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The computational investigation of protein/ligand complexes : implications for rational drug design

Toschi, Francesca January 2004 (has links)
No description available.
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Algoritmo Eficiente para Simulación de Medios Granulares Densos

González Briones, Juan Sebastián January 2008 (has links)
En este trabajo presentamos un nuevo algoritmo para simulación de medios granulares densos que incluye partículas estáticas en presencia de gravedad. El modelo consiste en esferas duras inelásticas, para el cual contamos con un algoritmo de simulación eficiente. Extendemos la descripción de las partículas de manera de simular sólo las relevantes a la dinámica macroscópica del sistema. Presentamos tres casos de estudio: deposiciones sobre un suelo estático, avalanchas en un plano rugoso inclinado y el flujo en un tambor rotante. Estudiamos cómo dependen los observables físicos de los parámetros del algoritmo en tres casos: la fracción de empaquetamiento de esferas iguales, el ángulo de detención para avalanchas sobre un suelo rugoso y el perfil de velocidad en un tambor rotante. Los resultados obtenenidos son prometedores y muestran que el modelo de simulación conducida por eventos es útil para simular flujos densos, siempre y cuando se disipe energía de forma adecuada. La nueva extensión permite simular sistemas de interés en un tiempo computacional mucho menor que con métodos actuales. Concluimos mostrando diferentes sistemas que pueden ser simulados con nuestro algoritmo y proponemos futuras lineas de investigación.
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Agregação e proteção física da matéria orgânica em dois solos do sul do Brasil / Soil aggregates and physical protection of organic matter in two soils in southern Braszil

Conceição, Paulo César January 2006 (has links)
A proteção física é um importante mecanismo de estabilização da matéria orgânica (MO) em solos subtropicais. Desenvolveu-se quatro estudos sobre essa temática em solos com textura e mineralogia distintas, sendo os estudos 1 e 2 relacionados à avaliação de produtos (iodeto-NaI e politungstato de sódio-PTS) e de densidades de solução (1,8 a 2,2 g cm-3) sobre o rendimento das frações leve livre (FLL), leve oclusa (FLO) e pesada (FP) da MO do solo. Por sua vez, os estudos 3 e 4 objetivaram avaliar o efeito de sistemas de manejo de solo na agregação e acúmulo de C orgânico no solo, bem como verificar a importância da oclusão no acúmulo de C nas camadas de 0-5, 5-10 e 10-20 cm de um Argissolo Vermelho (220 g kg-1 argila) e de um Latossolo Vermelho (680 g kg-1 argila), há 18 e 25 anos, respectivamente, sob plantio direto (PD). Do ponto de vista metodológico verificou-se que na densidade de 1,8 g cm-3, o uso da solução de PTS resultou num aumento de 176 a 726% no C quantificado como FLO em comparação ao NaI, enquanto não foi verificado efeito significativo no rendimento do C na FLL. O aumento da densidade da solução de PTS de 1,8 para 2,0 g cm-3 aumentou de 30 a 99% o rendimento de C na FLO, não tendo sido verificado vantagens na recuperação de C com o uso da solução de 2,2 g cm-3. O sistema PD resultou num aumento dos estoques de carbono (C) orgânico e na estabilidade de agregados em comparação ao solo em preparo convencional (PC), sendo este efeito mais expressivo na camada superficial do solo (0-5 cm). Os estoques crescentes de C nas frações (FLL>FLO>FP) em ambos os solos indicam o efeito aditivo dos mecanismos de recalcitrância molecular, oclusão e proteção coloidal na estabilidade da MO do solo. O sistema PD não resultou em aumento no C da FLL em comparação ao solo em PC, indicando que as alterações no microclima, normalmente verificadas sob este sistema de manejo conservacionista, não foram responsáveis pelo acúmulo de C orgânico nos solos avaliados. Por outro lado, o PD promoveu aumento no C da FLO, evidenciando-se que a oclusão foi responsável por aproximadamente 30% do acúmulo de C orgânico nos solos sob este sistema conservacionista de manejo, em comparação ao solo em PC. A solução de PTS 2,0 g cm-3 é a