Submitted by Socorro Pontes (socorrop@ufersa.edu.br) on 2017-03-14T14:27:57Z No. of bitstreams: 1 KalianeARP_DISSERT.pdf: 1933642 bytes, checksum: d81d7572738a12680036b924e51703d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-14T14:27:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KalianeARP_DISSERT.pdf: 1933642 bytes, checksum: d81d7572738a12680036b924e51703d5 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Rickettsia are pathogens with zoonotic potential transmitted by wild and domestic animals, where the occurrence of infections by Rickettsia spp. It happens among populations of wild rodents and marsupials, which has a significant share in the maintenance cycle of these microorganisms in the wild environment. Thus, this study aimed to record the occurrence of Rickettsia sp. in wild rodents and marsupials in the Rio Grande do Norte semi-arid. The work consisted in a field research with wild rodents and marsupials, with data expressed in simple frequency and percentage using IBM SPSS (Armonk, NY: IBM Corp.), version 22.0. Were captured in Sherman and Tomahawk traps, 02 Thrichomys, 03 Wiedomys, 30 Gracilinanus agilis and 06 Monodelphis domestica, which were collected by venipuncture of julgular vein, 36 blood samples of marsupials and 05 of rodents. These were collected 64 Amblyomma auricularium, 07 Amblyomma parvum and 12 Amblyomma sp. Were obtained by centrifugation 36 samples of sera marsupials and 05 rodents and analyzed using Immunofluorescence Assay (IFA). All copies of A. auricularium, Amblyomma sp. and A. parvum were macerated and submitted to DNA extraction and amplification by Polymerase Chain Reaction (PCR) directed to a fragment of gltA and ompA rickettsial genes. Of serum samples obtained from wild rodents and marsupials blood and tested in IFA showed seropositivity for Rickettsia amblyommii, 6.7% G. agilis, 83.3% M. domestica and 50% Thrichomys. Eight samples of A. auricularium were positive for genes in R. amblyommii fragment analysis gltA (350 bp) and ompA (587 bp) with 100% similarity to Candidatus R. amblyommii Bahia and AaPE strain, corresponding to a low circulation agent from the vectors and high among the population of M. domestica. This research records for the first time the occurrence of R. amblyommii in marsupial species G. agilis and M. domestica belonging to Didelphidae family and Echimyidae family rodents Thrichomys genre, in the semiarid region of Rio Grande do Norte, Brazil / Rickettsia são patógenos com potencial zoonótico transmitidos por animais silvestres e domésticos, onde a ocorrência de infecções por Rickettsia spp. acontece entre populações de roedores e marsupiais silvestres, os quais tem relevante participação na manutenção do ciclo desses microrganismos no ambiente silvestre. Desta forma, esse estudo objetivou registrar a ocorrência de Rickettsia sp. em roedores e marsupiais silvestres no semiárido do Rio Grande do Norte. O trabalho consistiu em uma pesquisa de campo, com roedores e marsupiais silvestres, com os dados expressos em frequência simples e porcentagem através do programa estatístico IBM SPSS (Armonk, NY: IBM Corp.), versão 22.0. Foram capturados nas armadilhas Sherman e Tomahawk, 02 Thrichomys, 03 Wiedomys, 30 Gracilinanus agilis e 06 Monodelphis domestica, dos quais foram coletados por venopunção da veia julgular, 36 amostras de sangue de marsupiais e 05 de roedores. Destes foram coletados 64 Amblyomma auricularium, 07 Amblyomma parvum e 12 Amblyomma sp. Foram obtidas por centrifugação 36 amostras de soros de marsupiais e 05 de roedores e analisadas utilizando a Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI). Todos os exemplares de A. auricularium, Amblyomma sp. e A. parvum foram macerados e submetidos a extração de DNA e amplificação através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) direcionados para um fragmento dos genes gltA e ompA rickettsial. Das amostras de soro obtidas do sangue de roedores e marsupiais silvestres e testadas na RIFI, apresentaram soropositividade para Rickettsia amblyommii, 6,7% de G. agilis, 83,3% M. domestica e 50% Thrichomys. Oito exemplares de A. auricularium estavam positivos para R. amblyommii na análise de fragmentos dos genes gltA (350 pb) e ompA (587 pb), com 100% de similaridade com Candidatus R. amblyommii estirpe Bahia e AaPE, correspondendo a uma baixa circulação do agente dentre os vetores e elevada entre a população de M. domestica. Esta pesquisa registra pela primeira vez a ocorrência de R. amblyommii em marsupiais das espécies G. agilis e M. domestica pertencentes a família Didelphidae e roedores da família Echimyidae do gênero Thrichomys, no semiárido do Rio Grande do Norte, Brasil / 2017-03-13

