L’endocardite infectieuse (EI) est une maladie rare, de diagnostic difficile et de pronostic réservé. Staphylococcus aureus (SA) et les streptocoques oraux en sont les principaux microorganismes responsables. L’évaluation du risque de survenue de l’EI et l’amélioration des connaissances justifiant la stratégie de prévention nécessitent la mise en place de grandes cohortes cliniques et l’utilisation de bases médico-administratives. Chez les 2 008 patients (pts) présentant une bactériémie à SA de la cohorte multicentrique nationale VIRSTA, nous avons développé et validé un score prédictif d’EI comportant les caractéristiques initiales des pts et celles initiales et évolutives de la bactériémie. Les pts dont le score était ≤ 2 avaient un très faible risque d’EI (1% ; valeur prédictive négative [IC95%] = 99% [98;99]) comparés à ceux dont le score était ≥ 3, à risque d’EI élevé (17%) pour lesquels une échocardiographie devrait être effectuée. Utilisant la base médico-administrative du SNIIRAM, nous avons évalué la relation entre la pratique de gestes buccodentaires invasifs (GBDI) et la survenue d’EI à streptocoques oraux à partir d’une cohorte de 138 876 porteurs de prothèses valvulaires cardiaques ainsi que d’un plan expérimental de type case-crossover incluant 648 EI à streptocoques oraux. L’incidence d’EI à streptocoques oraux [IC95%] était de 93,7 pour 100 000 PA [82,4;104,9] sans augmentation significative du risque dans les 3 mois suivant un GBDI (RR= 1,25 [0,82;1,82]). Dans l’analyse case-crossover, la fréquence d’exposition à un GBDI dans les 3 mois précédent l’EI était faible mais plus élevée que lors de périodes contrôles antérieures (5,1% vs 3,2% ; OR : 1,66 [1,05;2,63]). Les GBDI pourraient contribuer au développement des EI à streptocoques oraux dans la population de pts porteurs de prothèses valvulaires cardiaques.La qualité des données de VIRSTA associée à la puissance du SNIIRAM ont permis l’identification des pts à risque d’EI à SA et la clarification de la contribution des GBDI dans les EI à streptocoques oraux. / Infective endocarditis (IE) is a rare disease, difficult to diagnose, with high morbidity and mortality rates. Main involved microorganisms are Staphylococcus aureus and oral streptococci. Clinical research to improve IE risk assessment and IE prevention strategy requires the establishment of large clinical cohort studies and the use of medico-administrative databases. Using data from the multicenter French prospective VIRSTA cohort study on 2 008 adult patients (pts) with Staphylococcus aureus bloodstream infection (SAB), we have developed and validated an IE prediction score taking into account pts’ background and initial SAB characteristics. Pts with a score ≤ 2 had a very low risk of IE (1%, negative predictive value [95% CI] = 99% [98;99]) compared to those with a score ≥ 3, at higher risk of IE (17%) for whom an echocardiography is needed. Using the medico-administrative SNIIRAM database, we assessed the relation between invasive dental procedures (IDP) and oral streptococcal IE in a population-based cohort study of 138 876 pts with prosthetic heart valves and a case-crossover study including 648 pts with oral streptococcal IE. Incidence rate of oral streptococcal IE [95% CI] was 93.7 per 100 000 PA [82.4;104.9] without significant increase within the 3 months following IDP (RR = 1.25 [0.82;1.82]). In the case-crossover analysis, exposure to IDP was more frequent in the 3 months preceding IE than during previous control periods (5.1% vs. 3.2%, OR: 1.66 [1.05;2.63]). IDP may contribute to the development of oral streptococcal IE in pts with prosthetic heart valves.The quality of data from VIRSTA study combined with the power of SNIIRAM database made possible the identification of IE at-risk SAB pts and the evaluation of the IDP contribution in oral streptococcal IE.