mais adequada para os solos estudados em avaliações da proteção física da MO do solo, mecanismo o qual contribui expressivamente para o acúmulo de C orgânico em camadas superficiais de solos em plantio direto no Sul do Brasil. / The physical protection is a important mechanism of soil organic matter (SOM) stabilization in tropical and subtropical soils. Four studies focusing this subject were developed using soils with different texture and mineralogy. Two studies evaluated products (sodium iodide-NaI and sodium politungstate -SPT) and density of solutions (1.8 to 2.2 g cm-3) on C recovery in the free light fraction (FLF), occluded light fraction (OLF), and heavy fraction (HF) of the SOM. Other two studies evaluated the effect of the no-tillage (NT) on soil aggregates stability and on organic C accumulation, as well as the importance of the mechanism of occlusion on the C accumulation in the soil profile (0-5, 5-10 and 10-20 cm) of a sandy clay loam Paleudult (220 g kg-1 clay) and of a Rhodic Hapludox (680 g kg-1 clay). The use of 1.8 g cm-3 of solutions of SPT had a C recovery in the OLF 176 to 726% higher than using NaI solution, while no significant effect was verified on the C recovery in the FLF. The increase of density of SPT solution from 1,8 to 2,0 g cm-3 recovered from 30 to 99% more C in the OLF, while no advantages were verified on C recovery using density of 2.2 g cm-3. NT soil had higher aggregate stability and the stocks of organic C in comparison to conventional tillage (CT) soil, effects that were more pronounced on the surface soil layer (0-5 cm). The increase of C stocks in the fractions (FLF>OLF>HF) in both soils indicated an additive effect of the mechanisms of molecular recalcitrance, occlusion, and colloidal protection in the stability of the SOM. C stock in the FLF not increased in NT soils in comparison with CT soils, indicating that the microclimate alterations usually verified under this conservation management system were not responsible for the C accumulation in the evaluated soils. On the other hand, NT increases the C in the OLF, evidencing the occlusion as a mechanism responsible for approximately 30% of the C accumulation in the NT soils, in comparison with CT soils. The solution of SPT 2,0 g cm-3 was the more appropriate for using in studies of physical protection of the SOM in the evaluated soils, mechanism that have an important role to the C accumulation in the surface soil layers of Southern Brazilian no-tilled soils.
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Sobre as distribuições de momentum em reações (p,2p)

Mors, Paulo Machado January 1975 (has links)
Resultados obtidos de processos (p,2p) coplanares são apresentados através de diagramas de contorno das distribuições de momentum, no espaço de momentum. Os diagramas de contorno, traçados para o exemplo da reação 16O(p,2p) 15N, para os estados nucleares ls e lp, a energias de bombardeio de 200 MeV e de 378 MeV, mostram-se muito sensíveis à distorção causada pelos potenciais óticos que atuam sobre os prótons incidente e emergentes. Os diagramas apresentam-se deformados e deslocados em relação às formas circulares centradas na origem que teriam, no espaço de momentum, na ausência de distorção. A deformação e o deslocamento de cada diagrama são consequência, respectivamente, da absorção e do espalhamento elástico dos prótons de alta energia. / Results obtained from (p,2p) coplanar processes are presented by means of contour diagrams of momentum distributions in momentum space. The contour diagrams obtained for the example of the 16O(p,2p) 15N reaction, for the nuclear states ls and lp, at borábarding energies of 200 MeV and 378 MeV, appear to be very sensitive to the distortion caused by the optical potentials which act on the incident and emergent protons. Compared to the diagrams obtained in the absence of distortion, which are circular and centered at the origin, in momentum space, the distorted diagrams appear deformed and shifted. The deformation and the shift of each diagram are a consequence of the absorption and the elastic scattering of the high-energy protons, respectively.