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-14Bitstream added on 2014-06-13T19:39:37Z : No. of bitstreams: 1 rodarte_rrp_me_rcla.pdf: 985150 bytes, checksum: cf9b6a3beccee748ed0b1ab7f2e24360 (MD5) / Ao longo de décadas ecólogos tentam entender quais são os mecanismos que promovem coexistência de espécies. Florestas tropicais abrigam a maior diversidade de pequenos mamíferos do planeta, portanto espécies dentro deste grupo podem compartilhar recursos similares. Nesse trabalho buscamos entender as relações tróficas entre roedores e marsupiais através da análise de isótopos estáveis de carbono e nitrogênio em três áreas contínuas de Mata Atlântica brasileira. Nosso principal objetivo foi compreender como diferentes espécies são capazes de coexistir em uma rica comunidade de pequenos mamíferos em relação a recursos alimentares. Nós verificamos se o tamanho corporal está relacionado às razões isotópicas de carbono e nitrogênio para cada espécie e testamos a hipótese de que espécies de tamanho corpóreo similar apresentam nichos tróficos distintos. Para isso, coletamos amostras de pelos de 57 indivíduos de marsupiais e 204 indivíduos de roedores. Encontramos que roedores apresentam nicho trófico mais amplo com espécies distribuídas em três níveis tróficos (granívoras, onívoras e insetívoras) enquanto os marsupiais estão inseridos em um único nível trófico, alimentando-se exclusivamente de invertebrados. Observamos também alta sobreposição de dieta entre marsupiais e alguns roedores onívoros, provavelmente devido ao consumo de invertebrados e fungos. Em geral, não houve correlação entre o tamanho corporal e os valores isotópicos dos marsupiais, mas para três espécies de roedores (Euryoryzomys russatus, Thaptomys nigrita e Trinomys iheringi) houve correlação significativa entre o tamanho do corpo e um dos isótopos. Para os marsupiais, a dieta por si só não explica a coexistência entre espécies, que parece estar mais relacionada à separação de uso do espaço vertical. Por outro lado, para os... / For many decades ecologists try to understand what the mechanisms that promote species coexistence are. Tropical rainforests support the greatest diversity of small mammals in the world, therefore species within that group may share similar resources. In this paper we seek to understand the trophic relationship between rodents and marsupials through the analysis of stable carbon and nitrogen isotopes within three continuous areas of the Atlantic forest of Brazil. We were particularly interested in understanding how different species are able to coexist in a rich small-mammal community with respect to sharing food resources. We verified if body size is related to carbon and nitrogen stable isotope ratios for each of the species and tested the hypothesis that species with similar body size have distinct trophic niches. We collected hair samples for isotopic analysis from 57 individuals of marsupials and 204 individuals of rodents. We found that rodents have a broad trophic niche with species distributed in three trophic levels (granivores, omnivores and insectivores) while marsupials are mainly within one trophic level, feeding exclusively on invertebrates. We found a strong diet overlap among marsupials and some omnivorous rodents, probably due to consumption of invertebrates and fungi. In general, there was no correlation between body size and isotopic values for marsupials, but for three species of rodents (Euryoryzomys russatus, Thaptomys nigrita and Trinomys iheringi) there was significant correlation between body size and one of the isotopes. For marsupials, diet by itself does not seem to explain species coexistence. Marsupials seem to be more related to different vertical use of space. On the other hand, for rodents diet together with body size was sufficient to elucidate the high number of coexisting species because we could... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Marlene Tiduko Ueta / Tese ( doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T12:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rondon_MichelleVivianeSadosSantos_D.pdf: 5998356 bytes, checksum: 92f7ee4c29f1458fa4d49e970a955c26 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Os parasitas ocorrem praticamente em todos os níveis tróficos e sua transmissão pode depender da presença de uma variedade de hospedeiros intermediários, paratênicos e definitivos dentro do ecossistema. Exercem importantes efeitos sobre as populações de seus hospedeiros, alterando o comportamento, sucesso reprodutivo e a mortalidade. Por esse motivo, alguns autores os consideram importantes indicadores ambientais. O presente trabalho teve como objetivo estudar a epidemiologia e a biodiversidade de parasitas intestinais em mamíferos silvestres do reservatório do Jaguari, situado na cidade de Vargem/SP e do Parque Ecológico Prof. Hermógenes de Freitas Leitão Filho em Campinas/SP, e relacionar com os hábitos dos hospedeiros. Os espécimes de mamíferos foram capturados por armadilhas, posteriormente foram medidos, pesados, marcados, e após a coleta de fezes, os animais foram soltos. Para a pesquisa dos parasitas intestinais utilizaram-se os métodos de sedimentação, flutuação, e necrópsias foram realizadas em alguns casos. No reservatório de Jaguari foram realizadas 23 coletas entre os meses de agosto de 2005 a agosto de 2007. Os pequenos mamíferos capturados (N= 235) foram: Akodon montensis (71,5%), Calomys sp. (6,8%), Oligoryzomys nigripes (14%), Didelphis aurita (3,4%), Gracilinanus sp. (0,4%), Lutreolina crassicaudata (0,4%), Monodelphis sp. (2,1%) e Sylvilagus brasiliensis (1,3%). Também fora recolhidas amostras fecais (N=44), encontradas nas margens do reservatório de: Hydrochoerus hydrochaeris (56,8%), Lontra longicaudis (38,6%) e Puma concolor (4,5%). Das 303 amostras, 205 apresentaram-se positivas para parasitas, representando 67,6%. Foram encontrados: adultos de Cruzia tentaculata (0,5%), larvas de Nematoda (18,5%), ovos de Ascarididae (2,9%), Cruzia tentaculata (1,5%), Oxyuridae (0,9%), semelhantes à Dioctophyma sp. (0,5%), Syphacia