L’objectif de cette thèse était d’investiguer différents choix méthodologiques, en particulier le choix du délai et la prise en compte des causes médicales de décès, dans l’élaboration des indicateurs de mortalité post-hospitalière visant à refléter la qualité des soins.Dans une première phase, les données médico-administratives hospitalières des bénéficiaires du Régime Général (RG) de l’Assurance Maladie décédés dans l'année suivant une hospitalisation en 2008 ou 2009 ont été appariées aux causes de décès (base du CépiDc). Le taux d’appariement était de 96,4%.Dans une deuxième phase les séjours pour lesquels la cause initiale de décès pouvait être qualifiée d'indépendante du diagnostic principal du séjour ont été repérés à l'aide d'un algorithme et d'un logiciel s'appuyant sur des standards internationaux. Dans une troisième phase, le modèle le plus souvent utilisé à l'international pour évaluer la mortalité intra-hospitalière (modèle « de Jarman ») a été reproduit et utilisé pour construire des indicateurs de mortalité par établissement à 30, 60, 90, 180 et 365 jours post-admission, pour l'année 2009 (12 322 831 séjours PMSI-MCO des bénéficiaires du RG).L’indicateur de mortalité intra-hospitalière s’est révélé biaisé par les pratiques de sortie des établissements (caractérisées par la durée moyenne de séjour et le taux de transfert vers d’autres établissements). Les indicateurs à 60 ou 90 jours post-admission doivent être préférés à l’indicateur à 30 jours car ils ont l’avantage d’inclure presque tous les décès intra-hospitaliers, limitant notamment les incitations à maintenir les patients en vie jusqu’à la fin de la période de suivi et/ou à cesser de leur dédier des ressources une fois ce terme atteint. L’utilisation des causes de décès en supprimant les décès indépendants change de façon négligeable les indicateurs de mortalité globale par établissement, toutefois elle pourrait être utile pour des indicateurs spécifiques, limités à certaines pathologies ou procédures.Des réserves quant à la pertinence de ces indicateurs ont été décrites (limites du modèle et des variables d'ajustement, hétérogénéité de la qualité du codage entre les établissements), mettant en évidence la nécessité de recherches complémentaires, en particulier sur leur capacité à refléter la qualité des soins et sur l’impact de leur diffusion publique. A ce jour, l’interprétation des indicateurs de mortalité par établissement nécessite la plus grande prudence. / The main objective of this PhD work was to investigate different methodological options for the elaboration of post hospital mortality indicators aiming at reflecting quality of care, in particular to identify the most relevant timeframes and to assess the contribution of the causes of death information.In a first phase, the hospital discharge data of the French General health insurance scheme beneficiaries who died during the year following an hospital stay in 2008 or 2009 were linked to the cause of death register. The matching rate was 96.4%.In a second phase, the hospital stays for which the underlying cause of death could be qualified as independent from the main diagnosis were identified with an algorithm and a software relying on international standards.In a third phase, the method most widely used to assess in-hospital mortality (Dr Foster Unit method) was reproduced and used to construct hospital mortality indicators at 30, 60, 90, 180 et 365 days post-admission, on year 2009 (12 322 831 acute-care stays)..As in other countries, in-hospital mortality revealed biased by discharge patterns in the French data: hospitals : short length-of-stay or high transfer-out rates for comparable casemix tend to have lower in-hospital mortality. The 60-day and 90-day indicators should be preferred to the 30-day indicator, because they reflect a larger part of in-hospital mortality, and are less subject to the incentives either to maintain patients alive until the end of the follow-up window or to shift resources away when this length of stay is reached. The contribution of the causes of death seems negligible in the context of hospital-wide indicators, but it could prove its utility in future health services research about specific indicators limited to selected conditions or procedures.However, reservations about the relevance of hospital-wide mortality indicators aiming at assessing quality of care are described (limits of the statistical model and adjustment variables available, heterogeneity of the coding quality between hospitals). Further research is needed, in particular on the capacity of these indicators to reflect quality of care and on the impact of their public reporting. To date, the use of hospital-wide mortality indicators needs to be extremely cautious.