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Simulação e interpretação de espectros Mössbauer em pequeno computador

Medero, Ivone Maluf January 1973 (has links)
A partir dos estudos de interações quadripolares, um modelo foi desenvolvido para calcular espectros Mössbauer. Fez-se uma simulação deste modelo para computador digital de pequeno porte com apresentação visual das curvas calculadas e facilidade de interação entre experimental e computador. Fez-se uma análise detalhada da estrutura hiperfina quadripolar e mostrou-se que através do cálculo exato dos valores das energias e amplitudes de transição, a interpretação de espectros Mössbauer experimentais torna-se mais fácil. Evidenciou-se a variação das amplitudes de transição em função do parâmetro de assimetria e a existência de transições “proibidas” quando o gradiente de campo elétrico não apresenta simetria axial. / Starting from studies of Nuclear Quadrupole Interractions a model was developed to calculate Mössbauer spectra. A program for simulation of this model on small digital computers was written which includes visual display of the calculated spectra and facilitates interaction between the computer and the user. A detailed analysis of nuclear hyperfine structure was and transition probabilities allows easier interpretation of Mössbauer spectra. Significant variations werw found in the calculated transition probabilities as a function of the asymmetry parameter, as well as the presence of “forbidden” transition when the field gradient is not axially symmetric.
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A pedra lançada no pântano: a contribuição de imagens na produçãode conhecimentos sobre corpo/espaço no ensino de teatro

Carneiro, Ana Maria Pacheco January 2010 (has links)
314f. / Submitted by Suelen Reis (suziy.ellen@gmail.com) on 2013-03-20T17:36:10Z No. of bitstreams: 5 Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%205.pdf: 5460161 bytes, checksum: 8b60c10a3323ad752f90254b6c19a36e (MD5) Tese%20Ana%20Carneiroparte%204.pdf: 7525353 bytes, checksum: 8de8803733f13bcefbb0c9e9c9c7f962 (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%203.pdf: 8308818 bytes, checksum: c140e725d6325a8be5d1d5186ac17c81 (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20%20parte%202.pdf: 8330884 bytes, checksum: f4d51eaad5db0eb1ccfb848e736ed2bd (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%201.pdf: 7088747 bytes, checksum: 87d3f50308797b134ecdbca9b70e9e2f (MD5) / Approved for entry into archive by Ednaide Gondim Magalhães(ednaide@ufba.br) on 2013-04-10T13:52:01Z (GMT) No. of bitstreams: 5 Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%205.pdf: 5460161 bytes, checksum: 8b60c10a3323ad752f90254b6c19a36e (MD5) Tese%20Ana%20Carneiroparte%204.pdf: 7525353 bytes, checksum: 8de8803733f13bcefbb0c9e9c9c7f962 (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%203.pdf: 8308818 bytes, checksum: c140e725d6325a8be5d1d5186ac17c81 (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20%20parte%202.pdf: 8330884 bytes, checksum: f4d51eaad5db0eb1ccfb848e736ed2bd (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%201.pdf: 7088747 bytes, checksum: 87d3f50308797b134ecdbca9b70e9e2f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-10T13:52:01Z (GMT). No. of bitstreams: 5 Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%205.pdf: 5460161 bytes, checksum: 8b60c10a3323ad752f90254b6c19a36e (MD5) Tese%20Ana%20Carneiroparte%204.pdf: 7525353 bytes, checksum: 8de8803733f13bcefbb0c9e9c9c7f962 (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%203.pdf: 8308818 bytes, checksum: c140e725d6325a8be5d1d5186ac17c81 (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20%20parte%202.pdf: 8330884 bytes, checksum: f4d51eaad5db0eb1ccfb848e736ed2bd (MD5) Tese%20Ana%20Carneiro%20parte%201.pdf: 7088747 bytes, checksum: 87d3f50308797b134ecdbca9b70e9e2f (MD5) Previous issue date: 2010 / A pesquisa ora apresentada está relacionada a um pensar a educação, contexto mais amplo em que ela se insere. A investigação teve como objetivo principal verificar a possibilidade de utilização de imagens como material didático-pedagógico