sp. (0,5%), Toxocaridae sp. (0,5%), Trichostrongylidae (79%), Trichuridae (17%), Hymenolepis diminuta (0,9%), Hymenolepis nana (5,4%), Pseudophyllidea (0,9%), Taeniidae (0,5%), Trematoda (6,3%) e Acanthocephala (3,4%). Cistos de Amoebidae (1,9%), Giardia sp. (0,9%), semelhantes à Balantidium sp. (0,5%), oocistos de Coccidiida (10,2%), Eimeria sp. (0,9%) e trofozoitos de Amoebidae (2,4%), também foram encontrados. No Parque Ecológico, foram realizadas 16 coletas entre os meses de novembro de 2006 a fevereiro de 2008. Os pequenos mamíferos capturados (N= 103) correspondem aos roedores Myocastor coypus (6,8%), Nectomys squamipes (1,0%), Rattus rattus (20,4%), e o marsupial Didelphis albiventris (71,8%). O total de amostras fecais coletadas foi de 279, e 207 apresentaram-se positivas para parasitas, representando 74,2%. Foram encontrados adultos de Cruzia tentaculata (1,4%), larvas de Nematoda (24,1%), ovos de Ascarididae (3,4%), Capillaridae (2,9%), Cruzia tentaculata (67,6%), Oxyuridae (3,4%), semelhantes à Dioctophyma sp. (1,0%); semelhante à Syngamus sp. (6,3%), Spiruroidea (1,0%), Trichostrongylidae (21,2%), Trichuridae (19,8%), Hymenolepis diminuta (0,5%), Trematoda (8,2%), e Acanthocephala (1,9%). Oocistos de Coccidiida (39,6%), Eimeria sp. (4,3%) e Isospora sp. (1,0%) também estiveram presentes. Akodon montensis foi o animal mais frequente e com maior número de morfotipos de parasitas do reservatório de Jaguari, o mesmo ocorreu com o marsupial Didelphis albiventris no Parque Ecológico. Os parasitas mais frequentes foram os de ciclo monoxênico, que estão intimamente ligados aos hábitos dos animais estudados. / Abstract: The parasites occur practically in all trophic levels and their transmission can depend by the presence of a variety of intermediate, parathenic and definitive hosts within the ecosystem. They have important effects over their host populations as, behaviour changing, reproductive success and mortality. By these reasons, some authors consider then important environmental indicators. The objective of this studying was the epidemiology and the intestinals parasites biodiversity in wild mammals from the reservoir of Jaguari, located at the City of Vargem, São Paulo state, and relates with the hosts habits. The specimens were captured by traps, than measured, checked the weight, marked, the faeces were collected and the animals were released. For the intestinals parasites research, the sedimentation and fluctuation methods were used, and autopsies were performed in some cases. In the Jaguari reservoir 23 collects were performed between august 2005 to august 2007. The smalls captured mammals (N= 235) were: Akodon montensis (71.5%), Calomys sp. (6.8%), Oligoryzomys nigripes (14%), Didelphis aurita (3.4%), Gracilinanus sp. (0.4%), Lutreolina crassicaudata (0.4%), Monodelphis sp. (2.1%) and Sylvilagus brasiliensis (1.3%). Also faeces samples were collected (N=44) from the margins of the reservoir as: Hydrochoerus hydrochaeris (56.8%), Lontra longicaudis (38.6%) and Puma concolor (4.5%). From the 303 samples, 205 showed positive for parasites, representing 67.6%. Were found: adults of Cruzia tentaculata (0.5%), larvae of Nematoda (18.5%), Ascarididae eggs (2.9%), Cruzia tentaculata (1.5%), Oxyuridae (0.9%), similars to Dioctophyma sp. (0.5%), Syphacia sp. (0.5%), Toxocaridae sp. (0.5%), Trichostrongylidae (79%), Trichuridae (17%), Hymenolepis diminuta (0.9%), Hymenolepis nana (5.4%), Pseudophyllidea (0.9%), Taeniidae (0.5%), Trematoda (6.3%) and Acanthocephala (3.4%). Cysts of Amoebidae (1.9%), Giardia sp. (0.9%), similars to Balantidium sp. (0.5%), oocysts of Coccidiida (10.2%), Eimeria sp. (0.9%) and trophozoites of Amoebidae (2.4%), also were found. In the Ecological Park, were done 16 collects between November 2006 to February 2008. The small mammals captured (N= 103) were the rodents Myocastor coypus (6.8%), Nectomys squamipes (1.0%), Rattus rattus (20.4%), and the marsupial Didelphis albiventris (71.8%). The total faeces samples collected was 279, and 207 showed positive for parasites, representing 74.2%. Were found adults of Cruzia tentaculata (1.4%), Nematoda larvae (24.1%), Ascarididae eggs (3.4%), Capillaridae (2.9%), Cruzia tentaculata (67.6%), Oxyuridae (3.4%), similars to Dioctophyma sp. (1.0%); similar to Syngamus sp. (6.3%), Spiruroidea (1.0%), Trichostrongylidae (21.2%), Trichuridae (19.8%), Hymenolepis diminuta (0.5%), Trematoda (8.2%), and Acanthocephala (1.9%). Oocysts of Coccidiida (39.6%), Eimeria sp. (4.3%) and Isospora sp. (1.0%) were present as well. Akodon montensis was the most frequent animal and with the highest number of parasites morphotypes from the Jaguari reservoir, the same happened with the marsupial Didelphis albiventris in the Ecological Park. The most frequent parasites were those which have monoxenic cycle, which are intimately connected to the feed habits from the studied animals. / Doutorado / Parasitologia / Doutor em Parasitologia

