distribuída, pois a maioria dos estudos foram conduzidos na população do rio Mogi Guaçu. Diante disto, o presente estudo teve como objetivo estud... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: B chromosomes are additional chromosomes of a dispensable nature and are widely distributed among eukaryotic genomes. Their structure, origin, function, maintenance and behavior are particular in the different groups in a species-specific manner. Among the fish with B chromosomes of Neotropical region we can highlight a species Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836), being a species of great occurrence in the La Plata River basin. Cytogenetically, this species presents a diploid number of 54 chromosomes of the meta/submetacentric types and presents an interesting system of microchromosomes B, which can occur interindividual variation from zero up to nine supernumeraries, besides presenting polymorphism, being found three morphological variants (acrocentric, metacentric and submetacentric). P. lineatus can be considered a model species of Neotropical fish for studies concerning the origin, behavior and evolution of B chromosomes, due to the ease of capture, handling, high frequency of supernumerary, and has been used in several pioneering studies related to the structure, inheritance and origin of Bs in fish. However, little is known about the occurrence of B chromosomes in P. lineatus along the La Plata basin, where this species is widely distributed, since most of the studies were conducted in the Mogi Guaçu River population. Therefore, the present study had as objective to study the occurrence of supernumerary in neotropical fish, besides carrying out a study on the dist... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

A subfamília Palaemoninae é um táxon bastante diverso, com alta variabilidade nas formas e estruturas de seus representantes. A grande diversidade de habitats e diferentes estratégias reprodutivas e comportamentais que esses crustáceos apresentam se reflete na sua elevada diversidade morfológica. O uso de ferramentas moleculares pode auxiliar em questões sobre a taxonomia, descendência e relações de parentesco para algumas espécies desse gênero, contribuindo pra a melhor compreensão de suas histórias evolutivas. Para a espécie Palaemon argentinus o uso de marcadores mitocondriais possibilitou a análise da homogeneidade genética da espécie, condizente com a hipótese de ocupação recente em ambientes dulcícolas. Complementarmente, foi demonstrada uma forte correspondência entre a estrutura populacional de P. argentinus e os eventos glaciais que moldaram a região de abrangência da espécie. Além disso, foram desenhados “primers” específicos para regiões microssatélites de P. argentinus que poderão ser utilizados em estudos futuros a respeito dos eventos que moldaram a história evolutiva recente desses camarões. A aplicação de ferramentas moleculares também resulta em importantes contribuições para o conhecimento sobre a evolução de Macrobrachium potiuna, para a qual foi verificado que a variação genética intraespecífica pode ser resultante de estruturação geográfica devido ao isolamento pela distância e às especializações de habitat, corroborando para a existência de espécies crípticas dentro de um grande “pool” de variação genética nesse grupo com taxonomia confusa.