na aquisição de conhecimentos no ensino de teatro. A hipótese é de que as imagens atuam como material mobilizador e provocador do imaginário e, dessa forma, podem ser utilizadas como recurso metodológico deflagrador de processos transformadores relacionados à apreensão de noções conceituais, no ensino de teatro. No que diz respeito à metodologia utilizada, a pesquisa foi realizada por meio de experimentação e análise a partir de práticas que ocorreram no interior de disciplinas do Curso de Teatro da Universidade Federal de Uberlândia (MG), em trabalhos que tiveram como foco o corpo e as relações com o espaço: movimentos e posturas, e que procuraram ampliar a capacidade de percepção do aluno/ator, aumentando o nível de atenção em relação a seu próprio corpo, bem como levá-lo a vivenciar experiências que apontassem caminhos para o estabelecimento de uma nova relação com o espaço. A investigação realizada tornou possível reconhecer como amplamente positivas as possibilidades oferecidas pelas imagens na apreensão de conceitos, principalmente por provocarem a união de percepção, imaginação e criatividade nos processos práticos desencadeados, bem como pelos aspectos lúdicos que proporcionam, permitindo a criação de um espaço onde as dificuldades encontradas pelos alunos podem ser enfrentadas com maior tranquilidade. / Salvador
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Pré tratamento de água para abastecimento humano utilizando processo eletrolítico por corrente contínua pulsada. / Pretreatment of water for human supply using pulsed direct current electrolytic process

Sampaio, Victor Cochrane Santiago 01 February 2016 (has links)
SAMPAIO, V. C. S. Pré tratamento de água para abastecimento humano utilizando processo eletrolítico por corrente contínua pulsada. 2016. 158 f. Tese (Doutorado em Engenharia Civil: Saneamento Ambiental) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Hohana Sanders (hohanasanders@hotmail.com) on 2016-12-26T12:56:53Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_vcssampaio.pdf: 3494404 bytes, checksum: 594aa5356705e3c9a5e3dd9c75af4260 (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2017-01-06T13:32:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_vcssampaio.pdf: 3494404 bytes, checksum: 594aa5356705e3c9a5e3dd9c75af4260 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-06T13:32:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_vcssampaio.pdf: 3494404 bytes, checksum: 594aa5356705e3c9a5e3dd9c75af4260 (MD5) Previous issue date: 2016-02-01 / This research evaluated the pulsed direct current electrolytic process in the treatment of Water. Laboratory-scale and pilot-scale tests were performed. In the experiment in Laboratory, the effects caused by types of electrodes (platinum, Stainless, aluminum and carbon steel) in several times of reaction in the raw water of the dam Gavião, besides comparing the chemical and physical reactions of the four electrodes in a reaction. In the jars test, the electrodes with oxidant characteristics Combined with a water clarification process and evaluated which electrode was most efficient. 50% and 100% of the dosage of reagents were tested in the process. In the pilot-scale test, Two configurations were tested in the pre-oxidation stage of water: a combined system With electrocoagulation (carbon steel electrodes) and electro-oxidation (steel electrodes Stainless steel electrodes) and an electro-oxidation-only system (stainless steel Platinum electrodes). In the electrocoagulation and electro-oxidation system, the removal Turbidity, apparent color and SUVA (specific ultraviolet light absorbance) at a flow rate of Operation of 10 L ∙ min-1 and with filtration rate of 326 m3 · m-2 · day-1. In the electrooxidation system, A factorial planning was done using the variable \"reagents\" in the Coagulation and flocculation and \"flow\". After the optimization of the electro-oxidation system, other Pre-oxidants were compared with the technology. In the laboratory scale, the results Showed that the electrodes of aluminum and carbon steel denoted coagulant actions on the While the stainless steel