Orientador: Wesley Rodrigues Silva / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T16:39:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leiner_NataliaOliveira_D.pdf: 1793051 bytes, checksum: 67b783e1e2d52a03688d55890fd30fc8 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Diversos fatores influenciam os padrões de uso de espaço de pequenos mamíferos, tais como estrutura de hábitat, riscos de predação e período reprodutivo. O objetivo desse estudo foi investigar a influência de tais fatores sobre o uso de espaço de roedores e marsupiais em diferentes escalas. No primeiro capítulo, analisamos a estrutura das comunidades de pequenos mamíferos não-voadores que ocorrem em fragmentos florestais e em áreas em restauração, e investigamos quais componentes do hábitat influenciam a composição de espécies dessas comunidades. De forma geral, os resultados mostraram que a composição de espécies é um reflexo das preferências que as espécies apresentam por determinados componentes do hábitat, de forma que características estruturais da vegetação e sensibilidade das espécies às alterações determinam a estrutura das comunidades de pequenos mamíferos nos hábitats amostrados. No segundo capítulo, testamos a hipótese de que a importância de diferentes fatores na seleção de hábitats por Marmosops incanus e Marmosops paulensis depende da escala de observação, e a hipótese de que o uso de hábitat funciona como um mecanismo para garantir a coexistência dessas duas espécies, de forma que essas espécies devem selecionar diferentes componentes do hábitat e/ou apresentar segregação no uso vertical do espaço. Os resultados demonstraram que ambas as espécies selecionam os fragmentos florestais pela presença de maior complexidade estrutural e sub-bosque denso, variável que também influenciou a distribuição dessas espécies na escala do meso-hábitat. Na escala mais fina, do micro-hábitat, foram detectados padrões contrastantes de seleção para cada espécie. Enquanto M. incanus preferiu locais com maior estruturação vertical entre 0.5 e 1.0 m, M. paulensis não apresentou padrões claros de seleção de hábitat. Esse resultado aponta a influência da escala de observação nos padrões de seleção de hábitat. Apesar das espécies não apresentarem segregação na seleção de componentes do hábitat, houve segregação no uso vertical do espaço e a abundância das espécies foi negativamente correlacionada, apoiando em parte a segunda hipótese. No terceiro capítulo, corroboramos a hipótese de que a cobertura de gramíneas determina o uso de hábitat e os padrões de forrageamento por espécies de roedores. Sugerimos que a seleção por áreas com maior cobertura vegetal está relacionada com a diminuição dos riscos de predação durante o forrageamento. Por fim, no quarto capítulo analisamos a organização espacial de machos e fêmeas de M. paulensis durante o ano. Os resultados indicaram que as fêmeas apresentam uma estratégia territorial que parece estar associada à distribuição e previsibilidade dos recursos alimentares, e não ao período reprodutivo e a presença de filhotes. / Abstract: Several factors may influence habitat selection and spatial organization of small mammals, such as habitat structure, predation risks and reproductive activity. The goal of this study was to evaluate the role of these factors on space use patterns of rodents and marsupials at multiple scales. In the first chapter, we evaluated community structure of non-volant small mammals inhabiting forest fragments and restored sites, and discussed which habitat components influenced species composition of these communities. Our results showed that species composition reflects species habitat selection, in a way that habitat structure and ability to occupy disturbed sites determine species composition and community structure in the sampled habitats. In the second chapter, we evaluated the hypotheses that 1) Marmosops habitat selection is scale dependent and 2) in order to coexist, M. incanus and M. paulensis should partition habitat use, through differential use of habitat components and/or segregation in the use of vertical strata. Both M. incanus and M. paulensis occurred almost exclusively at forest fragments, due to higher structural complexity and the presence of a dense and low understory, which also determined the distribution of these species inside the fragments. At a smaller, mesohabitat scale, both species selected areas providing dense understorey, especially vertical obstruction 0-0.5 m above ground. At a finer, micro-habitat scale, we detected contrasting patterns for each species. At this scale, M. incanus preferred places with higher plant cover and higher vertical obstruction 0.5-1.0 m above ground, while M. paulensis presented no evident pattern of habitat selection. Although our results failed to find selection for different habitat variables between M. incanus and M. paulensis, we found an inverse numerical association between species and segregation in the use of vertical strata, thus partially supporting the second hypothesis. In the third chapter, we confirmed the hypothesis that rodent habitat use and foraging behavior is determined by grass cover. We suggested that small rodents avoid foraging in reduced cover sites due to high perceived predation risks. Finally, the fourth chapter evaluated the spatial organization of M. paulensis males and females. As expected, evidence demonstrated that M. paulensis presents a promiscuous mating system, with females defending territories and males moving between these areas, as a strategy to maximize reproductive success. The occurrence of territoriality in females seems to be determined by the distribution and predictability of food resources, rather than reproductive activity and the presence of young. / Doutorado / Doutor em Ecologia