Bien que devenu un événement rare dans les pays riches, la mortalité maternelle est toujours considéré comme un marqueur du dysfonctionnement du système de soins d'un pays. Le premier travail de cette thèse avait pour objectif d'étudier l'évolution du profil de la mortalité maternelle en France entre 1998 et 2007 à partir des données de l'Enquête Nationale Confidentielle sur les Morts Maternelles (ENCMM). Le ratio de mortalité maternelle (RMM) est resté stable, avec 9 décès pour 100 000 naissances vivantes. Il se situe dans la moyenne basse des pays européens ayant un système renforcé de mesure, ce qui est relativement satisfaisant compte-tenu de l'évolution du profil des femmes et de l'augmentation observée ailleurs. La principale cause de décès était l'hémorragie obstétricale. La proportion des morts maternelles évitables n'a pas évolué et est restée au tour de 50%. Ces résultats soulignent qu'une réduction du RMM est envisageable. Pour cela, une meilleure compréhension de ses déterminants est essentielle. Le deuxième travail a abordé la question des disparités régionales. Cette analyse a montré que le risque de mort maternelle en postpartum, après prise en compte des certaines caractéristiques individuelles des femmes, était supérieur dans les DOM et en Ile-de-France, comparé au reste de la France métropolitaine, et que des facteurs liés au contenu et à l'organisation des soins pourraient être impliqués. La pertinence des leçons tirées de l’étude de la mortalité maternelle dépend de la validité de sa mesure. Le dernier travail avait pour objectif d’évaluer les écueils des statistiques de routine de mortalité pour étudier la fréquence et les causes de mortalité maternelle. La sous-estimation du RMM dans les statistiques de mortalité a diminué significativement au cours du temps. Cependant, les inexactitudes sont plus importantes que le RMM ne le montre ; en effet, pour 2007-2009 une mort maternelle sur trois de l’ENCMM n’est pas repérée dans les statistiques de mortalité et le profil de causes diffère de celui issu de l’ENCMM. / While maternal mortality has become a very rare event in developed countries, it remains a marker of the performance of a country’s health system. The first work of this thesis was to study the evolution of maternal mortality profile in France between 1998 and 2007 using data from the Confidential enquiry into maternal deaths (ENCMM). The maternal mortality ratio (MMR) remained stable, with 9 deaths per 100,000 live births, it is in the low average of other European countries that also have enhanced measurement systems, which is consider satisfactory in view of the evolution of profile of women and the rise of MMR observed elsewhere. The main cause of death was obstetric hemorrhage. The proportion of avoidable maternal deaths has not changed and remained around 50%. These results emphasize that reducing the MMR is possible, for this, a better understanding of its determinants is essential. The second work explored regional disparities of maternal mortality. The results showed that the risk of postpartum maternal death was higher, after taking women's individual characteristics into account, in the overseas districts (DOM) but also in Ile-de-France, compared with the rest of metropolitan France; we thus deduce that factors related to care may be involved.The relevance of lessons learned from the study of maternal mortality depends on the validity of the data used. The last work assessed the pitfalls of routine mortality statistics to study the frequency and profile of maternal mortality. The underestimation of MMR in mortality statistics has decreased significantly over time. However, inaccuracies are greater than suggested by the MMR; the routine statistics failed to identify one third of the maternal deaths identified by the ENCMM and the causes profile differs from that resulting from the ENCMM.

Contexte : Le délai d’accès au traitement pour cancer est un aspect important de la qualité des soins. Compte tenu de l’augmentation du nombre de cancers, les établissements de soins seront amenés à traiter un nombre élevé de patients atteints de cancers. Notre objectif était d’étudier le délai d’accès au traitement après le diagnostic de cancer chez les patients atteints de cancers du côlon (CC), du rectum-anus (RC) ou du poumon (CP) ainsi que les facteurs associés et l’impact des inégalités sociales.Méthode : A l’aide de codes diagnostiques de la classification internationale des maladies et de codes de la classification commune des actes médicaux, nous avons sélectionné dans la base du programme de médicalisation des systèmes d’information de nouveaux patients diagnostiqués pour CC, RC et CP en 2009-2010 et traités. Les informations sur ces patients ont été croisées avec celles des bénéficiaires d’affection longue durée pour ces cancers et avec celles de l’indice de