and platinum electrodes expressed oxidative actions. At the Jars test, the combination of the platinum electrodes with 100% of the reagent dosage Indicated greater efficiency in the removal of apparent color and turbidity. The electrocoagulation system And electro-oxidation in pilot scale met the requirements of Ordinance 2,914 in relation to color Apparent and turbidity and achieved a 19.51% to 26.45% removal of SUVA. In the system of Electro-oxidation in pilot scale, three different conditions of the system met the requirements Of Ordinance 2,914, in relation to the apparent color and turbidity. It was verified that only the \"Reagents\" was significant for the removal of turbidity, and the \"reagents\" and \"flow\" Were significant for the removal of apparent color, while the factors \"reagents\", \"flow\" And the interaction of the two were significant for removal of SUVA. In the comparison with Other pre-oxidants, the electrolytic process proved to be as efficient as chlorine and dioxide Of chlorine. No technology, however, has managed to meet the limits imposed by the Ordinance 2,914 / MS for total trihalomethanes. The electrolytic process by direct current Pulsed was shown to be effective in the pre-oxidation step in water treatment. / Essa pesquisa avaliou o processo eletrolítico por corrente contínua pulsada no tratamento de água. Foram realizados testes em escala laboratorial e em escala-piloto. No experimento em escala laboratorial, investigaram-se os efeitos provocados por tipos de eletrodos (platina, aço inoxidável, alumínio e aço carbono) em diversos tempos de reação na água bruta do açude Gavião, além de comparar as reações químicas e físicas dos quatro eletrodos em um tempo de reação. No teste de jarros, foram utilizados os eletrodos com características oxidantes combinado com um processo de clarificação da água e avaliado qual eletrodo era mais eficiente. Foram testadas 50% e 100% da dosagem de reagentes no processo. No teste em escala-piloto, foram testadas duas configurações na etapa de pré-oxidação da água: um sistema combinado com eletrocoagulação (eletrodos de aço carbono) e eletro-oxidação (eletrodos de aço inoxidável) e um sistema somente de eletro-oxidação (eletrodos de aço inoxidável com eletrodos de platina). No sistema de eletrocoagulação e eletro-oxidação, avaliou-se a remoção de turbidez, cor aparente e SUVA (absorbância específica da luz ultravioleta) em uma vazão de operação de 10 L∙min-1 e com taxa de filtração de 326 m3·m-2·dia-1. No sistema de eletrooxidação, foi realizado um planejamento fatorial utilizando a variável “reagentes” na coagulação e floculação e “vazão”. Após a otimização do sistema de eletro-oxidação, outros pré-oxidantes foram comparados com a tecnologia. Na escala laboratorial, os resultados mostraram que os eletrodos de alumínio e aço carbono denotaram ações coagulantes sobre a água bruta, enquanto os eletrodos de aço inoxidável e platina exprimiram ações oxidativas. No teste de jarros, a combinação dos eletrodos de platina com 100% da dosagem de reagentes apontou maior eficiência na remoção de cor aparente e turbidez. O sistema de eletrocoagulação e eletro-oxidação em escala-piloto atendeu às exigências da Portaria 2.914 em relação a cor aparente e turbidez e conseguiu uma remoção de 19,51% a 26,45% de SUVA. No sistema de eletro-oxidação em escala-piloto, três condições diferentes do sistema atenderam às exigências da Portaria 2.914, em relação à cor aparente e turbidez. Foi verificado que somente o fator “reagentes” foi significativo para a remoção de turbidez, e os fatores “reagentes” e “vazão” foram significativos para a remoção de cor aparente, enquanto os fatores “reagentes”, “vazão” e a interação dos dois foram significativos para a remoção de SUVA. Na comparação com outros pré-oxidantes, o processo eletrolítico se mostrou tão eficiente quanto o cloro e o dióxido de cloro. Nenhuma tecnologia, entretanto, conseguiu atender os limites impostos pela Portaria 2.914/MS quanto aos trihalometanos totais. O processo eletrolítico por corrente contínua pulsada se mostrou eficaz na etapa de pré-oxidação em tratamento de água.