Orientadores: Sérgio Furtado dos Reis, Eduardo Guimarães Martins / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T08:14:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_MarcosViniciusde_M.pdf: 7387765 bytes, checksum: dbae53054702be911926e036e367711a (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O objetivo do presente trabalho foi investigar diversos parâmetros de interesse para a ecologia populacional de Gracilinanus microtarsus. Em particular os objetivos foram estimar probabilidade sobrevivência e verificar como a população de G. microtarsus do Cerrado de Mogi Guaçu no estado de São Paulo se comporta com relação ao contínuo de estratégias reprodutivas; estimar taxas de captura e recaptura e verificar se os indivíduos na população do Cerrado de Mogi Guaçu se comportam com relação a chance de ser mais ou menos capturados; estimar o tamanho populacional e verificar se existe variação temporal nesse parâmetro. As estimativas de sobrevivência obtidas para G. microtarsus nesse estudo no Cerrado da Fazenda Campininha no município de Mogi Guaçu em São Paulo variaram entre um mínimo de 0,484 e um máximo de 0,815. A população de G. microtarsus no Cerrado da Fazenda Campininha se comporta do ponto de vista demográfico como semalpara parcial. O tamanho populacional de G. microtarsus na área de cerrado da Fazenda Campininha mostrou-se mais elevado estatisticamente nos meses de maior pluviosidade. As estimativas nesses meses, novembro, dezembro (2005), janeiro e março (2006), variaram de 20 a 30. As estimativas nos meses de dezembro (2005) e janeiro (2006) foram as mais altas com 24 e 31, respectivamente. Nossos dados para o maior tamanho populacional estimado para os meses mais quentes descritos no trabalho, sugerem uma forte influência da estação quente e úmida, onde a oferta de alimentos, principalmente insetos, é maior na região de estudo e é aquela que parece melhor favorecer a reprodução e o desenvolvimento de filhotes da cuíca G. microtarsus / Abstract: The purpose of this study was to investigate aspects of the population ecology of Gracilinanus microtarsus. Specifically, the primary objectives were to estimate the probability of survival and to assess the behavior of the population of G. microtarsus from the Cerrado de Mogi Guaçu in the state of São Paulo with respect the semelparity-iteroparity continuum; to estimate probabilities of capture and recapture; and to estimate population size and temporal variation in this parameter. Estimates of survival varied between 0.484 and 0.815. The population of G. microtarsus in the Cerrado de Mogi Guaçu behaves as partial semelparous. Population size was higher in the months of higher pluviosity / Mestrado / Biodiversidade Animal / Mestre em Biologia Animal

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Os genes Hox padronizam o corpo dos vertebrados durante o desenvolvimento embrionário, e a compreensão de sua evolução pode elucidar mecanismos genéticos subjacentes à evolução morfológica. A evolução molecular dos genes Hox imprime assinaturas em regiões regulatórias, as quais potencialmente afetam sua expressão gênica, como os elementos cis-regulatórios (CREs) que ladeiam o cluster D de Hox e seus RNAs não-codificantes (ncRNAs). Essa Tese de Doutorado enfoca a evolução regulatória de genes HoxD envolvidos no estabelecimento dos eixos corpóreos axial ântero-posterior (AP) e apendiculares em linhagens de aminiotas que exibem características morfológicas homoplásticas peculiares: os squamatas serpentiformes (Capítulos I e II) e os marsupiais Diprotodontia (Capítulo III). No Capítulo I investigou-se, em serpentes e anfisbênias, se assinaturas regulatórias envolvidas no estabelecimento das morfologias serpentiformes foram impressas na Sequência Conservada B (Conserved Sequence B, CsB), um CRE centromérico de Hoxd10-13. Usando lagartos e outros tetrápodes como referência para a morfologia serpentiforme, regiões conservadas de CsB foram sequenciadas em 38 espécies de Squamata, cujos TFBS foram preditos e comparados. Ambas linhagens serpentiformes exibem assinaturas regulatórias divergentes e convergentes ausentes em lagartos; a convergência localizou-se em um segmento de CsB que concentra perda nas linhagens serpentiformes de diversos TFBS com funções no desenvolvimento de membros e a aquisição de um sítio de ligação para PBX1. Essa assinatura convergente impressa durante evoluções independentes da morfologia serpentiforme pode estar relacionada à elongação corpórea e à perda dos membros, evidenciando um papel do CsB no desenvolvimento do eixo AP. No Capítulo II, foi investigado se um CRE telomérico (CNS65) e um centromérico (Island I) de Hoxd, os quais regulam respectivamente regiões proximais e distais dos membros tetrápodes em desenvolvimento, retêm suas capacidades regulatórias em Serpentes. Expressões de gene repórter desses CREs de serpentes foram realizadas em camundongo transgênico, revelando deficiência de suas atividades regulatórias nos brotos de membro. A comparação dos TFBS preditos nesses elementos entre serpentes e outros tetrápodes revelou que TFBS relacionados ao desenvolvimento dos membros foram perdidos nas sequências das serpentes. Ainda, essa comparação indicou um elemento em CNS65 potencialmente envolvido especificamente na regulação da formação de estilopódio/zeugopódio, e três elementos na Island I exclusivamente reguladores do desenvolvimento