désavantage social.Résultats : Nous avons inclus 15 694, 6 623 et 14 596 patients atteints et traités respectivement pour CC, CR et CP. Les délais médians entre l’endoscopie et l’accès à : 1) la chirurgie chez les patients avec un parcours chirurgical pour CC, CR et CP étaient respectivement de 22 (Q25 = 14; Q75 = 34), 97 (Q25 = 34; Q75 = 141), et 44 (Q25 = 26; Q75 = 82) jours ; 2) la chimiothérapie chez les patients avec un parcours non-chirurgical pour CC, CR et CP étaient respectivement de 36 (Q25 = 21; Q75 = 59), 40 (Q25 = 27; Q75 = 59) et 33 (Q25 = 22; Q75 = 49) jours; 3) la radiothérapie chez les patients avec un parcours non-chirurgical chez les patients avec CR et CP étaient respectivement de 53 (Q25 = 39; Q75 = 78) et 88 (Q25 = 46; Q75 = 162) jours; 4) au premier traitement, quel que soit le parcours, était de 23 (Q25 = 14; Q75 = 35), 43 (Q25 = 27; Q75 = 74) et 34 (Q25 = 22; Q75 = 50) jours respectivement pour CC, CR et CP. Le délai d’accès au premier traitement variait selon les régions. Il était long dans la plupart des régions du nord et dans les départements d’Outre-mer, court dans les régions d’Île-de-France, du sud, de l’est et parfois de l’ouest pour les trois cancers. En analyse multiniveau, l’âge et le statut de l’établissement du premier traitement étaient significativement associés au délai d’accès au premier traitement pour CC. Ces facteurs, y compris l’indice de désavantage social étaient significativement associés au délai d’accès au premier traitement pour le CR et le CP. Le délai d’accès au premier traitement augmentait avec l’âge. Il était plus élevé dans les hôpitaux publics comparés aux hôpitaux privés et faible chez les patients des communes les moins défavorisées comparés aux patients des communes les plus défavorisées. Conclusion : A notre connaissance, cette étude est la première à décrire les délais d’accès au traitement après endoscopie chez les patients atteints de cancer à partir des bases médico-administratives en France. Les résultats, qui compléteront ceux issus des données registres de cancers et des réseaux régionaux de cancérologie, pourront être utiles aux décideurs politiques dans la mise en place de recommandations de prise en charge des cancers. / Background: timeliness of cancer treatment is an important aspect of health quality. Care centers are expected to treat a growing number of patients with cancer. Our objectives were to examine treatment times from diagnosis to first-course therapy for patients with colon (CC), rectum-anus (RC), and lung (LC) cancers and assess factors associated with time to-treatment and the impact of deprivation index.Methods: using the international classification of diseases and medical procedures codes, from national hospital discharge database which has been crossed with long term illness data and French deprivation Index information, we selected patients newly diagnosed for CC, RC or LC in 2009-2010 who had undergone treatment.Results: We included 15,694, 6,623 and 14,596 patients diagnosed and treated for CC, RC and LC respectively. Median times from endoscopy to: 1) surgery in patients with a surgical treatment pathway for CC, RC, and LC were 22 (Q25 = 14; Q75 = 34), 97 (Q25 = 34; Q75 = 141), and 44 (Q25 = 26; Q75 = 82) days, respectively; 2) to chemotherapy for patients with a non-surgical treatment pathway, for CC, RC, and LC were 36 (Q25 = 21; Q75 = 59), 40 (Q25 = 27; Q75 = 59), and 33 (Q25 = 22; Q75 = 49) days respectively; 3) to radiotherapy in RC and LC patients were 53 (Q25 = 39; Q75 = 78) and 88 (Q25 = 46; Q75 = 162) days respectively; 4) to first treatment, irrespective of pathway and treatment combination for CC, RC and LC were 23 (Q25 = 14; Q75 = 35), 43 (Q25 = 27; Q75 = 74), and 34 (Q25 = 22; Q75 = 50) days respectively.Time to first treatment vary across regions. It was longer in most northern regions and in overseas districts and shorter in Île-de-France, southern, eastern and sometimes in western regions for the three cancers. In multilevel analysis, Age and status of the first care center were significantly associated to time to first treatment in CC patients. Similar factors, including Deprivation index, were significantly associated to time to first treatment in RC and LC patients. The time to first treatment increased with age. It was higher in public hospitals compared to private hospitals and low in patients with low deprivation index compared to patients with high deprivation index. Conclusion: To our knowledge, this is the first study based on medico-administrative database describing time to first treatment after endoscopy in patients suffering from cancers in France. The results, which will complement those from cancer registry data and regional networks of cancerology, could inform decision-making policies on the implementation of guidelines on timeframes for cancer treatment access.