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Carbono orgânico do solo em sistema integrado de produção agropecuária / Soil organic carbon in integrated crop-livestock system

Cecagno, Diego January 2015 (has links)
Mudanças no uso da terra acarretam em modificações no balanço de carbono do solo, podendo elas ser positivas ou negativas. Sistemas integrados de produção agropecuária (SIPA), em plantio direto, podem vir a ser alternativas de uso conservacionista do solo. Nesse sentido, os objetivos deste estudo foram estimar os parâmetros da dinâmica da matéria orgânica do solo e utilizá-los nas predições e simulações a respeito do sequestro de carbono no solo. O estudo foi desenvolvido em um experimento em execução desde 2001 no município de São Miguel das Missões, no Sul do Brasil. Os tratamentos avaliados consistiram de diferentes intensidades de pastejo, reguladas pela altura de manejo do pasto (10, 20, 30 e 40 cm), além de áreas sem pastejo, em delineamento experimental de blocos completos ao acaso, com três repetições. O solo foi coletado (0-20 cm) após a colheita da soja (maio de 2014), juntamente com a área de mata nativa. Os valores dos coeficientes de humificação (K1) e de perda da matéria orgânica (K2) foram obtidos a partir da relação entre adição de carbono e os estoques de carbono orgânico (CO) do solo, com o uso de um modelo unicompartimental de predição. Os estoques de CO apresentaram entre 52 e 55 Mg ha-1, não diferindo entre os tratamentos. Os coeficientes K1 e K2 apresentaram valores de 0,18 e 0,011 ano-1. A quantidade de carbono que deve ser aportada anualmente para manter os estoques de CO é de 3,15 Mg ha-1 ano-1. O sistema integrado de produção de soja-bovinos de corte em plantio direto apresenta balanço positivo de carbono, independentemente da altura de manejo de pasto adotado ao longo do inverno, em um Latossolo oxídico no subtrópico. Predições indicam que os sistemas mais intensivos de pastejo (10 e 20 cm) não conseguem chegar aos estoques de carbono orgânico da mata nativa ao longo do tempo, enquanto os sistemas de pastejo com intensidade moderada (30 e 40 cm) e sem pastejo apresentam potencial de sequestro de carbono suficiente para se igualar à mata nativa, desde que os coeficientes de humificação e de perda da matéria orgânica do solo não mudem com o passar do tempo. / Changes in land use lead to changes in soil carbon balance, which can be positive or negative. Integrated crop-livestock systems (ICLS) under no-till may be an alternative regarding conservation soil management. In this sense, the objectives of this study were to estimate the parameters of the soil organic matter dynamics and use them in simulations and predictions about soil carbon sequestration. This study was conducted in an experiment established in 2001 at São Miguel das Missões County, in Southern Brazil. The treatments consisted of different grazing intensities, regulated by the pasture sward height (10, 20, 30 and 40 cm), and no grazing areas in an experimental design of randomized block design, with three replicates. The soil sampling (0-20 cm) occurred after soybean harvest (2014 May) in the experimental plots, and in a native forest area. The humification (K1) and loss of organic matter coefficients (K2) were obtained from the relationship between the carbon addition and soil organic carbon (SOC) stocks, using a one-compartment prediction model. There was no difference in SOC among treatments and they were between 52 and 55 Mg ha-1. The K1 and K2 coefficients value were 0.18 and 0.011 yr-1. The amount of carbon that must be added annually to maintain the SOC stocks is 3.15 Mg ha-1 yr-1. The integrated soybean production under no-tillage and beef cattle system presents a positive carbon balance, regardless of grazing intensity adopted during the winter season, in an oxidic Oxisol in the subtropics. Predictions indicate that the most intensive grazing systems (10 and 20 cm) cannot reach the soil organic carbon stocks of native forest area over time, while moderate grazing systems (30 to 40 cm) and no grazing areas have enough potential for carbon sequestration to reach the native forest area, since the coefficients of humification and loss of organic matter does not change over time.