autopodial. A perda de membros em x serpentes aparentemente imprimiu assinaturas nesses CREs de Hoxd que possivelmente contribuíram para sua degeneração funcional, putativamente indicando módulos específicos de regulação nos membros. No Capítulo III, ncRNAs do cluster D de Hox foram estudados no contexto da evolução morfológica do autopódio posterior e heterocronia entre o desenvolvimento de membros anteriores e posteriores em Macropus eugenii. Os ncRNAs mapeados sobre o cluster D de Hox foram selecionados a partir de transcritoma de membros de embriões de M. eugenii nos dias 23 (d23) e 25 (d25) de gravidez, e sua conservação, perfis transcricionais e padrões de expressão foram explorados. A comparação com sequências ortólogas de outros mamíferos revelou cinco ncRNAs conservados em mamíferos, e três aparentemente exclusivos dos marsupiais. Os perfis transcricionais de genes HOXD10-13 e dos ncRNAs do cluster D de Hox foram predominantemente equivalentes. Os padrões de expressão de XLOC46 foi similar aos dos genes HOXD terminais de camundongo e M. eugenii, enquanto que XLOC52 e XLOC53 apresentaram expressão idêntica à desses genes em M. eugenii, exceto pela baixa expressão de XLOC53 no d25. Os ncRNAs intergênicos/intrônicos aos genes HOXD9-12 possivelmente regulam a expressão de genes HOXD terminais em mamíferos, enquanto que XLOC52 e XLOC53 constituem bons candidatos para investigação relacionada à evolução dos membros de marsupiais. Esta Tese demonstra como estudos de assinaturas regulatórias na evolução de genes do desenvolvimento contribuem para o entendimento das histórias evolutivas de divergência entre linhagens e d / Hox genes pattern the vertebrate body during embryonic development, and understanding their evolution may unravel genetic mechanisms subjacent to morphological evolution. Molecular evolution of Hox genes entails signatures in regulatory regions that potentially affect gene expression, such as the cis-regulatory elements (CREs) that surround the HoxD cluster and its noncoding RNAs (ncRNAs). In this PhD Thesis, I have explored regulatory evolution of HoxD genes engaged in the development of appendicular and anterior-posterior body (AP) axes in amniotic lineages that exhibit homoplastic morphological peculiarities: snakelike squamates (Chapters I and II) and diprotodontid marsupials (Chapter III). In Chapter I, I investigated in snakes and amphisbaenians, whether equivalent regulatory signatures were registered in the Conserved Sequence B (CsB), a centromeric Hoxd10-13 CRE, during evolution of snakelike morphologies. Using lizards and other tetrapods to represent the lacertiform morphology, conserved regions within CsB were sequenced from 38 squamate species, and transcription factor binding sites (TFBS) were predicted and compared among groups. Both snakelike lineages carry divergent and convergent regulatory signatures not identified in lizards; the convergence located in one CsB segment comprised loss of limb-related TFBS and gain of a binding site for PBX1. This convergent regulatory signature registered along two independent processes of snakelike evolution may relate to body elongation and limb loss, and evidences a role of CsB for AP axis development. In Chapter II, I investigated whether a telomeric (CNS65) and a centromeric (Island I) Hoxd enhancer that regulate gene expression respectively at proximal and distal regions of developing limbs retain their regulatory capacities in Serpentes. Gene reporter expression of these CREs from snakes were performed in transgenic mice and revealed that their regulatory activities were abrogated in limb buds. Comparison of predicted TFBS in these elements between snakes and limbed tetrapods revealed limb-related TFBS apparently lost in snakes, and pointed to one potential stilopodium/zeugopodium-specific element in CNS65 and three likely autopodium-specific elements in Island I. Limb loss in snakes registered signatures in Hoxd CREs that possibly contributed for their functional impairment, putatively indicating limb-specific modules. Finally, in the chapter III, I studied ncRNAs from HoxD cluster in the context of hindlimb morphological evolution and heterochrony between fore and hindlimb development in the tammar wallaby Macropus eugenii. The ncRNAs mapped to HoxD cluster were selected from transcriptome performed using tammar embryo limbs at days 23 (d23) and 25 (d25) of viii pregnancy, and their conservation, transcriptional profiles and expression patterns were explored. Comparison with orthologous sequences in other mammals revealed five ncRNAs conserved among mammals, and three transcripts apparently exclusive to marsupials. Transcriptional profiles of HOXD10-13 and HoxD ncRNAs were mostly equivalent. XLOC46 expression patterns resembled those of mouse and tammar terminal HOXD genes, whereas XLOC52 and XLOC53 showed identical expression patterns to those genes of tammar, except for XLOC53 low expression at d25. The ncRNAs intergenic/intronic to HOXD9-12 may regulate expression of terminal HOXD genes in mammals, and XLOC52 and XLOC53 are suitable for investigation regarding limb evolution in marsupial. This PhD Thesis demonstrates how studies of evolutionary footprints in regulatory elements of developmental genes contribute for elucidating specific processes during lineages divergence as well as functional aspects of these genes during development.