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Implementation and optimisation of alternative therapeutics for use in Clostridium sporogenes as a delivery vehicle

Budd, Patrick G. January 2017 (has links)
Clostridium sporogenes is part of a highly diverse group of Gram positive, spore forming, anaerobic bacteria. C. sporogenes can be used as a delivery vehicle for chemotherapeutics in cancer treatment due to the inactive spore form of C. sporogenes only germinating in the microenvironment of the hypoxic tumour. Cancer, despite large investment in treatment and diagnosis, still remains one of the leading causes of death in the world. As such, improvements on current treatments are necessary to improve patient prognosis. Utilising C. sporogenes could be a cheap and effective way to do this by utilising their germination properties to deliver anti-cancer therapeutics directly to the hypoxic regions of solid tumours. Through introducing Prodrug Converting Enzymes (PCEs) into C. sporogenes when the spores germinate in the tumour the production of the PCE will result in the breakdown of a Prodrug into a toxic product resulting in an anti-cancer effect. This system is known as Clostridial Directed Enzyme Prodrug Therapy (CDEPT). Previous iterations of this system incorporated a nitroreductase gene, used for the breakdown of the prodrug CB1954. During this project alternative prodrugs were investigated, in this case carboxypeptidase G2. Alternatives into the prodrug and enzyme system are also being investigated in a direct action therapy in the form of the monoclonal anti-VEGF. The aims of this project were to implement the genes and optimise the activity of the drugs if necessary. It was also necessary to confirm that the bacterium was a non-pathogenic group 1 bacterium through sequencing and annotation of the genome.
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The role of polyadenylation in the induction of inflammatory genes

Gandhi, Raj D. January 2017 (has links)
Polyadenylation is a universal step in the production of all metazoan mRNAs except histone mRNA. Despite being universal, previous experiments have implicated it in the regulation of inflammation. An inflammatory system using RAW 264.7 murine macrophage cells was established with bacterial lipopolysaccharide (LPS) used as a stimulus. After improving the poly(A) tail test (PAT) method of measuring poly(A) tail lengths, it was applied to inflammatory mRNAs during the inflammatory response. Poly(A) tail length was shown to vary over the course of the inflammatory response, and for Tnf, this was even true of initial poly(A) tail size, which is widely believed to be uniform for the majority of mRNAs. The adenosine analogue cordycepin (3’-deoxyadenosine) was shown to have anti-inflammatory effects on mRNA, in line with existing literature, and is likely to be the anti-inflammatory component of Cordyceps militaris ethanol extract. Inhibition of either import of cordycepin into cells or phosphorylation of cordycepin was sufficient to abolish its anti-inflammatory effects. Adenosine treatment led to repression of Il1b mRNA, but did not repress other mRNAs tested that were cordycepin-sensitive. This suggests that cordycepin does not simply act by mimicking the effect of adenosine, and that the two compounds have distinct modes of action. Inhibiting deamination of cordycepin potentiated its effects. We also observed that pre-mRNA levels of inflammatory genes were decreased by cordycepin treatment, indicative of effects on transcription. Other groups have reported that cordycepin interferes with NF-B signalling. As NF-B is an important transcription factor for the induction of inflammatory genes, this would provide a basis for explaining our observation that cordycepin represses at the transcriptional level. However, we did not observe any changes in NF-B signalling, with degradation of IB completely unimpeded by cordycepin treatment. Notably, cordycepin did shorten the Tnf poly(A) tail, and the observed inhibition of polyadenylation is consistent with observations that cordycepin led to decreased efficiencies of mRNA 3’ cleavage and transcription termination for Tnf. Such effects on polyadenylation and 3’ processing of mRNA were hypothesised to particularly affect unstable mRNAs that depend on longer poly(A) tails for avoiding decay and/or mRNAs with a high rate of transcription. However, comparison of microarray data to data from RNA-seq of RNA from 4-thiouridine labelling experiments showed that cordycepin-sensitivity did not correlate with mRNA stability or transcription rate. Long noncoding RNAs (lncRNAs) were found to be enriched in cordycepin-treated cells. If some of those lncRNAs have regulatory roles in inflammation, cordycepin’s effects may be mediated through them. Lastly, cordycepin significantly altered pain behaviour in a rat model of osteoarthritis (OA), supporting its continued use as a lead compound for exploration of new OA therapeutics.

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