The follicle and its enclosed oocyte share intimate and critical communication that regulates folliculogenesis and produces a mature oocyte. Protein and RNA accumulated in the oocyte during oogenesis control fertilization and direct embryonic development until the embryonic genome activates. Most knowledge of mammalian oocyte biology has been derived from eutherian species. Marsupials deserve more detailed studies because they have a distinct reproductive biology that offers a unique perspective from which to consider mammalian reproduction. The oocyte biology of the tammar wallaby, Macropus eugenii, is the focus of research in this thesis. Cold storage, a simple method for transporting ovarian tissue, was evaluated using histological techniques and follicle culture to assess the structure and function of tammar ovarian tissue. In vitro techniques were used to examine and compare: -folliculogenesis in prepubertal and adult animals, - fertilization of in vivo and in vitro matured oocytes, - and embryo development in follicular and tubal oocytes. / Tammar ovaries were placed in cold storage (PBS at 4?C) for 24 or 48 hours. Necrotic changes were minimal in ovarian follicles after cold storage and preantral follicles isolated from ovarian tissue after cold storage grew by similar amounts as non-stored follicles when cultured for 4 days in vitro. Although the general morphology and growth of follicles are unaffected after cold storage for up to 48 hours, the viability of the oocyte is of prime importance. The next important stages of this study were to develop in vitro techniques for follicle culture and for oocyte maturation and fertilization for future assessment of oocytes after cold storage. / A defined (serum-free) culture system was developed to grow isolated preantral follicles from prepubertal and adult tammars. FSH promoted follicle growth and antrum formation in follicles from prepubertal tammars. Although FSH promoted growth in follicles from adult tammars, other factors present in serum were required for antrum formation. Therefore, once the hypothalmo-pituitary-gonadal axis is mature, hormones and growth factors modify the mechanism of antrum formation. Only follicles that developed an antrum in the presence of serum had granulosa and theca layers that had appropriately differentiated. While FSH stimulates follicle growth in vitro, more complex conditions are required to promote granulosa and theca differentiation. / Intra-cytoplasmic sperm injection (ICSI) was successfully used to compare fertilization of in vivo and in vitro matured oocytes as well as the development of mature oocytes collected from the ovary (surrounded by zona pellucida) or from the oviduct (surrounded by zona pellucida and mucoid coat). In vitro matured oocytes proceeded though the early stages of fertilization (e.g. sperm nuclear decondensation, pronuclear formation), but not syngamy. After sperm injection, in vivo matured oocytes cleaved as far as the 8-cell stage. Oocytes do not lose their ability to fertilize after acquisition of the mucoid coat, since tubal oocytes cleaved as far as the 8-cell stage after sperm injection. Follicular oocytes develop as far as the 5-cell stage after sperm injection, but embryos had a large cleavage cavity that hindered cell-cell contact. While the mucoid coat is not required for cleavage, it is important for appropriate cell-cell interaction and normal early development of the embryo. / This, the most detailed in vitro study of marsupial oocyte biology, has shown that there are many similarities in the biology of marsupial and eutherian oocytes but that the unique biology of marsupials offers a significant perspective on mammalian reproduction. This work also lays the foundation for the effective use of assisted reproductive techniques for conservation of Australia’s unique mammalian fauna.

The follicle and its enclosed oocyte share intimate and critical communication that regulates folliculogenesis and produces a mature oocyte. Protein and RNA accumulated in the oocyte during oogenesis control fertilization and direct embryonic development until the embryonic genome activates. Most knowledge of mammalian oocyte biology has been derived from eutherian species. Marsupials deserve more detailed studies because they have a distinct reproductive biology that offers a unique perspective from which to consider mammalian reproduction. The oocyte biology of the tammar wallaby, Macropus eugenii, is the focus of research in this thesis. Cold storage, a simple method for transporting ovarian tissue, was evaluated using histological techniques and follicle culture to assess the structure and function of tammar ovarian tissue. In vitro techniques were used to examine and compare: -folliculogenesis in prepubertal and adult animals, - fertilization of in vivo and in vitro matured oocytes, - and embryo development in follicular and tubal oocytes. / Tammar ovaries were placed in cold storage (PBS at 4?C) for 24 or 48 hours. Necrotic changes were minimal in ovarian follicles after cold storage and preantral follicles isolated from ovarian tissue after cold storage grew by similar amounts as non-stored follicles when cultured for 4 days in vitro. Although the general morphology and growth of follicles are unaffected after cold storage for up to 48 hours, the viability of the oocyte is of prime importance. The next important stages of this study were to develop in vitro techniques for follicle culture and for oocyte maturation and fertilization for future assessment of oocytes after cold storage. / A defined (serum-free) culture system was developed to grow isolated preantral follicles from prepubertal and adult tammars. FSH promoted follicle growth and antrum formation in follicles from prepubertal tammars. Although FSH promoted growth in follicles from adult tammars, other factors present in serum were required for antrum formation. Therefore, once the hypothalmo-pituitary-gonadal axis is mature, hormones and growth factors modify the mechanism of antrum formation. Only follicles that developed an antrum in the presence of serum had granulosa and theca layers that had appropriately differentiated. While FSH stimulates follicle growth in vitro, more complex conditions are required to promote granulosa and theca differentiation. / Intra-cytoplasmic sperm injection (ICSI) was successfully used to compare fertilization of in vivo and in vitro matured oocytes as well as the development of mature oocytes collected from the ovary (surrounded by zona pellucida) or from the oviduct (surrounded by zona pellucida and mucoid coat). In vitro matured oocytes proceeded though the early stages of fertilization (e.g. sperm nuclear decondensation, pronuclear formation), but not syngamy. After sperm injection, in vivo matured oocytes cleaved as far as the 8-cell stage. Oocytes do not lose their ability to fertilize after acquisition of the mucoid coat, since tubal oocytes cleaved as far as the 8-cell stage after sperm injection. Follicular oocytes develop as far as the 5-cell stage after sperm injection, but embryos had a large cleavage cavity that hindered cell-cell contact. While the mucoid coat is not required for cleavage, it is important for appropriate cell-cell interaction and normal early development of the embryo. / This, the most detailed in vitro study of marsupial oocyte biology, has shown that there are many similarities in the biology of marsupial and eutherian oocytes but that the unique biology of marsupials offers a significant perspective on mammalian reproduction. This work also lays the foundation for the effective use of assisted reproductive techniques for conservation of Australia’s unique mammalian fauna.

Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-04-27T15:32:09Z No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 1846108 bytes, checksum: fb9211d08b5d703a2c5cc6f6f58d918c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-27T15:32:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 1846108 bytes, checksum: fb9211d08b5d703a2c5cc6f6f58d918c (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Plague is a zoonosis whose reservoir system is composed by communities of small mammals in foci that are independent in time and space. The small mammals’ assemblage of a focus is one of the factors that regulates the fluctuations on the transmission cycle through composition variance and population parameters of each species. The comprehension of the structure and dynamics of the reservoir system of a plague focus can be a predictive tool to foresee risk of epizootic events. The present dissertation analysed the Borborema Plateau Plague focus through a zoonosis and community ecology by studying the small mammals that compose the reservoir system. The first chapter demonstrates through theory that Plague is a complex ecological entity, with several models created to explain its dynamics, although the current knowledge has a bias caused by the epidemiological surveillance models. The second chapter performs an analysis of beta-diversity on the focus, with data from a field survey in Alagoa Grande and Areia, municipalities within the focus, with 3640 traps/night of sampling effort; recovery of data from vigilance campaigns from the Health District of Garanhuns in 1981, Museum registries and literature records; obtaining 30 localities with 29 species registered. The analysis indicated high compositional dissimilarity between localities (beta-diversity > 0.9), with dominance of turnover, but confirmed the unity of the small mammal metcommunity in the Borborema Plateau. The findings in this chapter recovered a partition in the small mammal community between the peridomestic and sylvatic habitats, with beta-diversity of 0.517. The analyses weren’t capable of delimitate the focus solely by its reservoir system. The chapter also introduces the concept of metafocus, areas with geographically restricted activity within the whole expansion of the focus, controlled by a series of variables, as a theoretical possibility to explain the focus’ activity pattern. The third chapter reports the epidemiological surveillance action performed in the two municipalities from within the focus, in the state of Paraíba, capturing 45 individuals, obtaining 27 samples for PCR and bacteriology, and 7 samples for serum analysis. With all test results being negative, the quiescence period in the focus is reaffirmed, but the vigilance measures must go on, as foci might reemerge after long innactive periods, and the current situation of epidemiologic transition. / Peste é uma zoonose cujo sistema reservatório é composto por comunidades de pequenos mamíferos em focos independentes no tempo e espaço. A comunidade de pequenos mamíferos tem papel importante na regulação e mediação das flutuações do ciclo de transmissão através de sua composição e parâmetros populacionais das espécies. A compreensão da estrutura e dinâmica da comunidade de pequenos mamíferos de um foco de peste é uma ferramenta preditora para o risco de eventos epizoóticos. A presente dissertação analisou o foco de Peste da Chapada da Borborema por uma perspectiva de ecologia de zoonoses e comunidades, através de seu sistema reservatório visando responder duas perguntas: há partição da comunidade de pequenos mamíferos entre peridomicílio e remanescentes nativos? E, qual é o perfil pestoso dos ambientes peridomiciliar e selvático. O primeiro capítulo demonstra que a Peste pode ser considerada uma entidade ecológica complexa, com diversos modelos para explicar sua dinâmica, embora ainda incompletos, dado o viés amostral causado pela rotina de vigilância. O segundo capítulo realiza uma análise de beta-diversidade no foco; através de coletas em campo em Alagoa Grande e Areia, municípios circunscritos ao foco, com esforço total de 3640 armadilhas/noite; resgate do registro histórico das coletas de pequenos mamíferos na região através de fichas de atividade de vigilância em zoonoses da Regional de Saúde de Garanhuns em 1981, Livros do Tombo de duas coleções e registros da literatura; obtendo 30 localidades com registro de 29 espécies. As coletas em campo e as coletas da Regional de Saúde foram suficientes em amostrar a fauna do local, tendo a riqueza registrada condizente com a projeção do estimador Chao 1. As análises indicaram alta dissimilaridade composicional entre as localidades (betadiversidade > 0.9), com dominância do turnover, mas confirmaram a unidade da metacomunidade do Planalto da Borborema. Os achados do capítulo resgataram uma partição da comunidade de pequenos mamíferos entre o ambiente peridomiciliar e os remanescentes de vegetação nativa, com uma beta-diversidade de 0.517. O foco não é delimitável à partir apenas do sistema reservatório. Apresenta-se também a noção do metafoco, locais de atividade pontual e difusa dentro do território total do foco, com regime controlado por uma combinação de fatores ambientais ótimos, como uma possibilidade teórica para explicar a atividade do foco. O terceiro capítulo faz um inquérito epidemiológico nos dois municípios circunscritos ao foco no estado da Paraíba amostrados no capítulo anterior, capturando 45 indivíduos em campo, dos quais se obteve amostras para análises bacteriológicas e moleculares (27) e sorologia (7). Com todos os resultados negativos, temos a reafirmação do período quiescente do ciclo de transmissão, mas alertando que a quiescência não descarta as medidas de vigilância, dado que os focos podem reemergir, e o panorama epidemiológico mundial alerta para um período de transição zoonótica.